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找R语言做弦图的教程的时候发现了这个包：GOplot。其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。第一步是学习其帮助文档中的例子，然后学习如何准备自己的数据，并利用这个包中的函数来绘图查看帮助…
R语言GOplot画弦图展示GO富集分析的结果之如何准备自己的数据这个是最终的结果，如果我自己拿到这个数据作图完全没有问题，但是这个推文写的内容可能是有些乱的，对于没有python基础的同学应该比较麻烦，争取花时间在研究研究，...
R语言利用GOplot实现功能分析可视化.生信中大家都不陌生GO分析，然而如何将分析结果进行可视化展示是我们苦恼的问题，大部分都是画个Bar图或者列个表格啥的。.今天我们给大家介绍一个可以实现功能分析可视化的R包GOplot。.在这里我们介绍下其中的z-score它...
论文中可能需要对使用到的R包进行引用，但是很多R包并没有相关的论文发表，这时就不知该怎么引用。在R中内置了一种方法，使用citation函数即可。比如想要引用ggplot2:citation(package=…
3.Origin使用时间最长的数据绘图软件，在普通工科院系Origin就是专业论文绘图标配。功能丰富全面，多图层在2D数据处理上非常实用（3D的没画过），简单画画容易上手，深入之后学习曲线开始变得平缓。由于渲染效果和自由度的限制，画出的图都...
R（编程语言）发表论文高分屏（高DPI）如何使用R语言输出高dpi图片？应投稿要求，需要不小于300dpi的图片，使用maps绘制了简单地图，直接保存dpi只有96。显示全部关注者10...
之前讲了这么多关于论文写作的技巧，又讲了这么多发表论文的tips，这次InVisor芳老师就响应大家的需求，给大家科普一波在撰写论文期间能用到的绘图工具，希望能解决大家在绘图制表方面的问题～首先，我们来看看绘图工具的重要性！作为文章内容的支撑，图表是最直接的整合数据的工具，能够...
原创:黄小仙上一次小仙同学分享了facetviolinplot的画法，最后还卖了个关子，给大家留了个悬念。科研文章的插图通常要求比较高，不仅要精准地展示出数据，选对图表类型，还需要简洁优美（翻译成人话就是，同…
R语言绘制的图形Mathematica/Matlab05这两款软件是不用多去介绍的，我想理工科的人再熟悉不过了，都是一个公司的。如果你说你没用过甚至没听过他们这“两兄弟”，我想你肯定不是个好的理工生，其功能的强大在于编程代码简单，默认出图漂亮...
下面进入正题，今天我们看看如何用富集分析的结果，进行GO可视化：.1.安装并加载包，关于包的安装，已经讲过多次，直接上代码：.2.GO富集分析，这次利用clusterProfiler包进行富集分析，当然你还需要安装该包并加载：.3.用内置数据集进行GO富集分析...
图中展示的是受PD-L1调控的基因的GO功能富集分析,也就是:与PD-L1抗体结合的基因和PD-L1敲除后下调的基因的交集。GO富集分析的R包和网页工具很多,我习惯用clusterProfiler包,因为它...
公众号小明的数据分析笔记本分享R语言数据处理可视化的内容5人赞同了该文章GO注释和富集分析GO注释和富集分析使用TBtools完成,具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的...
GOplot那个R语言包画弦图展示GO富集分析的结果,图还挺漂亮的,但是如果是自己的数据到最终他的画图需要的输入数据还挺麻烦的,我这边写了一个python脚本,希望可以简化画图数据的准备过程,脚本写的比...
找R语言做弦图的教程的时候发现了这个包:GOplot。其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。第一步是学习其帮助文档中的例子,然后学习如何准备自己的数据,并利用这个...
现在基本可以根据自己的数据来构造GOplot的输入文件,但是作图的具体细节还需要调整欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本公众号二维码.jpg大家如果...
用BiocManager安装,可同时加载依赖包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")BiocManager::install("clusterProfiler")library(clusterProfiler)##富集分析library(topG...
我们拿到了GO富集分析的结果,部分结果截图如下image.png这个结果我们需要用到的是Term和genes两列感兴趣的Term,单独一个文件感兴趣的基因,单独一个文件imag...
3总结生信分析过程中,我们经常会遇到一些可视化效果很好但灵活度不够的R包,这就会让结果成为将就,但我们不愿将就!希望本期的这个R包不太冷——Goplot定制包,能为大家在使用Rpackage...
不用说写学术论文了，好多highimpact的期刊牛文的作图用的就是R+ggplot2+illustrator。没有不适合的...
前面已经讲述了R包用clusterProfiler做GO富集分析clusterProfiler的GO富集分析方法,本篇继续演示R包goseq的GO富集分析。相比clusterProfiler中的GO富集分析方法,goseq的特别之处在...