兰州一985本科生鲁同学发表31篇论文,他肯定不是科研奇才,但他绝对是找到了学术密码的奇才。
按照兰州大学公众号的展示,鲁同学是2016级临床医学本科生,但就短短的本科时间,他却发表了31篇论文,其中6篇是一作身份的SCI,而且还有3篇是中文核心。就这么辉煌的成绩,无论如何也是令人惊讶的,不管鲁同学研究的方向或者研究的深度有多深,这么好的简历是普通人拿不出来的,这不禁让人感叹这位鲁同学是否有一位好朋友。我们从兰州大学介绍鲁同学的研究方向以及鲁同学发表论文所涉及的领域来看,鲁同学无论如何都不算是一个科研奇才,他充其量也就算是掌握了学术密码的奇才。
他不是科研奇才
鲁同学不是科研奇才而是掌握了学术密码的奇才。按照兰州大学公示,鲁同学从事脊髓损伤后神经功能重建研究,然而他的论文却遍及了新冠病毒、静脉血栓栓塞、改革开放调研等领域,再加上他的文章大多数都是综述类型的文章,只需要将他人的拿过来重新用自己的话再说一遍便能够成功发出,这就是妥妥的流量密码啊。在坚固写这么多篇论文的同时,更夸张的是鲁同学是一名医学生,平时他的课程安排以及考试课业任务是很重的,然而他竟然能够兼顾自己的平时学习成绩以及科研研究成果,这简直就只能用天才来形容。用鲁同学本身的高位来看,这么出色的一个人应该去清华北大而不是中山大学。
研究方向广而散
研究方向比较广,而且零散是很多人质疑他是否为科研奇才的关键点。一个人如果真想在某个领域上有一点研究,那么深究下来写个七八篇论文也不是什么奇怪的事情,但如果能够普遍开花,这可就不是一般人能够达到的成果了。现在鲁同学能够在多个领域有所涉足并且发刊,除了我有一个好爸爸的假设能够成立,我真的没有办法想到有什么其他的途径能够实现。
兰州大学本科生发表31篇论文引发关注,这些论文的涉猎非常广泛,从医学到城市发展都可以看到他的论文。这位学生所学的专业是临床医学,很多人在看到他写的论文时,都感觉非常的震惊。在本科期间,竟然可以做这么多科研。
这位学生发表的论文成功的爆火,而内容包括中医药治新冠肺炎、骨科手术后静脉血栓栓塞、肺癌等等多个方面。在这些论文当中,很多都是作为第一作者存在的。同时在网络上竟然还看到了一篇研究改革开放40周年的辉煌成就为题的论文,这一篇论文和自己的本科专业没有任何的交叉性。但是也是这个作者写的,也让人很纳闷到底是请人代笔,还是真的做了这么多研究。
在知网上,可以看到这位学生写过的论文。有17篇是英文论文,在这些英文论文当中,和自己的师兄合作的机会很多,两个人都跟着一位导师学习。在本科5年期间,这位学生以第一作者发表了SCI论文9篇,在中文核心期刊上发表了三篇论文,并且以自己的身份申请了两项专利。现在已经成功的直博,保送到中山大学。通过这位学生得的奖项,可以看出学生的生活异常的丰富多彩。除了热衷于做科研之外,也积极的参加学校的创新创业大赛。
因为这个本科生了31篇论文之间的跨度很大,而且在本科期间基本上接不到比较大型的科研项目。所以遭受到了很多人的质疑,关于这件事情,学生本人也做出了回应。表示清者自清,有相关的证据可以去表明自己的清白,学校方面也会积极的展开调查。学生觉得并不像大家所说的那么优秀,只是一个非常普通的医学生而已。
他是一个科研奇才,他只是一个本科生就发表了31篇论文,而且每一个论文都是有理有据的,并且他也特别的有才华,他的身体已经远远超过了一个本科生应该有的知识储备。
是关于医学方面的研究,关于脊髓损伤后神经功能重建方面的研究,目前已经发表了多项论文,取得了非常不错的效果。
随着影像医学的快速发展,影像检查已成为医疗工作中的重要环节,临床医疗对影像检查的依赖性越来越强。下面是我为大家整理的医学影像技术 毕业 论文,供大家参考。
《 医学影像学的现状和未来初探 》
摘要:医学影像学检查不仅在诊断与治疗的环节发挥作用,而且可以在疾病预防、健康体检、重大疾病筛查、健康管理、早期诊断、病情严重程度评估、治疗 方法 选择、疗效评价、康复等环节发挥越来越大的作用,医学影像学科的地位必将不断提高。
关键词:医学影像学;现状;未来;综述
【中图分类号】R473【文献标识码】A【 文章 编号】1672-3783(2012)04-0140-01
随着医学影像学飞速发展,它在临床医学中的地位不断提高,由X线、超声、放射性核素显像、CT、数字减影血管造成影及介入装置、磁共振成像所组成的医学影像学家族已经成为临床主要的诊断和鉴别诊断方法、医院现在化的重要标志、科学研究的主要手段及医院重要的经济收入来源。现将医学影像学的发展与展望综述如下。
1 医学影像学技术发展的历史回顾
1895年11月8日德国物理学家伦琴发现了一种新型射线(a kind of new rays)。并于11月22日为夫人拍摄了一张手部x线照片,也是人类第一张x线影像。随后,x线被广泛的应用于对疾病的诊断和治疗,形成了放射诊断学和放射治疗学。x线还用于疾病的预防、康复和预后随访。在医学之外,还用于x线衍射分析和工业探伤等多种用途。因此,x线的发现对人类作了重大贡献。1971年亨氏菲尔德发明了CT,将传统的X线的直接成像转变为间接成像,从而奠定了现在影像学的基础,随后出现的MRI、正电子发射型体层摄影术等影像学技术,以及近期出现的分子成像和光成像,使医学影像学在显示形态学状态之外,还能完成组织器官功能检查,并最终在分子和细胞水平显示组织、器官的化学成分和代谢变化。
2 医学影像学现状
曾经在我国长期使用用的x线透视检查的应用逐年减少, 大型医院或者发达地区的中小医院已逐步取消透视, 而代之 以x线摄影检查, 且以DR检查占主导地位。传统 X线造影检查被多排螺旋CT和磁共振成像所取代 首先是 X线脊髓造影检查被 MRI所取代;其次是多排螺旋CT和MRI结合光学内镜逐步取代 X线消化道造影、经静脉肾盂造影和胆道造影等检查;然后是 DSA的诊断性血管造影检查逐步被CT血管成像和MR血管成像所取代。 伴随设备的逐步普及,CT已经成为临床(尤其急诊)最重要的影像检查方法。MRI具有无创伤、 无射线辐射危 害,成像参数多、获得的信息量大,软组织对比度最佳等显著优点,是最活跃的影像学研究手段,已经成为很多重要疾病的确证诊断方法。超声以其设备普及、价格低廉、无创伤、无射线辐射危害、可在病床旁边实施和便于复查等优点, 成为目前临床应用最主要的影像学筛选检查技术。以早年的CT为起点,CT、MRI等设备开始提供横断层面影像。同时,得益于计算机技术的进步,今天已经可以在较短时间内把上述的信息“重组”(reformation)为三维的、分别显示兴趣结构的、带有仿真色彩的,甚至以内窥镜的信息模式显示的“直观信息”。举例说,一个重度创伤的病人可能会有骨折、颅脑损伤、内脏损伤、血管损伤及其他并发症。今天,只需用CT从头到脚在数十秒钟内完成采集,病人即可回病房作急症处理,而放射科医师可使用一次采集的信息分别显示出骨骼、颅脑、内脏、血管等结构与病变,并给急症医师提供“直观的”兴趣结构的三维的、彩色仿真的诊断信息。这样的信息已经超越了大体解剖学的可视能力,达到了即使在手术刀或解剖刀下都不可能完全洞察的水平。
3 医学影像学技术的发展趋势
各种医学影像学设备向小 型化、专门化、高分辨力和超快速化方向发展,MRI和CT的全器官灌注成像得到临床普及应用。虽然目前MSCT主要生产厂家的设计理念和主攻方向不一致,导致彼此设备的差异巨大,但是可以预测,在不远的将来,CT机的构造(包括发生器、X线球管的结构和数量、探测器种类和排数等) 将发生实质性变改, 也许球管和探测器的旋转速度更快,使MSCT的时间分辨力突破50 ms大关,使心脏得到真正的“冻结”,而探测器材质的改进能显著提高MSCT的空间分辨力。 各种介入治疗成为常规有效的治疗方法。集诊断与治疗一体化的医学影像学设备也在不断成熟和普及, 使疾病的诊断更加及时、 准确,治疗效果更佳。应用计算机仿真技术设计外科手术方案、 由影像导航 系统直接引导外科手术入路、确定手术切除范围,并在术中直接应用MRI对病灶切除范围进行现场评价会逐渐普及应用。在影像学网络化的基础上,医学图像处理将成为常规,而服务器软件取代工作站,实现多点同时后处理,并使图像后处理的自动化程度进一步提高。 伴随远程影像学的普及和宽频带网络的应用,医学影像学图像的远程传输更为快捷,图像更加清楚,影像学科医生可以在家里或者在出差旅途中完成诊断 报告 。
分子成像是医学影像学的 热点 研究方向之一,伴随分子成像的研究进展,会有多种组织、器官特异性对比剂问世,这些新型对比剂能显示特定基因表达、 特定代谢过程、特殊生理功能,其毒副作用更小、对比增强效果更佳、诊断的特异性更强,真正实现疾病早期诊断。开发疗效监测对比剂(或称分子探针),以在最短时间得到治疗的反馈信息, 在分子水平上进行疾病的靶向治疗。除PET外, 其他医学影像学技术也能直接用于药物的研发和监测疗效,在活体早期、连续观察药物或基因治疗 的机制和效果,以利于药物筛选和新药开发。此外,分子成像方法和图像后处理技术将得到持续改进,并开发出用于分子成像的影像学新技术。 医学影像学技术的进展还将导致影像学科内部人员构成发生变化,物理师、数学家、生物医学工程师、计算机专家和循证医学专家占影像科室人员的比例越来越高,针对某种重大疾病可以组建包含内、外科和影像学医生的新型科室。医学影像学检查不仅在诊断与治疗的环节发挥作用,而且可以在疾病预防、健康体检、重大疾病筛查、健康管理、早期诊断、病情严重程度评估、治疗方法选择、疗效评价、康复等环节发挥越来越大的作用,医学影像学科的地位必将不断提高。参考文献
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《 数字图象在医学影像中的应用 》
【摘要】医学影象技术从70年代进入数字时代,二十多年来先后有了MR、B超、DR、DSA、ECT、CR等数字化影像设备投入使用。对医学影像诊断起了很大的推进作用。在客观上促使各种成像技术凭借自身的优势竞相发展。取长补短,综合利用,使疾病的早期诊断率有明显提高。
【关键词】数字图象;医学影像;应用
Digital image in medicine image application
Rao Tianquan
【Abstract】medicine phantom technology enters the Digital Age from the 70's,20 for many years successively have had MR,B ultra,digitized image equipment and so on DR,DSA,ECT,R put into the use. Diagnosed the very big advancement function to the medicine image. In on is objective urges each kind of imagery technology to rely on own superiority unexpectedly to develop. Makes up for one's deficiency by learning from others' strong points,the comprehensive utilization,enable the disease the early diagnosis rate to have the distinct enhancement.
