这里面包括几方面问题： 1、合作是以什么方式？ a 许可你公司使用；b 专利作价出资与你公司成立新公司；c转让给你公司 2、不管何种方式，也不管是否到专利局作了备案，签订的合作协议是受合同法保护的， 3、专利许可或者专利转让是需要全体专利权人同意后才能在专利局办理相关手续。以房产为例，夫妻二人为房产共同所有人，女方与第三人签订买卖合同，并收取了房款，这时结果可能两种，一伪造过户手续，二男方一直不知情。 这种情形下，男方都可以要求终止合同，但第三方可以要求继续履行，虽然手续不合法或者一方不知情，影响的是过户手续问题，但是买卖合同是受保护的。换到你提的问题，若是合作中手续未办理或者不合法，你们支付出的费用有无法收回的可能。
专利使用权协议的注意事项有：1、必须明确约定实施许可的形式，是普通、排他还是独占。2、在订立专利实施许可合同时应该明确约定专利实施许可的范围，包括专利实施方式的限制；制造专利产品数量或使用专利方法次数的限制；实施期限和地域的限制。3、明确专利权终止或被宣告无效的法律责任。根据我国法律规定，发明专利权的有效期限是申请之日起20年，实用新型和外观专利的有效期限是申请之日起10年。4、审查专利实施许可合同的有效性。此处应当注意的是：是否被授予专利权；转让方是否为合法的专利权人；是否有共有权人，是否取得共有权人的同意；专利权的缴费问题。5、注意约定转让方的一些特定义务。比如，提供实施专利技术的有关资料和必要的技术指导；承担对专利权的完整性的担保义务；承担如实向受让方说明订立合同前专利实施的情况等。6、特别注意约定“验收标准和方式”。专利实施许可合同履行过程中，当事人常会因合同标的——技术成果是否成熟、先进、可靠、适用而发生纠纷。7、专利实施许可合同要备案。根据《专利法实施细则》第15条第2款的规定，专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。8、注意“不争议条款”是无效条款。“不争议条款”又称“不得反控条款”，是指在专利实施许可合同中，规定被许可方不得对许可合同中所涉及专利权的合法性提出质疑，即被许可方不得在合同有效期内对合同中涉及的专利权直接或者间接地向专利复审委员会提出无效宣告请求
楼上那位说的挺全面的了专利权人肯定是你们公司，至于你说的利益方面的分成以及纷争，要是没有协议的话那就是你们老板和他朋友之间的私事了，还有就是如果你们公司要用这个专利是不涉及转让的，因为专利权人就是你们公司。
如果是公司的全职研发人员，发明创造成果属于公司，申请专利的权利也属公司，但发明人会是研发人员，一般企业从管理的角度，对做出成果的研发人员在专利申请后，给研发人员一笔奖金，如果是发明，授权后，会再发一笔奖金。但以后专利技术有了效益，一般就不会再有奖励。当然，有些公司为了留住人才，也会再根据公司的经营情况，再发奖励。 如果不是公司的全职员工，那么个人有了发明创造成果，如果这个成果不是双方合作的目的，那么公司要想拥有这项技术的专利，就需要重新拟定合作协议，这个时候的协议最好是签订合伙协议，规定好双方的权利和义务。如果你在这个公司兼职的目的本来就是研发这项技术，那么在合作之前，你们应该已经签有协议，那就按协议的规定延续合作。如果你觉得发明创造特别好，按以前的利益分配你不满意，你可以与合作伙伴进行重新协商，协商不成，找仲裁，再不成，上法院。如果合作之前，并没有签署明确的协议，现在技术成果出来了，你们正好可以坐下来协商如何分配双方的利益。这个也可以签合伙协议。一般技术难度越大，研发人员的分成就越高，但资金也很重要，没有资金，技术就会束之高阁，见不了效益，所以，研发人员也要适当的妥协，满足合伙人的利益需求。一般的技术合伙分成，有10%的，也有80%的，这个主要是当事人自己评估，然后谈判得出来的。
第一先打击一下楼主的积极性：专利文件撰写非常专业，而且需要由理工科背景的人员担任，楼主不要说代理经验，连最基本的背景都不符合。楼主硬要尝试的话会很痛苦。第二给楼主个合理建议：知识产权产权包括专利、商标和版权，其中商标和版权都需要有法律根底和实际工作经验，楼主可以考虑向这方面发展，干好了一样可以成为行业精英的。
楼主大大这个都有的 可以去问的
