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黑水虻毕业论文

发布时间:2023-02-28 11:00

黑水虻毕业论文

2019年11月25日,上海生科院植物生理生态研究所黄勇平,华中农业大学张吉斌团队等人在Cell Research上在线发表了题为Genomic landscape and genetic manipulation of the black soldier fly Hermetia illucens, a natural waste recycler的研究论文。该研究报告了黑水虻(BSF)的高质量基因组图谱,通过CRISPR/Cas9的基因编辑方法,获得了一种能显著提高BSF取食能力的基因型,为优化BSF基因系的产业化提供了有价值的基因组和技术资源。

黑水虻是双翅目,水虻科昆虫,能将有机物转化成动物可食用的资源,基因组大小1.1G,16,770个蛋白编码基因。与其他双翅目昆虫相比,黑水虻基因组在septic adaptation(腐败性环境的适应性)的功能类群中的基因大量扩张,包括immune system factors, olfactory receptors, and cytochrome P450s。中肠转录组表明与消化系统以及抵抗细菌等通路大量富集。BSF幼虫取食代表性的有机物的微生物组表明,Firmicutes bacteria(厚壁菌门细菌)在肠道微生物最多。通过CRISPR/Cas9-based技术得到取食能力增强的基因型。

随着人类人口的大量扩增,产生了越来越多的有机废物,它们的处理办法主要有三种:焚烧,填埋,堆肥。然而这些方法或多或少都会造成环境的二次污染。而黑水虻被认为是在全世界唯一可以用于水产以及家禽的饲料原料的昆虫。它们可以高效的利用有机废物转化成蛋白,脂肪等,降低二氧化碳排放,病原菌及抗生素污染。随着测序技术的不断发展,本文利用基因组,转录组,宏基因组及基因的遗传操作,可用于探索BSF生物学特征的遗传基础。

测序样本为10代自交系昆虫,~300×左右测序深度的Illumina sequencing,包括paired-end libraries of short inserts and mate-pair libraries of long inserts,1102 Mb of assembled scaffolds with a 1.69 Mb N50 length。BSF由于转座子,重复的非编码DNA,以及大量的重复序列导致其基因组很大。

测序深度及GC含量呈现正态分布,表明组装中污染较少。

the BSF genome fills a gap between the Nematocera(长角亚目), the earliest diverging suborder of Diptera, and more recent flies(短角亚目).

BSF与家蝇和果蝇的 nonsynonymous-to-synonymous substitution (dN/dS) ratios分析得出,发现342个基因dN/dS比例高,这些快速进化的基因主要富集在与核糖体相关的功能模块上,它们参与蛋白质合成通路。它们主要富集在氨基酸代谢以及免疫相关的代谢通路中。h这可能由于BSF长期生活在高蛋白以及病原体富集的环境中。

可以看到BSF与其他双翅目昆虫相比,在解毒酶,嗅觉感受,免疫因子,免疫通路相关的基因出现大量扩张,这与它的环境适应是相关联的。

它们通过对BSF幼虫喂食包括食物废物,家禽粪,牛粪和猪粪,分别在第4,6,8,12天提取中肠进行转录组分析。

通过16S rRNA测序,得到BSF在不同取食及不同时间的肠道微生物种类和丰度,可以看到取食牛粪和猪粪的幼虫肠道中有更多种类的微生物类群。不像中肠转录组的表达谱没有规律性,取食与肠道微生物类群相关性很高。这其中厚壁菌门(Firmicutes)的细菌种类最多,它们能分泌多种蛋白酶和果胶酶参与到消化稻草相关肥料的糖类代谢中 Firmicutes have an important role in digestion of animal manure as these bacteria secrete a variety of proteases and pectinases and are involved in degradation of indigestible carbohydrates in straw-related compost

