最近在做一项有关大鼠野生种与改良种的人工选择方向相关分析，涉及到混池测序的Fst计算。查阅文献找到一些可以对混池测序数据分析的已发表软件，如 popoolation2 qtlseqr mutmap、mutmap+、qtl-seq ; PoPoolation2 是通过比较两个混合群体得位点频率的经典pipeline，而这里笔者推荐一个2018年发表的R package-- Poolfstat 。
最近一篇NC中" A large and diverse autosomal haplotype is associated with sex-linked colour polymorphism in the guppy "提到了Poolfstat，其发表于2021年11月( 引用文章 ),实现了对Pool-seq数据的FST估计，CRAN位置: Poolfstat . 继续查阅发现早在2018已首次被作者发表( 文章链接 )，2020年Poolfstat开始被广泛使用。如：
VCF文件 中149,155,260,270,691分别对应一个群体（图片来源网络），为群体的ID。 假设每个群体的ID为群体内样本数。
注意：结果中的POS可能存在科学技术
针对目标性状，选择 表型极端差异的亲本 构建家系，对该家系 目标性状表型极端的子代 分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序，检测到的两池间DNA差异片段即为候选区域，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法，可以快速的对单一性状进行精细定位，加速目标性状的功能基因组研究进程。 对，BSA最主要的要求就是研究的这个性状在亲本和子代中一定是极端差异，这样结果才能更准确。 样本要求：2个亲本+2个子代池（每个子代池≥20个样本）（200mg组织够提DNA即可） 文库类型：WGS文库（有参） 测序数据量：亲本10x/个，子代池≥20x/池（若子代池混样30个，就测30x） 子代池选择：家系群体（F2，RILS，BC，DH等） 1）参考基因组：参考基因组组装质量好坏以及注释是否完全对BSA结果有一定的影响。建议尽量选择组装至染色体水平，且基因组注释较完全的参考基因组。 2）分离群体：理论上任何一对具有相对性状的亲本杂交后产生的分离后代都适用于集群分离分析法。但常用的分离群体为：F2代群体、回交群体、重组自交系、双单倍体群体。 3）亲本选择：亲本间目标性状要求差异显著，尽量选用纯度高的亲本，并进一步通过自交进行纯化；并且，除了关注的1个目标性状外，其他性状尽量一致，无其他性状发生分离。 4）混池个体数：混池的样本数通常选取极端性状（群体总样本数的5～10%内）的个体进行混池。混池中若极端性状个体数太少，可能造成样品数不够，不具备代表性；若样本数过高可能会引入杂合个体，产生干扰。 5）表型统计：表型统计不准确，或表型由多个微效基因控制，可能会引起定位效果不佳。 1、群体完整度对定位效果的影响？ 下表参考链接中有经验统计。2 亲本+2 子代池是最优选择，次之为⼀个亲本+2 个子代池；再次为 2 个亲本+1 个子代池； 1 个亲本+1 个子代池；最次为只有子代池，如果只有亲本，那么建议⽼师去做变异检测。若是 mutmap （突变体与野生型杂交），则可提供1个野生型亲本+1个突变型子代池，或者两个子代池。不同群体的index算法原理上稍有不同。 2、如果该物种没有参考基因组怎么办？或者如果样品是两个品种的杂交后代，⽽两个品种都有参考基因组，该选择哪个参考基因组？ 如果该物种没有参考基因组，⽽近缘物种有参考基因组，可以选择近缘物种的参考基因组进⾏⽐对分析。如果两个品种都有参考基因组，则要根据样品的表型和其他数据选择⼀个与样品差异较⼩的品种作为参考基因组。 3、如何构建混池？混池规模多⼤能够满⾜要求？ 通过表型调查，筛选具有极端表型的个体构建两个混池，质量性状（1： 2： 1） 具有主效位点的数量性状（正态分布）。表型统计不准确，或由多个微效基因控制，会影响定位效果。混池个体性状不极端，存在较多中间型，同样会导致定位结果不佳。⼀般选择群体的 5%到 10%个体构建极端混池，建议极端样品在 30+30 以上。通常在样本量等情况允许的条件下越⼤越好，能够更进⼀步的缩⼩候选区域。具体需根据物种、样本情况等设计方案。 4、简化基因组测序适合做 BSA 性状定位吗？ 针对微效多基因控制的数量性状，与⽬标性状相关的位点很多，简化基因组或许有幸捕获到少数位点，但绝⼤部分会被遗漏，这对后续的研究很不利。针对质量性状或由少数主效基因控制的数量性状，简化基因组 BSA 的⽅法风险更⾼。诺⽲致源不做简化基因组的 BSA性状定位。 5、能否保证定位到的候选区域的⼤⼩和候选基因的个数？ 