【key word】digital image; Medicine image; Using
图象是周围客观世界的一种印象,数字图象是60年代出现的一种全新的,科技含量极高的产物。它的出现使传统的模拟图象受到了极大的挑战。数字图象和模拟图象相比,二者的区别在于:一:模拟图象是以一种直观的物理量的方法来连续地表现我们期望得知的另一种物理场的特征。而且数字图象则完全以一种规则的数字量的集合来表达我们面对的物理图象。二:用模拟图象的方法来显示图象具有直观,方便的特点,一旦设计出一种图象的处理方法则具有全场性与实时处理等优点。但是模拟图象亦有抗干扰性差,重复精度差,处理功能有限,处理灵活性差的缺点。而数字图象具有很好的抗干扰性,图象处理方便,适应性能强等优点,特别是随着计算机技术的发展,数字图象处理的速度也变得越来越快,越来越显示它的发展潜力和优势。三:数字图象和模拟图象相比,它的图象更清晰、无失真,更便于储存和传输。
从70年代末期开始,医学影像技术进入了数字时代。二十多年来先后有了MR、B超、DR、DSA、ECT、CR等数字化影像设备投入使用。对医学影像诊断起了很大的推进作用。这一些进展无一不是从根本上破除了原有信息载体形式和成像原理的束缚,开创新径而取得的。同时这也在客观上促使各种成像技术凭借自身的优势竞相发展。它们之间不仅没有相互代替,而是取长补短,综合利用,使疾病的早期诊断率有明显提高。
1 数字X线图象的形成
X线透射成像是基于人体内不同结构的脏器对X线吸收的差异。一束能量均匀的X线照射到人体不同部位时,由于各部位对X线吸收的不同,透过人体各部位的X线的强度亦不同,这些穿透过人体的剩余X线就携带着人体被照射部分的组织密度和厚度的信息。这些信息投影到一个检测平面上,即形成一幅人体的X线透射图象。如果这个检测平面是荧光屏,那么我们就得到一幅模拟的图象了。再将这幅图象用不同的方法采集下来(如摄影,录像,拍照等方法)。检测器也可以是 其它 ,如电离室、光电管、晶体压电等等。然后将收集到的信号进行模数转换就形成了一组由不同数字代表X线强弱排列的数字信号了。最后将该组信号交计算机处理经数模转换即成为清晰、无干扰、无变形、无失真的数字X线图象。
2 数字图象技术在X线检查中的运用
2.1 X线电视系统:主要由影像增强器和X线闭路电视系统组成,影像增强器把X线像转换成可见光像,而且图象的亮度得到很大的增强,然后通过电视系统进行观察和分析图象,它是实现X线图象数字化的基础。
2.2 数字摄影:(DR)对影像增强器所得到的电视信号,用摄像机拾取的高信噪比的电视信号进行数字化,然后再进行各种计算机处理,得到不同效果的图象,这种技术多用于胃肠透视和血管造影成像。该种检查拍摄后立即可以得到图象。不必等待冲洗,还可以动态的观察。
2.3 计算机摄影:(CR)它是用影像板(IP)代替胶片暴光,然后将存储在IP板上的X线潜影用激光扫描拾取并转换成电信号,再经计算机处理得到一幅X线数字图象,最终用激光像机把X线图象记录在胶片上。这种方法灵敏度高、敏感范围大、图象清晰。
2.4 数字减影:(DSA)用于血管造影,原理是将检查部位于造影前后用摄像机各采集图象,然后将图象数字化后存储在计算机里,用计算机进行处理,将两次采集的图象进行对应像素逐个相减,减影后的图象只留下充盈的血管图象,这样去掉了组织的重叠干扰,可以清楚地观察血管情况。
2.5 计算机横断体层装置:(CT)X线对人体横断面的各个方向进行照射,检测器采集到体层各个面对X线的吸收曲线后,用计算机处理所得数据最后以数字矩阵的形式表示横断面上个点的密度值,这样断面上的各点的密度都用确定的数值表示出来,这种对组织密度的量化,可以从数值上来区分健康组织和病变组织,大大提高了诊断的科学性。
此外;数字图象还应用于MIR、ECT、B超等医学影象学科,在我们的日常生活中都离不开数字图象。
参考文献
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shì shén jīng jǐ suǐ yán
neuromyelitis optica
ophthalmoneuromyelitis
Devic 病,Devic 综合征
ICD:G36.0
神经内科
视神经脊髓炎(neurooptic myelitis,NOM)是视神经与脊髓同时或相继受累的急性或亚急性脱髓鞘病变。Devic(1894)复习了16 例病例和他本人见到的1 例死亡病例,描述NOM 的临床特征为急性或亚急性起病的单眼或双眼失明,在其前或其后数天或数周伴横贯性或上升性脊髓炎,后来本病被称为Devic 病或Devic 综合征。
视神经脊髓炎的临床特征为急性或亚急性起病的,单眼或双眼失明,其前或其后数周伴发横贯性或上升性脊髓炎。视神经脊髓炎好发于青年,男女均可发病。急性或亚急性发病,病情进展迅速,可有缓解复发。急性严重的横贯性脊髓炎和双侧同时或相继出现的球后视神经炎是本病特征性的临床表现,可在短时间内连续出现,导致截瘫和失明。
1.发病年龄5~60 岁。21~41 岁最多,也有许多儿童患者,男女均可发病。急性横贯性或播散性脊髓炎以及双侧同时或相继发生的视神经炎(opticneuritis,ON)是本病特征性表现,在短时间内连续出现,导致截瘫和失明,病情进展迅速,可有缓解复发。
2.视神经炎急性起病者在数小时或数天内单眼视力部分或全部丧失,某些患者在视力丧失前一两天出现眶内疼痛,眼球运动或按压时明显,眼底可见视盘炎或球后视神经炎。亚急性起病者1~2 个月内症状达到高峰。少数呈慢性起病,视力丧失在数月内稳步进展,进行性加重。
3.急性横贯性脊髓炎是脊髓急性进行性炎症性脱髓鞘病变,已证实多数为MS 表现,呈单相型或慢性多相复发型。临床常见播散性脊髓炎,体征呈不对称和不完全性,表现快速(数小时或数天)进展的轻截瘫、双侧Babinski 征、躯干感觉障碍平面和括约肌功能障碍等。急性脊髓炎伴Lhermitte 征、阵发性强直性痉挛和神经根痛可见于约1/3 的复发型患者,但单相病程患者通常很少发生。
4.多数NOM 患者为单相病程,70%的病例数天内出现截瘫,约半数患者受累眼发生全盲。少数患者为复发型病程,其中约1/3 发生截瘫.约1/4 视力受累,临床事件间隔时间为数月至半年,以后的3 年内可多次复发孤立的ON 和脊髓炎。
NOM 的病因及发病机制尚不清楚。长期以来认为NOM 是MS 的一种临床亚型,白种人具有MS 的种族易感性,以脑干病损为主;非白种人则对NOM 具有易感性,以视神经和脊髓损害最常见。这可能与遗传素质及种族差异有关。NOM 是一种严重的单相病程(monophasic course)疾病,但许多病例呈复发病程(relapsing course)。
最新研究:日本国立精神和神经医疗研究中心的山村隆研究员和同事,在新一期美国《国家科学院院刊》(PNAS)网络版上发表论文指出,他们分析了24名视神经脊髓炎患者的血样,发现其中一种名为“PLASMABLAST”的淋巴细胞比正常人和多发性硬化症患者都要多。经研究确认,这种淋巴细胞因受到免疫活性物质IL6的 *** 而增多。在IL6免疫活性物质的 *** 下,该淋巴细胞还会制造破坏神经系统细胞的“抗水通道蛋白4抗体”,最终引起视神经脊髓炎。
急性MS 偶可表现视神经与脊髓共同受累,约25%的MS 患者以突发球后视神经炎为初始症状,NOM 与MS 关系有待阐明。Wingerchuk 等发现NOM 的临床经过、脑脊液及神经影像学特点均与MS 不同。
NOM 的病理改变是脱髓鞘、硬化斑及坏死,伴血管周围炎性细胞浸润。与经典的MS 不同,病变主要累及视神经、视交叉和脊髓(胸段与颈段),破坏性病变明显,脊髓坏死并最终形成空洞,胶质细胞增生不显著。坏死可能反映炎症过程严重性,并非疾病的本质。
诊断:诊断依据:根据患者出现急性横贯性或播散性脊髓炎,以及双侧同时或相继发生的视神经炎的临床表现,结合MRI 显示视神经和脊髓病灶,视觉诱发电位异常,CSFIgG 指数增高和出现寡克隆带等可做出临床诊断。
实验室检查:CSFMNC 增多较MS 显著,73%的单相病程和82%的复发型患者。MNC>5×106/L,约1/3 的单相及复发型患者MNC>50×106/L,CSF 蛋白增高在复发型较单相病程明显。
其他辅助检查:脊髓MRI 检查显示,88%的复发型脊髓纵向融合病变超过3 个脊柱节段,通常为6~10 个节段,脊髓肿胀和钆增强较常见。
1.早期眼症状易与单纯球后视神经炎混淆,ON 多损害单眼,本病常两眼先后受累,并有脊髓病损或明显缓解复发。
2.MS 可表现NOM 的临床模式,CSF 及MRI 检查颇具鉴别意义。NOM 的CSFMNC>50×106/L 或嗜中性粒细胞增多较常见,MS 罕见;90%以上的MS 可见寡克隆带,NOM 不常见。头部MRI 在NOM 初期正常,复发缓解型MS 常有典型病灶; NOM脊髓纵向融合病变超过3 个脊椎节段,常见脊髓肿胀和钆强化,MS 脊髓病变极少超过1 个脊椎节段。
3.亚急性脊髓视神经病多见于小儿,先有腹痛、腹泻等症状,以对称性感觉异常为主,多无瘫痪,无复发,CSF 无明显改变。
1. 甲泼尼龙(甲基泼尼松龙)大剂量冲击疗法可加速ON 等发作性症状恢复,终止或缩短NOM 恶化。500~1000mg/d,静脉滴注,连用3~5 天;之后用大剂量泼尼松口服。应注意单独口服泼尼松可能增加ON 新的发作风险。
2.临床试验表明,约半数皮质类固醇治疗无效的病人经血浆置换可以改善症状。
3.日本科学家最新的研究结果显示,如能运用药物干扰IL6免疫活性物质,就有望根治视神经脊髓炎。目前,治疗类风湿性关节炎的某种药可以干扰IL6物质,研究小组在实验中发现,这种药的干扰作用的确能导致“PLASMABLAST”淋巴细胞减少。因此,研究小组准备开展临床试验进一步加以分析。
随病情发展,或病变程度不同,出现的症状体征可以是疾病本身表现,也可以看作并发症(参见临床表现)。另外,应注意继发的肺部感染、尿路感染、褥疮、视力下降导致的跌碰伤等。
预后:NOM 的临床表现较MS 严重,NOM 多因一连串发作而加剧。复发型NOM 预后差,多数患者呈阶梯式进展,发生全盲或截瘫等严重残疾,1/3 的患者死于呼吸衰竭,这在MS 均不常见。
预防:自身免疫性疾病尚无有效的预防方法,防止感染、感冒以及寒冷或炎热等诱发因素,是防治的重点;防治并发症也是临床医疗护理的重要内容。
多数学者认为NOM 是MS 的一种临床亚型,其流行病学参见多发性硬化(MS)。
