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又到了高校硕博生撸起袖子加油发论文的季节，生信类文章作为一种短平快的手段受到广大科研者的喜爱。我在pubmed中简单用“TCGA”关键词统计了近十年的SCI发表情况，发现从2010年开始生信SCI成指数性增长由年15篇增加到2700多。令人惊叹，2020年截止当前已经发表1212篇。管中窥豹，如此海量的生信文章，如何异军突起荣获审稿人青睐？近来有不少人抱怨，纯生信投稿杂志越来越少，投稿杂志风向变动太快，审稿人反馈要功能验证，要求补试验。如此看来，给生信文章加点实验料是生信类SCI大势所趋。那么各组学筛选的标记物实验验证的方法有哪些？我本期将给大家奉上多种组学的标记物实验验证方法，供大家参考。

Suorce: Pubmed

为了方便大家快速理解，我查阅大量资料以文字加图片的形式板块化呈现常见的各组学方案及简明实验步骤，本期分享基因组学、蛋白组学、代谢组学以及转录组学4个组学的标记物检测方法，废话少说，直接上干货。

一、基因组学marker验证实验

1. 基因表达

逆转录定量PCR（qRT-PCR）是在样品量少或者非常珍贵的情况研究基因表达的模式。这种方法主要的优点是范围宽、敏感性高、精确度高，无PCR后处理步骤，避免了交叉污染，且产出率高，可以进行多重检测等。具体是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。在实时荧光定量PCR反应中，引入一个荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也等比增强。每经过一个循环，收集一个荧光强度信号，通过荧光强度变化检测产物量变化，最终得到一条荧光扩增曲线。实验思路见参考文献[1]。

实验材料

新鲜、冰冻的组织、细胞，新鲜、冷冻的血液或血浆等

 基因表达量的检测方法还包括：PCR[2]、RT-PCR[3]。

2.  甲基化 检测

甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）是一种灵敏度高，且不受限制酶限制的DNA甲基化检测技术。通常是设计两对引物，一对MSP引物扩增经亚硫酸氢盐处理后的DNA模板，另一对扩增未甲基化片段。若第一对引物能扩增出片段，则说明该检测位点存在甲基化，若第二对引物能扩增出片段，则说明该检测位点不存在甲基化。实验思路见参考文献[4]。

实验材料

新鲜、冷冻、石蜡包埋细胞或组织等    

  甲基化检测的其他技术还包括：亚硫酸氢盐处理+测序[5]、联合硫酸氢钠的限制性内切酶分析法（COBRA）[6]等。

二、蛋白组学marker验证实验

蛋白质印迹法（免疫印迹试验，Western blot）是将电泳分离后的细胞或组织总蛋白质从凝胶转移到固相支持物NC膜或PVDF膜上，然后用特异性抗体检测某特定抗原的一种蛋白质检测技术，其基本原理是通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织样品进行着色。实验方法应用广泛，是常见的蛋白定性及定量检测方法。实验思路见参考文献[7]。

实验材料

新鲜、冷冻的细胞或者组织

酶联免疫吸附测定（Enzyme Linked Immunosorbent Assay，ELISA）是利用抗原抗体特异性结合进行免疫反应的定性和定量检测方法。基本原理：使抗原或抗体结合到固相载体表面，并保持其免疫活性。使抗原或抗体与某种酶连接成酶标抗原或抗体，这种酶标抗原或抗体既保留其免疫活性，又保留酶的活性。在测定时，把受检标本和酶标抗原或抗体按不同的步骤与固相载体表面的抗原或抗体起反应。用洗涤的方法使固相载体上形成的抗原抗体复合物与其他物质分开，最后结合在固相载体上的酶量与标本中受检物质的量成一定的比例。加入酶反应的底物后，底物被酶催化变为有色产物，产物的量与标本中受检物质的量直接相关，故可根据颜色反应的深浅有无定性或定量分析。实验思路见参考文献[8]。

