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我是新悦
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杰克贝老师

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一、关于Fastq

FASTQ是基于文本的,保存生物序列(通常是核酸序列)和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示,最初由Sanger开发,目的是将FASTA序列与质量数据放到一起,目前已经成为高通量测序结果的事实标准。

二、Fastq的格式

例如

fastq的质量值:

三、关于Fasta

Fasta格式也称为Pearson格式,是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释。

四、Fasta格式

Fasta格式首先以大于号“>”开头,接着是序列的标识符;换行后是序列的描述信息。换行后是序列信息,文件每行的字母一般不应超过80个字符。序列中允许存在空格,换行,空行,直到下一个大于号或文件结束,表示该序列的结束。 fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式,可以储存核酸序列(DNA/RNA)也可以储存蛋白质的氨基酸序列(Amino Acid sequence,简称AA序列),主要分成2个部分。1是以“>”为开始的一行主要储存的是序列的描述信息;剩下的是序列部分,中间,前后都可以有空格。序列部分按照官方文档的说明应该是小于120就行,一般70到80左右。其实实际操作中,程序处理的时候都是自动去掉空格和换行符,把序列读成1行再处理,所以,我也干过把整条人类染色体都放到一行的233举动,这么算下来,一行可以有240*10E6这么长!~~~

五、人类参考基因组Fasta文件的组成部分说明

本文整理于: 1、 2、

200 评论

月兮月兮

一谈你对生物的了解2谈现今生物的发展状况3谈生物学上的生活例子4谈你对生物学用于生活的感受。5谈你对学习生物的感受6谈人类对生活的态度7谈你对未来生活发展与人类发展的观点8总结前7点~

