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基于生物信息学分析论文开题报告

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基于生物信息学分析论文开题报告

1,论文的基本结构: 一般由三个部分构成: 文章题目 作者及工作单位 摘(提)要 关键(或主题)词 引言 正文 结论 致谢 参考文献 附录部分(必要时) 统计图表,照片,其它材料陈伯清2,题目:是论文中最重要的特定内容的逻辑组合,既要简明扼要,又要高 度概括,愈简单愈不费解愈好,文字不宜太长,最多不超过 20 个字,如果用较 少字数实在难以表达可用简短的正题,再用副标题补充正题的不足.题目要恰如 其分地反映文章的内容,又要简练质朴,便于引用,避免用广告式的,夸大的字 句.题目的确定要考虑写作范围和内容,文章的性质和意义,写作动机和思考方 法,是否与同类文章混同以及是否有助于选定关键词和编制题录,索引等. 3,作者及工作单位:作者署名应限于直接参加本文所涉及的实际工作并能 对本文有答辩能力, 能对文稿内容负责的人.个人的研究成果写成论文由个人署 名, 几个人合作的成果写成论文应共同署名并按贡献大小协商排列. 署名者限于: (1)参加本项研究选题和制定试验研究方案; (2)参加观察记载和获取数据工 作; (3)参加试验数据的解释并导出结论; (4)参加撰写论文并对内容负责的人 以及阅读全文并同意发表者,没有参加具体工作或工作中给予某些支持和帮助 者,可在致谢中注明.第一作者应是论文的写作者,对论文负全部责任.一般署 名不超过 5 个且署真名. 单位作者应加脚注注明执笔人,多作者时姓名间空一格 或用", "分隔.工作单位应在署名下一行或同一行署名,后面用圆括号括起写 出, 不同单位要分别写出. 单位必须写全称, 并注明城市名称和邮政编码如: (淮 阴工学院,淮安 223001) . 4,摘要:原则上超过 3000 字以上的论文应附摘要,主要是为了便于读者概略地了解论文的内容以及进行信息处理,摘要可分报道性,指示性,报道一指示 性三种.指示性摘要主要指出文章所写的是什么问题,不涉及内容,告诉读者此 文解决,处理什么范围内的问题;报导性摘要说清研究的内容,理论依据,价值 等;批示一报导性摘要应该说明文章的目的,方法,结果,力求简明,精练,突 出创造性,但不加评论,与内容词无关不用,图表不用,一般在 300 字左右,防 止长,粗,残.反复出现的语言可和缩略语或缩写字表示,尽量用代号语言. 5,关键词:为了表述文章内容特征, 便于计算机检索,每篇论文应提供 3 至 5 个关键词.关键词应该是最能体现论文主要内容的词或短语,可以是从论文 的题目或内容提要中精练出的自由词,也可以从《汉语主题词表》查定,如系从 《汉语主题词表》中提供的规范词,则关键词可写成主题词.二者的主要区别在 于主题词是已经过标准化和规范化处理的名词术语,用来表达文献的主题概念; 关键词是从文章中提取出来的对表达文献主题内容实质意义的词汇, 尚未经规范 处理,或规范化程度较低,接近自然语言. 标引关键词时,关键词应顶格写,后 空一格,词间用", "末尾不加标点. 6,引言:用以说明写作本文或从事该项课题研究的目的,内容和意义,概 述本文或本课题的理论依据,技术途径,国内外同类研究的现状,前人已取得的 成果及存在的主要问题,从而提出研究目标,并预期结果和意义.引言应力求简 单避免文字和内容正文重复,对常规知识和结果不需引进引言中,一般不超过 500 字.引言中以有些提法如"尚未风报道"或"未曾研究过" "达到国内先进 水平外"等到之类的提法应慎重, 要留有余地.引言一般不写标题,开门风山. 7,正文:这是论文的主体和核心充分体现出作者在论文中的创造性见解, 要对收集到的有关材料,研究对象,观点,研究结果,成果等加以阐明,其写作 方法可按试验过程中对性状表现顺序或观察次序展开分析, 亦可根据认识深化过 程,对获得的数据和观察结果加以整理,由现象到本质,得出结论,其结构可分 为方法,结果,讨论三个部分. (1)方法(材料和方法) :要反映科研课题设计的主要内容包括试验或观察 的对象,地点,时间, 注明试验设计方法以有调查项目,各项目的调查方法,所 需设备等以便他人能重复验证.对于众所周知的方法和原理可不作详细介绍,对 于非大家熟悉但已发表的方法应简略介绍,并给出文献名称,对自己创造的方法 应给出依据并详细介绍. (2)结果:试验结果决定该项研究工作的成效,反映论文的价值,应该运用 恰当的分析方法和逻辑顺序将观察记录的资料,进行整理,归类用精练的语言和 必要的图,表示出来,图,表,文密切配合,不能重复,由数据导出结论时,为 保证结论的可靠性, 应对数据进行统计学处理.(3)讨论(分析) :讲座或分析是论文报道的中心内容是论文的核心所在, 而且始终是一篇文章中最难写的部分,论文水平,学术价值,指导意义均在引体 现出来,丁光生教授认为"它应包括:主要原理和要领实验条件,尤其是尚未控 制的实验条件,缺点更应说明;本文结果与他人结果之异同,突出新发现,新发 明,解释因果关系,说明偶然性与必然性,尚未定论之处,相反的理论;急需研 究的方向与问题,讨论禁忌:综述文献,重复叙述结果,报喜不报优,隐瞒缺点; 循环推理, 以假设来'证明'假设,以'末知'来说明'未知' ,泛泛而谈" .其 方法是根据观察资料进行整理分析和归纳,综合由现象到本质,从感性认识到理 性认识进行正确判断,逻辑推理,力求论题明确,论据充足论断正确.然后通过 与同类资料的比较,找出两者异同点,或进一步肯定前人的见解和结论;或否定 前人的谬误;或在前人成果的基础上,有新发现和创新,并作出初步评价[3], 并科学地预见方向,要求文稿准确,简炼,通顺,达意,层次分明, 方法新颖, 利用别人的资料,结论要注明出处(标注方法见 10) .写作时为减少章节,讨论 和结果可作为一项. 8,结论:结论是全文的总结,也是全部研究成果的概括,应该用措辞严谨 的法律式语言,对全文进行小结,形成一个总的观点,归结成都市个学说或一个 理论,语言要准确不能含糊,不能模棱两可,文字要鲜明.有些研究只有中间结 果或尚得不出明确的结论,应该客观地提出来,说明其原因,提出进一步研究的 方向,这样通过最后的机会,把最需要强调的观点纲领性地重现一下, 容易给人 留下深刻的,鲜明的印象.结论的写作应经得起实践的检验,不能夸大其辞,实 在无法推导出结论时则可不写.也可把讨论与结论合二为一,以节省篇幅. 9,致谢:是对文中未署名而对论文写作和研究过程中给予帮助的人进行公 开感谢的形式,文字较少时可放在论文首页下面的脚注内(脚注主要用于解释题 名,作者等) ,如内容较少时则在结论和参考文献之间专列谢辞一项.应在谢辞 中记述的对象包括研究,实验,写作过程中的协助者和指导者;参加讨论并给以 启发者; 提供材料,实验器材的单位和个人;提供数据,图表资料者;帮助审稿 和修改者.论文寄给刊物后编辑部约请专家审改则不必致谢.在致谢时既要防止 失之过宽,写上一些可写可不写的单位和个人.又要防止对那些确实给予帮助者 不公开致谢而造成的剽窃掠美之嫌.在致谢时必须经过被致谢者的同意.谢辞应 简洁,如"本研究得到×××先生的指导谨表谢意".得到帮助的方式可具体也 可概括地提一下,国家自然科学基金资助项目应在脚注中注明,不致谢不编号. 10, 参考文献: 为了体现科学技术的继承和发展以及对前人劳动成果的尊重, 精简文字,反映严格的科学态度以及研究成果的科学性或科学研究工作的依据, 便于读者查阅原始文献资料,需列出参考文献,参考文献只摘要列出,旨用参考文献必须是作者阅读过, 而且必须参考的属于众所周知的, 常识范围的原理方法, 结论等不作为参考文献引用.内部资料,末发表资料,一般不列为参考文献.参 考文献的编写应按 GB3179—82《科技学术期刊编排规则》的规定执行.文献数 量一般不超过 10 至 15 篇,综述 25 至 30 篇. (1)论文正文部分引用文献的标注方法 引用文献的标注有二种方法: 一种是顺序编码制, 另一种是著者一出版年制. ①顺序编码制:按论文中引用文献的先后顺序连续编码排列,并将顺序号置 于方括号中, 标注在引用文献出现处的右上角,在同一处引用数篇文献时,其文 献号间用", "隔开如写连续序号,可标注起止符.如: "丁颖等[2]的研究结果 将……;MacFarlam[3]指出;Brown[4,5]认为;关于这些脂肪酸成分的遗传已有过 一些研究[2,3,5,12];早期的研究[1,3,5]已经得出……"等[4]. ②著者一出版年制:引用文献的标注内容由著作者姓名和出版年组成,文中 不标序号如 "据文献 (王兆椿等, 1987) 报道……; Gasper 等人 (1981) 认为……; Jacksm 等(1983,1986)指出:……国外的研究(Genera,1982;Haissing,1983) 已经指出:……"等.这种用法已不多见,仅在以往或早期出版物上多见. 参考文献标注是,中国,鲜明,日本人名用中文,其余仅标姓而不标,只有 在标姓不能表示该人时才标姓名.但此时名字首字母需缩写且放在姓前,如 M.B.Jacksm 等. 文后参考文献的著录也有二种即顺序编码制和著者一出版年制,不管那种方 须经和正文一致起来,著作者为中,朝,日,东方国家人用全姓名,西方人亦用 全姓名但姓在名前, 与正文中正好相反;题名可著录亦可省略.出版年按我国的 表示法 (目前国外表示年月和人的姓名) 有逐步向中国人的习惯方向转化的趋势, 原因是便于计算机检索) . 顺序编码制 A,专著和书籍的著录:按" (序号) ,作者姓名(超过 3 人,中文后加等) , 书名,版次(第一版不标注) ,出版地:出版者,出版年:引文起页~止页"的次 序排列,末尾不加标点.如系译著应在外国人名后加中文译者名.如: 1,莫惠栋.种稻原理和技术,南京:江苏人民出版社,1978:97~103 2, 松岛省三, 肖连成译.稻作栽培新技术,长春: 吉林人民出版社, 1973: 6~29 B,期刊等连续出版物的著录按照" (序号) ,作者. 题名. 刊名,出版年;卷 (期) :起页~止页"的次序排列,末尾不加标点(如系连续编页码的期刊可不写 期次)如: 1,金先春,凌启鸿等.小麦灌浆后期青枯骤死机理探讨.作物学报,1990:16 (3)228~234C,出版的会议论文的著录:按照" (序号) ,著作者姓名,题名,见:整本 文献编者姓名,编(有编者和必要时) .会议文献名.出版地:出版者,出版年: 起页~止页"的次序著录,末尾不加标点如: 1,郑荣梁等.兰州空气票尘中稳定性自由基浓度变化规律.中国生物物理学 会 ,主编自由基生物学与自由基医学学术会议资料.北京,1988:85~86 2, D,报纸文章按"作者,篇名,报纸,全称,年月日,第×版"的次序排列. 著者一出版年制 将文献按文种分类集中排列, 文献文种排列顺序为中,日,英,俄,德,示, 然后按著者名和出版年排列,如: 1,张龙祥等.1981,生化实验方法和技术.北京:人民教育出版社,55 2,周永明,刘后利.1987,作物学报,13(1) :1~10 3,BakerRC.1963.Microscopic Staining techniques. London: Butterworth, 55~60 11,英文题目和摘要等:在内部发行的刊物一般不要英文摘要,在国内发行 的学术刊物一般应给出英文题目,而在公开发行的学术刊物上,除研究简报或学 术性不太强的论文外,一般应将论文前置部分译成英文, 放在参考文献之后,英 文题目中实词的首字母一律用正体大写,不超过 10 个实词,作者名词用汉语拼 音,姓与名首字母大写,双连名字之间不留间隙也不加连字符(以 a.o.e 开头的 "*" ,作者间用", "分隔.作者 音节,应加", "分开)如 Li Piming. "Li Jian" 单位应写全称与中文格式一致,如"Jian g su Farming Reclamtion Worker's University, Huaiyin, China 223001" .英文摘要用"ABSTRACT"一词, 一般不超 过 150 个实词.关键词用"KEY WORDS"可大写,亦可首字母大写但此时"A 或 K"字母的前应空 3 个字母.

