首先选论文题目就是第一个难题，其次是查文献，论文写作过程中也会遇到问题，然后是论文的查重，论文的答辩
写论文首先要有实验结论。然后再有根据进行论证。
开始一定是选题困难，选完题目以后的难题就是构造论文整体框架，即列提纲，然后就是要用简洁明了的语言准确表述自己的观点，对于不怎么熟悉word的同学还会存在格式问题，最后是参考文献选择问题。
论文格式不规范。文章层次不清,绪论、本论、结论标示不明显,小标题混乱,甚至缺失内容摘要关键词,没有任何注释和参考文献,而这些问题只要在定稿时稍加调整是不难解决的。
首先开题报告，先要搜集文献，定一下自己的题，因为自己要选的必须是和别人不一样，而且要特别的有东西可写，可以写一个企业，分析他的所作所为，找一些策略之类的。如果碰到一个非常好的导师，还可以指导，但是如果不负责任的导师，想要结束这个毕业论文，真的是非常难。在开题报告确定以后，就是写论文了。就算熬夜写起来了，但是还是要查重，查重挺蛮烦的，某宝的查重软件也挺贵的，所以查一次，三分之一的生活费就没了，然后还等学校查重。最后我们还要答辩，一次过不了就要二辩，所以，庆幸我一辩过了。
可以问问你的导师啊
没有规定必须一起写，况且三个问题是三个不同的方面，困惑是指论文中出现的有待解决的问题，思考是指在论文实践中引发的思考，可以分开写。
不容易，幸好挺过来了
写论文的时候遇到的最大的困难就是文献的收集吧，要查很多能够佐证自己论点的资料。
遇到的困难还挺多的，很多专业知识我都不怎么会，还要论文格式我也不会。
(一)选题不准，内容偏离专业要求 有的选题过于宽泛，论题过大，超越了学生的驾驭能力，写作时面面俱到，内容空洞，论述肤浅;有的选题过于狭窄，缺乏气度，达不到综合训练的目的，论述拖泥带水，颠三倒四;有的根据个人嗜好选题，文章内容偏离专业要求，结果是“种了别人的地荒了自己的田”。 (二)进度不匀，写作过程前松后紧 部分学生论文写作没有计划，想到一点就写一点，指导教师也缺乏督促的依据，面对这样的学生只能无可奈何，有的学生甚至临到答辩前夕，才匆匆完稿。连消化论文准备答辩的时间都难以保证。但木已成舟，重新写作势必影响学生正常毕业。在这样一种情势之下，答辩时学生仓促上阵，严重影响答辩质量，最终导致少数学生只能草草过关。 (三)把关不严，抄袭现象时有发生 少数学生对待论文不求优秀，只求通过的思想比较严重，在这种指导思想支配之下，他们往往在论文写作过程中东拼西凑，敷衍了事，大段大段抄袭他人文章，稍作改头换面，权充毕业论文上交。产生这些现象固然与少数学生急功近利思想有关，与个别指导教师责任心不强有关，但更与师生之间缺乏相互约束的制度有关。 (四)监控不力，写作指导呈现无序 由于缺乏统一的制度文本规范指导教师的行为，在论文指导上出现了“你敲你的锣，我唱我的调”现象，一个老师一个指导法。论文进度如何，教师在指导中投入了多少精力，教学主管部门和专业责任教师无法实施有效监控，导致写作指导呈现无序状态，指导质量的高低很大程度上取决于教师个人的职业道德和敬业精神。 优秀毕业论文范文赏析：个人信息法律保护的法理学研究 摘 要 个人信息成为目前重要的社会内容，其承载的权利内容密切关系到人类的生存和发展，其保护成为了人类权利保护上的一个基本内容，从法理学的角度上来说，个人信息保护最终体现的是对人权的保护。因此对人权保护所包含的内涵以及发展必然性的角度来说，实现对个人信息法律保护具有十分重要的现实意义。 关键词 人权保护,个人信息权,法律保护,实有权利 伴随着信息社会的不断发展深入，个人信息成为目前重要的社会内容，其承载的内容密切关系到人类的生存和发展，其保护成为了人类权利保护上的一个基本内容，个人信息目前在社会上的重要意义是显而易见的，信息受到侵害而产生的严重后果也不可估量，而从法理学的角度上来说，个人信息保护最终体现的是对人权的保护。因此对人权保护所包含的内涵以及发展必然性的角度来说，实现对个人信息法律保护具有十分重要的现实意义。
不知道你写的是本科的还是研究生的论文，那如果是研究生的论文，我觉得论文的难点主要在文献综述。有很多的学生写论文的时候，喜欢把所看的文献的一些点罗列出来，而不是把它归纳出来。所以文献综述真的很重要，也很难要多看文献，多找出相同的观点，多总结。
论文的难点通常就是它的创新点，也就是闪光点。毕竟论文最可贵的是创新。所以，一旦你找到了一个很好的idea，通常已经成功了一半了。而具体到论文的“写作”，最难的是把自己的创新点准确、完整地表达出来。对于别人已有的成果，你一般可以比较容易地进行阐述，因为这些是别人已经讲过的。而对于自己的东西，想要把自己心中最核心的原创思想用语言将给别人听，往往不是件容易的事。你可以多看看别人的优秀论文，看他们是如何阐述自己的核心思想的。以上只是对于论文最难的地方讲一讲，其实论文的写作是一个复杂的系统工程，其中的难点不止一处。总而言之，多写，多看，还要多想，相信总有一天能写出一篇高质量的论文的。以上是我的原创，希望对你有用！