1. Computers in healthcare [刊名已更改]
ISSN:0745-1075 (Print); ISSN:0745-1075 (Linking);
United States : Englewood, CO
领域： 计算机通信网络、卫生设施管理、医学信息学
2. Cyberpsychology & behavior : the impact of the Internet, multimedia and virtual reality on behavior and society
ISSN:1094-9313 (Print); ISSN:1557-8364 (Electronic); ISSN:1094-9313 (Linking);
United States : Larchmont, NY
领域： 行为学、计算机通信网络、多媒体、社会心理学、人机界面
3. Cyberpsychology, behavior and social networking
ISSN:2152-2715 (Print); ISSN:2152-2723 (Electronic);
United States : New Rochelle, NY
领域： 行为学、计算机通信网络、多媒体、社会心理学、人机界面
4. Health data management
ISSN:1079-9869 (Print); ISSN:1079-9869 (Linking);
United States : New York, NY
领域： 自动数据处理、计算机通信网络、健康保险、医疗记录
5. Health management technology
ISSN:1074-4770 (Print); ISSN:1074-4770 (Linking);
United States : Nokomis, FL
领域： 计算机通信网络、医学信息学、远程医疗
6. Proceedings / AMIA ... Annual Symposium. AMIA Symposium
ISSN:1531-605X (Print); ISSN:1531-605X (Linking);
United States : Philadelphia
领域： 计算机通信网络、医学信息学应用、医学信息学计算
7. Telemedicine today
ISSN:1078-0351 (Print); ISSN:1078-0351 (Linking);
United States : Westlake Village, CA
领域： 计算机通信网络、卫生保健服务、远程医疗
8. Telemedicine and virtual reality
ISSN:1089-5841 (Print); ISSN:1089-5841 (Linking);
United States : Hagerstown, MD
领域： 计算机通信网络、远程医疗、人机界面
医学会会议纪要模板
医学会经常需要召开会议开展医学学术交流，下面我跟大家分享几篇医学会会议纪要模板，以供参考!
由中华医学会行为医学分会主办，皖南医学院、皖南医学院附属池州市人民医院和池州市心理学会承办的中华医学会第十次全国行为医学学术会议于20XX年11月8日至10日在安徽省池州市隆重召开，来自全国各地100余名专家学者云集池州，进行行为医学理论与应用的学术研讨和交流。参会代表具有高级职称达80%，有许多博导和海归博士，还有大学和医学院校院长、人民解放军军级资深专家和综合性医院院长等参加研讨。
大会开幕式由中华医学会行为医学分会副主任委员张锡明教授主持。中华医学会行为医学分会主任委员，济宁医学院副院长杨志寅教授致开幕词，他精辟总结了近年来行为医学分会所取得的重大成绩。首先，国家级“十一五”规划教材《行为医学》在20XX年顺利出版，填补了我国行为医学国家级教材的空白，是行为医学发展的标志性成果;其次，近年来《中国行为医学科学》杂志办刊质量与影响力进一步得到提升;再次，我国行为医学理论研究与实践应用取得一系列成果。他还提出了行为医学分会今后的努力方向、目标和任务。
中华医学会行为医学分会奠基人之一、名誉主委杨菊贤教授简要介绍了行为医学分会创建和发展的重要历史，阐述了行为医学的范畴，说明了行为医学与心身医学、心理学、精神医学的区别和联系，并指出行为医学的发展在推动人类健康中有着重要的作用。与此同时，还对行为医学专业人员提出了新的期望。
大会共安排了六位教授作了专题报告，杨志寅教授作了“行为医学的应用前景”的报告，他从行为医学的对象、任务和范围，对行为医学在各行业中，尤其是医学与健康领域中的应用作了内容深刻的阐述，展望了行为医学未来发展;杨菊贤教授作了“综合性医院中心理障碍的特点及其治疗”学术报告;北京医星医院张锡明教授作了“糖尿病行为干预与综合防治”报告;浙江大学王伟教授作了“认知、人格与行为-方法学的探讨”报告;皖南医学院刘新民教授作了“躯体形式障碍现状与进展”报告;广西药科学校王翔南教授作了“同性恋及相关问题”报告。大会的精彩报告受到与会代表的一致好评。
会议安排中山大学赵虎教授、常州第一人民医院曹建新主任医师、皖南医学院汪萌芽教授等15位专家学者就各自的研究成果进行了大会交流。与会代表认为，本次大会的学术水平之高，交流内容范围之广，学术氛围之浓都是前所未有的。此次会议反映了我国行为医学科学的学科建设和发展、理论研究和临床应用的成果，充分说明近年来我国行为医学在理论与实践领域的迅速普及与发展，并达到一个新的高度。
大会期间，还召开了《中国行为医学科学》杂志第四届编辑委员会换届筹备会议。安徽省医学会还利用此次机会成立了安徽省医学会行为医学分会筹委会。很多专家学者利用这次大会的空余时间进行广泛的会下交流，形成了今后的研究和临床工作协作的意向。
与会的专家学者对此次大会反响热烈并予以很高的评价，认为本次会议是全国行为医学科学发展史上的一次高峰论坛。大家坚信通过此次大会，必将对我国的行为医学的普及和发展产生积极的促进作用。与会代表对中华医学会行为医学分会、中国行为医学科学杂志编辑部和济宁医学院的组织工作予以很高的评价。同时，对承办单位皖南医学院、皖南医学院附属池州市人民医院和池州市心理学会的努力工作也予以充分地肯定。
一、会议概况
中华医学会第十一次全国医学信息学术会议于20XX年11月1日至5日在安徽省屯溪召开。来自全国23个省、自治区、直辖市、解放军系统及澳门特区的163名代表参加了会议。开幕式由分会常委兼秘书王铁成主持，分会主任委员王汝宽教授代表医学信息学分会致欢迎词。
二、会议论文及交流情况
会议共收录论文105篇，编辑出版了《中华医学会第十一次全国医学信息学术会议论文汇编》。其中经分会常委会讨论、确定大会专题报告5篇(后增加一篇)，审稿确定大会发言论文21篇(实际报告17篇)，青年论坛交流论文23篇(实际报告20篇)。
大会组织的6篇专题报告(实际报告5篇)分别是:
1、中国医学科学院医学信息研究所王汝宽的“生命科学研究理念和方法学革命及其影响”。王汝宽教授在报告中回顾了生命科学技术发展历程，介绍了研究理念和研方法学革命，阐述了该革命所产生的影响，展望了未来生命科学技术的发展并提出技术会聚、技术分化和功能技术是未来生物技术的三大主要趋势。
2、中国医学科学院医学信息研究所所长代涛的“我国主要医疗卫生问题分析与对策研究”。该报告介绍了医疗卫生事业取得的重大成就，用翔实的数据和图表全面分析了我国医疗卫生事业面临的主要问题与挑战，提出了我国医疗卫生事业发展的总体目标和阶段目标，相应的发展战略，及我国医疗卫生事业改革发展的六项政策建议。
3、复旦大学医科图书馆徐一新的“医学信息学的发展与对策”。徐一新教授介绍了医学信息学的概念和研究范围，回顾了国内医学信息学研究和教育的概况，提出应重视高层次医学信息学人才培养、支持医学信息学课题研究、师资培训和教材建设、进一步发挥医学信息学分会指导作用等对策。
4、四川大学李秉严的“循证医学与信息研究”。李秉严教授结合流行病学教学和循征医学与信息的研究，介绍了循征医学的概念、研究内容和作用，阐述了循征医学证据资源的类型，分析了数据库及其索引的缺陷。叙述了图书馆在循征医学决策的定位和作用。还提出了循征医学的评估标准等。
5、中国医学科学院医学信息研究所许培扬的“如何做好医学科技查新”。许培扬研究员介绍了科技查新的基本概念、程序和方法、基本原则、科技查新咨询与一般文献检索的区别。从科研立项、科技成果、专利申报查新方面详细介绍了医学科技查新的类型和特点，从而得出医学科技项目的查新要对查新项目的新颖性做出重点评价。
与会代表一致认为，专题报告内容新颖、前瞻、信息量大，拓展了知识面，同时又能结合本职工作，既提高学术水平又增强了实际工作能力。
在收录的大会发言和青年论坛论文中，内容涉及:
医学信息所发挥优势开创服务和研究新局面、医学信息学教育探讨、网络信息资源服务研究的热点、循征医学证据应用研究、电子病案的应用、信息类教育与考核模式研究等。医药信息服务在企业用户咨询中的探讨、医院图书馆读者服务探讨、医院服务中的竞争情报探讨、信息资源深加工在医院的应用研究、信息资源个性化服务中推拉的技术、门户网站建设探讨、资源整合系统研究、情报研究所网络利用的发展研究、情报学研究方法探讨等
本次会议从大会交流到青年论坛交流论文均有一定的深度和广度，它较全面的检阅了我国医学信息事业一年来的学术成就与进展，使与会代表更加深入了解当前我国医学信息学的研究热点和动向，对参会代表更进一步提高学术水平和实际工作能力有很大的帮助。
三、优秀论文评审结果
会议最后，由医学信息学分会常委组成的优秀论文专家评审组以无记名投票的方式评选出七篇大会交流优秀论文，分别为:刘亚民等的“发挥优势开创医学科技信息事业新局面”;王伟的“新世纪我国信息管理人才培养模式的理论与实践”;张政宝的“PUBMED的个性化服务初探”;莫梅琦等的“最大限度利用好数字图书馆资源”;崔雷等的“在MEDLINE数据库中进行文本挖掘的研究”;张士靖等的.“中美医学信息学教育比较及其启示”，阮学平的“以用户为核心的数字资源创建与组织管理-中国协和医学大学图书馆住家数字资源库建设初探”。四篇青年论坛交流优秀论文，分别是:田玲等的“影响高层次临床医师成长因素调查分析”;白海燕等的“基于WEBPAC的馆藏数字资源整合系统的设计与实现”;张晗等的“运用SWANSON的情报学方法挖掘科研机构的合作、交流方向”;刘岩等的“另类医学期刊的管理学与法学思考”。
会议由中华医学会主任委员王汝宽教授主持闭幕式，并宣布获得本次会议优秀大会交流论文和青年论坛作者的名单。会议在热烈的气氛中由参会的常委向获奖者颁发了获奖证书和奖金，对获奖者表示祝贺与鼓励。徐一新副主委做了学术总结，他分析了本次会议的学术特点，提出了明年年会的主题内容，号召大家积极准备参加明年的年会交流。
四、本次会议的主要特点
1、会议代表数量大
参加会议的代表共163位，是近年来参加会议代表数量最多的一次。参会代表平均年龄38岁，其中45岁以下代表84人，占总体参会人数的近52%.
