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小知识：分子动力学基本原理及应用.为了微观模拟体系能够反映宏观实验现象,需要通过周期性边界条件对模拟对象体系进行周期性复制,以避免在实际中并不存在的边缘效应(edgeeffects)。.原则上，对于任何分子体系的理论研究都需要求解含时薛定谔方程。.但...
第三章分子动力学基础与分子动力学模拟讲解.ppt,3.1分子动力学的基本原理及特点分子动力学模拟的基本原理：建立一个粒子系统来模拟所研究的微观现象，系统中各粒子之间的相互作用根据量子力学来确定。对符合经典牛顿力学规律的大量粒子系统，通过粒子动力学方程组的数值求解，决定各...
首先，要对分子动力学基本原理有一些基本的了解，知道它到底是在干什么，找一本相关的书读一下就可以了。然后，要对Linux基本操作有一些掌握，熟悉一些常用的命令。再就是学习一款分子动力学软件，比如lammps。到这你就算入门了！
蛋白质结构和动力学的分子动力学模拟.pdf,中文摘要蛋白质是生命活动的基本功能单元，蛋白质具有柔性，存在许多不同的结构状态，蛋白质的多种构象态构成了蛋白质的构象空间，蛋白质很多生理功能的发挥是通过结构转换实现的。分子动力学方法是一种常用的研究蛋白质结构的方法，其既能...
之前我们说到，如何将LAMMPS正常运行，并对LAMMPS的in文件和输入文件进行修改调试，查看结果。可以说，基本与科学无关，纯属dirtywork。但科学也是在dirtywork的基础上架构的。这一次，我们准备触及分子动力学的中的物理内核。
分子动力学模拟的极其强大的技术涉及在与原子级的物质研究相关的背景下解决经典的多体问题。.由于没有其他方法能够按要求的详细程度处理这一极其广泛的问题，因此分子动力学方法已证明它们在纯研究和应用研究中都是必不可少的。.转载本文请联系原...
分子动力学流程草图…画图渣请将就看0.0通过方程可以看出，势函数（也称之为“力场”）的选取对分子动力学的结果非常重要，加之分子动力学对计算资源的消耗非常大，一个常见的分子动力学程序可能往往要跑一周以上，因此合理选取势函数、正确使用算法也成了分子动力学实际操作中的重点。
分子动力学模拟本质上是对给定初始构型中原子运动的牛顿方程求数值解。这通常是通过对有限时间步长进行积分计算得到的。原子之间的相互作用（也就是原子间力）可以通过不同的方法（可以是密度泛函理论（DFT）或经典力场）来进行计算。
1.1.7分子力场1.2量子化学101.2.1Hartree-Fock方法111.2.2后Hartree-Fock方法131.2.3密度泛函理论方法141.3分子动力学模拟151.3.1分子动力学模拟的基本原理151.3.2积分算法171.3.3统计力学知识201.3.4时间步长221.3.5模拟环境221.3.6...
分子动力学软件入门主要有：理论和基础入门、软件入门、分析入门等，在基础部分主要由编程知识入门组成，希望各位在学习的过程中一定要完全履行上述入门顺序，完成最终学习。有问题可以在弹幕上发送，以后有机会的话我就开，谢谢大家…