专利申请可以自己名义申请，也可以公司名义申请，只是申请的时候提供的资料不同，费用不同。
个人和公司申请的审查过程、申请时限 、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15% ；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好（北宏知识产权）。
是职务发明就应该公司为专利权人，以公司名义申请，有另外协议的除外。如果不是职务发明，双方都有权利申请的话，专利权人可以是两个。
1、申请时递交主体资格证明文件的不同，个人名义申请需要递交身份证复印件，公司名义申请需要递交法人营业执照复印件。2、申请时，如果是个人名义申请，部分需要递交非职务创作证明。3、授权后的权利人不同，个人申请，则专利权利归个人所有。公司申请，则专利权利归公司所有。4、申请费用不用，个人名义申请可以办理减缓，并且前三年享有减缓费用，费用上相对优惠。公司名义申请办理减缓比较复杂，如无减缓，则费用相对比较高。
个人名义申请专利费用低，但是个人申请专利归个人与公司无关，容易起纠纷；另外，在部分地区享受政府资助时，资助标准也要低于公司；而且，在高新技术企业认定、公司上市作价等方面，通常都是以公司作为专利权人进行。
个人和公司申请的审查过程、申请时限、申请难易度是没有差别的。个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。从如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好
你想的非常周到呀，和我当初申请专利一样，考虑的太多了，我以为只有我那么啰嗦的呢，不过还是先未雨绸缪了解清楚好。 我和你的情况有点像。我去年申请的发明专利，刚开始也差不多想过了你那些问题。找代理公司办理的时候也问过这些，本人记忆还好还记住一些，有些答得不对的地方请加以指正。 1， 公司名义申请的话公司更名了，专利所有权人也是需要更名的，知识产权方面的都是如此，商标注册名义变更也是那样的，至于费用的话好像就几百来快钱吧，具体多少也不记得了。手续很简单的，这个和转让是一样的，提供营业执照找代理公司就可以了。不过说实话公司更名的话这个还是比较少的，至少段时间内应该不会的，公司牌子越老越好，好不好听都是靠宣传的，如果海尔，康佳，美的不出名，大家还会觉得这个名称好听吗？哈哈 2，个人名义申请发明专利的话是不能作为企业申请高新技术产业的资料的，这个必须是公司名义申请，高新技术产业里面对知识产权方面的要求是一个发明专利或者至少6个外观专利和实用新型专利，高新还是很诱人的，我几个朋友的公司都申请了，可惜我的小公司还不够资格。刚创业出于资金考虑，我还是个人名义申请了，以后有需要就转让给我公司名义下了，反正都是一样。 3，公司名义申请发明专利年费是900，年费不能减免的，个人申请的话可以减免85%，只需要135就可以了。 4，这个问题我就不太好回答你了，如果专利转让给别的企业了那等于是专利所有权给对方了，那何来的谈判和价格优势呢？你的意思应该是专利许可吧？这个的话许可就有很多种了，我也一时不好讲，这个我以前问过，不过有点模模糊糊的。 说实话这些问题我整理了不少以前的资料给你回答的，记忆没那么好的，何况是那么专业的，不过那时候申请发明专利的时候确实也查过了不少资料的，毕竟是自己辛苦的结晶，希望自己的专利可以授权，发明专利含金量还是比较高的。 我那时候办理的时候是深圳的代理公司办理的，我自己在福建这边感觉旁边的一些公司不太如意，深圳那公司是我一个战友推荐的，他以前找那公司申请过发明专利，已经通过授权了。没记错的话应该是叫深圳蓝盾知识代理公司吧。在网上查一下，蓝盾专利申请，估计还能找着，刚试了一下还是能找到的，更专业的问题你自己去问一下他们吧。 最后再说一句实在话，我是冲你那30分来的，要下载一些资料，积分不够，平时一般人儿我不回答的，哈哈 觉得有帮助就给我加点分用用吧，谢了。
本质上是没有区别的，只是权利所有人不同。如果是希望以个人持有专利，那么就以个人名义申请，而如果是希望以公司名义持有专利，那么就以公司名义申请。
如果你自己有公司，建议还是以公司名义申请好一些，这样便于你的公司宣传、销售产品，对于你公司参加招投标更是有益无害。还可以用专利为公司增加无形资产，还可能质押贷款，好处多得是。如果你说的公司是跟别人合伙开的，那你就要注意啦：以公司名义申请，专利所有权是公司的，也就是你公司所有股东所有。以你个人名义申请，专利所有权是你个人的。法律上区别大着呢，一定要三思！
专利申请人可以是个人（自然人）也可以是企事业单位。专利获得授权后，专利申请人就成为专利权人。所有专利申请人填个人还是单位，要看这个技术成果归谁所有。如果这个技术成果是个人独立完成的，不是承担单位的本职工作和任务，也没有使用单位的物质技术资料，那么这个专利成果归个人所有，完成专利的个人为申请人，授权后，个人为专利权人。如果这个技术成果是完成单位本职工作和任务，主要使用单位的物质设备和技术资料，那么这个技术成果属于职务发明，专利申请人为单位，此时，申请人只能填单位，不能填法人代表，授权后，单位为专利权人。
被授予专利权的单位应当对职务发明创造的发明人或者设计人给予奖励；发明创造专利实施后，根据其推广应用的范围和取得的经济效益，对发明人或者设计人给予合理的报酬。 第六章 对职务发明创造的发明人或者设计人的奖励和报酬 第七十四条 被授予专利权的国有企业事业单位应当自专利权公告之日起3个月内发给发明人或者设计人奖金。一项发明专利的奖金最低不少于2000元；一项实用新型专利或者外观设计专利的奖金最低不少于500元。 由于发明人或者设计人的建议被其所属单位采纳而完成的发明创造，被授予专利权的国有企业事业单位应当从优发给奖金。 发给发明人或者设计人的奖金，企业可以计入成本，事业单位可以从事业费中列支。 第七十五条被授予专利权的国有企业事业单位在专利权有效期限内，实施发明创造专利后，每年应当从实施该项发明或者实用新型专利所得利润纳税后提取不低于2%或者从实施该项外观设计专利所得利润纳税后提取不低于2%，作为报酬支付发明人或者设计人；或者参照上述比例，发给发明人或者设计人一次性报酬。 第七十六条 被授予专利权的国有企业事业单位许可其他单位或者个人实施其专利的，应当从许可实施该项专利收取的使用费纳税后提取不低于10%作为报酬支付发明人或者设计人。 第七十七条 本章关于奖金和报酬的规定，中国其他单位可以参照执行。