首页 > 毕业论文 > 生信分析用做毕业论文

生信分析用做毕业论文

发布时间:

生信分析用做毕业论文

生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。

生信分析论文写法如下:

这次我们来讲解的这边文献是 2019-10-12 发表的 OTT 杂志上的一篇生信加少量实验验证的文章。实话实说,目前对于生信最最最基本的,如果没有实验验证还是不好发文章的。所以一般都会加一些实验验证的。

这个文章的主要流程是个这样的:这里我们就基于文童的材料方法来说一下具体的内容:公共数据获取:当中关于公共数据获取部分提到了这些东西。使用了 GEO 数据库来进行候选数据筛选。

这 GEO 里面找到了三个芯片,其中描述了这三个芯片的平台。差异表达分析:作者使用了 GEO2R 来进行数据的筛选。富集分析:接着作者对差异表达的基因进行了富集分析,其中包括 GO 分析和 KEGG 分析。

作者使用的富集分析的软件是 DAVID,这个软件我们也吐槽过说,更新不及时,是很好用,所以推荐是 WebSestalt 富集分析软件,或者 clusterprofiler。蛋白相互作用分析:5TCGA 数据库验证再往下作者做的其实是 TCGA 的数据库验证,但是在材料方法里面没写。我们可以在结果当中具体的过程。

对于肿瘤研究,现在如果只是用 GEO 数据集分析,不用 TCGA 再看一下的话,都觉得不好意思,所以一般的肿瘤研究可能都会用到 TCGA 的验证的。其目的也就类似于多加了一个数据集来增加结果准确性。但是对于 TCGA 有些肿瘤正常样本很少。分析的结果可能偏差更大。文章使用的 GEPIA 的数据库。这个数据库对于查询 TCGA 表达结果还是很好用的,简单上手。

核心基因甲基化相关分析:在核心基因选择之后,利用了 TCGA 的甲基化数据MEXPRESS 来查看基因的田基化水平有没有变化。由于版本的更新。现在的这个数据库的  版本的结果会比之前的更加详细一些。

能毕业的。就是生信方面的meta,不能毕业的就是临床试验的meta。生信的meta只是一小部分是meta分析,其他主要是生信分析。以上就是药学可以用生信分析毕业。

生信毕业论文要做什么分析

生信分析主要包括两大类:一类是对DNA、RNA、蛋白质和代谢物进行定量和定性分析;另一类是对复杂的生物信息数据进行图形化展示、可视化分析以及机器学习方面的应用。

在DNA、RNA、蛋白质和代谢物定量分析方面,常用的方法有PCR(聚合酶链式反应)、qPCR(定量PCR)、NGS(测序)、微卫星遗传图谱分析、RAPD(随机引物序列扩增多样性) 。

在复杂生物信息数据的可视化方面,常用的方法有UMLS(Unified Medical Language System) 、Conceptual Graphs(CGs) 和Hierarchical display 等。而在机器学习方面应用的主要方法有SVM(Support VectorMachine) 和 decision tree learning algorithm 等等。

通过对大量生命科学数据的有效处理、分析以及可视化呈现,我们能够得出一些重要的结论或者是发现一些新的生命科学问题。

看多了参考文献自然而然就写出来了。论文的理论分析包括了:研究背景,研究目的,研究意义,国内外研究现状,研究方法等。

毕业论文的基本教学要求是:

1、培养学生综合运用、巩固与扩展所学的基础理论和专业知识,培养学生独立分析、解决实际问题能力、培养学生处理数据和信息的能力。

2、培养学生正确的理论联系实际的工作作风,严肃认真的科学态度。

3、培养学生进行社会调查研究;文献资料收集、阅读和整理、使用;提出论点、综合论证、总结写作等基本技能。

毕业论文是毕业生总结性的独立作业,是学生运用在校学习的基本知识和基础理论,去分析、解决一两个实际问题的实践锻炼过程,也是学生在校学习期间学习成果的综合性总结,是整个教学活动中不可缺少的重要环节。

