祖先重建（或特征映射）是指从个体或种群的测量特征推断其共同祖先的特征，它是系统发育、个体、种群或物种与祖先进化关系的重建和研究的重要应用。 在演化生物学的研究中，祖先重建可以用来重建数百万年前生活的生物的不同类型的祖先特征状态。这些状态包括 遗传序列 （祖先序列重建）、 蛋白质的氨基酸序列 、 基因组组成 、 生物表型 以及 祖先种群或物种的地理范围 （祖先范围重建）。由于现代遗传序列本质上是古代序列的变异，因此进入古代序列可能会发现其他变异和可能由这些序列产生的生物体。除了遗传序列外，生物学家可能会试图追踪一个性状到另一个性状的演化历史，例如，鳍向四肢的转变。
祖先重建常常依赖于一个足够真实的演化统计模型来准确地推断祖先状态，这些模型利用 已经通过系统发育等方法获得的遗传信息 来确定演化历史以及发生演化事件的时间。然而，无论模型多么接近实际的演化历史，准确重建祖先状态的能力都会随着该祖先与其后代之间的演化时间的增加而减弱。 祖先重建的方法主要有三种：最大简约法（maximum parsimony）、最大似然法（maximum likelihood）以及贝叶斯法（bayesian）。 其中，最大简约法认为所有演化事件的可能性相同；而最大似然法认为某些类别演化事件具有不同的可能性；贝叶斯推断则将事件的条件概率与系统发育树的可能性以及与该发育树相关联的不确定性的数量联系起来。
最大简约法主要提供快速和简单的方法来推断祖先的状态，然而，由于演化过程过于简单化（例如，没有考虑分支长度和演化时间），简约法的准确性有限。最大似然法是基于性状演化的概率模型。在各种条件下，利用理论论证和模拟研究，最大似然方法的性能优于简约法。 仿真结果表明，由于考虑了进化时间和分支长度，即使是最简单的模型也能产生比简约更精确的结果，并且对系统发育的不确定性具有稳健性。 贝叶斯方法是利用马尔科夫链蒙特卡洛方法（MCMC）来推断祖先特征状态、系统发育树和模型参数的联合后验分布，这涉及到描述序列演化的复杂概率模型、分子钟、人口统计学以及研究特征的演化。 由于贝叶斯方法具有丰富的选择性以及灵活性而备受欢迎，例如著名的系统发育分析软件BEAST。 然而，MCMC具有较高的计算成本，对于大数据集，无法实现所有树、参数和性状分布的联合推理。
许多模型已经发展起来用以估计从现生后代到祖先的离散和连续型性状的演变。这些模型假设一个性状通过时间的演化可以被建模为一个随机过程。
a. 连续型性状（如，体重、脑重等） 连续型性状演化模型被用来理解许多有趣的演化现象，包括：性状演化的速率，性状演化的模式，这些性状如何随着时间或谱系之间的变化以及理解导致这种变化的生物和非生物因素。
布朗运动模型（Brownian Motion models），最简单的连续性状演化模型假定性状在布朗运动模型下演化。在此模型下，沿分支预期的性状变化量为零，性状变化的方差与时间和速率参数成正比。它可以估算某性状整体的演化速率、检测演化速度随时间的变化、检测不同谱系进化速率的变化、检测与状态相关的演化速率以及检测性状相关性演化（如，性状X与性状Y在演化中是否具有相关性）。 Ornstein-Uhlenbeck 模型主要估计演化最优值以及演化最优的变化检测。
b. 离散型性状（如，花的颜色、形状） 对于这种性状，通常是马尔科夫链模型（Markov chain）-马尔可夫链是描述一系列可能事件的随机模型，其中每个事件的概率仅取决于在前一事件中达到的状态，在连续时间内，它被称为马尔可夫过程。
有许多软件包可以执行祖先状态重建，一般来说，这些软件包是通过相关领域的科学家的努力开发和维护的，并在免费软件许可下发布。下表展示了一些比较经典的软件工具：
最近有两款软件分别发布于MBE期刊（ PastML ）与BMC evolutionary biology期刊（ pastview ），网页版的优点就是使用方便、容易出图。一般只需要准备一颗系统发育树以及对应的性状矩阵文件，即可快速完成祖先状态的重建。
在上述中，我已经列举了许多软件，接下来主要是选择R包 phytools 来进行演示如何重构祖先状态。
参考文献：
成龙真名:房仕龙成龙的本名其实不是"陈港生",而是"房仕龙"!成龙在曼谷和影迷聚餐时,首度坦承了自己的身世,而他80...门,从成龙掉牙、幽默感到拍片计画,但最后一个"你的本名?"的问题,却让成龙愣了一下,但他还是乐意地答:"我姓房."