实验材料

新鲜、冷冻的细胞或者组织

免疫组织化学（IHC）又称免疫细胞化学。是应用免疫学及组织化学原理，对组织切片中的蛋白水平检测。其是采用标记的特异性抗体（或抗原）对组织内抗原（或抗体）的分布进行组织和细胞原位检测，检测相应的目的抗原（或抗体），并进行定位、定性和定量分析。根据标记物的性质检测技术分为：免疫荧光技术、免疫酶技术、免疫金属技术和放射免疫自影法。实验中应用较多的为免疫荧光技术和免疫酶技术。实验思路见参考文献[9]。

实验材料

石蜡包埋的组织、细胞标本以及冰冻组织切片

三、代谢组学marker验证实验

 气相色谱质谱联用（GC-MS）：气相色谱法是利用不同物质在固定相和流动相中的分配系数不同，使不同化合物从色谱柱流出的时间不同，达到分离化合物的目的。质谱法是利用带电粒子在磁场或电场中的运动规律，按其质荷比（m/z）实现分离分析，测定离子质量及强度分布，可以给出化合物的分子量、元素组成、分子式和分子结构信息，具有定性专属性、灵敏性高级检测快速等特点。实验思路见参考文献[10]。

实验材料

小分子、易挥发、热稳定、能气化的化合物

 液相色谱质谱联用（LC-MS）：具有分析范围广、分离能力强、定性分析结果可靠、检测限低、分析时间快、自动化程度高。其是以液相色谱作为分离系统，质谱为检测系统。样品在质谱部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开，经检测器得到质谱图。实验思路见参考文献[11]。

实验材料

不挥发、极性化、热不稳定及大分子（蛋白、多肽、多聚物等）

四、转录组学marker验证实验

1. 表达量验证

qRT-PCR（见基因组学）和Northern blot。

Northern印迹杂交（Northern blot）是用于检测样品中是否含有基因的转录产物（mRNA）及对其进行定量。原理是在变性条件下将待检的RNA样品进行琼脂糖凝胶电泳，继而将在凝胶中的位置转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上，固定后再与同位素或其他标志物标记的RNA探针进行反应。应用的文献较少，实验思路见参考文献[12]。

实验 材料

总RNA样品或mRNA样本（RNA容易降解，需要注意保存方法及周期）

灵敏度：qRT-PCR>Northern blot，特异性：Nortern blot>qRT-PCR（上述已说明实验方案）。

2. RNA和蛋白质相互作用

RNA免疫沉淀（RIP）：是将所关注的RNA结合蛋白（RBP）与其结合的RNA一起进行免疫沉淀，鉴定结合转录RNA。可以通过RT-PCR、微阵列或测序检测，是一种基于抗体，用于定位体内的RNA-蛋白质相互作用的技术。实验思路见参考文献[13]。

实验材料

细胞

RNA-pull down：是将RNA进行标记（如生物探针标记）再与胞浆蛋白提取液共同孵育，从而形成RNA-蛋白质复合物，通过SDS-PAGE分离蛋白质，最后通过Western blot或质谱检测蛋白质。用于寻找与目的RNA结合的蛋白。实验思路见参考文献[14]。

实验材料

细胞胞浆蛋白

 此外还包括：甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）[13]。

今天的分享就到这里，由于各组学marker验证的方法繁多，本期主要分享常见的方案，期望大家对各组学marker的实验方法有一个简单的认识，基于各组学的后续机制相关探究，还需要加入如细胞功能学实验的细胞增殖、细胞迁移、侵袭、细胞凋亡实验以及动物模型等，这些机制探究的方法大多大同小异，相信大家在阅读相关的文献后很快会发现个中规律~

最后祝大家SCI逢稿必中！

参考文献

1. Liu X, Wang J, Chen M, Liu S, Yu X, Wen F. Combining data from TCGA and GEO databases and reverse transcription quantitative PCR validation to identify gene prognostic markers in lung cancer. Onco Targets Ther. 2019;12:709‐720. Published 2019 Jan 21. doi:10.2147/OTT.S183944

2. Rodriguez, Rebecca M et al. “The landscape of bacterial presence in tumor and adjacent normal tissue across 9 major cancer types using TCGA exome sequencing.” Computational and structural biotechnology journal vol. 18 631-641. 13 Mar. 2020, doi:.2020.03.003