候选区域的⼤⼩和候选基因个数的多少，与群体的⼤⼩、亲本材料差异的⼤⼩、⽬标性状特点、测序深度的多少、分析物种的基因组⽔平等多项因素相关，因此不能给出统⼀的标准，但可以参考已完成的项⽬经验进⾏估计。 6、BSA 能否检测 SV、 CNV？ 不建议⽤ BSA 的结果检测 SV、 CNV，第⼀、测序深度不够；第⼆、 BSA ⼦代是混池样本，混池样本做⼤结构变异检测误差较⼤，且没有分析意义； 想做⼤结构变异检测，建议⽤新技术做， Bionano、三代、 10X Genomics 或者测 30X ⼆代做分析。该方法参考于2019年7月发表在《自然-通讯》（ Nature Communications ）杂志上发表了题为 Dissecting a heterotic gene through GradedPool-Seq mapping informs a rice-improvement strategy 的研究论文。 文中将F2群体不同表型均进行了混池测序，100-150个个体/池，个体平均测序深度，测序数据比对，变异检测，SNP标记筛选，统计检验-背景降噪-定位。这个降噪后分析结果看上去要比SNP-index的结果简单很多，精度也会高。如果样本足够，经费阔绰，建议可以用这个分析方法尝试一下。参考学习： 1、 BSA你真得懂了吗? 2、 BSA的原理 3、 GPS的论文 报道
需要写的，写了论文才可以拿毕业证书
本科毕业论文还是要重视，因为它关乎能否拿到毕业证和学位证。本科毕业论文需要以下内容：摘要，前言，研究对象及方法，研究结果，分析和讨论，结论，主要参考文献和致谢。另外，写完后要注意查重，重复率过高的话也不合格。
必须写啊！没有毕业论文，你本科毕业证如何拿到啊！抱了西瓜，有芝麻也要拣的，这样才是做事的正理儿！
个人觉得不冲突，比如说今年，1月8号9号考研，而毕业论文你用寒假回来剩下的3个月不到就可以完成，尤其本科论文，本身就比较简单。
程序抄书上的肯定会被检测到啊！但是论文不是有个重复率限制嘛！所以前面综述部分还是要自己花点时间写啊！程序部分在看懂程序后可以优化代码，没有这个能力或者必要就修改代码的变量名。很抱歉，回答者上传的附件已失效
不可以的，也不可以直接使用，但是可以在别人代码基础上进行修改得到属于自己的全新代码，自己也要完全理解就行了。可以借鉴借鉴，但不能全部抄的。希望可以帮到你。
程序抄书上的肯定会被检测到啊！但是论文不是有个重复率限制嘛！所以前面综述部分还是要自己花点时间写啊！
程序部分在看懂程序后可以优化代码，没有这个能力或者必要就修改代码的变量名。
这个一般是核心源码要不一样的，不然会认为你的论文造假。建议你在一些公用的代码上可以一样，就像类似的上传组件代码，因为这个就像数学公理似的。不需要解释为什么一样，但是核心代码才是体现你论文的价值部分，一定要不一样。比如数学算法，或者是使用的变成语言等。祝你好运
计算结果可以相同，最后交上去的设计文本不能雷同，起码要自己改改。还有答辩用的PPT，还是自己做一份比较好。毕竟最后一次了。
没见过这类情况，估计是不行，毕业论文都需要独立完成的，都查重呢，何况你是两个人一起，不想那些学术论文，说白了，毕业论文就像考试一样！
，对于一个拥有多年论文指导经验的我来说，这个问题绝对是有发言权的。先明确地针对题主的问题做个回答：开题报告99%的高校不会要求参与论文的查重。最后本人再根据个人经验梳理一下专本毕业论文的注意事项：一、各高校论文查重，一般查哪些部分？对于毕业生来讲，论文从定题到最后完成答辩定稿，中间陆陆续续不知道完成了多少个文件，那么论文查重究竟查哪些部分呢？首先要明确论文完成过程中一般要完成哪些内容？具体如下：开题报告、论文正文（封面、目录、摘要、引文、正文、参考文献列表、致谢）、中期报告、附录（调查问卷、翻译报告、代码附录等）。就高校而言，论文查重一般指的是论文正文参与查重，所谓论文正文主要是指从论文目录至论文参考文献列表结束，其中致谢、附录、中期报告、开题报告等等是不参与查重的。另外，有一点需要注意的是：开题报告一般不参与论文查重，但是若在论文撰写过程中，正文的部分内容若是直接复制粘贴开题报告中的，则一定要用自己的语言转述一遍，因为论文正文是要参与查重的。每年常见部分学生在论文正文撰写的过程中为了省事直接复制粘贴开题报告中的【文献综述】、【研究方法】、【创新点】、【研究方案】部分，但是在开题撰写的时候基本上都是直接复制粘贴的相关内容，这样一来就造成论文正文的重复率居高不下。二、论文查重过程中有哪些注意事项？（1）明确学校要求的查重系统、重复率要求以及查重环节流程安排；不少学生在论文撰写过程中压根不清楚学校对于论文查重的要求，直到最后参与学校查重时还迷迷糊糊，这样很容易误事的。因此在参与学校查重前一定要弄清楚学校关于查重的要求，具体如下：①学校要求的论文查重系统是哪个？一般来说目前高校对于论文查重系统的要求只有【知网、维普、万方】三者中的一个，根据学校要求选择正确的查重系统，因为不同的查重系统间，算法和资料对比库不同，其得出的查重率没有太多的参考性。②学校要求的论文合格查重率是多少？明确学校要求的论文合格的查重率，这个很重要，一般来说专本论文要求查重率是低于20%或30%以下；硕论普遍是要求低于10%以下，硕论核心章节有可能要求低于5%以下。其次有些时候，部分论文指导老师对于自己指导的论文有更为严格的查重要求，有些专本导师是因为对学术的严格要求，会让学生把自己论文重复率降至10%以下，这个同学们要自弄清楚。
