乖乖纯00
本科毕业设计(论文)撰写规范（试行）毕业设计(论文)是培养学生综合运用本学科的基本理论、专业知识和基本技能，提高分析和解决实际问题的能力，完成初步培养从事科学研究工作和专业工程技术工作基本训练的重要环节。为了统一和规范我院本科毕业设计(论文)的写作，保证我院本科毕业设计(论文)的质量，根据《中华人民共和国国家标准科学技术报告、学位论文和学术论文的编写格式》（国家标准GB7713-87）的规定，特制定《辽宁科技学院本科毕业设计(论文)撰写规范》。各系部可以根据专业特点和实际需要对毕业设计(论文)结构和书写规范做适当调整。规范中对毕业设计和研究论文分别提出了相应要求，学生可参照规范中对应条目要求进行撰写。1 内容要求 论文题目论文题目应该简短、明确、有概括性。读者通过题目，能大致了解论文内容、专业特点和学科范畴。但字数要适当，一般不超过24字。必要时可加副标题。 摘要与关键词 论文摘要论文摘要应概括地反映出毕业设计(论文)的目的、内容、方法、成果和结论。摘要中不宜使用公式、图表，不标注引用文献编号。中文摘要一般为300～500字，并翻译成英文(1200～1500字符)。 关键词关键词是供检索使用的主题词条，应采用能覆盖论文主要内容的通用技术词条(参照相应的技术术语标准)。关键词一般为3～5个，按词条的外延层次排列(外延大的排在前面)。 目录目录按章、节、条三级标题编写，要求标题层次清晰。目录中的标题要与正文中标题一致。目录中应包括绪论、论文主体、结论、致谢、参考文献、附录等。 论文正文论文正文是毕业设计(论文)的主体和核心部分，一般应包括绪论、论文主体及结论等部分。 绪论绪论一般作为第一章，是毕业设计(论文)主体的开端。绪论应包括：毕业设计(论文)的选题背景及目的；国内外研究状况和相关领域中已有的研究成果；课题的研究方法、研究内容等。绪论一般不少于万字。 论文主体论文主体是毕业设计(论文)的主要部分，应该结构合理，层次清楚，重点突出，文字简练、通顺。论文主体的内容应包括以下各方面：⑴ 毕业设计(论文)总体方案设计与选择的论证。⑵ 毕业设计(论文)各部分(包括硬件与软件)的设计计算。⑶ 试验方案设计与选择的论证、实验过程、试验数据的处理及分析。⑷ 对本研究内容及成果应进行较全面、客观的理论阐述，应着重指出本研究内容中的创新、改进与实际应用之处。理论分析中，应将他人研究成果单独书写，并注明出处，不得将其与本人提出的理论分析混淆在一起。对于将其他领域的理论、结果引用到本研究领域者，应说明该理论的出处，并论述引用的可行性与有效性。⑸ 自然科学的论文应推理正确，结论清晰，无科学性错误。⑹ 管理和人文学科的论文应包括对研究问题的论述及系统分析，比较研究，模型或方案设计，案例论证或实证分析，模型运行的结果分析或建议、改进措施等。 结论论文的结论单独作为一章排写，但不加章号。结论是毕业设计(论文)的总结，是整篇论文的归宿。要求精炼、准确地阐述自己的创造性工作或新的见解及其意义和作用，还可进一步提出需要讨论的问题和建议。 致谢致谢中主要感谢导师和对论文工作有直接贡献及帮助的人士和单位。 参考文献按论文正文中出现的顺序列出直接引用的主要参考文献。毕业设计(论文)的撰写应本着严谨求实的科学态度，凡有引用他人成果之处，均应按论文中所出现的先后次序列于参考文献中。并且只应列出正文中以标注形式引用或参考的有关著作和论文。一篇论著在论文中多处引用时，在参考文献中只应出现一次，序号以第一次出现的位置为准。原则上，设计类题目查阅参考文献一般不少于10篇，论文类查阅参考文献一般不少于12篇,其中至少1篇为外文文献并译成中文，累计万汉字左右。各系部可以根据专业特点调整数量标准。 附录对于一些不宜放入正文中、但作为毕业设计(论文)又是不可缺少的部分，或有重要参考价值的内容，可编入毕业设计(论文)的附录中。例如，过长的公式推导、重复性的数据、图表、程序全文及其说明、外文原文及译文等。按照专业性质不同规定一定图幅的设计图纸。2 书写规范与打印要求 论文文字和字数除外语专业外，一般用汉语简化文字书写，论文字数在～2万字左右，说明书应为万字以上。