参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
参考文献，致谢，个人简介之类的内容可以类似，所以不会查重。参考文献可以直接复制，但是注意别人的引用可能有错误，复制之后最好自己仔细核查。对于每一篇参考文献，都要说明其参考价值。
首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。
做标记的地方应该就不算了吧。
研究生论文是衡量是否达到学位论文水平，可否参加答辩的唯一文字材料。因此，对论文写作必须态度端正，认真仔细。 先说文字，必须通顺，可读，还要有逻辑性。格式必须符合毕业论文的要求。如果文字一塌糊涂，逻辑混乱，只能退回或否定。 任何评审人拿到论文文本，通常先粗略看一下整体格式，然后对题目进行审视。接着看摘要，了解大概内容。如果题目或摘要不明确，给评审人第一印象就不好。甚至有读不下去的感觉，这种论文恐怕凶多吉少。 博士论文要求高于硕士论文，自不必说。博士论文对研究生理论基础，实验设计，结果和讨论要求较高，还应有一定的创新性。 题目 应简洁明确，不产生歧义。摘要是全文凝练的缩影，好的摘要令人有细读下去的欲望。关键词必须让人联想到论文的内容，按逻辑大小排列。 前言部分 的理论基础反映博士生学术视野，选题的依据起点，问题的准确性把控，工作意义和价值。对文献的综述看出理论功底的厚度，概括归纳的能力。所研究的内容必须是整体的针对某机制的系列工作（不相干的工作捏合一起是不可以的）。研究的目的和意义决定论文的价值。 方法 不能单一。方法选择要说明为什么用这些方法，对解决问题是否适用？对方法的熟悉程度和实验的设计理念可以判断研究者的思路和对技术运用的能力。技术路线说明从哪入手，依次递进还是平行。各方法要相互印证，相互支持。 结果要详实可靠，实事求是。图表清晰，统计学运用得当。 讨论 最能看出学生科学思维和辨析能力。不能空泛，也不能重复结果。要从各种数据中推理，比较，分析，按照科学规律得出令人信服的结论。对自己的工作做一个客观评价，指出不足或有待改进之处，或今后努力的方向，也是博士学位论文应该写明的。慎用首次发现这样的词语。 结论要简单明了，高度概括。创新点的准确描述反映作者的总结能力。 参考文献 与文中对应要仔细核对。若发现文献不对应，反映的是科学不严谨，甚至波及全文的可信度。 有博士生认为，只要在读期间发表了几篇SCI文章就可以达到学位论文水平了，这是完全误解。学位论文是一篇完整的论述，不是只看个别结果。若你发表的文章与你论文主题无关，还会起负面作用。所以还是认真写好毕业论文吧。 字里行间，能否看出是否具备独立从事科学研究的能力是博士论文判断的标准！ 硕士论文基本上只要选题可以，方法可行，有一定数据和初步分析，就说得过去，也不要求创新。只要做一个相对完整的实验足矣。但是写作通顺，合乎逻辑也是基本要求。 总之，好的论文一定是有思想性，逻辑性，创新性，可读性，规范性。 那些拼凑的，罗列的，粘贴的，文字不通的论文都是问题论文。
原始数据是不需要的。研究生论文如果是送外审的话，只要研究生论文的正文内容是不需要额外的原始数据的，所有的原始数据自己保留好就可以了，因为在外审的过程中，专家对于数据也会进行检测，而且根据他们的经验很快就能发现数据到底是自己编造的还是来源于实验的。
研究生毕业在论文经过导师评审后，盲审前还有一到工序，就是学位论文查重。很多硕士学生第一次接触论文查重，不知道硕士论文查重内容都包括哪些部分。
硕士论文查重时，会先检查格式。如果格式不正确，有些部分无法准确识别，会对最终查重结果产生不良影响。所以，你最好在提交论文查重之前先浏览一下，是否严格按照学校规定的标准对论文进行了编辑和编排；然后，论文的题目要新颖有新意，因为论文查重系统会从论文题目开始；然后是抽象的关键词部分，概括性强，能用简洁的文字表达论文的主题内容。关键词一般为3~8个字，是论文的主要索引词；正文部分是最重要的部分，是查重最重要的部分，也是投入写作精力最多的部分；最后是感谢和附录，字数也比较少。请注意不要重复用词，用词要表达正常。对于论文的参考相关文献研究部分，如果格式不正确，也是会查重到计算进重复率的，如果格式标注正确的话，那就会自动模式识别出来不查重。知道了我们这些查重的内容了之后，就能够得到更好的有明确教学目标的进行具有针对性修改毕业论文了，也可以实现有效的避免出现很多工作内容被查重出来。
硕士论文的话，查重的要求和条件都很严格，包括目录，标题，论点，表格，以及总体内容。这些都是包括在内的。希望我的回答对你有帮助，欢迎采纳我的回答，谢谢
硕士论文查重最严重的部分应该是摘要部分，因为在这样一个部分我们需要论述很多技术发展的内容，这就需要我们已经有很多的参考文献。
硕士论文的参考文献格式
在平时的学习、工作中，大家对论文都再熟悉不过了吧，论文是讨论某种问题或研究某种问题的文章。你写论文时总是无从下笔？以下是我整理的硕士论文的参考文献格式，仅供参考，欢迎大家阅读。
一、参考文献的类型
