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神经最新研究热点论文

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神经最新研究热点论文

浅谈基础医学专业神经生物学教学体会

无论是在学校还是在社会中,大家都经常看到论文的身影吧,论文是指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章。怎么写论文才能避免踩雷呢?下面是我为大家整理的浅谈基础医学专业神经生物学教学体会论文,仅供参考,欢迎大家阅读。

论文摘要: 基础医学专业是首都医科大学的新设专业,目的在于培养具有从事基础医学教育和科学研究能力的高级专门人才。神经生物学是一门新兴的交叉学科,是基础医学专业学生的必修课程。本文总结了近年来在基础医学专业神经生物学教学中的体会和经验。旨在进一步提高教学效果。

论文关键词: 基础医学专业;神经生物学;教学效果

神经生物学是一门涉及解剖学、生理学、病理学、心理学等知识的交叉学科,以研究人体大脑奥秘为主,在20世纪后期得到迅速发展,已成为引领当代生命科学革命的学科之一。我国在《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006~2020年)》中将“脑科学与认知科学”列入重点发展项目之中。2013年美国公布了推进创新神经技术脑研究计划,简称“脑计划”,神经科学进入了前所未有的快速发展时期。

首都医科大学于1997年开始神经生物学教学工作,主要面向临床医学七年制本科生和五年制本科生。2007年,首都医科大学开设了基础医学专业,神经生物学是该专业学生的必修课程。本文总结了近年来在基础医学专业神经生物学教学中的经验,现介绍如下。

1.精选课程内容

我校基础医学专业的定位是培养具有从事基础医学教育和科学研究能力的高级专门人才。由于该专业和临床医学专业的培养目标不同,因此课程内容也需相应调整。在教学内容上,应选择最新出版、且涵盖最新研究成果的教材,确保基础医学专业学生能够接受到最新的知识信息。我校基础医学专业学生所用的教材是第三版的(

我校神经生物学学科属于国家重点学科,研究领域涉及神经变性病、抑郁症、脑卒中和神经损伤与修复等。鉴于基础医学专业学生将来主要从事科研工作,因此教学时应注重研究方法的讲述。如在讲授“精神系统疾病”章节时涉及抑郁症,就要向学生介绍抑郁症动物模型的制备方法及评判标准,使学生对抑郁症的研究方法有初步了解,对将来从事精神疾病方面的研究有所帮助;同样,在讲授“运动的调控机制”章节时,涉及一种常见的神经变性病-- 帕金森病,教师需要向学生讲解该疾病动物模型的制备方法及研究方法。通过上述教学,使学生在潜移默化中掌握神经科学研究方法,为将来的研究工作奠定基础。

2.培养学生科研思维

神经生物学是一门实践性很强的学科。教师在教学中,要对推动神经生物学发展的经典实验进行系统讲解,详细回顾当年的知识背景和技术水平,科学家在当时的条件下如何发现科学问题。采用哪种研究方法和技术手段解决这些科学问题。这样有助于激发学生对科学研究的兴趣,培养学生发现问题和解决问题的能力,使其初步形成科研思维。

神经生物学是一门与实验密切相关的学科。培养学生动手能力,分析、解决问题能力是培养基础医学专业科研思维的重要组成部分。传统实验教学完全忽视了对学生科研创新能力的培养。因此,我院针对基础医学专业学生开设了实验神经科学课程,另外安排l2学时让学生充分参与我院各课题组科学实验,自由选择小课题,每人完成一个小实验。通过上述方法,加强了学生对神经科学研究方法的理解,提高了学生的'科研思维能力及动手能力。

3.精选教学方法

传统的课堂教学方法是按照先行教学计划和规定时间,由一名教师对众多学生面对面讲授某学科知识,而这不利于发挥学生主动性和自觉性,影响了教学效果。

教学是一种以问题为导向的教学方法。PBL医学教学以问题为基础,以医学生为主体,以小组讨论为形式,在指导教师参与下,围绕某一医学专题或具体病例的诊治进行讨论研究。1969年,美国神经病学教授Barrows在加拿大麦克马斯特大学首先将PBL教学法引入医学教育领域 .PBL教学法逐渐受到各国关注,已成为我国医学教育改革的热点。

在基础医学专业神经生物学教学中使用PBL教学法,如在讲授帕金森病时,概念以常规方法进行教授,发病机理和治疗方法以PBL教学法进行教授。首先指导学生针对这一疾病进行相关资料查询,安排学生汇总帕金森病的流行病学、发病机理、临床症状和治疗等资料,然后分组讨论,教师最后进行总结和提炼。分析近年来学生期末考试成绩,笔者发现PBL教学法极大地提高了课堂教学效果和学生考试成绩。

4.注重双语教学

在基础医学专业神经生物学教学中采用规范的双语教学,可为学生打下扎实的专业外语基础。调查显示,多数学生及教师认为双语教学有助于提高其专业英语能力,也有利于提高整体外语水平Ⅲ。由于基础医学专业学生将来主要从事教学和科研工作,查阅文献和参加国际交流需要良好的外语能力,双语教学已是大势所趋。

神经生物学涉及大量学科知识,内容繁杂。因此,神经生物学双语教学对教师和学生都是极大的挑战。教师不仅要掌握大量的专业词汇,而且还要发音正确,只有这样才能保证双语教学的准确性。双语教学不是一蹴而就的,要循序渐进。在教学中,中英文教学比例要适当,开始授课时,可先学习关键名词的专业英语,再学普通名词,让学生慢慢适应双语教学。对于重点内容,采取英文讲解、中文总结的方式,强化学生记忆,巩固学生对知识的掌握。

5.提高课件制作质量

多媒体课件是现代化教育技术的重要组成部分,可使抽象难懂的医学知识直观而形象。针对基础医学专业学生,课件中新的概念和名词后要加注英文,通过中英文对照,增加学生专业英语词汇量。课件文字尽量做到言简意赅,避免教学内容枯燥空洞。在 片的选择上,遵循直观易懂和动漫通俗的原则,努力将复杂问题简单化、抽象问题直观化、整体问题分解化和静止知识动态化在课件中插入ffj关视频,展示文、图、声、像并茂的特点,多层次、多角度地呈现教学内容问。在讲解突触传递时,可利用动画演示突触茸膜释放神经递质,从而引起突触后电位的过程,使枯燥的知识变得生动有趣;在讲解帕金森病时,通过视频播放帕金森病人和帕金森动物模型大鼠发病时的行为表现,使学生对该疾病有直观认识;在讲解大脑中枢神经系统脑室分布图时,可通过多媒体课件展示大脑不同断面图片以及三维立体脑旋转图,将抽象难懂的知识形象化,便于学生理解和掌握

6.结语

目前,我校针对基础医学专业神经生物学教学才刚开始,教学内容还需进一步规范,教学重难点还需进一步统一,还需在实践中慢慢摸索。加强基础医学专业神经生物学的教学研究,不仅有利于提高教学效果,也有助于提高学生科研素质,从而提升我校神经生物学学科的竞争力。

参考文献:

雪妍。三结合课堂教学方法研究叨。中国大学教学,2011(7):

惠雪枫,李小记,杨玲,等。PBL教学法在神经解剖学教学中的应用实践[J】_中国高等医学教育,2008(3):

【3】唐亚平,刘燕平,杨宏宝。当前医学教育中PBL教学法的不足与对策。时珍国医国药,2008,19(5):

【4】许继德,李建华,卢佳怡,等。临床医学本科生理学双语教学的实践与思考叨。山西医科大学学报,2005,7(1):

林丽,任安,袁文俊。八年制医学生生理学双语教学初探[J】I西北医学教育,2007,15(5):

【6】李玉子。浅谈多媒体技术在内科学教学中的应用[J】_中国高等医学教育,2006,27(12):

从简单地剪切致病基因,到开发出不再传播疾病的工程动物,基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。随着研究的深入,科学界还发现,除了编辑具有遗传讯息的DNA片段,编辑RNA可以在不改变基因组的情况下,帮助调整基因表达方式,此外,RNA的寿命是相对短暂的,这也意味着它的变化是可以逆转的,从而避免基因工程中的巨大风险。

2017年10月,来自Broad研究所的张锋研究团队在《自然》期刊上发表了题为“RNA targeting with CRISPR-Cas13”的文章,首次将CRISPR-Cas13系统公之于众,证实了CRISPR-Cas13可以靶向哺乳动物细胞中的RNA。仅仅时隔三周,又一篇名为“RNA editing with CRISPR-Cas13”的力作发表于《科学》期刊。在该研究中,张锋研究团队再次展示了这一RNA编辑系统,能有效地对RNA中的腺嘌呤进行编辑。

在CRISPR出现之前,RNAi是调节基因表达的理想方法。但是Cas13a酶一大优势在于更强的特异性,而且这种本身来自细菌的系统对哺乳动物细胞来说,并不是内源性的,因此不太可能干扰细胞中天然的转录。相反,RNAi利用内源性机制进行基因敲除,对本身的影响较大。但CRISPR-Cas13系统还有一个重要的问题,Cas13a酶本质上是一种相对较大的蛋白质,因此很难被包装到靶组织中,这也可能成为RNA编辑技术临床应用的一大障碍。

2018年3月16日,一项发表在《细胞》期刊的重磅成果为RNA编辑技术带来一大步飞跃,来自美国Salk研究所的科学家利用全新的CRISPR家族酶扩展了RNA编辑能力,并将这个新系统命名为“CasRx”。

CasRx(品红色)在人类细胞核中靶向RNA(灰色),Salk研究所

“生物工程师就像自然界的侦探一样,在DNA模式中寻找线索来帮助解决遗传疾病。CRISPR彻底改变了基因工程,我们希望将编辑工具从DNA扩展到RNA。”研究领导者Patrick Hsu博士表示,“RNA信息是许多生物过程的关键介质。在许多疾病中,这些RNA信息失去了平衡,因此直接靶向RNA的技术将成为DNA编辑的重要补充。”

除了高效性且无明显脱靶效应,新系统的一个关键特征是其依赖于一种比以前研究中物理尺寸更小的酶。 这对RNA编辑技术至关重要,这使得该编辑工具能够更容易被包装到病毒载体,并进入细胞进行RNA编辑。来自东京大学的科学家Hiroshi Nishimasu并未参与这项研究,他表示:“在这项研究中,研究人员发现了一种较Cas13d更加‘紧凑’的酶CasRx。从基础研究到治疗应用,我认为CasRx将成为非常有用的工具。”

此外,在这项研究中,研究人员还展示了利用这种新型RNA编辑系统来纠正RNA过程的能力。他们将CasRx包装到病毒载体中,并将其递送到利用额颞叶痴呆(FTD)患者干细胞中培养的神经细胞,最终使tau蛋白水平恢复到健康水平上,有效率达到80%。

Patrick Hsu博士最后说道:“基因编辑技术通过对DNA的切割带来基因序列的改变。在经过基因编辑的细胞中,其效果是永久的。虽然基因编辑技术能够很好地将基因完全关闭,但对调节基因的表达上并不那么优秀。展望未来,这一最新工具将在RNA生物学研究中发挥重要作用,并有望在未来凭借该技术对RNA相关疾病进行治疗。”

该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默。

3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默,证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性,通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向Pscsk9的sgRNA到小鼠肝脏,有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比,Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96%,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比,Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低Pten的质粒、尾静脉注射敲低Pcsk9的AAV8病毒、眼部注射敲低Vegfa的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到Pten基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调,Pcsk9下调造成血清胆固醇下调;Vegfa下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。

2020年3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向 Pten 基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了 Pten 的高效沉默, 证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性, 通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向 Pscsk9 的sgRNA到小鼠肝脏, 有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平 。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也 探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低 Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积**,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比, Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96% ,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比, Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的 ,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性 。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低 Pten 的质粒、尾静脉注射敲低 Pcsk9 的AAV8病毒、眼部注射敲低 Vegfa 的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到 Pten 基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调, Pcsk9 下调造成血清胆固醇下调; Vegfa 下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。

图1 CasRx介导的 Pten 体内体外的下调( Protein & Cell )

A.质粒示意图;B.N2a细胞中 Pten 的下调;C.Western检测PTEN及AKT的表达; D.CasRx与shRNA脱靶比较;E.尾静脉注射质粒示意图;F.G.H.免疫荧光,qPCR,western分别检测 Pten 及p-AKT的表达

图2 血清胆固醇的调节以及 Pcsk9 的可逆调控( Protein & Cell )

A.针对 Pcsk9 的AAV8病毒注射示意图;B.肝组织中 Pcsk9 的表达量;C.血清 PCSK9 的表达量;D.血清胆固醇水平;E.F.血清ALT和AST的测定;G.可逆调节注射示意图; H. Pcsk9 的动态调控。

图3 AAV介导CasRx减少了AMD小鼠模型中CNV的面积(National Science Review)

A.小鼠和人序列比较以及sgRNA示意图;B.C.在293T和N2a细胞中敲低 Vegfa ;D.VEGFA蛋白的表达;E.AAV病毒质粒示意图;F.实验流程图;G.CasRx的mRNA表达水平;H.I.激光烧伤之前或之后7天的 Vegfa mRNA水平;J.CNV诱导3天后的VEGFA蛋白水平;K.激光烧伤7天后,用PBS或AAV-CasRx- Vegfa 注射的代表性CNV图像;L.M.CNV面积统计。

2020 年 4 月 8 日, Cell 期刊在线发表了题为 《Glia-to-Neuron Conversion by CRISPR-CasRx Alleviates Symptoms of Neurological Disease in Mice》 的研究论文,该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室 杨辉 研究组完成。

该项研究通过运用最新开发的 RNA 靶向 CRISPR 系统 CasRx 特异性地在视网膜穆勒胶质细胞中敲低 Ptbp1 基因的表达,首次在成体中实现了视神经节细胞的再生,并且恢复了永久性视力损伤模型小鼠的视力。同时,该研究还证明了这项技术可以非常高效且特异地将纹状体内的星形胶质细胞转分化成多巴胺神经元,并且基本消除了帕金森疾病的症状。该研究将为未来众多神经退行性疾病的治疗提供一个新的途径。

