一、写作基本结构
(1)前言:阐述研究的目的,说明为什么做这个研究?
(2)材料与方法:细致表达怎么做这个研究?
(3)结果与分析:通过研究获得了哪些证据?这些证据说明了什么问题?
(4)讨论:通过研究得出了什么结论?结论有什么价值?
二、写作结构技巧
(1)结合自身知识能力,选择自己擅长的论文课题
(2)搜集和分析文献资料,明确生物论文的研究的内容
(3)拟定论文提纲,确立基本论点和分论点
(4)论文写作注重论述语言,把握好章节篇幅。
最好是多收集点生物信息方面的资料,题目可以写生物信息的发展历程,等等
这种最基本的东西没必要求论文啊,自己随便写写就好了,用个DNAMAN,随便挑个基因,分分钟搞出来。再者没人会拿这种东西单独去发一篇论文吧?这点东西根本不够资格,只够在某篇论文里的两句话的分量。
生物信息学我有来头
林学与业,课程改革生物信息学,是一门综合学科。涉及到数学,生物学和计算机的内容。但在我看来,计算机的基础需要,但要求不是很高,关键是要有很好的生物学知识,包括遗传学的、生物化学的、发育生物学的、分子生物学的、植物生理学的知识等等,也就说需要达到这样的一个要求:在进行数据分析时,能对各种分析结果进行生物学的评价,并给出最优的分析策略。同时也应该有纯熟的数理基础,包括统计学的、拓扑学的,这样才能把待分析的问题转换成可计算的模型,最后能给出实现的程序。从个人来说,因为生物信息学是一个非常大的领域,所以,关键是要确定自己的研究方向。比如,以关联分析为方向的生物信息学,那么就要掌握好各种关联分析的统计分析方法,有很强的数据管理能力,足够好的序列分析能力(这是进行variation查找和分析的基础)
摘 要:随着计算机科学和生物科学的迅猛发展,生物信息学成为一门独立学科,它将会成为21 世纪生命科学中的重要研究领域之一。本文对生物信息学在本科教学中的教学方法、实验教学、考核办法以及如何与现代教育技术相结合进行了初步的探索,并对如何提高教学效果培养跨学科的生物信息学人才做了深入思考。 关键词:生物信息学 课堂教学 实验教学 现代教育技术 前言 生物信息学(Bioinformatics)是一门新兴的交叉学科。广义地说,生物信息学从事对生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和解释,并综合运用数学、计算机科学和生物学工具,以达到理解数据中的生物学含义的目标[1]。其含义是双重的:一是对海量数据的收集、整理与服务,即管理好这些数据;二是从中发现新的规律,也就是使用好这些数据。以1987年出现Bioinformatics这一词汇为标志,生物学已不再是仅仅基于试验观察的科学。伴随着21世纪的到来,生物学的重点和潜在的突破点已经由20世纪的试验分析和数据积累,转移到数据分析及其指导下的试验验证上来。生物信息学作为一门学科被广泛研究的根本原因,在于它所提供的研究工具对生物学发展至关重要,因此成为生命科学研究型人才必须掌握的现代知识。今天的实验生物学家,只有利用计算生物学的成果,才能跳出实验技师的框架,作出真正创新的研究。现在基因组信息学和后基因组信息学资源已经成了地球上全人类的共同财富。如何获取和利用基因组和后基因组学提供的大量信息,如何具有享用全人类共有的资源的初步能力,成了当今世纪生命科学学生必须掌握的基本技术和知识以及必须具有的初步能力[2]。 生物信息学以互联网为媒介,数据库为载体,利用数学知识、各种计算模型,并以计算机为工具,进行各种生物信息分析,以理解海量分子数据中的生物学含义。区别于其他生命科学课程,其在教学过程中要求有发达的互联网和计算机作为必备条件。调查显示国内高校都已建立校园网,其中拥有1000M主干带宽的高校已占调查总数的,2005年一些综合类大学和理工类院校已率先升级到万兆校园网[3],这些都为生物信息学课程在高校开设提供了良好的物质基础。该门课程与现代网络和信息技术密不可分,在教学工作中充分利用现代教育技术较其他课程更具优势。