想要合理的标记引用的文献的话，可以使用PDF阅读器里面的工具，直接进行标注就好了。
不多的话就直接手动加吧
其实就是把参考文献用中括号扩起来，然后选中按下ctrl+shift+=，选中的部分就会变成上标，也就引用了这个编号的参考文献，很简单的。而且你可以批量引用参考文献，比如[1-8]，这样就不用一个一个做上标了，你可以百度下：普刊学术中心，其中关于毕业论文有很多学习资料以及写作教程。
一、参考文献著录格式 1 、期刊作者．题名〔J〕．刊名，出版年，卷(期)∶起止页码 2、 专著作者．书名〔M〕．版本(第一版不著录)．出版地∶出版者，出版年∶起止页码 3、 论文集作者．题名〔C〕．编者．论文集名，出版地∶出版者，出版年∶起止页码 4 、学位论文作者．题名〔D〕．保存地点．保存单位．年份 5 、专利文献题名〔P〕．国别．专利文献种类．专利号．出版日期 6、 标准编号．标准名称〔S〕 7、 报纸作者．题名〔N〕．报纸名．出版日期(版次) 8 、报告作者．题名〔R〕．保存地点．年份 9 、电子文献作者．题名〔电子文献及载体类型标识〕．文献出处，日期 二、文献类型及其标识 1、根据GB3469 规定，各类常用文献标识如下： ①期刊〔J〕 ②专著〔M〕 ③论文集〔C〕 ④学位论文〔D〕 ⑤专利〔P〕 ⑥标准〔S〕 ⑦报纸〔N〕 ⑧技术报告〔R〕 2、电子文献载体类型用双字母标识，具体如下： ①磁带〔MT〕 ②磁盘〔DK〕 ③光盘〔CD〕 ④联机网络〔OL〕 3、电子文献载体类型的参考文献类型标识方法为：〔文献类型标识/载体类型标识〕。例如： ①联机网上数据库〔DB/OL〕 ②磁带数据库〔DB/MT〕 ③光盘图书〔M/CD〕 ④磁盘软件〔CP/DK〕 ⑤网上期刊〔J/OL〕 ⑥网上电子公告〔EB/OL〕 三、举例 1、期刊论文 〔1〕周庆荣，张泽廷，朱美文，等．固体溶质在含夹带剂超临界流体中的溶解度〔J〕．化工学报，1995(3)：317—323 〔2〕Dobbs J M, Wong J M Modification of supercritical fluid phasebehavior using polor coselvent〔J〕 Ind Eng Chem Res, 1987,26:56 〔3〕刘仲能，金文清合成医药中间体4-甲基咪唑的研究〔J〕精细化工，2002(2)：103-105 〔4〕 Mesquita A C, Mori M N, Vieira J M, et al ． Vinyl acetate polymerization by ionizing radiation〔J〕．Radiation Physics and Chemistry,2002, 63:465 2、专著 〔1〕蒋挺大．亮聚糖〔M〕．北京：化学工业出版社，2001．127 〔2〕Kortun G． Reflectance Spectroscopy〔M〕． New York: Spring-Verlag,1969 3、论文集 〔1〕郭宏，王熊，刘宗林．膜分离技术在大豆分离蛋白生产中综合利用的研究〔C〕．//余立新．第三届全国膜和膜过程学术报告会议论文集．北京：高教出版社，1999．421-425 〔2〕Eiben A E, vander Hauw J K．Solving 3-SAT with adaptive genetic algorithms 〔C〕．//Proc 4th IEEE Conf Evolutionary Computation．Piscataway: IEEE Press, 1997．81-86 4、学位论文 〔1〕陈金梅．氟石膏生产早强快硬水泥的试验研究（D）．西安：西安建筑科学大学，2000 〔 2 〕 Chrisstoffels L A J ． Carrier-facilitated transport as a mechanistic tool in supramolecular chemistry〔D〕．The Netherland：Twente University．