根据《高等学校英语专业教学大纲》，英语专业毕业论文的字数要求应为4000-5000单词。 论文书写论文一律由本人在计算机上输入、编排并打印在A4幅面复印纸上，单面印刷。 字体和字号论文题目： 一号黑体章 标 题： 三号黑体节 标 题： 小四号黑体条 标 题： 小四号黑体正 文： 小四号宋体页 码： 五号宋体数字字母： Times New Roman体 封面由学校统一制定标准，学生可自行下载打印，并按照要求填写。 论文页面设置 页眉页眉为 辽宁科技学院本科生毕业设计(论文) 第 X 页5号宋体，右对齐，距边界17mm。 页边距与行间距论文的上边距：；下边距：；左边距：；右边距：。论文的行间距为倍行距。 页码的书写要求论文页码从绪论部分开始，至附录，用阿拉伯数字连续编排，页码位于页眉右侧。封面、摘要和目录不编入论文页码；摘要和目录用大写罗马数字单独编页码。 摘要 中文摘要中文摘要包括：论文题目（小三号黑体）、“摘要”字样（三号黑体）、摘要正文和关键词（小四号宋体）摘要正文后下空一行打印“关键词”三字（四号黑体），关键词一般为3～5个，每一关键词之间用逗号分开，最后一个关键词后不打标点符号。摘要正文的行间距为倍行距。段前、段后各设为行 英文摘要英文摘要另起一页，其内容及关键词应与中文摘要一致，并要符合英语语法，语句通顺，文字流畅。英文为Times New Roman体，字号和间距与中文摘要相同。 目录理工类专业目录的三级标题，建议按(1……、……、……)的格式编写，社科类专业目录的三级标题，建议按(一、(一) 1、)的格式编写，目录中各章题序的阿拉伯数字用Times New Roman体，第一级标题用小四号黑体，其余用小四号宋体。 论文正文章节及各章标题论文正文分章节撰写, 每章应另起一页。各章标题要突出重点、简明扼要。字数一般在15字以内, 不得使用标点符号。标题中尽量不采用英文缩写词，对必须采用者，应使用本行业的通用缩写词。 层次层次以少为宜，根据实际需要选择。正文层次的编排和代号要求统一，层次为章(如“1”)、节(如“”)、条(如“”)、款(如“1、”)、项(如“(1)”)。层次用到哪一层次视需要而定，若节后无需“条”时可直接列“款”、“项”。“节”、“条”的段前、段后各设为行。 引用文献引用文献标示方式应全文统一，并采用所在学科领域内通用的方式，用上标的形式置于所引内容最末句的右上角，用小四号字体。所引文献编号用阿拉伯数字置于方括号中，如：“…成果[1]”。当提及的参考文献为文中直接说明时，其序号应该用小四号字与正文排齐，如“由文献[8, 10-14]可知”。不得将引用文献标示置于各级标题处。 名词术语科技名词术语及设备、元件的名称，应采用国家标准或部颁标准中规定的术语或名称。标准中未规定的术语要采用行业通用术语或名称。全文名词术语必须统一。一些特殊名词或新名词应在适当位置加以说明或注解。采用英语缩写词时, 除本行业广泛应用的通用缩写词外, 文中第一次出现的缩写词应该用括号注明英文全文。 物理量名称、符号与计量单位物理量的名称和符号物理量的名称和符号应符合GB3100~3102-86的规定。论文中某一量的名称和符号应统一。物理量计量单位物理量计量单位及符号应按国务院1984年发布的《中华人民共和国法定计量单位》及GB3100~3102执行, 不得使用非法定计量单位及符号。计量单位符号，除用人名命名的单位第一个字母用大写之外，一律用小写字母。非物理量单位(如件、台、人、元、次等)可以采用汉字与单位符号混写的方式，如“万t•km”。文稿叙述中不定数字之后允许用中文计量单位符号, 如“几千克至1000kg”。表达时刻时应采用中文计量单位，如“上午8点3刻”，不能写成“8h45min”。计量单位符号一律用正体。 外文字母的正、斜体用法物理量符号、物理常量、变量符号用斜体，计量单位等符号均用正体。 数字按国家语言文字工作委员会等七单位1987年发布的《关于出版物上数字用法的试行规定》, 除习惯用中文数字表示的以外, 一般均采用阿拉伯数字。年份一概写全数，如2003年不能写成03年。 