新型冠状病毒流行病学论文

xīn xíng guàn zhuàng bìng dú gǎn rǎn de fèi yán liú xíng bìng xué tiáo chá fāng àn （dì èr bǎn ）

《新型冠状病毒感染的肺炎流行病学调查方案（第二版）》是《新型冠状病毒感染的肺炎防控方案（第二版）》的一部分，由国家卫生健康委员会疾病预防控制局于2020年1月22日发布。

新型冠状病毒感染的肺炎流行病学调查方案

（第二版）

为掌握新型冠状病毒感染的肺炎病例发病情况、暴露史、接触史等流行病学相关信息，做好密切接触者的排查，防范新型冠状病毒感染的肺炎病例的蔓延和传播，特制定本方案。

（一）调查病例的发病和就诊情况、临床特征和可能的感染来源；

（二）发现和管理病例的密切接触者。

新型冠状病毒感染的肺炎疑似病例、确诊病例以及聚集性疫情。

县（区）级疾控机构接到新型冠状病毒感染的肺炎病例报告后，应于24小时内完成流行病学调查，可通过查阅资料，询问病例、知情人和接诊医生等方式开展。如果病例的病情允许，则调查时应先调查病例本人，再对其诊治医生、家属和知情者进行调查。

调查内容分为第一部分和第二部分，包括基本情况、发病与诊疗、临床表现、实验室检查、流行病学史、密切接触者信息以及病例的诊断、治疗与转归等，疑似病例仅需填报第一部分，确诊病例填报第一部分和第二部分。《新型冠状病毒感染的肺炎病例个案调查表》见附表。

（一）基本情况：基本人口学信息，如：姓名、性别、年龄、住址、民族、联系方式等信息。

（二）发病与诊疗情况：临床表现、实验室检查、发病就诊经过和病情变化与转归。

（三）可能感染来源：对病例发病前14天内的暴露史开展调查，主要调查其发病前武汉相关旅行史或居住史，与发热呼吸道症状患者的接触史，野生动物及其售卖环境等相关暴露史。务必详细询问接触时间、方式、频次、地点、接触时采取的防护措施等。调查时，若发现调查表中未列入，但具备重要流行病学意义的内容也应进行详细追问和记录。

（四）密切接触者判定：对病例发病后的活动情况和人群接触情况进行追踪和排查，确定密切接触者。密切接触者定义和判定标准按照《新型冠状病毒感染的肺炎可疑暴露者和密切接触者管理方案（第二版）》执行。

按照“属地化管理”原则，由病例发病前的居住地、发病后的活动范围、就诊医疗机构所在的县（市、区）级卫生健康行政部门组织疾病预防控制机构开展新型冠状病毒感染的肺炎病例的流行病学调查。调查单位应迅速成立现场调查组，根据制定的调查计划，明确调查目的，确定调查组人员组成和各自的职责与分工。调查期间，调查人员要做好个人防护。市级、省级、国家级疾病预防控制中心将根据疫情处理需要赶赴现场，与前期抵达的调查机构组成联合调查组开展现场流行病学调查。

县（区）级疾病预防控制机构完成个案调查或聚集性疫情专题调查后，应于2个小时内，将个案调查表或专题调查报告及时通过网络报告系统进行上报，具体报告方式和网址另行通知。同时将流行病学调查分析报告报送本级卫生健康行政部门和上级疾控机构。

新型冠状病毒感染的肺炎病例个案调查表.docx

一、以发热、乏力、干咳为主要表现。二、胸部影像学显示早期呈现多发小斑片影及间质改变，以肺外带明显，进而发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影，极少严重者可出现肺实变， 胸腔积液少见。三、发病早期白细胞总数正常或降低，淋巴细胞计数减少。有上述症状中的2条且有流行病学史，或与疑似病例、确诊病例接触史即可诊断为疑似病例。而疑似病例具备以下病原学证据之一者即可确诊为新型冠状病毒感染：1、呼吸道标本或血液标本示荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性。2、呼吸道标本或血液标本病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源。