3. Zhou F, Liu X, Zuo D, et al. HIV-1 Nef-induced lncRNA AK006025 regulates CXCL9/10/11 cluster gene expression in astrocytes through interaction with CBP/P300. J Neuroinflammation. 2018;15(1):303. Published 2018 Oct 31. doi:10.1186/s12974-018-1343-x

4. Xie K, Zhang K, Kong J, et al. Cancer-testis gene PIWIL1 promotes cell proliferation, migration, and invasion in lung adenocarcinoma. Cancer Med. 2018;7(1):157‐166. doi:10.1002/cam4.1248

5. Hu H, Chen X, Zhou C, et al. Aberrant methylation of mutL homolog 1 is associated with increased risk of non-small cell lung cancer. J Clin Lab Anal. 2018;32(5):e22370. doi:10.1002/jcla.22370 

6. Pangeni, Rajendra P et al. “The GALNT9, BNC1 and CCDC8 genes are frequently epigenetically dysregulated in breast tumours that metastasise to the brain.” Clinical epigenetics vol. 7,1 57. 27 May. 2015, doi:10.1186/s13148-015-0089-x

7. Han D, Yu T, Dong N, Wang B, Sun F, Jiang D. Napabucasin, a novel STAT3 inhibitor suppresses proliferation, invasion and stemness of glioblastoma cells. J Exp Clin Cancer Res. 2019;38(1):289. Published 2019 Jul 5. doi:10.1186/s13046-019-1289-6

8. Wang D, Yuan W, Wang Y, et al. Serum CCL20 combined with IL-17A as early diagnostic and prognostic biomarkers for human colorectal cancer. J Transl Med. 2019;17(1):253. Published 2019 Aug 6. doi:10.1186/s12967-019-2008-y

9. Liu L, Liu X, Dong Z, et al. N6-methyladenosine-related Genomic Targets are Altered in Breast Cancer Tissue and Associated with Poor Survival. J Cancer. 2019;10(22):5447‐5459. Published 2019 Aug 29. doi:10.7150/jca.35053

10. Chen H, Pan D, Yang Z, Li L. Integrated analysis and knockdown of RAB23 indicate the role of RAB23 in gastric adenocarcinoma. Ann Transl Med. 2019;7(23):745. doi:10.21037/atm.2019.11.130

11. Apaya MK, Shiau JY, Liao GS, et al. Integrated omics-based pathway analyses uncover CYP epoxygenase-associated networks as theranostic targets for metastatic triple negative breast cancer. J Exp Clin Cancer Res. 2019;38(1):187. Published 2019 May 9. doi:10.1186/s13046-019-1187-y

12. Wang XL, Shi WP, Shi HC, et al. Knockdown of TRIM65 inhibits lung cancer cell proliferation, migration and invasion: A therapeutic target in human lung cancer. Oncotarget. 2016;7(49):81527‐81540. doi:10.18632/oncotarget.13131

13. Chen Y, Peng C, Chen J, et al. WTAP facilitates progression of hepatocellular carcinoma via m6A-HuR-dependent epigenetic silencing of ETS1. Mol Cancer. 2019;18(1):127. Published 2019 Aug 22. doi:10.1186/s12943-019-1053-8

14. Liao M, Liao W, Xu N, et al. LncRNA EPB41L4A-AS1 regulates glycolysis and glutaminolysis by mediating nucleolar translocation of HDAC2. EBioMedicine. 2019;41:200‐213. doi:.2019.01.035