公式公式应另起一行写在稿纸中央，公式和编号之间不加虚线。公式较长时最好在等号“＝”处转行，如难实现，则可在＋、－、×、÷运算符号处转行，运算符号应写在转行后的行首，公式的编号用圆括号括起来放在公式右边行末。公式序号按章编排，如第一章第一个公式序号为“()”, 附录A中的第一个公式为“(A1)”等。文中引用公式时，一般用“见式()”或“由公式()”。公式中用斜线表示“除”的关系时应采用括号, 以免含糊不清, 如a/(bcosx)。通常“乘”的关系在前，如acosx/b而不写成(a/b)cosx。 表格每个表格应有自己的表序和表题（五号宋体，倍行间距）。并应在文中进行说明，例如：“如表”。表格一般采用三线表，表序一般按章编排，如第一章第一个插表的序号为“表”等。表序与表名之间空一格，表名中不允许使用标点符号，表名后不加标点。表序与表名置于表上居中(五号黑体加粗，数字和字母为五号Times New Roman体加粗)。表头设计应简单明了，尽量不用斜线。表头与表格为一整体，不得拆开排写于两页。全表如用同一单位，将单位符号移至表头右上角。表中数据应正确无误，书写清楚。数字空缺的格内加“－”字线(占2个数字)，不允许用“²”、“同上”之类的写法。表内文字说明(五号宋体)，起行空一格、转行顶格、句末不加标点。表中若有附注时，用小五号宋体，写在表的下方，句末加标点。仅有一条附注时写成：注：；有多条附注时，附注各项的序号一律用阿拉伯数字，例如：注1：。 图毕业设计的插图应与文字紧密配合，文图相符，技术内容正确。选图要力求精练。制图标准插图应符合国家标准及专业标准。机械工程图：采用第一角投影法，严格按照GB4457~4460-84, GB131-83《机械制图》标准规定。电气图：图形符号、文字符号等应符合有关标准的规定。流程图：原则上应采用结构化程序并正确运用流程框图。对无规定符号的图形应采用该行业的常用画法。 图题及图中说明每幅插图均应有图题(由图号和图名组成)。图号按章编排，如第一章第一图的图号为“图”等。图题置于图下，用五号宋体，倍行间距。有图注或其他说明时应置于图题之上，用小五号宋体，倍行间距。图名在图号之后空一格排写。引用图应说明出处，在图题右上角加引用文献号。图中若有分图时，分图号用(a)、(b)等置于分图之下。图中各部分说明应采用中文(引用的外文图除外)或数字项号，各项文字说明置于图题之上(有分图题者，置于分图题之上)。 插图编排插图与其图题为一个整体，不得拆开排写于两页。插图处的该页空白不够排写该图整体时，可将其后文字部分提前排写，将图移至次页最前面。 坐标与坐标单位对坐标轴必须进行说明，有数字标注的坐标图，必须注明坐标单位。论文原件中照片图及插图毕业设计(论文)原件中的照片图应是直接用数码相机拍照的照片，或是原版照片经过扫描后粘贴的图片，不得采用复印方式。照片可为黑白或彩色，应主题突出、层次分明、清晰整洁、反差适中。照片采用光面相纸，不宜用布纹相纸。对金相显微组织照片必须注明放大倍数。 注释毕业设计(论文)中有个别名词或情况需要解释时，可加注说明，注释可用页末注(将注文放在加注页稿纸的下端)或篇末注(将全部注文集中在文章末尾)，而不用行中注(夹在正文中的注)。若在同一页中有两个以上的注时，按各注出现的先后，须序编列注号，注释只限于写在注释符号出现的同页，不得隔页。 参考文献参考文献的著录均应符合国家有关标准(按GB7714—87 《文后参考文献著录格式》执行)。以“参考文献”居中排作为标识；参考文献的序号左顶格，并用数字加方括号表示，如［1］，［2］，…，以与正文中的指示序号格式一致。每一参考文献条目的最后均以“．”结束。各类参考文献条目的编排格式及示例如下。1．连续出版物［序号］主要责任者．文献题名[J] ．刊名，出版年份，卷号(期号) ：起止页码．例如: ［1］毛峡，丁玉宽．图像的情感特征分析及其和谐感评价[J] ．电子学报, 2001，29(12A) ：1923-1927．[2] Mao Xia, et al． Affective Property of Image and Fractal Dimension[J] ．