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Technology》等)、教育网站和国际国内有关学术会议(GCCCE、ICCE、CBE等)的论文集进行分析,网络教学的设计研究主要是关于建构主义学习环境的设计和协作学习的设计等方面,缺乏系统的研究。可以说,网络教学的设计理论的研究还处于初级阶段,还有很多问题需要去研究和探索。例如,在网络环境下如何利用网络资源进行主动学习、利用虚拟情境进行探究学习、利用通讯工具进行协商学习、利用工具进行创造学习的设计以及教师指导性活动的设计等方面,都值得我们去研究。2、网络教学的评价研究才刚刚起步随着Internet应用的普及,网络教学已成为一种重要的教学手段和教学场所。然而,与传统教学相比,网络教学的质量保证体系却显得不够完善、健全。如何保证网络教学的质量,建立一个行之有效的网络教学评价模型,已成为网络教学研究的一个重要课题。时至2000年,教育部批准全国31所高校建立网络教育学院,但却没有制定出如何保证网络教育质量的相关政策。美国国家教育政策研究所(The Institute For Higher Education Policy)于2000年4月也发表了一份名为"在线教育质量:远程互联网教育成功应用的标准"的报告,然而,这些文章(报告)也仅仅是描述性的定义网络教学的评价指标,而对如何组织评价、如何获取定量数据、评价数据如何促进教学等方面则很少涉及。目前,网络教学的支撑平台中的学习评价模块往往只含有测试部分,而缺乏相应的分析与反馈。(二)课题研究的意义1、促进网络教学的发展,提高网络教学的质量由于网络教学可以实现信息资源共享,在网上组织最优秀的教材和教法,使学习者在网上可以学到最新的知识,因此是教学改革发展的方向。通过本项目的研究与实践,使网络教学更能为学习者提供一个建构主义的学习环境,充分体现学生的首创精神,学生有更多的机会在不同情境下去运用他们所学的知识,而且学生可以根据自身的行动的反馈来形成对客观事物的认识和解决实际问题的方案,从而提供网络教学的质量。2、寻找利用计算机技术和网络技术实现学生远程交互自主学习的教学设计的技术解决方案3、完善和发展教学设计理论网络环境下的教学与传统教学,不仅是教学环境的不同,在教学内容、教学手段、教学传播形式上都有本质的区别。通过本项目的研究,能够解决网络环境下,教学如何进行教学设计,如何调控教学过程,如何有效实施教学活动以达成教学目标,是对教学设计理论的完善和发展。二、课题研究内容(一)研究的主要内容1、网络教学设计理论体系的研究包括教学目标的设计、建构性学习环境的设计、学习情境的设计、学习资源的设计、学生自主学习活动的设计、学生协作学习活动的设计、教师指导性活动的设计、学习评价工具的设计等。2、基于网络环境下的教学策略与教学模式的研究(1)网络教学策略的研究,如网络环境下的教学内容组织策略、网络环境下的教学情景营造策略、网络环境下的教学对话组织策略、网络环境下的的课堂管理策略等(2)网络教学模式的研究,如项目化学习模式、探索性学习模式、研究性学习模式等3、网络教学评价的内容体系、方法、步骤与模型的研究4、网络教学设计系统软件的开发与应用5、网络教学评价系统软件的开发与应用根据上述研究内容,总课题下设如下子课题:1、网络教学设计与教学评价的理论研究(谢幼如、李克东)2、网络教学资源的开发(邓文新)3、网络教学设计与教学评价系统的开发(柯清超)4、Web课程的教学过程设计及支持系统的研究(陈品德)5、网络教学设计与教学评价理论的应用研究(余红)(二)课题的研究目标本项目的研究目标是:运用现代教学理论与建构主义学习理论,通过教学改革与实验,探索网络教学的设计与评价的理论和方法,开发相配套的网络教学的设计和评价系统软件,探索普通中小学利用网络资源进行网络教学的途径与方法。(三)预期成果形式1、论文与专著发表有关网络教学的设计与评价的一系列学术论文,出版专著《网络教学的设计与评价》。2、电脑软件开发《网络教学设计系统软件》和《网络教学评价系统软件》,制作《网络教学设计》专题教学(学习)网站,建立《教学设计》多媒体资源库。三、研究方法与技术路线(一)研究方法与步骤本项目的研究主要采用行动研究、实验研究、评价研究等方法。对于较大规模的教学设计与教学模式的试验研究,将采用行动研究方法。对于个别带有创新性的,能提出重要见解的小范围的教学研究,则通过建立科学的假设,采用实验研究的方法。关于教学模式的评价和有关教学效果的分析,则采用评价研究方法。研究步骤如下:2002年5月-2002年8月,收集资料,建立模型2002年9月-2003年1月,开发软件2004年2月-2004年8月,教学试验,评价修改2005年9月-2005年12月,扩大试验,归纳总结(二)关键技术1、基于网络的协作化设计思维工具的通讯模型的构建;2、教学设计系统中师生教学活动的可视化表示与分析;3、网络教学的教学评价模型的构建;4、网络教学过程中学习反应信息的自动采集与处理。四、课题研究价值(一)创新点1、建立网络教学设计的理论体系与方法。2、建立基于网络环境的各类教学评价指标体系。3、开发出操作性强、具有实际应用价值的网络教学的设计工具和评价系统软件。(二)理论意义传统的教学设计是应用系统方法分析和研究教学的问题和需求,确立解决他们的方法与步骤,并对教学结果作出评价的一种计划过程与操作程序。现代教学设计理论已经不拘泥于系统论的理论基础,不强调对教学活动的绝对控制,逐渐放弃呆板的设计模式,开始强调教学设计的关系性、灵活性和实时性,从而更加有利于学生的创新精神和实践能力。本课题的理论成果将完善和发展传统的教学设计理论与方法。(三)应用价值1、通过课题的研究与实践,总结并形成基于网络环境下学科教学设计的理论与方法,优化中小学课堂教学结构。2、通过课题的研究与实践,探索并总结信息化时代如何改革传统的思想和模式,使学生学会利用网络资源进行学习的方法和经验。3、通过课题的研究与实践,探索普通中小学利用网络资源的途径与方法,形成一批优秀的网络教学课例。4、通过课题的研究与实践,开发出具有应用推广价值的网络教学的设计工具和评价系统软件。五、研究基础(一)已有相关成果1、曾于93年、97年两度获得国家级优秀教学成果奖,其中《多媒体组合教学设计的理论与实践》项目的成果在全国的大中小学广泛应用,《多媒体组合教学设计》(李克东、谢幼如编著,科学出版社)多次再版发行。2、出版的《多媒体教学软件设计》(含教材与光碟)(谢幼如等编著,电子工业出版社,1999年)、《多媒体教学软件设计与制作》(含教材与光碟)(李克东、谢幼如、柯清超编著,中央广播电视大学出版社,2000年)和《信息技术与学科教学整合》(李克东、谢幼如、柯清超等,万方数据电子出版社,2001年)在全国广泛应用。3、97年《多媒体技术在基础教育改革中的应用实验研究》和《小学语文"四结合"教学改革试验研究》获国家教委全国师范院校面向基础教育改革科学研究优秀成果二等奖。4、承担国家"九五"重点科技攻关项目《计算机辅助教学软件研制开发与应用》(简称96-750)《小学语文科学小品文》、《小学语文古诗欣赏》、《小学语文扩展阅读》、《初中语文新诗赏析》四个子课题的研制与开发,4个项目6张光盘全部通过教育部组织的专家组鉴定,被评为优秀软件,并由北京师范大学出版社和电子工业出版社出版,在国内及东南亚地区发行。5、2000年所完成的《学习反应信息分析系统》获广东省高等学校优秀多媒体教学软件一等奖,并出版专著《学习反应信息的处理方法与应用》(谢幼如、李克东著,暨南大学出版社,1999年)。(二)研究条件华南师范大学教育技术学科是国家级重点学科,华南师范大学教育信息技术学院是"211工程"重点建设学科单位,我国的教育技术学博士点之一。华南师范大学教育技术研究所拥有从事计算机教育应用研究的人员近30名,其中包括教授2名、副教授5名、讲师8名、博士研究生4名和硕士研究生近15名。他们在长期的研究工作中,对各种多媒体教学软件、网络教学应用软件、学科教学工具、资源库管理应用系统进行了深入的研究与探索,并已取得了实质性的进展和成果。本研究所拥有先进的计算机软件开发实验室两个、国家级的多媒体教学软件制作基地一个,在国内教育技术领域方面处于领先地位。(三)参考文献1、《多媒体组合教学设计》,李克东、谢幼如编著,科学出版社,1992年第一版、1994年第二版2、《多媒体教学软件设计》谢幼如等编著,电子工业出版社,1999年3、《信息技术与学科教学整合》,李克东、谢幼如主编,万方数据电子出版社,2001年4、《学习反应信息的处理方法与应用》,谢幼如、李克东著,暨南大学出版社,1999年5、《Global Education On the Net》,高等教育出版社、Springer 出版社,1999年6、《教学设计原理》,R.M.加涅、L.J.布里格斯、W.W.韦杰著,华东师范大学出版社,1999年7、《新型教学模式的探索》,谢幼如编著,北京师范大学出版社,1998年8、全球华人计算机教育应用大会(GCCCE)第一届至第五届论文集,1997年(广州)、1998年(香港)、1999年(澳门)、2000年(新加坡)、2001年(台北)9、《改善学习--2001中小学信息技术教育国际研讨会论文选编》,吉林教育出版社,2001年10、《认知过程的评估》,J.P.戴斯、J.A.纳格利尔里、J.R.柯尔比著,华东师范大学出版社,1999年11、《教育技术学研究方法》,李克东编著,北京师范大学出版社,2002年六、研究组织机构本课题的研究人员由教学设计专家、信息技术教育应用专家、网络技术专家、学科教学专家、中小学教师、教育技术研究人员与研究生组成,以大学的教育技术研究所为核心,主要以广东、江苏、浙江、福建等地区的部分中小学以及西部一些网络环境较好的中小学为研究基地,辐射其他地区的中小学,借助信息技术产业的技术力量,实现理论、技术与学科教学的优化整合。总课题组顾问:南国农教授(我国著名电化教育专家,西北师范大学)李运林教授(华南师范大学电化教育系原系主任)周君达教授(中央电化教育馆原副馆长)苏式冬教授(广东教育学院原副院长)许汉特级教师(广州市教研室)总课题组组长:谢幼如教授(华南师范大学教育技术研究所)李克东教授(华南师范大学教育技术研究所所长、博士生导师)总课题组成员:柯清超博士生(华南师范大学教育技术研究所)陈品德副教授、博士生(华南师范大学网络中心)邓文新讲师(华南师范大学教育技术研究所)余 红副教授(华南师范大学教育技术研究所)总课题组秘书:王冬青博士生(华南师范大学教育技术研究所)高瑞利硕士生(华南师范大学教育技术研究所)刘铁英硕士生(华南师范大学教育技术研究所)孔维宏硕士生(华南师范大学教育技术研究所)徐光涛硕士生(华南师范大学教育技术研究所)杨淑莲硕士生(华南师范大学教育技术研究所)尹 睿硕士生(华南师范大学教育技术研究所)

