中科院一区和JCR一区的最显著区别就是分区标准不同。SCI分区的主要标准是期刊的影响因子，两种分区的标准都是主要依据刊物的影响因子来划分的，不同之处在于分区的标准不同，JCR一区为影响因子前25%的期刊，中科院分区则是前5%为一区，从这个标准来看，中科院分区对期刊的划分标准更高一些。除了影响因子标准范围的不同，中科院分区是基于各专业期刊三年平均IF排名，而JCR分区是基于各个专业刊物当年的IF排名，再就是中科院是将刊物按照梯度划分，JCR分区则是平均划分，这是同一分区按照两类划分标准，所划分出的刊物有很大差别的主要原因，假设有100本期刊，按JCR分区法有25本是一区，按中科院分区法只有5本是一区。
中科院一区和JCR一区的最显著区别就是分区标准不同。SCI分区的主要标准是期刊的影响因子，两种分区的标准都是主要依据刊物的影响因子来划分的，不同之处在于分区的标准不同，JCR一区为影响因子前25%的期刊，中科院分区则是前5%为一区，从这个标准来看，中科院分区对期刊的划分标准更高一些。除了影响因子标准范围的不同，中科院分区是基于各专业期刊三年平均IF排名，而JCR分区是基于各个专业刊物当年的IF排名，再就是中科院是将刊物按照梯度划分，JCR分区则是平均划分，这是同一分区按照两类划分标准，所划分出的刊物有很大差别的主要原因，假设有100本期刊，按JCR分区法有25本是一区，按中科院分区法只有5本是一区。
因为JCR是Q4均分法，也就是按照25%一栏的分区方式。而中科院分区不一样，他采用的是大类套小类的分区方式，先分大区，然后再看小区，突出一个顶端优势。每个大类前5%的期刊设定为一区期刊，同时为了增加TOP期刊的容量，一区期刊都是TOP。而二区期刊不仅仅要看影响因子，还要看引用频次，在小区内的影响力，所以即便影响因子高，也未必是TOP（引用频较高的前10%的期刊，会被列为TOP）。附上中科院期刊分类说明：_shtml
目前SCI核心库加上扩展库（网络版）有6000余种期刊，SCI库的期刊质量和影响力存在很大的差距，尤其是不同学科之间的SCI期刊，很难进行比较和评价。为了更科学地对学术期刊进行评价，对科研人员的工作业绩进行合理考核，中国科学院文献情报中心将JCR（《期刊引用报告》）公布的6000余种期刊分为13大类，在每一类期刊中根据期刊的影响因子及被引频率等指标分成四个区，期刊档次由高到低排列，其中第一区期刊加上第二区少量期刊，被界定为顶级刊物。
Web of Science中，检索到论文的信息后，其中点击“查看期刊信息 ”，有的会显示对于该期刊的不同“JCR® 类别”，而对应的“JCR分区”显示如Q2， Q3也是不同的。大部分学校都不看JCR的分区，而是参照中科院分区。
目前SCI核心库加上扩展库（网络版）有6000余种期刊，SCI库的期刊质量和影响力存在很大的差距，尤其是不同学科之间的SCI期刊，很难进行比较和评价。为了更科学地对学术期刊进行评价，对科研人员的工作业绩进行合理考核，中国科学院文献情报中心将JCR（《期刊引用报告》）公布的6000余种期刊分为13大类，在每一类期刊中根据期刊的影响因子及被引频率等指标分成四个区，期刊档次由高到低排列，其中第一区期刊加上第二区少量期刊，被界定为顶级刊物。
不一样的：中科院是中国中科院制定的，JCR是英加合资跨国集团Thomson Reuters 公司制定的分区（汤森路透分区）；两个分区制作者都有点弱智，汤森路透它平均切成四块，每块25%；中科院自以为聪明，一区：前5%；二区：6%~20%；三区：21%~50%；四区：51%~100%。其实这俩都不太科学。你们上学评优，有没有遇到过25%得优，或者5%得优；还有中科院居然把一半归为四区差不多下等了，大家想想就知道这两个都不合理对不对？比较正常的，10%优等一区；20%上等二区；30%中等三区；剩余40%四区可归到不太上手的那部分；其实中等在现实中占大多数，所以还可以在30%基础上再加一点而四区的40%可以减少一点都没问题。其他信息网上都有，我就不废话了，大家觉得我的建议合理的话左下角支持一下，谢谢！
分区的方法：一区刊：各类期刊三年平均影响因子的前5%，二区刊：前6%～20%，三区刊：前21%～50%，四区刊：后51%～100%
Web of Science中，检索到论文的信息后，其中点击“查看期刊信息 ”，有的会显示对于该期刊的不同“JCR® 类别”，而对应的“JCR分区”显示如Q2， Q3也是不同的。大部分学校都不看JCR的分区，而是参照中科院分区。