Chaos, Solitons & Fractals．U．K．， 2003，V15：905-910．2．专著［序号］主要责任者．文献题名[M] ．出版地：出版者，出版年：起止页码．例如：[3] 刘国钧，王连成．图书馆史研究[M] ．北京：高等教育出版社，1979，15-18．3．会议论文集［序号］主要责任者．文献题名[A]．论文集名[C]．出版地：出版者，出版年：起止页码．例如：[4] 毛 峡．绘画的音乐表现[A] ．中国人工智能学会2001年全国学术年会论文集[C] ．北京：北京邮电大学出版社, 2001，739-740．[5] Mao Xia, et al． Analysis of Affective Characteristics and Evaluation of Harmonious Feeling of Image Based on 1/f Fluctuation Theory[A] ．International Conference on Industrial & Engineering Applications of Artificial Intelligence & Expert Systems (IEA/AIE ) [C] ． Austr- alia：Springer Publishing House，2002，17-19．4．学位论文［序号］主要责任者．文献题名[D] ．保存地：保存单位，年份．例如：[6] 张和生．地质力学系统理论[D] ．太原：太原理工大学，1998．5．报告［序号］主要责任者．文献题名[R] ．报告地：报告会主办单位，年份．例如：[7] 冯西桥．核反应堆压力容器的LBB分析[R] ．北京：清华大学核能技术设计研究院，1997．6．专利文献［序号］专利所有者．专利题名[P] ．专利国别：专利号，发布日期．例如：［8］ 姜锡洲．一种温热外敷药制备方案[P] ．中国专利：881056078，1983-08-12．7．国际、国家标准［序号］标准代号，标准名称[S] ．出版地：出版者，出版年．例如：[9] GB/T 16159—1996，汉语拼音正词法基本规则[S] ．北京：中国标准出版社，1996．8．报纸文章［序号］主要责任者．文献题名[N] ．报纸名，出版日期(版次)．例如：[10] 毛 峡．情感工学破解‘舒服’之迷[N] ．光明日报，2000-4-17(B1)．9．电子文献［序号］主要责任者．电子文献题名[文献类型/载体类型] ．电子文献的出版或可获得地址，发表或更新的期/引用日期(任选)．例如：［21］王明亮．中国学术期刊标准化数据库系统工程的[EB/OL] ． ．外国作者的姓名书写格式一般为：名的缩写、姓。例如A. Johnson，引用参考文献类型及其标识说明如下：根据GB3469规定，以单字母方式标识以下各种参数文献类型，如表：表 参数文献的标识参考文献类型 专著 论文集 （单篇论文） 报纸文章 期刊文章文献类型标识 M C (A) N J参考文献类型 学位论文 报告 标准 专利 其它文献文献类型标识 D R S P Z对于数据库、计算机程序及光盘图书等电子文献类型的参考文献，以下列字母作为标识，如表：表 电子文献的标识参考文献类型 数据库（网上） 计算机程序（磁盘） 光盘图书文献类型标识 DB(DB/OL) CP(CP/DK) M/CD关于参考文献的未尽事项可参见国家标准《文后参考文献著录规则》(GB7714－87)。 附录论文的附录依序用大写正体A，B，C……编序号，如：附录A。附录中的图、表、式等另行编序号，与正文分开，也一律用阿拉伯数字编码，但在数码前冠以附录序码，如：图A1；表B2；式(B3)等。 论文印刷与装订一般专业，毕业设计（论文）按以下排列顺序印刷与装订。（一） 封面 （六） 正文（二） 扉页 （七） 致谢（三） 中文摘要 （八） 参考文献（四） 英文摘要 （九） 附录（五） 目录左侧装订。英语专业，毕业设计（论文）按以下排列顺序印刷与装订。（一） 封面 （六） 正文（二）扉页 （七） 致谢（三）英文摘要 （八） 参考文献（四）中文摘要 （九） 附录（五） 目录左侧装订。
