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先后在《中国农业科学》、《应用生态学报》、《土壤学报》、《土壤通报》、《西南农业大学学 报》等刊物上发表论文200余篇。坡度对三峡库区紫色土坡面径流侵蚀的影响分析，《泥沙研究》2009年 第2期三峡库区典型岩溶山地土壤种子库研究——以重庆市为例，《重庆师范大学学报：自然科学版》2009年 第2期基于建构主义的网络辅助教学个性化自主学习内容组织研究，《西南师范大学学报：自然科学版》2008年 第6期北美五大湖区面源污染治理经验与启示，《西南大学学报：自然科学版》2008年 第11期三峡库区农业土壤重金属含量特征及污染评价——以Cu Pb和Zn为例，《农业环境科学学报》2008年 第6期旅游活动对自然保护区游憩地带植物的影响，《西南大学学报：自然科学版》2008年 第10期重庆农业生态系统中酸雨因子的特点及其影响，《中国环境监测》2008年 第4期水稻虫害智能预测模型及其应用，《农业工程学报》2008年 第7期新农村视角下的农村居民点用地整理的战略思考， 《重庆国土资源》2008年 第4期土壤中根瘤菌定殖研究进展，《土壤》2008年 第2期分形理论在土壤肥力研究中的应用与前景，《土壤》2007年 第5期土地利用的生态位及调控机制的研究，《农业工程学报》2005年 第z1期荒溪治理研究进展，《水土保持学报》2003年 第5期岩溶山地不同土地利用土壤的水分特性差异，《水土保持学报》2003年 第5期重庆市景观格局动态变化分析，《长江流域资源与环境》2008年 第1期绵阳科技城的工业经济发展，《经济地理》2008年 第2期精准农业中土壤养分分析的适宜取样数量的确定，《中国生态农业学报》2008年 第2期一种解决BP网络过拟合的学习算法，《西南大学学报：自然科学版》2008年 第1期稻田垄作免耕对土壤的中小团聚体孔隙分布的影响，《西南农业学报》2008年 第1期利用微生物制剂进行污泥减量的生产性试验研究，《中国给水排水》2008年 第3期未来区域土地利用驱动力研究的重要命题：尺度依赖，《资源科学》2008年 第1期简析保护城乡结合部土地，《四川农场》2007年 第3期基于GIS的重庆市丘陵山地耕地质量评价与比较，《农业工程学报》2007年 第11期重庆主城区市街绿地土壤肥力质量评价及管理对策，《西南大学学报：自然科学版》2007年 第11期应用动态植被模型LPJ模拟中国植被变化研究，《西南大学学报：自然科学版》2007年 第11期利用MCMP微生物制剂减少剩余污泥产量的研究，《环境工程学报》2007年 第12期遥感技术在我国土地管理中的应用与进展，《国土资源科技管理》2007年 第1期不同养殖水体Cu的特征，《环境科学与技术》2007年 第11期保护性耕作对稻田土壤有机质的影响，《生态学报》2007年 第11期稻作区保护性耕作和小麦种植对土壤养分的影响，《农业工程学报》2007年 第10期岩溶山区不同岩性和地貌类型下景观斑块分布与多样性分析，《自然资源学报》2007年 第3期岩溶区坡面土壤侵蚀特征研究，《水土保持学报》2007年 第5期重庆岩溶地区近40年的气温变化特征分析及趋势预测，《西南大学学报：自然科学版》2007年 第9期国外土地整理实践及启示，《国土资源》2007年 第9期基于管治理念的资源动员方式：浙江省土地整理的实践，《资源科学》2007年 第5期重庆岩溶山区脆弱生态环境与不同尺度土地整理模式研究，《中国农学通报》2007年 第9期不同利用方式对紫色水稻土水溶性有机碳的影响，《中国农学通报》2007年 第8期工程项目社会影响评价的回顾与展望，《中国农学通报》2007年 第8期区域土地利用变化驱动力研究前景展望，《地球科学进展》2007年 第8期新农村建设及农村土地问题，《重庆国土资源》2007年 第4期集成GASA混合学习策略的BP神经网络优化研究，《西南大学学报：自然科学版》2007年 第7期利用方式对紫色水稻土有机碳与颗粒态有机碳的影响，《生态环境》2007年 第4期大洪河水库库区土地利用变化及其社会经济驱动因素，《生态学杂志》2007年 第6期不同利用方式对紫色水稻土微生物量碳的影响，《中国农学通报》2007年 第6期基于GIS的重庆市耕地质量评价模型建立与检验，《中国农学通报》2007年 第5期基于JavaSpace的社会保障信息系统集成模型研究，《西南大学学报：自然科学版》2007年 