1.An YH (通讯作者)et al. Modulation and impact of class I major histocompatibility complex by neural stem cell-derived neurotrophins on neuroregeneration. Med Hypotheses. 2007, 68: 176-9. (SCI 收录)2. An YH (安沂华). et al. Potential of stem cell based therapy and tissue engineering in the regeneration of central nervous system. Biomed. Mater. 2006, 1: 38-44.3.An YH. (安沂华)et al. Differentiation of rat neural stem cells and its relationship with environment. Biomed. Environ. Sci. 2004, 17: 1-7. (SCI 收录)4.An YH. (安沂华)et al. Neural stem cells transplantation improved the neurological function of cerebral ischemic rat. J Neurochemistry. 2004, 88: Supple 1. (SCI 收录)5.An, YH.(安沂华)et al. Effect of rat Schwann cell secretion on proliferation and differentiation of human neural stem cells. Biomed. Environ. Sci. 2003, 16: 90-94.(SCI收录)6.An, YH.(安沂华)et al. Research on the Molecular Biological Mechanism of Melatonin to Inhibit Neural Cell Apoptosis. J Neurochemistry. 1998, 70: Supple 2, S52.(SCI收录)7.Wan H, An YH(安沂华)et al. Schwann cells transplantation and the repair of brain stem injury in rats. Biomed. Environ. Sci. 2003, 16: 105-111.(SCI收录)8.Wan H,An YH(安沂华)et al. Differentiation of rat embryonic neural stem cells promoted by co-cultured Schwann cells. Chin Med J. 2003, 116(3): 350-354(SCI收录)9.AnYH(安沂华)et al. Protective Effect of Melatonin on Neural Cells Against the Cytotoxicity of Oxyradicals. Chin Med Sci J. 2000, 15(1): 40-44.10.AnYH(安沂华)et al. Neurotoxicity of Amyloid bProtein Blocked by Free Radical Scavengers. J Har Med Univ. 1998, 32: 404.11.张儒有,郑永日,胡韶山,程洪斌,安沂华(通讯作者)。神经干细胞移植治疗脑卒中后遗症50例临床效果分析. 中国临床康复. 2006, 10: 138-139.12.安沂华,程洪斌,张儒有,张赞,李纪仲。神经干细胞临床应用和前景展望. 内科急危重症杂志. 2005, 11: 238-239.13.神经干细胞和施万细胞共移植治疗脊髓损伤。中华实验外科杂志,2006,2.14.胎鼠神经干细胞超顺磁性氧化铁颗粒标记移植后MRI研究. 放射学实践, 2006, 2.15.A Model of Focal Cortical Infarction in Rat: Minimally Invasive Craniotomy. 中国康复理论与实践, 2006, 1.16.用于神经干细胞移植的大鼠脑梗死模型的建立. 中国脑血管病杂志, 2006, 1.17.脑梗死大鼠脑内移植超顺磁性氧化铁颗粒标记神经干细胞后的MR示踪研究. 中华放射学杂志, 2006, 2.18.高压氧对大鼠脊髓损伤后内源性神经干细胞的诱导作用. 中国康复理论与实践, 2006, 5.19.应用细胞移植方法治疗脑出血存在的问题与策略. 中国微侵袭神经外科杂志, 2005, 9.20.两种方法诱导骨髓基质细胞向成骨表型分化的比较. 中国康复理论与实践, 2005, 12.21.应用组织工程学修复周围神经损伤的研究进展.中华实验外科杂志, 2005, 07: 125-126.22.安沂华,翟晶,历俊华,等. 离体培养神经干细胞的超微结构学研究. 中国康复理论与实践杂志. 2004, 10(1): 11-12.23.安沂华,江涛, Dunyue Lu, 等. 神经营养素与中枢神经系统损伤后突触的再生修复. 中国微侵袭神经外科杂志. 2004, 9(1): 43-45.24.安沂华,万虹,王红云,等. 神经干细胞移植改善脑缺血大鼠的神经功能研究. 中华实验外科杂志. 2003, 20(8): 697-698.25.安沂华等. 血清和雪旺氏细胞诱导大鼠胚胎神经干细胞分化的比较. 中风与神经疾病杂志. 2003, 20: 388-390.26.安沂华等.大鼠雪旺氏细胞促进人胚胎神经干细胞的生长和诱导其分化.中华神经外科杂志. 2002, 18(5): 4-6.27.安沂华等.大鼠胚胎神经干细胞移植治疗脑出血的实验研究。中华神经外科杂志. 2002,18(1):50-53.28.安沂华等. 褪黑激素防止氧自由基对神经细胞的毒性作用。中华临床医药杂志. 2002,32:5271-5272.29.安沂华等. 联合应用亚低温和冬眠疗法治疗重度颅脑损伤. 中国康复理论与实践. 2004, 10(3): 181-182.30.闫长祥,安沂华,等. 神经干细胞与自体筋膜联合修复家兔面神经损伤. 中国康复理论与实践杂志. 2004, 10(1): 21-22.31.历俊华,安沂华,等.巢蛋白在已分化的神经干细胞中表达时程的研究. 中华实验外科杂志. 2003, 20(9):32.闫长祥,安沂华等. 脊髓神经干细胞培养、分化及其特异性研究. 中华神经外科杂志. 2003, 19(2): 47-49.33.万虹,安沂华等.体内外不同环境对大鼠胚胎神经干细胞分化的影响. 中华神经外科杂志. 2002, 18(5): 1-3.34.万虹,安沂华等. 雪旺氏细胞促进共培养大鼠胚胎干细胞的分化. 中华神经外科杂志. 2002, 18: 100-103.35.张相彤,安沂华等. 成年大鼠脑创伤后神经前体细胞的增殖及迁移. 中华神经外科杂志. 2002, 18(5): 298-301.36.杨树源,安沂华. 再述神经干细胞的研究及其应用前景. 中华神经外科杂志. 2002, 18(5): 273-274.37.王红云,安沂华等. 大鼠胚胎神经干细胞培养方法的比较. 首都医科大学学报. 2002, 23(4): 316-318.38.雪旺氏细胞与自体筋膜联合修复面神经损伤的实验研究. 中华神经外科杂志, 2004, 2.39.自体血脑内注射建立大鼠脑出血模型实验研究. 中国康复理论与实践, 2004, 6.40.大鼠脊髓源性神经干细胞的培养分化及其特异性研究. 中华神经外科杂志, 2003, 2.41.程小燕, 王红云,安沂华,等.异种大鼠神经干细胞脑内移植未导致明显的免疫排斥反应. 中国康复理论与实践杂志, 2003, 9: 541-542.42.安沂华等. 神经内窥镜第三脑室造瘘术一例. 中华神经外科杂志. 2000, 7:34.43.安沂华等. 褪黑激素在治疗中枢神经系统疾病方面的临床应用. 中风与神经疾病杂志. 2000, 1:59.44.安沂华等. 三磷胞苷辅助治疗22例中重度颅脑损伤. 新医学. 2000,31:410.45.安沂华等. 大鼠第四脑室接触脑脊液神经元的扫描电镜观察. 哈尔滨医科大学学报. 1992, 7增刊:1.46.额骨颧突后蝶翼锁孔入路的内窥镜解剖学研究. 中华神经外科杂志, 2000, 1.47.半导体激光辅助神经内窥镜治疗梗阻性脑积水. 中华神经外科杂志, 2000, 1.48.前纵裂窥镜锁孔入路对Willis环前部的局部解剖学研究. 中国微侵袭神经外科杂志, 2000, 1.
临床上,脊髓缺血再灌注损伤常合并或继发在脊柱脊髓外伤和病变中,少有单独发生。故在治疗脊柱脊髓伤病时,SCII就已在获得防治。常用的方法有外科手术、药物治疗、基因治疗、移植治疗等,另外还有其特殊的防治措施。 胸心外科、血管外科的部分手术中常需要短时或永久阻断腹主动脉、腰动脉等,导致SCII,术后引起相应的脊髓损伤症状。近年来许多研究表明,如果在阻断这些重要动脉前,先短暂夹闭该动脉数分钟,进行一定时间的缺血耐受训练后,可减少SCII的程度[11,12]。此现象最先发现于大脑组织中,且不同动物、中枢神经系统的不同部位对缺血的敏感程度不一样,海马锥体区最敏感,而脑干则不敏感。Nzau Munyao实验时先耐受性短暂夹闭兔子腹主动脉12.5min,12h后再阻断30min,发现脊髓前角运动神经元在形态上的损伤征象明显低于未进行缺血训练组,监测前肢功能亦未见明显损伤。并证实了预先进行缺血耐受训练的时间长短取决于不同组织对缺血的敏感性,一般是造成组织梗死所需时间的30%~40%;他还发现不同动物、不同组织均能产生这种现象,且开始缺血训练到按手术要求处理该血管的间隔时间长短不一样,脑组织间隔1~5天,兔子脊髓则为12h,而心脏及骨骼肌仅为数分钟。另外,Radonak J研究发现此类需阻断重要动脉的手术,术后开放该动脉时如进行逐步充血、充氧,亦可减少SCII[13]。有不少实验采取温度控制来减少SCII,产生了一定的效果。Perdrizet GA[14]等在处理该动脉前,使体温升高至42.5℃,持续15min,致全身热休克,再恢复正常体温,6~8 h后再阻塞动脉,研究表明这样对脊髓有保护作用。同样,低温亦有相同效应[15~18]。Radonak J在硬膜外用5℃盐水使脊髓降温,整个缺血过程脊髓温度为26.8℃,再阻断胸主动脉,脊髓可耐受缺血40min。轻、中度低温(32~35℃)可使缺血再灌注后的脑脊液中的葡萄糖含量降低,但对相应的神经组织无损害,不产生任何远期影响。 近年来的大量实验研究表明,进行神经干细胞、胚胎干细胞移植及外周神经移植是后期治疗脊髓严重损伤的一种比较有希望的方法。McDonald等[19]报道将胚胎干细胞植入大鼠脊髓损伤区后能存活,且移行至伤区以外8mm,使大鼠能负重站立,并部分改善后肢协调运动。Giovanini等[20]把人胚胎脊髓组织植入大鼠脊髓损伤区,证实在损伤区有大量的轴突再生。Olsen L[21]采用多根肋间神经移植来桥接大鼠脊髓缺损间隙,发现可使临近的白质改道与远端的灰质连接,从而促进其后肢功能恢复。亦有不少实验进行雪旺细胞移植,也取得可喜的实验结果。