miumiu6571
英国学校老师很看重学生对论文参考文献格式的引用，参考文献应该包含你或其他人追踪所使用的来源的信息，应该要遵循同一套规则和语法（冒号和逗号），每次都引用参考（一致性）。
注意！ 你应该按照你的学校或导师指导的引用规范，通常采用的是 Harvard Reference格式。
论文参考文献格式：Harvard Reference格式
正文中
国外的参考文献引用方法和中文有很大的差异性，中文引用喜欢照搬别人的原话，但英文一般不这样，要自己归纳别人的观点，或者说别人做了什么研究，结论如何，总之最好不要原文照搬。
文中不出现作者名字 如果引用作者的某句话或者某个观点，就在句尾加上（），（）内标注作者的名字和该文章的出版年份，凡是有引用的，不管是从报纸上来的，还是书本、论文都要标注。
如：Making reference to published work appears to be characteristic of writing for a professional audience (Cormack 1994).
文中出现作者名字 如果正文中出现了作者的姓名，如xxx said/ concluded/ suggests…则在姓名后面加（），（）内只要标注年份即可。
如：Jones (1946) and Smith (1948) have both shown……
其他情况
如果一个作者同年出版了两本书。如：2005年，要这样标注（Author 2005a）或（Author 2005b）。
如果在一篇文章中引用多篇报纸文章，则要表明这篇报纸文章的具体日期。如：（The Guardian, October 18, 2005）。
文末
在文末还要列个论文参考文献列表，不用像中文那样标1234，只要按照正文中的引用次序依次排列就可以。
一个作者
1.书籍
姓氏，名字（缩写）。（年份）标题（斜体或下划线）。版本（如果给出）。出版商。
如： Kotler, P. and Keller, KL (2006) Marketing management. 12th ed. Pearson Education .
2.期刊文章
姓氏，缩写。（年）文章标题。杂志名称 卷（部件号）：页。
如： Partington, M. (2006) Housing: proportionate dispute resolution. Landlord and Tenant Review. 10(3): 81-84.
3.互联网来源或电子杂志
姓氏，名字的首个大写字母。文章名。期刊名（斜体），第几卷（卷）第几期（编号），页码。网址。
如：Jenkings,R.,1989. Clashing with caching. ARIADNE, [Online] Issue 21,10 September. Available at: he/
4.报纸上的文章
姓氏，名字的首个大写字母，年份。文章名。报纸名（斜体），改文章发表的日期，页码。
如：Slapper, G., 2005. Corporate manslaughter: new issues for lawyers. The Times, 3 Sep. .
两个作者 两个作者之间用and 或者&链接，其他同一个作者
如：Kirk, J.& Munday, RJ, 1988. Narrative analysis. 3rd ed. Bloomington: Indiana University Press.
三个或三个以上作者 列出第一个作者之后，加et al.，其他同一个作者
如：Grace, B. et . A history of the world. Princeton, NJ: Princeton University Press.
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凯大大!