另外,该门课程尚未完全形成成熟的课程体系,为教师学习借鉴先进的教育思想与教学实践经验,在各方面尝试教学改革提供了广阔的空间。 1 课堂教学 生物信息学主要以介绍原理、方法为主,深入浅出,注重知识更新。课堂讲授以介绍生物信息学的相关算法、原理、方法为主,而这也是教学的重点和难点。在教学中对于这部分内容应遵循深入浅出、避繁就简的原则,结合具体实例分析算法,避免空洞复杂的算法讲解,以免学生觉得枯燥乏味、晦涩难懂,产生畏惧心理,望而生畏;注重讲解算法的思想和来龙去脉,让学生真正掌握解决问题的思路,培养其科学思维能力,并采用探讨式教学鼓励学生思考,通过讨论与研究的方式循序渐进地掌握复杂的内容,介绍相关的教学和物理学知识,使学生充分体会到生物信息学与其他学科的关系及其他学科的思想方法对于生物科学的重要性,培养其自觉地将其他学科的方法和思想应用于解决生物学问题的科学素质。在教学工作中教师必须能够紧跟学科发展方向,随时进行知识更新,了解最新的前沿动态,掌握新方法,将最新的知识和方法教给学生。同时,也要在教学中鼓励学生通过各种途径自觉地关注学科发展动态,拓宽知识面,培养其自学能力和创新意识。 2 充分利用现代化教育技术,采用启发式教学 目前,高等院校在教室内配备的多媒体投影播放系统促进了多媒体教学的广泛应用。生物信息学采用多媒体教学是适应学科特点、提高教学效果和充分利用现代化教育技术的一项基本要求。作为生物信息学教学的基本模式,多媒体教学使讲解的内容更加直观形象,尤其是对于具体数据库的介绍以及数据库检索、数据库相似性搜索、序列分析和蛋白质结构预测等内容涉及的具体方法和工具的讲解,可以激发学生的学习兴趣,加深学生对知识的理解和掌握,提高学生理论与实践相结合的能力。同时,由于生物信息学依赖于网络资源和互联网上的分析工具和软件,教室内的多媒体计算机连接到互联网,极大地提高了教学效果。但在实际教学中发现,多媒体教室也有局限性,学生主要以听讲为主,不能及时实践,教师讲解与学生实践相脱节,如果将生物信息学课程安排在计算机房内进行,并采用多媒体电子教室的教学方式,就可以解决上述问题。在教学中采用启发式教学,可为学生建立教学情景,学生通过与教师、同学的协商讨论、参与操作,能够发现知识、理解知识并掌握知识。 3 采用讲、练做一体化的教学模式,注重学生实践能力的培养 生物信息学课堂教学应积极学习借鉴职业培训和计算机课程教学中讲、练、做一体化的教学模式,在理论教学中增加实训内容,在实践教学中结合理论讲授,改变传统的以教师为中心、以教材和讲授为中心的教学方式。根据教学内容和学生的认知规律,应灵活地采用先理论后实践或先实践后理论或边理论边实践的方法,融生物信息学理论教学与实践操作为一体,使学生的知识和能力得到同步、协调、综合的发展。 通常可采用先讲后练的方法,即首先介绍原理、方法,之后设计相关的实训内容让学生上机实践。对于操作性内容和生物信息分析的方法和工具的讲解可采取进行实际演示的方法,教师边讲解边示范,学生在听课时边听讲、边练习,或者教师讲解结束后学生再进行练习。理论与实践高度结合,可充分发挥课堂教学的生动性、直观性,加深学生对知识的理解,培养和提高学生的实践操作能力。 4 优化生物信息学实验教学内容,发挥网络教学优势 生物信息学实验教学主要是针对海量生物数据处理与分析的实际需要,培养学生综合运用生物信息学知识和方法进行生物信息提取、储存、处理、分析的能力,提高学生应用理论知识解决问题的能力和独立思考、综合分析的能力。 生物信息学实验教学内容的选择与安排应按照循序渐进的原则,针对特定的典型性的生物信息学问题设计,以综合性、设计性实验内容为主,明确目的要求,突出重点,充分发挥学生的主观能动性和探索精神,以激发学生学习的主动性和创造性为出发点,加强学生创新精神和实验能力的培养。生物信息学实验教学以互联网为媒介、计算机为工具,全部在计算机网络实验室内完成。