成龙的本名其实不是“陈港生”，而是“房仕龙”！成龙在曼谷和影迷聚餐时，首度坦承了自己的身世，而他80多岁高龄的老父也在现场。大哥的回应也间接说明，前几年中国传出一房姓男子自称是“龙哥”的新闻似乎不是凭空捏造。 影迷的问题五花八门，从成龙掉牙、幽默感到拍片计画，但最后一个“你的本名？”的问题，却让成龙愣了一下，但他还是乐意地答：“我姓房。” 成龙是华人演艺圈备受尊敬的大哥，直到香港导演张婉婷的纪录片《龙的深处：失落的拼图》揭露成龙不为人知的身世，大家才知道，原来，威风八面的成龙原名房仕龙，由于父亲身份的原因，不得已改姓陈。于是，成龙才有了那个乡土气息极浓的名字———陈港生。出道伊始，成龙把艺名改做陈元龙，后来改做成龙，寓意深远的名字给成龙不断创造事业高峰。
成龙真名:房仕龙、陈港生 成龙的本名其实不是“陈港生”，而是“房仕龙”！成龙在曼谷和影迷聚餐时，首度坦承了自己的身世，而他80多岁高龄的老父也在现场。大哥的回应也间接说明，前几年中国传出一房姓男子自称是“龙哥”的新闻似乎不是凭空捏造。 影迷的问题五花八门，从成龙掉牙、幽默感到拍片计画，但最后一个“你的本名？”的问题，却让成龙愣了一下，但他还是乐意地答：“我姓房。” 成龙真名：房仕龙、陈港生 成龙是华人演艺圈备受尊敬的大哥，直到香港导演张婉婷的纪录片《龙的深处：失落的拼图》揭露成龙不为人知的身世，大家才知道，原来，威风八面的成龙原名房仕龙，由于父亲身份的原因，不得已改姓陈。于是，成龙才有了那个乡土气息极浓的名字———陈港生。出道伊始，成龙把艺名改做陈元龙，后来改做成龙，寓意深远的名字给成龙不断创造事业高峰。成龙的家庭与身世，是成龙本人及传媒记者、广大成龙迷都十分关心的问题。之所以说成龙本人都十分关心，是因为很多事连成龙本人都搞不清楚。 2001年7月初，向来孝顺的成龙，得知居于澳洲的龙妈妈患病，立即起程前往澳洲探望。 极尽孝义的成龙，在当地购下近万英尺的豪华大宅给父母居住。 2002年2月20日，成龙在曼谷和影迷聚餐时，首度坦承了自己的身世，他承认了自己的本名其实不是"陈港生"，而是"房仕龙"！而他80多岁高龄的老父也在现场。 大哥的回应也间接说明，前几年山西传出一房姓男子自称是"龙哥"的新闻似乎不是空穴来风。之前山西曾传出一名房姓男子自称是成龙大哥的新闻，成龙当时仅说，上一代的事，他不想过问。不过，成龙这次坦承姓房，没有回避。 父亲四处漂泊，刻苦持家，成龙的成长日子也吃了不少苦，龙父曾想让顽皮的成龙跟着他当厨师，没想到他跟了3个月，一个荷包蛋还煎不好。成龙后来跟于占元师傅学艺，踏进电影圈，从此改变他的一生。 年近半百，身世应该让自己洞悉并向影迷有所交待。因此，成龙约请张婉婷和罗启锐联合制作了一部成龙自传式纪录片《龙的足迹：成龙和他失落的家庭》，此片从1999年开始工作，静悄悄地进行。 2002年，张婉婷一直在进行有关成龙身世的纪录片《龙的足迹：成龙和他失落的家庭》的后期剪接工作，该片被定为2003年柏林电影节纪录片单元的开幕片。 《龙的足迹：成龙和他失落的家庭》这部纪录片前后拍摄完成花了近3年时间，最早是成龙打电话问张婉婷："我爸准备告诉我身世，你有没兴趣来拍一下？"张婉婷从没拍过纪录片，之前与成龙是关系不错的朋友，合作拍过《七小福》，成龙因此想到她。于是她跟着成龙去了澳洲、安徽、香港等许多地方拍他的家并采访了与他有关的人。拍完后，张婉婷去北京拍她的《北京乐与路》，同时找人从各地调集来一些历史资料作为采访的补充，就这样她凭着拍《宋家王朝》的感觉按故事片的结构拍了一部关于成龙身世的纪录片。 "成龙看完还挺满意，他觉得这部片不仅是写他一人的身世，更代表了许多中国家庭的故事，侧面反映了中国近代史，所以这次送去柏林参展，之后也还会陆续去其他一些影展。"对于这部纪录片中反映了多少关于成龙不为人知的身世呢，张婉婷笑着说，"到时你看了就知道了，比如说他以为自己是独生子，他以为自己姓陈，他眼中父母的身世……原来都不是想像中那样。他在片中与大家平时见到的'大哥'形象也完全不同，他就像个小孩一样，有很多有趣的东西。" 这部由成龙担任制片人的新片，和任何一部成龙电影都全然不同，这是一部关于成龙和他父母的纪录片。在2003年年初的柏林电影节上，这部感人至深的纪录片进行了它的全球首映。美国《时代》周刊专门对该片进行了褒评。 如果把《龙的足迹》看成一部励志片，那么这部关于成龙故事的纪录片甚至可以和亚伯拉罕·林肯的传记片或《哈利·波特》相媲美。影片真实讲述了一个出生在香港穷苦人家的男孩，如何小小年纪被送进戏班子学艺，在严厉的师傅的鞭子下度过了艰辛而坎坷的青少年时期。长大后，这个男孩把从戏班学艺经历中学到的一身好功夫和坚忍不拔的精神，运用到了电影拍摄工作中，逐渐成为李小龙的接班人，并最终成为他自己--一位国际巨星，迄今在世的最著名的亚洲影星--成龙。 如果从影片讲述的成龙父母的历史来看，《龙的足迹》又像一部扣人心弦的故事片，它具备一切引人入胜的元素：枪炮、毒品、凶杀和浪漫爱情。片中还有一位朴实无华的明星--成龙的父亲查尔斯·房，一位饱经风霜、风趣世故、精力充沛的80多岁老人。影片里的整个故事就是由他讲述的。 1915年，龙爸爸出生于山东，本名叫房道龙（音译），小时候也是一个非常顽皮捣蛋的孩子，不知道成龙好动的性格是不是遗传了父亲的因子。长大后，龙爸爸加入了国民党军队。后来，天生不安分的他因为一次枪支走火事故被革除了军职。于是，龙爸爸在南京改行做起了亚麻布买卖，生意相当不错，直到日军侵入中国。龙爸爸被日本人抓进了监狱，经受了非人的折磨。万幸的是，后来他被一位亲戚救了出来。当龙爸爸的双亲在一次日军飞机的空袭中丧生后，龙爸爸逃出了南京来到重庆，幸运地躲过了那场惨绝人寰的南京大屠杀。在漫长的战乱岁月里，龙爸爸也吃过枪子儿，在他的左腿和头上至今还留有伤痕。他的儿子成龙后来在拍电影的过程中也留下了累累伤痕，人们常说成龙是"铁人"，殊不知，龙爸爸是更硬的金属做的人。 在安徽，龙爸爸遇见了他的第一任妻子，并生养了两个儿子，即成龙的同父异母哥哥。后来，这位妻子在被病魔缠身3年后去世了。不久，龙爸爸被调任芜湖工作。那时，他也许没有想到自己和这两个亲生儿子一别竟是40年。在芜湖，龙爸爸遇见了他的第二任妻子，即成龙的亲生母亲莉莉·陈，他们的相遇颇具戏剧性。那时，龙爸爸还在军队服役。一天，当他在水边巡逻的时候，看见一名妇女在兜售鸦片，本来应该逮捕她的，龙爸爸却放走了她。她就是莉莉，当时她的丈夫被日本人的炸弹炸死了，留下了两个女儿。不久以后，龙爸爸和莉莉及其女儿组成了一个新的家庭。1949年后，他们来到了香港，把龙妈妈与前夫所生的两个女儿留在了大陆。 直到上世纪80年代，龙爸爸才和他与前妻所生的两个儿子在山东重新团聚。当时，龙爸爸和龙妈妈所生的儿子已经成了香港顶尖的电影明星，但是他几年前才刚刚知道自己的本名不叫"成龙"，而是"房仕龙"。房祖名在新浪聊天时也有提到。成龙的爸爸是做特务的~~~~~~房祖名 ： 对。我的祖籍是山东人，我祖宗比较出名，传到我爷爷那一代，因为我爷爷在内地要！！！做特务！！！，所以要隐姓埋名，名字很多，房很容易认出来，就改姓陈，我爸爸到四十几才知道自己姓房，房龙就很难听，人也不会接受，就不改，我还年轻就改了房祖名。”