1988 5、专利文献 〔1〕Hasegawa, Toshiyuki, Yoshida,et al．Paper Coating composition〔P〕．EP 0634524．1995-01-18 〔 2 〕 仲前昌夫， 佐藤寿昭． 感光性树脂〔 P 〕． 日本， 特开平09-26667．1997-01-28 〔3〕Yamaguchi K, Hayashi A．Plant growth promotor and productionthereof 〔P〕．Jpn, Jp1290606． 1999-11-22 〔4〕厦门大学．二烷氨基乙醇羧酸酯的制备方法〔P〕．中国发明专利，CN1073429．1993-06-23 6、技术标准文献 〔1〕ISO 1210-1982，塑料——小试样接触火焰法测定塑料燃烧性〔S〕 〔2〕GB 2410-80，透明塑料透光率及雾度实验方法〔S〕 7、报纸 〔1〕陈志平．减灾设计研究新动态〔N〕．科技日报，1997-12-12(5) 8、报告 〔1〕中国机械工程学会．密相气力输送技术〔R〕．北京：1996 9、电子文献 〔1〕万锦柔．中国大学学报论文文摘(1983-1993)〔DB/CD〕．北京：中国百科全书出版社，1996
可以使用文献管理软件，如zotero，在文中引用参考文献时会自动排序插入标注，且可以将参考文献附在文中最后。
想要标记引用的文献的话可以在你的一些例如说是论文或者是其他发表文章下面所备注
采用书签、交叉引用方法：参考文献的编号和引用步骤如下：（1）在word文档末尾添加几个文献，如：[1] 杨秀章Word 2000中文版使用速成北京:清华大学出版社，2000[2] Peter W Diane P中文Word 2002专家北京:机械工业出版社，2002 注意，输入时应采用word的自动编号。如果word没有自动编号，可自己插入（这个就不用细说了）（2）给每个文献制作成书签。如，选择“杨秀章Word 2000中文版使用速成”，插入——书签，输入书签名（杨秀章_Word 2000中文版使用速成），然后添加。注意书签名必须以字母开头，可包含数字但不能有空格，可以用下划线字符来分隔文字，否则可能无法插入。书签名最好与文献名一致，这样在它位置变化后，你仍能识别它。（3）在需要引用文献的位置，执行插入——引用——交叉引用，类型选择书签，选择需要引用的项目，内容选择“段落编号”。至此，引用完成！
想要合理的标记引用的文献的话，可以使用PDF阅读器里面的工具，直接进行标注就好了。
首先选择需要的文档,点击word面板上的引用选项,再点击脚注和尾注。默认注释用的是“i”,可将其改成数字形式,点引用选项中脚注的下拉选项。
参考文献加标注一般是在引用文字的末尾点击插入）引用——脚注和尾注，选择尾注就可以了，参考文献应该属于尾注，在菜单里选“插入---引用----脚注和尾注”，脚注是在文章的某一页下面的注解，而尾注就是在文章最后了，打开后就可以选编码，即角码。可以自己设定类型、格式。双击编码就可以在文章和参考文献间转换。在英文输入法状态下输入[1],选中[1]按ctrl+shift++号键把光标放在引用参考文献的地方，在菜单栏上选“插入｜脚注和尾注”，弹出的对话框中选择“尾注”，点击“选项”按钮修改编号格式为阿拉伯数字，位置为“文档结尾”，确定后Word就在光标的地方插入了参考文献的编号，并自动跳到文档尾部相应编号处请你键入参考文献的说明，在这里按参考文献著录表的格式添加相应文献。参考文献标注要求用中括号把编号括起来，至今我也没找到让Word自动加中括号的方法，需要手动添加中括号。 在文档中需要多次引用同一文献时，在第一次引用此文献时需要制作尾注，再次引用此文献时点“插入｜交叉引用”，“引用类型”选“尾注”，引用内容为“尾注编号（带格式）”，然后选择相应的文献，插入即可。 不要以为已经搞定了，我们离成功还差一步。论文格式要求参考文献在正文之后，参考文献后还有发表论文情况说明、附录和致谢，而Word的尾注要么在文档的结尾，要么在“节”的结尾，这两种都不符合我们的要求。 解决的方法似乎有点笨拙。