参考文献排序是按照自己的参考文献在文章中的出现顺序进行排序的，一般主要就集中在文献综述部分，按照在文献综述中出现的顺序进行排序。
论文参考文献主要有以下两种排序方式：文献在正文中的引用顺序作者姓名拼音首字母升序（中文在前英文在后）百度经验：参考文献列表如何快速自动排序
论文如何证正确标注参考文献呢
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如何自动生成参考文献
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1 期刊作者题名［J］刊名，出版年，卷(期)：起止页码 2 专著作者书名［M］版本(第一版不著录)出版地：出版者，出版年起止页码 3 论文集作者题名［C］//编者论文集名出版地：出版者，出版年起止页码 4 学位论文作者题名［D］保存地点：保存单位，年份 5 专利文献题名［P］国别，专利文献种类，专利号出版日期 6 标准标准编号，标准名称［S］ 7 报纸作者题名［N］报纸名，出版日期(版次) 8 报告作者题名［R］保存地点：年份 9 电子文献作者题名［电子文献及载体类型标识］文献出处，日期 二、文献类型及其标识 根据GB3469 规定 ①期刊［J］ ②专著［M］ ③论文集［C］ ④学位论文［D］ ⑤专利［P］ ⑥标准［S］ ⑦报纸［N］ 电子文献载体类型用双字母标识，例如：
学术论文参考文献列表按照作者姓名首字母排列。当我们在撰写英文学术论文的时候，尤其是SSCI论文，论文在上格式经常要求将参考文献按照APA（美国心理学会）参考文献格式排列。一般一篇英文文献的参考文献数量在60篇左右，如果人工去排列，将会是一个非常繁琐的过程。下面是用python实现的一个小程序。程序的输入是“乱序的参考文献”纯文本(xt)，每一条参考文献是文本中的一行；输出是“按照作者姓名首字母升序排列的参考文献”纯文本(xt)。具体代码见链接网页链接。
文章内出现的时候不都要写作者和年份嘛，然后如果需要回溯文献的话，就对应到参考文献的字母顺序找就可以了，没有问题的哈。不知道你“文章内顺序不就乱了”是什么意思。文后参考文献的顺序和文章里引用的顺序没有关系。。。