主要的思路就是能让BSF在幼虫阶段吃的更多,转化有机物的能力增加,在成虫阶段减少其移动的距离,这样可以积累大量的种群数量。 首先昆虫的变态过程是通过一系列激素和神经肽控制的,而促前胸腺激素( Ptth )可以控制蜕皮激素的合成与释放。 Ptth 的敲除可以有效延长幼虫到蛹的时间,two sgRNAs, targeted to the second and fourth exons, to disrupt HiPtth substantially in vivo。the last larval instar increased from 4–5 days in controls to > 85 days in mutant larvae of any mosaic forms of disrupted HiPtth。体型和体重也有明显增加,这可能由于延长其取食时间导致的。 其次,通过与果蝇翅发育基因的同源比对,BSF. Vestigial (Vg)编码对果蝇翅大小和形状的基因。通过对其敲除得到了无翅的成虫个体,并且不影响成虫的发育。

提取单个蛹的DNA用于基因组测序,主要通过构建不同插入片段大小的paired-end和mate-pair文库来构建contig和scaffold。

Kmer分析评估基因组大小,Seqtk v1.0 trim Adaptors and low-quality 的统计使用jellyfish(21mer)。杂合度和其他基因组特征使用GenomeScope。

重复序列注释

orthomclSoftware用于寻找the final orthologs, inparalogs, and co-orthologs。Multiple alignments of protein sequences for each group were performed using Muscle,Gblocks to identify conserved blocks。 Conserved blocks were finally concatenated to 10 super genes with 255,475 amino acids, which were used to quantify the maximum likelihood phylogeny using RAxML。 Codeml from the PAML package was used to calculate dN/dS ratios under the F3X4 codon frequency. Functional enrichment analyses were performed via an online OMICSHARE cloud platform ( ).

肠道微生物的16S rRNA sequencing.