首先删除尾注文本中所有的编号（我们不需要它，因为它的格式不对），然后选中所有尾注文本（参考文献说明文本），点“插入｜书签”，命名为“参考文献文本”，添加到书签中。这样就把所有的参考文献文本做成了书签。在正文后新建一页，标题为“参考文献”，并设置好格式。光标移到标题下，选“插入｜交叉引用”，“引用类型”为“书签”，点“参考文献文本”后插入，这样就把参考文献文本复制了一份。选中刚刚插入的文本，按格式要求修改字体字号等，并用项目编号进行自动编号。 到这里，我们离完美还差一点点。打印文档时，尾注页同样会打印出来，而这几页是我们不需要的。当然，可以通过设置打印页码范围的方法不打印最后几页。这里有另外一种方法，如果你想多学一点东西，请接着往下看。选中所有的尾注文本，点“格式｜字体”，改为“隐藏文字”，切换到普通视图，选择“视图｜脚注”，此时所有的尾注出现在窗口的下端，在“尾注”下拉列表框中选择“尾注分割符”，将默认的横线删除。同样的方法删除“尾注延续分割符”和“尾注延续标记”。删除页眉和页脚（包括分隔线），选择“视图｜页眉和页脚”，首先删除文字，然后点击页眉页脚工具栏的“页面设置”按钮，在弹出的对话框上点“边框”，在“页面边框”选项卡，边框设置为“无”，应用范围为“本节”；“边框”选项卡的边框设置为“无”，应用范围为“段落”。切换到“页脚”，删除页码。选择“工具｜选项”，在“打印”选项卡里确认不打印隐藏文字（Word默认）。 参考文献格式：作者题名[D]所在城市:保存单位,发布年份李琳住院烧伤患者综合健康状况及其影响因素研究[D]福州:福建医科大学,其他的：作者题名[J]刊名,年,卷(期):起止页码沈平,彭湘粤,黎晓静,等临床路径应用于婴幼儿呼吸道异物手术后的效果[J]中华护理杂志,2012,47(10):930-作者书名[M] 版次出版地: 出版者,出版年:起止页码胡雁护理研究[M]第4版北京:人民卫生出版社,2012:作者题名[N]报纸名,出版日期(版次)丁文祥数字革命与国际竞争[N]中国青年报,2000-11-20(15)作者题名[EB/OL]网址,发表日期/引用日期(任选)世界卫生组织关于患者安全的10个事实 [EB/OL]其他： [R]、[P]、[A]、[C]、[Z]等。
想要标记引用的文献的话可以在你的一些例如说是论文或者是其他发表文章下面所备注
方法/步骤光标移到要加入参考文献标注的地方菜单中“插入”——“引用”——“脚注和尾注”如图设置 确定后在该处就插入了一个上标“1”，而光标自动跳到文章最后，前面就是一个上标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方重复上面的步骤，加入其它参考文献标注修改样式为[1] [2]在全文中，查找(Ctrl+F)——高级——特殊字符——尾注标记（它会自动显示^e）——替换为[^&]注意：光标移到第一个标记处，即1处，再进行查找，替换删除参考文献前面一条短横线 切换到普通视图，菜单中 “视图”——“普通”——“脚注”——尾注的编辑栏在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线出现了，选中它，删除。再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中它，删除。切换回到页面视图，参考文献插入已经完成
选中要标记的文字，点击引用中的插入尾注，然后在尾注里面输入参考文献就可以了。方法如下：1、打开文档，在文档里面选择需要标记的文字。2、然后点击文档上面的引用菜单。3、在引用的选项里面选择插入尾注。4、然后光标就会自动跳到尾注的地方。5、在这里输入参考文献。6、这样就可以看到已经成功标注参考文献了。注意事项：这是word 2009版本的操作方法，其他版本的操作方法也可以参考。
其实就是把参考文献用中括号扩起来，然后选中按下ctrl+shift+=，选中的部分就会变成上标，也就引用了这个编号的参考文献，很简单的。而且你可以批量引用参考文献，比如[1-8]，这样就不用一个一个做上标了，你可以百度下：普刊学术中心，其中关于毕业论文有很多学习资料以及写作教程。
