你改style就行了。比如ieee的style就是 正常的数字[1]
edit——outputstyles——editACS——citations——template——直接在citation下的BibliographyNumber前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名。Endnote由Thomson Corporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。 Thomson ResearchSoft是以学术信息市场化和开发学术软件为宗旨的子公司。Thomson Corporation总部位于美国康涅狄格州的Stanford。Endnote利用Z50信息获取协议可以方便进入全世界绝大多数的文献数据库，并将连接和搜索这些数据库的信息用“Connection Files”的形式储存起来直接提供给使用者。Connection Files的设置可以自己创建或修改。EndNote库内的文献可以以4种格式导出：Rich Text Format (RTF),HTML,XML，和 plain text documents（TXT）。从而创建独立的文献集或者创建可以导入到其他数据库的参考文献。导出的文献样式由当前样式决定，当前样式可以从“Edit”菜单下的“Output Styles”或者工具栏上的样式下拉框选定。
edit——output style——选中插入文献的格式（如eidt APA 6th）。选中bibliography-layout-insert field-bibiography number ，如果想要加入中括号，则在bibiography number前后加入[]即可
edit——output styles——edit ACS——citations——template——直接在citation下的Bibliography Number前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名即可
这是output style的问题。如果用IEEE的output style，自动就是【1】的类型。如果你要自己设定，可以edit--output style--edit"你要设定的style",在打开来的窗口中，citation---templates中修改即可
在Word2010中，用EndNoteX6插入参考文献时，如何使正文内的文献编号自动变成上标形式？如使下图中的3个文献编号变成上标，而不需要在Word中一个一个单独进行调整。上图中所用样式为“Numbered Copy”。切换到EndNote X6的界面，进入Edit菜单下的Output Styles，点击Edit Numbered Copy。左侧点击Cittations下的Templates，右侧可以看到Citation的内容为[Bibliography Number]。选中[Bibliography Number]，点击上方的“A1”按钮，将其更改为上标模式。点击右上角的关闭按钮退出Style的编辑模式，会弹出对话框提示是否保存更改。点击“是”保存更改。最后切换到Word2010的界面。进入EndNote X6的菜单，随便换一个Style，然后再换回成Numbered Copy。
1、先偷懒吧，到EndNote的主站搜索，看是否有你要的Journal格式；如果没有只有自己学啦。2、打开一个EndNote数据库／Edit／OutputStyles/Edit………意思是将你默认的参考文献格式进行修改，因为重新编写有些语法可能不太会。技巧，先从找一个参考文献和自己要求相似的格式。如没有经验，SCI格式是缩略格式，NeuroReport是完整格式（在中国比较流行的相似格式）。3修改正文格式4修改参考文献模板改好参考文献的模板后，最难的就是作者排名和作者显示风格5下面更改作者显示风格6更改作者缩写格式7参考文献罗列时的风格，是用［1］…表示还是用1…表示8其他格式可以点点看看，思路相近9当您全部弄好了后就可以保存了，保存时一定要保存在EndNote\Styles的文件夹下面，否则无法调用。
Edit → Output Styles → Open Styles Manager…→ 找到一种较接近的参考文献目录格式，进行修改（Edit 按扭）。注意：1、在Citations → Templates 点击后，Bibliography Number要加左右方括号，注意是上标，还是不是上标。2、关键的是Bibliography → Templates 点击后, 有“Journal Article”、“Book”、“Book Section”、“Generic”等一系列值。要小心地反复调整。下面这些是比较好修改成常见的中文参考文献格式的：[1] 郭慧芳, 谢艳飞, 谢艳飞, 杜正文 不同稻螟发生区螟卵寄生蜂的自然寄生作用 中国生物防治, 2002, 18(1): 13-如 : J Adolescent Health Copy (Category属于Medicine)J Human Hypertension Copy (Category属于Medicine)J Human Lactation Copy (Category属于Medicine)J Inteferon Cytokine Res Copy (Category属于Biology)J Laparoendo Adv Surg Tech Copy (Category属于Biology)修改好后，在File → Save As 另存为一个格式， 如：“中文常用格式”。OK！在WORD 中插入文献中前 / 时 / 后，均可点击“Format Bibliography”，在“With Output”中选择我们刚才自定义的“中文常用格式”， “Temprorary citation delimiters”的“Left”方框中输入左方框号，在“Right”方框中输入右方框号。“确定”，即可！
