生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。
应该是属于的吧,像(生物过程、计算生物学)期刊上都有这类文章,他们都是学术性的论文
不能。计算机系的硕士毕业论文必须与本专业相关,也就是毕业论文必须是计算机类的,虽然生信与计算机有交叉部分,但是生信不是计算机系,因此计算机系的硕士毕业论文写生信不能毕业。计算机专业是指计算机硬件与软件相结合、面向系统、更偏向应用的宽口径专业。
针对临床专硕生信文章能不能毕业的问题,回答是可以的。因为临床专业硕士生的培养计划中有一项是论文的完成和答辩,是硕士毕业的必须环节,因此完成论文并且通过答辩是硕士毕业的硬性条件。至于文章写得好坏是否会影响毕业,也要看学校具体的毕业要求和标准,但一般情况下,只要完成论文并通过答辩,就能顺利毕业。
不能。计算机系的硕士毕业论文必须与本专业相关,也就是毕业论文必须是计算机类的,虽然生信与计算机有交叉部分,但是生信不是计算机系,因此计算机系的硕士毕业论文写生信不能毕业。计算机专业是指计算机硬件与软件相结合、面向系统、更偏向应用的宽口径专业。
生物信息学推荐系统设计关键词:推荐系统;生物信息学推荐系统(RecommenderSystem)[1]是个性化信息服务的主要技术之一,它实现的是“信息找人,按需服务”;通过对用户信息需要、兴趣爱好和访问历史等的收集分析,建立用户模型,并将用户模型应用于网上信息的过滤和排序,从而为用户提供感兴趣的资源和信息。生物信息学(Bioinformatics)[2,3]是由生物学、应用数学和计算机科学相互交叉所形成的一门新型学科;其实质是利用信息科学的方法和技术来解决生物学问题。20世纪末生物信息学迅速发展,在信息的数量和质量上都极大地丰富了生物科学的数据资源,而数据资源的急剧膨胀需要寻求一种科学而有力的工具来组织它们,基于生物信息学的二次数据库[4]能比较好地规范生物数据的分类与组织,但是用户无法从大量的生物数据中寻求自己感兴趣的部分(著名的生物信息学网站NCBI(美国国立生物技术信息中心),仅仅是小孢子虫(Microsporidia)的DNA序列就达3399种),因此在生物二次数据库上建立个性化推荐系统,能使用户快速找到自己感兴趣的生物信息。特别是在当前生物信息数据量急剧增长的情况下,生物信息学推荐系统将发挥强大的优势。1推荐系统的工作流程应用在不同领域的推荐系统,其体系结构也不完全相同。一般而言,推荐系统的工作流程[5]如图1所示。(1)信息获取。推荐系统工作的基础是用户信息。用户信息包括用户输入的关键词、项目的有关属性、用户对项目的文本评价或等级评价及用户的行为特征等,所有这些信息均可以作为形成推荐的依据。信息获取有两种类型[6],即显式获取(Explicit)和隐式获取(Implicit),由于用户的很多行为都能暗示用户的喜好,因此隐式获取信息的准确性比显式高一些。(2)信息处理。信息获取阶段所获得的用户信息,一般根据推荐技术的不同对信息进行相应的处理。用户信息的存储格式中用得最多的是基于数值的矩阵格式,最常用的是用m×n维的用户—项目矩阵R来表示,矩阵中的每个元素Rij=第i个用户对第j个项目的评价,可以当做数值处理,矩阵R被称为用户—项目矩阵。(3)个性化推荐。根据形成推荐的方法的不同可以分为三种,即基于规则的系统、基于内容过滤的系统和协同过滤系统。基于规则的推荐系统和基于内容过滤的推荐系统均只能为用户推荐过去喜欢的项目和相似的项目,并不能推荐用户潜在感兴趣的项目。而协同过滤系统能推荐出用户近邻所喜欢的项目,通过用户与近邻之间的“交流”,发现用户潜在的兴趣。因此本文所用的算法是基于协同过滤的推荐算法。(4)推荐结果。