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丁锋8934
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naerman163

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在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后,河北科技大学副教授韩春雨关于新基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文已由《自然-生物技术》撤回。

北京时间8月3日,《自然-生物技术》发布声明称,撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。据悉论文撤回,是韩春雨主动申请撤回。

韩春雨出生于1974年,现为河北科技大学副教授,本科毕业于河北师范大学,硕士就读于中国农业科学院,在中国协和医科大学取得博士学位。

在学术出版里,受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下,往往由论文作者主动向期刊申请撤稿,以减少对论文作者科学信誉的伤害,同时避免更多的科研工作者继续引用该论文。

此前,该论文甫一发表,韩春雨团队及其报告的NgAgo技术得到了诸多喝彩声。论文中所描述的NgAgo技术是利用格氏嗜盐碱杆菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸内切酶,以DNA为介导进行基因编辑,简称NgAgo-gDNA。

在论文中,韩春雨团队使用NgAgo-gDNA技术,在哺乳动物细胞基因组上的47个位点进行了100%的基因编辑,效率为。按照韩春雨团队的实验结果,该技术效率之高,能媲美已有“基因魔剪”之称的CRISPR-Cas9,对基因的特定位点进行准确地剔除、添入等。

但同年7月以来,该论文的可重复性得到国内外学者的广泛质疑。在按照韩春雨论文所述的方法进行实验后,他们无一例外地没有看到NgAgo技术有能编辑基因的迹象。

2016年7月,来自澳大利亚、美国、西班牙的学者在社交媒体推特上公开发声,表示无法看到韩春雨论文中的实验结果,为避免资源浪费,呼吁科研工作者停止使用NgAgo技术。

2016年10月,北京大学、中国科学院、哈尔滨工业大学等13位中国生物学家联名在媒体上公开发声,表示无法重复该实验结果,呼吁有关部门启动学术调查。

同年11月,国内外20位生物学家联名在国际期刊《蛋白质与细胞》上发表学术通讯,正式以学术规范的形式,质疑韩春雨团队该论文的可重复性。20位学者在各自的实验室进行了重复实验,但在不同细胞系和生物中无法检测到NgAgo技术所产生的基因编辑现象。

同月,来自美国、德国和韩国的生物学家在《自然-生物技术》发表通信文章,同样报告了该实验无法重复。

与通信文章同时发表的,还有《自然-生物技术》的一篇“编辑部关注”及声明,“提醒读者对原论文结果(韩春雨课题组论文)的可重复性存有担忧”,并表示正在调查该论文,原作者“补充信息和证据来给原论文提供依据是非常重要的”。

不到两个月后的2017年1月,《自然-生物技术》发言人发表声明,表示获得了与NgAgo系统可重复性相关的新数据,在决定是否采取进一步行动之前,需要调查研究这些数据。

在被质疑的一年时间里,韩春雨不愿公开实验记录,并表示他的实验可重复,他正在不断改进实验效率。韩春雨还曾表示,其他实验室无法重复,80%的原因是实验用的细胞被污染了。

《自然-生物技术》撤稿声明全文:

是该数据说话的时候了

一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回,这显示了论文发表后的同行评议在全天候媒体时代的重要性。

本期,韩春雨及同事撤回了发表于去年5月的一篇论文。该论文称,短5磷酸化单链DNA可引导格氏嗜盐碱杆菌核酸内切酶(NgAgo)产生双链断裂,实现对人类基因组的编辑。论文一发表,便引起科研人员的极大兴趣和媒体的竞相报道。但是很快,在推特、博客和其它社交媒体的助燃之下,有关该研究可重复性的质疑开始迅速增多。去年11月,本刊发表了“编辑部关注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留意这些可重复性方面的担忧。为了最终解决这个争议,多个研究小组在数月里生成了更多的实验数据。如今尘埃落定,这也是世界各地的许多实验室为澄清NgAgo的功能而付出的大量时间、精力和资金的证明。