撰写毕业论文对于培养学生初步的科学研究能力,提高其综合运用所学知识分析问题、解决问题能力有着重要意义。

生信分析(Bioinformatics analysis)是指通过计算机科学、统计学、生物学等多个领域的交叉应用,对生物学数据进行处理、分析和解释的过程。生物学数据包括基因序列、蛋白质序列、基因表达数据、蛋白质结构数据等,通过生信分析可以获取这些数据的有用信息并进行进一步的研究和解释。生信分析的主要任务包括数据预处理、数据分析和数据解释等。其中,数据预处理包括数据的质控、过滤、比对、组装等处理,以保证数据的准确性和可靠性;数据分析包括差异分析、聚类分析、功能富集分析、网络分析等,以发现不同样本之间的差异和相似性,探索分子机制;数据解释则是将数据分析结果进行注释和解释,解释基因或蛋白质的功能和调控机制,为后续实验研究提供重要的参考和指导。星科SCIER觉得生信分析在生物学研究中发挥着至关重要的作用,对于揭示生命科学中的许多基本问题和疾病发生的机制具有重要的作用。

生信分析的毕业论文

生物信息学推荐系统设计关键词:推荐系统;生物信息学推荐系统(RecommenderSystem)[1]是个性化信息服务的主要技术之一,它实现的是“信息找人,按需服务”;通过对用户信息需要、兴趣爱好和访问历史等的收集分析,建立用户模型,并将用户模型应用于网上信息的过滤和排序,从而为用户提供感兴趣的资源和信息。生物信息学(Bioinformatics)[2,3]是由生物学、应用数学和计算机科学相互交叉所形成的一门新型学科;其实质是利用信息科学的方法和技术来解决生物学问题。20世纪末生物信息学迅速发展,在信息的数量和质量上都极大地丰富了生物科学的数据资源,而数据资源的急剧膨胀需要寻求一种科学而有力的工具来组织它们,基于生物信息学的二次数据库[4]能比较好地规范生物数据的分类与组织,但是用户无法从大量的生物数据中寻求自己感兴趣的部分(著名的生物信息学网站NCBI(美国国立生物技术信息中心),仅仅是小孢子虫(Microsporidia)的DNA序列就达3399种),因此在生物二次数据库上建立个性化推荐系统,能使用户快速找到自己感兴趣的生物信息。特别是在当前生物信息数据量急剧增长的情况下,生物信息学推荐系统将发挥强大的优势。1推荐系统的工作流程应用在不同领域的推荐系统,其体系结构也不完全相同。一般而言,推荐系统的工作流程[5]如图1所示。(1)信息获取。推荐系统工作的基础是用户信息。用户信息包括用户输入的关键词、项目的有关属性、用户对项目的文本评价或等级评价及用户的行为特征等,所有这些信息均可以作为形成推荐的依据。信息获取有两种类型[6],即显式获取(Explicit)和隐式获取(Implicit),由于用户的很多行为都能暗示用户的喜好,因此隐式获取信息的准确性比显式高一些。(2)信息处理。信息获取阶段所获得的用户信息,一般根据推荐技术的不同对信息进行相应的处理。用户信息的存储格式中用得最多的是基于数值的矩阵格式,最常用的是用m×n维的用户—项目矩阵R来表示,矩阵中的每个元素Rij=第i个用户对第j个项目的评价,可以当做数值处理,矩阵R被称为用户—项目矩阵。(3)个性化推荐。根据形成推荐的方法的不同可以分为三种,即基于规则的系统、基于内容过滤的系统和协同过滤系统。基于规则的推荐系统和基于内容过滤的推荐系统均只能为用户推荐过去喜欢的项目和相似的项目,并不能推荐用户潜在感兴趣的项目。而协同过滤系统能推荐出用户近邻所喜欢的项目,通过用户与近邻之间的“交流”,发现用户潜在的兴趣。因此本文所用的算法是基于协同过滤的推荐算法。(4)推荐结果。显示的任务是把推荐算法生成的推荐显示给用户,完成对用户的推荐。