第5期保护性耕作对紫色水稻土团聚体组成和有机碳储量的影响，《应用生态学报》2007年 第5期重庆岩溶区土壤景观多样性，《生态学报》2007年 第5期中国耕地警戒值的测算与讨论，《资源科学》2007年 第3期三峡库区优质柑橘产业带农户收益与土地管理实践的关系，《资源科学》2007年 第3期基于因子分析方法的中国植被NDVI与气候关系研究，《山地学报》2007年 第1期集成GASA混合学习策略的BP神经网络在水稻虫害预测中的应用，《中国农学通报》2007年 第4期三峡水库消落区对库区水土环境的影响研究，《西南大学学报：自然科学版》2007年 第1期简析保护城乡结合部土地，《农村经济》2007年 第3期酸雨对紫色土氮磷淋失的影响，《水土保持学报》2007年 第1期家庭承包制下土地流转的农户解释：对重庆不同经济类型区七个村的调查分析，《地理研究》2007年 第2期城市土地优化配置与集约利用评价模型剖析，《西南农业大学学报：社会科学版》2007年 第1期垄作免耕下紫色水稻土有机碳的分布特征，《土壤学报》2007年 第2期
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《豆科植物与根瘤菌共生》空气中存在着大量的分子态氮，它们约占空气成分的百分之八十。估计在整个大气层中，约有四千多吨的分子态氮。然而，绝大多数的植物只能从土壤中吸收结合态氮，用来合成自身的含氮化合物，如蛋白质等。土壤中的含氮化合物，不是土壤本身固有的，而是在生物生命活动过程中逐渐积累起来的，其中很大一部分来自微生物的生物固氮。据估计，地球表面上每年生物固氮的总量约为一百吨，其中豆科植物体内根瘤菌的固氮量约为五十五屯，占生物固氮总量的百分之五十五左右。在植物根系上生长的特殊的瘤，因寄生组织中建成共生的固氮细菌而形成。用来合成自身的含氮化合物。根瘤菌在皮层细胞中迅速分裂繁殖，同时皮层细胞因根瘤侵入的刺激，也迅速分裂和生长，而使根的局部体积膨大，形成瘤状突起，就是根瘤。豆科植物能肥田，是由于根瘤菌的固氮作用。豆科植物与根瘤菌的共生因得到氮素而获高产；同时由于根瘤的脱落，具有根瘤的根系或残株遗留在土壤中，能增加土壤的肥力。根瘤菌从根瘤细胞中摄取它们生活所需要的水分和养料，它能固定游离氮、合成含氮化合物，为豆科植物所利用。
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早在30年代初，当植物生长激素的研究尚处于开创阶段时，陈华癸就首先发现作物根毛被根瘤菌感染之前，发生伸长和弯曲的现象与根瘤菌分泌生长素类物质的作用有关。30年代末，他对高效根瘤菌和低效根瘤菌形态发育进行了比较研究，阐明了共生固氮有效性机理的一个重要方面。论文发表在《英国皇家学会会刊》上，他当时的结论，至70年代仍被斯坦尼尔等人著的《微生物世界》和贝杰森的论文及有关教科书所引用。魁斯佩尔在1974年高度评价了他的研究结果的意义。陈华癸对共生固氮研究的另一贡献，是他在1941年与徐明光、张信诚一起，通过人工接种试验，首先发现紫云英根瘤菌和紫云英结瘤共生固氮是一个独立的“互接种族”。论文发表在美国《土壤科学》杂志上。这项发现，不仅丰富了根瘤菌和寄主植物共生结瘤固氮的特异知识，而且在紫云英根瘤菌剂的生产和应用方面有重要的实践意义。50年代，他领导的研究集体继续从多方面对紫云英根瘤菌共生关系进行研究。60年代初，筛选出紫云英根瘤菌的优良菌种，并直接参与了菌肥厂的建设、紫云英根瘤菌剂的生产，以及大面积使用的试验、示范和推广工作，为中国南方稻田紫云英绿肥种植面积的扩大和双季稻的发展，提供了重要的技术手段。70年代后期，他带领同事们开拓了共生固氮研究的新领域，培养与指导新生力量，开展了共生结瘤固氮的分子遗传学研究。陈华癸对细菌肥料的应用和推广一直持严谨的科学态度。在50年代末社会上掀起的那场盲目生产和推广细菌肥料的热潮中，他和他的研究集体既不随声附和，更不推波助澜。在随之而来的基本否定细菌肥料的社会气氛下，他及时呼吁科学地发展根瘤菌剂的重要意义（ 《人民日报》，1964年5月19日），并坚持研究和应用推广工作，从而促进了60—70年代紫云英根瘤菌接种剂的生产应用、及稻田种植紫云英面积的扩大。根据花生根瘤菌接种剂应用的实际效果，在他的倡议下，1979年湖北省土壤学会生物固氮专业学术会议向农业部建议加强花生根瘤菌剂的推广应用。
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