人类的神经系统包含成百上千种不同类型的神经元细胞。在成熟的神经系统中,神经元一般不会再生,一旦死亡,就是永久性的。神经元的死亡会导致不同的神经退行性疾病,常见的有阿尔兹海默症和帕金森症。此类疾病的病因尚不明确且没有根治的方法,因此对人类的健康造成巨大威胁。据统计,目前全球大约有 1 亿多的人患有神经退行性疾病,而且随着老龄化的加剧,神经退行性疾病患者数量也将逐渐增多。

在常见的神经性疾病中,视神经节细胞死亡导致的永久性失明和多巴胺神经元死亡导致的帕金森疾病是尤为特殊的两类,它们都是由于特殊类型的神经元死亡导致。我们之所以能看到外界绚烂多彩的世界,是因为我们的眼睛和大脑中存在一套完整的视觉通路,而连接眼睛和大脑的神经元就是视神经节细胞。

作为眼睛和大脑的唯一一座桥梁,视神经节细胞对外界的不良刺激非常敏感。研究发现很多眼疾都可以导致视神经节细胞的死亡,急性的如缺血性视网膜病,慢性的如青光眼。视神经节细胞一旦死亡就会导致永久性失明。据统计,仅青光眼致盲的人数在全球就超过一千万人。

帕金森疾病是一种常见的老年神经退行性疾病。它的发生是由于脑内黑质区域中一种叫做多巴胺神经元的死亡,从而导致黑质多巴胺神经元不能通过黑质-纹状体通路将多巴胺运输到大脑的另一个区域纹状体。目前,全球有将近一千万人患有此病,我国尤为严重,占了大约一半的病人。 如何在成体中再生出以上两种特异类型的神经元,一直是全世界众多科学家努力的方向。

该研究中,研究人员首先在体外细胞系中筛选了高效抑制 Ptbp1 表达的 gRNA,设计了特异性标记穆勒胶质细胞和在穆勒胶质细胞中表达 CasRx 的系统。所有元件以双质粒系统的形式被包装在 AAV 中并且通过视网膜下注射,特异性地在成年小鼠的穆勒胶质细胞中下调 Ptbp1 基因的表达。

大约一个月后,研究人员在视网膜视神经节细胞层发现了由穆勒胶质细胞转分化而来的视神经节细胞,并且转分化而来的视神经节细胞可以像正常的细胞那样对光刺激产生相应的电信号。

研究人员进一步发现,转分化而来的视神经节细胞可以通过视神经和大脑中正确的脑区建立功能性的联系,并且将视觉信号传输到大脑。在视神经节细胞损伤的小鼠模型中,研究人员发现转分化的视神经细胞可以让永久性视力损伤的小鼠重新建立对光的敏感性。

为进一步发掘 Ptbp1 介导的胶质细胞向神经元转分化的治疗潜能,研究人员证明了该策略还能特异性地将纹状体中的星形胶质细胞非常高效的转分化为多巴胺神经元,并且证明了转分化而来的多巴胺神经元能够展现出和黑质中多巴胺神经元相似的特性。

在行为学测试中,研究人员发现这些转分化而来的多巴胺神经元可以弥补黑质中缺失的多巴胺神经元的功能,从而将帕金森模型小鼠的运动障碍逆转到接近正常小鼠的水平。

需要指出的是,虽然科学家们在实验室里取得了重要进展,但是要将研究成果真正应用于人类疾病的治疗,还有很多工作要做:人类的视神经节细胞能否再生?帕金森患者是否能通过该方法被治愈?这些问题有待全世界的科研工作者共同努力去寻找答案。

(上)CasRx 通过靶向的降解 Ptbp1 mRNA 从而实现 Ptbp1 基因表达的下调。

(中)视网膜下注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将视网膜穆勒胶质细胞转分化为视神经节细胞,转分化而来视神经节细胞可以和正确的脑区建立功能性的联系,并且提高永久性视力损伤模型小鼠的视力。

(下)在纹状体中注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将星形胶质细胞转分化为多巴胺神经元,从而基本消除了帕金森疾病模型小鼠的运动症状。

RNA-editing Cas13 enzymes have taken the CRISPR world by storm. Like RNA interference, these enzymes can knock down RNA without altering the genome , but Cas13s have higher on-target specificity. New work from Konermann et al. and Yan et al. describes new Cas13d enzymes that average only 2.8 kb in size and are easy to package in low-capacity vectors! These small, but mighty type VI-D enzymes are the latest tools in the transcriptome engineering toolbox.

Microbial CRISPR diversity is impressive, and researchers are just beginning to tap the wealth of CRISPR possibilities. To identify Cas13d, both groups used very general bioinformatic screens that looked for a CRISPR repeat array near a putative effector nuclease. The Cas13d proteins they identified have little sequence similarity to previously identified Cas13a-c orthologs, but they do include HEPN nuclease domains characteristic of the Cas13 superfamily. Yan et al. proceeded to study orthologs from Eubacterium siraeum (EsCas13d) and Ruminococcus sp. (RspCas13d), while Konermann et al. characterized orthologs from “Anaerobic digester metagenome” (AdmCas13d) and Ruminococcus flavefaciens (nicknamed CasRx), as well as EsCas13d.

Like other Cas13 enzymes, the Cas13d orthologs described in these papers can independently process their own CRISPR arrays into guide RNAs. crRNA cleavage is retained in dCas13d and is thus HEPN-independent. These enzymes also do not require a protospacer flanking sequence, so you can target virtually any RNA sequence ! In bacteria, Cas13d-mediated cleavage promotes collateral cleavage of other RNAs. As with other Cas13s, this collateral cleavage does not occur when Cas13d is expressed in a mammalian system.

Since Cas13d is functionally similar to previously discovered Cas13 enzymes - what makes these orthologs so special? The first property is size - Cas13d enzymes have a median length of ~930aa - making them 17-26% smaller than other Cas13s and a whopping 33% smaller than Cas9! Their small size makes then easy to package in low-capacity vectors like AAV, a popular vector due to its low immunogenicity. But these studies also identified other advantages, including Cas13d-specific regulatory proteins and high targeting efficiency, both of which are described below.

The majority of Type VI-D loci contain accessory proteins with WYL domains (named for the three conserved amino acids in the domain). Yan et al. from Arbor Biotechnologies found that RspCas13d accessory protein RspWYL1 increases both targeted and collateral RNA degradation by RspCas13d. RspWYL1 also increased EsCas13d activity, indicating that WYL domain-containing proteins may be broader regulators of Cas13d activity. This property makes WYL proteins an intriguing counterpart to anti-CRISPR proteins that negatively modulate the activity of Cas enzymes, some of which are also functional in multiple species (read Arbor Biotechnologies' press release about their Cas13d deposit here ).

Not all Cas13d proteins are functional in mammalian cells, but Konermann et al. saw great results with CasRx and AdmCas13d fused to a nuclear localization signal (NLS). In a HEK293 mCherry reporter assay, CasRx and AdmCas13d produced 92% and 87% mCherry protein knockdown measured by flow cytometry, respectively. Cas13d CRISPR array processing is robust, with CasRx and either an unprocessed or processed gRNA array (22 nt spacer with 30 nt direct repeat) mediating potent knockdown. Multiplexing from the CRISPR array yielded >90% knockdown by CasRx for each of four targets, including two mRNAs and two nuclear long non-coding RNAs.

One interesting twist to Cas13d enzymes is their cleavage pattern: EsCas13d produced very similar cleavage products even when guides were tiled across a target RNA, indicating that this enzyme does not cleave at a predictable distance from the targeted region. Konermann et al. show that EsCas13d favors cleavage at uracils, but a more detailed exploration of this cleavage pattern is necessary.

Konermann et al. compared CasRx to multiple RNA regulating methods: small hairpin RNA interference, dCas9-mediated transcriptional inhibition (CRISPRi), and Cas13a/Cas13b RNA knockdown. CasRx was the clear winner with median knockdown of 96% compared to 65% for shRNA, 53% for CRISPRi, and 66-80% for other Cas13a and Cas13b effectors. Like previously characterized Cas13 enzymes, CasRx also displays very high on-target efficiency; where shRNA treatment produced 500-900 significant off-targets, CasRx displayed zero. Unlike Cas9, for which efficiency varies widely across guide RNAs, each guide tested with CasRx yielded >80% knockdown. It seems that CasRx may make it possible to target essentially any RNA in a cell.

Since catalytically dead dCasRx maintains its RNA-binding properties, Konermann et al. tested its ability to manipulate RNA species through exon skipping. Previous CRISPR exon-skipping approaches used two guide RNAs to remove a given exon from the genome, and showed success in models of muscular dystrophy . In this case, Konermann et al. targeted MAPT , the gene encoding dementia-associated tau, delivering dCasRx and a 3-spacer array targeting the MAPT exon 10 splice acceptor and two putative splice enhancers. After AAV-mediated delivery to iPS-derived cortical neurons, dCasRx-mediated exon skipping improved the ratio of pathogenic to non-pathogenic tau by nearly 50%, showing proof-of-concept for pre-clinical and clinical applications of dCasRx.

The identification of Type VI Cas13d enzymes is another win for bioinformatic data mining. As we continue to harness the natural diversity of CRISPR systems, only time will tell how large the genome and transcriptome engineering toolbox will be. It is, however, certain that the impact of CRISPR scientific sharing will continue to grow, and we at Addgene appreciate our depositors for making their tools available to the broader community.

References

Konermann, Silvana, et al. “Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors.” Cell (2018) pii: S0092-8674(18)30207-1. PubMed PMID: 29551272

Yan, Winston X., et al. “Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein.” Mol Cell. (2018) pii: S1097-2765(18)30173-4. PubMed PMID: 29551514

