你有没有修改【格式】---》【段落】---》【大纲级别】，将你的标题一、二改成大纲级别中的1级，2级，再生成目录
用2个小时的尝试回答一下。首先说是因为正文字体影响的确实没错。但关键在于怎么影响的。主要是因为插入目录的"选项"中没有你当前层级标题的样式。需要做把总是换不了字体的该层标题全部刷成一种样式如""标题3""（如果和你需要的样式不同先改了再刷）在开始菜单样式"标题3"中右键或下拉选择"更新标题3以匹配所选内容"再去生成目录进行所需要的格式修改。（目录选项里会有标题3的样式匹配，如果没有点选插入目录-选项-样式，在标题3的目录级别框里填3）
引用--目录--插入目录--点击右下方的“修改”，进入样式页面，可以选择目录1、目录2等，点击“修改”修改一级标题、二级标题对应的字体样式。修改好后，更新目录，字体也不会发生变化
因为生成目录与原文中是关联的字体，因此设置2、3级目录字体无法改变，每次更新都会默认到黑体。所以先不要改目录了，文章全部完成以后，目录确定后更新。一个一个章节调整，比如第一章节，选择下面2、3级别目录内容，右键选择字体，中文字体设置为宋体、英文为times new roman。也就是设置6-7次。
修改目录字体，不能直接修改，其修改的操作步骤：1、单击引用---目录---插入目录；2、弹出目录对话框，单击修改按钮；3、弹出样式对话框，选择要修改的目录，单击修改按钮；4、弹出修改样式对话框，单击格式按钮，在弹出选项中选择字体；5、弹出字体对话框，在中文字体处选择所需要的字体即可，如图所示。
因为生成目录与原文中是关联的字体，因此设置2、3级目录字体无法改变，每次更新都会默认到黑体。所以先不要改目录了，文章全部完成以后，目录确定后更新。一个一个章节调整，比如第一章节，选择下面2、3级别目录内容，右键选择字体，中文字体设置为宋体、英文为times new roman。也就是设置6-7次。
引用--目录--插入目录--点击右下方的“修改”，进入样式页面，可以选择目录1、目录2等，点击“修改”修改一级标题、二级标题对应的字体样式。修改好后，更新目录，字体也不会发生变化
自动生成的目录，其格式是与正文的章节字体是一致的。从根本上的解决方法，把正文的章节全部用格式刷刷成一样的，这样生成的目录就大致一致了。但是一级目录和二级目录的字体肯定不一致，若是想一二级目录也一致，那你可以直接把生成的目录选定后，设置格式（这个设置和普通段落的设置是一样的）。
修改目录字体，不能直接修改，其修改的操作步骤：1、单击引用---目录---插入目录；2、弹出目录对话框，单击修改按钮；3、弹出样式对话框，选择要修改的目录，单击修改按钮；4、弹出修改样式对话框，单击格式按钮，在弹出选项中选择字体；5、弹出字体对话框，在中文字体处选择所需要的字体即可，如图所示。
不大，答辩完以后还可以继续修改的
可以使用下边这种方式生成目标。 一、目录定义根据文章内容分别定义相关章节的标题、正文。 调出“大纲”设置工具栏 在菜单栏空白处右击鼠标，在弹出菜单中选择“大纲”，出现大纲工具条 。 设置标题级别每次选中正文的标题一行，然后在大纲工具栏的下拉列表中选择需要设置的标题级别，并将字体设置好。每个级别的标题只需设置一次，其他的用格式刷 。正文无需再设置级别。 其它的同级标题用格式刷 搞定：选中样本标题，双击格式刷，即可直接多次复制格式，直接刷选需设置的标题文字，或将刷子状态的鼠标移到目标文字左侧的空白处，刷子变成 时单击即可；取消格式刷状态只需再点一次刷子。二、目录生成定义好所有的标题和正文后，就可进行目录生成了。在菜单里选插入→引用→索引和目录，在弹出的窗口选择目录框，然后点确定即可。如下图： 三、修改与更新目录制成之后，在目录页点击任何一章节均可直接进入该章节所在页面。每次对文章修改后，对目录可进行自动修改和刷新。方法如下。在目录区域任意位置点右键，在弹出的菜单选更新域，如下图 在弹出的对话框中有“只更新页码”和“更新整个目录”，如果只是更改了文章的页码表示方式则只需选只更新页码，而全文版面做了大的调整改变了各标题的位置则需更新整个目录。在大纲模式下可以更方便地设置、查看和修改标题格式。在菜单中选择“视图”→“大纲”，或者选择WORD界面左下角第四个图标 。大纲模式的具体用法可以参照WORD自带的帮助文件，按F1即可调出。
这个影响还是蛮大的。不过也看学校对此的要求是否严格。
也可能是字库的原因，PDF一般就是图片的啦，放的别的里面字体应该不会现变啦
查看一下字库文件。如果字库一閪应该没问题的。