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Graphpad prism是一款非常好用且功能强大的科研医学生物数据处理绘图软件,Prism也是一种多功能的统计工具,专为科学家而非统计学家而设。GraphPadPrism是一款集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体,其所具有的功能均非常实用和精炼,包括了一些特色的功能,如ROC曲线分析、Bland-Altman分析等。 2020年10月30日,Graphpad公司隆重推出了GraphpadPrism的全新版本GraphpadPrism 9(以下简称Prism9)! 1.安装Graphpad prism9 (1) 双击,选择软件安装目录安装软件 (2) 将Crack文件夹中复制到prism9安装位置的文件夹中,覆盖先前文件。 (3) 打开Prism9。简介 Project有5个部分组成: -数据表:为分析或作图输入和组织数据 -结果分析表:展示分析结果 -信息表:记录使用于分析的实验细节和常量 -图: -构图:可以将几张图或是表单整合成一张构图,也可以直接用ppt或word将构图导出 9的亮点 (1)更加智能,自动添加多结果统计学差异(2)气泡图和评估图(3)更高的数据维度 (4)主成分分析(PCA)和主成分回归(PCR)4.绘图教程 简要作图 2.绘制生存曲线(Survivalcurve)、热图(Heatmap) 3.绘制小提琴图(Violinplots)、布兰德-奥特曼图(Bland-AltmanPlot) 4.绘制箱线图(Boxplots)、折线图 5.绘制森林图+Cleveland点图 axis-时间尺度图 图 8.各类散点图 曲线 10.各种柱状图(双向柱状图等) 11.点图(Dotplot) 12.三维瀑布图+向量图 13.配对比较图+Timeline图 14.独立样本T检验 沃斯(WOSCI)由耶鲁大学博士团队匠心打造,专注最新科学动态并提供各类科研学术指导,包括:前沿科学新闻、出版信息、期刊解析、论文写作技巧、学术讲座、论文润色等。
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GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。废话不多说让我们正式开始。1. 折线图折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图Time (days) OA 打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧? 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图Time (days) Control Treated . 打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表, 仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4在Data栏中输入数据软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后 用已经处理好的1组数据做折线图如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图Table3Time (days) OA Mean SD 新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值, 在data栏中粘贴数据, 打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了 用已经处理好的2组数据做折线比较图如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和的一样。Time (days) Control Treated Mean SD Mean SD 仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值, 将数据粘贴进去软件即时生成的图 折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做2. 柱状图柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例根据Table 5的原始数据做柱状图Table 5Control AControl 选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 在Data分栏中输入以下数据软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图, 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图Table 6Group A Group B Control , 这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图。在Data分栏中输入以下数据软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图, 如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图Table 仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的, 软件及时生成柱状图,如下图 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图用Table 8的数据做成两组比较的柱状图Control Treated A 操作步骤和一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的, 在data栏中输入数据软件即时生成的图 折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律一. 折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏二. 柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。3. 组合和导出图片点击layout栏,出现下图所示界面根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号, 然后导出图片点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度 点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了
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以下文章来源于BioMan ,作者mBioMan在临床研究中,生存曲线(又称Kaplan-Meier曲线)是最常用图片之一,旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮,同时也能为论文增色不少。然而,对于一些新手而言,生存曲线却显得十分陌生,不知道为何要绘制生存曲线,也不知道该如何解读生存曲线的结果。 如何解读生存曲线呢? (1)对于生存曲线,样本量越大,生存曲线越平滑,误差越小。(2)一般而言,两条曲线之间的距离越大(分叉越大),说明两组患者预后(终点事件发生率)的差别越大,也越容易做出统计学差异。其实这个和t检验差不多:两组数据的均数差异越大,越容易有统计学差异。 (3)随访时间越长,越容易做出统计学差异。这个问题其实也很好理解,一个极端的比方就是,在上述sST2例子中,假定随访时间为1天,而非400天,两组患者生存率的差异显然是没有统计学意义的。国际上,随访时间越长的研究越容易发表在高水平的杂志上,原因与此有关。 (4)样本量越大,越容易做出统计学差异。样本量越大,误差(标准误)越小,当然越有统计学意义。其实这相当于在t检验中,两组数据的标准差越小,当然越容易得到阳性统计学结果。 (5)生存曲线与X轴有交叉,并不意味着研究对象全部死亡(发生终点事件)。实际上,在生存曲线中,每一个时间点上只要有病人死亡(或者发生终点事件),曲线就会下降一定的幅度。(参考知乎oriRNA) 接下来,我们就用Graphpad prism9,和大家一起看看如何绘制生存曲线。 1. Survival curve-生存曲线 在有关差异表达基因和生物标志物模型分析中,经常会见到生存曲线分析。 (1)创建(2)写入/导入数据(3)Graphs(4)结果,治疗组与对照组没有显著性差异。(5)调整后的Graphs 双击图,弹出如下窗口,就可以编辑line的颜色等等。(6)双击Y轴添加参考线。大多数研究会讨论中位生存时间。 双击Y轴,在”Additionalticks and grid lines“中写入 (如果开始作图时选择”Percents“这里应写入50)点选 TickLine在Details按钮中选择参考线的颜色和线型即可。同样,也可以去添加X轴的参考线。沃斯(WOSCI)由耶鲁大学博士团队匠心打造,专注最新科学动态并提供各类科研学术指导,包括:前沿科学新闻、出版信息、期刊解析、论文写作技巧、学术讲座、论文润色等。
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这是我从一篇文章下摘录下来的,请参考! 模板:①白底:可以选择黑字,红字和蓝字,如果你觉得不够丰富,你可以改变局部的底色。②蓝底:深蓝更好一点,白字或黄字(浅黄
第一点:一定要写自己感兴趣的题目 选择写论文的题目,一定要写自己在学习中有积累的东西,不要写成命题作文。兴趣不是心血来潮的兴趣,而是通过读书以后,积累了某一方面
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