\1. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors

\2. CRISPR genetic editing takes another big step forward, targeting RNA

\3. How Editing RNA—Not DNA—Could Cure Disease in the Future

[ https://www.obiosh.com/kyfw/zl/aav/209.html](

最新经济学热点论文题目

想要写出一篇具有吸引力的宏观经济学论文,首先得有个好的论文题目,本文整理了 150 个"宏观经济学论文题目范例", 希望能给大家选题时带来一些灵感和收获。     宏观经济学论文题目范例一: 1、货币政策与财政政策配合的中国实践及经验 2、宏观经济政策不确定性对证券分析师预测效果影响研究 3、金融市场中宏观经济政策的作用及其影响 4、宏观经济政策视角下的大学生就业难问题研究 5、论稳增长在中国特色经济理论中的性质 6、财政货币政策对通胀剪刀差影响的实证研究 7、论经济管制与宏观经济调控的关系 8、论经济管制与宏观经济调控的关系 9、论审计为宏观调控服务的研究 10、考虑记忆性质与时间滞后效应的非线性经济周期模型分析 11、试析减税在降低实体经济企业成本中的作用 12、宏观调控理论的创新思维模型构建与中国实践 13、货币政策预期与宏观经济效应--兼论货币政策宏观调控多指标评价体系 14、审计在宏观经济调控中发挥的作用分析 15、经济信息在宏观经济管理中的应用研究 16、土地政策参与宏观经济调控的目标工具和途径探讨 17、浅谈宏观调控法对区域经济发展的科学调整--评《中国特色的宏观调控体系研究》 18、试论中国宏观经济调控与资源环境保护关系 19、中国金融体制改革的理性思考 20、宏观经济调控下经济发展趋势探讨 21、宏观经济调控视角下的政府采购模式选择 22、国家审计在宏观经济管理中的地位和作用研究 23、试论经济新常态下我国宏观经济调控的转变 24、我国宏观经济问题及宏观调控面临的困难分析 25、宏观调控法本土资源刍议--以《盐铁论》为例 26、新常态下房地产宏观调控的经济法思考 27、经济法视角下房地产经济宏观调控中的问题与对策 28、北部湾地区土地宏观调控对房地产发展的影响研究 29、新常态下我国地方经济增长质量的转型及其宏观调控的转向 30、基于房地产宏观调控的建筑工程造价管理分析 31、我国房地产经济的宏观调控探析 32、宏观调控情境下商业模式创新的机理分析 33、三四线城市房地产宏观调控研究分析 34、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性探究 35、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 36、宏观经济管理视域下区域经济协调发展路径研究 37、宏观经济管理中经济信息的有效应用研究 38、区域经济在宏观经济管理下的协调发展和思考 39、浅谈积极财政政策对现阶段我国宏观经济的影响 40、浅谈宏观经济管理与提高统计数据质量 41、新形势下强化国家审计在宏观管理中的地位与对策研究 42、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性探析 43、审计监督在国家监督体系中的定位及其功能独特性研究 44、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性分析 45、宏观经济管理中经济信息的应用 46、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 47、企业市场经济发展中宏观经济管理的策略阐释 48、体育经济职能定位与转变的相关思考 49、浅析经济信息在宏观经济管理中的重要性 50、应用经济信息加强宏观经济管理的思考     宏观经济学论文题目范例二: 51、宏观经济管理在市场经济发展中的作用 52、关于应用经济信息加强宏观经济管理的思考 53、基于宏观经济管理中经济信息的有效应用分析 54、经济信息在宏观经济管理中的应用 55、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性探讨 56、试析企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 57、年改革开放研究的时空变迁--基于CNKI大数据的分析 58、新时代中国特色社会主义宏观经济管理的几个问题 59、基于文献计量统计分析的期刊影响力提升 60、社会主义市场经济:认识进展与制度构建 61、浅析区域经济在宏观经济管理下的协调发展 62、浅析企业市场经济发展中宏观经济管理的必要性 63、新时代背景下经济管理创新研究 64、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 65、试析企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 66、深化供给侧结构性改革:方法论路径取向与中美比较 67、谈政府宏观经济管理与调控 68、经济信息在宏观经济管理中的应用研究 69、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 70、试论企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 71、宏观经济管理对企业市场经济发展的重要性分析 72、经济信息在宏观经济管理中的应用研究 73、对宏观经济管理的相关问题研究 74、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 75、货币政策与宏观审慎管理的协调配合--基于中国六部门DSGE模拟分析 76、国家审计在宏观经济管理中的地位和作用探析 77、我国供给侧改革的宏观经济调控与管理新思维 78、财政融资政策及其在宏观经济调控中的作用 79、凯恩斯主义及其对中国宏观经济调控的启示 80、企业经济管理中会计管理的应用 81、试论宏观经济管理中国家审计的地位与作用 82、浅论政府宏观经济调控下的区域经济增长 83、当前中国经济下行原因与经济增长的道路选择 84、浅谈进一步深化宏观经济管理 85、基于VAR模型的我国存贷款利差与房地产开发投资影响分析 86、矿产资源政策参与宏观经济调控体系研究 87、我国宏观经济调控变化与地方政府应对--以深圳为例 88、经济信息在我国宏观经济管理中应用存在的问题及对策 89、宏观经济管理下的区域经济协调发展与相关思考 90、论宏观经济管理应注意的几个问题 91、宏观经济管理在市场经济发展中的作用探究 92、经济虚拟化对经济增长和通货膨胀的影响研究 93、中国的金融稳定及其产出与通货膨胀效应检验 94、不同周期状态下财政政策的异质性产出和通货膨胀效应研究 95、我国货币政策的宏观经济时变效应及其稳健性检验 96、"脱实向虚"与"脱虚向实":基于动态宏观经济效应的分析 97、基于金融稳定目标的规则型货币政策研究 98、人口老龄化与货币政策:研究进展与政策启示 99、探讨影响宏观经济发展的主要因素 100、"新常态"时期中国经济增长与通货膨胀的关联机制研究     宏观经济学论文题目范例三: 101、浅谈宏观经济学对市场经济的影响 102、宏观经济波动与产业结构的关联性 103、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 104、宏观经济统计分析发展的基本问题探讨 105、新常态环境下的中国宏观经济形势及对策选择 106、浅谈积极财政政策对现阶段我国宏观经济的影响 107、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性探析 108、刍议市场经济条件下农村经济宏观调控的新途径 109、邓小平关于经济改革和发展论述中蕴含的宏观调控思想 110、债务融资来源异质性与企业投资--基于宏观经济政策视角 111、宏观经济不确定性对企业资产配置影响研究 112、供给侧结构性改革与宏观经济政策协调 113、全球宏观经济政策调整及启示 114、宏观经济政策对通货膨胀预期影响的时变性研究 115、住房市场波动和宏观经济政策的有效性研究 116、新冠肺炎疫情对宏观经济政策财税改革与全球化的影响 117、国家审计在宏观经济管理中的地位和作用研究 118、逆全球化背景下我国宏观经济管理转型策略 119、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 120、供给侧改革下的中国宏观经济管理分析 121、"供给侧结构性改革"提出的时代背景及内涵研究 122、基于信息网络化视角的宏观经济管理分析 123、综合类科技期刊排名与影响因子修正建议 124、关于宏观调控的经济法问题的探讨 125、基于总供求模型和中国特色的宏观调控体系 126、宏观经济下电子商务市场信息不对称现象研究 127、论宏观经济管理在市场经济发展中的作用 128、企业市场经济发展中宏观经济管理的重要性 129、市场对配置资源决定性作用的多维透视 130、浅析宏观调控和市场经济的关系 131、论宏观调控经济政策下经济法的价值体现 132、浅谈进一步深化宏观经济管理 133、西方宏观经济政策给予我们的思考 134、宏观经济管理在市场经济发展中的作用探究 135、构建有中国特色的市场经济宏观调控模式初探 136、浅析通胀预期是社会公众对未来发生通货膨胀的担心 137、浅析后危机阶段中国宏观经济政策的趋向 138、宏观经济形势分析与数据解说 139、经济周期与房地产波动的关系研究分析 140、后危机时代安徽省财政宏观调控政策研究 141、扩大消费需求的理论与对策探究 142、美国加州生物制药行业资本投资更新变化 143、房地产动摇对经济增长的影响 144、浅析对现代经贸教育的三点看法 145、浅论宏观经济剖析和政策前瞻 146、中国宏观经济政策与地区发展不平衡关系研究 147、中国货币政策与主要发达经济体货币政策之间的关系研究 148、中国宏观经济政策与全球经济不平衡关系研究 149、西方宏观经济理论的过去现在和将来 150、新宏观经济学的演进及研究对象 151、宏观经济学的新突破--评罗运贵的《新宏观经济学》

经济学是研究人类社会在各个发展阶段上的各种经济活动和各种相应的经济关系及其运行、发展的规律的学科。那么经济学专业的论文选题怎么选呢?下面我给大家带来2021经济学论文题目有哪些_经济学专业论文选题题目,希望能帮助到大家!

经济学博士论文题目

1、基于绿色GDP投入产出模型架构研究

2、中国住户生产核算理论与 方法 研究

3、成长型企业无形资产统计问题研究

4、中国社会核算矩阵编制与模型研究

5、政府统计数据质量评估方法及其应用研究

6、人口老龄化对我国GDP及其构成的影响

7、环境价值核算方法及应用研究

8、经济核算原理在现代制造业定量研究中的应用

9、中国服务业的全要素生产率研究

10、我国GDP中劳动报酬份额的下降

11、经济福利核算的理论及其指标研究

12、宏观金融运行异常的统计监测研究

13、国民经济核算及其总体模式研究

14、国民经济核算方法论研究

15、可持续发展指标体系建构及其应用研究

16、供应链违约风险的研究

17、对我国国民经济核算理论与方法问题研究

18、Markov算子的渐近行为与经济系统的几个问题

19、非完全竞争市场的宏观经济优化模型

20、效用、风险与纳什均衡选择

21、粮食、农业制度供给中的博弈与实证

22、理解经济变迁的过程

23、海洋经济核算体系与核算方法研究

24、区域环境价值核算的方法与应用研究

25、基于环境因素的全要素生产率和国民收入核算研究

26、浙江省城乡收入差距统计研究

27、现代企业统计理论体系创新研究

28、ICT对国民经济的贡献研究

29、资本存量与资本服务核算研究

30、地区GDP核算及数据衔接问题研究

31、资源环境经济综合核算与绿色GDP的建立

32、基于可持续发展的中国能源核算研究

33、消费型中间消耗的概念及测算

34、时间序列分析方法研究及其在陕西省GDP预测中的应用

35、物流配送选址优化模型的研究

36、供应计划问题的遗传算法求解

37、基于景气指数的宏观经济监测预警系统研究

38、 企业管理 创新数量分析中的线性优化逆问题

39、技术能力成长决策中的实物期权方法研究

40、资产定价标准的讨论和模拟

41、投资者认知收益度量模型及系统设计

42、基于水环境的杭州市绿色GDP核算的GIS表征

43、人力资本与全要素生产率

44、湖南省宏观经济景气指数的编制与应用研究

45、森林资源核算及纳入国民经济核算体系研究

46、疏浚企业挖泥船生产统计系统优化分析

47、过程神经网络在GDP预测中的应用研究

48、四川调查总队系统职工工作满意度调查研究

49、基于线性回归和神经网络的预测模型在国民经济数据中的应用

50、国民经济核算体系中环保指标设计研究

微观经济学论文题目

1、我国绿化工程监理微观环境分析

2、知识产权对微观经济的作用机理研究

3、外生驱动互联网消费增长的微观空间计量研究

4、房地产市场反周期宏观调控政策绩效的微观探析

5、劳动力成本上升对现代服务业企业升级的影响研究--基于微观企业财务层面以信息技术产业为例

6、宏微观因素对商业银行信贷风险影响的实证分析

7、经济责任审计促进经济增长的微观途径--基于“中国之谜”中政府官员的作用

8、中级微观经济学混合教学模式探索与实践

9、基于半鞅过程的中国股市随机波动、跳跃和微观结构噪声统计特征研究

10、中国经济发展新常态的宏观表象和微观基础

11、货币政策、所有制差异与商业信用再配置--兼论新常态背景下供给侧治理的微观路径

12、微观权力、自我技术与组织公民行为-- 人力资源管理 的后现代分析

13、增值税转型对我国微观经济的影响

14、商业性小额信贷机构市场定位微观制度因素分析--以某村镇银行和某小额贷款公司为例

15、城乡关系重构下乡村人口城镇化微观进程研究--基于家庭流动人口的视角

16、微观商业视角下的微信经济

17、应用型人才培养模式下独立学院微观经济学教学改革研究

18、微观开放性视角下创造力的多层次影响机制探究

19、农户劳动力资源配置的微观决策

20、微观经济与企业管理探讨

21、民营企业对外直接投资对企业内就业的影响--基于温州微观企业数据的实证研究

22、房产税、房价与住房供给结构--基于上海、重庆微观数据的分析

23、基于微观经济学方法的网格资源分配管理模型研究

24、森林转型的微观机制--以重庆市山区为例

25、我国纺织业企业创新与生产率关系的微观测度

26、人的自由全面发展视域下资源配置的微观机制

27、基于微观企业数据的产业空间集聚特征分析--以杭州市区为例

28、从微观管理视角浅析高校国有资产管理中的问题

29、“双创”背景下非正规就业对劳动力市场影响的微观分析--基于马克思劳动力价值理论视角

30、我国众筹融资的微观机理及宏观效应

31、金融市场微观结构理论综述

32、利率调控对房地产营销市场波动的微观作用机制探究

33、中国对外并购的绩效研究--基于制造业上市企业的微观分析

34、我国服务贸易出口的影响因素分析--来自微观企业层面的证据

35、市场微观结构下高频交易流动性--基于我国商品期货市场的实证研究

36、工商行政管理在宏观控制与微观搞活中的职能与作用

37、典型平原农区土地非农化对乡村发展影响的微观机理

38、贫困地区特色农业规模经营意愿的影响因素研究--微观农户视角的分析

39、中国政策性银行全要素生产率测度及影响因素研究--基于宏观与微观解构

40、中国产业结构升级的新视角--微观产品质量角度

41、新疆农民专业合作社微观运行障碍调研与政府责任分析--以吉木萨尔县为例

42、制造业可持续发展的微观经济分析--基于价格机制与制度结构的视角

43、微观视角下煤炭上市公司资本结构影响因素实证研究

44、优化农业科技创新风险投资微观运行机制的策略研究

45、低碳经济政策失灵的原因分析及应对 措施 --基于微观经济个体的视角

46、税制改革推动国家治理能力提升的微观作用机理研究--基于增值税转型对企业投资行为的影响

47、论宏观调控与微观自主的辩证平衡

48、基于微观动力视角我国上市公司市值管理绩效评价的研究

49、宏观经济政策与微观企业行为--拓展会计与财务研究新领域

50、以“供给管理”激发微观活力实现经济发展动力转型

宏观经济学论文题目与选题参考

1、“互联网+”重塑中国宏观经济

2、20_年宏观经济形势讨究和政策的观点综述

3、20_年世界经济形势回顾讨究与展望

4、20_年玩具市场跨越式发展的契机论议与挑战

5、20_年中国成品油市场讨究

6、财政分权与中国经济增长

7、城乡一体化理论研究

8、从诺贝尔经济学奖看现代宏观经济学的发展

9、当前国民经济运行中应注意的几个问题及建议

10、当前经济形势下扩大内需的困难与措施研究

11、当前社会人文效应与经济效应的互相影响

12、当前收入分配存在问题的思考

13、地方财政支出的产业结构效应研究

14、电信业漫谈之供给与需求

15、对欧洲宏观经济体制的批评

16、房地产的宏观经济学说

17、房地产动摇对经济增长的影响

18、房地产行业走势对中国宏观经济的影响分析

19、复合式通胀压力下浅探宏观经济政策选择

20、高校扩招的经济影响

21、公共财政政策与可持续发展(或技术创新)

22、供给学派的起源与美国实践

23、关于金融稳定与货币政策的一点思考

24、关于凯恩斯主义与货币主义对大萧条成因解释的分析

25、贵州省城镇失业问题研究

26、国家宏观调控的内涵与手段研究

27、哈耶克对经济周期的研究及其方法论特点

28、宏观行为经济学的新发展及其应用

29、宏观经济剖析和政策前瞻

30、宏观经济形势分析与数据解说

31、宏观经济学的创新与调控方向的转变探讨

32、宏观经济学视角下经济增长理论和政策

33、宏观经济学中的管理理念与措施应用分析

34、宏观经济学中的经济理论研究

35、宏观经济学中的长期与短期分析

36、宏观经济学中金融市场影响经济的分析

37、宏观经济政策应稳步微调

38、后危机阶段中国宏观经济政策的趋向

39、后危机时代安徽省财政宏观调控政策研究

40、互联网改变就业的宏观经济学机理

41、汇率理论的演变评述与人民币国际化借鉴

42、货币国际化 经验 与人民币国际化研究

43、技术创新对社会经济发展贡献率探究

44、减税的思考与超越--简评蒙代尔税收思想

45、金融冲击对全要素生产率的影响分析

46、金融市场与宏观经济的联系

47、金融危机下的浙江制造业面临的困境研究

48、经济发展与社会(伦理、幸福、价值等)关系的分析

49、经济韧性问题研究进展

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神经领域最新研究进展论文

动物神经疾病研究一直是一个活跃的研究领域,最近的研究集中在治疗神经疾病的新方法和技术,以及改善动物的神经系统功能的新疗法。研究人员正在研究新的药物,以改善动物的神经系统功能,并使用新的技术来诊断和治疗神经疾病。此外,研究人员还在研究如何使用基因治疗来治疗动物神经疾病,以及如何使用药物和其他技术来改善动物的神经系统功能。

目前,动物神经疾病的研究取得了一定的进展。主要的研究领域包括神经发育紊乱、神经系统炎症、神经退行性疾病以及神经精神疾病。首先,神经发育紊乱是一类复杂的神经疾病,它们可能与遗传因素、环境因素、感染病毒有关。目前,研究者正在进行大量的研究,以深入了解这些疾病的发病机制,以及可能的治疗方法。其次,神经系统炎症是一类常见的神经疾病,它们可能是由于病毒感染、免疫系统失调、神经细胞损伤等因素引起的。研究者正在努力找到有效的治疗方法,以缓解症状和改善病情。