参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识，具体如下：
M——专著 C——论文集 N——报纸文章
J——期刊文章 D——学位论文 R——报告
对于不属于上述的文献类型，采用字母“Z”标识。
对于英文参考文献，还应注意以下两点：
①作者姓名采用“姓在前名在后”原则，具体格式是： 姓，名字的首字母. 如： Malcolm Richard Cowley 应为：Cowley, M.R.，如果有两位作者，第一位作者方式不变，&之后第二位作者名字的首字母放在前面，姓放在后面，如：Frank Norris 与Irving Gordon应为：Norris, F. & I.Gordon.;
②书名、报刊名使用斜体字，如：Mastering English Literature，English Weekly。
二、参考文献的格式及举例
1.期刊类
【格式】[序号]作者.篇名[J].刊名，出版年份，卷号(期号)：起止页码.
【举例】
[1] 王海粟.浅议会计信息披露模式[J].财政研究，2004,21(1)：56-58.
[2] 夏鲁惠.高等学校毕业论文教学情况调研报告[J].高等理科教育，2004(1):46-52.
[3] Heider, E.R.& D.C.Oliver. The structure of color space in naming and memory of two languages [J]. Foreign Language Teaching and Research, 1999, (3): 62 – 67.
2.专著类
【格式】[序号]作者.书名[M].出版地：出版社，出版年份：起止页码.
【举例】[4] 葛家澍，林志军.现代西方财务会计理论[M].厦门：厦门大学出版社，2001：42.
[5] Gill, R. Mastering English Literature [M]. London: Macmillan, 1985: 42-45.
3.报纸类
【格式】[序号]作者.篇名[N].报纸名，出版日期(版次).
【举例】
[6] 李大伦.经济全球化的重要性[N]. 光明日报，1998-12-27(3).
[7] French, W. Between Silences: A Voice from China[N]. Atlantic Weekly, 1987-8-15(33).
4.论文集
【格式】[序号]作者.篇名[C].出版地：出版者，出版年份：起始页码.
【举例】
[8] 伍蠡甫.西方文论选[C]. 上海：上海译文出版社，1979：12-17.
[9] Spivak,G. “Can the Subaltern Speak?”[A]. In C.Nelson & L. Grossberg(eds.). Victory in Limbo: Imigism [C]. Urbana: University of Illinois Press, 1988, pp.271-313.
[10] Almarza, G.G. Student foreign language teacher’s knowledge growth [A]. In D.Freeman and J.C.Richards (eds.). Teacher Learning in Language Teaching [C]. New York: Cambridge University Press. 1996. pp.50-78.
5.学位论文
【格式】[序号]作者.篇名[D].出版地：保存者，出版年份：起始页码.
【举例】
[11] 张筑生.微分半动力系统的不变集[D].北京：北京大学数学系数学研究所, 1983：1-7.
6.研究报告
【格式】[序号]作者.篇名[R].出版地：出版者，出版年份：起始页码.
【举例】
[12] 冯西桥.核反应堆压力管道与压力容器的LBB分析[R].北京：清华大学核能技术设计研究院, 1997：9-10.
7.条例
【格式】[序号]颁布单位.条例名称.发布日期
【举例】[15] 中华人民共和国科学技术委员会.科学技术期刊管理办法[Z].1991—06—05
8.译著
【格式】[序号]原著作者. 书名[M].译者，译.出版地：出版社，出版年份：起止页码.
三、注释
注释是对论文正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明。注释前面用圈码①、②、③等标识。
四、参考文献
参考文献与文中注(王小龙，2005)对应。标号在标点符号内。多个都需要标注出来，而不是1-6等等 ，并列写出来。
最后，引用毕业论文属于学位论文，如格式5
5.学位论文
【格式】[序号]作者.篇名[D].出版地：保存者，出版年份：起始页码.
【举例】
[11] 张筑生.微分半动力系统的不变集[D].北京：北京大学数学系数学研究所, 1983：1-7.