韩春雨的这篇论文自去年发表后所产生的影响力,再怎么夸张地说也不为过,尤其是在论文的来源地中国。中国媒体纷纷进行报道,以大标题宣告一项全新基因编辑系统的发现。这无疑是一篇中国去年被报道最多的论文;媒体监测公司融文(Meltwater)的数据显示,仅在论文发表后的最初两个月,就有将近4000篇相关的中文新闻报道。

NgAgo的轰动之处集中在它有可能补充,甚至取代CRISPR/Cas9基因编辑系统之一点上。NgAgo有望以一个目标序列进行基因编辑(Cas9不仅需要目标序列,还需要另外一个附近的识别(PAM)序列)。而且,初始数据还显示了它在其它方面的优势,如引物的稳定性更强(DNA相对于Cas9采用的RNA),增强特异性,减少基因组编辑脱靶,改善在基因组富含GC区域的活性,以及使所用的试剂更易于合成和处理。

如果说这一切都听上去太过美好而令人难以置信,那么去年夏天以来,随着越来越多的实验室无法重复该论文所报告的基因组编辑功能,质疑声便开始出现了。在各种基因组编辑会议上,在新闻讨论组和电子邮件中,这篇论文成为最热话题之一。这很快便引起媒体注意,有关该初始报告有效性的正反两方面的声音开始交锋。我们内部的图像完整性筛查没有发现韩春雨论文的明显异常,复查数据的三位外部评审人也持相同观点。

在此期间,《自然-生物技术》一直与科研界保持联络,关注各种为重复论文所做的持续努力。最终,在编辑们的协调下,三个独立小组的成果形成了一篇单独的反驳性论文,并通过了同行评议(Nat. , 768 773, 2016)。有了这些数据,我们就有充分的理由去提醒读者留意该论文可能存在问题,我们将正式的“编辑部关注”发表在该篇论文所在的网址上,此举得到包括韩春雨在内的两位论文作者的支持。

我们也询问了论文作者是否可以解答科研界为何难以重复他们的结果。于是,去年12月,韩春雨及同事,还有另外几个与本刊联系的独立研究小组,提供了新的数据,称已经重复了NgAgo基因编辑活性。

现在,距原论文发表已过去了一年多,了解到当初曾报告说初步成功重复出实验结果的独立研究小组,无法强化初始数据,使其达到可发表的水平。类似的,在征求专家评审人的反馈意见后,判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以反驳大量与其初始发现相悖的证据。现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。

这篇有关NgAgo的论文发表出来,并不是科研过程的结束,而是开始。与任何其它发表出来的报告一样,正是广大的科研共同体对相关方法进行了检验,识别潜在的错误来源,验证试剂并优化试验。在本例中,有多位敬业的研究者个人对已发表实验方法的各种细节进行检验,并完成记录翔实和有对照组的反驳性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349 1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。

这篇NgAgo论文也显示了社交媒体的利与弊。显然,这些平台对于迅速提醒广大科学界留意该论文可能存在的问题发挥了重要作用。但是,它们也抬高了人们的预期,以为有关这篇论文的问题是直截了当,可以快速解决的。然而,关于NgAgo的各种问题是无法在几个星期或几个月内就能澄清的,这是有原因的。即使是简单的实验也需要花费数周来准备、实施、分析和解决出现的问题。另外于事无益的是,那些进行可重复性研究的人,其付出的努力往往得不到回报——这样的工作单调乏味,没有资金支持,还吃力不讨好。

难怪在希望得到快速、明确答案的全天候媒体和公众眼中,论文发表后的同行评议流程似乎慢得让人沮丧。但是,当涉及生物学时,往往没有明确的答案。当研究重复性时,有一点我们是知道的,那就是这需要花时间来做。就这篇有关NgAgo的论文而言,现在是时候了,数据已经说话了。

