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发表论文里的系统发育树

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发表论文里的系统发育树

1. 准备序列文件

准备fasta格式序列文件(fasta格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。

核酸序列:

>sequence1_name

CCTGGCTCAGGATGAACGCT

氨基酸序列:

>sequence2_name

MQSPINSFKKALAEGRTQIGF

2. 多序列比对

打开MEGA 5,点击Align,选择Edit/Build Alignment,选择Create a new alignment,点击OK。

这时需要选择序列类型,核酸(DNA)或氨基酸(Protein)

选择之后,在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列(如果所有序列在同一个文件中,即可全选序列,复制)。也可以:点击Edit,选择Insert Sequence From File,选择序列文件(可多选)。

序列文件加载之后,呈蓝色背景(为选中状态)。点击按钮 ,选择Align DNA(如果是氨基酸序列,则会出现Align Protein)。弹出的窗口中设置比对参数,一般都是采用默认参数即可。点击OK,开始多序列比对。

比对完成后,呈现以下状态。

这时需要截齐两端含有---的序列:选中含有---的序列,按键Delete删除(注意:两端都需要截齐)。截齐之后,保存文件为:filename.mas

3. 构建系统进化树

多序列比对窗口,点击Data,选择Phylogenetic Analysis,弹出窗口询问:所用序列是否编码蛋白质,根据实际情况选择Yes或No。此时,多序列比对文件就激活了,可以返回MEGA 5主界面建树了。

EGA 5主界面。点击Phylogeny,选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问:是否使用当前激活的数据,选择Yes。这时弹出建树参数设置对话框,更改No. of Bootstrap Replications为1000,其他参数默认即可,点击Compute。

这里解释一下,Construct/Test Maximum Likelihood Tree…(ML)或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…(NJ)或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…(ME)为三种不同的建树方法,NJ方法最常用。

建树完成,效果如下所示。注意,要点击Bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用MEGA 5打开)。

无论是基于距离的系统发生树重建方法,还是基于特征的系统发生树重建方法,都不能保证一定能够得到一棵描述比对序列进化历史的真实的树。

一般地,对于某个数据集,如果用一种方法能推断出正确的系统发生关系,则用其它流行的方法也能得到较好的结果。但是,如果模拟数据集中序列的变化很大,或不同的分支变化速率不同,则没有一种方法是十分可靠的。

扩展资料:

系统树是一种分支图(英文cladogram)。在树中,每个节点代表其各分支的近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间)。

系统发生树有时也称系统树图,它是由一系列节点和分支组成的。其中每一个节点代表一个分类单元,分支末端的节点对应 一个基因或者生物体。与外部节点对应,内部节点代表一个推断出的共同祖先。系统发生树结构的基本信息在计算机程序中常常用一组嵌套的圆括号表示,成为newick格式。

参考资料来源:百度百科-系统发生树

系统发育树的分析及解读如下:

一、要点

系统发育树是表示生物体之间进化关系的图表。系统发育树是假设的,而不是确定的事实。系统发育树中的分支模式反映了物种或其他群体如何从一系列共同祖先进化而来的关系。

在树中,如果两个物种有一个更近的共同祖先,则它们之间的关系就更近;如果它们有一个更远的共同祖先,则它们之间的关系就更远。系统发育树可以用各种样式绘制。围绕其分支点旋转一棵树不会改变其携带的信息。

二、引言

大多数现代分类系统都是基于生物体之间的进化关系——即生物体的系统发育。基于系统发育的分类系统以反映我们对它们如何从共同祖先进化而来的理解的方式组织物种或其他群体。

我们将了解系统发育树,即表示生物体之间进化关系的图表。我们将确切地看到我们可以从系统发育树中推断出什么,以及在这些树的背景下物种或多或少相关意味着什么。

三、树的剖析

绘制系统发育树时,我们代表了关于一组物种(或其他群体)如何从共同祖先进化而来的最佳假设。在系统发育树中,感兴趣的物种或群体位于被称为树枝的线的顶端。

树枝连接的模式代表了我们对树中物种如何从一系列共同祖先进化而来的理解。每个分支点 代表一个分歧事件,或将一个组分裂成两个后代组。在每个分支点处都有从该分支点派生的所有组的最近的共同祖先。

四、物种关系判断

在系统发育树中,两个物种的相关性具有特定的含义。如果两个物种有更近的共同祖先,则它们之间的关系更近;如果它们的共同祖先更远,则它们之间的关系更远。

可以使用一种非常简单的方法来找到任何一对或一组物种的最近共同祖先。在这种方法中,我们从带有两个感兴趣物种的分支末端开始,然后在树中“向后走”,直到我们找到物种线会聚的点。

五、树的来源

为了生成系统发育树,经常比较和分析所涉及的物种或其他群体的许多特征。这些特征可以包括外部形态(形状、外观)、内部解剖结构、行为、生化途径、DNA 和蛋白质序列,甚至化石的特征。

为了构建准确、有意义的树,生物学家通常会使用许多不同的特征。尽管如此,系统发育树仍然是假设,而不是确定的答案。随着新数据可用并可以添加到分析中,树会随着时间的推移进行修订和更新。因为DNA测序提高了我们比较物种间关系的能力。

1、获得序列将克隆扩增测序得到的基因进行测序。2、NCBI上做BL AST比对找到相似度最高的几个基因,将这几个基因的序列(FASTA格式文件)下载下来,或点击GENBANK登录号,复制FSATA格式,整合在一个*.TXT文档中。3、比对序列,比对结果转化为*.MEG格式用MEGA 5.0的CLUSTALW做多序列联配,比对结果用*.MEG格式保存。或者用CLUSTAL X软件进行比对,比对结果保存为*.ALN,再用MEGA 5.0转化为* MEG格式。4、构建系统进化树打开保存的*.MEG格式文件,选择邻接法构建系统发育进化树。