15. 高通量测序后的实验验证手段——转录组篇（上）

王国年的主任医师

王国年教授具有高尚的医德，努力钻研业务，并把它用于为患者解除病痛、保证手术台顺利进行的医疗服务工作中。他对医疗工作兢兢业业，技术上精益求精，勇于探索，默默耕耘。 为病人服务满腔热忱，肿瘤医院患者大多数来自穷困的农村，手术的病人年龄高、体质差、 严重的合并症多，给麻醉工作带来很多不便，医生们感到压力很大，他带领大家学习、探讨，不断改进麻醉和术后镇痛方法 ，省内率先开展了病人自控镇痛方法（PCA），使那些患有严重冠心病、心肌梗塞、心力衰竭、肺功能不全、重症肌无力、糖尿病、严重高血压、肝肾功能损害的病人都能顺利地渡过麻醉关，把病人安全地送回病房。平时不管是手术室还是病房，只要有重危病人抢救，不管白天黑夜随叫随到。用行动证明了他的诺言“做医生在病人面前只有奉献，没有索取”。 在日本帝京大学留学和美国匹兹堡大学作为访问学者期间，所做的科研、临床和教学工作得到世界著名麻醉学家的高度好评。撰写的英文文章“The effect of tramadol on serum cytokine response in patients undergoing pulmonary lobectomy. Journal of Clinical Anesthesia（JCA）， 2005，9,17:444- 450” 在美国临床麻醉杂志上发表。在博士和博士后研究期间，能刻苦钻研业务，努力拼搏，在导师帮助下亲自设计、实施，克服诸多困难，完成了高水平博士论文“七氟醚麻醉加硬膜外阻滞和开胸手术对内分泌功能的影响”及博士后论文“围术期胃癌根治术细胞因子变化的研究”受到了国内麻醉界专家的高度评价。该论文对临床实践有重要的指导意义，填补了国内研究空白，为临床麻醉提供对机体内分泌系统和免疫功能影响小的麻醉方法，值得在临床上推广应用。他是哈医大三院考取诸多优秀博士研究生之一，也是第一位回原单位工作的人。负责省卫生厅、省教委、省科委科研课题6项，其中一些课题在国内均处于先进地位、添补省内空白。获国家教委科技进步奖和省政府科技进步奖二等奖2项。编著“麻醉与细胞因子”专著1部。在国家级杂志上发表论文30篇（20篇为第一作者）。培养了博士研究生6名，培养了硕士研究生15名。现从事的研究方向为“麻醉与手术对应激内分泌和免疫功能的影响”。