PRA影响因子2021：1. 学术质量：主要取决于发表的文章的质量，以及发表文章的期刊或期刊系列的质量。2. 影响力：主要取决于发表文章的数量和频率以及发表文章被其他文章引用的次数。3. 发表活动：主要取决于文章发表的期刊，以及发表文章的频率以及发表文章的数量。4. 学术社会化：主要取决于学者参与的学术活动，以及其他参与者的学术社会化水平。5. 投资研究：主要取决于发表文章的期刊或期刊系列的研究经费，以及发表文章的期刊或期刊系列的研究机构的规模。6. 政策环境：主要取决于发表文章的期刊或期刊系列的政策环境，以及发表文章的期刊或期刊系列的政策支持程度。7. 全球范围：主要取决于发表文章的期刊或期刊系列的国际知名度，以及发表文章的期刊或期刊系列的读者群体分布情况。
德国色谱杂志的影响因子是一个衡量学术期刊质量的重要指标，它反映了该期刊在学术界的影响力和重要性。德国色谱杂志的影响因子一般比较高，大多数情况下都在以上，有些更高，有些更低。德国色谱杂志的影响因子可以帮助学者们更好地了解该期刊的学术水平，以便更好地发表论文，提高论文的影响力。
一、期刊的影响因子是什么？期刊的影响因子(Impact factor，IF)，是表征期刊影响大小的一项定量指标。也就是某刊平均每篇论文的被引用数，它实际上是某刊在某年被全部源刊物引证该刊前两年发表论文的次数，与该刊前两年所发表的全部源论文数之比。计算公式：IF(k)= (nk-1+nk-2) / ( Nk-1+Nk-2)。二、如何查询期刊影响因子首先，查询影响因子要知道具体的查询地址，外文期刊和中文期刊的查询地址不同。1.查询外文期刊影响因子，可使用外文数据库Web of Science中的JCR，其中JCR Science Edition 用于查询自然科学类期刊，JCR Social Sciences Edition用于查询人文社会科学类期刊。2.查询中文期刊的影响因子，可使用中国学术期刊（光盘版）电子杂志社和中国科学文献计量评价中心联合推出的《中国学术期刊综合引证报告》（万锦堃主编，科学出版社）。有需要的读者请到图书馆咨询部查询。其次，查询影响因子必需知道期刊缩写名，这个有很多规则，具体如下：1.单个词组成的刊名不得缩写部分刊名由一个实词组成，如Biomaterials，nature，science等不得缩写。2.刊名中单音节词一般不缩写英文期刊中有许多单音节词，如FOOD，CHEST，CHILD，这些词不得缩写。如医学期刊hearand lung, 缩写为Heart Lung,仅略去连词and.但少数构成地名的单词，如NEW，SOUTH等，可缩写成相应首字字母。如New England Journal of Medcine,可缩写为N Engl J Med,不应略为New Engl J Med，South African Journal of Surgery可缩写为S Afr J Surg,不可缩写为South Afr J Surg.另外，少于5个字母(含5个字母)的单词一般不缩写，如Acta,Heart,Bone,Joint等均不缩写。3.刊名中的虚词一律省略国外学术期刊刊名中含有许多虚词，如the,of,for,and,on,from,to等，在缩写时均省去。如Journal of chemistry缩写为J chem, Archives of Med
1、期刊名称：Progressin polymer science;聚合物科学进展
2、出版机构：ELSEVIER-sciencedirect
3、刊发周期：月刊
4、2017年发文量：47
5、期刊检索：SCI，影响因子
