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1910年伍连德在报纸上曾发出成立医学会的倡议，1915年2月，国内各地医师31人在上海举行中华医学会成立大会。推选颜福庆为第一任会长。会址定在上海。当时共有会员232人。11月，中英文并列的《中华医学杂志》创刊，第一卷第一期发表《中华医学会宣言书》，宣布学会的宗旨为巩固医家友谊、尊重医德医权、普及医学卫生、联络华洋医界。1916年2月在上海召开第一届会员代表大会，通过学会章程，选举伍连德为会长，并决定每两年召开一次代表大会，随即开展学术活动和组织工作，1917～1930年先后召开7届会员代表大会。1932年4月中华医学会与中国博医会（1886年建立，首任会长为嘉约翰）举行联席会议，宣布两会合并，仍称为中华医学会。同年9月召开合并后的第一次代表大会（即第九届大会），选举牛惠生为会长。当时会员已达1500余人。抗日战争时期，学会迁往重庆，1947年迁回上海。学会自成立到1949年共召开会员代表大会15次，成立的专科学会有内、外、妇、儿、医史、卫生等11个，出版了《惠嘉二氏内科要览》、《迈魏二氏外科手术》、《罗氏卫生学》、《高氏医学辞汇》等书籍和《中华医学杂志》、《中华医学杂志外文版》、《中华健康杂志》和《医文摘要》等期刊。此时会员人数已达3000余人。1950年中华医学会召开第16届会员代表大会。大会接受中华人民共和国政府第一届全国卫生会议所确定的全国卫生工作方针，修改了学会章程，选举傅连暲为理事长，总会会址由上海迁到北京。全国各省、自治区都设有分会。1951年1月，中华医学会加入中华全国自然科学联合会。1958年9月中国科学技术协会成立，中华医学会成为它的一个组成部分。50年代中期，专科学会已增到15个，主医学期刊19种。1960年所有期刊因检查工作一度暂停，随后相继复刊。国际医学交往也有所增加。1956年第18届会员代表大会时，会员(包括中医105人)已达15218人。“文化大革命”中，学会组织遭到破坏，活动中断。70年代初，逐渐恢复。在实行改革、开放之后，学会的会务和学术活动有较大发展，这也是学会工作最活跃的时期。开展学术交流，促进医学科学发展仍是学会的主要任务。每年举全国性学术会议100个左右。学会还围绕国家科研攻关项目和卫生工作的重点组织多学科、前瞻性的学术研讨，通过科学论证，提供决策建议和咨询。如对肝炎、肿瘤、性病等都提出防治对策建议。民间国际医学交流也有较大发展，中华医学会与世界医学会及18个国际性专科学会建立了密切联系，同许多国家的医学会进行了友好交流。每年接待国外来访团组50多批，组织出访和参加国际会议20多批。学会每年在国内举的国际会议和双边会议10余个。学会对港澳地区交往非常密切。现又开展海峡两岸的学术交流和友好往来。台湾医学会、台湾医师公会、台湾全科医师会等学术团体都应邀来大陆访问，学会也派专家去台湾讲学。现有83个专科分会，50万名会员，下设部门16个，法人实体机构3个，另与解放军军事医学科学院合医学图书馆1个。全国共有会员25万人。各地市县分会386个、专科学会65个、学组139个。出版中华系列杂志417种，并有学会机关报《中华医学信息导报》。学会设学术会务部、编辑出版部、继续教育部、对外联络部、科技咨询部、图书信息中心等事机构。台湾也设有医学会，出版两种刊物：《台湾医学会杂志》（月刊，1901年始刊）和《台湾医学会继续教育版》（月刊，始刊于1989年）。香港有香港医学会，为独立的组织，与中华医学会有杂志交换。澳门有中华医学会澳门分会。