生物医学毕业论文,如果有好题目其实不难的。开始也是学长给的雅文网,很多医学方面的文章,我也是没时间,直接让专家帮忙的现代生物技术的物种特性及演化路径研究喷射技术在生物制造工程中的应用国内外生物技术现状与展望(上)生物技术中小企业创新影响因素研究——基于政府R&D支持与企业合作的视角《生物技术世界》杂志稿约《生物技术世界》杂志稿约微藻生物技术产业前景和研发策略分析《生物技术世界》杂志稿约农业生物技术专利信息管理分析农业生物技术内涵与转基因农业生物技术效应《生物技术世界》杂志征订启事生物技术发展给人类社会带来的机遇和挑战新疆棉花生物技术研究现状与发展前景探讨现代生物技术法律问题研究生物技术在青浦农业上的应用和发展探讨石油污染土壤的生物修复技术生物技术研究和开发的进展与展望生物技术在渔业上的应用风险预防原则下生物技术专利保护的再思考汇聚生物技术产业 推动可持续发展现代生物化工技术进展生物医学美容产品与技术行业标准环境生物技术发展的现状研究生物技术领域的专利保护生物技术在肉类加工行业中的应用21世纪生物技术展望生物技术与医药食用菌与生物技术寰枢关节脱位的置入物治疗技术与生物相容性及生物力学的关系生物池底板大体积混凝土无缝施工技术的应用研究生物技术应用的第三次浪潮——工业生物技术放射性生物微球技术测定脊髓血流量及意义的实验观察我国生物制药技术的研究进展试论生物技术在农业技术中的应用能源:未来生物技术的挑战当代技术发展的重要前沿(之三)——生物技术

随着计算技术和生物技术的进步,当前生物医学文献正在以前所 未有的速度增长。这些文献中蕴含着最新的研究进展和丰富的生物医学知识,对于生物医学研究者具有重要意义。然而数以千万计的文献使得研究者追踪和整理自己 需要的知识和信息变得越来越困难。文本挖掘技术可以解决这一问题,帮助生物医学研究者提高从文献中获取知识和信息的效率。因此针对生物医学文献的文本挖掘 研究具有重要的应用价值。判别式模型是一类直接利用特征来预测目标变量的发生概率的机器学习模型,本文中主要用到的判别式模型有最大熵模型和条件随机域模 型。相对于产生式模型,判别式模型降低了特征之间的独立性假设的要求,并且与很多文本挖掘任务的需求相一致,因而更有可能取得好的效果。本文主要研究如何 利用判别式模型来解决生物医学文献挖掘中的问题。具体地,我们研究了生物医学文本挖掘中的三个任务:生物医学名实体识别、生物医学实体规范化以及生物医学 语义关系抽取。在这3任务中,第二个任务是第一个任务在语义处理上的延伸,前两个任务是第三个任务的基础。本文的主要内容包含以下4个方面。生物医学名实 体识别的目标是确定一个给定的文本集合内的某一类型的实体的名字的所有实例,它是进行深层次文本挖掘的必要步骤之一。本文在考察了生物医学领域实体识别的 特点和难点,分析了目前已有的生物医学实体识别方法的优缺点的基础上,提出了利用条件随机域模型结合丰富特征集来进行生物医学实体识别的方法。这些特征包 括:构词法特征、上下文特征和句法特征。其中,浅层句法特征是首次被引入到条件随机域模型中,同时用来进行实体的边界检测和类别判断。实验表明,这一特征 可以有效地提高名实体识别的效果。有监督的机器学习方法需要大规模的标注语料。大量的电子文献使得在生物医学领域获取未标记的语料已相当容易,但是对语料 进行标注仍然是一件昂贵的工作。针对在生物医学名实体识别中有监督学习所需的大规模训练语料比较难以获取的问题,本文提出了基于最大熵模型的协同训练的半 监督学习方法。该方法可以利用大量的未标注语料来提高在较少的标注语料的基础上学习到的分类器的名实体识别性能。为了进一步提高半监督学习的效果,本文将 主动学习引入到半监督学习的过程中。实验表明,基于最大熵模型的协同训练方法可以有效地提高初始分类器的识别性能。灵活的生物医学实体命名方式使得生物医 学实体具有严重的歧义。这已成为对生物医学文献进行深层自动文本挖掘的主要障碍之一。生物医学实体规范化的提出就是为了解决这一问题。生物医学实体规范化 就是把生物医学文献中表达同一概念的不同变体映射到统一的概念标识符。本文提出了一种用于生物医学实体规范化的多层歧义消解框架。实体规范化过程中不同阶 段有不同的歧义情形,在本文提出的框架中,针对这些情形采用了有针对性的解决策略,包括:基于词典的实体名字检测,基于机器学习方法的候选选择以及基于知 识的歧义消解。在BioCreAtIvE2006基因名字规范化任务的测试集上的实验表明本文提出的框架可以有效地解决规范化过程中的各种歧义。生物医学 语义关系抽取是生物医学文本挖掘的主要研究内容之一,是从无结构的生物医学文献中抽取出生物医学知识的重要手段。在实际应用中,生物医学语义关系的定义有 宽泛和具体之分。本文将宽泛定义和具体定义的生物医学语义关系抽取分别看作二分类和多分类问题,提出基于最大熵模型的生物医学语义关系抽取的方法。针对不 区分类别的蛋白质相互作用这种宽泛定义的关系抽取,提出了一种基于最大熵的二阶段蛋白质相互作用关系抽取方法。针对多类别的蛋白质相互作用这种具体定义的 关系抽取,提出使用最大熵模型结合词特征的抽取方法,该方法在一个具有10种蛋白质相互作用类别的数据集上取得了73.4%的总体精确率。同样的方法应用 到疾病与治疗方式关系抽取任务中,也取得了很好的实验结果。此外,本文还通过理论分析和实验对比,从理论和实践两个方面说明了判别式模型比产生式模型更适 合生物医学语义关系抽取问题。参考文献 [1] 王浩畅,赵铁军. 生物医学文本挖掘技术的研究与进展[J]. 中文信息学报. 2008(03) [2] 于中华,陈蓉,胡俊锋,陈源. 基于加权投票K—近邻法的生物医学缩略语消歧[J]. 中文信息学报. 2008(02) [3] 龙军,殷建平,祝恩,赵文涛. 主动学习研究综述[J]. 计算机研究与发展. 2008(S1)

基因的生物信息学分析论文

这种最基本的东西没必要求论文啊,自己随便写写就好了,用个DNAMAN,随便挑个基因,分分钟搞出来。再者没人会拿这种东西单独去发一篇论文吧?这点东西根本不够资格,只够在某篇论文里的两句话的分量。

该分析工具的网址如下 FGENESH - HMM-based gene structure prediction 进入该网址之后,输入该基因的fasta序列,关于目标基因的fasta序列,fig.1即为所示,我们以小麦中的基因为例分析。 根据fig.2所示,将fasta序列输入进去,选择小麦(triticum aestivum),然后search。图3展示了分析结果,可以看到我们这个序列比对到了正义链,因为我们用的例子是该基因的转录本,所以只包括黄色的部分,即CDSo序列,这也和我们使用的转录本相吻合。下面的是该基因对应的mRNA序列,同样也是1152bp,最下面的是将该mRNA翻译为蛋白质的序列。同样选择好序列和物种,搜索,等待结果。 图5是分析结果,一共鉴定了10个基因,21个外显子,由于篇幅所限,我们只展示了前几个,但是统计的话,正好能对上数目。 图6是紧接上图的具体的序列分析,总共包含10个基因。图8可以看到该基因在拟南芥中的同源基因,具体的生物学注释,就要看自己对这个基因的了解程度了。

