这里面包括几方面问题： 1、合作是以什么方式？ a 许可你公司使用；b 专利作价出资与你公司成立新公司；c转让给你公司 2、不管何种方式，也不管是否到专利局作了备案，签订的合作协议是受合同法保护的， 3、专利许可或者专利转让是需要全体专利权人同意后才能在专利局办理相关手续。以房产为例，夫妻二人为房产共同所有人，女方与第三人签订买卖合同，并收取了房款，这时结果可能两种，一伪造过户手续，二男方一直不知情。 这种情形下，男方都可以要求终止合同，但第三方可以要求继续履行，虽然手续不合法或者一方不知情，影响的是过户手续问题，但是买卖合同是受保护的。换到你提的问题，若是合作中手续未办理或者不合法，你们支付出的费用有无法收回的可能。
1、 专利实施许可合同本质上是一种民事合同。只要符合法定要件，没有无效情形，就是合法有效的。 合同法： 第四十四条 【合同的生效】依法成立的合同，自成立时生效。 法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。 第五十二条 【合同无效的法定情形】有下列情形之一的，合同无效： (一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益; (二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益; (三)以合法形式掩盖非法目的; (四)损害社会公共利益; (五)违反法律、行政法规的强制性规定。 2、 专利实施许可合同签订后，应当进行备案。 第十五条 除依照专利法第十条规定转让专利权外，专利权因其他事由发生转移的，当事人应当凭有关证明文件或者法律文书向国务院专利行政部门办理专利权人变更手续。 专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。 第八十八条 国务院专利行政部门设置专利登记簿，登记下列与专利申请和专利权有关的事项： (四)专利实施许可合同的备案; 第八十九条 国务院专利行政部门定期出版专利公报，公布或者公告下列内容： (十)专利实施许可合同的备案; 备案并不影响合同效力。 备案只是国家对专利许可行为的一种管理方式。 3、如果没有备案，对于获得许可的人的权利会有一定的影响。比如： 最高人民法院关于对诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定 第四条 申请人提出申请时，应当提交下列证据： (二)利害关系人应当提供有关专利实施许可合同及其在国务院专利行政部门备案的证明材料，未经备案的应当提交专利权人的证明，或者证明其享有权利的其他证据。 4、 法律明确规定了签订专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。
1、专利实施许可合同本质上是一种民事合同。只要符合法定要件，没有无效情形，就是合法有效的。 合同法： 第四十四条 【合同的生效】依法成立的合同，自成立时生效。 法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。 第五十二条 【合同无效的法定情形】有下列情形之一的，合同无效： （一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益； （二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益； （三）以合法形式掩盖非法目的； （四）损害社会公共利益； （五）违反法律、行政法规的强制性规定。 2、 专利实施许可合同签订后，应当进行备案。 第十五条 除依照专利法第十条规定转让专利权外，专利权因其他事由发生转移的，当事人应当凭有关证明文件或者法律文书向国务院专利行政部门办理专利权人变更手续。 专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。 第八十八条 国务院专利行政部门设置专利登记簿，登记下列与专利申请和专利权有关的事项： （四）专利实施许可合同的备案； 第八十九条 国务院专利行政部门定期出版专利公报，公布或者公告下列内容： （十）专利实施许可合同的备案； 备案并不影响合同效力。 备案只是国家对专利许可行为的一种管理方式。 3、如果没有备案，对于获得许可的人的权利会有一定的影响。比如： 最高人民法院关于对诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定 第四条 申请人提出申请时，应当提交下列证据： （二）利害关系人应当提供有关专利实施许可合同及其在国务院专利行政部门备案的证明材料，未经备案的应当提交专利权人的证明，或者证明其享有权利的其他证据。 4、 法律明确规定了签订专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。 建议遵守法律规定，及时办理备案。 以上意见是根据您的描述和提问做出的简单回答，是律师的个人观点，供参考！ ---------------------------------- 【河南 郑州 曹静杰律师】 ----------------------------------
专利实施许可合同是指专利权人、专利申请人或者其他权利人作为让与人，许可受让人在约定的范围内实施专利，受让人支付约定使用费所订立的合同。转知汇专利服务平台为您解答：专利实施许可合同的内容一般包括以下几方面：1、专利技术的内容和专利的实施方式；2、实施许可合同的种类；3、实施许可合同的有效期限和地域范围；4、技术指导和技术服务条款；5、专利权瑕疵担保和保证条款；6、专利许可使用费用及其支付方式；7、违约责任以及违约金或者赔偿损失额的计算方法。除了上述内容外，还可以就当事人双方认为必要的其他事项进行约定。例如：不可抗力条款；专利技术改进成果的归属；争议的解决办法；关键名词和术语的解释；等等。
合同有效与否与专利权没有直接关系，在技术没有获得专利权之前，也可以转让或许可他人使用。不过此时并不属于专利的转让，而是技术转让而已，只要合同符合合同法的有关规定，其本身是有效的，可以被法律保护。
不需要专门机构办理，两方签订协议只要符合合同法规定就是有效的。取得受理通知书的可以进行转让或许可使用，但是这个是有风险的，风险就是专利申请可能失败。所以如果要签订协议，要把相关风险考虑清楚，将可能发生的各种情况约定清楚，以免以后产生纠纷。
合同有效与否与专利权没有直接关系，在技术没有获得专利权之前，也可以转让或许可他人使用。不过此时并不属于专利的转让，而是技术转让而已，只要合同符合合同法的有关规定，其本身是有效的，可以被法律保护。
按相关法律规定，专利权可以转让，中国单位或者个人向外国人、外国企业或者外国其他组织转让专利申请权或者专利权的，应当依照有关法律、行政法规的规定办理手续。转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。 另外，任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。 相关法律规定： 《中华人民共和国专利法》 第十条 专利申请权和专利权可以转让。 中国单位或者个人向外国人、外国企业或者外国其他组织转让专利申请权或者专利权的，应当依照有关法律、行政法规的规定办理手续。转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。 第十二条 任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。
专利实施许可合同是指专利权人、专利申请人或者其他权利人作为让与人，许可受让人在约定的范围内实施专利，受让人支付约定使用费所订立的合同。转知汇专利服务平台为您解答：专利实施许可合同的内容一般包括以下几方面：1、专利技术的内容和专利的实施方式；2、实施许可合同的种类；3、实施许可合同的有效期限和地域范围；4、技术指导和技术服务条款；5、专利权瑕疵担保和保证条款；6、专利许可使用费用及其支付方式；7、违约责任以及违约金或者赔偿损失额的计算方法。除了上述内容外，还可以就当事人双方认为必要的其他事项进行约定。例如：不可抗力条款；专利技术改进成果的归属；争议的解决办法；关键名词和术语的解释；等等。