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微生物致病分子机理和新药研发。集中在结核分枝杆菌等人类重要致病菌的致病耐药分子机理和新疫苗/药物等干预措施、新诊断技术与方法的研究与开发；重要工业微生物关键代谢产物分子调控的系统生物学研究；酵母等基因工程药物产生菌表达系统的构建和应用研究；结核菌与宿主相互作用的分子机理和基于信号传导的新药物靶标鉴定、新药物筛选模型构建与应用研究。主要利用系统生物学和系统生物技术、转录组学、代谢组学、定量蛋白质组学、表观遗传学等功能基因组方法学、分子免疫学、细胞生物学、合成生物学、计算生物学等前沿和新方法，促进对重要致病菌的生物学本质认识和转化医学研究。作为主要研究人员或者项目负责人先后承担国家十一五重要传染病科技重大专项“结核病药靶研究”和“结核菌快速诊断技术和产品研究”，国家973项目“重要病原菌防治基础研究”，“基于生物信息学的新型药物靶标的鉴定和功能研究”，国家科技攻关“耐药结核病防治措施研究”，863项目“新型酵母表达系统研究”，国家自然科学基金项目“定量活细胞成像技术研究分枝杆菌噬菌体感染周期的关键分子”，“促旋酶上位相互作用在耐药中的作用”，“多聚磷酸外切酶在分枝杆菌生物膜形成中的功能”，“结核菌Rv0621基因的功能深入研究”，“上位相互作用在结核菌促旋酶氟喹诺酮类药物耐受中的作用机理研究”，“严紧激素的实时检测和信号传递研究”，“光合微生物产氢的物质能量转化研究”，教育部重点课题“结核分枝杆菌持续感染分子机理研究”，新世纪优秀人才资助“结核菌持续感染的转录因子调控网络”，重庆市重点攻关课题“基于转录组和代谢组的紫杉醇高产菌株筛选和应用研究”，国家外专局“春晖计划”，海外名师项目3项等。获得上海市科技进步三等奖“耐药结核菌诊断技术研究”。重庆市自然科学三等奖“结核病防控新措施的基础研究”（2014）先后以通讯作者发表SCI论文120余篇。部分开创性工作获得美国科学院院士、麻省理工学院教授James Collins的高度评价。多次应邀在国际性学术会议和清华大学医学院、中国科学院等口头报告。2002年7月，应邀在法国巴黎第10届国际细菌学和应用微生物学大会（国际微生物学联合会International Union Of Microbiology Society, IUMS,每三年一届）上作口头报告。2004年应邀在“2004首届国际后基因组峰会”上作关于“耐药结核菌的比较蛋白质组学研究”的口头报告、2004年6月应邀在“第三届海内外神经科学中青年国际学术会议”等会议上口头报告其工作。2006年3月在中国药学会主办的“中国医药领域的知识产权保护学术研讨会”上作“基于生物序列的新型药物靶标产业化研发的知识产权保护”大会报告。2009年加拿大第26届国际抗生素与化疗会议等。2012年中国资源微生物会议（成都），2012年青年遗传学家论坛（昆明），2013年首届放线菌大会（上海），2013年中国微生物学教学与产业化会议（南京），2013年国际结核病耐药会议（北京），2013年中国遗传学大会（哈尔滨），2014年全国遗传学理论与实践教学研讨会，2014年组学时代微生物学国际研讨会（重庆），2014年第一届噬菌体国际会议（南京），2014年第六届全国微生物遗传学学术会议（温州医科大学）。2015年美国纽约州首府Albany世界结核病日学术研讨会，2015年7月25日，第十五届微生物学教学与科研产业化研讨会（新疆师范大学）,2015年8月16日，2015中国遗传学会大会微生物遗传分会场报告（昆明）,2015年8月22日，重庆市和湖北省微生物学会联合会议（湖北恩施），2015年9月26日，内蒙古大学生命科学学院遗传学教学研讨会（内蒙古呼和浩特），2015年10月11日第十二届全国生物毒素与医药应用大会（延安大学）,2015年10月25日《药学学报》药学前沿研讨会（天津），2015年10月26-28中美抗生素耐药与食品安全国际会议（上海），2015年11月15日，广州“高校生命科学课程教学系列报告会（2015）（第十届高校生命科学课程报告论坛）”分组报告“微生物学、细胞生物学和遗传学相关课程的整合教学模式探索”，2015年11月15日“全球结核病防控新措施基础研究进展与反思”（中山大学生命科学大学院）,2015年11月23-25日国家自然科学基金委国际合作局“中英抗生素耐药双边研讨会”，2015年11月26日“结核病分子机理研究与新药筛选”（第二军医大学药学院）

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