nas医学期刊

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PNAS，美国国家科学院院刊, 全称是Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，作为全球屈指可数的“百年名刊”之一，同时作为国际期刊界的“四大天王”（Nature，Science，Cell，PNAS）之一，于1914年创刊，出版频率是周刊。据报道，要想在中科院系统谋取一个position，门槛是两篇PNAS一作或通信。

_NAS的每一篇研究论文都由美国国家科学院(National Academy of Sciences-NAS)的一名院士编辑和处理。NAS是一个私营非营利组织，由2405名美籍院士和483名外籍院士组成，其中183人是诺贝尔奖得主。PNAS这本期刊总结起来有4大特点：

?1， 全球性

?62%的投稿来自美国以外地区，作者分布广泛。95%的投稿来自作者直接投稿而非美国院士专享绿色通道。

?2， 投稿初稿无需调整格式

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?3， 审稿和上线速度快

_状瓮陡宄晒Φ降谝淮尉龆ㄆ骄奔?3周。文章接收后4-5周online。

?4， 支持开放获取

_NAS是混合出版模式期刊，但是支持单篇文章开放获取。

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_NAS发表研究报告、简报、通信、杂志头版内容、学术评论、观点和学术讨论等（research reports, Brief Reports, Letters, Front Matter magazine content, Commentaries, Perspectives, and Colloquium Papers）类型的文章。

__eorge Ellery Hale在1914年定下的指导原则，PNAS还发表美国科学院(NAS)院士和外籍院士关于其研究工作的重要贡献的首次简要公告。所有提交的稿件在接受之前都要经过编委会成员的评估。PNAS是一本综合性期刊，所发表的所有论文都应该让广大的科学读者理解。

_NAS收录的文献涵盖医学、化学、生物、物理、大气科学、生态学和社会科学等。

干货分享｜三代人目标区域测序技术

二代高通量测序技术已广泛应用于疾病和癌症的研究，但由于其短读长的特点，对结构变异的检测有一定的局限性。以Pacbio和ONT为代表的三代长读长测序技术弥补了这一不足，但因成本相对较高限制了其广泛应用。三代目标区域测序技术，不仅保留了长读长的测序优势，又可以针对感兴趣的基因或区域以更高的性价比进行高深度测序研究。目前，三代目标区域测序技术已被应用于疾病或癌症领域HLA、STR、融合基因、甲基化检测等研究中。目标区域富集的方法主要有三类：长片段PCR扩增、CRISPR/Cas9靶向捕获和液相探针捕获。下面为大家进行一一介绍。

长片段PCR扩增因其引物设计成本低，实验流程规范，是基因组靶向富集常用的方法之一。但PCR过程中容易产生嵌合体、出现参考比对偏差[1]，此外，基因组的复杂区域和高GC区域往往会影响PCR扩增效果，制约了其应用范围。长片段PCR扩增一般适用于非复杂区域变异检测研究。

Long-Read Nanopore Sequencing Validated for Human Leukocyte Antigen Class I Typing in Routine Diagnostics[2]

发表期刊：The Journal of Molecular Diagnostics（IF:5.561）  

发表时间：2020年7月

人类白细胞抗原(HLA)的高分辨率分析是确定造血干细胞移植患者和供者相容性的金标准。Nanopore长读长测序能够直接跨越HLA区域，提供明确分型，但碱基的高错误率限制了其应用。该文章中第一阶段，选择已知HLA分型的33例样本，针对HLA I类基因 HLA-A 、 HLA-B 、 HLA-C 进行了特定基因全长扩增（扩增引物见表1），使用MinION 1D2建库试剂盒（SQK-LSK308）建库，MinION测序，使用2种HLA分析软件JSI和GenDx进行HLA分型分析，结果表明其分型结果与前期Sanger测序分型结果100%一致（表2），MinINO测序和分析流程图见图1。为了进一步验证该方法，第二阶段选择了67例临床样本进行MinION测序分析，与Sanger测序数据分析结果一致，该结果进一步表明了纳米孔测序技术已经发展到可以用于常规诊断并具有较高的准确性。

表1 扩增引物

表2 33例样本MinION分型结果和Sanger分型结果对比（仅展示前3行）

Cas9靶向捕获技术，首先将DNA末端去磷酸化，然后用Cas9/guideRNA复合物引入新的切口，将测序接头特异性连接到剪切区域，从而达到靶向测序的效果。该技术无PCR扩增环节，可以同时进行结构变异、STR及碱基修饰鉴定等研究。