(2002-2012年)[1] 韩晓阳,王乃栋,于亚伟,张丽霞.茶园一株异养硝化-好氧脱氮菌的鉴定及特性研究[J].植物营养与肥料学报,2012,18(6):1495-1501[2] 孙庆娜,张丽霞,王小会,王乃栋,韩晓阳,徐雪.山东工夫红茶适宜加工品种的筛选[J].中国茶叶加工,2012,(3):14-17[3] 孙庆娜,张丽霞,王小会,向勤锃,黄晓琴。烘焙提香时间对工夫红茶品质的影响[J].中国茶叶加工,2012,(2):20-22,27[4] 张丽霞,曹德航.泰安茶产业的发展战略[J].落叶果树,2012,(2):33-35[5] 王乃栋,张丽霞,黄晓琴,韩晓阳,李智.茶树PPO融合蛋白真核表达载体的构建与表达.茶叶科学,2012,32(3):269-275[6] 吕小营,欧阳石光,张丽霞,黄晓琴,向勤锃.新建茶园不同间作及覆盖遮荫效应比较研究—种植模式Ⅰ:茶行东西走向[J].山东农业科学,2012,(5):33-36[7] 吕小营,欧阳石光,张丽霞,向勤锃,黄晓琴.新建茶园不同间作及覆盖遮荫效应比较研究—种植模式Ⅱ:茶行南北走向[J].山东农业科学,2012,(6):44-47[8] 李巍巍,刘玉,张丽霞,杨超.泰山茶园蜘蛛种类调查及优势种动态分析[J].茶叶科学,2012,32(4):341-346[9] 李巍巍,朱璧然,刘玉,张丽霞.山东省蜘蛛新纪录及其地理分布[J].茶叶科学技术,2011,(4):40-41[10] 刘腾飞,张丽霞,宋鲁彬,姚元涛,田丽丽.控释肥在茶树上的应用前景[J].福建茶叶,2011,(4):33-35[11] 于亚伟,黄晓琴,王乃栋,韩晓阳,张丽霞*.山东泰安茶园土壤硝化细菌的筛选及分离鉴定[J].中国科技论文在线精品论文,2011,4(19):1749-1754.[12] 吕小营,欧阳石光,张丽霞.山东新建茶园间作花生和春玉米的效应比较[J].山东农业科学,2011,(8):29-32[13] 刘洋,张丽霞,向勤锃,刘腾飞,侯剑.山东茶树品种引进情况的调查研究[J].中国科技论文在线,编号:201106-29[14] 于亚伟,张丽霞*,韩晓阳.尿素不同配施处理对棕壤茶园土壤尿素转化及硝化作用影响的研究[J].植物营养与肥料学报,2011,17(5):1278-1282[15] 李丰,张丽霞,王乃栋,刘洋.茶树枝梢空中压条后不定根发育过程的初步研究[J].茶叶科学,2011,31(5):379-385[16] 李丰,张丽霞*,茶树空中压条不定根原基发育影响因子研究[J].山东农业科学,2011,(9):41-44[17] 孔海云,张丽霞.低温与光照对茶树叶片叶绿素荧光参数的影响[J].茶叶,2011,37(2):75-78[18] 刘腾飞,张丽霞,张民,韩晓阳,彭正云,江崇焕.控释肥对茶园土壤养分及茶叶产量和品质成分的影响[J].山东农业科学,2011,(3):54-60,64[19] 刘腾飞,张丽霞,韩晓阳.茶树专用控释肥在幼龄茶园的肥效研究山东农业科学[J].山东农业科学,2011,(1):47-52,72[20] 王乃栋,张丽霞,向勤锃,李巍巍.茶树多酚氧化酶基因的生物信息学分析及原核表达[J].茶叶科学,2011,31(1):33-39[21] 朱雯,刘玉,张丽霞,杨超,李巍巍.山东茶园天敌资源调查[J].茶叶科学技术,2011,(1):12-17[22] 韩晓阳,刘晓慧,刘腾飞,王日为,张丽霞.茶籽萌发过程中养分吸收特性研究[J].山东农业科学,2010,(10):66-70[23] 朱雯,刘玉,张丽霞,杨超.山东茶园害虫资源调查[J].茶叶科学技术,2010,(3):30-33[24] 李晓东,向勤锃,高吉刚,张丽霞.不同成熟度茶籽外植体诱导发生体胚的研究[J].中国农学通报,2010,26(18)54-58[25] 刘晓慧,张丽霞,王日为,王超.顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用法分析黄茶香气成分[J].食品科学,2010,31(16):239-243[26] 刘晓慧,王日为,张丽霞,范方媛,韩晓阳,欧阳石光.山东黄茶加工工艺的研究[J].中国茶叶加工,2010,(2):27-30(通讯作者)[27] 黄晓琴,束怀瑞,刘会香,张丽霞,丁爱云,陈宗懋.山东省茶树冰核细菌的鉴定[J].茶叶科学,2010,30(3):191-194[28] 王跃华,张丽霞,孙其远.钙过量对茶树光合特性及叶绿体超微结构的影响[J].植物营养与肥料学报,2010,16(2):432-438(通讯作者)[29] 韩晓阳,张丽霞,王日为.茶树育苗基质的筛选及其理化特性的研究[J].山东农业科学,2010,(1):36-39(通讯作者)[30] 黄晓琴,张丽霞,向勤锃.试论《茶文化学》课程对大学生人文素质和创新能力的培养[J].中国茶叶加工,2010,(1):40-42[31] 米培培,张丽霞.8-羟基喹啉荧光试剂法测定茶叶中铝含量[J].山东农业科学,2009,(4):106-108(通讯作者)[32] 王跃华,张丽霞,郭延奎,向勤锃,黄晓琴.茶树荧光性绿斑病叶膜结构及相关生理变化研究[J].茶叶科学,2009,29(4):282-288(通讯作者)[33] 米培培,张丽霞.对-香豆酸、咖啡酸和绿原酸荧光特性的研究[J].山东农业大学学报:自然科学版,2009,40(3):365-370(通讯作者)[34] 姚元涛,张丽霞,宋鲁彬,田丽丽.茶树硼素营养研究现状与展望[J].中国茶叶,2009,(3):10-11;(4):18-20[35] 黄晓琴,束怀瑞,张丽霞,单秋娟,陈宗懋.冰核细菌在山东茶树上的分布规律及消长动态研究[J].茶叶科学,2009,29(4):298-294[36] 姜淑媛,张丽霞.茶树荧光性绿斑病叶胞内pH值变化[J].中国茶叶,2009,(1):27-29(通讯作者)[37] 姚元涛,张丽霞,王日为,米培培,汪军.山东棕壤茶区茶树荧光性绿斑病因的营养诊断[J].茶叶科学,2009,29(2):157-165(通讯作者)[38] 姚元涛,刘谦,张丽霞,王日为.山东棕壤茶园幼龄茶树叶片黄化病因诊断与防治研究[J].植物营养与肥料学报,2009,15(1):219-224(通讯作者)[39] 张丽霞,向勤锃,李宪利,黄晓琴,郭凤枝,付长锋.适宜山东茶区种植的乌龙茶无性系良种筛选[J].福建茶叶,2008,(2):16-17[40] 姜淑媛,张丽霞,郭延奎.荧光显微分析技术在植物细胞学研究中的应用[J].激光生物学报,2008,17(4):565-568,封三(通讯作者)[41] 姜淑媛,张丽霞,郭延奎,赵友全,贾明,翟衡.茶树荧光性绿斑病叶黄绿色自发荧光的显微分析[J].茶叶科学,2008,(2):135-141(通讯作者)[42] 唐道方,刘德华,蒋立文,王树芝,刘黎,向博文,向勤锃,张丽霞.南方红豆杉的组织培养及植株再生研究[J] .湖南农业科学,2008,(2):21-23[43] 王日为,张丽霞.释香过程中茉莉花净油组成与含量变化规律的研究[J],广州化工,2007,(5):49-51[44] 谢思惠,张丽霞,唐艳梅,刘锋,张振兴,陈兴彬,向勤锃.山东茶叶发展现状及研究进展[J].山东林业科技,2007,(3):104-106[45] 黄晓琴,梁艳,张丽霞.奶茶的制作研究[J],饮料工业,2007,10(11):18-21[46] 夏文娟,张丽霞,王日为,史作安,贾明.毛细管电泳同时分析茶黄素类和儿茶素类化合物[J].色谱,2006,24(6):592-596 (通讯作者)[47] 夏文娟,张丽霞,史作安,贾明.毛细管电泳分析茶黄素的的研究[J].茶叶科学,2006,26(2):147-153 (通讯作者)[48] 张丽霞,赵淑娟,王桂雪,杨荣光,黎星辉.泰安市茶树种植气候条件分析[J].中国农业气象,2006,27(3):244-248[49] 彭正云,刘德华,肖海军,蒋立文,张丽霞,向勤锃,唐道方.发根农杆菌转化茶树的研究[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2006,32(2):190-194[50] 黄晓琴,张丽霞,杨雪梅.济南茶馆的经营风格调查[J].茶叶,2006,32(1):45-47[51] 张丽霞,郭延奎,黄晓琴,向勤锃,夏文娟,贾明.茶树叶片荧光性绿斑病的初步研究[J].茶叶科学,2005,25(1):75-80[52] 张丽霞,王日为,向勤锃,黄晓琴,刘德华.茶树荧光性绿斑病叶细胞中的晶体研究[J].茶叶科学,2005,25(2):126-130[53] ZHANG Lixia, GUO Yanqui, et al. 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基因的生物信息分析论文

