自然指数机构成立于2014年11月，初期选定了全球有影响力的六十八种期刊，通过这些期刊来统计各科研机构和院校发表论文的数据库，以此判断个院校机构的研究成果和学术影响力。2018年6月，自然指数机构选定的期刊增加至八十二种。
自然指数于2014年11月首次发布，追踪高质量自然科学期刊所发表的科研论文的作者信息。自2018年6月起，纳入指数的期刊数量已由68本增至82本。自然指数采用两种计算论文产出的方法：
运用这个数据库，可以根据各机构的论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引，这一数据库的实时在线版免费为公众开放。自然指数也称科研论文指数，只统计学术论文指标，不同于其他大学排行榜统计多个指标。数据来源：
目前自然指数采用三种计算论文产出的方法：1.论文计数(articlecount/AC)：不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值。2.分数式计量（fractionalcount/FC）：FC考虑了每位论文作者的相对贡献。
前100名中，中山大学排34、南开大学排42、四川大学排47、武汉大学排48、吉林大学排64、厦门大学排65。在100名之外，还有山东大学、西北大学、安徽大学、山西大学、云南大学、河北大学，这些大学没能进入世界100强，但都排在国内一百强之内。
2020年1月3日，Nature指数公布了2018年10月1日到2019年9月30日大学/机构排名。也就是说，最新一期的自然指数机构/大学学术排名...
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