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“中国百种杰出学术期刊”是由科技部中国科技信息研究所发布的。在《中国科技期刊引证报告》（核心）定期公布的 20 余种科学计量指标基础上，中国科技信息研究所研制了中国科技期刊综合评价指标体系。中国科学技术信息研究所是国内科技期刊的权威评价机构。每年推出的百杰期刊是根据该所研制的中国科技学术期刊综合评价指标体系评定的，评定过程也完全由该所聘请各学科专家独立操作进行，根据源期刊的十余个科学计量指标用纯数学的分析结果进行评定，不需要参评期刊提供任何材料，其评定结果客观公正，代表了中国科技期刊的最高学术水平，是业界公认的比较客观、全面和科学的期刊评价体系。采用层次分析法，由专家打分并分学科对每一种期刊进行综合评价，从近 5000 种科技期刊中，遴选推出了中国百种杰出学术期刊名单，名单涵括中国出版的中英文学术期刊，代表中国学术期刊的最高水平。百种杰出学术期刊榜单每年更新一次，竞争十分激烈。自 2002 年榜单推出以来，遴选出一批杰出学术期刊。在科技期刊出版竞争激烈，优质稿件外流的大环境下，国内主办的英文期刊也是异军突起，中文期刊特别是中文大学学报的办刊环境日益恶化。稿源是学术期刊的生命，但是在“自由竞争”条件下，争夺优质稿源显然不是大学学报等中文期刊的优势。
扬州大学办的学术期刊有：《扬州大学学报·人文社会科学版》（双月刊）、《扬州大学学报·高教研究版》（双月刊）、《扬州大学学报·自然科学版》（季刊）；《扬州大学学报·农业与生命科学版》（季刊）没有其它期刊了。
截至2016年3月，学校承担各级各类科研项目1700多项，全校年科技经费5亿多元。获国家自然科学基金项目数连年位居省属高校前列。共有300多项科研成果获省部级以上奖励，取得了一批高水平的科研成果。其中，由中科院与该校共同完成的“转基因山羊体细胞克隆山羊”成果被评为1999年中国基础研究十大新闻之首，由该校参与完成的“水稻第四号染色体精确测序”工作被评为2002年中国十大科技进展头条新闻，8项成果荣获国家科技进步二等奖。科技开发与成果推广成绩同样喜人，学校的“农科教结合”工作已形成了以苏北基地为中心，辐射苏中、苏南的格局，在服务“三农”方面走出了一条成功之路。2002-2013年期间，学校共有4篇论文被评为全国优秀博士学位论文，6篇论文获全国优秀博士学位论文提名论文。 2013年，在ESI评价的22个学科中，学校共被ESI收录论文3672篇，被引23142次，篇均被引频次为3，在全球排名前1%的5039个研究机构中，总被引次数位居第1664位。学校的“江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心”于2013年被评定为首批江苏省高校协同创新中心。 学术期刊 扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报·人文社会科学版》（双月刊）、《扬州大学学报·高教研究版》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报·自然科学版》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报·农业与生命科学版》（季刊）。《扬州大学学报（人文社会科学版）》该刊为综合性人文社会科学学术刊物。该刊有“中国特色社会主义理论研究”、“苏中地区经济社会发展研究”、“中国儒商研究”、“扬州文化研究”、“女性文学多棱镜”、“审美新视角”等特色栏目。该刊为全国中文核心期刊、中国核心学术期刊、中国人文社会科学核心期刊、中国人文社科学报核心期刊、中国期刊方阵、双效期刊、全国百强社科学报、华东地区优秀期刊。 《扬州大学学报（高教研究版）》该刊为综合性高等教育研究刊物，坚持理论联系实际研究和探索高等教育改革与发展的各类问题，既发表高等教育改革与发展的理论性研究论文，也刊登具有普遍指导意义的高校教育教学改革的实践经验，内容覆盖了高等教育的方方面面。该刊被《高校文科学术文摘》、中国人大复印资料中心、《教育文摘周报》、《新华文摘》等都不同程度地转载、摘引该刊所发论文。该刊为中国核心学术期刊、江苏省期刊方阵优秀期刊、第二届全国优秀社科学报。 《扬州大学学报（自然科学版）》该刊是自然科学综合性学术刊物。主要刊登数理科学和化学、工业技术、环境科学等门类的学术论文。该刊为全国中文核心期刊、中国期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊。该刊被美国《数学评论》（MR）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、德国 《数学文摘》（ZBL）、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国无机分析化学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》等国内外著名检索期刊收录。并被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《全国报刊索引（自然科学技术版）》、《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《华艺数位艺术股份有限公司》、《中国科技期刊全文数据库（重庆维普）》全文收录。 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》（原《江苏农学院学报》、《江苏农业研究》）该刊是综合性农业与生命科学学术期刊。主要刊登农业科学、动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学、基础医学等学科的学术论文。 该刊被国家科技部中国科技信息研究所、中国科学院、北京大学图书馆分别入选为“中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊” 、“中国科学核心期刊”、“全国中文核心期刊”。被联合国粮农组织AGRIS、英国CABI、动物学记录（ZR）、美国DIALOG、化学文摘（CA）、波兰哥白尼索引（IC）、国内所有以”中国”名头出版的农业文摘类期刊和部分医学文摘期刊及《中国生物学文摘》等作为一次文献源期刊收录。2002年以来多次获教育部”全国高校优秀科技期刊一等奖”及全国农业优秀期刊（学术类一等奖），蝉联”江苏省双十佳期刊”。 图书馆藏 截至2014年9月，全校拥有文献402万余册；年订购中文报刊3376种，原版外文期刊548种。馆内藏有《四库全书》、《续修四库全书》、《四库全书目录丛刊》、《近代中国史料丛刊》等大型文献，馆藏中苏北方志较为齐全，文史、农业、烹饪类文献具有特色，敦煌学资料丰富。馆内拥有丰富的电子文献资源，藏有各种电子出版物，包括中国期刊网镜像站、超星数字图书馆、北大方正Apabi数字图书系统、EI、PQDD、IEEE/IEE等国内外大型数据库40种，折合电子文献7万册。
本刊现为中国期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊、全国中文核心期刊。本刊已被美国《数学评论》（MR）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、德国 《数学文摘》（ZBL）、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国无机分析化学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》等国内外著名检索期刊收录。并已被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《全国报刊索引（自然科学技术版）》、《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《华艺数位艺术股份有限公司》、《中国科技期刊全文数据库（重庆维普）》全文收录。