往java哪方面发展

J2EE很不错的,也是关于网络的,J2EE也有很多,你参考下
J2EE Java2平台企业版（Java 2 Platform,Enterprise Edition）
J2EE是一套全然不同于传统应用开发的技术架构，包含许多组件，主要可简化且规范应用系统的开发与部署，进而提高可移植性、安全与再用价值。
J2EE核心是一组技术规范与指南，其中所包含的各类组件、服务架构及技术层次，均有共通的标准及规格，让各种依循J2EE架构的不同平台之间，存在良好的兼容性，解决过去企业后端使用的信息产品彼此之间无法兼容，导致企业内部或外部难以互通的窘境。
在J2EE架构下，开发人员可依循规范基础，进而开发企业级应用；而不同J2EE供货商，同会支持不同J2EE版本内所拟定的标准，以确保不同J2EE平台与产品之间的兼容性。换言之，植基J2EE架构的应用系统，基本上可部署在不同的应用服务器之上，无需或者只须要进行少量的代码修改，即能大幅提高应用系统的可移植性(Portability)。
J2EE主由升阳(SUN)与IBM等厂商协同业界共同拟定而成的技术规范，以企业与企业之间的运算为导向的JAVA开发环境。J2EE架构定义各类不同组件，如Web Component、EJB Component…等，而各类组件可以再用(reuse)，让已开发完成的组件，或者是经由市面采购而得的组件，均能进一步组装成不同的系统。
对于开发人员而言，只需要专注于各种应用系统的商业逻辑与架构设计，至于底层繁琐的程序撰写工作，可搭配不同的开发平台，以让应用系统的开发与部署效率大幅提升。
J2EE的核心规范是 Enterprise Java Beans（EJBs）。EJB依照特性的不同，目前共分为三种，分别是Session Bean、Entity Bean，以及 Message Driven Bean 。其中 Session Bean 与Entity Bean 算是EJB的始祖，这两种EJB规格在EJB 1.x版本推出时就已经存在，而Message Driven Bean则是出现在EJB 2.0的规格之中。
目前业界许多程序设计师，或者是网页设计人员，多利用JSP/Servlet的便利性，进而在J2EE服务器之上开发相关的应用，或是整合公司内部的各种资源。
Java 2平台依照应用领域的不同，共分为三大版本，分别是J2EE、标准版本J2SE（Java 2 Platform, Standard Edition）、微型版本J2ME（Java 2 Platform, Micro Edition），以及Java Card等。
从整体上讲，J2EE是使用Java技术开发企业级应用的一种事实上的工业标准(Sun公司出于其自身利益的考虑，至今没有将Java及其相关技术纳入标准化组织的体系)，它是Java技术不断适应和促进企业级应用过程中的产物。Sun推出J2EE的目的是为了克服传统Client/Server模式的弊病，迎合Browser/Server架构的潮流，为应用Java技术开发服务器端应用提供一个平台独立的、可移植的、多用户的、安全的和基于标准的企业级平台，从而简化企业应用的开发、管理和部署。J2EE是一个标准，而不是一个现成的产品。各个平台开发商按照J2EE规范分别开发了不同的J2EE应用服务器，J2EE应用服务器是J2EE企业级应用的部署平台。由于它们都遵循了J2EE规范，因此，使用J2EE技术开发的企业级应用可以部署在各种J2EE应用服务器上。
为了推广并规范化使用J2EE架构企业级应用的体系架构，Sun同时给出了一个建议性的J2EE应用设计模型：J2EE Blueprints。J2EE Blueprints提供了实施J2EE企业级应用的体系架构、设计模式和相关的代码，通过应用J2EE Blueprints所描述的体系模型，能够部分简化架构企业级应用这项复杂的工作。J2EE Blueprints是开发人员设计和优化J2EE组件的基本原则，同时为围绕开发工作进行职能分工给出了指导性策略，以帮助应用开发设计人员合理地分配技术资源。
J2EE组成了一个完整企业级应用的不同部分纳入不同的容器(Container)，每个容器中都包含若干组件(这些组件是需要部署在相应容器中的)，同时各种组件都能使用各种J2EE Service/API。J2EE容器包括：
◆ Web容器 服务器端容器，包括两种组件JSP和Servlet，JSP和Servlet都是Web服务器的功能扩展，接受Web请求，返回动态的Web页面。Web容器中的组件可使用EJB容器中的组件完成复杂的商务逻辑。
◆ EJB容器 服务器端容器，包含的组件为EJB(Enterprise JavaBeans)，它是J2EE的核心之一，主要用于服务器端的商业逻辑的实现。EJB规范定义了一个开发和部署分布式商业逻辑的框架，以简化企业级应用的开发，使其较容易地具备可伸缩性、可移植性、分布式事务处理、多用户和安全性等。
◆ Applet容器 客户端容器，包含的组件为Applet。Applet是嵌在浏览器中的一种轻量级客户端，一般而言，仅当使用Web页面无法充分地表现数据或应用界面的时候，才使用它。Applet是一种替代Web页面的手段，我们仅能够使用J2SE开发Applet，Applet无法使用J2EE的各种Service和API，这是为了安全性的考虑。