找相似序列一般通过NCBI网站上的BLAST搜索就可以了，您所提交的序列应该为Fasta格式：>nameaattccggaattccgg关于系统发育树的构建：多序列比对建议用ClustalX建NJ或MP树，用MEGA就可以了，非常方便若要建ML树推荐用phyML建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC如果不是专业建树的话，MEGA足够用了，建议参考下面这篇文章：一、引言开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有 3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：1．涉及基本概念例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。2．关于构建进化树的方法的选择例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。3．关于软件的选择例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用ClustalX做出来的进化树与 phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。4．蛋白家族的分类问题例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。5．新基因功能的推断例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。6．计算基因分化的年代例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化中变异所需时间”，等等。7．进化树的编辑例如生成的进化树图片，如何进行后续的编辑，比如希望在图片上标注某些特定的内容，等等。由于相关的帖子太多，作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时，作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念，作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一书，以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7，作者之一lylover一般使用Powerpoint进行编辑，而 Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。这里，作者在这里对问题2-6进行简要地解释和讨论，并希望能够初步地解答初学者的一些疑问。二、方法的选择首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Maximum parsimony，最大简约法）、ML（Maximum likelihood，最大似然法）以及贝叶斯（Bayesian）推断等方法。其中UPGMA法已经较少使用。一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。对近缘序列，有人喜欢MP，因为用的假设最少。MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。贝叶斯的方法则太慢。对于各种方法构建分子进化树的准确性，一篇综述（Hall BG. Mol Biol Evol 2005, 22(3):792-802）认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。对于NJ和ML，是需要选择模型的。对于各种模型之间的理论上的区别，这里不作深入的探讨，可以参看Nei的书。对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。以作者的经验来说，对于蛋白质的序列，一般选择Poisson Correction（泊松修正）这一模型。而对于核酸序列，一般选择Kimura 2-parameter（Kimura-2参数）模型。如果对各种模型的理解并不深入，作者并不推荐初学者使用其他复杂的模型。Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，作者推荐使用缺省的参数。需要选择模型的时候（例如用NJ或者ML建树），对于蛋白序列使用Poisson Correction模型，对于核酸序列使用Kimura-2参数模型。另外需要做Bootstrap检验，当Bootstrap值过低时，所构建的进化树其拓扑结构可能存在问题。并且，一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，则结果较为可靠。三、软件的选择表1中列出了一些与构建分子进化树相关的软件。构建NJ树，可以用PHYLIP（写得有点问题，例如比较慢，并且Bootstrap检验不方便）或者MEGA。MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。作者推荐MEGA软件为初学者的首选。虽然多雪列比对工具ClustalW/X自带了一个NJ的建树程序，但是该程序只有p- distance模型，而且构建的树不够准确，一般不用来构建进化树。构建MP树，最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。因此，作者并不建议使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用来构建进化树。这里，作者推荐使用MEGA来构建MP树。理由是，MEGA是图形化的软件，使用方便，而PHYLIP则是命令行格式的软件，使用较为繁琐。对于近缘序列的进化树构建，MP方法几乎是最好的。构建ML树可以使用PHYML，速度最快。或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。