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经济学实验室(Economic Lab)统计出全球经济学学术期刊级别分类(三个版本)：版本version 1:顶尖期刊：American Economic ReviewEconometricaJournal of Political EconomyQuarterly Journal of EconomicsReview of Economic Studies一流期刊：Economic JournalGames and Economic BehaviorInternational Economic ReviewJournal of EconometricsJournal of Economic TheoryJournal of FinanceJournal of Labor EconomicsJournal of Monetary EconomicsRand Journal of EconomicsReview of Economics and StatisticsJournal of Financial EconomicsReview of Financial Studies二流期刊：American Journal of Agricultural EconomicsAEA Papers and ProceedingsBrookings Papers on Economic ActivityEconometric TheoryEconomic TheoryEuropean Economic ReviewJournal of Applied EconometricsJournal of Business and Economic StatisticsJournal of Comparative EconomicsJournal of Development EconomicsJournal of Economic Behavior and OrganizationJournal of Economic Dynamics and ControlJournal of Economic EducationJournal of Economic GrowthJournal of Economic HistoryJournal of Economic PerspectiveJournal of Economics and Management StrategyJournal of Environmental Economics and ManagementJournal of Experimental EconomicsJournal of Health EconomicsJournal of Human ResourcesJournal of Industrial EconomicsJournal of International EconomicsJournal of Law and EconomicsJournal of Mathematical EconomicsJournal of Money, Banking and CreditJournal of Population EconomicsJournal of Public EconomicsJournal of Real Estate Economics and FinanceJournal of Regulatory EconomicsJournal of Risk and UncertaintyJournal of Urban EconomicsSocial Choice and WelfareReview of Economic Dynamics三流期刊：Canadian Journal of EconomicsChina Economic ReviewEconometric JournalEconomic inquiryEconomicaEconomic Development and Cultural ChangeEconomics LettersEconomics of TransitionHealth economicsIndustrial & labor relations reviewInternational Journal of Game TheoryInternational Journal of Industrial OrganizationJournal of agricultural economicsJournal of institutional & theoretical economicsJournal of law, economics & organizationJournal of regional scienceJournal of transport economics & policyLand economicsMathematical Social SciencesNational Tax JournalOxford Bulletin of Economics and StatisticsOxford economics papersPublic ChoiceReview of Economic DesignReview of Income and WealthScandinavian Journal of EconomicsSouthern Economic Journal四流期刊：其他SSCI经济学期刊（注意不是国内的CSSCI）。不入流期刊：其余期刊均为不入流，比如说《经济研究》、《世界经济》。
扬州大学学报共有4种：期刊名称：扬州大学学报(农业与生命科学版)，是中文核心期刊+中国科技核心期刊；期刊名称：扬州大学学报(高教研究版)，非核心期刊，是普通期刊；期刊名称：扬州大学学报(人文社会科学版)，非核心期刊，是普通期刊；期刊名称：扬州大学学报(自然科学版)，是中文核心期刊+中国科技核心期刊；
本刊现为中国期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊、全国中文核心期刊。本刊已被美国《数学评论》（MR）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、德国 《数学文摘》（ZBL）、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国无机分析化学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》等国内外著名检索期刊收录。并已被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《全国报刊索引（自然科学技术版）》、《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《华艺数位艺术股份有限公司》、《中国科技期刊全文数据库（重庆维普）》全文收录。