显示的任务是把推荐算法生成的推荐显示给用户,完成对用户的推荐。目前最常用的推荐可视化方法是Top-N列表[7],按照从大到小顺序把推荐分值最高的N个事物或者最权威的N条评价以列表的形式显示给用户。2生物信息学推荐系统的设计综合各种推荐技术的性能与优缺点,本文构造的生物信息学推荐系统的总体结构如图2所示。生物信息学推荐系统实现的主要功能是在用户登录生物信息学网站时,所留下的登录信息通过网站传递到推荐算法部分;推荐算法根据该用户的用户名从数据库提取出推荐列表,并返回到网站的用户界面;用户访问的记录返回到数据库,系统定时调用推荐算法,对数据库中用户访问信息的数据进行分析计算,形成推荐列表。本系统采用基于近邻的协同过滤推荐算法,其结构可以进一步细化为如图3所示。算法分为邻居形成和推荐形成两大部分,两部分可以独立进行。这是该推荐系统有别于其他系统的优势之一。由于信息获取后的用户—项目矩阵维数较大,使得系统的可扩展性降低。本系统采用SVD矩阵降维方法,减少用户—项目矩阵的维数,在计算用户相似度时大大降低了运算的次数,提高了推荐算法的效率。(1)信息获取。用户对项目的评价是基于用户对某一个项目(为表示简单,以下提及的项目均指网站上的生物物种)的点击次数来衡量的。当一个用户注册并填写好个人情况以后,系统会自动为该用户创建一个“信息矩阵”,该矩阵保存了所有项目的ID号以及相应的用户评价,保存的格式为:S+编号+用户评价,S用于标记项目,每个项目编号及其评价都以“S”相隔开;编号是唯一的,占5位;用户评价是用户点击该项目的次数,规定其范围是0~100,系统设定当增加到100时不再变化。这样做可防止形成矩阵时矩阵评价相差值过大而使推荐结果不准确。(2)信息处理。信息处理是将所有用户的信息矩阵转换为用户—项目矩阵,使用户信息矩阵数值化,假设系统中有M个用户和N个项目,信息处理的目的就是创建一个M×N的矩阵R,R[I][J]代表用户I对项目J的评价。(3)矩阵处理。协同过滤技术的用户—项目矩阵的数据表述方法所带来的稀疏性严重制约了推荐效果,而且在系统较大的情况下,它既不能精确地产生推荐集,又忽视了数据之间潜在的关系,发现不了用户潜在的兴趣,而且庞大的矩阵增加了计算的复杂度,因此有必要对该矩阵的表述方式做优化,进行矩阵处理。维数简化是一种较好的方法,本文提出的算法应用单值分解(SingularValueDecomposition,SVD)技术[8],对用户—项目矩阵进行维数简化。(4)相似度计算。得到降维以后的用户矩阵US,就可以寻找每个用户的近邻。近邻的确定是通过两个用户的相似度来度量的。本文采用Pearson相关度因子[9]求相似度。(5)计算用户邻居。该方法有两种[10],即基于中心的邻居(Center-BasedNeighbor)和集合邻居(AggregateNeighbor)。本系统采用了第一种方法,直接找出与用户相似度最高的前N个用户作为邻居,邻居个数N由系统设定,比如规定N=5。(6)推荐形成。推荐形成的前提是把当前用户的邻居ID号及其与当前用户的相似度保存到数据库中,而在前面的工作中已找出各用户的邻居以及与用户的相似度,推荐形成部分只需要对当前登录用户进行计算。推荐策略是:对当前用户已经访问过的项目不再进行推荐,推荐的范围是用户没有访问的项目,其目的是推荐用户潜在感兴趣的项目;考虑到系统的项目比较多,用户交互项目的数量很大,所以只筛选出推荐度最大的N个项目,形成Top-N推荐集,设定N=5。3生物信息学推荐系统的实现生物信息学推荐系统的实现可以用图4来表示。数据库部分主要存储用户信息和项目信息,用SQLServer2000实现。