动物神经疾病研究一直是一个活跃的研究领域,最近的研究集中在治疗神经疾病的新方法和技术,以及改善动物的神经系统功能的新疗法。研究人员正在研究新的药物,以改善动物的神经系统功能,并使用新的技术来诊断和治疗神经疾病。此外,研究人员还在研究如何使用基因治疗来治疗动物神经疾病,以及如何使用药物和其他技术来改善动物的神经系统功能。
目前,动物神经疾病的研究取得了一定的进展。主要的研究领域包括神经发育紊乱、神经系统炎症、神经退行性疾病以及神经精神疾病。首先,神经发育紊乱是一类复杂的神经疾病,它们可能与遗传因素、环境因素、感染病毒有关。目前,研究者正在进行大量的研究,以深入了解这些疾病的发病机制,以及可能的治疗方法。其次,神经系统炎症是一类常见的神经疾病,它们可能是由于病毒感染、免疫系统失调、神经细胞损伤等因素引起的。研究者正在努力找到有效的治疗方法,以缓解症状和改善病情。
调查近年来,动物神经疾病的研究受到了很多关注,如脊髓小脑萎缩症(SMA)、脊髓性肌萎缩症(ALS)、多动症等等。国内外学者经过大量研究,多次取得重大进展。一方面,基于基因编辑技术,研究者可以模拟各种疾病的突变,研究各种疾病的生物学机制。例如,研究者可以通过基因编辑将脊髓发育不良的基因抑制,模拟脊髓小脑萎缩的病变;通过基因编辑将神经退行性疾病,如阿尔茨海默病、帕金森病相关的基因抑制,可以模拟出神经退行性疾病的病理特征。另一方面,研究者结合大数据等新技术,通过功能基因组学分析,对疾病发生率、致病基因、疾病诊断及靶向治疗的可能性进行预测及研究,分析动物模型中的突变基因及其他重要物质,为人类神经疾病的在诊断和治疗提供策略性思路。此外,研究人员还利用神经疾病动物模型研究药物作用,探索新药、新技术及新疗法,为疾病的治疗和预防提供理论依据。例如,一些研究者利用ALS动物模型,探索可能的ALS治疗药物,并根据治疗效果进行临床试验,研发出新型ALS治疗药物。总而言之,从动物模型的研究来看,目前国内外的动物神经疾病研究取得了显著的进展。此外,基因编辑技术、大数据及其他新技术的应用大大促进了疾病的研究,帮助我们更好地理解动物神经疾病的病理生理机制,并为人类神经疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法正在显现。
①记忆具有短暂性的最直观原因是为新记忆腾地方。②然而,大脑有很多的神经元和突触,似乎能存储的记忆比一个人实际能存储的要多很多。据估计,人类大脑中大约有800-900亿个神经元(Azevedo et al., 2009).,如果只为特定事件的记忆保留十分之一的容量,那么根据对自联想网络容量的计算估计,一个人可以可靠地存储大约10亿个人的记忆 (Amit et al., 1985)。 此外,当我们考虑稀疏编码的记忆时,这个数字可以增加几个数量级 (Amari, 1989)。③显然,记忆的容量比实际上要的多,那为什么进化却让人的大脑不能如实记忆信息?换言之,既然记忆的持久性有看似明显的好处,那记忆的短暂性是否有其他好处?①我们认为,在这一个既变化又嘈杂的世界中,记忆短暂性是必需的。在不断变化的环境中,遗忘是适应性的,因为它允许更灵活的行为;在嘈杂的世界中,遗忘是适应性的,因为它防止了对特殊事件的过度拟合。②基于这一观点,记忆的永久性并不总是有用的,例如,对于世界上短暂或不常见的方面,记忆的持久性将是有害的,因为它可能导致不灵活的行为、不正确的预测;而只有在保持经验的那些相对稳定、预测新经验的方面时,持久性才是有用的。③因此,只有通过持久性和短暂性的相互作用,记忆才能表现出真正的目的:利用过去智能指导决策(Dudai and Carruthers,2005; Schacter et al., 2007).④下面,我们回顾了使用短暂性来增加行为灵活性和促进泛化的计算案例。此外,我们还确定了短暂性在计算上的使用方式和它在大脑中的实现方式之间的相似性。 神经网络: 对于使用分布式表示的神经网络,新的学习是一个重大的挑战(French,1999;Lewandowsky and Li, 1995; McCloskey and Cohen, 1989; Ratcliff,1990)。挑战有两个方面:新的学习可能会覆盖以前的记忆(即灾难性干扰);新的学习又会受到已有记忆的阻碍(即积极主动的相互干扰) (Burgess et al., 1991; McCloskey and Cohen, 1989; Palm, 2013; Siegle and Hasselmo, 2002)。这是神经网络中的“稳定性与可塑性”困境(Abraham and Robins, 2005; Carpenter and Grossberg, 1987)。根据传统的观点,记忆的持久性与行为的灵活性是不相容的,因为一个善于保持持久记忆的网络将很难学习新的信息,特别是如果它与以前的经验相冲突的话。 然而,最近使用外部记忆设备或突触的神经网络模型在多个时间尺度上变化,挑战了这种困境的普遍性 (Graves et al., 2016; Kirkpatrick et al., 2017; Santoro et al., 2016)。此外,大脑可以用来解决这个难题的另一个策略是使用正交表示,对经验进行稀疏编码,这可能是由模式分离过程引起的(Yassa and Stark, 2011)。记忆的语境依赖性就是这种策略的一个例子:通过保持正交模式,在特定语境中编码的记忆更可能在该语境中表达,而不是在其他语境中 (Maren et al.,2013)。这种策略最大限度地增加了可以在不受干扰的情况下可以存储在神经网络中的模式数量(Amari, 1989).。 大脑: 然而,在动态环境中,无论容量有何限制,丢弃过时的信息也很重要 (Kraemer and Golding, 1997)。如果环境改变了,但我们的记忆没有改变,那么我们可能会坚持旧记忆,损害我们自己。因此,短暂性可以通过消除过时的信息来促进决策,从而使有机体能够更有效地应对其环境的变化。 最近的研究提供了证据,证明遗忘是动态环境中灵活行为所必需的(Dong et al., 2016; Epp et al., 2016; Shuai et al., 2010)。Shuai和他的同事训练苍蝇辨别两种气味(A和B),并发现抑制Rac1能减缓遗忘。抑制RAC1的苍蝇组表现出逆转学习(A-或B+)受损,说明保留的记忆影响了新的学习;激活RAC1的苍蝇组结果相反,旧记忆的遗忘促进了逆转学习。这种模式的结果扩展到五种不同的苍蝇,它们被设计来表达与自闭症谱系障碍相关的突变,而自闭症谱系障碍也会干扰Rac的活动,所有这些Rac功能受损的苍蝇都表现出遗忘受损,而这反过来又损害了反向学习(Shuai et al., 2010) 别的研究也表明了相同的结果。Epp and colleagues (2016)研究了遗忘(由神经发生介导)后的逆转学习,实验中,他们训练老鼠在水迷宫中找到位置固定的平台,随后在同一个迷宫中对小鼠进行再训练,但平台被移到相反的位置。结果是,海马神经发生水平增强的小鼠能更有效地找到新的平台位置(海马神经发生的增加将会导致最初位置的遗忘);而海马神经发生水平降低的小鼠时,观察到相反的模式,因为神经发生的抑制维持了最初位置的记忆,干扰了新位置的学习。 在情境-气味配对任务中也观察到类似的结果 (Epp et al., 2016)。训练后,神经发生的增加会导致已学的成对关联的遗忘,但有助于随后的反向学习。但是,这种促进并不是在任何学习中都适用,只有在与原始学习有明显冲突的情况下,才能观察到新学习的益处,比如,神经发生增加的小鼠若接受的是一种新的环境-气味配对训练时,没有表现出益处。这些发现表明,成人海马神经发生促进遗忘,遗忘通过去除或削弱过时信息增强行为灵活性。研究神经发生和灵活性之间关系的相关论文有:Burghardt et al. (2012); Garthe et al. (2009), (2016); Luu et al. (2012); Swan et al. (2014); and Winocur et al. (2012).引用文献: Azevedo et al., 2009:我们发现成年男性大脑中平均含有861±81亿个神经细胞(神经元)和846±98亿个神经细胞(非神经元)。就神经元和非神经元细胞的数量而言,人类大脑是一个等距放大的灵长类大脑。Amari, 1989:当要存储的编码模式的大部分组件是0,只有一小部分组件的比率是1时,编码方案被称为稀疏的。详细分析了稀疏编码联想存储器的存储容量和信息容量,证明了其与神经元数目n logn的比例关系,与一般的非稀疏编码方案(约0.15n)相比,该比例关系非常大。Dudai and Carruthers,2005:研究表明记忆可能是过去的印记,对未来的认知过程至关重要。Schacter et al., 2007:想象未来在很大程度上依赖于可以记忆过去的神经机制。这些发现引出了前瞻性大脑的概念,即大脑的一个关键功能是利用存储的信息来想象、模拟和预测未来可能发生的事件。根据这个想法,我们认为,像记忆这样的过程可以有效地重新概念化。French,1999:本文研究了神经网络中灾难性遗忘问题的产生原因、后果及多种解决方法。这篇综述将考虑大脑是如何克服这个问题的,同时也将探讨这个解决方案对分布式连接网络的影响McCloskey and Cohen, 1989:本文讨论连接主义网络中的灾难性干扰。当网络按顺序训练时,新的学习可能会对旧的学习产生灾难性的干扰。对干扰原因的分析表明,当新的学习可能改变表示旧学习所涉及的权值时,至少会发生一些干扰,仿真结果仅表明在某些特定的网络中,干扰是灾难性的。Ratcliff,1990:利用反向传播学习规则对基于编码器模型的多层存储器连接模型进行了评价。这些模型被应用到标准的识别记忆过程中,在这些过程中,项目被依次研究,然后测试其保留率。这些模型中的顺序学习导致两个主要问题。首先,学得好的信息会随着新信息的学习而迅速被遗忘。