◆ Application Client容器 客户端容器，包含的组件为Application Client。Application Client相对Applet而言是一种较重量级的客户端，它能够使用J2EE的大多数Service和API。
通过这四个容器，J2EE能够灵活地实现前面描述的企业级应用的架构。
在View部分，J2EE提供了三种手段：Web容器中的JSP(或Servlet)、Applet和Application Client，分别能够实现面向浏览器的数据表现和面向桌面应用的数据表现。Web容器中的Servlet是实现Controller部分业务流程控制的主要手段；而EJB则主要针对Model部分的业务逻辑实现。至于与各种企业资源和企业级应用相连接，则是依靠J2EE的各种服务和API。
在J2EE的各种服务和API中，JDBC和JCA用于企业资源(各种企业信息系统和数据库等)的连接，JAX-RPC、JAXR和SAAJ则是实现Web Services和Web Services连接的基本支持。
J2EE的各种组件
我们就J2EE的各种组件、服务和API，进行更加详细的阐述，看看在开发不同类型的企业级应用时，根据各自需求和目标的不同，应当如何灵活使用并组合不同的组件和服务。
· Servlet
Servlet是Java平台上的CGI技术。Servlet在服务器端运行，动态地生成Web页面。与传统的CGI和许多其它类似CGI的技术相比，Java Servlet具有更高的效率并更容易使用。对于Servlet，重复的请求不会导致同一程序的多次转载，它是依靠线程的方式来支持并发访问的。
· JSP
JSP(Java Server Page)是一种实现普通静态HTML和动态页面输出混合编码的技术。从这一点来看，非常类似Microsoft ASP、PHP等技术。借助形式上的内容和外观表现的分离，Web页面制作的任务可以比较方便地划分给页面设计人员和程序员，并方便地通过JSP来合成。在运行时态，JSP将会被首先转换成Servlet，并以Servlet的形态编译运行，因此它的效率和功能与Servlet相比没有差别，一样具有很高的效率。
· EJB
EJB定义了一组可重用的组件：Enterprise Beans。开发人员可以利用这些组件，像搭积木一样建立分布式应用。在装配组件时，所有的Enterprise Beans都需要配置到EJB服务器(一般的Weblogic、WebSphere等J2EE应用服务器都是EJB服务器)中。EJB服务器作为容器和低层平台的桥梁管理着EJB容器，并向该容器提供访问系统服务的能力。所有的EJB实例都运行在EJB容器中。EJB容器提供了系统级的服务，控制了EJB的生命周期。EJB容器为它的开发人员代管了诸如安全性、远程连接、生命周期管理及事务管理等技术环节，简化了商业逻辑的开发。EJB中定义了三种Enterprise Beans：
◆ Session Beans
◆ Entity Beans
◆ Message-driven Beans
· JDBC
JDBC(Java Database Connectivity，Java数据库连接)API是一个标准SQL(Structured Query Language，结构化查询语言)数据库访问接口，它使数据库开发人员能够用标准Java API编写数据库应用程序。JDBC API主要用来连接数据库和直接调用SQL命令执行各种SQL语句。利用JDBC API可以执行一般的SQL语句、动态SQL语句及带IN和OUT参数的存储过程。Java中的JDBC相当与Microsoft平台中的ODBC(Open Database Connectivity)。
· JMS
JMS(Java Message Service，Java消息服务)是一组Java应用接口，它提供创建、发送、接收、读取消息的服务。JMS API定义了一组公共的应用程序接口和相应语法，使得Java应用能够和各种消息中间件进行通信，这些消息中间件包括IBM MQ-Series、Microsoft MSMQ及纯Java的SonicMQ。通过使用JMS API，开发人员无需掌握不同消息产品的使用方法，也可以使用统一的JMS API来操纵各种消息中间件。通过使用JMS，能够最大限度地提升消息应用的可移植性。 JMS既支持点对点的消息通信，也支持发布/订阅式的消息通信。
· JNDI
由于J2EE应用程序组件一般分布在不同的机器上，所以需要一种机制以便于组件客户使用者查找和引用组件及资源。在J2EE体系中，使用JNDI(Java Naming and Directory Interface)定位各种对象，这些对象包括EJB、数据库驱动、JDBC数据源及消息连接等。JNDI API为应用程序提供了一个统一的接口来完成标准的目录操作，如通过对象属性来查找和定位该对象。由于JNDI是独立于目录协议的，应用还可以使用JNDI访问各种特定的目录服务，如LDAP、NDS和DNS等。
· JTA