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围绕新冠病毒起源的问题在科学界仍然是个迷。当地时间3月26日，顶级学术期刊《自然》在线发表论文“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins ”。该项研究通讯作者为香港大学公共卫生学院新发传染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大学胡艳玲教授。值得注意的是，该成果是以“加快评审文章”的形式上线，接收时间为当地时间3月17日。管轶现为香港大学新发传染病国家重点实验室主任，以及流感研究中心主任。2003年“非典”时期，管轶团队率先分离出SARS病毒，并证实了果子狸是SARS的中间宿主，也是人类感染SARS的直接来源。基于中间宿主的清晰及管轶等人的上报，广东省随后清除市场上的果子狸，从而有效遏制了SARS疫情的扩散。在此次这项最新研究中，管轶等人报告了在中国南部反走私行动中查获的穿山甲中发现了新冠病毒相关的冠状病毒。他们发现，穿山甲相关的冠状病毒属于新冠病毒相关冠状病毒的两个亚型，其中一个亚型的受体结合域与新冠病毒非常接近。作者们认为，研究发现的多种穿山甲冠状病毒谱系及其与新冠病毒的相似性表明，应该考虑将穿山甲视作这次新型冠状病毒的潜在中间宿主，并应将其从菜市场上清除，以防止人畜共患传播。当然，根据目前的研究，研究团队认为尚不足以说明穿山甲是直接参与此次疫情暴发的中间宿主。但迄今为止，穿山甲是除了蝙蝠之外，唯一发现被新冠病毒相关冠状病毒感染的哺乳动物。它们至少可能在冠状病毒群落生态学中发挥重要作用。在此次新冠病毒引发的疫情中，最早对外表示穿山甲或扮演重要作用的是华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室沈永义教授、肖立华教授等科研人员联合中国人民解放军军事科学院及广州动物园科研部的团队，他们在2月7日公布了研究结果：穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主。值得一提的，穿山甲是所有哺乳动物中非法贩卖最为严重的，被用作食物来源，鳞片还被入药。因此，穿山甲近年来越来越受到关注，中华穿山甲等穿山甲物种现在已被世界自然保护联盟列为濒危物种红色名单上的极危物种。多批次穿山甲样品检测呈冠状病毒阳性本次新冠疫情的暴发暂时被认为与武汉华南海鲜市场有关，该市场出售的野生动物可能是人畜共患病感染的来源。尽管蝙蝠很可能是新冠病毒的宿主，但目前还不清楚转移病毒的中间宿主。管轶等人此前在2017年8月至2018年1月期间收集到18只马来穿山甲的冷冻组织样本。这些穿山甲是在广西海关缉私行动中获得。系统发育分析，描述了新冠病毒、本研究获得的穿山甲冠状病毒序列、其他冠状病毒之间的进化关系。值得注意的是，这些样本的RNA高通量测序显示，43个样本中的6个存在冠状病毒。研究团队随后获得6个全长或近全长基因组序列，标记为GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E、GX/P5L。这些病毒也具有类似新冠病毒的基因组结构，有11个预测开放阅读框。研究团队还成功分离了病毒。基于新的基因组序列，研究团队设计了qPCR检测引物，以确认原始样本对冠状病毒呈阳性。接下来，研究团队对2018年5月至7月之间收集的另一批穿山甲样品进行了进一步qPCR检测。12只穿山甲的19个样本中，3个肺组织样本呈冠状病毒阳性。除了这些来自广西的穿山甲，此次疫情暴发后，广州海关技术中心也重新检测了他们在3月的反走私行动中查获的5份存档的穿山甲样品，这些样本中同样发现了冠状病毒。通过高通量测序，研究团队发现鳞片样品中包含冠状病毒序列，用这些数据组装了一个21505bp的部分基因组序列，可以代表新冠病毒基因组的72%。