参考文献的`作用主要有：
1、反映研究者的研究基础。科研工作具有继承性，大多研究成果是对前人研究的一种深化和拓展。
2、尊重前人和他人的知识成果。参考文献是前人研究成果的一种表现形式，引用参考文献是论文作者的权利，而著录参考文献则是其法律义务，引用了前人的资料又不列出参考文献，会被认为是抄袭或剽窃行为。
3、反映论文作者的科学态度。说明本文所引用的论点、资料和数据均有出处可查，以便读者核查。
4、向读者推荐一批经过精选的文献。参考文献能为读者深入探讨某些问题提供有关文献的线索，帮助其查阅原始文献，进一步研读作者引用的内容，以求证自己的观点和解决自己的需求。
5、节约论文篇幅。在科研论文中，作者引用或借鉴别人的方法和观点来佐证自己将要展开的论点等，如果把所涉及的内容全都写下来，有时候容易造成论文内容繁琐、重点不明。正确列出了所引的参考文献，论文中所需表述的内容凡已有文献所载者不必详述，只需标注参考文献号码即可解决.
专著著录格式
[序号] 著者.书名[M].版本(第一版不写).出版地：出版者，出版年.起止页码 例：[1] 孙家广，杨长青.计算机图形学[M].北京：清华大学出版社，1995.26~28 Sun Jiaguang, Yang Changqing. Computer graphics[M].Beijing: Tsinghua University Press,1995.26~28(in Chinese)
例：[2] Skolink M I. Radar handbook[M]. New York: McGraw-Hill, 1990
期刊著录格式
[序号] 作者.题名[J].刊名，出版年份，卷号(期号)：起止页码 例：[3] 李旭东，宗光华，毕树生，等.生物工程微操作机器人视觉系统的.研究[J].北京航空航天大学学报，2002，28(3)：249～252
Li Xudong, Zong Guanghua, Bi Shusheng, et al. Research on global vision system for bioengineering-oriented micromanipulation robot system[J]. Journal of Beijing University of Aeronautics and Astronautics, 2002,28(3):249～252(in Chinese)
论文集著录格式
[序号] 作者.题名[A].见(英文用In)：主编.论文集名[C].出版地：出版者，出版年.起止页码 例：[4]张佐光，张晓宏，仲伟虹，等.多相混杂纤维复合材料拉伸行为分析[A].见：张为民编.第九届全国复合材料学术会议论文集(下册)[C].北京：世界图书出版公司，1996.410～416
例：[5]Odoni A R. The flow management problem in air traffic control[A]. In:Odoni A R, Szego G,eds. Flow Control of Congested Networks[C].Berlin: Springer-Verlag,1987.269～298
学位论文著录格式
[序号] 作者.题名[D].保存地点：保存单位，年
例：[6] 金 宏.导航系统的精度及容错性能的研究[D].北京：北京航空航天大学自动控制系，1998
引用硕士论文应按照参考文献中硕士论文的格式进行标注。
根据国家标准：GB/T 7714-2015的规定，参考文献引用时硕士论文的格式为：[序号]作者. 题(篇)名[C]. 出版地：出版社，出版年。
拓展资料
论文题目字数要求：
文章题目不超过20个字，不用不常见的英文缩写(三号、黑体、加粗，居中)
中文摘要与关键词：
摘要(黑体、小四、加粗，左对齐)：中文摘要要求200字左右。中文摘要用第三人称编写，简短精炼，明确具体。摘要格式要规范，不能出现本文、论文等类似字样，不能出现数学公式、插图、表格、参考文献序号等。摘要中应用黑体明确列述该文的创新点(新理论，新观点，新技术，新工艺等等)，以便于创新性知识的发现，提取和评价,。英文摘要同中文一致，创新点用斜体标出。(宋体、小四)
关键词(黑体、小四、加粗，左对齐)：词1;词2;词3(宋体，小四，要求3-8个，用分号隔开)
英文摘要与关键词：
Title(三号、Times New Roman体、加粗、居中)
Abstract(小四、Times New Roman体、加粗)：Abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract.abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract. abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract abstract. abstract abstract (小四、Times New Roman体)
Key words(小四、Times New Roman体、加粗)：word1; word2; word3(小四、Times New Roman体，一律小写，英文缩写除外)
论文目录格式：
目录(三号、黑体、加粗、居中、字间空两字符)