调查近年来,动物神经疾病的研究受到了很多关注,如脊髓小脑萎缩症(SMA)、脊髓性肌萎缩症(ALS)、多动症等等。国内外学者经过大量研究,多次取得重大进展。一方面,基于基因编辑技术,研究者可以模拟各种疾病的突变,研究各种疾病的生物学机制。例如,研究者可以通过基因编辑将脊髓发育不良的基因抑制,模拟脊髓小脑萎缩的病变;通过基因编辑将神经退行性疾病,如阿尔茨海默病、帕金森病相关的基因抑制,可以模拟出神经退行性疾病的病理特征。另一方面,研究者结合大数据等新技术,通过功能基因组学分析,对疾病发生率、致病基因、疾病诊断及靶向治疗的可能性进行预测及研究,分析动物模型中的突变基因及其他重要物质,为人类神经疾病的在诊断和治疗提供策略性思路。此外,研究人员还利用神经疾病动物模型研究药物作用,探索新药、新技术及新疗法,为疾病的治疗和预防提供理论依据。例如,一些研究者利用ALS动物模型,探索可能的ALS治疗药物,并根据治疗效果进行临床试验,研发出新型ALS治疗药物。总而言之,从动物模型的研究来看,目前国内外的动物神经疾病研究取得了显著的进展。此外,基因编辑技术、大数据及其他新技术的应用大大促进了疾病的研究,帮助我们更好地理解动物神经疾病的病理生理机制,并为人类神经疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法正在显现。

神经调节最新研究进展论文

①记忆具有短暂性的最直观原因是为新记忆腾地方。②然而,大脑有很多的神经元和突触,似乎能存储的记忆比一个人实际能存储的要多很多。据估计,人类大脑中大约有800-900亿个神经元(Azevedo et al., 2009).,如果只为特定事件的记忆保留十分之一的容量,那么根据对自联想网络容量的计算估计,一个人可以可靠地存储大约10亿个人的记忆 (Amit et al., 1985)。 此外,当我们考虑稀疏编码的记忆时,这个数字可以增加几个数量级 (Amari, 1989)。③显然,记忆的容量比实际上要的多,那为什么进化却让人的大脑不能如实记忆信息?换言之,既然记忆的持久性有看似明显的好处,那记忆的短暂性是否有其他好处?①我们认为,在这一个既变化又嘈杂的世界中,记忆短暂性是必需的。在不断变化的环境中,遗忘是适应性的,因为它允许更灵活的行为;在嘈杂的世界中,遗忘是适应性的,因为它防止了对特殊事件的过度拟合。②基于这一观点,记忆的永久性并不总是有用的,例如,对于世界上短暂或不常见的方面,记忆的持久性将是有害的,因为它可能导致不灵活的行为、不正确的预测;而只有在保持经验的那些相对稳定、预测新经验的方面时,持久性才是有用的。③因此,只有通过持久性和短暂性的相互作用,记忆才能表现出真正的目的:利用过去智能指导决策(Dudai and Carruthers,2005; Schacter et al., 2007).④下面,我们回顾了使用短暂性来增加行为灵活性和促进泛化的计算案例。此外,我们还确定了短暂性在计算上的使用方式和它在大脑中的实现方式之间的相似性。 神经网络: 对于使用分布式表示的神经网络,新的学习是一个重大的挑战(French,1999;Lewandowsky and Li, 1995; McCloskey and Cohen, 1989; Ratcliff,1990)。挑战有两个方面:新的学习可能会覆盖以前的记忆(即灾难性干扰);新的学习又会受到已有记忆的阻碍(即积极主动的相互干扰) (Burgess et al., 1991; McCloskey and Cohen, 1989; Palm, 2013; Siegle and Hasselmo, 2002)。这是神经网络中的“稳定性与可塑性”困境(Abraham and Robins, 2005; Carpenter and Grossberg, 1987)。根据传统的观点,记忆的持久性与行为的灵活性是不相容的,因为一个善于保持持久记忆的网络将很难学习新的信息,特别是如果它与以前的经验相冲突的话。 然而,最近使用外部记忆设备或突触的神经网络模型在多个时间尺度上变化,挑战了这种困境的普遍性 (Graves et al., 2016; Kirkpatrick et al., 2017; Santoro et al., 2016)。此外,大脑可以用来解决这个难题的另一个策略是使用正交表示,对经验进行稀疏编码,这可能是由模式分离过程引起的(Yassa and Stark, 2011)。记忆的语境依赖性就是这种策略的一个例子:通过保持正交模式,在特定语境中编码的记忆更可能在该语境中表达,而不是在其他语境中 (Maren et al.,2013)。这种策略最大限度地增加了可以在不受干扰的情况下可以存储在神经网络中的模式数量(Amari, 1989).。 大脑: 然而,在动态环境中,无论容量有何限制,丢弃过时的信息也很重要 (Kraemer and Golding, 1997)。如果环境改变了,但我们的记忆没有改变,那么我们可能会坚持旧记忆,损害我们自己。因此,短暂性可以通过消除过时的信息来促进决策,从而使有机体能够更有效地应对其环境的变化。 最近的研究提供了证据,证明遗忘是动态环境中灵活行为所必需的(Dong et al., 2016; Epp et al., 2016; Shuai et al., 2010)。Shuai和他的同事训练苍蝇辨别两种气味(A和B),并发现抑制Rac1能减缓遗忘。抑制RAC1的苍蝇组表现出逆转学习(A-或B+)受损,说明保留的记忆影响了新的学习;激活RAC1的苍蝇组结果相反,旧记忆的遗忘促进了逆转学习。这种模式的结果扩展到五种不同的苍蝇,它们被设计来表达与自闭症谱系障碍相关的突变,而自闭症谱系障碍也会干扰Rac的活动,所有这些Rac功能受损的苍蝇都表现出遗忘受损,而这反过来又损害了反向学习(Shuai et al., 2010) 别的研究也表明了相同的结果。Epp and colleagues (2016)研究了遗忘(由神经发生介导)后的逆转学习,实验中,他们训练老鼠在水迷宫中找到位置固定的平台,随后在同一个迷宫中对小鼠进行再训练,但平台被移到相反的位置。结果是,海马神经发生水平增强的小鼠能更有效地找到新的平台位置(海马神经发生的增加将会导致最初位置的遗忘);而海马神经发生水平降低的小鼠时,观察到相反的模式,因为神经发生的抑制维持了最初位置的记忆,干扰了新位置的学习。 在情境-气味配对任务中也观察到类似的结果 (Epp et al., 2016)。训练后,神经发生的增加会导致已学的成对关联的遗忘,但有助于随后的反向学习。但是,这种促进并不是在任何学习中都适用,只有在与原始学习有明显冲突的情况下,才能观察到新学习的益处,比如,神经发生增加的小鼠若接受的是一种新的环境-气味配对训练时,没有表现出益处。这些发现表明,成人海马神经发生促进遗忘,遗忘通过去除或削弱过时信息增强行为灵活性。研究神经发生和灵活性之间关系的相关论文有:Burghardt et al. (2012); Garthe et al. (2009), (2016); Luu et al. (2012); Swan et al. (2014); and Winocur et al. (2012).引用文献: Azevedo et al., 2009:我们发现成年男性大脑中平均含有861±81亿个神经细胞(神经元)和846±98亿个神经细胞(非神经元)。就神经元和非神经元细胞的数量而言,人类大脑是一个等距放大的灵长类大脑。Amari, 1989:当要存储的编码模式的大部分组件是0,只有一小部分组件的比率是1时,编码方案被称为稀疏的。详细分析了稀疏编码联想存储器的存储容量和信息容量,证明了其与神经元数目n logn的比例关系,与一般的非稀疏编码方案(约0.15n)相比,该比例关系非常大。Dudai and Carruthers,2005:研究表明记忆可能是过去的印记,对未来的认知过程至关重要。Schacter et al., 2007:想象未来在很大程度上依赖于可以记忆过去的神经机制。这些发现引出了前瞻性大脑的概念,即大脑的一个关键功能是利用存储的信息来想象、模拟和预测未来可能发生的事件。根据这个想法,我们认为,像记忆这样的过程可以有效地重新概念化。French,1999:本文研究了神经网络中灾难性遗忘问题的产生原因、后果及多种解决方法。这篇综述将考虑大脑是如何克服这个问题的,同时也将探讨这个解决方案对分布式连接网络的影响McCloskey and Cohen, 1989:本文讨论连接主义网络中的灾难性干扰。当网络按顺序训练时,新的学习可能会对旧的学习产生灾难性的干扰。对干扰原因的分析表明,当新的学习可能改变表示旧学习所涉及的权值时,至少会发生一些干扰,仿真结果仅表明在某些特定的网络中,干扰是灾难性的。Ratcliff,1990:利用反向传播学习规则对基于编码器模型的多层存储器连接模型进行了评价。这些模型被应用到标准的识别记忆过程中,在这些过程中,项目被依次研究,然后测试其保留率。这些模型中的顺序学习导致两个主要问题。首先,学得好的信息会随着新信息的学习而迅速被遗忘。第二,学习项目和新项目之间的区别要么随着学习的进行而减少,要么是非单调的。为了解决这些问题,我们研究了多层模型中的网络操作和多层模型的几种变体,包括一个带有预学习内存的模型和一个上下文模型,但是没有一个解决了这些问题。所讨论的问题对应用于人类记忆和任务的连接主义模型提供了限制,在这些任务中,要学习的信息在学习过程中并不全部可用。Burgess et al., 1991:建立了一个神经网络模型,该模型能将人类记忆实验的结果记录在学习项目表上。综述了学习列表的心理学实验。Hopfield-Parisi型神经网络被用来模拟序列回忆中顺序效应的许多简单特征。用模拟的方法研究了项目的召回率与其数量、在列表中的位置和相似度的函数关系。更复杂的实验涉及不同类别的项目,使用相关的活动模式进行建模。通过考虑权重分布和信噪比参数,了解模型的工作原理。 Palm, 2013:介绍了近40年来神经联想记忆的理论、实践和技术发展。指出了关联记忆模式稀疏编码的重要性。文中还提到了联想记忆网络在大规模脑建模中的应用。Siegle and Hasselmo, 2002:连接主义模型被认为是理解心理障碍的本质和指导其评估的有希望的工具。具体来说,连接主义模型可以指导评估过程的以下方面:了解哪些结构与评估相关,设计评估这些结构的方法,以及了解评估数据中的个体差异。Abraham and Robins, 2005:记忆维持被广泛认为涉及在学习过程中在相关神经回路中设置的突触重量的长期保留。然而,尽管最近出现了令人兴奋的技术进步,但还无法通过实验证实这一直观的吸引人的假设。人工神经网络提供了一种可供选择的方法,因为它们允许在学习和保持过程中连续监测单个连接权重。在这种模型中,如果网络要在学习新信息的同时保留先前存储的材料,则需要不断改变连接权重。因此,突触变化的持续时间并不一定定义记忆的持久性;相反,很可能需要调节突触稳定性和突触可塑性的平衡,才能在真实的神经元回路中获得最佳的记忆保持。Carpenter and Grossberg, 1987:自适应共振结构是一种神经网络,它能实时地自组织稳定的模式识别码,以响应任意的输入模式序列。本文介绍了ART2,一类自适应共振结构,ART2体系结构体现了许多设计原则的解决方案,例如稳定性-可塑性权衡、搜索-直接访问权衡和匹配-重置权衡。Graves et al., 2016:人工神经网络在感觉处理、序列学习和强化学习方面有着显著的优势,但由于缺乏外部记忆,它在表示变量和数据结构以及长时间存储数据方面的能力有限。这里我们介绍了一个机器学习模型,称为可微神经计算机(DNC),它由一个可以读写外部存储器矩阵的神经网络组成,类似于传统计算机中的随机存取存储器。像传统的计算机一样,它可以使用内存来表示和操作复杂的数据结构,但是,像神经网络一样,它可以从数据中学习这样做。结果表明,DNC有能力解决没有外部读写存储器的神经网络无法完成的复杂、结构化任务。Kirkpatrick et al., 2017:以顺序方式学习任务的能力对人工智能的发展至关重要。到目前为止,神经网络还不能做到这一点。我们表明,有可能克服这一限制,并培训网络,使其能够保持对长期没有经历的任务的专门知识,我们通过有选择地减缓对那些任务重要的权重的学习来记住旧任务结果,证明了我们的方法是可伸缩和有效的。Santoro et al., 2016:在系统整合的过程中,有一个从依赖于详细的情节记忆到普遍的示意记忆的转变。这种转换有时被称为“记忆转换”,这里我们展示了记忆转换以前未被重视的优点,即它在动态环境中增强强化学习的能力。我们开发了一个神经网络,它被训练在奖赏地点不断变化的觅食任务中寻找奖赏。该网络可以使用特定位置的存储器(情节存储器)和位置的统计模式(示意存储器)来指导其搜索。我们的工作重新提出了为什么会发生记忆转换的理论问题,将焦点从避免记忆干扰转移到跨多个时间尺度加强强化学习Yassa and Stark, 2011:区分相似经历的能力是情景记忆的一个重要特征。这种能力长期以来被假设需要海马体,计算模型表明它依赖于模式分离。然而,关于海马体在模式分离中的作用的经验数据直到最近才有,本文综述了几类数据。我们讨论了老化和成年神经发生对模式分离的影响,同时也强调了跨物种和跨途径连接的几个挑战,并提出了未来的研究方向。Maren et al.,2013:语境围绕着事件并赋予事件以意义;它们对于回忆过去、解释现在和预测未来至关重要。事实上,大脑将信息语境化的能力允许巨大的认知和行为灵活性。对啮齿动物和人类的巴甫洛夫恐惧调节和消失的研究表明,包括海马体、杏仁核和内侧前额叶皮层在内的神经回路参与了学习和记忆过程,从而使情境依赖行为得以实现。Kraemer and Golding, 1997:本文综述了人类适应性遗忘的研究现状,并提出了动物适应性遗忘的观点。讨论内容包括关于遗忘的理论预设,对动物适应性遗忘的选择性现象的回顾,对这种遗忘的可能机制(可恢复性)的描述,以及这一分析对记忆的心理和神经生物学方法的影响处理。Dong et al., 2016:在这项研究中,我们使用反向学习任务来测量果蝇的行为灵活性,并确定果蝇中多个自闭症风险基因同源物功能缺失突变的影响。5个具有不同分子功能的孤独症危险基因的突变都导致了类似的行为不灵活表型,表现为逆转学习障碍。这些逆转学习缺陷是由于无法遗忘,或者更确切地说,是由于无法激活Rac1(Ras相关的C3肉毒毒素底物1)依赖性遗忘。因此,行为诱发的Rac1依赖性遗忘激活对孤独症风险基因具有聚合功能。Epp et al., 2016:通过控制海马神经发生的水平,我们发现神经发生调节这种形式的主动干预。海马神经发生的增加削弱了现有的记忆,从而促进了新的、相互冲突的信息在小鼠中的编码。相反,神经发生的减少稳定了现有的记忆,并阻碍了新的、相互冲突的信息的编码。这些结果表明,减少主动干扰是神经发生诱发遗忘的适应性益处。Shuai et al., 2010:最初获得的记忆如果不巩固就会迅速消失。这种记忆衰退被认为是由于新获得的记忆固有的不稳定性,或者是由于随后获得的信息的干扰。本文报道果蝇G蛋白Rac依赖性遗忘机制在被动记忆衰退和干扰性遗忘中的作用。Rac活性的抑制导致早期记忆衰退的减慢,从几个小时延长到一天以上,并阻断干扰引起的遗忘。相反,蘑菇体神经元Rac活性的升高会加速记忆衰退。这种遗忘机制不影响记忆获得,独立于Rutabaga腺苷酸环化酶介导的记忆形成机制。内源性Rac激活在不同时间尺度上被诱发,在被动衰退中逐渐丧失记忆,在逆转学习中急性记忆消失。我们认为Rac在肌动蛋白细胞骨架重塑中的作用可能与记忆丧失有关Burghardt et al. (2012):海马体参与分离记忆,这是一种利用模式分离的神经过程并允许认知灵活性的能力。我们使用主动回避任务的变体和两种独立的方法,即切除成年出生的神经元、海马局部X射线照射和胶质纤维酸性蛋白阳性神经前体细胞的基因消融,评估了成年海马神经发生在认知灵活性中的作用。结果证明,当成人的神经发生需要改变对刺激诱发记忆的学习反应时,它有助于认知灵活性Garthe et al. (2009):尽管在过去的几年里取得了巨大的进展,新生颗粒细胞对成年海马功能的具体贡献仍不清楚。我们假设为了解决这个问题,必须特别注意学习测试的具体设计、分析和解释。因此,我们设计了一个行为实验,根据计算模型得出的假设,预测新的神经元可能与学习条件特别相关,在学习条件中,新的方面在熟悉的情况下出现,从而对水迷宫的参考记忆版本中的(再)学习的质量方面提出了很高的要求替莫唑胺(TMZ)对成人神经发生的任务抑制引起高度特异性的学习障碍。小鼠在隐藏平台版的Morris水迷宫中进行测试(每天6次,持续5天,第4天平台位置反转)。在四个治疗周期结束后4周进行测试,以尽量减少测试时潜在可招募的新神经元数量。神经发生的减少并没有改变CA3和齿状回的长时程增强,但消除了齿状回LTP中属于新生神经元的部分。TMZ在测试时没有任何明显的副作用,并且治疗组和对照组都学会了寻找隐藏的平台。然而,对搜索策略的定性分析显示,治疗组小鼠并没有向空间精确的搜索策略前进,特别是在学习改变的目标位置(逆转)时。因此,齿状回中的新神经元似乎对于增加海马依赖性学习质量参数的灵活性是必要的。我们发现,缺乏成年颗粒细胞特别导致动物无法精确定位隐藏目标,这也与齿状回的特殊作用有关在生成一个度量而不仅仅是一个环境的结构图。由于成年海马神经发生受到抑制而发现高度特异性的行为缺陷,因此可以将细胞海马可塑性与理论模型中定义明确的假设联系起来。Garthe et al. (2016):我们在此证明,生活在刺激丰富的环境(ENR)中,可以改善水迷宫学习的特定关键指标,这些指标在先前的功能丧失实验中已被证明依赖于成人海马神经发生。通过分析小鼠在水迷宫中寻找隐藏平台的策略,发现ENR通过增加使用有效搜索策略的概率来促进任务的获取。当逃生平台移到新的位置时,ENR也增强了动物的行为灵活性。替莫唑胺可以减少成年神经发生,它可以消除ENR对获得性和灵活性的影响,同时不影响水迷宫学习的其他方面。这些特征性效应和相互依赖性在第二种神经源性行为刺激——自愿性车轮转动(RUN)的平行实验中没有发现。由于成人神经发生的组织学评估必然是一个终点测量,因此只能推断整个实验过程中的神经发生水平,本研究将行为参数作为分析终点。尽管体力活动与前体细胞增殖、学习和新神经元存活之间的关系已经很好地建立起来,但这里描述的特定功能效应与干细胞生态位的动态变化之间的关系仍有待解决。然而,我们的研究结果支持这样一个假设:成人神经发生是一个关键的机制,是领导一个积极生活、丰富经验的有益影响的基础Luu et al. (2012:海马齿状回成体神经发生在学习记忆中起重要作用。然而,新神经元对海马功能的确切贡献仍然存在争议。新的证据表明,当相似的项目必须在不同的时间学习时,神经发生对于模式分离和减轻干扰是重要的。在本研究中,我们使用最近开发的具有这些特定特征的嗅觉记忆任务来直接测试这种预测。在这项任务中,老鼠学习两个高度干扰的气味对列表,一个接一个,在相同或不同的环境中。与我们的假设一致,局灶性颅骨照射导致齿状回内的神经发生选择性减少,显著削弱了学习第二个列表期间克服干扰的能力。学习单一气味清单的能力没有受到影响。我们还发现,在海马依赖性空间交替任务中,辐射对学习没有影响。尽管这两项任务都涉及到学习干扰反应,但学习干扰项目的时间过程有所不同。学习干扰气味列表是在几个会话过程中顺序进行的,而学习干扰空间位置是在每个会话中同时进行的。因此,新神经元的逐渐增加可能为嗅觉任务而不是迷宫任务提供了模式分离机制。这些发现证明了神经发生在解决干扰中的作用,并且它们与模型一致,表明神经发生在模式分离中的关键作用。Winocur et al. (2012):在高干扰或低干扰条件下,给予低剂量辐射抑制海马神经发生或假治疗的大鼠视觉辨别任务。一半的老鼠从事跑步活动,另一半没有。在非跑步者中,照射对学习没有影响,在低干扰条件下也没有记忆辨别反应,但照射治疗增加了他们对干扰的易感性,导致先前学习辨别的记忆丧失。参与跑步活动的受照大鼠表现出神经生长增强和对记忆损伤的保护。研究结果表明,成年期海马细胞在区分冲突性、语境依赖性记忆方面发挥了作用,进一步证明了神经发生在海马敏感记忆任务中的重要性。这一结果与海马功能的计算模型一致,海马功能的计算模型明确了神经发生在学习和记忆过程中干扰影响的调节中的中心作用