1,序列比对(Sequence Alignment) 序列比对的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性.从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列.在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA序列中的信息成分序列比对考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括全局对齐,局部对齐,代沟惩罚等.两个序列比对常采用动态规划算法,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),这一方法就不太适用,甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效.因此,启发式方法的引入势在必然,著名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的. 2, 蛋白质结构比对和预测 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性.蛋白质的结构与功能是密切相关的,一般认为,具有相似功能的蛋白质结构一般相似.蛋白质是由氨基酸组成的长链,长度从50到1000~3000AA(Amino Acids),蛋白质具有多种功能,如酶,物质的存贮和运输,信号传递,抗体等等.氨基酸的序列内在的决定了蛋白质的3维结构.一般认为,蛋白质有四级不同的结构.研究蛋白质结构和预测的理由是:医药上可以理解生物的功能,寻找dockingdrugs的目标,农业上获得更好的农作物的基因工程,工业上有利用酶的合成.直接对蛋白质结构进行比对的原因是由于蛋白质的3维结构比其一级结构在进化中更稳定的保留,同时也包含了较AA序列更多的信息.蛋白质3维结构研究的前提假设是内在的氨基酸序列与3维结构一一对应(不一定全真),物理上可用最小能量来解释.从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构.同源建模(homology modeling)和指认(Threading)方法属于这一范畴.同源建模用于寻找具有高度相似性的蛋白质结构(超过30%氨基酸相同),后者则用于比较进化族中不同的蛋白质结构.然而,蛋白结构预测研究现状还远远不能满足实际需要. 3, 基因识别,非编码区分析研究. 基因识别的基本问题是给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.非编码区由内含子组成(introns),一般在形成蛋白质后被丢弃,但从实验中,如果去除非编码区,又不能完成基因的复制.显然,DNA序列作为一种遗传语言,既包含在编码区,又隐含在非编码序列中.分析非编码区DNA序列目前没有一般性的指导方法.在人类基因组中,并非所有的序列均被编码,即是某种蛋白质的模板,已完成编码部分仅占人类基因总序列的3~5%,显然,手工的搜索如此大的基因序列是难以想象的.侦测密码区的方法包括测量密码区密码子(codon)的频率,一阶和二阶马尔可夫链,ORF(Open Reading Frames),启动子(promoter)识别,HMM(Hidden Markov Model)和GENSCAN,Splice Alignment等等. 4, 分子进化和比较基因组学 分子进化是利用不同物种中同一基因序列的异同来研究生物的进化,构建进化树.既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做,甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化,其前提假定是相似种族在基因上具有相似性.通过比较可以在基因组层面上发现哪些是不同种族中共同的,哪些是不同的.早期研究方法常采用外在的因素,如大小,肤色,肢体的数量等等作为进化的依据.近年来较多模式生物基因组测序任务的完成,人们可从整个基因组的角度来研究分子进化.在匹配不同种族的基因时,一般须处理三种情况:Orthologous: 不同种族,相同功能的基因;Paralogous: 相同种族,不同功能的基因;Xenologs: 有机体间采用其他方式传递的基因,如被病毒注入的基因.这一领域常采用的方法是构造进化树,通过基于特征(即DNA序列或蛋白质中的氨基酸的碱基的特定位置)和基于距离(对齐的分数)的方法和一些传统的聚类方法(如UPGMA)来实现. 5, 序列重叠群(Contigs)装配 根据现行的测序技术,每次反应只能测出500 或更多一些碱基对的序列,如人类基因的测量就采用了短枪(shortgun)方法,这就要求把大量的较短的序列全体构成了重叠群(Contigs).逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群,直至得到完整序列的过程称为重叠群装配.从算法层次来看,序列的重叠群是一个NP-完全问题. 6, 遗传密码的起源 通常对遗传密码的研究认为,密码子与氨基酸之间的关系是生物进化历史上一次偶然的事件而造成的,并被固定在现代生物的共同祖先里,一直延续至今.不同于这种"冻结"理论,有人曾分别提出过选择优化,化学和历史等三种学说来解释遗传密码.随着各种生物基因组测序任务的完成,为研究遗传密码的起源和检验上述理论的真伪提供了新的素材. 7, 基于结构的药物设计 人类基因工程的目的之一是要了解人体内约10万种蛋白质的结构,功能,相互作用以及与各种人类疾病之间的关系,寻求各种治疗和预防方法,包括药物治疗.基于生物大分子结构及小分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域.为了抑制某些酶或蛋白质的活性,在已知其蛋白质3级结构的基础上,可以利用分子对齐算法,在计算机上设计抑制剂分子,作为候选药物.这一领域目的是发现新的基因药物,有着巨大的经济效益. 8.生物系统的建模和仿真 随着大规模实验技术的发展和数据累积,从全局和系统水平研究和分析生物学系统,揭示其发展规律已经成为后基因组时代的另外一个研究 热点-系统生物学。目前来看,其研究内容包括生物系统的模拟(Curr Opin Rheumatol,2007,463-70),系统稳定性分析(Nonlinear Dynamics Psychol Life Sci,2007,413-33),系统鲁棒性分析(Ernst Schering Res Found Workshop, 2007,69-88)等方面。以SBML(Bioinformatics,2007,1297-8)为代表的建模语言在迅速发展之中,以布尔网络 (PLoS Comput Biol,2007,e163)、微分方程(Mol Biol Cell,2004,3841-62)、随机过程(Neural Comput,2007,3262-92)、离散动态事件系统等(Bioinformatics,2007,336-43)方法在系统分析中已经得到应 用。很多模型的建立借鉴了电路和其它物理系统建模的方法,很多研究试图从信息流、熵和能量流等宏观分析思想来解决系统的复杂性问题(Anal Quant Cytol Histol,2007,296-308)。当然,建立生物系统的理论模型还需要很长时间的努力,现在实验观测数据虽然在海量增加,但是生物系统的模型辨 识所需要的数据远远超过了目前数据的产出能力。例如,对于时间序列的芯片数据,采样点的数量还不足以使用传统的时间序列建模方法,巨大的实验代价是目前系 统建模主要困难。系统描述和建模方法也需要开创性的发展。 9.生物信息学技术方法的研究 生物信息学不仅仅是生物学知识的简单整理和、数学、物理学、信息科学等学科知识的简单应用。海量数据和复杂的背景导致机器学习、统 计数据分析和系统描述等方法需要在生物信息学所面临的背景之中迅速发展。巨大的计算量、复杂的噪声模式、海量的时变数据给传统的统计分析带来了巨大的困难, 需要像非参数统计(BMC Bioinformatics,2007,339)、聚类分析(Qual Life Res,2007,1655-63)等更加灵活的数据分析技术。高维数据的分析需要偏最小二乘(partial least squares,PLS)等特征空间的压缩技术。在计算机算法的开发中,需要充分考虑算法的时间和空间复杂度,使用并行计算、网格计算等技术来拓展算法的 可实现性。 10, 生物图像 没有血缘关系的人,为什么长得那么像呢? 外貌是像点组成的,像点愈重合两人长得愈像,那两个没有血缘关系的人像点为什么重合? 有什么生物学基础?基因是不是相似?我不知道,希望专家解答。 11, 其他 如基因表达谱分析,代谢网络分析;基因芯片设计和蛋白质组学数据分析等,逐渐成为生物信息学中新兴的重要研究领域;在学科方面,由生物信息学衍生的学科包括结构基因组学,功能基因组学,比较基因组学,蛋白质学,药物基因组学,中药基因组学,肿瘤基因组学,分子流行病学和环境基因组学,成为系统生物学的重要研究方法.从现在的发展不难看出,基因工程已经进入了后基因组时代.我们也有应对与生物信息学密切相关的如机器学习,和数学中可能存在的误导有一个清楚的认识.

谁一个、、论文不才交么……生物信息在生物学研究中的作用。生物信息是指生物体中包含的全部信息,如基因组信息、蛋白质、核酸、糖类等生物大分子的结构等。生物信息对生物体的生存、繁殖都起着重要作用。生物信息包含的范围很广,除遗传物质、神经电冲动和激素之外,生物体发出的声音、气味、颜色以及生物的行为本身都含有信息,都对生物的个体和群体产生影响,和生物的生存与进化密不可分。生物信息的特点是消耗极少的能量和物质即可产生极大的生物效应。生物信息一般可分为遗传信息、神经和感觉信息及化学信息。虽然遗传信息和神经感觉信息的载体都属于化学物质,但通常所指的化学信息是除以上两类物质以外的化学物质所携带和传递的信息。高等生物的激素及昆虫外激素都属于这一类。遗传信息是指生物为复制与自己相同的东西、由亲代传递给子代、或各细胞每次分裂时由细胞传递给细胞的信息, 即碱基对的排列顺序(或指DNA分子的脱氧核苷酸的排列顺序) 。遗传信息以密码形式存储在DNA分子上,通过DNA的复制传递给子代。在后代生长发育过程中,遗传信息自DNA转录给RNA,后翻译成特异的蛋白质,以执行各种生命功能。从历史上看,首先是由G.J.Mendel(1866)的研究形成了概念,即相应于生物各种性状的因素(现在称为基因)中包含着相应的信息(以后G.Beadle等人(1941)所开创了遗传生物化学的研究,描绘出这样一个轮廓:基因和决定生物结构与功能的蛋白质之间具有一对一的对应关系。 关于基因的化学本质方面,根据O.T.Avery等(1944)进行的转化实验,以及A.Hershey和M.Chase(1952)用大肠杆菌噬菌体的DNA进行的性状表达实验,已阐明DNA是遗传信息的载体。附着DNA结构研究的进展,现在已经确立了这样的概念,即基因所具有的信息可将DNA的碱基排列进行符号化。信息在表达时,DNA的碱基排列首先被转录成RNA的碱基排列,然后再根据这种排列合成蛋白质。有的病毒的遗传信息的载体不是DNA,而是RNA。遗传信息不仅有相应于蛋白质的基因信息,也包括对信息解读所必需的信息、控制信息表达所必需的信息,以及生物为了复制与自己相同结构所必需的一切信息。神经和感觉信息靠电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统接受内外环境中的信息,进行加工处理,调节和控制机体各部分功能。生物靠神经系统电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统的功能是接收、传递内外环境中的信息,加以处理、分析,从而控制和调节机体各部功能,对环境作出适当的反应。因此,神经信息对于有机体的生存以及正常生活起着至关重要的作用。化学信息是除上述两类物质外由化学介质传递的信息。生物体的各种功能能够有条不紊地进行,对环境能及时做出反应,是由于生物体内存在着通过各种各样的化学信息分子进行传递的信息系统。生物信息在生物研究中有重要作用,然而,原始的生物信息资源挖掘出来后,生命科学工作者面临着严峻的挑战:数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息?基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育?基因组本身又是怎样进化的?生物信息学产业的高级阶段体现于此,人类从此进入了以生物信息学为中心的后基因组时代。结合生物信息学的新药创新工程即是这一阶段的典型应用。因此,生物信息学便是生物信息在生物研究中重要应用。 生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。生物信息学研究对象是生物信息。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白学两方面,具体说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。 具体而言,生物信息学作为一门新的学科领域,它是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看,生物信息学应包括这3个主要部分:(1)新算法和统计学方法研究;(2)各类数据的分析和解释;(3)研制有效利用和管理数据新工具。 生物信息学作为基因组研究的有力武器,被广泛地用来加快新基因的寻找过程,以达到将“有用”新基因抢先注册专利的目的。在这场世界范围内的竞争中,中国科学家以及科研资金投向的决策部门如何结合我国科研水平的现状、优势领域等客观情况将有限的投资投入以求获得最大可能的科学研究以及商业回报,是一个无法回避的新课题。 生物信息学的主要研究方向: 基因组学 - 蛋白质组学 - 系统生物学 - 比较基因组学,随着包括人类基因组计划在内的生物基因组测序工程的里程碑式的进展,由此产生的包括生物体生老病死的生物数据以前所未有的速度递增,目前已达到每14个月翻一番的速度。同时随着互联网的普及,数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。然而这些仅仅是原始生物信息的获取,是生物信息学产业发展的初组阶段,这一阶段的生物信息学企业大都以出售生物数据库为生。以人类基因组测序而闻名的塞莱拉公司即是这一阶段的成功代表。 综上所述,对生物信息的研究对生物学的蓬勃发展具有重要作用。

基因支持着生命的基本构造和性能。下面是我为大家精心推荐的关于基因的生物科技论文 范文 ,希望能够对您有所帮助。

基因研究

引起人们大惊小怪的,就是让父母能够有意识选择孩子遗传特性的技术。在可预见的未来,除了用基因方式医治少数遗传疾病,如囊肿性纤维化外,改变基因的成人还不可能出现。改变成人的基因还不是人们敢于轻易尝试的技术,要恢复或加强成人的功能,还有许多更简单、更安全、也更有效的 方法 。

胚胎选择技术是指父母在怀孕时影响孩子基因组合的一系列技术的总称。最简单的干预方法就是修改基因。这不是一种大刀阔斧的变更,因为它要获得的效果就像筛选各种胚胎、选择具有所需基因的胚胎的效果一样。事实上,这种胚胎筛选程序已经在胚胎植入前的基因诊断中 应用了。这种技术已经用了十几年,但还在试验,在未来5到10年将臻于成熟。随着这些技术的成熟,可供父母选择的方案会大大增多。

再进一步将出现对生殖系统的干预――即选择卵子、精子、或更可能的是选择胚胎的第一细胞。这些程序已经在动物身上应用,不过使用的方式对于人类还缺乏安全性和可靠性。

对人类比较可靠的一种方法也许是使用人造染色体。这项技术听起来像是不可置信的科幻电影,但已经用在动物身上了。人造染色体植入老鼠身上,连续几代被传了下去。人造染色体也用在人体细胞培养中,在数百次细胞分裂中都能保持稳定。因此,它们可以充当插入基因模块的稳定“平台”。这些被插入的基因模块包括在适当时候让基因兴奋或休息的必要控制机制,就像在我们46个染色体中的正常基因的激活或休息,取决于它们所处的生理 组织类型,或取决于它们遇到的 环境状况一样。