数据访问层实现了与用户交互必需的存储过程以及触发器,也使用SQLServer2000,主要完成以下功能:初始化新用户信息矩阵;插入新项目时更新所有用户的信息矩阵;用户点击项目时更新该用户对项目的评价;删除项目时更新所有用户的信息矩阵。用户访问层主要涉及网页与用户的交互和调用数据访问层的存储过程,在这里不做详细的介绍。推荐算法完成整个个性化推荐的任务,用Java实现。(1)数据连接类DataCon。该类完成与SQLServer2000数据库的连接,在连接之前必须要下载三个与SQLServer连接相关的包,即、和。(2)数据操作类DataControl。该类负责推荐算法与数据库的数据交换,静态成员Con调用()获得数据库连接,然后对数据库进行各种操作。把所有方法编写成静态,便于推荐算法中不创建对象就可以直接调用。(3)RecmmendSource与CurrentUserNeighbor。这两个类作为FCRecommand类的内部类,RecmmendSource用于保存当前用户的推荐列表,包括推荐项目号和推荐度;CurrentUserNeighbor用于保存邻居信息,包括邻居ID号、相似度及其访问信息。(4)协同过滤推荐算法FCRecommand。该类实现了整个推荐算法,主要分为邻居形成方法FCArithmetic和推荐形成方法GenerateRecommend。下面给出方法FCArithmetic的关键代码:Matrixuser_item=();//获取用户—项目矩阵user_item=(user_item);//调用SVD降维方法Vectorc_uservector=newVector();//当前用户向量Vectoro_uservector=newVector();//其他用户向量Vectorc_user_correlate_vector=newVector();//当前用户与其他用户之间相似度向量for(inti=0;ifor(intj=0;((i,j));//1.获得当前用户向量for(intk=0;();for(intl=0;((k,l));//2.获得其他用户的向量//3.计算当前用户与其他用户的相似度usercorrelativity=(c_uservector,o_uservector);(usercorrelativity);}//4.根据当前用户与其他用户的相似度,计算其邻居(i,c_user_correlate_vector);}根据邻居形成方法FCArithmetic,可以得到每个用户的邻居。作为测试用例,图6显示用户Jack与系统中一部分用户的相似度,可以看出它与自己的相似度必定最高;并且它与用户Sugx访问了相同的项目,它们之间的相似度也为1,具有极高的相似度。4结束语在传统推荐系统的基础上,结合当前生物信息学网站的特点,提出一个基于生物信息平台的推荐系统,解决了传统生物信息网站平台信息迷茫的缺点,为用户推荐其感兴趣物种的DNA或蛋白质序列。优点在于协同过滤的推荐算法能发现用户潜在的兴趣,能促进生物学家之间的交流;推荐算法的邻居形成与推荐形成两部分可以单独运行,减少了系统的开销。进一步的工作是分析生物数据的特点及生物数据之间的关系,增加用户和项目数量,更好地发挥推荐系统的优势。参考文献:[1]PAULR,[J].CommunicationsoftheACM,1997,40(3):56-58.[2]陈新.生物信息学简介[EB/OL].(2001)..[3]林毅申,林丕源.基于WebServices的生物信息解决方案[J].计算机应用研究,2005,22(6):157-158,164.[4]邢仲璟,林丕源,林毅申.基于Bioperl的生物二次数据库建立及应用[J].计算机系统应用,2004(11):58-60.