从简单地剪切致病基因,到开发出不再传播疾病的工程动物,基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。随着研究的深入,科学界还发现,除了编辑具有遗传讯息的DNA片段,编辑RNA可以在不改变基因组的情况下,帮助调整基因表达方式,此外,RNA的寿命是相对短暂的,这也意味着它的变化是可以逆转的,从而避免基因工程中的巨大风险。

2017年10月,来自Broad研究所的张锋研究团队在《自然》期刊上发表了题为“RNA targeting with CRISPR-Cas13”的文章,首次将CRISPR-Cas13系统公之于众,证实了CRISPR-Cas13可以靶向哺乳动物细胞中的RNA。仅仅时隔三周,又一篇名为“RNA editing with CRISPR-Cas13”的力作发表于《科学》期刊。在该研究中,张锋研究团队再次展示了这一RNA编辑系统,能有效地对RNA中的腺嘌呤进行编辑。

在CRISPR出现之前,RNAi是调节基因表达的理想方法。但是Cas13a酶一大优势在于更强的特异性,而且这种本身来自细菌的系统对哺乳动物细胞来说,并不是内源性的,因此不太可能干扰细胞中天然的转录。相反,RNAi利用内源性机制进行基因敲除,对本身的影响较大。但CRISPR-Cas13系统还有一个重要的问题,Cas13a酶本质上是一种相对较大的蛋白质,因此很难被包装到靶组织中,这也可能成为RNA编辑技术临床应用的一大障碍。

2018年3月16日,一项发表在《细胞》期刊的重磅成果为RNA编辑技术带来一大步飞跃,来自美国Salk研究所的科学家利用全新的CRISPR家族酶扩展了RNA编辑能力,并将这个新系统命名为“CasRx”。

CasRx(品红色)在人类细胞核中靶向RNA(灰色),Salk研究所

“生物工程师就像自然界的侦探一样,在DNA模式中寻找线索来帮助解决遗传疾病。CRISPR彻底改变了基因工程,我们希望将编辑工具从DNA扩展到RNA。”研究领导者Patrick Hsu博士表示,“RNA信息是许多生物过程的关键介质。在许多疾病中,这些RNA信息失去了平衡,因此直接靶向RNA的技术将成为DNA编辑的重要补充。”

除了高效性且无明显脱靶效应,新系统的一个关键特征是其依赖于一种比以前研究中物理尺寸更小的酶。 这对RNA编辑技术至关重要,这使得该编辑工具能够更容易被包装到病毒载体,并进入细胞进行RNA编辑。来自东京大学的科学家Hiroshi Nishimasu并未参与这项研究,他表示:“在这项研究中,研究人员发现了一种较Cas13d更加‘紧凑’的酶CasRx。从基础研究到治疗应用,我认为CasRx将成为非常有用的工具。”

此外,在这项研究中,研究人员还展示了利用这种新型RNA编辑系统来纠正RNA过程的能力。他们将CasRx包装到病毒载体中,并将其递送到利用额颞叶痴呆(FTD)患者干细胞中培养的神经细胞,最终使tau蛋白水平恢复到健康水平上,有效率达到80%。

Patrick Hsu博士最后说道:“基因编辑技术通过对DNA的切割带来基因序列的改变。在经过基因编辑的细胞中,其效果是永久的。虽然基因编辑技术能够很好地将基因完全关闭,但对调节基因的表达上并不那么优秀。展望未来,这一最新工具将在RNA生物学研究中发挥重要作用,并有望在未来凭借该技术对RNA相关疾病进行治疗。”

该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默。

3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默,证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性,通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向Pscsk9的sgRNA到小鼠肝脏,有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比,Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96%,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比,Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低Pten的质粒、尾静脉注射敲低Pcsk9的AAV8病毒、眼部注射敲低Vegfa的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到Pten基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调,Pcsk9下调造成血清胆固醇下调;Vegfa下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。

2020年3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向 Pten 基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了 Pten 的高效沉默, 证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性, 通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向 Pscsk9 的sgRNA到小鼠肝脏, 有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平 。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也 探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低 Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积**,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比, Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96% ,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比, Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的 ,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性 。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低 Pten 的质粒、尾静脉注射敲低 Pcsk9 的AAV8病毒、眼部注射敲低 Vegfa 的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到 Pten 基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调, Pcsk9 下调造成血清胆固醇下调; Vegfa 下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。

图1 CasRx介导的 Pten 体内体外的下调( Protein & Cell )

A.质粒示意图;B.N2a细胞中 Pten 的下调;C.Western检测PTEN及AKT的表达; D.CasRx与shRNA脱靶比较;E.尾静脉注射质粒示意图;F.G.H.免疫荧光,qPCR,western分别检测 Pten 及p-AKT的表达

图2 血清胆固醇的调节以及 Pcsk9 的可逆调控( Protein & Cell )

A.针对 Pcsk9 的AAV8病毒注射示意图;B.肝组织中 Pcsk9 的表达量;C.血清 PCSK9 的表达量;D.血清胆固醇水平;E.F.血清ALT和AST的测定;G.可逆调节注射示意图; H. Pcsk9 的动态调控。

图3 AAV介导CasRx减少了AMD小鼠模型中CNV的面积(National Science Review)

A.小鼠和人序列比较以及sgRNA示意图;B.C.在293T和N2a细胞中敲低 Vegfa ;D.VEGFA蛋白的表达;E.AAV病毒质粒示意图;F.实验流程图;G.CasRx的mRNA表达水平;H.I.激光烧伤之前或之后7天的 Vegfa mRNA水平;J.CNV诱导3天后的VEGFA蛋白水平;K.激光烧伤7天后,用PBS或AAV-CasRx- Vegfa 注射的代表性CNV图像;L.M.CNV面积统计。

2020 年 4 月 8 日, Cell 期刊在线发表了题为 《Glia-to-Neuron Conversion by CRISPR-CasRx Alleviates Symptoms of Neurological Disease in Mice》 的研究论文,该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室 杨辉 研究组完成。

该项研究通过运用最新开发的 RNA 靶向 CRISPR 系统 CasRx 特异性地在视网膜穆勒胶质细胞中敲低 Ptbp1 基因的表达,首次在成体中实现了视神经节细胞的再生,并且恢复了永久性视力损伤模型小鼠的视力。同时,该研究还证明了这项技术可以非常高效且特异地将纹状体内的星形胶质细胞转分化成多巴胺神经元,并且基本消除了帕金森疾病的症状。该研究将为未来众多神经退行性疾病的治疗提供一个新的途径。

人类的神经系统包含成百上千种不同类型的神经元细胞。在成熟的神经系统中,神经元一般不会再生,一旦死亡,就是永久性的。神经元的死亡会导致不同的神经退行性疾病,常见的有阿尔兹海默症和帕金森症。此类疾病的病因尚不明确且没有根治的方法,因此对人类的健康造成巨大威胁。据统计,目前全球大约有 1 亿多的人患有神经退行性疾病,而且随着老龄化的加剧,神经退行性疾病患者数量也将逐渐增多。

