你可以按照下面的方法来解决这个问题。dit 中选 output style 选择 Edit你所选的参考文献格式，点进去后Biliography下面的layout，上面那个框框[Bibliography Number] ，在中括号后面打一个空格就好了。不想空格就删掉后面的东西。保存编辑的style 然后更新就好了。
edit——outputstyles——editACS——citations——template——直接在citation下的BibliographyNumber前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名。Endnote由Thomson Corporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。 Thomson ResearchSoft是以学术信息市场化和开发学术软件为宗旨的子公司。Thomson Corporation总部位于美国康涅狄格州的Stanford。Endnote利用Z50信息获取协议可以方便进入全世界绝大多数的文献数据库，并将连接和搜索这些数据库的信息用“Connection Files”的形式储存起来直接提供给使用者。Connection Files的设置可以自己创建或修改。EndNote库内的文献可以以4种格式导出：Rich Text Format (RTF),HTML,XML，和 plain text documents（TXT）。从而创建独立的文献集或者创建可以导入到其他数据库的参考文献。导出的文献样式由当前样式决定，当前样式可以从“Edit”菜单下的“Output Styles”或者工具栏上的样式下拉框选定。
edit——output style——选中插入文献的格式（如eidt APA 6th）。选中bibliography-layout-insert field-bibiography number ，如果想要加入中括号，则在bibiography number前后加入[]即可
这是output style的问题。如果用IEEE的output style，自动就是【1】的类型。如果你要自己设定，可以edit--output style--edit"你要设定的style",在打开来的窗口中，citation---templates中修改即可
在Word2010中，用EndNoteX6插入参考文献时，如何使正文内的文献编号自动变成上标形式？如使下图中的3个文献编号变成上标，而不需要在Word中一个一个单独进行调整。上图中所用样式为“Numbered Copy”。切换到EndNote X6的界面，进入Edit菜单下的Output Styles，点击Edit Numbered Copy。左侧点击Cittations下的Templates，右侧可以看到Citation的内容为[Bibliography Number]。选中[Bibliography Number]，点击上方的“A1”按钮，将其更改为上标模式。点击右上角的关闭按钮退出Style的编辑模式，会弹出对话框提示是否保存更改。点击“是”保存更改。最后切换到Word2010的界面。进入EndNote X6的菜单，随便换一个Style，然后再换回成Numbered Copy。
在Word2010中，用EndNoteX6插入参考文献时，如何使正文内的文献编号自动变成上标形式？如使下图中的3个文献编号变成上标，而不需要在Word中一个一个单独进行调整。上图中所用样式为“Numbered Copy”。切换到EndNote X6的界面，进入Edit菜单下的Output Styles，点击Edit Numbered Copy。左侧点击Cittations下的Templates，右侧可以看到Citation的内容为[Bibliography Number]。选中[Bibliography Number]，点击上方的“A1”按钮，将其更改为上标模式。点击右上角的关闭按钮退出Style的编辑模式，会弹出对话框提示是否保存更改。点击“是”保存更改。最后切换到Word2010的界面。进入EndNote X6的菜单，随便换一个Style，然后再换回成Numbered Copy。
你改style就行了。比如ieee的style就是 正常的数字[1]
综述：所有文献导入以后，全选，按ctrl+shift+F9，输入法选择英文格式自己编辑就行。EndNote 快捷工具嵌入到Word 编辑器中，您可以很方便地边书写论文边插入参考文献，书写过程中您不用担心插入的参考文献会发生格式错误或连接错误。主要功能：在线搜索文献：直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内。建立文献库和图片库：收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格。参考资料来源：百度百科 - endnote
edit——output styles——edit ACS——citations——template——直接在citation下的Bibliography Number前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名即可
Endnote参考文献序号变成11,22,33原因是因为插入的文献序号混乱。可以打开EndNote，依次打开「Edite」→「OutputStyles」→「EditNanotechnology」，找到「Citations」→「SortOrder」，选择「SameasBibliography」，然后找到「Bibliography」→「SortOrder」，选择「Orderofappearance」，然后保存为新的格式，如「NanotechnologyCopy」，然后利用新的OutputStyle「NanotechnologyCopy」，然后就不会有这样的情况了。
步骤如下,请参考: 1安装好ENDNOTE X6之后，在word菜单选项卡中会多出一项，EndNote X2编辑一段文字（随意摘取的网页片段），例如我们要在红色字体后添加一篇文献3将光标放置在红色字体之后，选择style菜单项，选择Numbered4这一项也要看自己需要的是那中格式的引用，EndNote提供了多种可供选择，点击STYLE即可查看：5然后点击选项卡中Insert Citation菜单：6弹出对话框，在参考文献列表中，找到自己需要的文献，这要求你之前将文献参考目录导入EndNote中（关于怎么导入请参阅另一个经验),提供了多种检索方式，例如：年份，作者题目等等，这对于有大量文献的情况会比较有用。7选择好之后点击Insert，可以看到文献已经插入到文章中指定位置，参考文献列表在文章的末尾：8如果发现引用错误，可以删除重新插入，也可以编辑修改，点击Edit & Manage Citations9除此之外，EndNote还有很多使用方法，需要大家探索，使用是学习最好的过程了。
Edit → Output Styles → Open Styles Manager…→ 找到一种较接近的参考文献目录格式，进行修改（Edit 按扭）。注意：1、在Citations → Templates 点击后，Bibliography Number要加左右方括号，注意是上标，还是不是上标。2、关键的是Bibliography → Templates 点击后, 有“Journal Article”、“Book”、“Book Section”、“Generic”等一系列值。要小心地反复调整。下面这些是比较好修改成常见的中文参考文献格式的：[1] 郭慧芳, 谢艳飞, 谢艳飞, 杜正文 不同稻螟发生区螟卵寄生蜂的自然寄生作用 中国生物防治, 2002, 18(1): 13-如 : J Adolescent Health Copy (Category属于Medicine)J Human Hypertension Copy (Category属于Medicine)J Human Lactation Copy (Category属于Medicine)J Inteferon Cytokine Res Copy (Category属于Biology)J Laparoendo Adv Surg Tech Copy (Category属于Biology)修改好后，在File → Save As 另存为一个格式， 如：“中文常用格式”。OK！在WORD 中插入文献中前 / 时 / 后，均可点击“Format Bibliography”，在“With Output”中选择我们刚才自定义的“中文常用格式”， “Temprorary citation delimiters”的“Left”方框中输入左方框号，在“Right”方框中输入右方框号。“确定”，即可！