当然,为安全起见,需要早期介入才能使焦点集中。你不能去修改一个在胎儿发育过程中生理组织不断变化时被激活的基因,因为我们对这一过程所知甚少,有可能发生不想要的或灾难性的副作用。所以,在人体内使用人造染色体的首次尝试,多半要让被植入的基因处在“休息”状态,到成人阶段才在适当的生理组织中被“激活”。

执行这种控制的机制已经用在动物实验中,实验的目的是观察特定基因在发育成熟的有机体中的作用。当然,在体内存在着始终控制基因的机制。不同类的基因在不同的生理组织内的不同地点和时间被激活或休息,这对未来的基因工程师来说是幸运的,因为与我们现有的基因相 联系的已证实的调节结构可以复制下来,用以执行对植入基因的控制。胚胎选择的目标

预防疾病可能是胚胎选择的最初目标。这类可能性也许不久就会远远超出纠正异常基因的范围。例如,最近的研究显示,患有唐氏综合症的孩子,癌症的发病率降低了近90%。很可能是三体性21(即染色体21的第三个复制品,具有增强基因表达水平的作用,导致智力迟钝和其他唐氏综合症的症状)对癌症有预防作用。假如我们能鉴别出染色体上的哪些基因对癌症有预防作用,会怎么样呢?基因学家也许会把这类基因放在人造染色体上,然后植入胚胎,使癌症发病率降低到唐氏综合症患者的水平,又可以避免复制染色体21上其他基因所引起的所有问题。许多其他类似的可能性无疑都会出现,有些可能性几乎肯定是有好处的。

人造染色体的使用可能会进行得很顺利,尤其因为染色体本身在用于人体前可在实验室环境中进行试验。它们可以在动物身上试验,成功后在基本相同的条件下用于人体。如今,每一种基因疗法都是重新开始的,所以不可能获得绝对的可靠性。

如果有明确的基因修改案例显示这样做是有意义的,似乎是安全的,不可能更简便更安全了,那么人们就会对它们表示欢迎。尽管如此,目前还没有足够的证据说明值得这样做。未来基因治疗专家会产生各种各样的想法,他们会进行试验,观察这种疗法是否可行。如果可行的话,我们就不应该拒绝。例如,降低癌症和心脏病的发病率,延缓衰老,是每个人都非常需要的增进健康的手段。

用基因延长寿命

防止衰老是个非常有意义的科研领域,因为这件事似乎很有可能做到,而且是绝大多数人所强烈需要的。如果能通过揭开衰老过程的基本程序,发现某种手段能使我们开发药物或其他对成人有效的干预手段,那么人人都会需要。

胚胎工程可能比对成人的基因疗法更简单,更有成效。因为胚胎中的基因会被复制进身体的每一个细胞,能获得具体组织的控制机制。所以很可能对胚胎的干预 措施 对成人是行不通的。这样一来,父母很可能把怀孕看作赋予孩子健康条件的机会――一次不可错失的机会。

如对衰老生物学的研究投入资金,会极大地加速“衰老治疗”。如今,这个领域资金非常缺乏。许多资金都用于研究治疗老年病的方法上,没有用来搞清楚衰老的基本过程,而许多老年性疾病(如癌症、心脏病、早老性痴呆症、关节炎和糖尿病)都是由这一过程引起的。能加速衰老防止研究进程的另一件事,就是提高这个领域的形象。这个 工作已经开始了,但非常缓慢。吸引年轻的科研人员和严肃的科学家进入这个领域是至关重要的。抗衰老(即延长孩子的寿命)可能将是生殖干预的重要目标,但不是唯一的目标。为孩子谋最大福利是人类的天职。事实上,全球民意测验已经显示,在被测的每一个

国家都有可观的人数对增强孩子的身体和脑力健康感兴趣。他们考虑的不是如何避免某些疾病,而是用干预手段改善孩子的容貌、智力、力量、助人为乐精神和其他品质的状况。一旦技术达到可靠程度,许多人都需要这类干预手段。甚至那些没有这方面压力的人也会这么做,目的是不让孩子处于劣势。当然,人们会很小心,因为他们并不想伤害孩子。总之,如果干预手段失败,他们就得忍受其结果,承受犯罪的感觉。是一个不受欢迎的选择吗?

社会也许并不欢迎某些父母的选择。在美国性别选择是合法的,但在英国和其他许多国家就是非法的。不少人认为,尽管西方国家并没有出现严重的性别失衡,很难说父母的选择伤害了谁,但这个程序在美国也应该是非法的。另一个即将来临的决定是父母是否因为大量基因疾病而进行筛选。父母们不久就能够选择孩子的身高和智商,或选择性情气质的其他特点――容易患病的机制也许不久就会在基因解读中表现得清清楚楚。

胚胎选择技术的第一批希望所在是基因测试和筛选,即选择某种胚胎而不是另一种。一开始,让许多人接受这个技术是困难的,但要控制它几乎是不可能的,因为这种胚胎本来就可能是完全自然形成的。这样选择也许是令人苦恼的,但不会发生危险,我猜想它们给我们带来的好处比问题多。有些人担心这样一来会失去多样性,但我认为更大的问题在于父母所选择的胚胎可能会产生一个有严重健康问题的婴儿。那么是否应该允许父母做这样的选择呢?例如,失聪群体掀起了一个极力反对耳蜗移植的运动,因为耳蜗移植伤害了聋哑 文化 ,把聋哑视作残疾。大多数非聋哑人正是这样看待他们的。有的聋哑父母表示,他们要使用胚胎选择技术来确保他们的孩子继续聋哑。这并不是说他们拿出一个胚胎来毁坏它,而是选择一个能造成一个聋哑婴儿的胚胎。

这造成了真正的社会问题,因为社会必须承担这类健康问题所需的医疗费用。如果认为父母的确有权作这样的选择,我们根本没有理由去重视健康儿的出生而轻视有严重疾患的婴儿,那么我们将无法控制这类选择。但如果我们认为存在问题,并极力想与之进行斗争的话,我们会发现这种斗争是很有前途的。

放开手脚,取消禁令

关于由人体克隆产生的第一例怀孕事件见报后不久,美国总统乔治?W?布什就表示支持参议院的一份提案,该提案宣布所有形式的人体克隆皆为非法,包括旨在创造移植时不会被排斥的胚胎干细胞,即治疗性克隆。我认为这种禁令下得为时过早,也不会有效果,而且会产生严重的误导。就是说,这个禁令无疑是错误的。它根本无法实质性推延再生性克隆的问世,我认为这种类型的克隆将在10年内出现。这个禁令把 政治、宗教和 哲学因素注入了基础研究,这将是个危险的案例。这个禁令的立法理念把更多的关注赋予了微乎其微的小小细胞,而对那些身患疾病、惨遭折磨的人却视而不顾。这个禁令用严厉的刑事惩罚(10年监禁)来威胁胚胎科研人员,这在一个妇女在妊娠头三个月不管什么理由都有权堕胎的国家里,简直是不可思议的。

美国对胚胎研究的限制,已经对旨在创建再生 医学的生物技术的 发展产生了影响。这些限制延缓了美国在这个领域的前进步伐,而美国在生物医学的科研力量是全球首屈一指的。如今这类科研已转移到英国和其他国家去了,例如新加坡,正在为一项研究胚胎干细胞的庞大 计划提供资金。这种延误之所以非常不幸,是因为本应发生的好事如今却没有发生。对多数人来说,10年或20年的延误不是个大问题,但对于演员迈克尔?J?福克斯(Michael J.Fox)以及其他帕金森氏病和早老性痴呆症患者来说,却是生与死的问题。

对各种再生可能性的无知,往往会引起人们的恐惧。但这种无知却不能成为公众政策的基础,因为公众的态度会迅速改变。25年前,体外受精着实让人们猛吃一惊,体外受精的孩子被称作试管婴儿。现在我们看到这些孩子与他小孩没什么区别,这个方法也已成为许多没有孩子的父母的明确选择。

不管是出于意识形态还是宗教原因,把新技术加以神秘化,把它当作某种象征来加以反对,都不会有效推迟即使是最有争议的 应用。这种反对态度只会扼杀本可以转化为人人支持的生物医学新成果的主流科研。

人类克隆会在某个国家实现:很可能是以暧昧隐秘的方式实现,而且甚至在确认安全之前就实现。抗议和禁止也许会稍稍推迟第一个克隆人的诞生,但这是否值得花费严肃的人类立法成本呢?

不管我们多么为之担心,人类胚胎选择是无法避免的。胚胎选择已经存在,克隆也正在进行,甚至直接的人类生殖工程也将出现。这样的技术是阻挡不了的,因为许多人认为它能造福于人类,因为它将在全球数以千计的实验室里切实进行,最重要的是,因为它只是解除生物学的主流生物医学科研的一个副产品。

对于迅速发展的技术,我们要做的重要的事,不是预先为它设立条条框框。务必要牢记,同原子武器相比,这样的技术是没有危险性的。在原子武器中,稍有不慎,众多的无辜旁观者即刻就会灰心烟灭。这些技术仅对那些决定挺身而出使用

他们的人才具有危险性。如果我们把关于这些技术的现在的希望和恐惧带进将来,并以此为基础进行预先控制,从而扼杀它们的潜力的话,我们就只能制定出非常拙劣的法律。今天,我们并没有足够的知识来预测这些技术未来会出现什么问题。

比较明智的方法是让这项技术进入早期 应用,并从中学些东西。性别选择就是现实世界的 经验 能告诉我们一些事情的极好例子。许多人想要控制性别选择,但与不发达国家不同,在发达国家,自由选择性别并没有导致性别的巨大不平衡。在美国,父母的选择基本上男女平衡的,女孩占微弱优势。以前有人认为,如果给了父母这种选择权,会出现严重问题,因为男孩会过剩。但事实并非如此。这种危险是我们想象出来的。有些人认为,父母不应该对孩子拥有这种权力,但他们究竟担心什么,往往非常模糊。在我看来,如果父母由于某种原因的的确确需要一个女孩或男孩,让他们了却心愿怎么会伤害孩子呢?相反的情况倒的确值得担心的:如果父母极想要一个男孩,结果却生了个女孩,这个“性别错误”的孩子可能就不会过上好日子。我相信,让父母拥有这种选择权,只有好处没有坏处。

我们还可以想象出有关性别选择的各种麻烦事件,编出一系列可能发生的危险 故事 。但如果将来事情发生了变化,性别不平衡现象真的出现了,我们再制定政策处理这类特殊问题也不迟。这要比现在就对模糊的恐惧感和认为是在戏弄上帝的思想观念作出反应,无疑要明智得多。这是民主化的技术吗?