在教学中,充分利用网络的交互特点实现信息技术与课程的结合。教师通过电子邮件将实验教学内容、实验序列、工具等传递给学生,学生同样通过电子邮件将实验报告、作业、问题和意见等反馈给教师,教师在网上批改实验报告后将成绩和 评语 发送给学生,让学生及时了解自己的学习情况。教师可以通过网上论坛、聊天室和及时通讯工具QQ、MSN等对学生的实验进行指导,与其讨论问题等。网络环境下的生物信息学实验教学不仅能提高学生的学习兴趣,给学生的学习和师生的互动带来极大的方便,提高教师的工作效率,而且可以及时了解掌握学生的学习情况,有利于教师不断调整教学方案,达到更好的教学效果。 5 生物信息学采用无纸化考试,加强实践能力考核 生物信息学主要是学习利用互联网、计算机和应用软件进行生物信息分析的基本理论和基本方法。考试重点是考查学生对生物信息分析的基本方法和技能的掌握程度和对结果的分析解释能力。因此,在生物信息学考试中可尝试引入实践技能考试,通过上机实践操作重点考核学生知识应用能力。实践技能考试采用无纸化考试方式,学生在互联网环境下,对序列进行生物信息分析并对结果进行解释,不仅可考查学生对基本知识和基本原理的掌握,而且可考查学生进行生物信息分析的实际能力和分析思考能力。通过实践技能考试,淡化理论考试,克服传统的死记硬背,可促进学生注重提高理论用于实践的综合能力,同时可更有效地提高学生计算机应用能力。学生成绩评定大部分是以学生的考试成绩为主,难以对学生的学习情况和学习过程作全面地评价。因此,除采用实践技能考试并将其作为学生成绩的主要部分外,还应加强对学生平时学习态度、学习能力、创新思维等方面的考查。 总之,生物信息学教学是网络环境下生物教学的全新内容。上述教学措施提高了学生的学习积极性、实践操作能力、解决实际问题的综合应用能力及创新能力,收到了良好的教学效果,得到了学生的普遍欢迎,具有较强的可操作性和实践性。在今后的教学实践中,教师自身素质的提高和进一步的教学改革,将会不断完善生物信息学教学,培养具有跨越生命科学、信息科学、数理科学等不同领域的“大科学”素质和意识的生物信息学人才。 参考文献: [1]赵国屏等.生物信息学[M].科学出版社,2002. [2]钟杨,张亮,赵琼.简明生物信息学[M].北京:高等教育出版社,2001. [3]教育部科技发展中心对大学校园网建设应用状况调查结果显示.千兆已成主流,应用全面透[J].中国教育网络,2005,(5):36-39.
【论著与综述区别】您好!不能以生物信息学题目本身确定是否属于论著或综述应当具体看成果本身的内容、形式和出版方式论著通常是一本书,以出版社图书方式出版且主要成果为原创综述论文以期刊或论文集心思发表的一篇文章而已大部分以编著为主(编辑他人成果为主要部分)的应当是教材,而不算论著或专著
生信分析论文写法如下:
这次我们来讲解的这边文献是 2019-10-12 发表的 OTT 杂志上的一篇生信加少量实验验证的文章。实话实说,目前对于生信最最最基本的,如果没有实验验证还是不好发文章的。所以一般都会加一些实验验证的。
这个文章的主要流程是个这样的:这里我们就基于文童的材料方法来说一下具体的内容:公共数据获取:当中关于公共数据获取部分提到了这些东西。使用了 GEO 数据库来进行候选数据筛选。
这 GEO 里面找到了三个芯片,其中描述了这三个芯片的平台。差异表达分析:作者使用了 GEO2R 来进行数据的筛选。富集分析:接着作者对差异表达的基因进行了富集分析,其中包括 GO 分析和 KEGG 分析。
作者使用的富集分析的软件是 DAVID,这个软件我们也吐槽过说,更新不及时,是很好用,所以推荐是 WebSestalt 富集分析软件,或者 clusterprofiler。蛋白相互作用分析:5TCGA 数据库验证再往下作者做的其实是 TCGA 的数据库验证,但是在材料方法里面没写。我们可以在结果当中具体的过程。