在常见的神经性疾病中,视神经节细胞死亡导致的永久性失明和多巴胺神经元死亡导致的帕金森疾病是尤为特殊的两类,它们都是由于特殊类型的神经元死亡导致。我们之所以能看到外界绚烂多彩的世界,是因为我们的眼睛和大脑中存在一套完整的视觉通路,而连接眼睛和大脑的神经元就是视神经节细胞。

作为眼睛和大脑的唯一一座桥梁,视神经节细胞对外界的不良刺激非常敏感。研究发现很多眼疾都可以导致视神经节细胞的死亡,急性的如缺血性视网膜病,慢性的如青光眼。视神经节细胞一旦死亡就会导致永久性失明。据统计,仅青光眼致盲的人数在全球就超过一千万人。

帕金森疾病是一种常见的老年神经退行性疾病。它的发生是由于脑内黑质区域中一种叫做多巴胺神经元的死亡,从而导致黑质多巴胺神经元不能通过黑质-纹状体通路将多巴胺运输到大脑的另一个区域纹状体。目前,全球有将近一千万人患有此病,我国尤为严重,占了大约一半的病人。 如何在成体中再生出以上两种特异类型的神经元,一直是全世界众多科学家努力的方向。

该研究中,研究人员首先在体外细胞系中筛选了高效抑制 Ptbp1 表达的 gRNA,设计了特异性标记穆勒胶质细胞和在穆勒胶质细胞中表达 CasRx 的系统。所有元件以双质粒系统的形式被包装在 AAV 中并且通过视网膜下注射,特异性地在成年小鼠的穆勒胶质细胞中下调 Ptbp1 基因的表达。

大约一个月后,研究人员在视网膜视神经节细胞层发现了由穆勒胶质细胞转分化而来的视神经节细胞,并且转分化而来的视神经节细胞可以像正常的细胞那样对光刺激产生相应的电信号。

研究人员进一步发现,转分化而来的视神经节细胞可以通过视神经和大脑中正确的脑区建立功能性的联系,并且将视觉信号传输到大脑。在视神经节细胞损伤的小鼠模型中,研究人员发现转分化的视神经细胞可以让永久性视力损伤的小鼠重新建立对光的敏感性。

为进一步发掘 Ptbp1 介导的胶质细胞向神经元转分化的治疗潜能,研究人员证明了该策略还能特异性地将纹状体中的星形胶质细胞非常高效的转分化为多巴胺神经元,并且证明了转分化而来的多巴胺神经元能够展现出和黑质中多巴胺神经元相似的特性。

在行为学测试中,研究人员发现这些转分化而来的多巴胺神经元可以弥补黑质中缺失的多巴胺神经元的功能,从而将帕金森模型小鼠的运动障碍逆转到接近正常小鼠的水平。

需要指出的是,虽然科学家们在实验室里取得了重要进展,但是要将研究成果真正应用于人类疾病的治疗,还有很多工作要做:人类的视神经节细胞能否再生?帕金森患者是否能通过该方法被治愈?这些问题有待全世界的科研工作者共同努力去寻找答案。

(上)CasRx 通过靶向的降解 Ptbp1 mRNA 从而实现 Ptbp1 基因表达的下调。

(中)视网膜下注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将视网膜穆勒胶质细胞转分化为视神经节细胞,转分化而来视神经节细胞可以和正确的脑区建立功能性的联系,并且提高永久性视力损伤模型小鼠的视力。

(下)在纹状体中注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将星形胶质细胞转分化为多巴胺神经元,从而基本消除了帕金森疾病模型小鼠的运动症状。

RNA-editing Cas13 enzymes have taken the CRISPR world by storm. Like RNA interference, these enzymes can knock down RNA without altering the genome , but Cas13s have higher on-target specificity. New work from Konermann et al. and Yan et al. describes new Cas13d enzymes that average only 2.8 kb in size and are easy to package in low-capacity vectors! These small, but mighty type VI-D enzymes are the latest tools in the transcriptome engineering toolbox.

Microbial CRISPR diversity is impressive, and researchers are just beginning to tap the wealth of CRISPR possibilities. To identify Cas13d, both groups used very general bioinformatic screens that looked for a CRISPR repeat array near a putative effector nuclease. The Cas13d proteins they identified have little sequence similarity to previously identified Cas13a-c orthologs, but they do include HEPN nuclease domains characteristic of the Cas13 superfamily. Yan et al. proceeded to study orthologs from Eubacterium siraeum (EsCas13d) and Ruminococcus sp. (RspCas13d), while Konermann et al. characterized orthologs from “Anaerobic digester metagenome” (AdmCas13d) and Ruminococcus flavefaciens (nicknamed CasRx), as well as EsCas13d.

Like other Cas13 enzymes, the Cas13d orthologs described in these papers can independently process their own CRISPR arrays into guide RNAs. crRNA cleavage is retained in dCas13d and is thus HEPN-independent. These enzymes also do not require a protospacer flanking sequence, so you can target virtually any RNA sequence ! In bacteria, Cas13d-mediated cleavage promotes collateral cleavage of other RNAs. As with other Cas13s, this collateral cleavage does not occur when Cas13d is expressed in a mammalian system.

Since Cas13d is functionally similar to previously discovered Cas13 enzymes - what makes these orthologs so special? The first property is size - Cas13d enzymes have a median length of ~930aa - making them 17-26% smaller than other Cas13s and a whopping 33% smaller than Cas9! Their small size makes then easy to package in low-capacity vectors like AAV, a popular vector due to its low immunogenicity. But these studies also identified other advantages, including Cas13d-specific regulatory proteins and high targeting efficiency, both of which are described below.

The majority of Type VI-D loci contain accessory proteins with WYL domains (named for the three conserved amino acids in the domain). Yan et al. from Arbor Biotechnologies found that RspCas13d accessory protein RspWYL1 increases both targeted and collateral RNA degradation by RspCas13d. RspWYL1 also increased EsCas13d activity, indicating that WYL domain-containing proteins may be broader regulators of Cas13d activity. This property makes WYL proteins an intriguing counterpart to anti-CRISPR proteins that negatively modulate the activity of Cas enzymes, some of which are also functional in multiple species (read Arbor Biotechnologies' press release about their Cas13d deposit here ).

Not all Cas13d proteins are functional in mammalian cells, but Konermann et al. saw great results with CasRx and AdmCas13d fused to a nuclear localization signal (NLS). In a HEK293 mCherry reporter assay, CasRx and AdmCas13d produced 92% and 87% mCherry protein knockdown measured by flow cytometry, respectively. Cas13d CRISPR array processing is robust, with CasRx and either an unprocessed or processed gRNA array (22 nt spacer with 30 nt direct repeat) mediating potent knockdown. Multiplexing from the CRISPR array yielded >90% knockdown by CasRx for each of four targets, including two mRNAs and two nuclear long non-coding RNAs.

One interesting twist to Cas13d enzymes is their cleavage pattern: EsCas13d produced very similar cleavage products even when guides were tiled across a target RNA, indicating that this enzyme does not cleave at a predictable distance from the targeted region. Konermann et al. show that EsCas13d favors cleavage at uracils, but a more detailed exploration of this cleavage pattern is necessary.

Konermann et al. compared CasRx to multiple RNA regulating methods: small hairpin RNA interference, dCas9-mediated transcriptional inhibition (CRISPRi), and Cas13a/Cas13b RNA knockdown. CasRx was the clear winner with median knockdown of 96% compared to 65% for shRNA, 53% for CRISPRi, and 66-80% for other Cas13a and Cas13b effectors. Like previously characterized Cas13 enzymes, CasRx also displays very high on-target efficiency; where shRNA treatment produced 500-900 significant off-targets, CasRx displayed zero. Unlike Cas9, for which efficiency varies widely across guide RNAs, each guide tested with CasRx yielded >80% knockdown. It seems that CasRx may make it possible to target essentially any RNA in a cell.

Since catalytically dead dCasRx maintains its RNA-binding properties, Konermann et al. tested its ability to manipulate RNA species through exon skipping. Previous CRISPR exon-skipping approaches used two guide RNAs to remove a given exon from the genome, and showed success in models of muscular dystrophy . In this case, Konermann et al. targeted MAPT , the gene encoding dementia-associated tau, delivering dCasRx and a 3-spacer array targeting the MAPT exon 10 splice acceptor and two putative splice enhancers. After AAV-mediated delivery to iPS-derived cortical neurons, dCasRx-mediated exon skipping improved the ratio of pathogenic to non-pathogenic tau by nearly 50%, showing proof-of-concept for pre-clinical and clinical applications of dCasRx.

The identification of Type VI Cas13d enzymes is another win for bioinformatic data mining. As we continue to harness the natural diversity of CRISPR systems, only time will tell how large the genome and transcriptome engineering toolbox will be. It is, however, certain that the impact of CRISPR scientific sharing will continue to grow, and we at Addgene appreciate our depositors for making their tools available to the broader community.

References

Konermann, Silvana, et al. “Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors.” Cell (2018) pii: S0092-8674(18)30207-1. PubMed PMID: 29551272

Yan, Winston X., et al. “Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein.” Mol Cell. (2018) pii: S1097-2765(18)30173-4. PubMed PMID: 29551514