学校一般允许2-3次，但你可以在外面花钱自己查啊，只要舍得花钱几次都可以。自己查重的时候很重要的一点是一定要保证论文不被泄密，千万不要把论文交给别人去查重！！！自己去选择自助查重服务，除了知网以外，其他论文检测系统都是提供自助服务的，选大品牌大品牌，比如说维普、万方、paperyy、paperpass等这些常见的，没听过的品牌千万不要选，其一是检测不准，其二是论文泄密风险很大。要想论文查重率低，一定不要怕花钱！！但凡能对外提供检测且准确率还可以的系统价格都不便宜，要有心理准备，如果实在想省一些，可以去某宝逛逛，一些品牌会找一些代理商代理自己的系统，这些会比官网便宜一点点但不会太多，一定不要贪便宜，一分钱一分货是真理！
毕业论文关系到大学毕业生是否能顺利毕业，这是学校对我们大学生的最后进行一项重要考核，也是中国大学生对自己的一个交代。校方在审核时，将有相应的步骤，论文查重是毕业论文是否合格的一步。为使学校的论文顺利通过查重，大家最好是自己先查重一遍甚至多遍论文，但由于很多同学都不太了解，所以大家最好自己先查重一遍，看看重复率如何。为了提早对论文举行检测，论文论文中删除本人的个人信息是最好的。论文查重系统一般要求每个人在上传论文论文检测时自己输入个人信息，然后付费提交论文查重程序。因为没有必要添加自己的个人信息，因为有些论文查重系统不安全，删除个人信息可以有效防止个人信息泄露。就正规的论文系统，尤其是一些主流的论文查重系统，比如权威查重系统，也是要删除个人信息，最后还是要看学校查重系统的要求。这种查重系统后台有强大的技术可以支持，其安全工作强度非常高，即使将个人数据信息通过输入到论文文档中，也会有效地提高保护用户的个人基本信息，不会恶意将大家的个人信息泄露，大家都是放心使用的。而且权威查重系统也会删除自己文献的重复率，填写自己的个人信息也可以检测自己之前发表的论文，这样就不会计算这部分的重复率了，查重结果比较准确，所以不需要删除个人信息，但具体情况也要视具体机构的规定而定。
毕业季来领，大量大学学子将要面临大学生涯的最后一关，也是最重要的一关，即是毕业论文的撰写以及查重修改，至到查重率满足学校要求便离毕业更近一步。而毕业论文的撰写对于很多大学生来说可谓是拦路虎，从选题到撰写，将要对大学所学成果进行考验，而其中最难的一关无疑是查重检测。
每年都会有高校学子因为查重率不合格而被迫拿不到学位证，因此，论文查重对于任何一个毕业生而言，都是需要十分重视的。那么如何实现在送达学校查重时能够合格呢？作为一名大四学生，在这个问题上具有大的发言权：
先找免费查重软件进行初查
在毕业论文已经差不多完成，即论文内容没有大的问题，论文字数也满足学校要求的情况下，即可先将初稿给老师看，这一次很大可能需要对论文做出大的修改，修改结束后再采用网络上各种免费的查重软件进行初步的检测。但是需要注意的一点，便是选择在网络上口碑较好，比较正规的此类查重软件。或许这类免费的查重软件的准确度是比较低的，但是也并不是全无作用，这一步从论文查出来重复的句子需要好好修改，便能够有效地降低查重率。
再采用学校提供的机会进行再次查重修改
在完成上步，即将论文的重复率最好能够降到10%以下，便先可将论文送予导师查看做出二次指导，指导结束并做好修改后，便可采用学校提高的查重机会进行论文查重。不同的学校对于论文查重机会提供这部分是不同的，大部分学校都会免费提供多次知名查重网站或者是某网的查重机会，如果学校没有提供，那么我们最好狠下心花钱买一次查重机会。
这一次查重结束后，便可按照查重文档进行修改，必要时可以购买相应的降重软件，这一步的目的就是将查重率彻底的降下来。按理说，只要将论文的重复率降到10%以下，基本上之后的知网查重就是稳稳当当。
查重率降到安全范围再提交学校
最后，完成了降重后，如果对自己的论文十分有信心，便可直接交予学校。如果内心有所顾忌和不安，最好自己自费买正规某网的查重机会。基本上，在完成上述的工作之后，论文是完全能够合格的，如果没有合格，那么就需要继续修改至到合格为止。
毕业论文的撰写和查重对每一个毕业生都是至关重要，千万不要因为心疼钱而被迫延毕或者失去学位证。
在发表这样的论文之前，最应该做的就是一定要让一些专业的人员进行查看，还有就是在这时一定要了解里面很多内容的一个正确性，这样才能够发表。