Targeted Nanopore Sequencing with Cas9-guided Adapter Ligation[3]

发表期刊：Naute Biotechnology（IF:54.9）

发表时间：2020年4月

目前的测序方法仍然受到无法检测碱基修饰，读长过短，核酸总量要求高，产量过低或实验流程过长等限制。该文章中作者开发了一种基于Cas9靶向捕获的纳米孔序列方法（nanopore Cas9-targeted sequencing，nCATS），该方法使用基于CRISPR–Cas9的靶向DNA捕获策略（图2A），将捕获的DNA进行纳米孔长读长测序。该文章表明nCATS技术可以同时进行SNP，SV，单体型和CpG甲基化鉴定。文章中研究发现多种guideRNAs组合可将  KRT19 基因的覆盖率从47X提高到407X（图2B），MinION整个cell的覆盖率中位数提升到680X（图2C）。文章中将nCATS方法在GM12878细胞系上检测的SNV与白金数据集进行比较，验证了双链数据过滤后SNP检测的准确性，结果显示只有一个假阳性位点存在于胸腺嘧啶密集的均聚物区域。将nCATS甲基化数据与WGBS数据进行了比较，结果显示每个CpG相关性为0.81。该方法将促进长读长测序技术在医学研究和临床中的应用。

针对感兴趣的基因或区域定制特异性探针，通过探针与基因组DNA进行杂交，将目标区域片段捕获富集后进行测序分析研究。但该技术由于建库环节中存在PCR扩增环节，会丢失碱基修饰信息，且需要额外考虑定制探针的周期。

Efficient Sequencing, Assembly, and Annotation of Human KIR Haplotypes[4]

发表期刊：Frontiers in Immunology（7.561）

发表时间：2020年10月

天然杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)区域具有高度同源性、重组率、多态性及重复序列等特点，利用二代高通量测序不能得到完整的单倍型信息。文章中提出了一种自主设计探针捕获目标区域，利用长读长测序来组装人类二倍体 KIR 单倍型的新方法。该方法设计了18个捕获探针来捕获 KIR 区间长度为2-8kb的DNA片段。采用PacBio Sequel平台CCS模式进行测序，使用Canu软件进行组装，按照 KIR 基因划分区域，基于每个基因和 KIR 全长进行组装，最后注释序列的位置信息。为了评估该流程的可靠性，作者对16个样本（单倍型信息已知）进行组装和注释评估。组装结果表明，仅使用18个探针对 KIR 区域进行捕获，就覆盖了参考基因组的97%，序列一致性为99.97%。该研究所提出的靶向探针捕获测序方法是第一个对人类所有 KIR 二倍体进行完整测序和组装的方法，可以有效地应用于人群规模研究和临床研究中。

综上，三代目标区域测序技术有PCR扩增，Cas9靶向捕获和探针液相捕获三类靶向富集方法，其优劣势总结如下（表3），可结合具体研究需求进行选择。

表3不同目标区域捕获方法比较汇总

参考文献

[1]Laver TW, Caswell RC, Moore KA,et ls of haplotype phasing from amplicon-based long-read sequencing[J]. Scientific Reports. 2016;17(6):21746. 

[2]Matern BM, Olieslagers TI, Groeneweg M, et al. Long-Read Nanopore Sequencing Validated for Human Leukocyte Antigen Class I Typing in Routine Diagnostics[J].The Journal of Molecular Diagnostics. 2020 ;22(7):912-919. 

[3]Gilpatrick T, Lee I, Graham JE, et al. Targeted nanopore sequencing with Cas9-guided adapter ligation[J]. Naute Biotechnology. 2020;38(4):433-438. 

[4]Roe D, Williams J, Ivery K, et al. Efficient Sequencing, Assembly, and Annotation of Human KIR Haplotypes[J]. Frontiers in Immunology . 2020;9(11):582927. 