第二,学习项目和新项目之间的区别要么随着学习的进行而减少,要么是非单调的。为了解决这些问题,我们研究了多层模型中的网络操作和多层模型的几种变体,包括一个带有预学习内存的模型和一个上下文模型,但是没有一个解决了这些问题。所讨论的问题对应用于人类记忆和任务的连接主义模型提供了限制,在这些任务中,要学习的信息在学习过程中并不全部可用。Burgess et al., 1991:建立了一个神经网络模型,该模型能将人类记忆实验的结果记录在学习项目表上。综述了学习列表的心理学实验。Hopfield-Parisi型神经网络被用来模拟序列回忆中顺序效应的许多简单特征。用模拟的方法研究了项目的召回率与其数量、在列表中的位置和相似度的函数关系。更复杂的实验涉及不同类别的项目,使用相关的活动模式进行建模。通过考虑权重分布和信噪比参数,了解模型的工作原理。 Palm, 2013:介绍了近40年来神经联想记忆的理论、实践和技术发展。指出了关联记忆模式稀疏编码的重要性。文中还提到了联想记忆网络在大规模脑建模中的应用。Siegle and Hasselmo, 2002:连接主义模型被认为是理解心理障碍的本质和指导其评估的有希望的工具。具体来说,连接主义模型可以指导评估过程的以下方面:了解哪些结构与评估相关,设计评估这些结构的方法,以及了解评估数据中的个体差异。Abraham and Robins, 2005:记忆维持被广泛认为涉及在学习过程中在相关神经回路中设置的突触重量的长期保留。然而,尽管最近出现了令人兴奋的技术进步,但还无法通过实验证实这一直观的吸引人的假设。人工神经网络提供了一种可供选择的方法,因为它们允许在学习和保持过程中连续监测单个连接权重。在这种模型中,如果网络要在学习新信息的同时保留先前存储的材料,则需要不断改变连接权重。因此,突触变化的持续时间并不一定定义记忆的持久性;相反,很可能需要调节突触稳定性和突触可塑性的平衡,才能在真实的神经元回路中获得最佳的记忆保持。Carpenter and Grossberg, 1987:自适应共振结构是一种神经网络,它能实时地自组织稳定的模式识别码,以响应任意的输入模式序列。本文介绍了ART2,一类自适应共振结构,ART2体系结构体现了许多设计原则的解决方案,例如稳定性-可塑性权衡、搜索-直接访问权衡和匹配-重置权衡。Graves et al., 2016:人工神经网络在感觉处理、序列学习和强化学习方面有着显著的优势,但由于缺乏外部记忆,它在表示变量和数据结构以及长时间存储数据方面的能力有限。这里我们介绍了一个机器学习模型,称为可微神经计算机(DNC),它由一个可以读写外部存储器矩阵的神经网络组成,类似于传统计算机中的随机存取存储器。像传统的计算机一样,它可以使用内存来表示和操作复杂的数据结构,但是,像神经网络一样,它可以从数据中学习这样做。结果表明,DNC有能力解决没有外部读写存储器的神经网络无法完成的复杂、结构化任务。Kirkpatrick et al., 2017:以顺序方式学习任务的能力对人工智能的发展至关重要。到目前为止,神经网络还不能做到这一点。我们表明,有可能克服这一限制,并培训网络,使其能够保持对长期没有经历的任务的专门知识,我们通过有选择地减缓对那些任务重要的权重的学习来记住旧任务结果,证明了我们的方法是可伸缩和有效的。Santoro et al., 2016:在系统整合的过程中,有一个从依赖于详细的情节记忆到普遍的示意记忆的转变。这种转换有时被称为“记忆转换”,这里我们展示了记忆转换以前未被重视的优点,即它在动态环境中增强强化学习的能力。我们开发了一个神经网络,它被训练在奖赏地点不断变化的觅食任务中寻找奖赏。该网络可以使用特定位置的存储器(情节存储器)和位置的统计模式(示意存储器)来指导其搜索。我们的工作重新提出了为什么会发生记忆转换的理论问题,将焦点从避免记忆干扰转移到跨多个时间尺度加强强化学习Yassa and Stark, 2011:区分相似经历的能力是情景记忆的一个重要特征。这种能力长期以来被假设需要海马体,计算模型表明它依赖于模式分离。然而,关于海马体在模式分离中的作用的经验数据直到最近才有,本文综述了几类数据。我们讨论了老化和成年神经发生对模式分离的影响,同时也强调了跨物种和跨途径连接的几个挑战,并提出了未来的研究方向。Maren et al.,2013:语境围绕着事件并赋予事件以意义;它们对于回忆过去、解释现在和预测未来至关重要。事实上,大脑将信息语境化的能力允许巨大的认知和行为灵活性。对啮齿动物和人类的巴甫洛夫恐惧调节和消失的研究表明,包括海马体、杏仁核和内侧前额叶皮层在内的神经回路参与了学习和记忆过程,从而使情境依赖行为得以实现。Kraemer and Golding, 1997:本文综述了人类适应性遗忘的研究现状,并提出了动物适应性遗忘的观点。讨论内容包括关于遗忘的理论预设,对动物适应性遗忘的选择性现象的回顾,对这种遗忘的可能机制(可恢复性)的描述,以及这一分析对记忆的心理和神经生物学方法的影响处理。Dong et al., 2016:在这项研究中,我们使用反向学习任务来测量果蝇的行为灵活性,并确定果蝇中多个自闭症风险基因同源物功能缺失突变的影响。5个具有不同分子功能的孤独症危险基因的突变都导致了类似的行为不灵活表型,表现为逆转学习障碍。这些逆转学习缺陷是由于无法遗忘,或者更确切地说,是由于无法激活Rac1(Ras相关的C3肉毒毒素底物1)依赖性遗忘。因此,行为诱发的Rac1依赖性遗忘激活对孤独症风险基因具有聚合功能。Epp et al., 2016:通过控制海马神经发生的水平,我们发现神经发生调节这种形式的主动干预。海马神经发生的增加削弱了现有的记忆,从而促进了新的、相互冲突的信息在小鼠中的编码。相反,神经发生的减少稳定了现有的记忆,并阻碍了新的、相互冲突的信息的编码。这些结果表明,减少主动干扰是神经发生诱发遗忘的适应性益处。Shuai et al., 2010:最初获得的记忆如果不巩固就会迅速消失。这种记忆衰退被认为是由于新获得的记忆固有的不稳定性,或者是由于随后获得的信息的干扰。本文报道果蝇G蛋白Rac依赖性遗忘机制在被动记忆衰退和干扰性遗忘中的作用。Rac活性的抑制导致早期记忆衰退的减慢,从几个小时延长到一天以上,并阻断干扰引起的遗忘。相反,蘑菇体神经元Rac活性的升高会加速记忆衰退。这种遗忘机制不影响记忆获得,独立于Rutabaga腺苷酸环化酶介导的记忆形成机制。内源性Rac激活在不同时间尺度上被诱发,在被动衰退中逐渐丧失记忆,在逆转学习中急性记忆消失。我们认为Rac在肌动蛋白细胞骨架重塑中的作用可能与记忆丧失有关Burghardt et al. (2012):海马体参与分离记忆,这是一种利用模式分离的神经过程并允许认知灵活性的能力。我们使用主动回避任务的变体和两种独立的方法,即切除成年出生的神经元、海马局部X射线照射和胶质纤维酸性蛋白阳性神经前体细胞的基因消融,评估了成年海马神经发生在认知灵活性中的作用。结果证明,当成人的神经发生需要改变对刺激诱发记忆的学习反应时,它有助于认知灵活性Garthe et al. (2009):尽管在过去的几年里取得了巨大的进展,新生颗粒细胞对成年海马功能的具体贡献仍不清楚。我们假设为了解决这个问题,必须特别注意学习测试的具体设计、分析和解释。因此,我们设计了一个行为实验,根据计算模型得出的假设,预测新的神经元可能与学习条件特别相关,在学习条件中,新的方面在熟悉的情况下出现,从而对水迷宫的参考记忆版本中的(再)学习的质量方面提出了很高的要求替莫唑胺(TMZ)对成人神经发生的任务抑制引起高度特异性的学习障碍。小鼠在隐藏平台版的Morris水迷宫中进行测试(每天6次,持续5天,第4天平台位置反转)。在四个治疗周期结束后4周进行测试,以尽量减少测试时潜在可招募的新神经元数量。神经发生的减少并没有改变CA3和齿状回的长时程增强,但消除了齿状回LTP中属于新生神经元的部分。TMZ在测试时没有任何明显的副作用,并且治疗组和对照组都学会了寻找隐藏的平台。然而,对搜索策略的定性分析显示,治疗组小鼠并没有向空间精确的搜索策略前进,特别是在学习改变的目标位置(逆转)时。因此,齿状回中的新神经元似乎对于增加海马依赖性学习质量参数的灵活性是必要的。我们发现,缺乏成年颗粒细胞特别导致动物无法精确定位隐藏目标,这也与齿状回的特殊作用有关在生成一个度量而不仅仅是一个环境的结构图。由于成年海马神经发生受到抑制而发现高度特异性的行为缺陷,因此可以将细胞海马可塑性与理论模型中定义明确的假设联系起来。Garthe et al. (2016):我们在此证明,生活在刺激丰富的环境(ENR)中,可以改善水迷宫学习的特定关键指标,这些指标在先前的功能丧失实验中已被证明依赖于成人海马神经发生。通过分析小鼠在水迷宫中寻找隐藏平台的策略,发现ENR通过增加使用有效搜索策略的概率来促进任务的获取。当逃生平台移到新的位置时,ENR也增强了动物的行为灵活性。替莫唑胺可以减少成年神经发生,它可以消除ENR对获得性和灵活性的影响,同时不影响水迷宫学习的其他方面。这些特征性效应和相互依赖性在第二种神经源性行为刺激——自愿性车轮转动(RUN)的平行实验中没有发现。由于成人神经发生的组织学评估必然是一个终点测量,因此只能推断整个实验过程中的神经发生水平,本研究将行为参数作为分析终点。尽管体力活动与前体细胞增殖、学习和新神经元存活之间的关系已经很好地建立起来,但这里描述的特定功能效应与干细胞生态位的动态变化之间的关系仍有待解决。然而,我们的研究结果支持这样一个假设:成人神经发生是一个关键的机制,是领导一个积极生活、丰富经验的有益影响的基础Luu et al. (2012:海马齿状回成体神经发生在学习记忆中起重要作用。然而,新神经元对海马功能的确切贡献仍然存在争议。新的证据表明,当相似的项目必须在不同的时间学习时,神经发生对于模式分离和减轻干扰是重要的。在本研究中,我们使用最近开发的具有这些特定特征的嗅觉记忆任务来直接测试这种预测。在这项任务中,老鼠学习两个高度干扰的气味对列表,一个接一个,在相同或不同的环境中。与我们的假设一致,局灶性颅骨照射导致齿状回内的神经发生选择性减少,显著削弱了学习第二个列表期间克服干扰的能力。学习单一气味清单的能力没有受到影响。我们还发现,在海马依赖性空间交替任务中,辐射对学习没有影响。尽管这两项任务都涉及到学习干扰反应,但学习干扰项目的时间过程有所不同。学习干扰气味列表是在几个会话过程中顺序进行的,而学习干扰空间位置是在每个会话中同时进行的。因此,新神经元的逐渐增加可能为嗅觉任务而不是迷宫任务提供了模式分离机制。这些发现证明了神经发生在解决干扰中的作用,并且它们与模型一致,表明神经发生在模式分离中的关键作用。Winocur et al. (2012):在高干扰或低干扰条件下,给予低剂量辐射抑制海马神经发生或假治疗的大鼠视觉辨别任务。一半的老鼠从事跑步活动,另一半没有。在非跑步者中,照射对学习没有影响,在低干扰条件下也没有记忆辨别反应,但照射治疗增加了他们对干扰的易感性,导致先前学习辨别的记忆丧失。参与跑步活动的受照大鼠表现出神经生长增强和对记忆损伤的保护。研究结果表明,成年期海马细胞在区分冲突性、语境依赖性记忆方面发挥了作用,进一步证明了神经发生在海马敏感记忆任务中的重要性。这一结果与海马功能的计算模型一致,海马功能的计算模型明确了神经发生在学习和记忆过程中干扰影响的调节中的中心作用