最好是多收集点生物信息方面的资料,题目可以写生物信息的发展历程,等等
生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。
不知道,生物信息学,比较难
对比分析法是把客观事物加以比较,以达到认识事物的本质和规律并做出正确的评价。对比分析法通常是把两个相互联系的指标数据进行比较,从数量上展示和说明研究对象规模的大小,水平的高低,速度的快慢,以及各种关系是否协调。在对比分析中,选择合适的对比标准是十分关键的步骤,选择的合适,才能做出客观的评价,选择不合适,评价可能得出错误的结论。对比标准存在以下几种选择: 时间标准:即选择不同时间的指标数值作为对比标准,最常用的是与上年同期比较即"同比",还可以与前一时期比较,此外还可以与达到历史最好水平的时期或历史上一些关键时期进行比较。空间标准:即选择不同空间指标数据进行比较。(1)与相似的空间比较,如本市与某些条件相似的城市比较。(2)与先进空间比较,如我国与发达国家比较。(3)与扩大的空间标准比较,如我市水平与全国平均水平比较。经验或理论标准:经验标准是通过对大量历史资料的归纳总结而得到的标准。如衡量生活质量的恩格尔系数。理论标准则是通过已知理论经过推理得到的依据。计划标准:即与计划数、定额数、目标数对比。市场经济并不排斥科学合理的计划,因此,计划标准对统计评价仍有一定意义。相联系的两个指标对比,表明现象的强度、密度、普遍程度,如人均国内生产总值、人口密度、人均收入以及某些技术经济指标等。 对比分析按说明的对象不同可分为单指标对比,即简单评价;多指标对比,即综合评价。在进行对比分析时应掌握的原则是:(1)指标的内涵和外延可比。(2)指标的时间范围可比。(3)指标的计算方法可比。(4)总体性质可比。
有的毕业论文是需要实证分析的,有的是不需要的,看选题了
拓展:毕业论文能否通过评审,不仅仅是看是否有实证分析,而是需要从论文的整体质量、内容、结构和价值等方面进行综合评估。理论部分和实证分析都是毕业论文的重要组成部分,两者之间没有必然的联系。
即使没有实证分析,只要论文结构严谨、论点清晰、思路条理清楚、表述正确、研究文献全面,同时又有新颖的视角和独特的见解,也是可以通过评审的。当然,在不同学科领域中,对实证分析的重视程度也有所不同,有些专业的毕业论文可能更加强调实证分析的重要性。总之,毕业论文的质量是多方面的,需要从多个角度进行综合评估,因此无法简单地以是否有实证分析来判断论文的优劣。
最近我也在写论文的开题报告。下面是我复制的,百分之百正确。调查法调查法是科学研究中最常用的方法之一。它是有目的、有计划、有系统地搜集有关研究对象现实状况或历史状况的材料的方法。调查方法是科学研究中常用的基本研究方法,它综合运用历史法、观察法等方法以及谈话、问卷、个案研究、测验等科学方式,对教育现象进行有计划的、周密的和系统的了解,并对调查搜集到的大量资料进行分析、综合、比较、归纳,从而为人们提供规律性的知识。调查法中最常用的是问卷调查法,它是以书面提出问题的方式搜集资料的一种研究方法,即调查者就调查项目编制成表式,分发或邮寄给有关人员,请示填写答案,然后回收整理、统计和研究。观察法观察法是指研究者根据一定的研究目的、研究提纲或观察表,用自己的感官和辅助工具去直接观察被研究对象,从而获得资料的一种方法。科学的观察具有目的性和计划性、系统性和可重复性。在科学实验和调查研究中,观察法具有如下几个方面的作用:①扩大人们的感性认识。②启发人们的思维。③导致新的发现。实验法实验法是通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果联系的一种科研方法。其主要特点是:第一、主动变革性。观察与调查都是在不干预研究对象的前提下去认识研究对象,发现其中的问题。而实验却要求主动操纵实验条件,人为地改变对象的存在方式、变化过程,使它服从于科学认识的需要。第二、控制性。科学实验要求根据研究的需要,借助各种方法技术,减少或消除各种可能影响科学的无关因素的干扰,在简化、纯化的状态下认识研究对象。