而PAML则并不适合构建进化树。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。这里作者推荐的工具是BioEdit。BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。Tree- puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不推荐使用。值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。贝叶斯的算法以MrBayes为代表，不过速度较慢。一般的进化树分析中较少应用。由于该方法需要很多背景的知识，这里不作介绍。表1 构建分子进化树相关的软件软件 网址 说明ClustalX 图形化的多序列比对工具ClustalW 命令行格式的多序列比对工具GeneDoc 多序列比对结果的美化工具（可以导入fasta格式的文件，出来的图可用于发表，我用过）BioEdit 序列分析的综合工具MEGA 图形化、集成的进化分析工具，不包括MLPAUP 商业软件，集成的进化分析工具PHYLIP 免费的、集成的进化分析工具PHYML 最快的ML建树工具PAML ML建树工具Tree-puzzle 较快的ML建树工具MrBayes 基于贝叶斯方法的建树工具MAC5 基于贝叶斯方法的建树工具TreeView 进化树显示工具（加红色标注的为最通用的分析软件）需要注意的几个问题是，其一，如果对核酸序列进行分析，并且是CDS编码区的核酸序列，一般需要将核酸序列分别先翻译成氨基酸序列，进行比对，然后再对应到核酸序列上。这一流程可以通过MEGA 以后的版本实现。MEGA3现在允许两条核苷酸，先翻成蛋白序列比对之后再倒回去，做后续计算。其二，无论是核酸序列还是蛋白序列，一般应当先做成 FASTA格式。FASTA格式的序列，第一行由符号“>”开头，后面跟着序列的名称，可以自定义，例如user1，protein1等等。将所有的FASTA格式的序列存放在同一个文件中。文件的编辑可用Windows自带的记事本工具，或者EditPlus（google搜索可得）来操作。另外，构建NJ或者MP树需要先将序列做多序列比对的处理。作者推荐使用ClustalX进行多序列比对的分析。多序列比对的结果有时需要后续处理并应用于文章中，这里作者推荐使用GeneDoc工具。而构建ML树则不需要预先的多序列比对。因此，作者推荐的软件组合为：MEGA + ClustalX + GeneDoc + BioEdit。四、数据分析及结果推断一般碰到的几类问题是，（1）推断基因/蛋白的功能；（2）基因/蛋白家族分类；（3）计算基因分化的年代。关于这方面的文献非常多，这里作者仅做简要的介绍。推断基因/蛋白的功能，一般先用Blast工具搜索同一物种中与不同物种的同源序列，这包括直向同源物（ortholog）和旁系同源物（paralog）。如何界定这两种同源物，网上有很多详细的介绍，这里不作讨论。然后得到这些同源物的序列，做成FASTA格式的文件。一般通过NJ构建进化树，并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘，可以再使用MP构建进化树，进行比较。如果序列较远源，则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树，如果差别不大，并且Bootstrap总体较高，则得到的进化树较为可靠。基因/蛋白家族分类。这方面可以细分为两个问题。一是对一个大的家族进行分类，另一个就是将特定的一个或多个基因/蛋白定位到已知的大的家族上，看看属于哪个亚家族。例如，对驱动蛋白（kinesin）超家族进行分类，属于第一个问题。而假如得到一个新的驱动蛋白的序列，想分析该序列究竟属于驱动蛋白超家族的14个亚家族中的哪一个，则属于后一个问题。这里，一般不推荐使用MP的方法。大多数的基因/蛋白家族起源较早，序列分化程度较大，相互之间较为远源。这里一般使用NJ、ME或者ML的方法。计算基因分化的年代。这个一般需要知道物种的核苷酸替代率。常见物种的核苷酸替代率需要查找相关的文献。这里不作过多的介绍。一般对于这样的问题，序列多数是近缘的，选择NJ或者MP即可。如果使用MEGA进行分析，选项中有一项是“Gaps/Missing Data”，一般选择“Pairwise Deletion”。其他多数的选项保持缺省的参数。五、总结在实用中，只要方法、模型合理，建出的树都有意义，可以任意选择自己认为好一个。最重要的问题是：你需要解决什么样的问题？如果分析的结果能够解决你现有的问题，那么，这样的分析足够了。因此，在做进化分析前，可能需要很好的考虑一下自己的问题所在，这样所作的分析才有针对性。六、致谢本文由mediocrebeing在2005年9月8日所发起的讨论《关于建树的经验》扩充、修改而来。文章的作者按原贴ID出现先后排名，由 lylover执笔。作者同时感谢所有参与讨论的战友。作者lylover感谢中国科大细胞动力学实验室的金长江博士所给的一些有益的建议。来源:丁香园(mediocrebeing, rodger, lylover , klaus, oldfish, yzwpf)
参考文献著录格式 1 期刊作者.题名［J］.刊名，出版年，卷(期)：起止页码 2 专著作者.书名［M］.版本(第一版不著录).出版地：出版者，出版年.起止页码
烧仙草AO 6人参与回答 2023-12-10 参考文献的缩写是指文献类型标识参考文献中，文献类型标识包括如下：专著［M］，论文集［C］，报纸文章［N］，期刊文章［J］，学位论文［D］，报告［R］，标准［S］
巧克力麦乳精 6人参与回答 2023-12-11 论文都会进行查重率审核，如果查重率过高，就需要降重；因此论文降重，顾名思义，就是降低论文重复率的意思
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草莓宝宝2006 8人参与回答 2023-12-11 pt就是磅，就是行与行之间的距离是20pt
有心便是海 5人参与回答 2023-12-12 