从简单地剪切致病基因,到开发出不再传播疾病的工程动物,基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。随着研究的深入,科学界还发现,除了编辑具有遗传讯息的DNA片段,编辑RNA可以在不改变基因组的情况下,帮助调整基因表达方式,此外,RNA的寿命是相对短暂的,这也意味着它的变化是可以逆转的,从而避免基因工程中的巨大风险。
2017年10月,来自Broad研究所的张锋研究团队在《自然》期刊上发表了题为“RNA targeting with CRISPR-Cas13”的文章,首次将CRISPR-Cas13系统公之于众,证实了CRISPR-Cas13可以靶向哺乳动物细胞中的RNA。仅仅时隔三周,又一篇名为“RNA editing with CRISPR-Cas13”的力作发表于《科学》期刊。在该研究中,张锋研究团队再次展示了这一RNA编辑系统,能有效地对RNA中的腺嘌呤进行编辑。
在CRISPR出现之前,RNAi是调节基因表达的理想方法。但是Cas13a酶一大优势在于更强的特异性,而且这种本身来自细菌的系统对哺乳动物细胞来说,并不是内源性的,因此不太可能干扰细胞中天然的转录。相反,RNAi利用内源性机制进行基因敲除,对本身的影响较大。但CRISPR-Cas13系统还有一个重要的问题,Cas13a酶本质上是一种相对较大的蛋白质,因此很难被包装到靶组织中,这也可能成为RNA编辑技术临床应用的一大障碍。
2018年3月16日,一项发表在《细胞》期刊的重磅成果为RNA编辑技术带来一大步飞跃,来自美国Salk研究所的科学家利用全新的CRISPR家族酶扩展了RNA编辑能力,并将这个新系统命名为“CasRx”。
CasRx(品红色)在人类细胞核中靶向RNA(灰色),Salk研究所
“生物工程师就像自然界的侦探一样,在DNA模式中寻找线索来帮助解决遗传疾病。CRISPR彻底改变了基因工程,我们希望将编辑工具从DNA扩展到RNA。”研究领导者Patrick Hsu博士表示,“RNA信息是许多生物过程的关键介质。在许多疾病中,这些RNA信息失去了平衡,因此直接靶向RNA的技术将成为DNA编辑的重要补充。”
除了高效性且无明显脱靶效应,新系统的一个关键特征是其依赖于一种比以前研究中物理尺寸更小的酶。 这对RNA编辑技术至关重要,这使得该编辑工具能够更容易被包装到病毒载体,并进入细胞进行RNA编辑。来自东京大学的科学家Hiroshi Nishimasu并未参与这项研究,他表示:“在这项研究中,研究人员发现了一种较Cas13d更加‘紧凑’的酶CasRx。从基础研究到治疗应用,我认为CasRx将成为非常有用的工具。”
此外,在这项研究中,研究人员还展示了利用这种新型RNA编辑系统来纠正RNA过程的能力。他们将CasRx包装到病毒载体中,并将其递送到利用额颞叶痴呆(FTD)患者干细胞中培养的神经细胞,最终使tau蛋白水平恢复到健康水平上,有效率达到80%。
Patrick Hsu博士最后说道:“基因编辑技术通过对DNA的切割带来基因序列的改变。在经过基因编辑的细胞中,其效果是永久的。虽然基因编辑技术能够很好地将基因完全关闭,但对调节基因的表达上并不那么优秀。展望未来,这一最新工具将在RNA生物学研究中发挥重要作用,并有望在未来凭借该技术对RNA相关疾病进行治疗。”
该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默。
3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默,证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性,通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向Pscsk9的sgRNA到小鼠肝脏,有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。
同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。
近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比,Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96%,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比,Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。
此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低Pten的质粒、尾静脉注射敲低Pcsk9的AAV8病毒、眼部注射敲低Vegfa的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到Pten基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调,Pcsk9下调造成血清胆固醇下调;Vegfa下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。
2020年3月18日,《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文,该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合,通过尾静脉注射质粒的方式,将CasRx系统和靶向 Pten 基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中,成功在小鼠肝脏中实现了 Pten 的高效沉默, 证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性, 通过增强下游蛋白AKT的磷酸化,影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时,利用AAV递送CasRx和靶向 Pscsk9 的sgRNA到小鼠肝脏, 有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达,以及小鼠血液中的胆固醇水平 。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。
同时,杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作,也 探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性(AMD)的可能性,研究人员发现在体内使用CasRx敲低 Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积**,验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。
近年来,CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年,张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a,可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点,理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势,因而成为近年来的研究热点。2018年,加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比,Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性(与数百个shRNA脱靶相比, Cas13d没有脱靶)和敲除效率(Cas13d达到96% ,shRNA达到65%)。而与Cas9介导的基因敲除技术相比, Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA,因此这种基因沉默是可逆的 ,从而对一些后天性疾病(如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病)的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小,效率高,被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。
此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性,杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性,为临床提供了可能性 。为证明CasRx在动物体内的活性,研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选,然后采用尾静脉注射敲低 Pten 的质粒、尾静脉注射敲低 Pcsk9 的AAV8病毒、眼部注射敲低 Vegfa 的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析,分别得到 Pten 基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调, Pcsk9 下调造成血清胆固醇下调; Vegfa 下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成(CNV)的面积。