2、学术报告突出时代特点和学术前沿
会议以多种方式向广大代表传播了国内外许多相关的重要信息。会议的专题报告宏观，综合，前沿并紧密结合国内、外医学科技界发展的现状和需要，特别是报告了生命科学研究理念和方法学革命及其影响，给参会代表在生命科学方面以全面系统的认识。
3、重视医学科技信息事业改革与发展
山东医药卫生科技信息研究所的交流论文“发挥优势开创医学科技信息事业新局面”。他们从落实科学发展观、加强重点学科建设、发挥传统项目优势、特别是人才培养方面提出加快科技信息事业发展。为其他医学信息所的改革与发展提供了很好的示范作用。
4、数字资源整合系统得到高度重视
图书馆的信息资源整合一直是图书馆事业研究的重点课题，特别是数字资源的整合更加迫切。所以，建立统一的数字图书馆门户软件和异构平台数据库跨库检索软件是最大限度提高数字图书馆资源利用率并增大社会效益的关键。
5、医学信息学的学科建设得到更深入的研究、医学信息学人才的培养得到高度重视
医学信息学是近几年来研究的热点。在本次学术会议上，医学信息学的学科建设引起了与会代表的热烈讨论。经教育部批准备案设立医药信息专业的高校已达近30所的规模，吉林大学公共卫生学院的王伟教授提出医药信息专业教育应从“信息管理和信息系统”向“医学信息学”转化。华中科技大学同济医学院的张士靖副教授认为:发挥中华医学会医学信息学分会的指导作用，编制我国医学信息学发展规划，制定符合医学信息学专业特点的课程体系和制订学科标准是当务之急。
6、情报调研和情报分析研究更加深入
在科技、社会、经济大发展的形势下，随着社会需求的不断增加和日益多样化，高层次化，医学情报调研分析研究越来越受到重视，在国家、部门、行业、企业、地区、科研机构、大学以及社会的决策咨询中发挥越来越大的作用，并从水平动态分析、专业情报研究向高层次化、综合性的决策研究，发展战略研究发展。特别是近几年在国家、部门和地区的中长期科技发展规划及“十一五”规划战略中发挥了重要作用，从前年、去年到本次的年会征文和报告中反映了这一情况。
7、医学信息学中的热点名词和术语不断涌现
在本次学术会议上，出现了频次非常多的热点名词和术语。如:SNOMED(人类与兽类医学系统术语)、BMKI(生物医学知识整合论)、OpenAccess(开放信息获取)、IPP(信息推拉技术)、WebPAC(利用Web技术的馆藏电子目录)、KDD(数据挖掘)、文本挖掘(texualmining)、RSS(丰富站点设计)、swanson(非相关文献间的情报分析研究方法)。这表明医学信息学正在向着更深技术方面发展。
8、医学期刊方面的研究成为本次会议的交流热点之一
会议论文中涉及科技期刊的现代服务理念、英文版医学期刊发展、电子文献数据库收录期刊的质量瑕疵及对策、科技期刊编辑的信息素养等方面的研究。特别是山东医药卫生科技信息研究所的论文“另类医学期刊的管理学与法学思考”，在论文交流中使用了大量翔实的数据揭示另类医学期刊现象引起的管理学和法学方面的思考，并提出对策建议，对国家相关行政管理部门有很好的启示作用。
9、青年论坛异彩纷呈年轻学者不断涌现
会议青年论坛的交流范围涉及面广，多媒体投影制作精良，交流报告的水平不断提高，展示了他们的聪明才智和学术造诣。一批有着较高学术水平和医学信息素养的年轻学者不断涌现，如中国医科大学的崔雷教授，他们正在成为医学信息事业的中坚力量和学术带头人，是医学信息事业兴旺发展的希望。
五、委员会、常委会会议情况
会议期间召开了中华医学会医学信息学分会全体委员会议和常委会议。
1、医学信息学分会全体委员会议的主要内容:
(1)听取医学信息分会常委兼秘书王铁城同志汇报第十一次学术会议的筹备情况;
(2)听取并热烈讨论了主任委员王汝宽教授做的20XX-20XX年度分会工作报告和20XX年学术工作计划;
(3)主任委员王汝宽教授在全委会议上宣布了增补代涛、王伟和董建成为医学信息学分会委员以及正在申办成立医学信息教育学学组;
(4)会议广泛听取了委员的建议。就学科建设方面，委员们建议成立相关学组，以促进学科的发展，学组既能独立开展学术活动，又能增强医学信息事业的凝聚力;
(5)建议学会设立科研项目，制订指导性科研课题，为快速培养年轻一代做出学会的贡献。
2、医学信息学分会常委会的主要内容:
(1)学科建设方面，拟成立医院信息系统学组，具体事项由董建成负责，与医学科学院信息所和北京大学医学部商议分别成立情报学组和图书馆学组，文献检索学组等有关事宜;
(2)加入国际医学信息组织方面，请副主委徐一新教授联系申请加入国际医学信息学会相关事宜;
(3)讨论并基本确定明年年会的基本内容和交流形式。
年会基本内容:医学信息资源的整合和统一检索平台的建设以及知识挖掘、知识发现和知识的整理;医学信息的个性化服务与虚拟参考咨询;医学情报分析研究;医学信息学教育;循证医学、数字图书馆统一门户软件以及统一检索平台建设方面的内容年会交流形式:在肯定近几年的办会形式后就明年会议的交流形式，常委们建议增加发言后的讨论时间，常委会议一致认为大会发言时间定为12分钟，讨论3分钟，青年论坛发言时间8分钟，讨论2分钟。会议地点初步定在西北地区。并尽可能在2月底之前发出第一轮年会会议征文预备通知。
医学信息学是信息技术学和各医疗卫生科学的交叉科学。医学信息学这一术语始于20世纪70年代后期。在此以前是用另一些术语表达的，如医学计算机科学，医学信息科学，计算机在医学中，卫生信息学，还有更为专一化的名词如护理信息学，牙科信息学等等。研究层次在信息学中，也许可以分出三个不同的研究层次：基础计算机科学、应用方法信息学以及应用信息学。医学信息系统的开发研究主要属于第三个层次。计算机科学研究所开发的软件功能越强大越全面，医学信息学越能开展其应用方法的研究。当然在这种专业性很强的研究中，需要专业知识的参与。数据标准信息技术在医疗机构正日益受到重视，并得到广泛应用。如何利用信息技术更好地为医院的医疗、科研和教学服务，已越来越为人们所关注。医学信息学即在这种背景下应运而生，国际上将其定义为“一门涉及医学实践、教育、科研中信息加工和信息交流的学科”，是医学、计算机学、人工智能、决策学、统计学和信息管理学的新兴交叉学科。医学信息学研究的最新进展，包括电子病历、医院信息系统、决策支持系统、影像信息技术、远程医疗与互联网以及数据标准。电子病历计算机化病历是医学信息学的一个重要研究方向。它是指存在一个系统中的电子病历，这个系统可支持使用者获得完整、准确的资料；提示和警示医疗人员；给予临床决策服务；连接管理、书刊目录、临床基础知识以及其他设备。电子病历的优点如下：完整的电子病历存储系统支持多个用户同时查看，保证个人医疗信息的共享与交流。通过网络，医师可以在家中或在世界任何一个角落随时获得患者的电子病历。同时可根据不同的用户给予不同的资料查询权限，从而保证了病历的安全性。授权用户在适当时间才能查看合适的病历。信息工具的基础此外，电子病历不再是一个被动的医疗记录。代写论文通过与图像信息的整合，可提供实时医疗监控，药物剂量查询等多种功能。电子病历已成为新兴信息技术和信息工具的基础。 电子病历可大致分为单机电子病历和网上电子病历两种。网上电子病历的优点是采用了ASP服务器提供全球性服务，安全性与数据完整性则由ASP供应商解决；缺点则是数据不在医师所工作的计算机上。医学用语的标准化虽然医疗界投入巨资，电子病历仍存在许多问题亟待解决。首先，病历数据的输入界面仍不够简单；其次，电子病历需要统一的医学用语标准。美国国家医学图书馆已制定出统一医学用语系统，这一系统包含了近一百万个术语描述医学概念。一旦该系统得以推广，将极大地促进全球医学用语的标准化。
医学信息杂志编辑委员会主办的国家级科技期刊《医学信息》杂志是中华人民共和国科技部主管、临床医学两大领域，栏目内容涵盖医学信息学
医学信息学杂志可以加急嘛主要从事期刊订阅及增值电信业务中的信息服务业务（互联网信息服务），并非《医学信息》杂志官网站。办理业务请联系杂志社。电话：，地址：陕西省西安市曲江新区雁翔路3001号旺座曲江B座3002室。 《医学信息》是经国家新闻出版广电总局审核批准的一本综合性医药卫生类学术期刊。曾荣获国家及省级多项荣誉。本刊旨在报道国内外医学信息学及临床医学领域领先的科研成果和临床经验，反映我国医学信息学、临床医学与科研工作的重大进展，促进国内外学术交流。 遵守党和国家的卫生工作方针政策,贯彻理论与实践相结合的方针,反映我国医学信息学及临床医学与科研工作的重大进展,促进国内外学术交流,坚持主要从事期刊订阅及增值电信业务中的信息服务业务（互联网信息服务），并非《医学信息》杂志官网站。办理业务请联系杂志社。电话：，地址：陕西省西安市曲江新区雁翔路3001号旺座曲江B座3002室。 《医学信息》是经国家新闻出版广电总局审核批准的一本综合性医药卫生类学术期刊。曾荣获国家及省级多项荣誉。本刊旨在报道国内外医学信息学及临床医学领域领先的科研成果和临床经验，反映我国医学信息学、临床医学与科研工作的重大进展，促进国内外学术交流。 遵守党和国家的卫生工作方针政策,贯彻理论与实践相结合的方针,反映我国医学信息学及临床医学与科研工作的重大进展,促进国内外学术交流,坚持