1、先偷懒吧，到EndNote的主站搜索，看是否有你要的Journal格式；如果没有只有自己学啦。2、打开一个EndNote数据库／Edit／OutputStyles/Edit………意思是将你默认的参考文献格式进行修改，因为重新编写有些语法可能不太会。技巧，先从找一个参考文献和自己要求相似的格式。如没有经验，SCI格式是缩略格式，NeuroReport是完整格式（在中国比较流行的相似格式）。3修改正文格式4修改参考文献模板改好参考文献的模板后，最难的就是作者排名和作者显示风格5下面更改作者显示风格6更改作者缩写格式7参考文献罗列时的风格，是用［1］…表示还是用1…表示8其他格式可以点点看看，思路相近9当您全部弄好了后就可以保存了，保存时一定要保存在EndNote\Styles的文件夹下面，否则无法调用。
参考文献的自动修改写论文，参考文献的修改很麻烦，删除一个，添加一个，就需要改一长串数字。怎么办呢。本人推荐一种简单方法：尾注法（这个是相对简单的方法）方法如下（以Word2003为例）：1．光标移到要插入参考文献的地方，菜单中“插入”——“引用”-“脚注和尾注”。2．对话框中选择“尾注”，编号方式选“自动编号”，所在位置建议选“节的结尾”。3．如“自动编号”后不是阿拉伯数字，选右下角的“选项”，在编号格式中选中阿拉伯数字。4．确定后在该处就插入了一个上标“1”，而光标自动跳到文章最后，前面就是一个上标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。5．将文章最后的上标“1”的格式改成正常（记住是改格式，而不是将它删掉重新输入，否则参考文献以后就是移动的位置，这个序号也不会变），再在它后面输入所插入的参考文献（格式按杂志要求来慢慢输，好像没有什么办法简化）。6．对着参考文献前面的“1”双击，光标就回到了文章内容中插入参考文献的地方，可以继续写文章了。7．在标号的外面输入方括号，调整格式为上标,复制包括方括号在内的标号，如：[1]。在下一个需要要插入参考文献的地方粘帖刚才复制的[1]，自动就会出现一个“[2]”（Word已经自动为你排序了），但后面的参考文献信息是与第一条相同的，删除重新输入第二条参考文献的内容就行，记住不能将编号删除。在两个尾注将插入也会自动修改。8．所有文献都引用完后，你会发现在第一篇参考文献前面一条短横线（页面视图里才能看到），如果参考文献跨页了，在跨页的地方还有一条长横线，这些线无法选中，也无法删除。这是尾注的标志，但一般科技论文格式中都不能有这样的线，所以一定要把它们删除。9．切换到普通视图，菜单中“视图”——“脚注”，这时最下方出现了尾注的编辑栏。10．在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线出现了，选中它，删除。11．再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中它，删除。12．切换回到页面视图，参考文献插入已经完成了。这时，无论文章如何改动，参考文献都会自动地排好序了。如果删除了，后面的参考文献也会自动消失，绝不出错。13．参考文献越多，这种方法的优势就体现的越大。还没完，文章后参考文献的标号上的方括号如何加呢？很简单：在全文中，查找尾注标记^e，然后全部替换为[^&]即可；如果用了脚注就查找脚注标记^f,再全部替换为[^&]便可以了（注意查找时让“不限定格式”按钮为灰色）别看步骤多，操作一遍，就知道很简单了。这种方法在有很多人审阅的情况下问题很大。原因就是第一次插入点在审阅中删除的情况下。尾注内容标号还存在。如果又有在别的地方的交叉引用。那么接受所有修改之后这些交叉引用都会变成错误点。另外就是，如果你有成百上千的reference的时候。检查duplicate比较麻烦。但此方法对一般的学生来说 用起来是很不错的另外就是利用一些reference manager的软件，这些软件的使用需要学习 网上一般都有教使用方法的 有时间可以研究研究 每个人习惯不一样，可能有不同的看法 主要看自己的习惯了 就是刚开始学习的过程有点……
论文中参考文献的序号修改时，最后相对应的序号可以使用尾注法自动修改。方法如下（以Word2003为例）：1、把光标移动到插入参考文献的位置，菜单中点击“插入”-“引用”-“脚注和尾注”。2、在对话框中选择“尾注”，编号方式选择“自动编号”，所在位置建议选择“节的结尾”。3、如果“自动编号”后面不是阿拉伯数字，就选右下角的“选项”，在编号格式中选中阿拉伯数字。4、确定后就在该处就插入一个上标“1”，光标自动跳到文章最后，前面就是一个标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。5、把文章最后的上标“1”的格式改成正常，再在它后面输入所插入的参考文献。6．对着参考文献前面的“1”双击，光标就可以回到文章内容中插入参考文献的地方，然后就可以继续写文章。7、在标号的外面输入方括号，调整格式为上标,复制包括方括号在内的标号，如：[1]。在下一个需要插入参考文献的地方粘帖刚才复制的[1]，就会出现一个“[2]”，但后面的参考文献信息与第一条是相同的，删除重新输入第二条参考文献的内容就行，记住不能将编号删除。8、所有文献都引用完后，会发现在第一篇参考文献前面有一条短横线（页面视图里能看到），如果参考文献跨页了，在跨页的地方还会有一条长横线，这些线不能选中，也无法删除。这是尾注的标志。9、切换到普通视图，菜单中“视图”-“脚注”，这时最下方可以看见尾注的编辑栏。10、在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线可以呢出现，选中-删除。11、再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中-删除。12、切换回到页面视图，参考文献插入已经完成。这时，无论文章如何改动，参考文献都会自动地排好序了。
项目编号，或是编号，还有多级列表可自由选用，在段落设置里