阻止再生技术的行为使这些技术造成 社会的极端分裂,因为阻止行为仅仅使这些技术为那些富裕的人所用,他们可以非常容易地绕过种种限制,或者到国外去,或者花大钱寻求黑市服务。

其核心是胚胎选择技术,如果处理恰当,它可以成为非常民主化的技术,因为早期采取的各项治疗措施可以面向各种残缺者。把智商在70到100(群体平均数值)的人向上提高,要比把智商从150(群体百分比最高值)提高到160容易得多。要让本已才智卓绝的人再上一层楼,那非常困难,因为这必须改善无数微小因素的复杂的混合配备状况,正是这些因素合在一起,才能创造出一个超人来。而改善退化的功能则要容易得多。我们并无超人的案例,但我们却有无数普通人为佐证,他们可以充当范例,引导我们如何去修改一个系统,使之至少达到正常的功能。

我觉得,人们以为我们是平等的创造物,在法律面前人人平等,于是就认为我们大家都是一样的。其实不然。基因抽奖可能是非常非常残酷的。你去问问行动迟钝的人,或问问有这样那样基因疾病的人,他们是不会相信什么基因抽奖是多么美妙公平这种抽象言论的。他们就希望自己能更健康些,或者获得某些方面的能力。这些技术的广泛应用,就在许多方面创造了一个平等的竞技场,因为那些本来由于基因原因处于劣势的人也有了竞争的机会。

另一个问题是,这些技术就像其他技术一样, 发展很快。在同代人之间,富人和穷人的应用差距不会很大,而在两代人之间的应用差距却会很大。如今,甚至比尔?盖茨也无法为他的孩子获得某种在25年后中产阶级也认为是很原始的基因增强技术。

所谓明智的一个重要因素,就是要懂得什么我们有权控制,什么无权控制。我们务必不要自欺欺人,以为我们有权对是否让这些技术进入我们的生活进行选择。它肯定会进入我们的生活。形势的发展必然要求我们去使用这些技术。

但在我们如何应用它们、它们会如何分裂我们的社会,以及它们对我们的价值观会产生什么影响等问题上,我们的确有某种选择余地。这些问题我们应该讨论。我本人对这些技术是满怀希望的。它们可能产生的好处会大大超过可能出现的问题,我想,未来的人类在回顾这些技术时,会觉得奇怪:我们在这么原始的时代是如何生活的,我们只活到75就死了,这么年轻,而且死得这么痛苦难过。

政府和决策者不应该对这些研究领域横加阻挠,因为由于误用或意外所造成的伤害,并不是仅有的风险。能够挽救许多人的技术因为延误而使他们继续遭受痛苦,也是一种风险。

当务之急是倾全力获得足够的安全性,防止意外的发生,而要做到这点,协调者看来要牺牲许多间受影响的人的安全。疫苗的例子就是这样。疫苗有许多年没有进展,因为引起诉讼的可能性很大。如果那个孩子受了伤害,会产生巨大的后果。然而很明显,对接受疫苗接种的全体人而言,是非常安全的。

我认为人们对于克隆也是同样的问题。它在近期可能会影响最多一小部份人。在我看来,拒绝会改变数以百万患者命运的非常有可能的 医学进步,振振有词地宣称这是对人类生命的尊重,这是一种奇怪的逻辑。

失去人性还是控制人性?

另一种祁人之忧,认为任意篡改生物机制有可能使我们失去人性。但是,“人性”究竟是与某些非常狭隘的生物结构有关,还是与我们接触世界的整个过程、与我们之间的相互作用有关呢?例如,假如我们的寿命增加一倍,会不会使我们在某种意义上“失去人性”呢?寿命延长必然会改变我们的生活轨迹,改变我们的互动方式,改变我们的 组织制度、家庭观和对 教育 的态度。但我们还是人类,我敢断言我们会迅速适应这些变化,并会对以往没有这些变化的生活觉得不解。

如果原始的狩猎者想象自己生活在纽约城,他们会说在那样的地方他们可能不再是人了,他们认为那不是人的生活方式。可是今天我们大多数人不仅把纽约的生活看作是人的生活,而且是大大优于狩猎生活。我想,我们改变生物机制所发生的变化也是如此。

目前人类还处在进化的早期阶段,至多是青少年期。几千年后,未来的人类来看我们这个时代,会认为是原始的、艰难的同时充满希望的时代。他们也会把我们这个时代看作是人类发展的特殊的光荣的时刻,因为我们为他们的生活打下了基础。我们很难想象即使一千年后的生活会是什么样子,但我猜想我们现在的生物重组会大大影响未来的人类。

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基因序列分析生物信息学论文

生物信息学我有来头

这种最基本的东西没必要求论文啊,自己随便写写就好了,用个DNAMAN,随便挑个基因,分分钟搞出来。再者没人会拿这种东西单独去发一篇论文吧?这点东西根本不够资格,只够在某篇论文里的两句话的分量。

谁一个、、论文不才交么……生物信息在生物学研究中的作用。生物信息是指生物体中包含的全部信息,如基因组信息、蛋白质、核酸、糖类等生物大分子的结构等。生物信息对生物体的生存、繁殖都起着重要作用。生物信息包含的范围很广,除遗传物质、神经电冲动和激素之外,生物体发出的声音、气味、颜色以及生物的行为本身都含有信息,都对生物的个体和群体产生影响,和生物的生存与进化密不可分。生物信息的特点是消耗极少的能量和物质即可产生极大的生物效应。生物信息一般可分为遗传信息、神经和感觉信息及化学信息。虽然遗传信息和神经感觉信息的载体都属于化学物质,但通常所指的化学信息是除以上两类物质以外的化学物质所携带和传递的信息。高等生物的激素及昆虫外激素都属于这一类。遗传信息是指生物为复制与自己相同的东西、由亲代传递给子代、或各细胞每次分裂时由细胞传递给细胞的信息, 即碱基对的排列顺序(或指DNA分子的脱氧核苷酸的排列顺序) 。遗传信息以密码形式存储在DNA分子上,通过DNA的复制传递给子代。在后代生长发育过程中,遗传信息自DNA转录给RNA,后翻译成特异的蛋白质,以执行各种生命功能。从历史上看,首先是由G.J.Mendel(1866)的研究形成了概念,即相应于生物各种性状的因素(现在称为基因)中包含着相应的信息(以后G.Beadle等人(1941)所开创了遗传生物化学的研究,描绘出这样一个轮廓:基因和决定生物结构与功能的蛋白质之间具有一对一的对应关系。 关于基因的化学本质方面,根据O.T.Avery等(1944)进行的转化实验,以及A.Hershey和M.Chase(1952)用大肠杆菌噬菌体的DNA进行的性状表达实验,已阐明DNA是遗传信息的载体。附着DNA结构研究的进展,现在已经确立了这样的概念,即基因所具有的信息可将DNA的碱基排列进行符号化。信息在表达时,DNA的碱基排列首先被转录成RNA的碱基排列,然后再根据这种排列合成蛋白质。有的病毒的遗传信息的载体不是DNA,而是RNA。遗传信息不仅有相应于蛋白质的基因信息,也包括对信息解读所必需的信息、控制信息表达所必需的信息,以及生物为了复制与自己相同结构所必需的一切信息。神经和感觉信息靠电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统接受内外环境中的信息,进行加工处理,调节和控制机体各部分功能。生物靠神经系统电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统的功能是接收、传递内外环境中的信息,加以处理、分析,从而控制和调节机体各部功能,对环境作出适当的反应。因此,神经信息对于有机体的生存以及正常生活起着至关重要的作用。化学信息是除上述两类物质外由化学介质传递的信息。生物体的各种功能能够有条不紊地进行,对环境能及时做出反应,是由于生物体内存在着通过各种各样的化学信息分子进行传递的信息系统。生物信息在生物研究中有重要作用,然而,原始的生物信息资源挖掘出来后,生命科学工作者面临着严峻的挑战:数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息?基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育?基因组本身又是怎样进化的?生物信息学产业的高级阶段体现于此,人类从此进入了以生物信息学为中心的后基因组时代。结合生物信息学的新药创新工程即是这一阶段的典型应用。因此,生物信息学便是生物信息在生物研究中重要应用。 生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。生物信息学研究对象是生物信息。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白学两方面,具体说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。 具体而言,生物信息学作为一门新的学科领域,它是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看,生物信息学应包括这3个主要部分:(1)新算法和统计学方法研究;(2)各类数据的分析和解释;(3)研制有效利用和管理数据新工具。 生物信息学作为基因组研究的有力武器,被广泛地用来加快新基因的寻找过程,以达到将“有用”新基因抢先注册专利的目的。在这场世界范围内的竞争中,中国科学家以及科研资金投向的决策部门如何结合我国科研水平的现状、优势领域等客观情况将有限的投资投入以求获得最大可能的科学研究以及商业回报,是一个无法回避的新课题。 生物信息学的主要研究方向: 基因组学 - 蛋白质组学 - 系统生物学 - 比较基因组学,随着包括人类基因组计划在内的生物基因组测序工程的里程碑式的进展,由此产生的包括生物体生老病死的生物数据以前所未有的速度递增,目前已达到每14个月翻一番的速度。同时随着互联网的普及,数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。然而这些仅仅是原始生物信息的获取,是生物信息学产业发展的初组阶段,这一阶段的生物信息学企业大都以出售生物数据库为生。以人类基因组测序而闻名的塞莱拉公司即是这一阶段的成功代表。 综上所述,对生物信息的研究对生物学的蓬勃发展具有重要作用。