对于肿瘤研究,现在如果只是用 GEO 数据集分析,不用 TCGA 再看一下的话,都觉得不好意思,所以一般的肿瘤研究可能都会用到 TCGA 的验证的。其目的也就类似于多加了一个数据集来增加结果准确性。但是对于 TCGA 有些肿瘤正常样本很少。分析的结果可能偏差更大。文章使用的 GEPIA 的数据库。这个数据库对于查询 TCGA 表达结果还是很好用的,简单上手。
核心基因甲基化相关分析:在核心基因选择之后,利用了 TCGA 的甲基化数据MEXPRESS 来查看基因的田基化水平有没有变化。由于版本的更新。现在的这个数据库的 版本的结果会比之前的更加详细一些。
最好是多收集点生物信息方面的资料,题目可以写生物信息的发展历程,等等
摘 要:随着计算机科学和生物科学的迅猛发展,生物信息学成为一门独立学科,它将会成为21 世纪生命科学中的重要研究领域之一。本文对生物信息学在本科教学中的教学方法、实验教学、考核办法以及如何与现代教育技术相结合进行了初步的探索,并对如何提高教学效果培养跨学科的生物信息学人才做了深入思考。 关键词:生物信息学 课堂教学 实验教学 现代教育技术 前言 生物信息学(Bioinformatics)是一门新兴的交叉学科。广义地说,生物信息学从事对生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和解释,并综合运用数学、计算机科学和生物学工具,以达到理解数据中的生物学含义的目标[1]。其含义是双重的:一是对海量数据的收集、整理与服务,即管理好这些数据;二是从中发现新的规律,也就是使用好这些数据。以1987年出现Bioinformatics这一词汇为标志,生物学已不再是仅仅基于试验观察的科学。伴随着21世纪的到来,生物学的重点和潜在的突破点已经由20世纪的试验分析和数据积累,转移到数据分析及其指导下的试验验证上来。生物信息学作为一门学科被广泛研究的根本原因,在于它所提供的研究工具对生物学发展至关重要,因此成为生命科学研究型人才必须掌握的现代知识。今天的实验生物学家,只有利用计算生物学的成果,才能跳出实验技师的框架,作出真正创新的研究。现在基因组信息学和后基因组信息学资源已经成了地球上全人类的共同财富。如何获取和利用基因组和后基因组学提供的大量信息,如何具有享用全人类共有的资源的初步能力,成了当今世纪生命科学学生必须掌握的基本技术和知识以及必须具有的初步能力[2]。 生物信息学以互联网为媒介,数据库为载体,利用数学知识、各种计算模型,并以计算机为工具,进行各种生物信息分析,以理解海量分子数据中的生物学含义。区别于其他生命科学课程,其在教学过程中要求有发达的互联网和计算机作为必备条件。调查显示国内高校都已建立校园网,其中拥有1000M主干带宽的高校已占调查总数的,2005年一些综合类大学和理工类院校已率先升级到万兆校园网[3],这些都为生物信息学课程在高校开设提供了良好的物质基础。该门课程与现代网络和信息技术密不可分,在教学工作中充分利用现代教育技术较其他课程更具优势。另外,该门课程尚未完全形成成熟的课程体系,为教师学习借鉴先进的教育思想与教学实践经验,在各方面尝试教学改革提供了广阔的空间。 1 课堂教学 生物信息学主要以介绍原理、方法为主,深入浅出,注重知识更新。课堂讲授以介绍生物信息学的相关算法、原理、方法为主,而这也是教学的重点和难点。在教学中对于这部分内容应遵循深入浅出、避繁就简的原则,结合具体实例分析算法,避免空洞复杂的算法讲解,以免学生觉得枯燥乏味、晦涩难懂,产生畏惧心理,望而生畏;注重讲解算法的思想和来龙去脉,让学生真正掌握解决问题的思路,培养其科学思维能力,并采用探讨式教学鼓励学生思考,通过讨论与研究的方式循序渐进地掌握复杂的内容,介绍相关的教学和物理学知识,使学生充分体会到生物信息学与其他学科的关系及其他学科的思想方法对于生物科学的重要性,培养其自觉地将其他学科的方法和思想应用于解决生物学问题的科学素质。