）（2）给每个文献制作成书签：参考文献的编号和引用步骤如下，如:清华大学出版社，选择需要引用的项目。（3）在需要引用文献的位置。书签名最好与文献名一致，可自己插入（这个就不用细说了Word2000中文版使用速成”，你仍能识别它，2000[2]PeterWeverka。如果word没有自动编号，输入时应采用word的自动编号DianePoremsky，这样在它位置变化后，然后添加，可包含数字但不能有空格，否则可能无法插入，输入书签名（杨秀章_Word2000中文版使用速成），类型选择书签中文Word2002专家：（1）在word文档末尾添加几个文献:机械工业出版社。注意书签名必须以字母开头，内容选择“段落编号”，选择“杨秀章，执行插入——引用——交叉引用，2002注意Word2000中文版使用速成，插入——书签：[1]杨秀章北京北京，引用完成采用书签、交叉引用方法。至此，可以用下划线字符来分隔文字。如
光标移到需要插入参考文献标注的地方。在菜单栏“插入（i）”→“引用（n）”→选择“脚注和尾注（g）”选项。于是，弹出窗口，按照下图进行各项的设置：尾注设置：这是最重要的（1）在“位置”选项中，选择“尾注（e）——节的结尾”；（2）在“格式”选项中，①选择“编号格式（n）——1，2，3，…”也就是阿拉伯数字，②自定义标记不需要填，③“起始编号（s）——1”，④“编号方式（m）——连续”（3）在“应用更改”选项中，选择“将更改应用于（p）——整篇文档”最后，点按钮“插入（i）”，便在你所选的地方插入了第一个参考文献标注。可以看到，在所选地方上角出现了一个小1。4．双击上标“1”，光标自动跳到文章最后，前面就是一个上标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。按照上面的步骤，在其他地方标注参考文献，可以看到系统是自动为我们进行排序的，而与我们插入的先后顺序没有关系。这样，我们便完成了第一步操作。第二部分标注格式的修改通过第一步设置的尾注，就是我们所需要的标注，是正文所插入地方上角的小数字，和文章末尾对应的小数字。其实这些都不是正确的参考文献标注格式，我们还需要动手稍作修改。下面就是讲这一内容啦：将全文所涉及的尾注都改为“[n]”的标准格式：注意是修改，而不是删除后重新输入上标！（1）给数字加中括号首先，需要强调的是，在进行这一步操作时，光标应在正文范围内，而不是最后的尾注区域。然后，在菜单栏“编辑（e）”→“查找（e）”或者通过快捷键“ctrl+f”可以打开“查找和替换”窗口。按照下图进行各项的设置在“查找内容（n）”选项中填入“^e”，表示尾注。如果以后需要查找脚注，则是搜索“^f”。在“替换为（i）”选项中填入“[^&]”。并单击右下方第一个按钮“常规（l）”展开窗口。注意下方“搜索”选项选择“全部”，其他格式要求的前方要去掉勾勾。选项全部设置好后，点击“全部替换（a）”即可完成全文参考文献标注，即尾注格式的第一部分修改。（2）尾注部分的标号从上标改为正文格式与上一步不同的是，此时光标应在尾注区域内，重新打开“查找和替代”窗口，按照下图进行各项的设置
不多的话就直接手动加吧
一、参考文献著录格式 1 、期刊作者．题名〔J〕．刊名，出版年，卷(期)∶起止页码 2、 专著作者．书名〔M〕．版本(第一版不著录)．出版地∶出版者，出版年∶起止页码 3、 论文集作者．题名〔C〕．编者．论文集名，出版地∶出版者，出版年∶起止页码 4 、学位论文作者．题名〔D〕．保存地点．保存单位．年份 5 、专利文献题名〔P〕．国别．专利文献种类．专利号．出版日期 6、 标准编号．标准名称〔S〕 7、 报纸作者．题名〔N〕．报纸名．出版日期(版次) 8 、报告作者．题名〔R〕．保存地点．年份 9 、电子文献作者．题名〔电子文献及载体类型标识〕．