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我不想说114

2015年德国施普林格出版集团先后两次大规模撤回论文,第一次是3月底该集团旗下的BMC出版公司,撤回43篇学术文章。第二次8月18日,施普林格出版集团撤回旗下10本学术周刊上发表的64篇科研论文,涉事论文的作者绝大多数来自中国。两次共撤回论文数量为107篇。两年后的今天,施普林格出版集团的一本杂志Tumor Biology《肿瘤生物学》一次性撤稿107篇,从斯普林格提供的名单看,涉及的作者全部来自中国,不乏上海交通大学、浙江大学、中国医科大学等名校,可谓成群结队。两个107篇显然是巧合,但这背后的原因是什么,值得我们深思。

所有这些被撤销的来自中国论文中,医学论文占大多数。为什么会这样,难道是因为医学,或中国的医学研究存在的问题最大,到底存在什么样的问题。能清楚解释这个问题非常重要,因为这反映出我国当今学术评价方面的一个特殊矛盾,集中反映到医生这个群体。

这背后的基本逻辑是,医生晋升需要论文,不同级别的医院有不同的要求,普通医院需要国内期刊,比较大的医院需要核心期刊,一些医科大学附属医院,则要求必须是SCI收录。可以到到,哪些被撤稿的杂志,都是SCI收录的,作者基本都是医科大学附属医院或三甲医院的医生。难道中文期刊就不存在这样的问题,肯定不是,有人说问题更严重,只是因为很少有人去追究。

根子是在学术评价方法的粗暴简单,只考虑杂志影响因子,不考虑论文的具体内容,导致许多跨专业,跨领域的论文出现,因为只要是SCI,只要是第一作者或通讯作者,就符合晋升条件,根本不看论文具体内容,这岂不是怪事。一些脑子灵活的人,利用这个评价缺陷,花钱购买论文。有更灵活的人,通过研究杂志审稿过程,利用某些杂志审稿要求作者推荐审稿人的漏洞,大肆伪造假审稿人,自己审自己的文章,但审稿过程都有记录,积累多了,如果进行调查,就很容易被鉴别出来。

所有医生都被逼迫发表论文,不同级别的医院有不同的要求,要求中文杂志的因为没有被核查,只能算侥幸。而SCI杂志相对要求高许多,尤其是出现系统性事件,更容易被识别和暴露。

SCI杂志有档次高低的区分,低档次SCI杂志一般对学术不端的容忍度比较高,整个学术社会的关注度也比较低,即使有一些问题,大部分也不会追究。整个国际学术界存在的问题可能非常大,真正被暴露和识别的比例肯定比较小。如果在非常有名的杂志上,存在问题的文章往往会引起更多人关注,被要求调查和撤回的几率就会增大,最典型的就是日本小保方被撤稿论文。每年《自然》和《科学》这类级别的杂志都会有一些文章被撤稿,就是非常典型的案例。

科研评价体系的主要问题是三个,一是科研人员和科研管理人员没有发自内心爱护科学研究,二是过分看重量化指标,忽视主观或同行评价,三是对学术不端的容忍度太高。

中国的科研人员规模很大,但真正热爱科研,全身心投入科研的科研人员比例不高,许多科研人员都是用科研作为养家糊口的工作,没有真正的喜欢,被动科研的情况比较多。这方面尤其突出的是许多医院医生,本来他们真的职业是临床医生,做科研完全是为晋升职称,缺乏真正从事科研的内在动力,当然也缺乏从事科研的时间和平台条件,这样的情况下,出现一些打擦边球的论文,实在是一种必然的结果。我们可以注意到这样的现象,许多医生发表的论文都是基础研究,都纯粹是用动物模型,细胞和分子生物学的基础医学研究,和临床问题相距甚远。为什么会这样,因为这样的文章不需要太多条件,一个人都可以完成,许多临床研究则难以单兵作战。

量化评价指标对学术评价是非常重要的方法,但是量化评价并不能完全准确地评价学术质量,对少数高质量研究,量化甚至会出现笑话。因为真正特别创新的研究,往往只有少数人才能明白。只有哪些比较热门时髦的研究,才能容易获得比较好的量化评价。因此国际一般是把量化指标和主观指标结合起来使用,任何时候都不放弃同行评价的重要地位。同行评价虽然带有非常大的个人和主观因素,如果使用公平合理,能更准确地获得某个研究和某个学者在该学术领域的相对地位。