《医学信息》杂志是中华人民共和国科技部主管、医学信息杂志编辑委员会主办的国家级科技期刊，栏目内容涵盖医学信息学、临床医学两大领域。
《医学信息学》是核心期刊，《医学信息》是普刊。
1,序列比对(Sequence Alignment) 序列比对的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性.从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列.在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA序列中的信息成分序列比对考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括全局对齐,局部对齐,代沟惩罚等.两个序列比对常采用动态规划算法,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),这一方法就不太适用,甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效.因此,启发式方法的引入势在必然,著名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的. 2, 蛋白质结构比对和预测 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性.蛋白质的结构与功能是密切相关的,一般认为,具有相似功能的蛋白质结构一般相似.蛋白质是由氨基酸组成的长链,长度从50到1000~3000AA(Amino Acids),蛋白质具有多种功能,如酶,物质的存贮和运输,信号传递,抗体等等.氨基酸的序列内在的决定了蛋白质的3维结构.一般认为,蛋白质有四级不同的结构.研究蛋白质结构和预测的理由是:医药上可以理解生物的功能,寻找dockingdrugs的目标,农业上获得更好的农作物的基因工程,工业上有利用酶的合成.直接对蛋白质结构进行比对的原因是由于蛋白质的3维结构比其一级结构在进化中更稳定的保留,同时也包含了较AA序列更多的信息.蛋白质3维结构研究的前提假设是内在的氨基酸序列与3维结构一一对应(不一定全真),物理上可用最小能量来解释.从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构.同源建模(homology modeling)和指认(Threading)方法属于这一范畴.同源建模用于寻找具有高度相似性的蛋白质结构(超过30%氨基酸相同),后者则用于比较进化族中不同的蛋白质结构.然而,蛋白结构预测研究现状还远远不能满足实际需要. 3, 基因识别,非编码区分析研究. 基因识别的基本问题是给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.非编码区由内含子组成(introns),一般在形成蛋白质后被丢弃,但从实验中,如果去除非编码区,又不能完成基因的复制.显然,DNA序列作为一种遗传语言,既包含在编码区,又隐含在非编码序列中.分析非编码区DNA序列目前没有一般性的指导方法.在人类基因组中,并非所有的序列均被编码,即是某种蛋白质的模板,已完成编码部分仅占人类基因总序列的3~5%,显然,手工的搜索如此大的基因序列是难以想象的.侦测密码区的方法包括测量密码区密码子(codon)的频率,一阶和二阶马尔可夫链,ORF(Open Reading Frames),启动子(promoter)识别,HMM(Hidden Markov Model)和GENSCAN,Splice Alignment等等. 4, 分子进化和比较基因组学 分子进化是利用不同物种中同一基因序列的异同来研究生物的进化,构建进化树.既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做,甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化,其前提假定是相似种族在基因上具有相似性.通过比较可以在基因组层面上发现哪些是不同种族中共同的,哪些是不同的.早期研究方法常采用外在的因素,如大小,肤色,肢体的数量等等作为进化的依据.近年来较多模式生物基因组测序任务的完成,人们可从整个基因组的角度来研究分子进化.在匹配不同种族的基因时,一般须处理三种情况:Orthologous: 不同种族,相同功能的基因；Paralogous: 相同种族,不同功能的基因；Xenologs: 有机体间采用其他方式传递的基因,如被病毒注入的基因.这一领域常采用的方法是构造进化树,通过基于特征(即DNA序列或蛋白质中的氨基酸的碱基的特定位置)和基于距离(对齐的分数)的方法和一些传统的聚类方法(如UPGMA)来实现. 5, 序列重叠群(Contigs)装配 根据现行的测序技术,每次反应只能测出500 或更多一些碱基对的序列,如人类基因的测量就采用了短枪(shortgun)方法,这就要求把大量的较短的序列全体构成了重叠群(Contigs).逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群,直至得到完整序列的过程称为重叠群装配.从算法层次来看,序列的重叠群是一个NP-完全问题. 6, 遗传密码的起源 通常对遗传密码的研究认为,密码子与氨基酸之间的关系是生物进化历史上一次偶然的事件而造成的,并被固定在现代生物的共同祖先里,一直延续至今.不同于这种"冻结"理论,有人曾分别提出过选择优化,化学和历史等三种学说来解释遗传密码.随着各种生物基因组测序任务的完成,为研究遗传密码的起源和检验上述理论的真伪提供了新的素材. 7, 基于结构的药物设计 人类基因工程的目的之一是要了解人体内约10万种蛋白质的结构,功能,相互作用以及与各种人类疾病之间的关系,寻求各种治疗和预防方法,包括药物治疗.基于生物大分子结构及小分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域.为了抑制某些酶或蛋白质的活性,在已知其蛋白质3级结构的基础上,可以利用分子对齐算法,在计算机上设计抑制剂分子,作为候选药物.这一领域目的是发现新的基因药物,有着巨大的经济效益. 8.生物系统的建模和仿真 随着大规模实验技术的发展和数据累积，从全局和系统水平研究和分析生物学系统，揭示其发展规律已经成为后基因组时代的另外一个研究 热点-系统生物学。目前来看，其研究内容包括生物系统的模拟（Curr Opin Rheumatol，2007，463-70），系统稳定性分析（Nonlinear Dynamics Psychol Life Sci，2007，413-33），系统鲁棒性分析（Ernst Schering Res Found Workshop， 2007，69-88）等方面。以SBML（Bioinformatics，2007，1297-8）为代表的建模语言在迅速发展之中，以布尔网络 （PLoS Comput Biol，2007，e163）、微分方程（Mol Biol Cell，2004，3841-62）、随机过程（Neural Comput，2007，3262-92）、离散动态事件系统等（Bioinformatics，2007，336-43）方法在系统分析中已经得到应 用。很多模型的建立借鉴了电路和其它物理系统建模的方法，很多研究试图从信息流、熵和能量流等宏观分析思想来解决系统的复杂性问题（Anal Quant Cytol Histol，2007，296-308）。当然，建立生物系统的理论模型还需要很长时间的努力，现在实验观测数据虽然在海量增加，但是生物系统的模型辨 识所需要的数据远远超过了目前数据的产出能力。例如，对于时间序列的芯片数据，采样点的数量还不足以使用传统的时间序列建模方法，巨大的实验代价是目前系 统建模主要困难。