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DiscoveryStudio™(简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效...
我是新手，在学习DS，于是下载了创腾公司胡远东的“分子对接技术简介.PDF”，里面共分为四个部分：1、用LibDock对接一组小分子到一蛋白；2、和1差不多，主要是多了个一致性打分，而且对接程序是LigandFit；3、基于CHARMm分子立场的...
DiscoveryStudio(DS)蛋白建模分子生物生物化学小木虫论坛版块导航正在加载中...客户端APP下载考博/论文辅导登录注册帖子...意得辑论文润色双11送200京东卡>论坛更新日志(45262)>论文投稿(1687)>硕博家园(1684)>虫友互识(1507...
一直是用sybyl做对接，但要做蛋白质和九肽的对接，如果用sybyl对接的话，九肽要保存为mol2格式，这样做amber准备复合物的时候就比较麻烦，蛋白质-九肽的对接用刚性对接应该更好解释吧，所以就用了DS的ZDOCK。接着做动力学模拟，现在做了...
ds做对接后怎么把配体和蛋白一起导出作为一个复合物结构.作者xuenihao.来源:小木虫1503帖子.+关注.ds做对接后怎么把配体和蛋白一起导出作为一个复合物结构，然后进行下来的动力学计算返回小木虫查看更多.分享至：更多.今日热帖.关于DMOL3设...
上一篇介绍了SwissDock作分子对接的一个案例,本篇介绍如何更好地可视化对接结果.如前面所讲，分子对接的结果的网页展示如下：你可以直接拷屏，将对接的图片截图，放入论文。但是这个图片的分辨率不高。第二种…
如何选择蛋白晶体结构在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。
2015/11/19,使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接,实验目的掌握DiscoveryStudio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。软硬件环境DiscoveryStudio4.0，Win764版Dell3020工作站蛋白质结构文件牛胰岛素2ptn.pdb胰岛素抑制剂CMTI-I2sta_I...
如何处理金属离子与配体之间的配位键？殷赋学术交流2群已建立，需求加群的朋友，请在公众号“殷赋科技”输入“加群”，验证后即入群。1A:请教大家一个问题：在做对接模拟的过程中蛋白活性中心存在重要金属离子与配体之间的配位键相互作用，这个时候配位键应该如何处理?
DiscoveryStudio在化合物反向找靶领域的解决方案.药物潜在靶标的识别对于早期药物分子的研发、安全性评价和老药新用等领域都有着非常重要的意义，但是受制于通量、精度和费用的影响，实验手段的应用难以广泛开展。.作为一种快速而低成本的手段，计算机...
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如果不能回答这个问题，就很难确定到底选择哪个活性位点。另外PDB中的蛋白质中的多个配体也不一定都是...
蛋白质结构文件：牛胰岛素：2ptn.pdb胰岛素抑制剂(CMTI-I)：2sta_I.pdb实验原理蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的技术。在DS中，ZDOCK模块可...
利用蛋白-蛋白分子对接技术进行理论预测,再结合实验进行验证与探究的方法,在上述案例中,研究人员发现了PafA与下游靶蛋白相互作用的机制,即通过活性位点旁的loop区来与下游靶蛋白产生...