文献出处，日期 二、文献类型及其标识 1、根据GB3469 规定，各类常用文献标识如下： ①期刊〔J〕 ②专著〔M〕 ③论文集〔C〕 ④学位论文〔D〕 ⑤专利〔P〕 ⑥标准〔S〕 ⑦报纸〔N〕 ⑧技术报告〔R〕 2、电子文献载体类型用双字母标识，具体如下： ①磁带〔MT〕 ②磁盘〔DK〕 ③光盘〔CD〕 ④联机网络〔OL〕 3、电子文献载体类型的参考文献类型标识方法为：〔文献类型标识/载体类型标识〕。例如： ①联机网上数据库〔DB/OL〕 ②磁带数据库〔DB/MT〕 ③光盘图书〔M/CD〕 ④磁盘软件〔CP/DK〕 ⑤网上期刊〔J/OL〕 ⑥网上电子公告〔EB/OL〕 三、举例 1、期刊论文 〔1〕周庆荣，张泽廷，朱美文，等．固体溶质在含夹带剂超临界流体中的溶解度〔J〕．化工学报，1995(3)：317—323 〔2〕Dobbs J M, Wong J M Modification of supercritical fluid phasebehavior using polor coselvent〔J〕 Ind Eng Chem Res, 1987,26:56 〔3〕刘仲能，金文清合成医药中间体4-甲基咪唑的研究〔J〕精细化工，2002(2)：103-105 〔4〕 Mesquita A C, Mori M N, Vieira J M, et al ． Vinyl acetate polymerization by ionizing radiation〔J〕．Radiation Physics and Chemistry,2002, 63:465 2、专著 〔1〕蒋挺大．亮聚糖〔M〕．北京：化学工业出版社，2001．127 〔2〕Kortun G． Reflectance Spectroscopy〔M〕． New York: Spring-Verlag,1969 3、论文集 〔1〕郭宏，王熊，刘宗林．膜分离技术在大豆分离蛋白生产中综合利用的研究〔C〕．//余立新．第三届全国膜和膜过程学术报告会议论文集．北京：高教出版社，1999．421-425 〔2〕Eiben A E, vander Hauw J K．Solving 3-SAT with adaptive genetic algorithms 〔C〕．//Proc 4th IEEE Conf Evolutionary Computation．Piscataway: IEEE Press, 1997．81-86 4、学位论文 〔1〕陈金梅．氟石膏生产早强快硬水泥的试验研究（D）．西安：西安建筑科学大学，2000 〔 2 〕 Chrisstoffels L A J ． Carrier-facilitated transport as a mechanistic tool in supramolecular chemistry〔D〕．The Netherland：Twente University．1988 5、专利文献 〔1〕Hasegawa, Toshiyuki, Yoshida,et al．Paper Coating composition〔P〕．EP 0634524．1995-01-18 〔 2 〕 仲前昌夫， 佐藤寿昭． 感光性树脂〔 P 〕． 日本， 特开平09-26667．1997-01-28 〔3〕Yamaguchi K, Hayashi A．Plant growth promotor and productionthereof 〔P〕．Jpn, Jp1290606． 1999-11-22 〔4〕厦门大学．二烷氨基乙醇羧酸酯的制备方法〔P〕．中国发明专利，CN1073429．1993-06-23 6、技术标准文献 〔1〕ISO 1210-1982，塑料——小试样接触火焰法测定塑料燃烧性〔S〕 〔2〕GB 2410-80，透明塑料透光率及雾度实验方法〔S〕 7、报纸 〔1〕陈志平．减灾设计研究新动态〔N〕．科技日报，1997-12-12(5) 8、报告 〔1〕中国机械工程学会．密相气力输送技术〔R〕．北京：1996 9、电子文献 〔1〕万锦柔．中国大学学报论文文摘(1983-1993)〔DB/CD〕．北京：中国百科全书出版社，1996
在我的中要注明论文参考文献的话，你可以在论文的末尾用双引号小号字体注明论文的参考文献。