目前最常用的推荐可视化方法是Top-N列表[7],按照从大到小顺序把推荐分值最高的N个事物或者最权威的N条评价以列表的形式显示给用户。2生物信息学推荐系统的设计综合各种推荐技术的性能与优缺点,本文构造的生物信息学推荐系统的总体结构如图2所示。生物信息学推荐系统实现的主要功能是在用户登录生物信息学网站时,所留下的登录信息通过网站传递到推荐算法部分;推荐算法根据该用户的用户名从数据库提取出推荐列表,并返回到网站的用户界面;用户访问的记录返回到数据库,系统定时调用推荐算法,对数据库中用户访问信息的数据进行分析计算,形成推荐列表。本系统采用基于近邻的协同过滤推荐算法,其结构可以进一步细化为如图3所示。算法分为邻居形成和推荐形成两大部分,两部分可以独立进行。这是该推荐系统有别于其他系统的优势之一。由于信息获取后的用户—项目矩阵维数较大,使得系统的可扩展性降低。本系统采用SVD矩阵降维方法,减少用户—项目矩阵的维数,在计算用户相似度时大大降低了运算的次数,提高了推荐算法的效率。(1)信息获取。用户对项目的评价是基于用户对某一个项目(为表示简单,以下提及的项目均指网站上的生物物种)的点击次数来衡量的。当一个用户注册并填写好个人情况以后,系统会自动为该用户创建一个“信息矩阵”,该矩阵保存了所有项目的ID号以及相应的用户评价,保存的格式为:S+编号+用户评价,S用于标记项目,每个项目编号及其评价都以“S”相隔开;编号是唯一的,占5位;用户评价是用户点击该项目的次数,规定其范围是0~100,系统设定当增加到100时不再变化。这样做可防止形成矩阵时矩阵评价相差值过大而使推荐结果不准确。(2)信息处理。信息处理是将所有用户的信息矩阵转换为用户—项目矩阵,使用户信息矩阵数值化,假设系统中有M个用户和N个项目,信息处理的目的就是创建一个M×N的矩阵R,R[I][J]代表用户I对项目J的评价。(3)矩阵处理。协同过滤技术的用户—项目矩阵的数据表述方法所带来的稀疏性严重制约了推荐效果,而且在系统较大的情况下,它既不能精确地产生推荐集,又忽视了数据之间潜在的关系,发现不了用户潜在的兴趣,而且庞大的矩阵增加了计算的复杂度,因此有必要对该矩阵的表述方式做优化,进行矩阵处理。维数简化是一种较好的方法,本文提出的算法应用单值分解(SingularValueDecomposition,SVD)技术[8],对用户—项目矩阵进行维数简化。(4)相似度计算。得到降维以后的用户矩阵US,就可以寻找每个用户的近邻。近邻的确定是通过两个用户的相似度来度量的。本文采用Pearson相关度因子[9]求相似度。(5)计算用户邻居。该方法有两种[10],即基于中心的邻居(Center-BasedNeighbor)和集合邻居(AggregateNeighbor)。本系统采用了第一种方法,直接找出与用户相似度最高的前N个用户作为邻居,邻居个数N由系统设定,比如规定N=5。(6)推荐形成。推荐形成的前提是把当前用户的邻居ID号及其与当前用户的相似度保存到数据库中,而在前面的工作中已找出各用户的邻居以及与用户的相似度,推荐形成部分只需要对当前登录用户进行计算。推荐策略是:对当前用户已经访问过的项目不再进行推荐,推荐的范围是用户没有访问的项目,其目的是推荐用户潜在感兴趣的项目;考虑到系统的项目比较多,用户交互项目的数量很大,所以只筛选出推荐度最大的N个项目,形成Top-N推荐集,设定N=5。3生物信息学推荐系统的实现生物信息学推荐系统的实现可以用图4来表示。数据库部分主要存储用户信息和项目信息,用SQLServer2000实现。