硕士学位论文基于降维与分类的单细胞RNA测序数据分析DATAANALYSISBASEDDIMENSIONREDUCTIONSINGLECELLRNASEQUENCING哈尔滨工业大学2018国内图书分类号：O213.9学校代码：10213国际图书分类号：519.2密级：公开理学...
基于降维与聚类的单细胞RNA测序数据分析.吴德亮.【摘要】：单细胞RNA测序技术是新一代的测序技术,不仅具有第二代高通量测序技术的测序高通量与高深度的优势,同时还具有可以准确测量单个细胞状态的特性,可以降低细胞间相关性。.近些年来,单细胞RNA测序...
10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之UMAPhello，大家好，关于降维算法，在之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识）详细介绍了tSNE的降维原理，但是大家都知道，在我们分析10X单细胞或者10X空间转录组数据的时候，有两种降维方法，一种是tSNE，这个已经分享过...
CIDR:Ultrafastandaccurateclusteringthroughimputationforsingle-cellRNA-seqdataCIDR：通过对单细胞RNA-seq数据的插补(imputation)进行超快速和准确的聚类Authors：PeijieLin,MichaelTrouandJos…
已有8103次阅读2017-8-1923:55|系统分类:论文交流|降维,单细胞,转录组测序,表示学习SCRL：单细胞转录组数据的表示学习单细胞转录组数据为我们进行细胞异质性的研究提供了强有力的工具，在处理这样一个高维的数据时，一个常用的策略是将这些细胞…
单细胞数据高级分析之初步降维和聚类|Dimensionalityreduction|Clustering.weixin_340646532018-05-2813:23:002228收藏7.文章标签：人工智能数据结构与算法.个人的一些碎碎念：.聚类，直觉就能想到kmeans聚类，另外还有一个hierarchicalclustering，但是单细胞里面都用得不...
已有8278次阅读2017-8-1923:55|系统分类:论文交流|降维,单细胞,转录组测序,表示学习SCRL：单细胞转录组数据的表示学习单细胞转录组数据为我们进行细胞异质性的研究提供了强有力的工具，在处理这样一个高维的数据时，一个常用的策略是将这些细胞投影到低维的空间上。
1.单细胞转录数据降维存在的问题.通过测量不同类型的单个细胞中，各个基因对应RNA的表达量，单细胞转录本测序可以考察不同细胞的异质性，这对生物系统的研究至关重要。.由于单细胞测序产生的数据具有虽然维度高，但由于很多处在同一通路上的基因是...
以高维数据概率密度估计的理论为基础，该方法突破单细胞数据分析中降维、聚类等关键步骤分开割裂进行的局限，在模型中集数据降维、生成与细胞聚类于一体，是单细胞数据分析的一个突破性进展。论文链接：·END·
论文题目基于多网络集成嵌入的单细胞RNA-seq数据降维方法研究答辩人肖雪松(硕士)专业系统工程导师吉国力时间2020-07-1214:30地点（翔安）航空航天大楼403
鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了。降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分。PCA到底是降维、聚类还是可视化的方法,t-SNE...
简介这篇文章主要介绍了单细胞数据高级分析之初步降维和聚类|Dimensionalityreduction|Clustering(示例代码)以及相关的经验技巧,文章约6397字,浏览量271,...
图2、基于单细胞测序数据的细胞亚型鉴定方法总结(AndrewsandHemberg,2018,Mol.AspectsMed.)为了有效地对单细胞测序数据进行各种处理分析,特别是细胞亚型的鉴定,通常需要首先对...
鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了。降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分。PCA到底是降维、聚类还是可视化的方法,t-SNE...
三单细胞数据分析中常用的降维方法1.主成分分析PCAPCA(PrincipalComponentAnalysis)是最常用的线性降维方法,数据从原来的坐标系转换到新的坐标系,新坐标系...
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单...
图2、基于单细胞测序数据的细胞亚型鉴定方法总结(AndrewsandHemberg,2018,Mol.AspectsMed.)为了有效地对单细胞测序数据进行各种处理分析,特别是细胞亚型的鉴定,通常需要首先对...
理论上我们已经足够认识表达矩阵了,现在可以开始单细胞转录组数据的主角:降维聚类分群。如果你的背景知识不足,也可以先读一下综述,我们单细胞天地有中文指引:单细胞RNA-seq数据分析...
而该论文引入ACCENSE(Automaticclassificationofcellularexpressionbynonlinearstochasticembedding)高维单细胞数据分析工具:基于密度划分的非线性...
本文选取了六篇论文中的公开数据作为实证分析中的处理数据集,并主要选取两组数据集的结果进行展示。按照本文提出的识别单细胞RNA测序数据具体细胞亚型的分析算法流程对所有数...