浅谈钢铁是怎样炼成的 汉语言文学毕业论文

一《钢铁是怎样炼成的》尼古拉.奥斯特洛夫斯基(1904_1936),苏联著名的布尔什维克作家二故事梗概保尔.柯察金,出生于贫困的铁路工人家庭,早年丧父,全凭母亲替人洗衣做饭维持生计。12岁时,母亲把他送到车站食堂当杂役,在那儿他受尽了凌辱。他憎恨那些斯压究人的店老板,厌恶那些花天酒地的有钱人。“十月革命”爆发后,帝国主义和反动派妄图扼杀新生的苏维埃政权。保尔的家乡乌克兰谢别托卡镇也经历了外国武装干涉和内战的岁月。红军解放了谢别托夫卡镇,但很快就撤走了,只留下老布什维克朱赫来在镇上做地下工作。他在保尔家住了几天,给保尔讲了关于革命、工人阶级和阶级斗争的许多道理,朱赫来是保尔走上革命道路的最初领导人。在一次钓鱼的时候,保尔结识了林务官的女儿冬妮娅。一天,朱赫来被白匪军抓走了。保尔到处打听他的下落,在匪兵押送朱赫来的途中,保尔猛扑过去,把匪兵打倒在壕沟里,与朱赫来一起逃走了。由于波兰贵族李斯真斯基的儿子维克多的告密,保尔被抓进了监狱。在狱中,保尔经受住了拷打,坚强不屈,为迎接白菲头子彼得留拉来小城视察,一个二级军官错把保尔当作普通犯人放了出来。他怕重新落入魔掌,不敢回家,遂不由自主地来到了冬妮娅的花园门前,纵身跳进了花园。由于上次钓鱼时,保尔解救过冬妮娅,加上她又喜欢他“热情和倔强”的性格,他的到来让她很高兴。保尔也觉得冬妮娅跟别的富家女孩不一样,他们都感受到了朦胧的爱情。为了避难,他答应了冬妮娅的请求,住了下来。几天后,冬妮娅找到了保尔的哥哥阿尔青,他把弟弟送到喀察丁参加了红军。保尔参军后当过侦察兵,后来又当了骑兵。他在战场上是个敢于冲锋陷阵的能干而且还是一名优秀的政治宣传员。他特别喜欢读《牛虻》、《斯巴达克斯》等作品,经常给战友们朗读或讲故事。在一次激战中,他的头部受了重伤,但他用顽强的毅力战胜了死神。他的身体状况使他不能再回前线,于是他立即投入了恢复和建设国家的工作。他做团的工作、肃反工作,并忘我地投入到艰苦的体力劳动中去。特别是修建铁路的工作尤为艰苦;秋雨、泥泞、大雪、冻土,大家缺吃少穿,露天住宿,而且还有武装匪徒的袭拢和疾病的威胁。在这一段时间里,他和冬妮娅的爱情产生了危机,冬妮娅那庸俗的个人主义令他反感。等到在修筑铁路时又见到她的时候,她已和一个有钱的工程师结了婚。保尔在铁路工厂任团委书记时,与团委委员丽达在工作上经常接触,俩人逐渐产生了感情。但他又错把丽达的哥哥当成了她的恋人,因而失去了与她相爱的机会。在筑路工作要结束时,保尔得了伤寒并引发了肺炎,组织上不得不把保尔送回家乡去休养。半路上误传出保尔已经死去的消息,但保氏尔第四次战胜死亡回到了人间。病愈后,他又回到了工作岗位,并且入了党。由于种种伤病及忘我的工作和劳动,保尔的体质越来越坏,丧失了工作能力,党组织不得不解除他的工作,让他长期住院治疗。在海滨疗养时,他认识了达雅并相爱。保尔一边不断地帮助达雅进步,一边开始顽强地学习,增强写作的本领。1927年,保尔已全身瘫痪,接着又双目失明,肆虐的病魔终于把这个充满战斗激情的战士束缚在床榻上了。保尔也曾一度产生过自杀的念头,但他很快从低谷中走了出来。这个全身瘫痪、双目失明并且没有丝毫写作经验的人,开始了他充满英雄主义的事业——文学创作。保尔忍受着肉体和精神上的巨大痛苦,先是用硬纸板做成框子写,后来是自己口述,请人代录。在母亲和妻子的帮助下,他用生命写成的小说《钢铁是怎样炼成的》终于在1934年出版了!保尔拿起新的武器,开始了新的生活。三人物形象《钢铁是怎样炼成的》这部小说的最大成就,就是成功地塑造了保尔.柯察金这个在布尔会维克党的培养下,在革命烽火和艰苦环境中锻炼出来的共产主义新人的典型形象。他以爱憎分明的阶级立场、崇高的道德风貌、高昂的革命激情、奇迹般的生命活力和钢铁般的坚强意志,谱写着把一切献给党和人民的壮丽诗篇。保尔是一个自觉的、无私的革命战士,他总是把党和祖国的利益放在第一位。在那血与火的战争年代,保尔和父兄们一起驰骋疆场,为保卫苏维埃政权,同外国武装干涉者和白匪军浴血奋战,表现了甘愿为革命事业不怕牺牲的献身精神。在那医治战争创伤,恢复国民经济的艰难岁月中,他又以全部热情投入到和平劳动之中。虽然他曾经金戈铁马,血染疆场,但他不居功自傲,也没有考虑个人的名利地位,只想多为党和人民做点事情。