数据访问层实现了与用户交互必需的存储过程以及触发器,也使用SQLServer2000,主要完成以下功能:初始化新用户信息矩阵;插入新项目时更新所有用户的信息矩阵;用户点击项目时更新该用户对项目的评价;删除项目时更新所有用户的信息矩阵。用户访问层主要涉及网页与用户的交互和调用数据访问层的存储过程,在这里不做详细的介绍。推荐算法完成整个个性化推荐的任务,用Java实现。(1)数据连接类DataCon。该类完成与SQLServer2000数据库的连接,在连接之前必须要下载三个与SQLServer连接相关的包,即、和。(2)数据操作类DataControl。该类负责推荐算法与数据库的数据交换,静态成员Con调用()获得数据库连接,然后对数据库进行各种操作。把所有方法编写成静态,便于推荐算法中不创建对象就可以直接调用。(3)RecmmendSource与CurrentUserNeighbor。这两个类作为FCRecommand类的内部类,RecmmendSource用于保存当前用户的推荐列表,包括推荐项目号和推荐度;CurrentUserNeighbor用于保存邻居信息,包括邻居ID号、相似度及其访问信息。(4)协同过滤推荐算法FCRecommand。该类实现了整个推荐算法,主要分为邻居形成方法FCArithmetic和推荐形成方法GenerateRecommend。下面给出方法FCArithmetic的关键代码:Matrixuser_item=();//获取用户—项目矩阵user_item=(user_item);//调用SVD降维方法Vectorc_uservector=newVector();//当前用户向量Vectoro_uservector=newVector();//其他用户向量Vectorc_user_correlate_vector=newVector();//当前用户与其他用户之间相似度向量for(inti=0;ifor(intj=0;((i,j));//1.获得当前用户向量for(intk=0;();for(intl=0;((k,l));//2.获得其他用户的向量//3.计算当前用户与其他用户的相似度usercorrelativity=(c_uservector,o_uservector);(usercorrelativity);}//4.根据当前用户与其他用户的相似度,计算其邻居(i,c_user_correlate_vector);}根据邻居形成方法FCArithmetic,可以得到每个用户的邻居。作为测试用例,图6显示用户Jack与系统中一部分用户的相似度,可以看出它与自己的相似度必定最高;并且它与用户Sugx访问了相同的项目,它们之间的相似度也为1,具有极高的相似度。4结束语在传统推荐系统的基础上,结合当前生物信息学网站的特点,提出一个基于生物信息平台的推荐系统,解决了传统生物信息网站平台信息迷茫的缺点,为用户推荐其感兴趣物种的DNA或蛋白质序列。优点在于协同过滤的推荐算法能发现用户潜在的兴趣,能促进生物学家之间的交流;推荐算法的邻居形成与推荐形成两部分可以单独运行,减少了系统的开销。进一步的工作是分析生物数据的特点及生物数据之间的关系,增加用户和项目数量,更好地发挥推荐系统的优势。参考文献:[1]PAULR,[J].CommunicationsoftheACM,1997,40(3):56-58.[2]陈新.生物信息学简介[EB/OL].(2001)..[3]林毅申,林丕源.基于WebServices的生物信息解决方案[J].计算机应用研究,2005,22(6):157-158,164.[4]邢仲璟,林丕源,林毅申.基于Bioperl的生物二次数据库建立及应用[J].计算机系统应用,2004(11):58-60.