系统描述和建模方法也需要开创性的发展。 9.生物信息学技术方法的研究 生物信息学不仅仅是生物学知识的简单整理和、数学、物理学、信息科学等学科知识的简单应用。海量数据和复杂的背景导致机器学习、统 计数据分析和系统描述等方法需要在生物信息学所面临的背景之中迅速发展。巨大的计算量、复杂的噪声模式、海量的时变数据给传统的统计分析带来了巨大的困难， 需要像非参数统计（BMC Bioinformatics，2007，339）、聚类分析（Qual Life Res，2007，1655-63）等更加灵活的数据分析技术。高维数据的分析需要偏最小二乘（partial least squares，PLS）等特征空间的压缩技术。在计算机算法的开发中，需要充分考虑算法的时间和空间复杂度，使用并行计算、网格计算等技术来拓展算法的 可实现性。 10, 生物图像 没有血缘关系的人，为什么长得那么像呢？ 外貌是像点组成的，像点愈重合两人长得愈像，那两个没有血缘关系的人像点为什么重合？ 有什么生物学基础？基因是不是相似？我不知道，希望专家解答。 11, 其他 如基因表达谱分析,代谢网络分析;基因芯片设计和蛋白质组学数据分析等,逐渐成为生物信息学中新兴的重要研究领域;在学科方面,由生物信息学衍生的学科包括结构基因组学,功能基因组学,比较基因组学,蛋白质学,药物基因组学,中药基因组学,肿瘤基因组学,分子流行病学和环境基因组学,成为系统生物学的重要研究方法.从现在的发展不难看出,基因工程已经进入了后基因组时代.我们也有应对与生物信息学密切相关的如机器学习,和数学中可能存在的误导有一个清楚的认识.
生物信息学毕业论文，如果你有范文的话，格式肯定就不用找了，但是选题就不行，必须要你导师认可了才行，我是在志文网写的，我写的是生物芯片技术中的应用方面的，生物信息学结合的，已经拿到了参考文献还有资料。
生信分析论文写法如下：
这次我们来讲解的这边文献是 2019-10-12 发表的 OTT 杂志上的一篇生信加少量实验验证的文章。实话实说，目前对于生信最最最基本的，如果没有实验验证还是不好发文章的。所以一般都会加一些实验验证的。
这个文章的主要流程是个这样的:这里我们就基于文童的材料方法来说一下具体的内容:公共数据获取：当中关于公共数据获取部分提到了这些东西。使用了 GEO 数据库来进行候选数据筛选。
这 GEO 里面找到了三个芯片，其中描述了这三个芯片的平台。差异表达分析：作者使用了 GEO2R 来进行数据的筛选。富集分析：接着作者对差异表达的基因进行了富集分析，其中包括 GO 分析和 KEGG 分析。
作者使用的富集分析的软件是 DAVID，这个软件我们也吐槽过说，更新不及时，是很好用，所以推荐是 WebSestalt 富集分析软件，或者 clusterprofiler。蛋白相互作用分析：5TCGA 数据库验证再往下作者做的其实是 TCGA 的数据库验证，但是在材料方法里面没写。我们可以在结果当中具体的过程。
对于肿瘤研究，现在如果只是用 GEO 数据集分析，不用 TCGA 再看一下的话，都觉得不好意思，所以一般的肿瘤研究可能都会用到 TCGA 的验证的。其目的也就类似于多加了一个数据集来增加结果准确性。但是对于 TCGA 有些肿瘤正常样本很少。分析的结果可能偏差更大。文章使用的 GEPIA 的数据库。这个数据库对于查询 TCGA 表达结果还是很好用的，简单上手。
核心基因甲基化相关分析：在核心基因选择之后，利用了 TCGA 的甲基化数据MEXPRESS 来查看基因的田基化水平有没有变化。由于版本的更新。现在的这个数据库的 版本的结果会比之前的更加详细一些。
生物信息学我有来头
给你两个网站吧,里面有些范文
谁一个、、论文不才交么……生物信息在生物学研究中的作用。生物信息是指生物体中包含的全部信息，如基因组信息、蛋白质、核酸、糖类等生物大分子的结构等。生物信息对生物体的生存、繁殖都起着重要作用。生物信息包含的范围很广，除遗传物质、神经电冲动和激素之外，生物体发出的声音、气味、颜色以及生物的行为本身都含有信息，都对生物的个体和群体产生影响，和生物的生存与进化密不可分。生物信息的特点是消耗极少的能量和物质即可产生极大的生物效应。生物信息一般可分为遗传信息、神经和感觉信息及化学信息。虽然遗传信息和神经感觉信息的载体都属于化学物质，但通常所指的化学信息是除以上两类物质以外的化学物质所携带和传递的信息。高等生物的激素及昆虫外激素都属于这一类。遗传信息是指生物为复制与自己相同的东西、由亲代传递给子代、或各细胞每次分裂时由细胞传递给细胞的信息, 即碱基对的排列顺序(或指DNA分子的脱氧核苷酸的排列顺序） 。遗传信息以密码形式存储在DNA分子上，通过DNA的复制传递给子代。在后代生长发育过程中，遗传信息自DNA转录给RNA，后翻译成特异的蛋白质，以执行各种生命功能。从历史上看，首先是由（1866）的研究形成了概念，即相应于生物各种性状的因素（现在称为基因）中包含着相应的信息（以后等人（1941）所开创了遗传生物化学的研究，描绘出这样一个轮廓：基因和决定生物结构与功能的蛋白质之间具有一对一的对应关系。 关于基因的化学本质方面，根据等（1944）进行的转化实验，以及和（1952）用大肠杆菌噬菌体的DNA进行的性状表达实验，已阐明DNA是遗传信息的载体。附着DNA结构研究的进展，现在已经确立了这样的概念，即基因所具有的信息可将DNA的碱基排列进行符号化。信息在表达时，DNA的碱基排列首先被转录成RNA的碱基排列，然后再根据这种排列合成蛋白质。有的病毒的遗传信息的载体不是DNA，而是RNA。遗传信息不仅有相应于蛋白质的基因信息，也包括对信息解读所必需的信息、控制信息表达所必需的信息，以及生物为了复制与自己相同结构所必需的一切信息。神经和感觉信息靠电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统接受内外环境中的信息，进行加工处理，调节和控制机体各部分功能。生物靠神经系统电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统的功能是接收、传递内外环境中的信息，加以处理、分析,从而控制和调节机体各部功能,对环境作出适当的反应。因此，神经信息对于有机体的生存以及正常生活起着至关重要的作用。化学信息是除上述两类物质外由化学介质传递的信息。生物体的各种功能能够有条不紊地进行，对环境能及时做出反应，是由于生物体内存在着通过各种各样的化学信息分子进行传递的信息系统。生物信息在生物研究中有重要作用，然而，原始的生物信息资源挖掘出来后，生命科学工作者面临着严峻的挑战：数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息？基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育？基因组本身又是怎样进化的？生物信息学产业的高级阶段体现于此，人类从此进入了以生物信息学为中心的后基因组时代。结合生物信息学的新药创新工程即是这一阶段的典型应用。因此，生物信息学便是生物信息在生物研究中重要应用。 生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。生物信息学研究对象是生物信息。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白学两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。 具体而言，生物信息学作为一门新的学科领域，它是把基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看，生物信息学应包括这3个主要部分：(1)新算法和统计学方法研究；(2)各类数据的分析和解释；(3)研制有效利用和管理数据新工具。 生物信息学作为基因组研究的有力武器，被广泛地用来加快新基因的寻找过程，以达到将“有用”新基因抢先注册专利的目的。在这场世界范围内的竞争中，中国科学家以及科研资金投向的决策部门如何结合我国科研水平的现状、优势领域等客观情况将有限的投资投入以求获得最大可能的科学研究以及商业回报，是一个无法回避的新课题。 生物信息学的主要研究方向： 基因组学 - 蛋白质组学 - 系统生物学 - 比较基因组学，随着包括人类基因组计划在内的生物基因组测序工程的里程碑式的进展，由此产生的包括生物体生老病死的生物数据以前所未有的速度递增，目前已达到每14个月翻一番的速度。同时随着互联网的普及，数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。然而这些仅仅是原始生物信息的获取，是生物信息学产业发展的初组阶段，这一阶段的生物信息学企业大都以出售生物数据库为生。以人类基因组测序而闻名的塞莱拉公司即是这一阶段的成功代表。 综上所述,对生物信息的研究对生物学的蓬勃发展具有重要作用。