\1. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors

\2. CRISPR genetic editing takes another big step forward, targeting RNA

\3. How Editing RNA—Not DNA—Could Cure Disease in the Future

[ https://www.obiosh.com/kyfw/zl/aav/209.html](

神经元的最新研究进展论文

“灵魂出窍”的生物学解释 20201227很久以前,老何在大学读书的时候就学习了关于脑电波的一些基本知识,2015年,老何在一个自我催眠学习班上有缘了解到人在睡眠过程中各种状态下的脑电波变化,如精神紧张和情绪激动亢奋时14~30Hz的β波;人在清醒、安静并闭眼时8~13Hz(平均数为10Hz)的α波;也了解到人在婴儿期或智力发育不成熟、成年人在极度疲劳和昏睡或麻醉状态下,可在颞叶和顶叶记录到的,频率为1~3Hz的δ波。 最近,老何在王立铭老师的《巡山报告》中了解到一个生命科学的新发现:关于“灵魂出窍”的生物学解释。联想起多年以前读过的史蒂芬·科特勒/杰米·威尔《盗火:硅谷、海豹突击队和疯狂科学家如何变革我们的工作和生活》和王立铭老师解读关于镜像神经元的生物学研究进展,确实令人脑洞大开,非常值得对脑神经科学和静坐冥想有兴趣的朋友学习和思考!“灵魂出窍”的生物学解释“灵魂出窍”这个词,我们日常也会用,一般就是用来描述很爽、很嗨、很过瘾的情绪而已。但有意思的是,实际上有人真的能体验到这种感觉。 比如说,有一类叫作“解离型精神障碍”的疾病,患者就会出现类似灵魂出窍、灵魂和身体分离的感觉。还有某种精神类的药品,服用下去也有类似的效果。据说,它们会让人感觉自己的灵魂慢慢飞升、离开身体,甚至能回过头静静观察自己的四肢如何摆放、自己的脑子出现了什么想法。有时候,还会产生各种真实场景里没有的幻觉,比如看到小人跳舞、空间扭曲,听到五颜六色的声音等。至少根据当事人的描述,这种灵肉分离、灵魂出窍的感觉是实实在在的。因此,这类精神类药物也被称为“解离型药物” 每年,新闻上都有人吃了云南山里的蘑菇,出现各种奇奇怪怪的幻觉。在不少传统宗教里,巫师们会用各种植物和蘑菇做成药物,诱导信徒体验灵魂出窍的感觉。可以想象,一般人哪里扛得住这种经历,很容易就臣服在某种宗教教义的解释之下了。 当然,在现代科学的框架下,人的智慧不管再神奇,也无非是大脑中几百亿个神经细胞活动的结果而已,我们当然不相信人的脑袋里真的住着一个能够独立存在的灵魂,更不相信这东西在特殊条件下能够离开身体到处漂浮,还长了眼睛能回头观察自己的身体。但是不相信归不相信,这种体验的生物学解释又是什么呢? 你可能觉得这个问题有点太科幻,科幻到不属于我们这个时代。但2020年9月16日,美国斯坦福大学的科学家们在《自然》杂志发表了一篇论文,居然真的为灵魂出窍找到了一个看起来很靠谱的解释[9] 。 这项研究的逻辑其实挺容易理解的。既然这种解离型药物能够引起灵魂出窍的体验,科学家们为了科研需要,就给小鼠注射这种解离型药物,然后通过显微镜观察小鼠大脑不同区域的神经电活动有没有什么变化。结果他们发现,在整个大脑皮层区域,只有一个叫作“压后皮层”的区域,在注射该解离型药物以后,很快出现了频率很低、只有1-3赫兹的规律脑电波活动,有点像一个小灯泡以每秒钟亮1-3次的频率闪烁。等过了45分钟,也就是该精神类药物渐渐失效的时候,这种规律闪烁就停止了。 这个压后皮层的区域大概在小鼠大脑中间偏后的位置,可能和学习记忆这些功能有关,本来根本没有人觉得,它会和灵魂出窍这种玄乎的东西有关。因此,看到这个现象,科学家们自然需要进一步确认。结果他们发现,除了该种解离型药物之外,别的解离型药物对压后皮层的活动也有类似的调节作用,而别的药品,麻醉剂也好,致幻剂也好,抗焦虑药物也好,都没用。 难道说灵魂出窍的体验,就是这个压后皮层区域的这种规律性活动导致的? 为了回答这个问题,科学家们利用微型电极对数以百计的大脑神经细胞进行了更精细的活动记录,结果发现了一个更有意思的变化—— 在服用这种解离型药物之后,压后皮层的神经细胞的活动和大脑其他区域的神经细胞,出现了明显的脱节。具体来说,在正常状态下,因为大脑神经细胞之间存在大量直接或者间接的联系,它们的活动总是或多或少会步调一致,一起开启,一起关闭,因此就产生了我们熟悉的脑电波。但该种解离型药物注射下去,别的神经细胞还好,压后皮层的神经细胞却开始自作主张了,它们自己内部还仍然会步调一致,产生1-3赫兹的规律活动,但是这种活动和大脑其他区域脱节了。当然必须强调一句,这里所有注射该解离型药物的操作,都是为了科研中实验的需要。 这就很有意思了。我们刚刚描述了灵魂出窍的体验,听起来就是一种灵魂离开身体,还能回头观察自己的身体和思想的过程对吧?这个状态和压后皮层的神经细胞活动脱节,似乎有那么点像? 小鼠不会说话,当然无法描述自己的精神体验。但是,科学家们用了一个很有意思的办法,来测试这种灵魂出窍的感觉在小鼠体内到底存在不存在。 正常情况下,如果让小老鼠的前爪触碰一块很热的金属板,小老鼠挨了烫,会快速收回前爪,同时忍不住去舔舔爪子。你要是养过小狗、小猫、小孩子,可能会知道我在说什么。这两种反应听起来好像差不多,但性质有点不同——缩爪子,是遇到危险的本能逃避反应;而舔爪子,则带了那么点儿受伤以后自我安慰的感情色彩。 科学家们发现,注射该种解离型药物以后,小老鼠遇热缩爪子的反应没变,但是却不怎么舔爪子了。对此,研究者的解释是,小老鼠可能进入了灵魂出窍的状态,身体基本的防御反应还在,但是飞升的灵魂却感觉不到痛苦悲伤了,只是冷静地做个旁观者,因此就不再疗伤了。 当然,这个解释肯定是有点牵强的。毕竟老鼠不乐意舔爪子可以有各种各样的解释,说不定人家就是不喜欢这个动作了呢,扯不到灵魂出窍上。 不过比较幸运的是,这群科学家恰好找到了一个正在接受治疗的癫痫患者,他时不时就会出现灵魂出窍的体验。 在这位患者大脑里,科学家们居然发现了一模一样的现象。在患者说自己正体验灵肉分离、白日飞升、大脑里分出了几个小人彼此聊天的时候,他大脑里的压后皮层区域也出现了非常类似的现象——频率在3赫兹左右的规律神经活动。尽管只有一个人类患者的数据,但还是让科学家们更坚信自己找到了灵魂出窍的生物学解释。 但是请注意,截止到现在,所有的数据都仅仅还是相关性数据——老鼠或者人,在出现灵魂出窍的体验的时候,大脑压后皮层的神经细胞会出现规律活动,并且和其他大脑区域的活动脱节。这本身不说明两者有因果关系。 想要证明因果关系,我们就得人工操纵压后皮层的神经电活动,模拟出那种1-3赫兹的规律活动,然后看看老鼠或者人是不是真的灵魂出窍了。神经科学的技术进步,使这件事已经不是问题了。在这篇论文里,科学家们先是用了一种叫作“光遗传学”的办法,在小鼠脑袋里利用蓝光和黄光交替闪烁,刺激小鼠的压后皮层神经细胞,人为创造出2赫兹的规律性神经活动,果然就发现,小老鼠遇热也不太愿意舔爪子了。然后他们又用微电极,在那位人类患者脑袋里激发了类似的电活动,那位患者确实立马体会到了灵魂离体的感觉。 这样一来,数据就形成了闭环。灵魂离体的时候,大脑一个特殊区域的神经细胞出现了一种特殊的电活动;而如果人为诱发这种电活动,也能够人为诱导出灵魂出窍的体验。 不知道听到这儿你有什么想法,我反正读论文的时候是很兴奋的。灵魂出窍可能是人脑出现的最神奇的一种体验,原本我很难想象,居然能在有生之年看到对它的生物学解释。但是没想到,就在刚刚过去的这个月,我竟然有机会看到这样一个很简单但是合乎逻辑的科学解释。做科学研究的快乐可能正在于此吧,在走向未知世界的道路上,天知道你每天都会碰到什么。 当然,和所有重要的发现一样,这项研究在解决了一些问题的同时,提出了更多的新问题。 为啥压后皮层这么特别呢?这个区域为啥会出现这种1-3赫兹的规律性活动?这种活动意味着啥?和人类的自我意识有什么关系?为什么当这个压后皮层和其他大脑区域活动脱节,人就会出现灵魂出窍的体验?是不是说压后皮层本来就扮演了一个大脑其他区域观察者和指挥者的角色,负责监督其他大脑区域的活动?还有,为啥该种精神类药物会专门干扰这个地方的活动?人类的多重人格障碍和这个区域有没有关系…… 我甚至觉得,这些问题的背后,其实隐藏着人类智慧的关键秘密,特别是咱们人类如何产生自我意识,如何建立起独一无二的身份认知,如何形成复杂的社会并展开合作和交流。但这些,我们只能等待后续的研究进展了。附阅读推荐:《盗火:硅谷、海豹突击队和疯狂科学家如何变革我们的工作和生活》——[美]史蒂芬·科特勒 杰米·威尔这是本刚出版的新书,书名《盗火》源于古希腊神话人物普罗米修斯的故事,他为人类从天上盗来火种,使人成为万物之灵。因此触怒了宙斯,被锁链缚在高加索山脉的一块岩石上,每天被恶鹰啄食内脏,而他的内脏又总是重新长出来。本书所探讨的“火种”便是类似于心理学家所说的“心流”的状态,也称之为“出神”。一种让人能够全身心投入一项活动,忘记自己,忘记时间,毫不费力,发挥特别好还充满愉悦的感觉。在这种状态下的人仿佛获取了天神的力量,对别人构成一个非常不公平的竞争优势。而现在在美国,从特种部队到很多高科技公司则将大量人力、物力、财力投入到这个项目的研究中,并取得了一定成果。海豹突击队员曾经利用这一技术成功地完成了许多看似无法完成的任务,而他们所运用的则是一种随时关闭自我与集体融合,进行意识切换,做出战略调整来取得战争的胜利的被称之为“集体心流”的“出神”状态。从生理学角度分心,当人们体验一次完整的心流状态时,大脑会分泌六种愉悦感激素(多巴胺、去甲肾上腺素、大麻素、血清素、内啡肽及催产素),这也是大脑能产生的全部愉悦感激素。这意味着,如果我们进入心流状态,在工作中也能体会到兴奋和快乐。在这一状态下,大脑前额叶皮层的广泛活动没有了,取而代之的是这块区域某些特定的部分要么亮起来、异常活跃,要么就暗下去、活动减弱。与此同时,脑电波从活跃的β波,慢慢降低到平和的α波,进入到类似白日梦的状态,以及更深度的类似催眠状态的θ波。在神经化学物质上,像去甲肾上腺素和皮质醇这样的重力化学物质被能够加强表现、产生愉悦感的类似于多巴胺、内啡肽、大麻素、血清素和催产素等化合物替代。 从这一机制来看,“出神”状态其实可以通过三种途径进入。 第一种是用药物(吸食或注射刺激性药物)来激发这种状态。比如在人类历史上,某些宗教或团体就曾经在举行某一仪式前要求参加者摄入含有兴奋药成分的食物。比如如果能成功激发人体催产素的分泌,参与者就会感受到前所未有的仪式感,进而影响其一生。 第二种,也是最古老的神秘的一种,就是通过冥想等方式进入。但这种状态很难达到,据说西藏密教的某些得到高僧才能随意控制这种状态。而我们普通人如果想利用冥想来持续性地形成一种自我消失的状态,没有几十年的时间是达不到的。 第三种是经过科学训练,并借助某些现代科学手段和仪器来实现“出神”,这也是之前所提到的美国各大公司和军方正在着力研究的项目。据说现在已经有一种头戴式的仪器,戴上它之后可以有效地控制你的大脑活动,从而让人更专注于一件事,大幅提升办事效率,并能产生强烈的愉悦感。 本书通过数据、实例,以及当代心理学,神经生物学,工程技术和药理学几个领域的最新研究成果,将我们带入了一个全新的领域,标志着人类对自身的了解越来越深入。但我们也应该清醒的认识到,“出神”体验也有很大的副作用,比如:出神体验带来的多巴胺能让我们产生极端的自我意识,这时我们会认为再大的事业也可以一蹴而就(类似传销的体验),从而决心去做,这样可能会产生悲剧;在出神状态下,我们很难平衡好“放纵”和“克制”的关系,做不到收放自如,这样,便无法做到真正的“自由”;有些出神状态的进入可以通过之前提到的吸毒,或者从事剧烈的、危险的运动来实现,而这样很可能会给我们带来难以预料的危害。附:脑电波(Electroencephalogram,EEG)是一种使用电生理指标记录大脑活动的方法,大脑在活动时,大量神经元同步发生的突触后电位经总和后形成的。它记录大脑活动时的电波变化,是脑神经细胞的电生理活动在大脑皮层或头皮表面的总体反映。[1] 脑电波来源于锥体细胞顶端树突的突触后电位。脑电波同步节律的形成还与皮层丘脑非特异性投射系统的活动有关。脑电波是脑科学的基础理论研究,脑电波监测广泛运用于其临床实践应用中。[1] 2020年3月30日,美国加州大学旧金山分校的科研团队把人的脑电波转译成英文句子,最低平均错误率只有3%,发表在《自然·神经科学》杂志上。[2] 概念 人的大脑是由数以万计的神经元组成的,脑电波就是这些神经元之间的活动产生的电信号,这些神经元之间的连接有的是兴奋的,有的是抑制的;思维活动就是反应这些神经元之间的联系,大脑中的神经元会接收来自其他神经元的信号,当这I些信号的能量积累量超过一定的阐值时,就会产生脑电波,为了检测到脑电波,人’们通常将电极放置在人的头皮上来检测脑电波信号,再应用相关的设备进行脑波的收集与处理。[4] 脑电波中单导联脑电信号确定性较差、随机性强,非线性研究受到一定的限制,识别结果较差;而多导联脑电信号包含着更多的脑活动的信息,它更能反映脑活动的整体信息。[1]波段划分 现代科学研究表明,人脑工作时会产生自发性电生理活动,该活动可通过专用的脑电记录仪以脑电波的形式表现出,在脑电研究中,至少存在有四个重要的波段。[5] 脑电波是一些自发的有节律的神经电活动,其频率变动范围在每秒1-30次之间的,可划分为四个波段,即δ(1-3Hz)、θ(4-7Hz)、α(8-13Hz)、β(14-30Hz)。除此之外,在觉醒并专注于某一事时,常可见一种频率较β波更高的γ波,其频率为30~80Hz,波幅范围不定;而在睡眠时还可出现另一些波形较为特殊的正常脑电波,如驼峰波、σ波、λ波、κ-复合波、μ波等。[5] δ波 频率为1~3Hz,幅度为20~200μV。当人在婴儿期或智力发育不成熟、成年人在极度疲劳和昏睡或麻醉状态下,可在颞叶和顶叶记录到这种波段。[5] θ波 频率为4~7Hz,幅度为5~20μV。在成年人意愿受挫或者抑郁以及精神病患者中这种波极为显著。但此波为少年(10-17岁)的脑电图中的主要成分。[5] α波 频率为8~13Hz(平均数为10Hz),幅度为20~100μV。它是正常人脑电波的基本节律,如果没有外加的刺激,其频率是相当恒定的。人在清醒、安静并闭眼时该节律最为明显,睁开眼睛(受到光刺激)或接受其它刺激时,α波即刻消失。[5] β波 频率为14~30Hz,幅度为100~150μV。当精神紧张和情绪激动或亢奋时出现此波,当人从噩梦中惊醒时,原来的慢波节律可立即被该节律所替代。[5] 在人心情愉悦或静思冥想时,一直兴奋的β波、δ波或θ波此刻弱了下来,α波相对来说得到了强化。因为这种波形最接近右脑的脑电生物节律,于是人的灵感状态就出现了。[5]

从简单地剪切致病基因,到开发出不再传播疾病的工程动物,基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。随着研究的深入,科学界还发现,除了编辑具有遗传讯息的DNA片段,编辑RNA可以在不改变基因组的情况下,帮助调整基因表达方式,此外,RNA的寿命是相对短暂的,这也意味着它的变化是可以逆转的,从而避免基因工程中的巨大风险。

2017年10月,来自Broad研究所的张锋研究团队在《自然》期刊上发表了题为“RNA targeting with CRISPR-Cas13”的文章,首次将CRISPR-Cas13系统公之于众,证实了CRISPR-Cas13可以靶向哺乳动物细胞中的RNA。仅仅时隔三周,又一篇名为“RNA editing with CRISPR-Cas13”的力作发表于《科学》期刊。在该研究中,张锋研究团队再次展示了这一RNA编辑系统,能有效地对RNA中的腺嘌呤进行编辑。

在CRISPR出现之前,RNAi是调节基因表达的理想方法。但是Cas13a酶一大优势在于更强的特异性,而且这种本身来自细菌的系统对哺乳动物细胞来说,并不是内源性的,因此不太可能干扰细胞中天然的转录。相反,RNAi利用内源性机制进行基因敲除,对本身的影响较大。但CRISPR-Cas13系统还有一个重要的问题,Cas13a酶本质上是一种相对较大的蛋白质,因此很难被包装到靶组织中,这也可能成为RNA编辑技术临床应用的一大障碍。

2018年3月16日,一项发表在《细胞》期刊的重磅成果为RNA编辑技术带来一大步飞跃,来自美国Salk研究所的科学家利用全新的CRISPR家族酶扩展了RNA编辑能力,并将这个新系统命名为“CasRx”。

CasRx(品红色)在人类细胞核中靶向RNA(灰色),Salk研究所

“生物工程师就像自然界的侦探一样,在DNA模式中寻找线索来帮助解决遗传疾病。CRISPR彻底改变了基因工程,我们希望将编辑工具从DNA扩展到RNA。”研究领导者Patrick Hsu博士表示,“RNA信息是许多生物过程的关键介质。在许多疾病中,这些RNA信息失去了平衡,因此直接靶向RNA的技术将成为DNA编辑的重要补充。”