华为天才少年曝光，全球仅4位，刚毕业年薪200万，阿里腾讯抢着要

在遭到了美国制裁之后，华为提出了创新2.0，创新2.0是基于对未来智能 社会 的假设和愿景，打破制约ICT发展的理论和基础技术瓶颈，是实现理论突破和基础技术发明的创新，是实现发明和创造的创新。

华为在接近10年投资超过4800亿元进行研发，希望将会和苹果、高通、英特尔公司一样，在智能手机、基带芯片和智能计算领域推出影响产业和人类进步的重大的技术创新。

也就是华为希望可以通过基础研究突破，构建新的技术标准和全球框架，从而突破美国的封锁，实现自救，要知道，当初美国就是通过发动信息革命、芯片革命，从而成为了全球 科技 、科学、产业发展的主导者，而实现这一切，就需要人才。

华为希望 采取“自建实验室、大学合作、资本运作“等多种方式实现创新2.0，把工业界问题、学术界的思想、风险资本的信念，整合起来，共同创新。

除此之外，华为还提出了“天才少年”计划，这是是任正非发起的用顶级挑战和顶级薪酬去吸引顶尖人才的项目，目的在于“（让）这些天才少年像‘泥鳅’一样，钻活我们的组织，激活我们的队伍”，任正非认为：

“天才少年”计划薪资共分为三档，最高年薪为182万-201万元；中档年薪为140.5万-156.5万元；抵挡年薪为89.6万-100.8万元，远远超出一般应届毕业生的薪资水平。目前，全球仅有4位天才少年拿到了最高档年薪。

除了去年的钟钊（本科毕业于华中 科技 大学软件工程专业，博士毕业于中国科学院大学模式识别与智能系统）、秦通（本科毕业于浙江大学控制科学与工程，博士毕业于香港 科技 大学机器人方向）、左鹏飞（本科和博士毕业于华中 科技 大学计算机专业）之后。

今年又有一位90后入选了华为的“天才少年”计划。同样是出自华中 科技 大学的张霁，而且他5月就已经入职了华为，堪称是刚毕业就收获了年薪201万的offer。

这四位可了不得，钟钊出生于1991年，本科就读于华中 科技 大学的软件工程专业。刚上大三的他，就在2012全国大学生数模竞赛中得到了湖北一等奖。

而后，前往中国科学院大学自动化研究所攻读硕士、博士，硕博阶段攻读专业都是“模式识别与智能系统”，它是以信息处理与模式识别的理论技术为核心，以数学方法与计算机为主要工具，研究对各种媒体信息进行处理、分类和理解的方法，并在此基础上构造具有某些智能特性的系统。

目前在光学字符识别、语音识别、人脸识别、视频追踪、医学图像处理等方面均有广泛应用。钟钊的导师是中科院自动化研究所副所长刘成林，其多年来一直研究文档识别算法规模，有着“计较机的导师”之称。

钟钊是中国最早一批学习神经架构搜索（NAS）的，NAS属于深度学习领域难度比较高的研究方向， 你放眼全球，能够从事NAS研究的，数量差多就和熊猫一样，属于稀罕物。而华为目前也想进军automated machine learning领域，钟钊属于可遇不可的的天才。

出生于1993年的香港大学的博士生秦通，在IEEE TRO、ICRA、IROS、ECCV等国际顶级期刊和聚会会议发表多篇论文，得到IEEE IROS 2018最佳学生论文奖的能力。他还曾是浙江大学ZMART队2014年的队长。这支队伍用了5年的时间夺下了国际空中机器人大赛的世界冠军。

左鹏飞以第一作者发表了高水平论文10余篇，其中，发表在OSDI'2018和MICRO'2018上的论文分别成为华科 历史 上首篇计算机操作系统顶级会议(OSDI/SOSP)论文和首篇计算机体系结构顶级会议(ISCA/MICRO/HPCA/ASPLOS)论文，在计算机操作系统和体系结构领域分别实现了华科 历史 上零的突破；发表在MICRO'2019上的论文实现了在体系结构顶会MICRO上的再次突破。

而OSDI是计算机学界最顶级学术会议之一，MICRO是计算机体系结构最顶级学术会议之一，论文被这两个会议录用，其含金量甚至超过一些科学界国际顶尖期刊，难度相当于生物、医学领域在Nature/Science/Cell等期刊发文。 拥有这么多篇高质量的论文，可以说是无数系统领域研究者的梦想对象，可望不可及。

张霁1993年毕业，他本科仅就读于民办二本学校武昌理工学院，可是他却没有给自己的人生设限，而是不断努力，他硕士就读于武汉邮电大学，而博士则成功考取了华中 科技 大学。

我们可以来看看他作出的成绩：

可以说，这4位90后被称之为天才少年，毫无不为过，而且除了华为之外，腾讯、阿里巴巴等互联网大企业也都向他们抛出过橄榄枝，像张霁就拒绝过360万年薪的offer。

希望这些天才少年可以在华为乘风破浪，开创颠覆主航道的技术和商业模式，作出革命性技术的突破，颠覆整个全球产业，打破美国长达75年的主导地位。