一, 生物信息学发展简介生物信息学是建立在分子生物学的基础上的,因此,要了解生物信息学,就必须先对分子生物学的发展有一个简单的了解.研究生物细胞的生物大分子的结构与功能很早就已经开始,1866年孟德尔从实验上提出了假设:基因是以生物成分存在[1],1871年Miescher从死的白细胞核中分离出脱氧核糖核酸(DNA),在Avery和McCarty于1944年证明了DNA是生命器官的遗传物质以前,人们仍然认为染色体蛋白质携带基因,而DNA是一个次要的角色.1944年Chargaff发现了著名的Chargaff规律,即DNA中鸟嘌呤的量与胞嘧定的量总是相等,腺嘌呤与胸腺嘧啶的量相等.与此同时,Wilkins与Franklin用X射线衍射技术测定了DNA纤维的结构.1953年James Watson 和FrancisCrick在Nature杂志上推测出DNA的三维结构(双螺旋).DNA以磷酸糖链形成发双股螺旋,脱氧核糖上的碱基按Chargaff规律构成双股磷酸糖链之间的碱基对.这个模型表明DNA具有自身互补的结构,根据碱基对原则,DNA中贮存的遗传信息可以精确地进行复制.他们的理论奠定了分子生物学的基础.DNA双螺旋模型已经预示出了DNA复制的规则,Kornberg于1956年从大肠杆菌()中分离出DNA聚合酶I(DNA polymerase I),能使4种dNTP连接成的复制需要一个DNA作为模板.Meselson与Stahl(1958)用实验方法证明了DNA复制是一种半保留复制.Crick于1954年提出了遗传信息传递的规律,DNA是合成RNA的模板,RNA又是合成蛋白质的模板,称之为中心法则(Central dogma),这一中心法则对以后分子生物学和生物信息学的发展都起到了极其重要的指导作用.经过Nirenberg和Matthai(1963)的努力研究,编码20氨基酸的遗传密码得到了破译.限制性内切酶的发现和重组DNA的克隆(clone)奠定了基因工程的技术基础.正是由于分子生物学的研究对生命科学的发展有巨大的推动作用,生物信息学的出现也就成了一种必然.2001年2月,人类基因组工程测序的完成,使生物信息学走向了一个高潮.由于DNA自动测序技术的快速发展,DNA数据库中的核酸序列公共数据量以每天106bp速度增长,生物信息迅速地膨胀成数据的海洋.毫无疑问,我们正从一个积累数据向解释数据的时代转变,数据量的巨大积累往往蕴含着潜在突破性发现的可能,"生物信息学"正是从这一前提产生的交叉学科.粗略地说,该领域的核心内容是研究如何通过对DNA序列的统计计算分析,更加深入地理解DNA序列,结构,演化及其与生物功能之间的关系,其研究课题涉及到分子生物学,分子演化及结构生物学,统计学及计算机科学等许多领域.生物信息学是内涵非常丰富的学科,其核心是基因组信息学,包括基因组信息的获取,处理,存储,分配和解释.基因组信息学的关键是"读懂"基因组的核苷酸顺序,即全部基因在染色体上的确切位置以及各DNA片段的功能;同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行药物设计[2].了解基因表达的调控机理也是生物信息学的重要内容,根据生物分子在基因调控中的作用,描述人类疾病的诊断,治疗内在规律.它的研究目标是揭示"基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律",解释生命的遗传语言.生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分,成为生命科学研究的前沿.二, 生物信息学的主要研究方向生物信息学在短短十几年间,已经形成了多个研究方向,以下简要介绍一些主要的研究重点.1,序列比对(Sequence Alignment)序列比对的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性.从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义[3]:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列.在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA序列中的信息成分序列比对考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括全局对齐,局部对齐,代沟惩罚等.两个序列比对常采用动态规划算法,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),这一方法就不太适用,甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效.因此,启发式方法的引入势在必然,著名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的.2, 蛋白质结构比对和预测基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性.蛋白质的结构与功能是密切相关的,一般认为,具有相似功能的蛋白质结构一般相似.蛋白质是由氨基酸组成的长链,长度从50到1000~3000AA(Amino Acids),蛋白质具有多种功能,如酶,物质的存贮和运输,信号传递,抗体等等.氨基酸的序列内在的决定了蛋白质的3维结构.一般认为,蛋白质有四级不同的结构.研究蛋白质结构和预测的理由是:医药上可以理解生物的功能,寻找dockingdrugs的目标,农业上获得更好的农作物的基因工程,工业上有利用酶的合成.直接对蛋白质结构进行比对的原因是由于蛋白质的3维结构比其一级结构在进化中更稳定的保留,同时也包含了较AA序列更多的信息.蛋白质3维结构研究的前提假设是内在的氨基酸序列与3维结构一一对应(不一定全真),物理上可用最小能量来解释.从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构.同源建模(homology modeling)和指认(Threading)方法属于这一范畴.同源建模用于寻找具有高度相似性的蛋白质结构(超过30%氨基酸相同),后者则用于比较进化族中不同的蛋白质结构.然而,蛋白结构预测研究现状还远远不能满足实际需要.3, 基因识别,非编码区分析研究.基因识别的基本问题是给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.非编码区由内含子组成(introns),一般在形成蛋白质后被丢弃,但从实验中,如果去除非编码区,又不能完成基因的复制.显然,DNA序列作为一种遗传语言,既包含在编码区,又隐含在非编码序列中.分析非编码区DNA序列目前没有一般性的指导方法.在人类基因组中,并非所有的序列均被编码,即是某种蛋白质的模板,已完成编码部分仅占人类基因总序列的3~5%,显然,手工的搜索如此大的基因序列是难以想象的.侦测密码区的方法包括测量密码区密码子(codon)的频率,一阶和二阶马尔可夫链,ORF(Open Reading Frames),启动子(promoter)识别,HMM(HiddenMarkov Model)和GENSCAN,Splice Alignment等等.4, 分子进化和比较基因组学分子进化是利用不同物种中同一基因序列的异同来研究生物的进化,构建进化树.既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做,甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化,其前提假定是相似种族在基因上具有相似性.通过比较可以在基因组层面上发现哪些是不同种族中共同的,哪些是不同的.早期研究方法常采用外在的因素,如大小,肤色,肢体的数量等等作为进化的依据.