第三,因果性。实验以发现、确认事物之间的因果联系的有效工具和必要途径。文献研究法文献研究法是根据一定的研究目的或课题,通过调查文献来获得资料,从而全面地、正确地了解掌握所要研究问题的一种方法。文献研究法被子广泛用于各种学科研究中。其作用有:①能了解有关问题的历史和现状,帮助确定研究课题。②能形成关于研究对象的一般印象,有助于观察和访问。③能得到现实资料的比较资料。④有助于了解事物的全貌。实证研究法实证研究法是科学实践研究的一种特殊形式。其依据现有的科学理论和实践的需要,提出设计,利用科学仪器和设备,在自然条件下,通过有目的有步骤地操纵,根据观察、记录、测定与此相伴随的现象的变化来确定条件与现象之间的因果关系的活动。主要目的在于说明各种自变量与某一个因变量的关系。定量分析法在科学研究中,通过定量分析法可以使人们对研究对象的认识进一步精确化,以便更加科学地揭示规律,把握本质,理清关系,预测事物的发展趋势。定性分析法定性分析法就是对研究对象进行“质”的方面的分析。具体地说是运用归纳和演绎、分析与综合以及抽象与概括等方法,对获得的各种材料进行思维加工,从而能去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里,达到认识事物本质、揭示内在规律。跨学科研究法运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行综合研究的方法,也称“交叉研究法”。科学发展运动的规律表明,科学在高度分化中又高度综合,形成一个统一的整体。据有关专家统计,现在世界上有2000多种学科,而学科分化的趋势还在加剧,但同时各学科间的联系愈来愈紧密,在语言、方法和某些概念方面,有日益统一化的趋势。个案研究法个案研究法是认定研究对象中的某一特定对象,加以调查分析,弄清其特点及其形成过程的一种研究方法。个案研究有三种基本类型:(1)个人调查,即对组织中的某一个人进行调查研究;(2)团体调查,即对某个组织或团体进行调查研究;(3)问题调查,即对某个现象或问题进行调查研究。功能分析法功能分析法是社会科学用来分析社会现象的一种方法,是社会调查常用的分析方法之一。它通过说明社会现象怎样满足一个社会系统的需要(即具有怎样的功能)来解释社会现象。数量研究法数量研究法也称“统计分析法”和“定量分析法”,指通过对研究对象的规模、速度、范围、程度等数量关系的分析研究,认识和揭示事物间的相互关系、变化规律和发展趋势,借以达到对事物的正确解释和预测的一种研究方法。模拟法(模型方法)模拟法是先依照原型的主要特征,创设一个相似的模型,然后通过模型来间接研究原型的一种形容方法。根据模型和原型之间的相似关系,模拟法可分为物理模拟和数学模拟两种。探索性研究法探索性研究法是高层次的科学研究活动。它是用已知的信息,探索、创造新知识,产生出新颖而独特的成果或产品。信息研究方法信息研究方法是利用信息来研究系统功能的一种科学研究方法。美国数学、通讯工程师、生理学家维纳认为,客观世界有一种普遍的联系,即信息联系。当前,正处在“信息革命”的新时代,有大量的信息资源,可以开发利用。信息方法就是根据信息论、系统论、控制论的原理,通过对信息的收集、传递、加工和整理获得知识,并应用于实践,以实现新的目标。信息方法是一种新的科研方法,它以信息来研究系统功能,揭示事物的更深一层次的规律,帮助人们提高和掌握运用规律的能力。经验总结法经验总结法是通过对实践活动中的具体情况,进行归纳与分析,使之系统化、理论化,上升为经验的一种方法。总结推广先进经验是人类历史上长期运用的较为行之有效的领导方法之一。描述性研究法描述性研究法是一种简单的研究方法,它将已有的现象、规律和理论通过自己的理解和验证,给予叙述并解释出来。它是对各种理论的一般叙述,更多的是解释别人的论证,但在科学研究中是必不可少的。它能定向地提出问题,揭示弊端,描述现象,介绍经验,它有利于普及工作,它的实例很多,有带揭示性的多种情况的调查;有对实际问题的说明;也有对某些现状的看法等。