答:专利申请账户使用协议事实应该可以代理签署。
如何以电子文件形式提出专利申请二、具体要求 如何以电子文件形式提出专利申请？ 根据我国《专利法实施细则》的规定，除了书面形式外，还可以采用国家知识产权局规定的其他形式申请专利，通过互联网以电子文件形式提出专利申请（以下简称电子专利申请）就是其中的一种。如何以电子文件形式提出专利申请一、适用范围发明、实用新型和外观设计专利申请均可采用电子文件形式提出。专利法及其实施细则和审查指南中关于专利申请和相关文件的所有规定，除专门针对以纸件形式提交的专利申请和相关文件的规定之外，均适用于电子专利申请。依法办理专利国际申请进入中国国家阶段手续的，可以采用电子形式提交专利法实施细则规定的国际申请进入中国国家阶段所需提交的文件。向国家知识产权局提出专利国际申请的，不能采用电子文件形式。
申请发明专利的，申请文件应当包括：发明专利请求书、摘要、摘要附图（适用时）、说明书、权利要求书、说明书附图（适用时），各一式两份。申请实用新型专利的，申请文件应当包括：实用新型专利请求书、摘要、摘要附图（适用时）、说明书、权利要求书、说明书附图，各一式两份。申请外观设计专利的，申请文件应当包括：外观设计专利请求书、图片或者照片（要求保护色彩的，应当提交彩色图片或者照片）以及对该外观设计的简要说明，各一式两份。提交图片的，两份均应为图片，提交照片的，两份均应为照片，不得将图片或照片混用。
第一条 为了规范与通过互联网以电子文件形式提出的专利申请（以下简称电子专利申请）有关的程序和要求，依照专利法实施细则第三条和第十六条第二款，制定本规定。第二条 提出电子专利申请的，应当事先与国家知识产权局签订《电子专利申请系统用户注册协议》（以下简称用户协议）。 开办电子专利申请代理业务的专利代理机构，应当以该专利代理机构名义与国家知识产权局签订用户协议。 申请人委托已与国家知识产权局签订用户协议的专利代理机构办理电子专利申请业务的，无须另与国家知识产权局签订用户协议。第三条 发明、实用新型和外观设计专利申请均可采用电子文件形式提出。 依照专利法实施细则第九十九条第二款的规定办理专利国际申请进入中国国家阶段手续的，可以采用电子形式提交专利法实施细则第一百零一条规定的文件。 依照专利法实施细则第九十九条第一款的规定向国家知识产权局提出专利国际申请的，不适用本规定。第四条 提交电子专利申请和相关文件的，应当遵守用户协议中规定的文件格式、数据标准、操作规范和传输方式。不符合本条上述规定，导致电子专利申请和相关文件未能被电子专利申请系统正常接收的，电子专利申请不予受理，相关文件视为未提交。第五条 申请人以纸件形式提出专利申请并被受理的，在针对该专利申请的各程序中应当以纸件形式提交相关文件。除另有规定外，国家知识产权局不接受申请人以电子形式提交的相关文件。不符合本款规定的，视为未提交。 申请人提出电子专利申请并被受理的，在针对该专利申请的各程序中应当以电子形式提交相关文件。除另有规定外，国家知识产权局不接受申请人以纸件形式提交的相关文件。不符合本款规定的，视为未提交。第六条 申请人提出电子专利申请并被受理的，对专利法及其实施细则和审查指南中规定必须以原件形式提交的相关文件，申请人应当提交原件的电子扫描/图像文本，并在规定或者指定期限内提交原件。第七条 申请人提出电子专利申请的，以国家知识产权局收到符合专利法及其实施细则规定的专利申请文件之日为申请日。国家知识产权局在收到申请人于规定期限内缴纳的专利申请费之后，向申请人发出受理通知书。申请人提交了符合专利法及其实施细则规定的专利申请文件，但未在规定期限内缴纳专利申请费的，国家知识产权局在发出受理通知书的同时，发出视为撤回通知书。第八条 提出电子专利申请的，应当通过互联网缴纳专利申请费和其他各项费用。除另有规定外，电子专利申请的各项费用均应按照现行收费标准规定的数额缴纳。第九条 对于电子专利申请，国家知识产权局以电子文件形式向申请人发出各种通知书、决定和其他文件的，申请人应当按照用户协议规定的方式获取。第十条 专利法及其实施细则和审查指南中关于专利申请和相关文件的所有规定，除专门针对以纸件形式提交的专利申请和相关文件的规定之外，均适用于电子专利申请。第十一条 本规定由国家知识产权局解释。