在教学工作中教师必须能够紧跟学科发展方向,随时进行知识更新,了解最新的前沿动态,掌握新方法,将最新的知识和方法教给学生。同时,也要在教学中鼓励学生通过各种途径自觉地关注学科发展动态,拓宽知识面,培养其自学能力和创新意识。 2 充分利用现代化教育技术,采用启发式教学 目前,高等院校在教室内配备的多媒体投影播放系统促进了多媒体教学的广泛应用。生物信息学采用多媒体教学是适应学科特点、提高教学效果和充分利用现代化教育技术的一项基本要求。作为生物信息学教学的基本模式,多媒体教学使讲解的内容更加直观形象,尤其是对于具体数据库的介绍以及数据库检索、数据库相似性搜索、序列分析和蛋白质结构预测等内容涉及的具体方法和工具的讲解,可以激发学生的学习兴趣,加深学生对知识的理解和掌握,提高学生理论与实践相结合的能力。同时,由于生物信息学依赖于网络资源和互联网上的分析工具和软件,教室内的多媒体计算机连接到互联网,极大地提高了教学效果。但在实际教学中发现,多媒体教室也有局限性,学生主要以听讲为主,不能及时实践,教师讲解与学生实践相脱节,如果将生物信息学课程安排在计算机房内进行,并采用多媒体电子教室的教学方式,就可以解决上述问题。在教学中采用启发式教学,可为学生建立教学情景,学生通过与教师、同学的协商讨论、参与操作,能够发现知识、理解知识并掌握知识。 3 采用讲、练做一体化的教学模式,注重学生实践能力的培养 生物信息学课堂教学应积极学习借鉴职业培训和计算机课程教学中讲、练、做一体化的教学模式,在理论教学中增加实训内容,在实践教学中结合理论讲授,改变传统的以教师为中心、以教材和讲授为中心的教学方式。根据教学内容和学生的认知规律,应灵活地采用先理论后实践或先实践后理论或边理论边实践的方法,融生物信息学理论教学与实践操作为一体,使学生的知识和能力得到同步、协调、综合的发展。 通常可采用先讲后练的方法,即首先介绍原理、方法,之后设计相关的实训内容让学生上机实践。对于操作性内容和生物信息分析的方法和工具的讲解可采取进行实际演示的方法,教师边讲解边示范,学生在听课时边听讲、边练习,或者教师讲解结束后学生再进行练习。理论与实践高度结合,可充分发挥课堂教学的生动性、直观性,加深学生对知识的理解,培养和提高学生的实践操作能力。 4 优化生物信息学实验教学内容,发挥网络教学优势 生物信息学实验教学主要是针对海量生物数据处理与分析的实际需要,培养学生综合运用生物信息学知识和方法进行生物信息提取、储存、处理、分析的能力,提高学生应用理论知识解决问题的能力和独立思考、综合分析的能力。 生物信息学实验教学内容的选择与安排应按照循序渐进的原则,针对特定的典型性的生物信息学问题设计,以综合性、设计性实验内容为主,明确目的要求,突出重点,充分发挥学生的主观能动性和探索精神,以激发学生学习的主动性和创造性为出发点,加强学生创新精神和实验能力的培养。生物信息学实验教学以互联网为媒介、计算机为工具,全部在计算机网络实验室内完成。在教学中,充分利用网络的交互特点实现信息技术与课程的结合。教师通过电子邮件将实验教学内容、实验序列、工具等传递给学生,学生同样通过电子邮件将实验报告、作业、问题和意见等反馈给教师,教师在网上批改实验报告后将成绩和 评语 发送给学生,让学生及时了解自己的学习情况。教师可以通过网上论坛、聊天室和及时通讯工具QQ、MSN等对学生的实验进行指导,与其讨论问题等。网络环境下的生物信息学实验教学不仅能提高学生的学习兴趣,给学生的学习和师生的互动带来极大的方便,提高教师的工作效率,而且可以及时了解掌握学生的学习情况,有利于教师不断调整教学方案,达到更好的教学效果。 5 生物信息学采用无纸化考试,加强实践能力考核 生物信息学主要是学习利用互联网、计算机和应用软件进行生物信息分析的基本理论和基本方法。考试重点是考查学生对生物信息分析的基本方法和技能的掌握程度和对结果的分析解释能力。因此,在生物信息学考试中可尝试引入实践技能考试,通过上机实践操作重点考核学生知识应用能力。