近年来较多模式生物基因组测序任务的完成,人们可从整个基因组的角度来研究分子进化.在匹配不同种族的基因时,一般须处理三种情况:Orthologous: 不同种族,相同功能的基因Paralogous: 相同种族,不同功能的基因Xenologs: 有机体间采用其他方式传递的基因,如被病毒注入的基因.这一领域常采用的方法是构造进化树,通过基于特征(即DNA序列或蛋白质中的氨基酸的碱基的特定位置)和基于距离(对齐的分数)的方法和一些传统的聚类方法(如UPGMA)来实现.5, 序列重叠群(Contigs)装配根据现行的测序技术,每次反应只能测出500 或更多一些碱基对的序列,如人类基因的测量就采用了短枪(shortgun)方法,这就要求把大量的较短的序列全体构成了重叠群(Contigs).逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群,直至得到完整序列的过程称为重叠群装配.从算法层次来看,序列的重叠群是一个NP-完全问题.6, 遗传密码的起源通常对遗传密码的研究认为,密码子与氨基酸之间的关系是生物进化历史上一次偶然的事件而造成的,并被固定在现代生物的共同祖先里,一直延续至今.不同于这种"冻结"理论,有人曾分别提出过选择优化,化学和历史等三种学说来解释遗传密码.随着各种生物基因组测序任务的完成,为研究遗传密码的起源和检验上述理论的真伪提供了新的素材.7, 基于结构的药物设计人类基因工程的目的之一是要了解人体内约10万种蛋白质的结构,功能,相互作用以及与各种人类疾病之间的关系,寻求各种治疗和预防方法,包括药物治疗.基于生物大分子结构及小分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域.为了抑制某些酶或蛋白质的活性,在已知其蛋白质3级结构的基础上,可以利用分子对齐算法,在计算机上设计抑制剂分子,作为候选药物.这一领域目的是发现新的基因药物,有着巨大的经济效益.8, 其他如基因表达谱分析,代谢网络分析;基因芯片设计和蛋白质组学数据分析等,逐渐成为生物信息学中新兴的重要研究领域;在学科方面,由生物信息学衍生的学科包括结构基因组学,功能基因组学,比较基因组学,蛋白质学,药物基因组学,中药基因组学,肿瘤基因组学,分子流行病学和环境基因组学.从现在的发展不难看出,基因工程已经进入了后基因组时代.我们也有应对与生物信息学密切相关的如机器学习,和数学中可能存在的误导有一个清楚的认识.三, 生物信息学与机器学习生物信息的大规模给数据挖掘提出了新课题和挑战,需要新的思想的加入.常规的计算机算法仍可以应用于生物数据分析中,但越来越不适用于序列分析问题.究竟原因,是由于生物系统本质上的模型复杂性及缺乏在分子层上建立的完备的生命组织理论.西蒙曾给出学习的定义:学习是系统的变化,这种变化可使系统做相同工作时更有效[4].机器学习的目的是期望能从数据中自动地获得相应的理论,通过采用如推理,模型拟合及从样本中学习,尤其适用于缺乏一般性的理论,"噪声"模式,及大规模数据集.因此,机器学习形成了与常规方法互补的可行的方法.机器学习使得利用计算机从海量的生物信息中提取有用知识,发现知识成为可能[5].机器学习方法在大样本,多向量的数据分析工作中发挥着日益重要的作用,而目前大量的基因数据库处理需要计算机能自动识别,标注,以避免即耗时又花费巨大的人工处理方法.早期的科学方法—观测和假设----面对高数据的体积,快速的数据获取率和客观分析的要求---已经不能仅依赖于人的感知来处理了.因而,生物信息学与机器学习相结合也就成了必然.机器学习中最基本的理论框架是建立在概率基础上的,从某种意义来说,是统计模型拟合的延续,其目的均为提取有用信息.机器学习与模式识别和统计推理密切相关.学习方法包括数据聚类,神经网络分类器和非线性回归等等.隐马尔可夫模型也广泛用于预测DNA的基因结构.目前研究重心包括:1)观测和探索有趣的现象.目前ML研究的焦点是如何可视化和探索高维向量数据.一般的方法是将其约简至低维空间,如常规的主成分分析(PCA),核主成分分析(KPCA),独立成分分析(Independent component analysis),局部线性嵌套(LocallyLinear embedding).2)生成假设和形式化模型来解释现象[6].大多数聚类方法可看成是拟合向量数据至某种简单分布的混合.在生物信息学中聚类方法已经用于microarray数据分析中,癌症类型分类及其他方向中.机器学习也用于从基因数据库中获得相应的现象解释.机器学习加速了生物信息学的进展,也带了相应的问题.机器学习方法大多假定数据符合某种相对固定的模型,而一般数据结构通常是可变的,在生物信息学中尤其如此,因此,有必要建立一套不依赖于假定数据结构的一般性方法来寻找数据集的内在结构.其次,机器学习方法中常采用"黑箱"操作,如神经网络和隐马尔可夫模型,对于获得特定解的内在机理仍不清楚.四, 生物信息学的数学问题生物信息学中数学占了很大的比重.统计学,包括多元统计学,是生物信息学的数学基础之一;概率论与随机过程理论,如近年来兴起的隐马尔科夫链模型(HMM),在生物信息学中有重要应用;其他如用于序列比对的运筹学;蛋白质空间结构预测和分子对接研究中采用的最优化理论;研究DNA超螺旋结构的拓扑学;研究遗传密码和DNA序列的对称性方面的群论等等.总之,各种数学理论或多或少在生物学研究中起到了相应的作用.但并非所有的数学方法在引入生物信息学中都能普遍成立的,以下以统计学和度量空间为例来说明.1, 统计学的悖论数学的发展是伴随悖论而发展的.对于进化树研究和聚类研究中最显著的悖论莫过于均值了,如图1:图1 两组同心圆的数据集图1是两组同心圆构成的数据集,显然,两组数据集的均值均在圆点,这也就说明了要采用常规的均值方法不能将这两类分开,也表明均值并不能带来更多的数据的几何性质.那么,如果数据呈现类似的特有分布时,常有的进化树算法和聚类算法(如K-均值)往往会得错误的结论.统计上存在的陷阱往往是由于对数据的结构缺乏一般性认识而产生的.2, 度量空间的假设在生物信息学中,进化树的确立,基因的聚类等都需要引入度量的概念.举例来说,距离上相近或具有相似性的基因等具有相同的功能,在进化树中满足分值最小的具有相同的父系,这一度量空间的前提假设是度量在全局意义下成立.那么,是否这种前提假设具有普适性呢我们不妨给出一般的描述:假定两个向量为A,B,其中,,则在假定且满足维数间线性无关的前提下,两个向量的度量可定义为:(1)依据上式可以得到满足正交不变运动群的欧氏度量空间,这也是大多数生物信息学中常采用的一般性描述,即假定了变量间线性无关.然而,这种假设一般不能正确描述度量的性质,尤其在高维数据集时,不考虑数据变量间的非线性相关性显然存在问题,由此,我们可以认为,一个正确的度量公式可由下式给出:(2)上式中采用了爱因斯坦和式约定,描述了变量间的度量关系.后者在满足(3)时等价于(1),因而是更一般的描述,然而问题在于如何准确描述变量间的非线性相关性,我们正在研究这个问题.五, 几种统计学习理论在生物信息学中应用的困难生物信息学中面对的数据量和数据库都是规模很大的,而相对的目标函数却一般难以给出明确的定义.生物信息学面临的这种困难,可以描述成问题规模的巨大以及问题定义的病态性之间的矛盾,一般从数学上来看,引入某个正则项来改善性能是必然的[7].以下对基于这一思想产生的统计学习理论[8],Kolmogorov复杂性[98]和BIC(Bayesian Information Criterion)[109]及其存在的问题给出简要介绍.支持向量机(SVM)是近来较热门的一种方法,其研究背景是Vapnik的统计学习理论,是通过最大化两个数据集的最大间隔来实现分类,对于非线性问题则采用核函数将数据集映射至高维空间而又无需显式描述数据集在高维空间的性质,这一方法较之神经方法的好处在于将神经网络隐层的参数选择简化为对核函数的选择,因此,受到广泛的注意.在生物信息学中也开始受到重视,然而,核函数的选择问题本身是一个相当困难的问题,从这个层次来看,最优核函数的选择可能只是一种理想,SVM也有可能象神经网络一样只是机器学习研究进程中又一个大气泡.Kolmogorov复杂性思想与统计学习理论思想分别从不同的角度描述了学习的性质,前者从编码的角度,后者基于有限样本来获得一致收敛性.Kolmogorov复杂性是不可计算的,因此由此衍生了MDL原则(最小描述长度),其最初只适用于离散数据,最近已经推广至连续数据集中,试图从编码角度获得对模型参数的最小描述.