数学方法数学方法就是在撇开研究对象的其他一切特性的情况下,用数学工具对研究对象进行一系列量的处理,从而作出正确的说明和判断,得到以数字形式表述的成果。科学研究的对象是质和量的统一体,它们的质和量是紧密联系,质变和量变是互相制约的。要达到真正的科学认识,不仅要研究质的规定性,还必须重视对它们的量进行考察和分析,以便更准确地认识研究对象的本质特性。数学方法主要有统计处理和模糊数学分析方法。思维方法思维方法是人们正确进行思维和准确表达思想的重要工具,在科学研究中最常用的科学思维方法包括归纳演绎、类比推理、抽象概括、思辩想象、分析综合等,它对于一切科学研究都具有普遍的指导意义。系统科学方法20世纪,系统论、控制论、信息论等横向科学的迅猛发展,为发展综合思维方式提供了有力的手段,使科学研究方法不断地完善。而以系统论方法、控制论方法和信息论方法为代表的系统科学方法,又为人类的科学认识提供了强有力的主观手段。它不仅突破了传统方法的局限性,而且深刻地改变了科学方法论的体系。这些新的方法,既可以作为经验方法,作为获得感性材料的方法来使用,也可以作为理论方法,作为分析感性材料上升到理性认识的方法来使用,而且作为后者的作用比前者更加明显。它们适用于科学认识的各个阶段,因此,我们称其为系统科学方法。
每一种(类)丑陋的现象都会或多或少造成社会的损失。有些损失是明显的,人们不齿、唾弃;但一些损失在较长的时间段后才会出现,许多人看不到这种想象的危害,那就要揭示,这要求写作者既具有深邃的目光,透过现象看本质,又具有先知先觉的本领。(这种一味的送去,造成物质的枯竭。)虽然有人说,掘起地下的煤来,就足够全世界几百年之用。但是,几百年之后呢?几百年之后,我们当然是化为魂灵,或上天堂,或落了地狱,但我们的子孙是在的,所以还应该给他们留下一点礼品。要不然,则当佳节大典之际,他们拿不出东西来,只好磕头贺喜,讨一点残羹冷炙做奖赏。这种奖赏,不要误解为“抛来”的东西,这是“抛给”的,说得冠冕些,可以称之为“送来”,我在这里不想举出实例。要发表,找品优刊、
生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。
生信分析论文写法如下:
这次我们来讲解的这边文献是 2019-10-12 发表的 OTT 杂志上的一篇生信加少量实验验证的文章。实话实说,目前对于生信最最最基本的,如果没有实验验证还是不好发文章的。所以一般都会加一些实验验证的。
这个文章的主要流程是个这样的:这里我们就基于文童的材料方法来说一下具体的内容:公共数据获取:当中关于公共数据获取部分提到了这些东西。使用了 GEO 数据库来进行候选数据筛选。
这 GEO 里面找到了三个芯片,其中描述了这三个芯片的平台。差异表达分析:作者使用了 GEO2R 来进行数据的筛选。富集分析:接着作者对差异表达的基因进行了富集分析,其中包括 GO 分析和 KEGG 分析。
作者使用的富集分析的软件是 DAVID,这个软件我们也吐槽过说,更新不及时,是很好用,所以推荐是 WebSestalt 富集分析软件,或者 clusterprofiler。蛋白相互作用分析:5TCGA 数据库验证再往下作者做的其实是 TCGA 的数据库验证,但是在材料方法里面没写。我们可以在结果当中具体的过程。
对于肿瘤研究,现在如果只是用 GEO 数据集分析,不用 TCGA 再看一下的话,都觉得不好意思,所以一般的肿瘤研究可能都会用到 TCGA 的验证的。其目的也就类似于多加了一个数据集来增加结果准确性。但是对于 TCGA 有些肿瘤正常样本很少。分析的结果可能偏差更大。文章使用的 GEPIA 的数据库。这个数据库对于查询 TCGA 表达结果还是很好用的,简单上手。
核心基因甲基化相关分析:在核心基因选择之后,利用了 TCGA 的甲基化数据MEXPRESS 来查看基因的田基化水平有没有变化。由于版本的更新。现在的这个数据库的 版本的结果会比之前的更加详细一些。
能毕业的。就是生信方面的meta,不能毕业的就是临床试验的meta。生信的meta只是一小部分是meta分析,其他主要是生信分析。以上就是药学可以用生信分析毕业。