图1 CasRx介导的 Pten 体内体外的下调( Protein & Cell )
A.质粒示意图;B.N2a细胞中 Pten 的下调;C.Western检测PTEN及AKT的表达; D.CasRx与shRNA脱靶比较;E.尾静脉注射质粒示意图;F.G.H.免疫荧光,qPCR,western分别检测 Pten 及p-AKT的表达
图2 血清胆固醇的调节以及 Pcsk9 的可逆调控( Protein & Cell )
A.针对 Pcsk9 的AAV8病毒注射示意图;B.肝组织中 Pcsk9 的表达量;C.血清 PCSK9 的表达量;D.血清胆固醇水平;E.F.血清ALT和AST的测定;G.可逆调节注射示意图; H. Pcsk9 的动态调控。
图3 AAV介导CasRx减少了AMD小鼠模型中CNV的面积(National Science Review)
A.小鼠和人序列比较以及sgRNA示意图;B.C.在293T和N2a细胞中敲低 Vegfa ;D.VEGFA蛋白的表达;E.AAV病毒质粒示意图;F.实验流程图;G.CasRx的mRNA表达水平;H.I.激光烧伤之前或之后7天的 Vegfa mRNA水平;J.CNV诱导3天后的VEGFA蛋白水平;K.激光烧伤7天后,用PBS或AAV-CasRx- Vegfa 注射的代表性CNV图像;L.M.CNV面积统计。
2020 年 4 月 8 日, Cell 期刊在线发表了题为 《Glia-to-Neuron Conversion by CRISPR-CasRx Alleviates Symptoms of Neurological Disease in Mice》 的研究论文,该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室 杨辉 研究组完成。
该项研究通过运用最新开发的 RNA 靶向 CRISPR 系统 CasRx 特异性地在视网膜穆勒胶质细胞中敲低 Ptbp1 基因的表达,首次在成体中实现了视神经节细胞的再生,并且恢复了永久性视力损伤模型小鼠的视力。同时,该研究还证明了这项技术可以非常高效且特异地将纹状体内的星形胶质细胞转分化成多巴胺神经元,并且基本消除了帕金森疾病的症状。该研究将为未来众多神经退行性疾病的治疗提供一个新的途径。
人类的神经系统包含成百上千种不同类型的神经元细胞。在成熟的神经系统中,神经元一般不会再生,一旦死亡,就是永久性的。神经元的死亡会导致不同的神经退行性疾病,常见的有阿尔兹海默症和帕金森症。此类疾病的病因尚不明确且没有根治的方法,因此对人类的健康造成巨大威胁。据统计,目前全球大约有 1 亿多的人患有神经退行性疾病,而且随着老龄化的加剧,神经退行性疾病患者数量也将逐渐增多。
在常见的神经性疾病中,视神经节细胞死亡导致的永久性失明和多巴胺神经元死亡导致的帕金森疾病是尤为特殊的两类,它们都是由于特殊类型的神经元死亡导致。我们之所以能看到外界绚烂多彩的世界,是因为我们的眼睛和大脑中存在一套完整的视觉通路,而连接眼睛和大脑的神经元就是视神经节细胞。
作为眼睛和大脑的唯一一座桥梁,视神经节细胞对外界的不良刺激非常敏感。研究发现很多眼疾都可以导致视神经节细胞的死亡,急性的如缺血性视网膜病,慢性的如青光眼。视神经节细胞一旦死亡就会导致永久性失明。据统计,仅青光眼致盲的人数在全球就超过一千万人。
帕金森疾病是一种常见的老年神经退行性疾病。它的发生是由于脑内黑质区域中一种叫做多巴胺神经元的死亡,从而导致黑质多巴胺神经元不能通过黑质-纹状体通路将多巴胺运输到大脑的另一个区域纹状体。目前,全球有将近一千万人患有此病,我国尤为严重,占了大约一半的病人。 如何在成体中再生出以上两种特异类型的神经元,一直是全世界众多科学家努力的方向。
该研究中,研究人员首先在体外细胞系中筛选了高效抑制 Ptbp1 表达的 gRNA,设计了特异性标记穆勒胶质细胞和在穆勒胶质细胞中表达 CasRx 的系统。所有元件以双质粒系统的形式被包装在 AAV 中并且通过视网膜下注射,特异性地在成年小鼠的穆勒胶质细胞中下调 Ptbp1 基因的表达。
大约一个月后,研究人员在视网膜视神经节细胞层发现了由穆勒胶质细胞转分化而来的视神经节细胞,并且转分化而来的视神经节细胞可以像正常的细胞那样对光刺激产生相应的电信号。
研究人员进一步发现,转分化而来的视神经节细胞可以通过视神经和大脑中正确的脑区建立功能性的联系,并且将视觉信号传输到大脑。在视神经节细胞损伤的小鼠模型中,研究人员发现转分化的视神经细胞可以让永久性视力损伤的小鼠重新建立对光的敏感性。
为进一步发掘 Ptbp1 介导的胶质细胞向神经元转分化的治疗潜能,研究人员证明了该策略还能特异性地将纹状体中的星形胶质细胞非常高效的转分化为多巴胺神经元,并且证明了转分化而来的多巴胺神经元能够展现出和黑质中多巴胺神经元相似的特性。
在行为学测试中,研究人员发现这些转分化而来的多巴胺神经元可以弥补黑质中缺失的多巴胺神经元的功能,从而将帕金森模型小鼠的运动障碍逆转到接近正常小鼠的水平。
需要指出的是,虽然科学家们在实验室里取得了重要进展,但是要将研究成果真正应用于人类疾病的治疗,还有很多工作要做:人类的视神经节细胞能否再生?帕金森患者是否能通过该方法被治愈?这些问题有待全世界的科研工作者共同努力去寻找答案。
(上)CasRx 通过靶向的降解 Ptbp1 mRNA 从而实现 Ptbp1 基因表达的下调。
(中)视网膜下注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将视网膜穆勒胶质细胞转分化为视神经节细胞,转分化而来视神经节细胞可以和正确的脑区建立功能性的联系,并且提高永久性视力损伤模型小鼠的视力。
(下)在纹状体中注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将星形胶质细胞转分化为多巴胺神经元,从而基本消除了帕金森疾病模型小鼠的运动症状。
RNA-editing Cas13 enzymes have taken the CRISPR world by storm. Like RNA interference, these enzymes can knock down RNA without altering the genome , but Cas13s have higher on-target specificity. New work from Konermann et al. and Yan et al. describes new Cas13d enzymes that average only 2.8 kb in size and are easy to package in low-capacity vectors! These small, but mighty type VI-D enzymes are the latest tools in the transcriptome engineering toolbox.
Microbial CRISPR diversity is impressive, and researchers are just beginning to tap the wealth of CRISPR possibilities. To identify Cas13d, both groups used very general bioinformatic screens that looked for a CRISPR repeat array near a putative effector nuclease. The Cas13d proteins they identified have little sequence similarity to previously identified Cas13a-c orthologs, but they do include HEPN nuclease domains characteristic of the Cas13 superfamily. Yan et al. proceeded to study orthologs from Eubacterium siraeum (EsCas13d) and Ruminococcus sp. (RspCas13d), while Konermann et al. characterized orthologs from “Anaerobic digester metagenome” (AdmCas13d) and Ruminococcus flavefaciens (nicknamed CasRx), as well as EsCas13d.
Like other Cas13 enzymes, the Cas13d orthologs described in these papers can independently process their own CRISPR arrays into guide RNAs. crRNA cleavage is retained in dCas13d and is thus HEPN-independent. These enzymes also do not require a protospacer flanking sequence, so you can target virtually any RNA sequence ! In bacteria, Cas13d-mediated cleavage promotes collateral cleavage of other RNAs. As with other Cas13s, this collateral cleavage does not occur when Cas13d is expressed in a mammalian system.