其缺陷在于建模的复杂性过高,导致在大数据集中难以运用.BIC准则从模型复杂性角度来考虑,BIC准则对模型复杂度较高的给予大的惩罚,反之,惩罚则小,隐式地体现了奥卡姆剃刀("Occam Razor")原理,近年也广泛应用于生物信息学中.BIC准则的主要局限是对参数模型的假定和先验的选择的敏感性,在数据量较大时处理较慢.因此,在这一方面仍然有许多探索的空间.六, 讨论与总结人类对基因的认识,从以往的对单个基因的了解,上升到在整个基因组水平上考察基因的组织结构和信息结构,考察基因之间在位置,结构和功能上的相互关系.这就要求生物信息学在一些基本的思路上要做本质的观念转变,本节就这些问题做出探讨和思索.启发式方法:Simond在人类的认知一书中指出,人在解决问题时,一般并不去寻找最优的方法,而只要求找到一个满意的方法.因为即使是解决最简单的问题,要想得到次数最少,效能最高的解决方法也是非常困难的.最优方法和满意方法之间的困难程度相差很大,后者不依赖于问题的空间,不需要进行全部搜索,而只要能达到解决的程度就可以了.正如前所述,面对大规模的序列和蛋白质结构数据集,要获得全局结果,往往是即使算法复杂度为线性时也不能够得到好的结果,因此,要通过变换解空间或不依赖于问题的解空间获得满意解,生物信息学仍需要人工智能和认知科学对人脑的进一步认识,并从中得到更好的启发式方法.问题规模不同的处理:Marvin Minsky在人工智能研究中曾指出:小规模数据量的处理向大规模数据量推广时,往往并非算法上的改进能做到的,更多的是要做本质性的变化.这好比一个人爬树,每天都可以爬高一些,但要想爬到月球,就必须采用其他方法一样.在分子生物学中,传统的实验方法已不适应处理飞速增长的海量数据.同样,在采用计算机处理上,也并非依靠原有的计算机算法就能够解决现有的数据挖掘问题.如在序列对齐(sequence Alignment)问题上,在小规模数据中可以采用动态规划,而在大规模序列对齐时不得不引入启发式方法,如BALST,FASTA.乐观中的隐扰生物信息学是一门新兴学科,起步于20世纪90年代,至今已进入"后基因组时代",目前在这一领域的研究人员均呈普遍乐观态度,那么,是否存在潜在的隐扰呢不妨回顾一下早期人工智能的发展史[11],在1960年左右,西蒙曾相信不出十年,人类即可象完成登月一样完成对人的模拟,造出一个与人智能行为完全相同的机器人.而至今为止,这一诺言仍然遥遥无期.尽管人工智能研究得到的成果已经渗入到各个领域,但对人的思维行为的了解远未完全明了.从本质来看,这是由于最初人工智能研究上定位错误以及没有从认识论角度看清人工智能的本质造成的;从研究角度来看,将智能行为还原成一般的形式化语言和规则并不能完整描述人的行为,期望物理科学的成功同样在人工智能研究中适用并不现实.反观生物信息学,其目的是期望从基因序列上解开一切生物的基本奥秘,从结构上获得生命的生理机制,这从哲学上来看是期望从分子层次上解释人类的所有行为和功能和致病原因.这类似于人工智能早期发展中表现的乐观行为,也来自于早期分子生物学,生物物理和生物化学的成就.然而,从本质上来讲,与人工智能研究相似,都是希望将生命的奥秘还原成孤立的基因序列或单个蛋白质的功能,而很少强调基因序列或蛋白质组作为一个整体在生命体中的调控作用.我们因此也不得不思考,这种研究的最终结果是否能够支撑我们对生物信息学的乐观呢 现在说肯定的话也许为时尚早.综上所述,不难看出,生物信息学并不是一个足以乐观的领域,究竟原因,是由于其是基于分子生物学与多种学科交叉而成的新学科,现有的形势仍表现为各种学科的简单堆砌,相互之间的联系并不是特别的紧密.在处理大规模数据方面,没有行之有效的一般性方法;而对于大规模数据内在的生成机制也没有完全明了,这使得生物信息学的研究短期内很难有突破性的结果.那么,要得到真正的解决,最终不能从计算机科学得到,真正地解决可能还是得从生物学自身,从数学上的新思路来获得本质性的动力.毫无疑问,正如Dulbecco1986年所说:"人类的DNA序列是人类的真谛,这个世界上发生的一切事情,都与这一序列息息相关".但要完全破译这一序列以及相关的内容,我们还有相当长的路要走.（来源 ------[ | 生物信息学研讨组]）生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学(Genomics)和蛋白学(Proteomics)两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是因特网技术）的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。1990年代以来，伴随着各种基因组测序计划的展开和分子结构测定技术的突破和Internet的普及，数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。对生物信息学工作者提出了严峻的挑战：数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息？基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育？基因组本身又是怎样进化的？生物信息学的另一个挑战是从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质结构。这个难题已困扰理论生物学家达半个多世纪，如今找到问题答案要求正变得日益迫切。诺贝尔奖获得者W. Gilbert在1991年曾经指出：“传统生物学解决问题的方式是实验的。现在，基于全部基因都将知晓，并以电子可操作的方式驻留在数据库中，新的生物学研究模式的出发点应是理论的。一个科学家将从理论推测出发，然后再回到实验中去，追踪或验证这些理论假设”。生物信息学的主要研究方向： 基因组学 - 蛋白质组学 - 系统生物学 - 比较基因组学 姑且不去引用生物信息学冗长的定义，以通俗的语言阐述其核心应用即是：随着包括人类基因组计划在内的生物基因组测序工程的里程碑式的进展，由此产生的包括生物体生老病死的生物数据以前所未有的速度递增，目前已达到每14个月翻一番的速度。同时随着互联网的普及，数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。然而这些仅仅是原始生物信息的获取，是生物信息学产业发展的初组阶段，这一阶段的生物信息学企业大都以出售生物数据库为生。以人类基因组测序而闻名的塞莱拉公司即是这一阶段的成功代表。 原始的生物信息资源挖掘出来后，生命科学工作者面临着严峻的挑战：数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息？基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育？基因组本身又是怎样进化的？生物信息学产业的高级阶段体现于此，人类从此进入了以生物信息学为中心的后基因组时代。结合生物信息学的新药创新工程即是这一阶段的典型应用。
微生物技术在城市生活垃圾处理中的应用 摘要：本文结合堆肥化、卫生填埋两种现行的城市生活垃圾处理工艺，主要介绍了城市生活垃圾生物处理过程中的微生物种群，以及通过分析开发出的新的微生物技术，指出了应用于城市生活垃圾处理的高效的微生物技术的研究方向。 关键词：城市生活垃圾 微生物 强化微生物处理技术 基因工程 ; 随着城市化进程在全球范围的加速，城市化带来的污染和人类聚居状况恶化等问题，已成为世界各国共同关心的问题。城市生活垃圾（Municipal solid waste, 简称MSW）是在城市日常生活及为城市生活提供服务的活动中产生的固体废弃物，是城市环境的主要污染物之一。目前，城市生活垃圾处理处置的方法主要包括卫生填埋（Sanitary landfill）、堆肥化(Composting)、焚烧(Incineration)三种，其中前两种处理方式均属于生物处理技术。具体来说，MSW生物处理技术就是城市生活垃圾中固有的或外添加的微生物，在一定控制条件下，进行一系列的生物化学反应，使得MSW中的不稳定的有机物代谢后释放能量或转化为新的细胞物质，从而MSW逐步达稳定化的一个生化过程。 1. 城市生活垃圾生物处理中主要的微生物。。。
世界最新医学信息文摘杂志是核心期刊等级。