实践技能考试采用无纸化考试方式,学生在互联网环境下,对序列进行生物信息分析并对结果进行解释,不仅可考查学生对基本知识和基本原理的掌握,而且可考查学生进行生物信息分析的实际能力和分析思考能力。通过实践技能考试,淡化理论考试,克服传统的死记硬背,可促进学生注重提高理论用于实践的综合能力,同时可更有效地提高学生计算机应用能力。学生成绩评定大部分是以学生的考试成绩为主,难以对学生的学习情况和学习过程作全面地评价。因此,除采用实践技能考试并将其作为学生成绩的主要部分外,还应加强对学生平时学习态度、学习能力、创新思维等方面的考查。 总之,生物信息学教学是网络环境下生物教学的全新内容。上述教学措施提高了学生的学习积极性、实践操作能力、解决实际问题的综合应用能力及创新能力,收到了良好的教学效果,得到了学生的普遍欢迎,具有较强的可操作性和实践性。在今后的教学实践中,教师自身素质的提高和进一步的教学改革,将会不断完善生物信息学教学,培养具有跨越生命科学、信息科学、数理科学等不同领域的“大科学”素质和意识的生物信息学人才。 参考文献: [1]赵国屏等.生物信息学[M].科学出版社,2002. [2]钟杨,张亮,赵琼.简明生物信息学[M].北京:高等教育出版社,2001. [3]教育部科技发展中心对大学校园网建设应用状况调查结果显示.千兆已成主流,应用全面透[J].中国教育网络,2005,(5):36-39.
应该可以吧。。。
最好先阅读几篇相应文章和相今似的论文,比如你的课题是油菜,你可以搜有关其他物种如小麦的。根据论文写作步骤制定实验计划。要练习使用一些常用软件,如NCBI,GenBank,在用时最好先下载安装有道词典,因为是英文网站,不容易懂,专业名词也太多!不要怕,万事开头难!好好准备,入了门就好了!
最好是多收集点生物信息方面的资料,题目可以写生物信息的发展历程,等等
生物信息学毕业论文,如果你有范文的话,格式肯定就不用找了,但是选题就不行,必须要你导师认可了才行,我是在志文网写的,我写的是生物芯片技术中的应用方面的,生物信息学结合的,已经拿到了参考文献还有资料。
较难的。看你的研究。所以Shirley将生物信息学研究。的水平划分成五个层次。此外,Shirley不区分生物信息学(Bioinformatics)和计算生物学,因此这两个概念不做区分。在这里咱再重复一遍,生物信息学和计算生物学的区别,0级 (Level 0):为建模、而建模Shirley在博客里提到说“如果你记得功夫熊猫”,问题是我没记得这个,脑子里想的是《憨豆的黄金周》里那段nothing, nothing, nothing… 原博举的例子是,之前有人问:现在数据这么多,能建模的东西一大把,那我们该干点啥呢?Shirley就问:你想解决啥问题?答:建模的问题。
最好是多收集点生物信息方面的资料,题目可以写生物信息的发展历程,等等
空手套白狼,实现有难度。你要熟悉各种生物的基因组,要分析能力很强才行。
最好先阅读几篇相应文章和相今似的论文,比如你的课题是油菜,你可以搜有关其他物种如小麦的。根据论文写作步骤制定实验计划。要练习使用一些常用软件,如NCBI,GenBank,在用时最好先下载安装有道词典,因为是英文网站,不容易懂,专业名词也太多!不要怕,万事开头难!好好准备,入了门就好了!
只要找对问题和解决方法就不难:
问题:
第一,近几年有非常多的生信分析类文章,导致“通货”膨胀了。
第二,做数据分析,需要明白相关性和因果性的区别。
第三,大量生信分析类文章结论简单,可靠性很低。
第四,很多作者不愿意或者没有条件对生信分析结论进行验证。
解决方法:
首先,对于生信的分析不要流于表面,要找到重要的问题.
其次,提高编程和生信分析的技能,从多角度多数据作出更全面的分析。
第三,尽可能地对结果或者预测进行实验验证,或者与有条件的实验室进行合作。
第四,除了采用公共数据集,对于在医院的小伙伴,可以产生自己的一些数据。