值得注意的是，2019年在广东进行的另一项关于患病穿山甲的研究也从肺样本中发现了与新冠病毒相似的病毒重叠群。通过不同的组装方法和人工筛选，获得了约占全长病毒基因组的部分基因组序列。这些在穿山甲中发现的冠状病毒的基因组，与新冠病毒基因组相似率在％％，并在系统进化树中代表了新冠病毒相关病毒的两个亚型，其中GD/P1L和GD/P2S在内的亚型与新冠病毒密切相关。穿山甲可能冠状病毒长期宿主，但和新冠病毒并非最接近亲缘关系新冠病毒属于β冠状病毒属的Sarbecovirus亚属，此前已有一些研究注意到，Sarbecovirus亚属的冠状病毒成员均经历了广泛的基因重组。为了验证上述观点，研究团队进一步进行了重组分析重组，分析显示，蝙蝠冠状病毒ZC45和ZCS21可能是重组体，包含多个SARS-CoV相关谱系和新冠病毒相关谱系的基因组片段，包括来自此次穿山甲的基因组片段。然而，更值得注意的是，研究团队观察到穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13和新冠病毒之间推测的重组信号。特别是，尽管新冠病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13在病毒基因组的其余部分关系最为密切，但新冠病毒和广东穿山甲的受体结合域氨基酸同源性为，而RaTG与新冠病毒的受体结合域的氨基酸同源性仅为％事实上，广东穿山甲冠状病毒和新冠病毒在RBD的5个关键残基上拥有相同的氨基酸，而RaTG13和新冠病毒只有一个氨基酸相同。然而，只针对RBD的同义位点系统发育分析显示，广东穿山甲冠状病毒并非新冠病毒的最接近亲缘关系。因此，研究团队推测，广东穿山甲冠状病毒与新冠病毒之间RBD的氨基酸同源性可能是由于选择性介导的趋同进化，而不是重组引起的。当然，根据现有数据仍然很难判断。这种观察和人与穿山甲ACE2序列相似度高于人与蝙蝠ACE2序列相似度是一致的。论文提到，重组或趋同进化的发生进一步强调了中间动物宿主在人类病毒出现中的作用。然而，重要的是，迄今发现的所有穿山甲冠状病毒的刺突蛋白都没有看到在S1/S2交界处有插入多碱基酶切位点。这一插入特征目前可以将新冠病毒和β冠状病毒区分开来，该特征也可能促进了新冠病毒在人群中的迅速传播。迄今为止，穿山甲是除了蝙蝠之外，唯一被新冠病毒相关冠状病毒感染的哺乳动物。在这项研究中，研究团队在穿山甲中发现了2个相关的冠状病毒谱系，它们都与新冠病毒相关。这表明穿山甲可能是这些病毒的长期宿主。或从蝙蝠等其他动物宿主中获得新冠病毒相关病毒但令人惊讶的是，穿山甲是独居动物，种群规模相对较小，且处于濒危状态。然而不能排除的是，穿山甲从蝙蝠或其他动物宿主中独立获得了新冠病毒相关病毒。因此，它们在新冠病毒出现中的作用仍不清楚。值得注意的是，这两种穿山甲冠状病毒都是从走私而来的马来穿山甲中获得，很可能来自东南亚，而它们在本土地区所保持的病毒多样性目前未知。研究团队认为，毫无疑问，穿山甲种群中冠状病毒的传播程度需进一步调查，但在广西和广东省的新冠病毒相关冠状病毒的反复感染表明，穿山甲可能在冠状病毒群落生态学中发挥重要作用。研究团队提到，包括那些与新冠病毒相关病毒在内的冠状病毒，在亚洲的许多野生哺乳动物中明显存在。虽然穿山甲冠状病毒的流行病学、致病性、种间传染性和传播性仍有待研究，但此次研究提供的数据强烈表明，处理这些动物需要相当谨慎，应严格禁止在菜市场出售。他们还提到，对中国和东南亚自然环境中穿山甲的进一步监测显然也是必要的，以了解它们在新冠病毒出现中的作用以及未来人畜共患病传播的风险。欲要知晓更多《管轶团队自然发文：穿山甲带新冠相关病毒但未必是中间宿主 》的更多资讯，请持续关注深空的科技资讯栏目，深空小编将持续为您更新更多的科技新闻。本文来源：深空游戏 责任编辑：佚名王者之心2点击试玩