教育系统的论文发表在哪里

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教师可以发表论文的地方多了,有的可以直接发表在网站上,可以发表在报纸上,可以发表在期刊上,还可以发表在电子版期刊上。总体来说,可以发表的地方还是比较多的。但是从正规性上来说,知网收录的G4纯教育类期刊,是最合适教师发表的,也是最能代表含金量的。我之前在淘淘论文网发表的一篇论文是在知网收录的某某教育上,是教育部主管的,评职称确实好用,我同事发表的那种比较野鸡的期刊,直接没通过。

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教育系统里如何发表论文

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教育系统论文发表

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许多教育工作者,均会想将自己平时的教育经验,研究项目和教育理论发表。这样不但对自己是一个提升,同时对教育工作来说也是有利的。那么我们该如何发表我们的教育论文呢?下面我们就为大家介绍下相关的操作步骤。1.根据教育论文的专业方向和所属分类,进行相对的期刊选择,并且对期刊有个全面综合的了解,确定其规范合法。可以通过国家新闻出版总署查询系统进行相关了解。2.完成上面这步之后,就可以选择相关机构了。在此一定要多方面对其进行考评,包括其口碑,规模及相关的工商注册信息,最后确定其达到资质如何发表教育论文。3.达成协议,预付定金。按照编辑或者相关审核专家意见,修改学术论文文稿,达到发表规范及要求。4.完成发表。注意事项1.对于期刊和相关机构的选择,杂志之家再次提醒您选择之前一定要做到对于期刊和该机构有详细了解,可以通过国家新闻出版署查询系统和工商行政管理局进行核查。2可以咨询参考有成功发表经验的同行或者同事。

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教育系统发表论文

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老师们你们很难找到网上关于教师论文的写法,今天给你带来了一点教师论文发表的建议。第一步:看到学校图书馆,翻看所有的杂志,找出教师可能发表论文的刊物并分类:分类刊物“教学”类:如《中学政治教学参考》、《思想政治课教学》等;“教育”类:如《人民教育》、《辽宁教育》等;“考试”类:如《中国考试》、《考试》(文科版、理科版)等;“班主任”类:如《班主任》、《班主任之友》等;“管理”类:如《中小学管理》、《教学与管理》等;“教师”类:如《中国教师》、《教师博览》等;“研究”类:如《教育科研》、《中小学教育教学研究》、《教育研究与实验》等;第二步:选第一,选刊物教师要发表论文的刊物主要是两大类,一类是有关教学的,另一类是有关教育的。第二,选栏目在选定刊物后重点研究其栏目,明确栏目的定位、风格等,并且精读栏目下的文章,了解其发表文章的特点、水准等。第三,选题材在此基础上确定自己撰写论文的题材方向。高中政治老师可在以下几个方面多做文章。如:时政解析、热点话题、教法研究、学法指导、教材研究、考试研究、教学素材、案例反思、教师成长、教育科研等。第三步:搜确定自己的写作意向后,或在撰写的过程中,最迟成文后投稿前,务必要做到三“搜”。即:搜索相关的报刊、网络和书籍。搜的目的:一是为了了解相关内容的发表情况,例如,你有一个获奖优质课的教学设计想投稿某杂志,一搜发现,相同的课题该刊物近期已发表了一篇,那你只能“另投明主”了。二是为了爬上巨人的肩膀,提高文章的质量,但绝不能抄袭。第四步:写有的老师在教育教学实践中,撰写了很多论文,但最终能发表的只是其中的三、四分之一而已。总结近年来所发表论文的共同特点,我悟出优秀论文必须具备的八大特征和十大要素:优秀论文的八大特征:针对性、典型性、代表性、指导性、时效性、学术性、可读性、实用性。优秀论文的十大要素:角度小巧、题目精当、观点正确、素材鲜活、结构严谨、语言考究、杜绝抄袭、切忌雷同、控制篇幅、版面漂亮。第五步:改文章写好后,要全面修改,反复推敲,字斟句酌。具体过程:首先要自己改,特别是他人改。经验:修改论文是我们政治教研组集备的一项重要内容。第六步:投投稿时要注意:第一,投稿方式:可以打印邮寄,也可以电子邮件。根据杂志的要求即可。第二,选择真伪:一定要有刊号,国际标准刊号:ISSN;国内标准刊号:CN 。第三,刊物级别:国家级、省级、地市级等。鉴别方法:先看封面:如《中学政治教学参考》是全国中文核心期刊、《思想政治课教学》是全国教育核心期刊;再参考主管部门、主办单位的级别。第四,特别注意:增刊、副刊、专刊、特刊、论文集、成果汇编等与期刊是有区别的。第七步:等等待时间《中华人民共和国著作权法》规定:著作权人向报社、期刊社投稿的,自稿件发出之日起十五日内未收到报社通知决定刊登的,或者自稿件发出之日起三十日内未收到期刊社通知决定刊登的,可以将同一作品向其他报社、期刊社投稿。双方另有约定的除外。(杂志社的征稿启示要约另投时间一般为3个月)第八步:续未发表文章的后续分类处理:第一类:放弃那些质量差的或时效性强的,没有发表可能或错过发表机会的。第二类:再改。特别要虚心求教,请人帮忙。第三类:择机。选择再投时机,如考前预测、考后评析等,时间不能错位,投稿要有提前量。第四类:换投。不同刊物风格定位不同。未发表不一定是文章不好,可能是投稿方向不对。如果是这样,要时刻留意,寻找合适的投稿对象。如,在我发表的文章中,有成文四年才发表的,还有成文八年才发表的。温馨提示:坚持写,不放弃。勤投稿,多发表。

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