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自然科学与工程&医学研究复旦大学诞生了中国第一台质子静电加速器、第一台电子模拟计算机和第一个ALGOL-60编译器，第一台X25分组交换机，第一套因特网监控装备、第一批真正意义上的数字电子计算机。在人类基因组学、基础医学与临床医学等领域都取得了重要的科技进展。医学科研的经费和项目数，已从两校合并初期的25%左右，增长到全校总量的一半。科研经费&项目2010年度，学校理工科、医科共获得各类项目1393项，到款总经费108186万元。其中纵向项目1045项，到款经费93660万元；横向项目348项，到款经费14526万元。获得“973”计划项目2项，国家重大科学研究计划项目2项。国家科技支撑计划项目2项，获国家科技重大专项课题6项。共申请国家自然科学基金1745项，获资助项目482项，获资助经费17465．9万元。其中获得国家自然科学基金面上项目254项，青年科学基金159项，重点项目10项，重大研究计划重点项目2项，国家杰出青年科学基金项目4项。获得教育部博士点基金博导类项目资助20项，新教师类项目资助37项，资助经费为253．2万元。教育部“新世纪优秀人才支持计划”19项，教育部留学回国人员科研启动基金39项，经费128．5万元。获得霍英东教育基金资助立项3项。获得财政部、教育部“中央高校基本科研业务费专项资金”4357万元。论文发表2010年度，学校理工科、医科申请中国专利671项，数量较2009年增长近30%。授权专利数量164项，全校累计有效专利（维持中）841项。已完成计算机软件著作权登记17项，为历年最高。全校2009年发表SCI论文1958篇，比上一年增长12．98%。根据中国科学技术信息研究所历年发布的中国科技论文统计结果，学校2004—2008年共发表SCI论文7269篇。其中有2419篇论文在2009年被引用，共被引用9106次，平均被引次数1．25次，位列全国高校第一。被引用达10次以上的论文有26篇，也居全国高校之首。被引用论文占发表论文总数的33%，位居全国第二。生命科学学院、生物医学研究院的研究成果被《自然》于2010 年2 月以连续两篇研究论文的方式发表，生命科学学院的研究论文在《新英格兰医学杂志》上发表。科技获奖2014年度，该校医科共有2个项目荣获国家科学技术奖励，其中国家科学技术进步奖二等奖1项，国家科学技术进步奖二等奖（科普类）1项。2013年度，该校医科共有1个项目荣获国家科学技术进步奖二等奖。另外周良辅院士荣获2013年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”。该校理工科获国家技术发明奖1项。2012年度，该校共获国家科学技术奖7项，其中科技进步奖一等奖1项，科技进步奖二等奖2项，技术发明奖二等奖2项，自然科学奖二等奖2项。2011年度，该校共获国家科学技术奖4项，其中自然科学奖二等奖3项，技术发明奖二等奖1项。2010年度，该校共获国家科学技术奖4项，其中科技进步奖二等奖3项，自然科学奖二等奖1项。人文与社会科学研究从2003年到2007年，该校文科研究和发展费用累计达到6亿元，承担国家社科基金146项、教育部课题194项、上海市哲学社会科学236项。出版各类著作2200部，发表论文5万篇，研究报告2300篇，共获得省部级以上科研成果奖励222项。复旦大学获获第五届中国高校人文社会科学研究优秀成果奖各类奖32项、获上海市第十一届哲学社会科学优秀成果奖各类奖79项、获上海市第十届邓小平理论研究和宣传优秀成果各类奖17项、获上海市第十二届哲学社会科学优秀成果各类奖80项。馆藏资源复旦大学图书馆前身为戊午阅览室，1922年正式建馆。由文科馆、理科馆、医科馆、张江馆、江湾馆（李兆基图书馆）、古籍部（国家古籍重点保护单位）组成。截至2014年底，图书馆馆藏纸本文献资源约500余万册，其中线装古籍约40万册（包括善本6万册），民国时期图书10万册。订购中西文纸质期刊6124种，订购中外文数据库271个，电子图书93万种，中西文全文电子期刊52万种，特色馆藏包括古籍、民国时期文献、外文图书、复旦人著作以及各类专题赠书。其中复旦医科图书馆藏书刊40余万册，重点收藏基础医学、临床医学、药学、预防医学、法医学、护理学等领域的中英文书刊。