《世界最新医学信息文摘》是国家新闻出版总署批准，中国出版集团主管，中国医师协会系列主办系列期刊，科技部与卫生部指导，中国图书进出口（集团）总公司、世界图书出版公司、世图音像电子出版社联合主办的中央级国内外公开出版发行的国家级优秀医学连续型电子期刊。
相关标准：
确定核心期刊的标准可以概括为以下几项，其一主办机构的权威性，其二文章作者的权威性，其三，文章的被引用率及文献的半衰期（测定文章内容新颖性的指标，一般科技文献半衰期较短，社科文献则较长）。
核心期刊是学术界通过一整套科学的方法，对于期刊质量进行跟踪评价，并以情报学理论为基础，将期刊进行分类定级，把最为重要的一级称之为核心期刊。
作为本校本专业的学生，我来说说自己的亲身感受吧。四年本科，来的时侯很迷茫，学习的过程中还是觉得迷茫，直到研究生毕业找工作的时候，意外惊喜从一个招聘主任那里深刻了解到本专业的优点。学习了医学知识，比起临床我们没那么专业，但是我们不当医生，却可以搞健康宣传，卫生单位很需要这样的人才，或者到医药公司当医药信息沟通专员，或者医药前沿查新员。学习了信息检索知识，可以更迅速快捷的接触最新的医学文献，这样可以自己写文章或者帮助医生了解发展前沿，同时还可以做科研立项查新工作。学习了计算机知识，男生一般更能精通，可以往计算机方向发展。学习了病案管理和统计知识，我们可以进医院病案科和统计科学习了编辑和医学知识，我们可以当医学编辑。其实还有知识产权等知识，其实我们这个专业涉及的知识面很广，就看你自己喜好，大学也只是把你带进门，你得根据你自己的喜好和兴趣选择一个自己深入学习。对于那些完全死读书，没有深入研究，没有自学能力的人，建议不要报考咱专业。对于那些不清楚自己以后想干什么，但是又想学习了解以上各种知识的学生，建议你选本专业。对于那些很确定自己想干什么职业，建议选择那些很有针对性的专业，路子走的简单清晰。现在在本专业学习的学生，建议你们抛开那些浮躁的情绪，认真专研。我相信就业机会和成就一定是为了那些有准备的人而设定的。
医学信息学是一个很有发展前景的专业，但是湘雅医学院的医学信息学是基于图书情报和信息检索专业转型来的，在计算机技术这一领域从教学来讲相对薄弱，需要很强的自学能力才能今后在医疗软件行业有所作为。
作为一名新生，我们应该树立一个全新的观念：独立自主，自己来规划即将开始的大学生活。没有方向的船，任何方向吹来的风都是逆风。有一个合理的职业生涯规划，犹如航船有了方向，在明确的职业发展目标之下，采取可行的步骤与措施，不断增强职业竞争力，才能让我们在激烈的竞争中脱颖而出，提高成功的机会，实现自己的职业理想。也有很多次我曾这样问过自己：“人生之路到底该如何去走?”记得一位哲人这样说过：“走好每一步，这就是你的人生。”是啊，人生之路说长也长，因为它是你一生意义的诠释;人生之路说短也短，因为你生活过的每一天都是你的人生。每个人都在设计自己的人生，都在实现自己的梦想。 浙江师范大学 是一个大的百花园，我只是百花园里一棵不起眼的小草，可小小草有一个大大的理想，就让我在这里畅想一下自己的职业生涯吧。一、自我分析 职业兴趣:喜欢同各种观念、思想、想法打交道，偏爱具有研究性、钻研性的工作，以从事反映和提高智能的活动为乐趣，好独立，好奇心盛。在工作中，以从事研发性工作为志向，主张工作的逻辑性、条理性，凡事主张理性解决，喜欢推敲细节。往往愿意单独工作，喜欢独立思考而寻求问题的解决;对工作执着，但不太喜欢被条条框框困住手脚;喜欢表达的性，偏好以脑力活动为满足感的来源;喜欢满足好奇心和创造力的活动，有自觉的科学意识，在对人际、事物的处理上显得比较刻板;比较自信。 基本描述:具有友善、负责、认真、忠于职守的特点，只要认为应该做的事，不管有多少麻烦都要去做，但却厌烦去做认为毫无意义的事情。务实、实事求是，追求具体和明确的事情，喜欢做实际的考虑。善于单独思 考、收集和考察丰富的外在信息。不喜欢逻辑的思考和理论的应用，拥有对细节很强的记忆力，诸如声音的音色或面部表情。与人交往时较为敏感，谦逊而少言、善良、有同情心，喜欢关心他人并提供实际的帮助，对朋友忠实友好，有奉献精神。虽然在很多情况下有很强烈的反应，但通常不愿意将个人情感表现出来。做事有很强的原则性，尊重约定，维护传统。工作时严谨而有条理，愿意承担责任，依据明晰的评估和收集的信息来做决定，充分发挥自己客观的判断和敏锐的洞察力。 二、SWOT分析 优势:性格果断、意志坚强、知识丰富、兴趣广泛、友善、负责、认真、忠于职守，好独立，好奇心盛务实，实事求是，追求具体和明确的事情，喜欢做实际的考虑，不喜欢逻辑的思考和理论时严谨而有条理，愿意承担责任，依据明晰的评估和收集的信息来做决定，充分发挥自己客观的判断和敏锐的洞察力。 劣势:工作经验不足、人际关系不擅长，会陷入日常事务的细节中去，以至于没完没了的工作，每件事情都会从头做到尾，这总是让自己过度劳累，压力很大时，会过度紧张，甚至产生消极情绪，由于现实、细致，有时容易忽略事情的全局和发展变化趋势，需要学会给别人空间，在工作中，过多的承受和忍耐，不太习惯表达; 机会:人们对医疗需求增多、就业机会有所增加; 威胁:大学生就业形势严峻，竞争激烈。 三、具体行动规划 根据以上各方面的分析,特制定以下职业目标: 1.职业生涯目标 近期职业目标：毕业以后在医院找到一份与专业对口的工作。 中期职业目标：晋升成为医院的住院医生。 远期职业目标：成为能够独当一面的主治医生、专家。在某一领域有所建树，能够发表一些论文、学术专著。 2.大学期间具体计划 大学一年级(2009年9月——2010年7月) 能力目标：适应大学的新生活，巩固知识金字塔的基础，展现自我魅力。实施计划： 1、平时认真学习，学好医学基础课程; 2、积极参加大学社团、学生会等组织; 3、积极参加各色活动; 大学二年级(2010年920117月) 1、认真学习英语，每天背诵英语四级词汇，每周看两至三篇英语文章; 2、不放松对大学其它课程的重视与学习; 3、学习计算机的基础知识，理论与实际操作两手都要抓两手都要硬; 4、扩大自己的生活圈子，结交更多更好的朋友 5、认真学好专业知识，培养学习、工作、生活能力，全面提高个人综合素质 大学三年级(2011年9月——2012年7月) 能力目标：考过英语六级;认真学习心理专业知识;尝试计算机三级考试实施计划： 1、在英语通过四级的基础上，加强对各个环节的能力，争取通过六级，考试拿到奖学金; 2、如果通过了计算机三级考试，我将继续参加计算机考试 3、认真学好专业知识，培养学习、工作、生活能力，全面提高个人综合素质 大学四年级(2012年9月——2013年7月) 能力目标：情况允许的话考英语八级;做好见习期间的工作;其余视情况待定实施计划： 1、如果六级能通过，利用业余时间继续深造英语，参加八级考试; 2、认真参加见习，在实践中检验自己的知识掌握情况; 3、为考研做一些准备。 职业生涯规划 职业生涯规划早期规划 时间:工作以后的一两年内 职位:普通医生 经济:月收入￥1200 能力:能做到医患沟通无障碍，与上级沟通无障碍。 职业生涯规划中期规划 时间:开始工作五年之内 职位:住院医生 经济:月收入￥2200 能力:能够独当一面，处理大小事务。 成果:写一至两篇学术论文 职业生涯规划晚期规划 时间:开始工作十年之内 职位:主治医师 经济:月收入￥9000 能力:在一个领域里有所作为，成为这一领域的好手。 成果:写出多篇学术论文 四、评估调整 由于社会环境家庭环境个人因素等发生变化以及各种不可预见因素的影响，计划始终赶不上变化，为了能够更好地把握人生，有必当有什么特殊或者突发事件出现，我将立即进行相应的调整。 五、结束语 计划定好固然好，但更重要的，在于其具体实施并取得成效。这一点时刻都不能被忘记。任何目标，只说不做到头来都只会是一场空。然而，现实是未知多变的。定出的目标计划随时都可能受到各方面因素的影响。这一点，每个人都应该有充分心理准备。当然，包括我自己。因此，在遇到突发因素、不良影响时，要注意保持清醒冷静的头脑，不仅要及时面对、分析所遇问题，更应快速果断的拿出应对方案，对所发生的事情，能挽救的尽量挽救，不能挽救的要积极采取措施，争取做出矫正。相信如此以来，即使将来的作为和目标相比有所偏差，也不至于相距太远。其实，每个人心中都有一座山峰，雕刻着理想、信念、追求、抱负。每个人心中都有一片森林，承载着收获、芬芳、失意、磨砺。但是，无论眼底闪过多少刀光剑影，只要没有付诸行动，那么，一切都只是镜中花，水中月，可望而不可及。一个人，若要获得成功，必须得拿出勇气，付出努力、拼博、奋斗。成功，不相信眼泪;成功，不相信颓废;成功，不相信幻影。成功，只垂青有充分磨砺充分付出的人。未来，掌握在自己手中。未来，只能掌握在自己手中。