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（2000年以后发表的主要论文，*示通讯作者）马英，关瑞章，郭松林，等. 鳗鲡病原菌16S rRNA基因序列测定及系统进化分析. 华中农业大学学报（自然科学版），2010，29（6）：587-591.马英，钱鲁闽，王永胜. 对虾养殖池沉积物细菌的遗传多样性. 海南大学学报（自然科学版），2009, 27 (4): 369－374.马英，关瑞章，汪琳，等. 九孔鲍 苗期养殖水体细菌的群落结构。福建农林大学学报（自然科学版），2009，38（5）：526－531.马英，熊何健，林源洪，等. 外来海洋物种入侵风险评估体系的构建。水产学报，2009，33（4）：617－623.马英，王志勇，陈芸，等. 生物技术课程教学改革探讨。集美大学学报（教育科学版），2009，10（2）：93－96马英，钱鲁闽，王永胜，等. 硝化细菌分子生态学研究进展。中国水产科学，2007，14（5）：872－879马英，焦念志. 聚球藻（Synechococcus）分子生态学研究进展。自然科学进展，2004，14（9）：8－13.马英，林顺权, 吕柳新. 草莓、番木瓜、猕猴桃遗传转化研究初报。园艺学进展，2002, (5): 343-346.马英，林顺权，高毅，等. 乙肝病毒表面抗原（HBsAg）基因在番茄中的表达及免疫活性研究。福建农林大学学报（自然科学版），2002，31(2): 223-227.马英，张军，林顺权，等. 利用转基因植物生产基因工程疫苗，厦门大学学报（自然科学版），2001，40（增刊）：71—77.徐春燕，陈澄璟，鄢庆枇，宋振荣，马英*. 厦门近岸水域海洋附着细菌的群落结构及其动态变化，台湾海峡，2012，31（3）：396-402.汪琳，杨秋明，郝剑东，宋振荣，马英*. 九孔鲍脱板期养殖环境细菌分离及分子鉴定。台湾海峡，2009，28（2）：210－216.徐春燕，苏建强，鄢庆枇，马英*. 抗生素抗性组学研究进展。海南大学学报（自然科学版），2011，29（2）：36-40.熊何健，马英，汪琳，唐森铭. 紫外辐射诱导牡蛎细胞DNA损伤的单细胞凝胶电泳检测，云南民族大学学报（自然科学版），2010，19（6）：400-403.邓德波，马英，徐春燕，关瑞章. 鳗鲡养殖循环水处理系统细菌的组成及其数量，集美大学学报（自然科学版），2010, 15（5）：321-326.操龙飞，游华军，陈子涵，马英，熊何健，鄢庆枇. 响应面法优化罗非鱼（Oreochromis niloticus）鱼排蛋白分段酶解工艺，海洋与湖沼，2012，43（1）：1-8.高毅，马英，李梅，等. 乙肝病毒表面抗原在墨西哥酸浆中的表达及其免疫原性的初步研究，病毒学报, 2003，19（1）：31－35.郑江，关瑞章，李丹，马英，谢钦铭.《生物化学专题》双语教学的设计与探讨，微生物学通报，2007，34（3）：603-605.蔡明夷，韩芳，刘贤德，马英，王志勇. 关于整合PBL教学理念与传统教学方法的思考——以遗传学中“基因组”的教学为例. 龙岩学院学报，2010，28（5）：118-121.2000年以前发表论文10篇，其中第一作者6篇。