拥有中国生物医学文献数据库(CBM)、中国学术期刊网络出版总库、中文科技期刊数据库、万方数据知识服务平台、Web of Knowledge、EMBase、Proquest、OVID医学全文数据库、EBSCO的Academic Search Elite、Elsevier 的ScienceDirect、Kluwer等200多种数据库。学术期刊《复旦学报（社会科学版）》：主要刊载文、史、哲、经、法等学科论文。创刊于1935年6月，1978年复刊，并为此组成了直接由校党委领导的文科学报编辑部。《复旦学报》（自然科学版）（中、英文混版）：创刊于1935年6月30日，主要刊登数学、化学、生命科学、技术科学、信息科学、管理科学、医学科学等基础研究和应用研究方面的学术论文、研究快报、研究简报等。《复旦学报（医学版）》：其前身是《上海医科大学学报》，创刊于1956年6月。主要刊登基础医学、临床医学、药学、预防医学等领域的以原创性研究为主的论文。《数学年刊》：2008年，该刊出版《数学年刊A辑》（中文版）6期，《数学年刊B辑》（英文版）6期，以及A辑中译英版C辑（英文版）4期（Chinese Journal of Contemporary Mathematics 《中国当代数学》，由美国阿伦顿出版公司在美国出版发行）。《复旦教育论坛》：已入选中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊，并且入编《中文核心期刊要目总览》之教育类的核心期刊，《中国学术期刊评价研究报告:RCCSE权威、核心期刊排行榜与指南》核心期刊。《新闻大学》：为全国新闻核心期刊，中国社科期刊学术论文统计数据库核心期刊，中国人文社会科学论文与引文数据库首批来源期刊，并被许多名牌大学在学术评审时内定为权威刊物。《当代修辞学》：为语言学中文核心期刊、CSSCI来源期刊，“中国人文社会科学综合评价AMI”核心期刊。《世界经济文汇》：属于CSSCI来源期刊，经CSSCI社会科学评价中心2008年的评审，杂志的综合学术影响力在CSSCI来源期刊（2008-2009）72种经济学刊物中名列第十，是排名前十的杂志中唯一一份来自北京之外的经济学学术杂志。《研究与发展管理》：是国家自然科学基金委员会管理科学部认定的中国管理科学类重要期刊之一。《中国感染与化疗杂志》：获得2007年度“中国百种杰出学术期刊”称号。经过中国精品科技期刊遴选指标体系综合评价，被评选为2008年度中国精品科技期刊。《中国眼耳鼻喉科杂志》：是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、复旦大学核心期刊，被万方数据、中国知网及重庆维普数据库全文收录。《微生物与感染》：2008年，共发表述评3篇，论著25篇（其中由国家自然科学基金资助的论著5篇，国家“973”和“863”计划资助的论著5篇，其他项目资助的论著3篇），综述21篇，其他文章34篇。《中国循证儿科杂志》：全年共发7期(包括增刊1期)。刊发论著42篇，专家对谈录7篇，讲座2篇，综述10篇，病例讨论2篇，病案报告7篇。《中国临床神经科学》：2000年起为中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价数据库等5家期刊数据库收入并评为中国科技核心期刊。《中国医学计算机成像杂志》：为中国科技期刊、中国学术期刊（核心期刊）。《中华手外科杂志》：已加入中国科学引文数据库（CSCD）、中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊全文数据库、中国数字化期刊全文数据库、中文科技期刊数据库。《中国临床医学》：为中国科技核心期刊，中国科技论文统计源期刊，中国科学引文数据库来源期刊。被中国期刊全文数据（CJFD）、万方数据库数字化期刊全文收录；被国家图书馆、中国版本图书馆、上海图书馆等全文收录。《中国癌症杂志》：被“中国期刊网”、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录；入选 “中国学术期刊综合评价数据来源期刊”；加入“万方数据库―数字化期刊群”全文上网，被《中国核心期刊（遴选）数据库》收录；被北大图书馆《中文核心期刊》收录为中文核心期刊。

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