国际学术界对学术不端基本上都是零容忍,只要出现了学术不端问题,这个学者基本上失去在学术上的生命。但是在中国,这种情况非常少见,许多学者带病任职的情况非常普遍。导致这样问题的原因有两个方面,一是长期不重视学术品行的学术文化,二是学术不端有普遍性和多发性问题,有罚不责众的情况。中国的学术发展速度非常快,学术论文数量和质量双双提高,但是中国的学术内涵的提高速度相对不够,这其中一个关键的问题就是我们对学术不端的态度过于温和。

注明本文来自孙学军科学网博客

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小特别16

4所高校的77名作者,被学术打假人发现问题论文。多所高校对记者表示,已启动调查。有人不但抄袭,还捏造国外合作作者,抄来抄去,抄得连自己都信了——“他们越来越自信,认为自己的工作不应该被埋没,所以他们也开始引用自己的问题论文。”-------------------几年前,一位欧洲数学家与中国同行合作发表了3篇论文,在其中一篇里,他特别指出,这项研究是自己在访问美国哥伦比亚大学数学系期间完成的,“非常感谢该系的盛情款待”。直到2020年,3篇论文被期刊撤稿,“欧洲数学家”也现了原形——被撤稿的论文除了涉嫌抄袭和在同行评议中造假,还拥有共同的、不存在的通讯作者——丹麦罗斯基勒大学数学学院的比阿特丽斯·尤西(Beatriz Ychussie)。罗斯基勒大学证实,该校没有这位学者,也无法与此人取得联系。3篇论文涉及两位中国作者:河南财经政法大学统计与大数据学院讲师闫振海、河南大学商学院副院长李志强。到目前为止,这两位学者都没有解释自己是如何心有灵犀“结识”了那位查无此人的欧洲数学家。针对中青报·中青网记者询问,河南财经政法大学校方表示正在调查此事,已对闫振海有初步处理意见。河南大学也证实,李志强正在因此接受该校科研处的调查。6月15日,学术打假人克莱德(Smut Clyde)和Tiger BB8(中文网名“扮虎”——记者注)在一个关注学术诚信的网站上公布了一份报告:国际数学期刊中,一批来自中国的论文显示出一致的造假痕迹,包括虚构国外作者、虚构数学公式等问题,且这些问题论文之间频繁相互引用、抄袭。已发现涉嫌造假的论文有65篇——其中21篇已被撤稿。那些所谓的论文通讯作者,来自日本、泰国、尼日利亚、埃及、巴西、墨西哥和澳大利亚等地。论文里署名的77位国内作者分布在44所高校,包括中南大学、湖南大学、哈尔滨工程大学等重点大学。“虚构的故事几乎一模一样,都是这个国外作者在国外某个大学短期访学时候做出的研究结果。”扮虎告诉中青报·中青网记者,这些虚构的国外作者,要么被署名单位宣布查无此人,要么是除了与这些中国作者“合作”的论文之外,没有任何其他论著。65篇问题论文里,注明得到国家自然科学基金资助的有14篇,还有一些注明了黑龙江、四川、山西、河南、河北等省级科学基金。记者采访中发现,这些论文的中国作者,有的将论文作为学术成果用于申请博士学位,有的用于申报副教授职称,有的用于获取科研奖励。查无此人闫振海是最早被撤稿的作者之一。今年2月4日,数学期刊《差分方程进展》宣布撤回他名下2015年的一篇论文。论文通讯作者正是比阿特丽斯·尤西。投稿时,闫振海正在中南大学数学与统计学院攻读博士学位,他同时期的另一篇论文也有类似情况。数学期刊《不动点理论与应用》今年2月27日发布的撤稿声明显示,闫振海与名古屋大学学者Ikudol Miyamato合作的一篇论文,因伪造同行评议和虚构作者被撤稿。

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