除了高效性且无明显脱靶效应,新系统的一个关键特征是其依赖于一种比以前研究中物理尺寸更小的酶。 这对RNA编辑技术至关重要,这使得该编辑工具能够更容易被包装到病毒载体,并进入细胞进行RNA编辑。来自东京大学的科学家Hiroshi Nishimasu并未参与这项研究,他表示:“在这项研究中,研究人员发现了一种较Cas13d更加‘紧凑’的酶CasRx。从基础研究到治疗应用,我认为CasRx将成为非常有用的工具。”

此外,在这项研究中,研究人员还展示了利用这种新型RNA编辑系统来纠正RNA过程的能力。他们将CasRx包装到病毒载体中,并将其递送到利用额颞叶痴呆(FTD)患者干细胞中培养的神经细胞,最终使tau蛋白水平恢复到健康水平上,有效率达到80%。

Patrick Hsu博士最后说道:“基因编辑技术通过对DNA的切割带来基因序列的改变。在经过基因编辑的细胞中,其效果是永久的。虽然基因编辑技术能够很好地将基因完全关闭,但对调节基因的表达上并不那么优秀。展望未来,这一最新工具将在RNA生物学研究中发挥重要作用,并有望在未来凭借该技术对RNA相关疾病进行治疗。”

该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默。

3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默,证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性,通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向Pscsk9的sgRNA到小鼠肝脏,有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比,Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96%,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比,Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低Pten的质粒、尾静脉注射敲低Pcsk9的AAV8病毒、眼部注射敲低Vegfa的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到Pten基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调,Pcsk9下调造成血清胆固醇下调;Vegfa下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。

2020年3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向 Pten 基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了 Pten 的高效沉默, 证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性, 通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向 Pscsk9 的sgRNA到小鼠肝脏, 有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平 。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。

同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也 探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低 Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积**,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。

近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比, Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96% ,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比, Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的 ,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。

此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性 。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低 Pten 的质粒、尾静脉注射敲低 Pcsk9 的AAV8病毒、眼部注射敲低 Vegfa 的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到 Pten 基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调, Pcsk9 下调造成血清胆固醇下调; Vegfa 下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。

图1 CasRx介导的 Pten 体内体外的下调( Protein & Cell )

A.质粒示意图;B.N2a细胞中 Pten 的下调;C.Western检测PTEN及AKT的表达; D.CasRx与shRNA脱靶比较;E.尾静脉注射质粒示意图;F.G.H.免疫荧光,qPCR,western分别检测 Pten 及p-AKT的表达

图2 血清胆固醇的调节以及 Pcsk9 的可逆调控( Protein & Cell )

A.针对 Pcsk9 的AAV8病毒注射示意图;B.肝组织中 Pcsk9 的表达量;C.血清 PCSK9 的表达量;D.血清胆固醇水平;E.F.血清ALT和AST的测定;G.可逆调节注射示意图; H. Pcsk9 的动态调控。

图3 AAV介导CasRx减少了AMD小鼠模型中CNV的面积(National Science Review)

A.小鼠和人序列比较以及sgRNA示意图;B.C.在293T和N2a细胞中敲低 Vegfa ;D.VEGFA蛋白的表达;E.AAV病毒质粒示意图;F.实验流程图;G.CasRx的mRNA表达水平;H.I.激光烧伤之前或之后7天的 Vegfa mRNA水平;J.CNV诱导3天后的VEGFA蛋白水平;K.激光烧伤7天后,用PBS或AAV-CasRx- Vegfa 注射的代表性CNV图像;L.M.CNV面积统计。

2020 年 4 月 8 日, Cell 期刊在线发表了题为 《Glia-to-Neuron Conversion by CRISPR-CasRx Alleviates Symptoms of Neurological Disease in Mice》 的研究论文,该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室 杨辉 研究组完成。

该项研究通过运用最新开发的 RNA 靶向 CRISPR 系统 CasRx 特异性地在视网膜穆勒胶质细胞中敲低 Ptbp1 基因的表达,首次在成体中实现了视神经节细胞的再生,并且恢复了永久性视力损伤模型小鼠的视力。同时,该研究还证明了这项技术可以非常高效且特异地将纹状体内的星形胶质细胞转分化成多巴胺神经元,并且基本消除了帕金森疾病的症状。该研究将为未来众多神经退行性疾病的治疗提供一个新的途径。

人类的神经系统包含成百上千种不同类型的神经元细胞。在成熟的神经系统中,神经元一般不会再生,一旦死亡,就是永久性的。神经元的死亡会导致不同的神经退行性疾病,常见的有阿尔兹海默症和帕金森症。此类疾病的病因尚不明确且没有根治的方法,因此对人类的健康造成巨大威胁。据统计,目前全球大约有 1 亿多的人患有神经退行性疾病,而且随着老龄化的加剧,神经退行性疾病患者数量也将逐渐增多。

在常见的神经性疾病中,视神经节细胞死亡导致的永久性失明和多巴胺神经元死亡导致的帕金森疾病是尤为特殊的两类,它们都是由于特殊类型的神经元死亡导致。我们之所以能看到外界绚烂多彩的世界,是因为我们的眼睛和大脑中存在一套完整的视觉通路,而连接眼睛和大脑的神经元就是视神经节细胞。

作为眼睛和大脑的唯一一座桥梁,视神经节细胞对外界的不良刺激非常敏感。研究发现很多眼疾都可以导致视神经节细胞的死亡,急性的如缺血性视网膜病,慢性的如青光眼。视神经节细胞一旦死亡就会导致永久性失明。据统计,仅青光眼致盲的人数在全球就超过一千万人。

帕金森疾病是一种常见的老年神经退行性疾病。它的发生是由于脑内黑质区域中一种叫做多巴胺神经元的死亡,从而导致黑质多巴胺神经元不能通过黑质-纹状体通路将多巴胺运输到大脑的另一个区域纹状体。目前,全球有将近一千万人患有此病,我国尤为严重,占了大约一半的病人。 如何在成体中再生出以上两种特异类型的神经元,一直是全世界众多科学家努力的方向。

该研究中,研究人员首先在体外细胞系中筛选了高效抑制 Ptbp1 表达的 gRNA,设计了特异性标记穆勒胶质细胞和在穆勒胶质细胞中表达 CasRx 的系统。所有元件以双质粒系统的形式被包装在 AAV 中并且通过视网膜下注射,特异性地在成年小鼠的穆勒胶质细胞中下调 Ptbp1 基因的表达。

大约一个月后,研究人员在视网膜视神经节细胞层发现了由穆勒胶质细胞转分化而来的视神经节细胞,并且转分化而来的视神经节细胞可以像正常的细胞那样对光刺激产生相应的电信号。

研究人员进一步发现,转分化而来的视神经节细胞可以通过视神经和大脑中正确的脑区建立功能性的联系,并且将视觉信号传输到大脑。在视神经节细胞损伤的小鼠模型中,研究人员发现转分化的视神经细胞可以让永久性视力损伤的小鼠重新建立对光的敏感性。

为进一步发掘 Ptbp1 介导的胶质细胞向神经元转分化的治疗潜能,研究人员证明了该策略还能特异性地将纹状体中的星形胶质细胞非常高效的转分化为多巴胺神经元,并且证明了转分化而来的多巴胺神经元能够展现出和黑质中多巴胺神经元相似的特性。

在行为学测试中,研究人员发现这些转分化而来的多巴胺神经元可以弥补黑质中缺失的多巴胺神经元的功能,从而将帕金森模型小鼠的运动障碍逆转到接近正常小鼠的水平。

需要指出的是,虽然科学家们在实验室里取得了重要进展,但是要将研究成果真正应用于人类疾病的治疗,还有很多工作要做:人类的视神经节细胞能否再生?帕金森患者是否能通过该方法被治愈?这些问题有待全世界的科研工作者共同努力去寻找答案。

(上)CasRx 通过靶向的降解 Ptbp1 mRNA 从而实现 Ptbp1 基因表达的下调。

(中)视网膜下注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将视网膜穆勒胶质细胞转分化为视神经节细胞,转分化而来视神经节细胞可以和正确的脑区建立功能性的联系,并且提高永久性视力损伤模型小鼠的视力。

(下)在纹状体中注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将星形胶质细胞转分化为多巴胺神经元,从而基本消除了帕金森疾病模型小鼠的运动症状。

RNA-editing Cas13 enzymes have taken the CRISPR world by storm. Like RNA interference, these enzymes can knock down RNA without altering the genome , but Cas13s have higher on-target specificity. New work from Konermann et al. and Yan et al. describes new Cas13d enzymes that average only 2.8 kb in size and are easy to package in low-capacity vectors! These small, but mighty type VI-D enzymes are the latest tools in the transcriptome engineering toolbox.

Microbial CRISPR diversity is impressive, and researchers are just beginning to tap the wealth of CRISPR possibilities. To identify Cas13d, both groups used very general bioinformatic screens that looked for a CRISPR repeat array near a putative effector nuclease. The Cas13d proteins they identified have little sequence similarity to previously identified Cas13a-c orthologs, but they do include HEPN nuclease domains characteristic of the Cas13 superfamily. Yan et al. proceeded to study orthologs from Eubacterium siraeum (EsCas13d) and Ruminococcus sp. (RspCas13d), while Konermann et al. characterized orthologs from “Anaerobic digester metagenome” (AdmCas13d) and Ruminococcus flavefaciens (nicknamed CasRx), as well as EsCas13d.

Like other Cas13 enzymes, the Cas13d orthologs described in these papers can independently process their own CRISPR arrays into guide RNAs. crRNA cleavage is retained in dCas13d and is thus HEPN-independent. These enzymes also do not require a protospacer flanking sequence, so you can target virtually any RNA sequence ! In bacteria, Cas13d-mediated cleavage promotes collateral cleavage of other RNAs. As with other Cas13s, this collateral cleavage does not occur when Cas13d is expressed in a mammalian system.

Since Cas13d is functionally similar to previously discovered Cas13 enzymes - what makes these orthologs so special? The first property is size - Cas13d enzymes have a median length of ~930aa - making them 17-26% smaller than other Cas13s and a whopping 33% smaller than Cas9! Their small size makes then easy to package in low-capacity vectors like AAV, a popular vector due to its low immunogenicity. But these studies also identified other advantages, including Cas13d-specific regulatory proteins and high targeting efficiency, both of which are described below.

The majority of Type VI-D loci contain accessory proteins with WYL domains (named for the three conserved amino acids in the domain). Yan et al. from Arbor Biotechnologies found that RspCas13d accessory protein RspWYL1 increases both targeted and collateral RNA degradation by RspCas13d. RspWYL1 also increased EsCas13d activity, indicating that WYL domain-containing proteins may be broader regulators of Cas13d activity. This property makes WYL proteins an intriguing counterpart to anti-CRISPR proteins that negatively modulate the activity of Cas enzymes, some of which are also functional in multiple species (read Arbor Biotechnologies' press release about their Cas13d deposit here ).

Not all Cas13d proteins are functional in mammalian cells, but Konermann et al. saw great results with CasRx and AdmCas13d fused to a nuclear localization signal (NLS). In a HEK293 mCherry reporter assay, CasRx and AdmCas13d produced 92% and 87% mCherry protein knockdown measured by flow cytometry, respectively. Cas13d CRISPR array processing is robust, with CasRx and either an unprocessed or processed gRNA array (22 nt spacer with 30 nt direct repeat) mediating potent knockdown. Multiplexing from the CRISPR array yielded >90% knockdown by CasRx for each of four targets, including two mRNAs and two nuclear long non-coding RNAs.

One interesting twist to Cas13d enzymes is their cleavage pattern: EsCas13d produced very similar cleavage products even when guides were tiled across a target RNA, indicating that this enzyme does not cleave at a predictable distance from the targeted region. Konermann et al. show that EsCas13d favors cleavage at uracils, but a more detailed exploration of this cleavage pattern is necessary.

Konermann et al. compared CasRx to multiple RNA regulating methods: small hairpin RNA interference, dCas9-mediated transcriptional inhibition (CRISPRi), and Cas13a/Cas13b RNA knockdown. CasRx was the clear winner with median knockdown of 96% compared to 65% for shRNA, 53% for CRISPRi, and 66-80% for other Cas13a and Cas13b effectors. Like previously characterized Cas13 enzymes, CasRx also displays very high on-target efficiency; where shRNA treatment produced 500-900 significant off-targets, CasRx displayed zero. Unlike Cas9, for which efficiency varies widely across guide RNAs, each guide tested with CasRx yielded >80% knockdown. It seems that CasRx may make it possible to target essentially any RNA in a cell.

Since catalytically dead dCasRx maintains its RNA-binding properties, Konermann et al. tested its ability to manipulate RNA species through exon skipping. Previous CRISPR exon-skipping approaches used two guide RNAs to remove a given exon from the genome, and showed success in models of muscular dystrophy . In this case, Konermann et al. targeted MAPT , the gene encoding dementia-associated tau, delivering dCasRx and a 3-spacer array targeting the MAPT exon 10 splice acceptor and two putative splice enhancers. After AAV-mediated delivery to iPS-derived cortical neurons, dCasRx-mediated exon skipping improved the ratio of pathogenic to non-pathogenic tau by nearly 50%, showing proof-of-concept for pre-clinical and clinical applications of dCasRx.

The identification of Type VI Cas13d enzymes is another win for bioinformatic data mining. As we continue to harness the natural diversity of CRISPR systems, only time will tell how large the genome and transcriptome engineering toolbox will be. It is, however, certain that the impact of CRISPR scientific sharing will continue to grow, and we at Addgene appreciate our depositors for making their tools available to the broader community.

References

Konermann, Silvana, et al. “Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors.” Cell (2018) pii: S0092-8674(18)30207-1. PubMed PMID: 29551272

Yan, Winston X., et al. “Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein.” Mol Cell. (2018) pii: S1097-2765(18)30173-4. PubMed PMID: 29551514

\1. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors

\2. CRISPR genetic editing takes another big step forward, targeting RNA

\3. How Editing RNA—Not DNA—Could Cure Disease in the Future

[ https://www.obiosh.com/kyfw/zl/aav/209.html](

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