278 评论

刘小贱爱花钱

我自己的马上就写完了,就是探究一种事物,植物、动物、自然界都可以。留个邮箱吧,一会发给你。格式很简单,写上标题,作者,指导教师(非正规就不用那么麻烦) 上来咯~~~要排好版的留邮箱,或者加我963366202草履虫 界: 动物界门: 原生动物门 纲: 纤毛纲 目: 膜口目科: 草履虫科草履虫是一种身体很小,圆筒形的原生动物,它只有一个细胞,是单细胞动物,雌雄同体。最常见的是尾草履虫。体长只有180—280微米。它和变形虫的寿命最短,以小时来计算,寿命时间为一昼夜左右。因为它身体形状从平面角度看上去像一只倒放的草鞋底而叫做草履虫。目录简介…………………………………………………….3细胞器及功能…………………….................................4生态环境中的作用……………………………………..4种类…………………………………………………….5草履虫结构………………………………………..........5草履虫观察的注意事项………………………………..6简介草履虫草履虫全身由一个细胞组成,体内有一对成型的细胞核,即营养核(又称大核)和生殖核(又称遗传核、小核),进行分裂生殖时,小核分裂,大核消失,小核渐渐生长形成新的大核和小核,故称其为真核生物。其身体表面包着一层表膜,除了维持草履虫的体型外,还负责内外气体交换,吸收水里的氧气,排出二氧化碳。膜上密密地长着近万根纤毛,靠纤毛的划动在水中旋转运动。它身体的一侧有一条凹入的小沟,叫“口沟”,相当于草履虫的“嘴巴”。口沟内的密长的纤毛摆动时,能把水里的细菌和有机碎屑作为食物摆进口沟,再进入草履虫体内,供其慢慢消化吸收。残渣由胞肛排出。草履虫的生殖方式是多种多样的,可分无性、接合、内合、自配、质配等等。生物圈里有许多单细胞生物,他们在我们周围,与我们的生活,生产关系非常密切,草履虫是其中之一。草草履虫可以用于净化污水。细胞器及功能草履虫细胞器的功能分工如下:胞口(口沟):取食 据估计,一只草履虫每小时大约能形成60个食物泡,每个食物泡中大约含有30个细菌,因此,一只草履虫每天大约能吞食43000个细菌,它对污水有一定的净化作用。表膜:氧的摄入,二氧化碳的排出都通过表膜大核:营养代谢小核:内含遗传物质,生殖作用食物泡:食物泡是草履虫进行胞吞作用产生的,进入细胞后将与初级溶酶体融合形成次级溶酶体。食物泡随着细胞质流动,其中的食物逐渐被消化。伸缩泡及收集管:收集代谢废物和多余的水分,并排到体外胞肛:排出不能消化的食物残渣纤毛:辅助运动,草履虫靠纤毛的摆动在水中旋转前进食物排泄通道口沟(食物进入)——食物泡(消化)——胞肛(排遗)生态环境中的作用草履虫属于动物界中最原始,最低等的原生动物。它喜欢生活在有机物含量较多的稻田、水沟或水不大流动的池塘中,以细菌和单细胞藻类为食。据估计,一只草履虫每小时大约能形成60个食物泡,每个食物泡中大约含有30个细菌,所以,一只草履虫每天大约能吞食43200个细菌,它对污水有一定的净化作用。种类草履虫的分类:草履虫属于纤毛纲,膜口目,草履虫科。世界上已经报导过的草履虫有22种 草履虫结构我国常见种至少有下述几种。1.大草履虫又叫尾草履虫,长180—280微米,后端圆锥形,锥顶角度约45至60度。两个伸缩泡均有收集管。有小核一个,致密型,椭圆形。生活在有机质较多的死水或缓流中。2.双小核草履虫长80-170微米,形似尾草履虫,但后部较前部更宽,后端锥形,顶角近90度。有伸缩泡两个,收集管较短。有两个小核,很小,泡型。生活环境和尾草履虫相同。3.多小核草履虫长180—310微米,形似尾草履虫,有时有三个伸缩泡。小核泡型,有3—12个。生活环境和尾草履虫相同。4.绿草履虫体长80—150微米。细胞质内有绿藻共生,在见光处培养后通体呈绿色。小核一个,致密型。生活在清水池塘。5.放毒型草履虫(killerparamecia)草履虫中有一些品系可以产生一种毒素(草履虫素),这种毒素可杀死其他品系的草履虫,而对自身却无害。于是将能产生毒素的品系称为放毒型草履虫;将可被杀死的品系称为敏感型草履虫,该品系不能产生草履虫素。放毒型草履虫所以能产生毒素,是由两方面因素决定的,一是在它的细胞质中含有一种称为卡巴粒(Kappaparti-cle)的特殊颗粒,卡巴粒的直径约0.2微米,长约1~5微米,含有DNA、RNA、蛋白质、糖类等,现已公认是一种内共生体。它可进行自我复制和发生突变,每个细胞中的卡巴粒数目可从几个到几百个,草履虫素就是由卡巴粒控制产生的。另一个因素是在它的细胞核中含有显性基因K,当核基因K和卡巴粒共存于一个细胞内,该草履虫就能产生毒素,可见放毒是由卡巴粒和显性基因K共同决定的。卡巴粒必须在K基因作用下才能复制,只有核基因K而无卡巴粒的草履虫是不能产生毒素的,因为核基因K不能在原先无卡巴粒的情况下重新产生卡巴粒。只有卡巴粒而无核基因K的草履虫开始时虽然也能放毒,但由于细胞不断分裂而卡巴粒不能复制,卡巴粒也就越来越少,最后(大约经历5~8代)就变成无卡巴粒的敏感型。放毒型与敏感型草履虫的基因型如下:放毒型 敏感型K/K+卡巴粒K/KK/k+卡巴粒K/kk/k+卡巴粒 k/k草履虫观察的注意事项在显微镜下观察,最好在载玻片上放适量的棉花纤维,这样可以避免草履虫乱动。编辑本段生活环境喜欢生活在有机物丰富的池塘、水沟、洼地等。大多数草履虫是全动性营养,但绿草履虫是例外,体内含共生绿藻,这种绿藻可利用动物体排泄的含氮废物作为无机盐的来源,通过植物式光合作用制造有机物生存(属于植物性营养。草履虫可以在缺氧或厌氧环境中生活,其耐污性极强。要排好版的留邮箱,或者加我QQ963366202要排好版的留邮箱,或者加我QQ963366202要排好版的留邮箱,或者加我QQ963366202

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