JTA(Java Transaction API)提供了J2EE中处理事务的标准接口，它支持事务的开始、回滚和提交。同时在一般的J2EE平台上，总提供一个JTS(Java Transaction Service)作为标准的事务处理服务，开发人员可以使用JTA来使用JTS。
· JCA
JCA(J2EE Connector Architecture)是J2EE体系架构的一部分，为开发人员提供了一套连接各种企业信息系统(EIS，包括ERP、SCM、CRM等)的体系架构，对于EIS开发商而言，它们只需要开发一套基于JCA的EIS连接适配器，开发人员就能够在任何的J2EE应用服务器中连接并使用它。基于JCA的连接适配器的实现，需要涉及J2EE中的事务管理、安全管理及连接管理等服务组件。
· JMX
JMX(Java Management Extensions)的前身是JMAPI。JMX致力于解决分布式系统管理的问题。JMX是一种应用编程接口、可扩展对象和方法的集合体，可以跨越各种异构操作系统平台、系统体系结构和网络传输协议，开发无缝集成的面向系统、网络和服务的管理应用。JMX是一个完整的网络管理应用程序开发环境，它同时提供了厂商需要收集的完整的特性清单、可生成资源清单表格、图形化的用户接口；访问SNMP的网络API；主机间远程过程调用；数据库访问方法等。
· JAAS
JAAS(Java Authentication and Authorization Service)实现了一个Java版本的标准Pluggable Authentication Module(PAM)的框架。JAAS可用来进行用户身份的鉴定，从而能够可靠并安全地确定谁在执行Java代码。同时JAAS还能通过对用户进行授权，实现基于用户的访问控制。
· JACC
JACC(Java Authorization Service Provider Contract for Containers)在J2EE应用服务器和特定的授权认证服务器之间定义了一个连接的协约，以便将各种授权认证服务器插入到J2EE产品中去。
· JAX-RPC
通过使用JAX-RPC(Java API for XML-based RPC)，已有的Java类或Java应用都能够被重新包装，并以Web Services的形式发布。JAX-RPC提供了将RPC参数(in/out)编码和解码的API，使开发人员可以方便地使用SOAP消息来完成RPC调用。同样，对于那些使用EJB(Enterprise JavaBeans)的商业应用而言，同样可以使用JAX-RPC来包装成Web服务，而这个Web Servoce的WSDL界面是与原先的EJB的方法是对应一致的。JAX-RPC为用户包装了Web服务的部署和实现，对Web服务的开发人员而言，SOAP/WSDL变得透明，这有利于加速Web服务的开发周期。
· JAXR
JAXR（Java API for XML Registries）提供了与多种类型注册服务进行交互的API。JAXR运行客户端访问与JAXR规范相兼容的Web Servcices，这里的Web Services即为注册服务。一般来说，注册服务总是以Web Services的形式运行的。JAXR支持三种注册服务类型：JAXR Pluggable Provider、Registry-specific JAXR Provider、JAXR Bridge Provider(支持UDDI Registry和ebXML Registry/Repository等)。
· SAAJ
SAAJ(SOAP with Attachemnts API for Java)是JAX-RPC的一个增强，为进行低层次的SOAP消息操纵提供了支持。
企业级应用示例
下面我们通过假设一个企业应用的J2EE实现，来了解各种组件和服务的应用。假设应用对象是计算机产品的生产商/零售商的销售系统，这个销售系统能够通过自己的网站发布产品信息，同时也能将产品目录传送给计算机产品交易市场。销售系统能够在线接受订单(来自自己的Web网站或者来自计算机产品交易市场)，并随后转入内部企业管理系统进行相关的后续处理。
参见图3，这个企业应用可以这种方式架构。该企业应用的核心是产品目录管理和产品定购管理这两个业务逻辑，使用EJB加以实现，并部署在EJB容器中。由于产品目录和定购信息都需要持久化，因此使用JDBC连接数据库，并使用JTA来完成数据库存取事务。
图3 J2EE应用示例
然后使用JSP/Servlet来实现应用的Web表现：在线产品目录浏览和在线定购。为了将产品目录发送给特定的交易市场，使用JMS实现异步的基于消息的产品目录传输。为了使得更多的其它外部交易市场能够集成产品目录和定购业务，需要使用Web Services技术包装商业逻辑的实现。由于产品定购管理需要由公司内部雇员进行处理，因此需要集成公司内部的用户系统和访问控制服务以方便雇员的使用，使用JACC集成内部的访问控制服务，使用JNDI集成内部的用户目录，并使用JAAS进行访问控制。由于产品订购事务会触发后续的企业ERP系统的相关操作(包括仓储、财务、生产等)，需要使用JCA连接企业ERP。
最后为了将这个应用纳入到企业整体的系统管理体系中去，使用Application Client架构了一个管理客户端(与其它企业应用管理应用部署在一台机器上)，并通过JMX管理这个企业应用。