Since Cas13d is functionally similar to previously discovered Cas13 enzymes - what makes these orthologs so special? The first property is size - Cas13d enzymes have a median length of ~930aa - making them 17-26% smaller than other Cas13s and a whopping 33% smaller than Cas9! Their small size makes then easy to package in low-capacity vectors like AAV, a popular vector due to its low immunogenicity. But these studies also identified other advantages, including Cas13d-specific regulatory proteins and high targeting efficiency, both of which are described below.
The majority of Type VI-D loci contain accessory proteins with WYL domains (named for the three conserved amino acids in the domain). Yan et al. from Arbor Biotechnologies found that RspCas13d accessory protein RspWYL1 increases both targeted and collateral RNA degradation by RspCas13d. RspWYL1 also increased EsCas13d activity, indicating that WYL domain-containing proteins may be broader regulators of Cas13d activity. This property makes WYL proteins an intriguing counterpart to anti-CRISPR proteins that negatively modulate the activity of Cas enzymes, some of which are also functional in multiple species (read Arbor Biotechnologies' press release about their Cas13d deposit here ).
Not all Cas13d proteins are functional in mammalian cells, but Konermann et al. saw great results with CasRx and AdmCas13d fused to a nuclear localization signal (NLS). In a HEK293 mCherry reporter assay, CasRx and AdmCas13d produced 92% and 87% mCherry protein knockdown measured by flow cytometry, respectively. Cas13d CRISPR array processing is robust, with CasRx and either an unprocessed or processed gRNA array (22 nt spacer with 30 nt direct repeat) mediating potent knockdown. Multiplexing from the CRISPR array yielded >90% knockdown by CasRx for each of four targets, including two mRNAs and two nuclear long non-coding RNAs.
One interesting twist to Cas13d enzymes is their cleavage pattern: EsCas13d produced very similar cleavage products even when guides were tiled across a target RNA, indicating that this enzyme does not cleave at a predictable distance from the targeted region. Konermann et al. show that EsCas13d favors cleavage at uracils, but a more detailed exploration of this cleavage pattern is necessary.
Konermann et al. compared CasRx to multiple RNA regulating methods: small hairpin RNA interference, dCas9-mediated transcriptional inhibition (CRISPRi), and Cas13a/Cas13b RNA knockdown. CasRx was the clear winner with median knockdown of 96% compared to 65% for shRNA, 53% for CRISPRi, and 66-80% for other Cas13a and Cas13b effectors. Like previously characterized Cas13 enzymes, CasRx also displays very high on-target efficiency; where shRNA treatment produced 500-900 significant off-targets, CasRx displayed zero. Unlike Cas9, for which efficiency varies widely across guide RNAs, each guide tested with CasRx yielded >80% knockdown. It seems that CasRx may make it possible to target essentially any RNA in a cell.
Since catalytically dead dCasRx maintains its RNA-binding properties, Konermann et al. tested its ability to manipulate RNA species through exon skipping. Previous CRISPR exon-skipping approaches used two guide RNAs to remove a given exon from the genome, and showed success in models of muscular dystrophy . In this case, Konermann et al. targeted MAPT , the gene encoding dementia-associated tau, delivering dCasRx and a 3-spacer array targeting the MAPT exon 10 splice acceptor and two putative splice enhancers. After AAV-mediated delivery to iPS-derived cortical neurons, dCasRx-mediated exon skipping improved the ratio of pathogenic to non-pathogenic tau by nearly 50%, showing proof-of-concept for pre-clinical and clinical applications of dCasRx.
The identification of Type VI Cas13d enzymes is another win for bioinformatic data mining. As we continue to harness the natural diversity of CRISPR systems, only time will tell how large the genome and transcriptome engineering toolbox will be. It is, however, certain that the impact of CRISPR scientific sharing will continue to grow, and we at Addgene appreciate our depositors for making their tools available to the broader community.
References
Konermann, Silvana, et al. “Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors.” Cell (2018) pii: S0092-8674(18)30207-1. PubMed PMID: 29551272
Yan, Winston X., et al. “Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein.” Mol Cell. (2018) pii: S1097-2765(18)30173-4. PubMed PMID: 29551514
\1. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors
\2. CRISPR genetic editing takes another big step forward, targeting RNA
\3. How Editing RNA—Not DNA—Could Cure Disease in the Future
[ https://www.obiosh.com/kyfw/zl/aav/209.html](