6、推荐理由：本刊专门接受综述文章，一般是主编约稿，论文的作者均是某领域的绝对牛人，有复旦大学的江明院士发表过关于自组装的文章。论述的内容基本上包括高分子相关的所有领域，可以作为了解某一领域研究进展的经典文献。
例如：
1、期刊名称：ADVANCES IN POLYMER SCIENCE,聚合物技术进展
2、出版机构：Springer Berlin / Heidelberg
3、刊发周期：月刊
4、2017年发文量：40
5、期刊检索：SCI，影像因子
6、推荐理由：该套丛书收录了有关聚合物和生物高聚物科学的发展趋势的重要论述，涉及学科包括化学、物理化学、物理和材料科学等。这是为希望了解上述学科进展的从事学术研究和工业生产的研究人员而编写的。
polymers在我看来一直都是一个不错的期刊，按照影响因子高度划分，polymers期刊属于三区，比一区和而且发表容易一些。在高分子领域，polymer算是很不错的期刊了。
polymers期刊简介
《聚合物》( ISSN 2073-4360)是一本国际性的开放式聚合物科学期刊。它发表研究论文、简短通讯和评论论文。我们的目的是鼓励科学家尽可能详细地发表他们的实验和理论结果。因此，论文的长度没有限制。必须提供完整的实验细节，这样结果才能重现。聚合物为发表论文提供了一个跨学科的论坛，这些论文推进了(I)聚合方法，(ii)理论、模拟和建模，(iii)对新物理现象的理解，(iv)表征技术的进步，以及(v)利用自组装和生物策略生产复杂的多功能结构。
平均审稿速度：网友分享经验：平均17天；
平均录用比例：网友分享经验：较易
国际生物大分子期刊是SCI二区的期刊。
生物大分子是指生物体细胞内存在的蛋白质、核酸、多糖等大分子。每个生物大分子内有几千到几十万个原子，分子量从几万到几百万以上。
生物大分子的结构很复杂,但其基本的结构单元并不复杂。蛋白质分子是由氨基酸分子以一定的顺序排列成的长链。
氨基酸分子是大部分生命物质的组成材料,不同的氨基酸分子有好几十种。生物体内的绝大多数酶就属于蛋白质，是生物体维持正常代谢功能所不可缺少的。
美国《科学引文索引》(Science Citation Index, 简称 SCI )于1957 年由美国科学信息研究所(Institute for Scientific Information, 简称 ISI)在美国费城创办。
是由美国科学信息研究所(ISI)1961年创办出版的引文数据库。SCI(科学引文索引 )、EI(工程索引 )、ISTP(科技会议录索引 ) 是世界著名的三大科技文献检索系统。
是国际公认的进行科学统计与科学评价的主要检索工具，其中以SCI最为重要，创办人为尤金·加菲尔德(Eugene Garfield, September 16,1925~ February 26，2017)。
Springer数据库里有约3000种期刊，其中具有影响因子的期刊不是SCI（科学引文索引）的就是SSCI（社会科学引文索引）或者A&HCI（人文与艺术引文索引）收录的，还有一些没有被收录，即没有影响因子。
二区Journal of Materials Research and Technology-JMR&T在大类工程技术和材料科学中是二区。jmrt期刊的影响因子，是SCI2区期刊。
endnote找不到jmrt的格式我们可以在word的endnoteX7选项卡中，在style中单击选择jmrt的格式。在打开的页面中输入jmrt的参考文献格式，单击apply即可。
The Journal of Materials Research and Technology (JMRT) 材料研究与技术杂志