党叫他修铁路,他去了;党调他当团干部,他去了,而且都是害出命来干。为了革命,他甚至可以牺牲爱情。他爱丽达,但受“牛虻”的影响,要“彻底献身于革命事业”,所以按照“牛虻”的方式来了个不告而别。在全身瘫痪、双目失明后,他生命的全部需要,就是能够继续为党工作。正像他所说的:“我的整个生命和全部精力,都献给了世界上最壮丽的事业——为人类的解放而斗争。”保尔更是一个刚毅坚强的革命战士,他在人生各个方面都经受住了严峻的考验。在敌人的严刑拷打面前,他坚贞不屈;在枪林弹雨的战场上,他勇往直前;在与吞噬生命的病魔的搏斗中,他多次令死神望而却步,创造了“起死回生‘的奇迹。尤其是他在病榻上还奋力向艺术的殿堂攀登的过程,表现了一个革命战士钢铁般的意志所能达到的最高境界。保尔又是一个于平凡见伟大的英雄人物。在他的履历表中,没有什么惊天动地的伟大业绩,他总是从最平凡的小事做起。面对疾病的沉重打击,他也曾产生过自杀的念头,而且就是在他与病魔抗争的英雄主义激情中,他包含有“左派“幼稚病的危险。保尔后来也终于认识到他不爱惜身体的行为不能称之为英雄行为,而是一种任性和不负责任。因此,保尔是伟大的,也是平凡的,他是在革命的烈火中逐渐历炼成熟起来的钢铁战士,日一个有血有肉的、让人感到亲切的榜样式人物。保尔又是以作者自己为原型塑造出来的带有自传性质的典型形象,作家是以自己的生活经历和真情实感为基础来描写保尔的。因此,保尔的动人事迹不是艺术上的虚构,而基本上是真人真事,惟其真实,所以更加感人。但作者又反对把这部小说完全看成作家的自传,因为“这是小说,而不是传记”。他在保尔身上集中了他同时代许许多多同类人物的思想和性格特征,运用了典型化的手法。他说:“在这本书中,我写的不是保尔.柯察金一个人,而写的是千百万柯察金,是为了争取自己的幸福而奋身投入战斗的千百万男女!”保尔的形象既是自传性的,更是梗概性的,是社会主义青年一代中最光辉最典型的代表。四主题思想《钢铁是怎样炼成的》是一部描写新人成长历程和揭示新人优秀品质的优秀小说。当一位英国记者问作者为什么以《钢铁是怎样炼成的》为书名时,奥斯特洛夫斯基回答说:“钢是在烈火与骤冷中铸造而成的。只有这样它才能成为坚硬的,什么都不惧怕,我们这一代人也是在这样的斗争中、在艰苦的考验中锻炼出来的,并且学会了在生活面前不颓废。”这个书名,形象地概括了他所要表达的思想内容;自己这一代人的成长道路和思想性格。通过保尔.柯察金的成长道路,小说告诉人们,一个人只有在革命的艰难困苦中战胜敌人也战胜自己,只有在把自己的追求和祖国、人民的利益联系在一起的时候,才会创造出奇迹,才会成长为钢铁战士。革命者在斗争中百炼成钢,这是小说的一个重要主题。通过揭示保尔为了党和人民的事业,敢于战胜任何艰难困苦的刚毅性格,小说形象地告诉青年一代,什么是共产主义理想,如何为共产主义理解去努力奋斗。革命战士应当有一个什么样的人生,这是小说的又一主题。保尔在凭吊女战友娃莲的墓地时所说的那段话,就是他的共产主义人生观的自白,也是对小说这一主题的阐发:“人最宝贵的东西是生命,生命属于人只有一次。人的一生应该是这样度过的;当他回首往事的时候,他不会因为虚度年华而悔恨,也不会因为碌碌无为而羞耻;这样,在临死的时候,他就能够说:‘我的整个生命和全部精力,都已经献给世界上最壮丽的事业——为人类的解放而斗争。’”可以这样来概括小说的主题思想:人的一生应当象保尔.柯察金那样去度过。五艺术特色《钢铁是怎样炼成的》是一部自传性的小说,小说中的许多故事都来自于作者的亲身经历,因此读来更加真实可信,亲切感人。但作者又不拘泥于生活事实,对人物和情节作了大量典型化处理。《钢铁是怎样炼成的》和高尔基的“自传体三部曲”一样,对自传体小说的革新做出了重要的贡献。小说的全部描写都围绕着主人公的成长来,结构紧凑自然.在刻画主人公性格的时候,又人不同的侧面来表现他的优秀品质。通过描写保尔怎样对待监狱、战争、工作、友谊、爱情、疾病、挫折,亦即怎样对待革命与个人、公与私、生与死等重大问题的态度,把保尔这一钢铁战士的形象塑造得格外丰满生动,光彩照人。

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