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区别在于所使用的查重系统不一样。
1、权威性。大部分学校和杂志都是知网，应用广泛，所以权威性相当高。可以说知网是目前国内最权威的查重系统。万方的普及程度没有知网那么广，但万方也不错，也是非常权威的。只是使用的学生会比知网少些。
2、检测算法。知网是一种自主研发的基于数字指纹的多阶段快速检测方法。用户提交的论文与数据库中的数据指纹进行对比，从单词到句子到段落，再到整篇论文。万方是自主研发的基于滑动窗口的低频特征部分匹配算法，可以快速检测用户提交的论文。各有各的特点。
3、数据库。知网所包含的数据库资源众多、全面、极其广泛，同时也包含了自己独特的数据库资源，如学术论文联合比对数据库、大学生论文联合比对数据库等。万方包含了大量的数据库资源，但比知网少，这也是万方查重比知网快的原因之一。
4、检测价格。知网查重是根据文章数量来定的，通常几百元，不同的知网子系统对应不同的价格；万方试卷是根据字数。目前价格千字3元，相比中国知网，万方更便宜。
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万方和知网查重结果会有出入。
万方和知网查重结果会有出入。根据万方相似性检测系统和知网学术不端检测的数据库，万方和知网的数据库查重范围有很大区别，知网的数据库更加全面。万方查询不到互联网的文章，知网则可以查出。
万方和知网查重结果不一样。万方查重由于其数据库涵盖范围有限导致其标准过于宽泛，因此查重率没有知网准确。万方查重数据库主要有以下几个：中国学术期刊数据库CSPD、中国学位论文全文数据库CDDB、中国学术会议论文数据库CCPD、中国学术网页数据库CSWD。
知网查重数据库：
知网查重数据库主要有以下几个：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、大学生论文联合比对库、互联网资源。
英文数据库（涵盖期刊、博硕、会议的英文数据以及德国Springer、英国Taylor&Francis期刊数据库等）、港澳台学术文献库、优先出版文献库、互联网文档资源、图书资源、个人比对库。知网采用的是保留文献段落信息，原版显示检测结果，结合海量独家文献资源、英文资源、网络资源、第三方资源，使检测结果更加细致。
学校查重结果和自查结果相差大是因为采用的查重方式不一样 学生自查一般都是在淘宝上买的 查重软件很少用知网查重学校，查重一般都是用的知网
烈焰雪花 5人参与回答 2023-12-08 维普与知网查重率相差比较大，知网学术不端检测系统是最权威的查重系统，也是官方认可的系统，高校和杂志社都是使用知网查重，维普查重算法跟知网相比差异较大，维普的查重
爱家薇薇 4人参与回答 2023-12-07 对比如下： 1、论文的查重计算规则来说，万方论文查重是按照连续10个字以上重复就会判定为该论文部分属于重复部分，而中国知网查重不仅仅是按照联系十三个字以上重复判
好食物一起分享 2人参与回答 2023-12-10 PaperFree和知网查重都是属于查重软件，知网是大多数学校使用的系统，数据也是目前全国最权威的，是标准，PaperFree是辅助修改参考，涵盖知网70%左右
咔嚓咔嚓咔嚓啦 4人参与回答 2023-12-06 paperfree查重和知网比较接近。
浩予妈妈 7人参与回答 2023-12-06 