最好是多收集点生物信息方面的资料,题目可以写生物信息的发展历程,等等

生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。

不知道,生物信息学,比较难

毕业论文如何用python做分析

1、Python数据分析流程及学习路径

数据分析的流程概括起来主要是:读写、处理计算、分析建模和可视化四个部分。在不同的步骤中会用到不同的Python工具。每一步的主题也包含众多内容。

根据每个部分需要用到的工具,Python数据分析的学习路径如下:

相关推荐:《Python入门教程》

2、利用Python读写数据

Python读写数据,主要包括以下内容:

我们以一小段代码来看:

可见,仅需简短的两三行代码即可实现Python读入EXCEL文件。

3、利用Python处理和计算数据

在第一步和第二步,我们主要使用的是Python的工具库NumPy和pandas。其中,NumPy主要用于矢量化的科学计算,pandas主要用于表型数据处理。

4、利用Python分析建模

在分析和建模方面,主要包括Statsmdels和Scikit-learn两个库。

Statsmodels允许用户浏览数据,估计统计模型和执行统计测试。可以为不同类型的数据和每个估算器提供广泛的描述性统计,统计测试,绘图函数和结果统计列表。

Scikit-leran则是著名的机器学习库,可以迅速使用各类机器学习算法。

5、利用Python数据可视化

数据可视化是数据工作中的一项重要内容,它可以辅助分析也可以展示结果。

随着互联网的不断发展,数据分析已经成为指导我们工作方向的主要依据之一,而今天我们就一起来了解一下,如何利用python编程开发来进行数据分析,下面电脑培训就开始今天的主要内容吧。

为什么要学习Python进行数据分析?

Python作为一种用于数据分析的语言,近引起了广泛的兴趣。我以前学过Python的基础知识。下面是一些支持学习Python的原因:

开源-免费安装

很棒的在线社区

简单易学

可以成为数据科学和基于web的分析产品生成的通用语言

不用说,它也有一些缺点:

它是一种解释语言而不是编译语言——因此可能会占用更多的CPU时间。但是,考虑到节省了程序员的时间(由于易于学习),它仍然是一个不错的选择。

这是Python中受争议的话题之一。您一定会遇到它,特别是如果您是初学者的话。这里没有正确/错误的选择。这完全取决于情况和你的需要。我会试着给你一些建议来帮助你做出明智的选择。

为什么

很棒的社区支持!这是你早年需要的东西。Python2于2000年末发布,已经使用了超过15年。

过多的三方库!虽然许多库都提供了支持,但仍然有很多模块只能在版本上工作。如果您计划将Python用于特定的应用程序,比如高度依赖外部模块的web开发,那么使用可能会更好。

链接:

炼数成金:Python数据分析。Python是一种面向对象、直译式计算机程序设计语言。也是一种功能强大而完善的通用型语言,已经具有十多年的发展历史,成熟且稳定。Python 具有脚本语言中最丰富和强大的类库,足以支持绝大多数日常应用。 Python语法简捷而清晰,具有丰富和强大的类库。它常被昵称为胶水语言,它能够很轻松的把用其他语言制作的各种模块(尤其是C/C++)轻松地联结在一起。

课程将从Python的基本使用方法开始,一步步讲解,从ETL到各种数据分析方法的使用,并结合实例,让学员能从中借鉴学习。

课程目录:

Python基础

Python的概览——Python的基本介绍、安装与基本语法、变量类型与运算符

了解Python流程控制——条件、循环语句与其他语句

常用函数——函数的定义与使用方法、主要内置函数的介绍

.....

作者Wes McKinney是pandas库的主要作者,所以本书也可以作为利用Python实现数据密集型应用的科学计算实践指南。本书适合刚刚接触Python的分析人员以及刚刚接触科学计算的Python程序员。•将IPython这个交互式Shell作为你的首要开发环境。•学习NumPy(Numerical Python)的基础和高级知识。•从pandas库的数据分析工具开始。•利用高性能工具对数据进行加载、清理、转换、合并以及重塑。•利用matplotlib创建散点图以及静态或交互式的可视化结果。•利用pandas的groupby功能对数据集进行切片、切块和汇总操作。•处理各种各样的时间序列数据。•通过详细的案例学习如何解决Web分析、社会科学、金融学以及经•济学等领域的问题。

生信分析能算毕业论文吗

生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。

应该是属于的吧,像(生物过程、计算生物学)期刊上都有这类文章,他们都是学术性的论文

不能。计算机系的硕士毕业论文必须与本专业相关,也就是毕业论文必须是计算机类的,虽然生信与计算机有交叉部分,但是生信不是计算机系,因此计算机系的硕士毕业论文写生信不能毕业。计算机专业是指计算机硬件与软件相结合、面向系统、更偏向应用的宽口径专业。

  • 索引序列
  • 生信分析用做毕业论文
  • 生信毕业论文要做什么分析
  • 生信分析的毕业论文
  • 毕业论文如何用python做分析
  • 生信分析能算毕业论文吗
  • 返回顶部