生物信息学报告

调查媒体对生物科学技术发展的报道 多姿多彩的生物,使地球上充满了生机。人类的生存和发展同各种各样的生物息息相关。自古以来,人类就不断探索生物界的奥秘,从中获益良多。现代社会,生物科学在人类社会的各个领域发挥着日益重要的作用。人类社会与生物学的关系越来越紧密。生物科学与社会的关系 随着生物科学的发展,生物科学技术对社会的影响越来越大。这主要表现在以下几个方面: 1.影响人们的思想观念,如进化的思想和生态学思想正在被越来越多的人所接受。 2.促进社会生产力的提高,如生物技术产业正在形成一个新兴产业;农业生产力因生物科学技术的应用而显著提高。 3.随着生物科学的发展,将会有越来越多的人从事与生物学有关的职业。 4.促进人们提高健康水平和生活质量,延长寿命。 5.影响人们的思维方式,如生态学的发展促进人们的整体性思维;随着脑科学的发展,生物科学技术将有助于改进人类的思维。 6.对人类社会的伦理道德体系产生冲击,如试管婴儿、器官移植、人基因的人工改造等,都会对人类社会现有的伦理道德体系产生挑战。 7.生物科学技术的发展对社会和自然界也可能产生负面影响,如转基因生物的大量生产改造物种的天然基因库,可能会影响生物圈的稳定性。 理解科学技术与社会的关系,是科学素质的重要组成部分。因此,中学生课程中应当充实这方面的内容。展望21世纪的科学技术 21世纪的科学研究将在四个层面上展开。 第一个层面是研究物质结构及其运动规律的物质科学,由此将深化人们对物质世界和字宙起源与演化的认识。 第二个层面是生命科学。20世纪末,人类基因组全部测序工作基本完成,预示着新世纪生命科学必将酝酿着新的突破,将引发对解读基因密码规律的探索,从而使人类在分子水平上能够找到生命起源及其演化过程的谱系,发现生命遗传、生殖与发育、生长与衰老、代谢与免疫等机制。同时通过对人类基因密码的解读.-些重大的疾病基因将被发现,使危害人类生命的疾病得到治疗。 第三个层面是地球与环境科学。21世纪,地球与环境科学将更加注重人类与自然环境的协调发展,并从工业经济时代的注重矿产资源,逐步转移到重视新能源、水、耕地和生态资源,研究对象从陆地更多地拓展到海洋、太空等。 第四个层面就是对人脑与认知的研究。21世纪,人类将在脑科学、认知神经科学研究和人类起源与进化的几个重大问题上取得突破性进展,这也将是科学发展的一个新高峰。脑与认知神经科学的进展将进一步揭示人类意识、思维的本质,为攻克脑的疾病提供基础。同时为开发智能计算机、仿脑的信息系统以及能像人一样思维和动作的机器人创造了条件,这将对人类文明进程产生无可限量的影响。生物科学与计算机技术的结合 20世纪后期,生物科学技术迅猛发展,无论从数量上还是从质量上都极大地丰富了生物科学的数据资源。数据资源的急剧膨胀迫使人们寻求一种强有力的工具去组织这些数据,以利于储存、加工和进一步利用。而海量的生物学数据中必然蕴含着重要的生物学规律,这些规律将是解释生命之谜的关键,人们同样需要一种强有力的工具来协助人脑完成对这些数据的分析工作。另一方面,以数据分析、处理为本质的计算机科学技术和网络技术迅猛发展?并日益渗透到生物科学的各个领域。于是,一门崭新的、拥有巨大发展潜力的新学科——生物信息学——悄然兴起。 生物信息学的诞生及其重要性 早在1956年,在美国田纳西州盖特林堡召开的首次“生物学中的信息理论研讨会”上,便产生了生物信息学的概念。但是,就生物信息学的发展而言,它还是一门相当年轻的学科。直到20世纪80—90年代,伴随着计算机科学技术的进步,生物信息学才获得突破性进展。 1987年,林华安博士正式把这一学科命名为“生物信息学”(Bioinformatics)。此后,其内涵随着研究的深入和现实需要的变化而几经更迭。1995年,在美国人类基因组计划第一个五年总结报告中,给出了一个较为完整的生物信息学定义:生物信息学是一门交叉科学,它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具,来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 生物信息学不仅是一门新学科,更是一种重要的研究开发工具。从科学的角度来讲,生物信息学是一门研究生物和生物相关系统中信息内容与信息流向的综合系统科学。只有通过生物信息学的计算处理,人们才能从众多分散的生物学观测数据中获得对生命运行机制的系统理解。从工具的角度来讲,生物信息学几乎是今后所有生物(医药)研究开发所必需的工具。只有根据生物信息学对大量数据资料进行分析后,人们才能选择该领域正确的研发方向。 生物信息学不仅具有重大的科学意义,而且具有巨大的经济效益。它的许多研究成果可以较快地产业化,成为价值很高的产品。 生物信息学的研究内容 生物信息学的研究内容是伴随着基因组研究而发展的。广义地说,生物信息学从事对基因组研究相关生物信息的获取、加工、存储、分配、分析和解释。这个定义的含义是双重的:一是对海量数据的收集、整理与服务,即管理好这些数据;二是从中发现新的规律,也就是用好这些数据。 具体地说,生物信息学是把基因组DNA(脱氧核糖核酸)序列信息分析作为源头,找到基因组序列中代表蛋白质和RNA(核糖核酸)基因的编码区。同时,阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质,破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律。在此基础上,归纳、整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据,从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。 纵观当今生物信息学界的现状可以发现,大部分研究人员都把注意力集中在基因组、蛋白质组、蛋白质结构以及与此密切相关的药物设计上。 1. 基因组 基因组研究的首要目标是获得人的整套遗传密码。人的遗传密码有32亿个碱基,而现在的DNA测序仪每个反应只能读取几百到上千个碱基。这样,要得到人的全部遗传密码,首先要把人的基因组打碎,测完一个个小段的序列后再把它们重新拼接起来。而基因组大规模测序的每一个环节,都同信息分析紧密相关,每一步都紧密依赖于生物信息学的软件和数据库。 2. 蛋白质组 基因组对生命体的整体控制必须通过它所表达的全部蛋白质来执行。由于基因芯片技术只能反映从基因组到RNA的转录水平上的表达情况,而从RNA到蛋白质还有许多中间环节的影响,这样,仅凭基因芯片技术人们还不能最终掌握生物功能的具体执行者——蛋白质的整体表达状况。因此,近年在发展基因芯片的同时,人们还发展了一套研究基因组所有蛋白质产物表达情况的技术——蛋白质组研究技术,包括二维凝胶电泳技术和质谱测序技术。然而,最重要的是如何运用生物信息学的方法去分析获得的海量数据,从中还原出生命运转和调控的整体系统的分子机制。 3. 蛋白质结构及新药设计 基因组和蛋白质组研究的迅猛发展,使许多新蛋白序列涌现出来。要了解它们的功能,只有氨基酸序列是远远不够的。得到这些新蛋白的完整、精确和动态的三维结构,是摆在人们面前的紧迫任务。 近年,随着结构生物学的发展,相当数量的蛋白质以及一些核酸、多糖的三维结构获得了精确的测定。根据生物大分子结构的知识,有针对性地设计药物成为热点。生物信息学的研究不仅可以提供生物大分子空间结构的信息,还能提供电子结构的信息,如能级、表面电荷分布、分子轨道相互作用以及动力学行为的信息。但是,生物信息学的任务远不止于此,最重要的是如何运用数理理论成果,对生物体进行完整系统的数理模型描述,以便使人类能够从一个更明确的角度、以一种更易于操作的方式,来认识和控制自身以及其他生命体。 国内外生物信息学研究的现状 国外一直非常重视生物信息学的发展,各种专业研究机构和公司如雨后春笋般涌现出来,生物科技公司和制药工业内部的生物信息学部门的数量也与日俱增。目前,绝大部分核酸和蛋白质数据库由美国、欧洲和日本的3家数据库系统产生。它们共同组成国际核酸序列数据库,每天交换数据,同步更新。 近年,美国一些最著名的大学,如哈佛大学、普林斯顿大学、斯坦福大学、加州大学伯克利分校等,都投资几千万到一亿多美元成立了生物学、物理学、数学等学科交叉的新中心,诺贝尔奖获得者朱棣文领导的斯坦福大学的中心还命名为Bio-X。1999年6月,美国NIH的一个顾问小组建议在生物计算领域设立总额为数亿美元的重大科研基金,并成立5到20个计算中心以处理海量的基因组相关信息。 我国对生物信息学领域也越来越重视,一些著名大学和研究所在各自领域取得了一定成绩,例如,北京大学在生物信息学网站建设方面,中科院生物物理所在EST序列拼接及在基因组演化方面,天津大学在DNA序列的几何学分析方面等等。北京大学于1997年3月成立了生物信息学中心,中科院上海生命科学研究院于2000年3月成立了生物信息学中心,分别维护着国内两个专业水平相对较高的生物信息学网站。但从全国总体来看,与国际水平差距还很大。目前,国内生物(医药)科学研究与开发,对生物信息学研究和服务的需求市场非常广阔,但是,真正开展生物信息学具体研究和服务的机构或公司却相对较少,仅有的几家科研机构主要开展生物信息学理论研究,生物信息学服务公司提供的服务仅局限于简单的计算机辅助分子生物学实验设计,而且服务体系也不完善。 生物学是生物信息学的核心,计算机科学技术是它的基本工具。展望生物信息学的未来,就是预测它对生物学的发展将带来哪些根本性的突破。这种预测是十分困难的。然而,科学史的发展表明,科学数据的大量积累将导致重要科学规律的发现。因此,有理由相信,当今海量生物学数据的积累,也将导致重大生物学规律的发现。 近年来,世界各国在生物科学上都投入了大量的人力和物力,生物科学技术也随之不断的迅速发展。英国开发出糖尿病基因疗法,日本科学家找到白发基因、发现干胚胎干细胞开关,德国科学家发明新型抗癌药物,法国宣布人类基因组工作草图完成,美国更是宣布已完成人体基因排序;中国当然也不甘人后,先后成功的完成了转基因鲤鱼、乙肝疫苗及杂交水稻的培育。生物科学的不断发展促使着人类社会的不断前进,看到中国科学院的院长路甬祥对21世纪科学技术的展望我们不难看到生物科学将是未来的主要学科之一,我们作为中学生应该努力学好这门学科,并多多关心媒体对生物科学的报道,关注生物科学的发展。

ijb的意思是生物信息学的国际性专业期刊。

ijb是International Journal of Bioinformatics的英文缩写,意思是生物信息学的国际性专业期刊。生物信息学的国际性专业期刊主要刊载生物信息及相关领域的研究进展、综述、研究论文、研究简报、技术与方法、专题评论等学术文章。

生物信息学的国际性专业期刊登载的研究论文应是没有在国内外公开出版的刊物上发表过的原始研究工作报告;及时反映生物信息领域的发展热点和最新进展;本刊还刊登有关生物信息技术国内外研究开发动态、简讯、产业政策与产业发展动态、学术活动与展会通知、书评、短评、启事等文章。

生物信息学简介:

生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学,计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。

生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面,具体说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。

以上内容参考 百度百科-生物信息学

根据数据调查发现陈润生院士是中国科学院院士,1941年6月生于天津市,籍贯天津,1964年,毕业于中国科学技术大学生物物理系, 现任中国科学院生物物理研究所非编码核酸重点实验室研究员,博士生导师,国际人类基因组组织(HUGO)会员,国际数据库组织(CODATA)生物大分子专业组委员,国际纯粹及应用物理学会(IUPAP)生物信息学专业委员会委员。陈润生是中国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。在生物信息学领域进行了系统的研究,曾参加中国第一个完整基因组泉生热袍菌B4基因组序列的组装和基因标识,曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表SCI收录学术论文120余篇,并多次在国际学术会议上应邀做报告。陈院士这一堂课每一届只有一千个名额,但每次都会爆满,礼堂总是座无虚席。学生们表示,课后得到陈院士的签名,也是对自己以后科研事业的一种激励。许多人通过院士的数量来判断大学院系能力,院士多的大学被认为更强大,更有影响力。 学院院士数量非常有限:全国有数千所大学,平均每所大学只有不到一名院士。 大部分的学者都集中在最有名望的著名大学里。例如,清华大学有54名中国科学院院士和38名中国工程院院士,而北京大学则更多,两个机构都有大约120名院士。要是全职院士,双聘的一年到头都可能来不了一次 。值得一提的是 8:30开始的课,6点半已经占不到座 ,可以想到是怎样的一幅景象。

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