1 一级标题(绪论、前言或引言)(小四、黑体、加粗、左对齐)……….………………1
1.1 二级标题1(小四、宋体、首行缩进2字符)…………………………………….1
1.1.1三级标题1(小四、宋体、首行缩进2字符)……………….…………………..1
1.2 二级标题2…………………………………..…………………………….25
2 一级标题(实验)……………………………….………………………………30
2.1二级标题1 …………………………………..…………………………….30
2.1.1三级标题1………………………………….……………………………..40
3 一级标题(结论、结束语)……………………………………………………..100
参考文献(不加标题编号)…………………………………………………………102
附录(不加标题编号)…………………………………………………………………104
附录1………………………………………………………………………………110
附录2………………………………………………………………………………115
附录3 …………………………………………………………………………….120
致谢(不加标题编号) ………………………………………………………………130
(以上单独成页)
1 一级标题(四号、黑体、加粗、左对齐)(三级标题，不得出现四级)
1.1 二级标题式样(小四、黑体、加粗、左对齐)
1.1.1 三级标题式样(小四、宋体、加粗、左对齐)
正文内容：
(小四，宋体，1.5倍行距，字符不缩放，字符间距为“标准”;参考文献标识符号[1]，方括号加数字，小四，Times New Roman，上标表示;所有数字和英文全部为Times New Roman字;除目录可适当调整行距外，其他部分全部为1.5倍行距。页面上下边距为2.54cm，左右边距为3.17cm;中英文题目、摘要和关键词页面用罗马数字注页码，其他部分用阿拉伯数字注页码，页码为页脚标识，六号、宋体、居中。)
表(一律用三线表)
表1.1 表的名称(表序分两级，小四、宋体、加粗、居中)
表内文字：小四号、宋体、上下左右居中
注(五号、宋体、加黑)：内容(五号、宋体)，有多条注释，用“①、②……”分列。
2 一级标题(四号、黑体、加粗、左对齐)
2.1 二级标题式样(小四、黑体、加粗、左对齐)
2.1.1 三级标题式样(小四、宋体、加粗、左对齐)
正文内容。(小四，宋体，1.5倍行距，字符不缩放，字符间距为“标准”;参考文献标识符号[1]，方括号加数字，小四，Times New Roman，上标表示;所有数字和英文全部为Times New Roman字;除目录可适当调整行距外，其他部分全部为1.5倍行距。页面上下边距为2.54cm，左右边距为3.17cm;中英文题目、摘要和关键词页面用阿拉伯数字注页码，其他部分用罗马数字注页码，页码为页脚标识，六号、宋体、居中。)
图(图序一级，依次标识，小四号、宋体、加黑、居中)
3 一级标题(四号、黑体、加粗、左对齐)
3.1 二级标题式样(小四、黑体、加粗、左对齐)
3.1.1 三级标题式样(小四、宋体、加粗、左对齐)
正文内容。(小四，宋体，1.5倍行距，字符不缩放，字符间距为“标准”;参考文献标识符号[1]，方括号加数字，小四，Times New Roman，上标表示;所有数字和英文全部为Times New Roman字;除目录可适当调整行距外，其他部分全部为1.5倍行距。页面上下边距为2.54cm，左右边距为3.17cm;中英文题目、摘要和关键词页面用罗马数字注页码，其他部分用阿拉伯数字注页码，页码为页脚标识，六号、宋体、居中。)
公式(公式格式：公式居中，公式编号右对齐，英文字母和数字为Times New Roman体，小四号字)
(以上单独成页)
参考文献(五号、黑体、加粗、居中)：
1) 期刊文献的著录格式[序号] 主要责任者.文献题名[文献类型标识].刊名,年,卷(期):起止页码. (五号、宋体、下同)
2)普通图书(专著)的著录格式[序号] 主要责任者.书名[文献类型标识]. 其他责任者(选择项).版本(第1版不标注).出版地:出版者,出版年:页码(选择项).
3)析出文献的著录格式[序号] 主要责任者.析出文献题名[文献类型标识] // 编者.原文献名.出版地:出版者,出版年:析出文献起止页码.
4)学位论文的著录格式[序号] 作者.题名:[文献类型标识].保存地:保存者,年份.
5)报纸文章的著录格式[序号] 主要责任者.文献题名[文献类型标识].报纸名,出版日期(版次).
6)电子文献的著录格式[序号] 主要责任者.电子文献题名[电子文献及载体类型标识].电子文献的出处或可获得地址,发表或更新日期/引用日期(任选).
7)专利文献的著录格式[序号] 专利申请者.专利题名[文献类型标识].专利国别,专利号,出版日期.
8)技术标准(规范)的著录格式[序号] 起草责任者.标准代号 标准顺序号—发布年 标准名称[文献类型标识].出版地:出版者,出版年(也可略去起草责任者、出版地、出版者和出版年).
9)各种未定义类型文献的著录格式[序号] 主要责任者.文献题名[Z].出版地:出版者,出版年.
10)外文文献的引用格式各类外文文献的文后参考文献格式与中文格式相同，其中题名的首字母及各个实词的首字母应大写，为了减少外文刊名引用不规范所造成的引文统计及链接误差，用(SXXXX-XXXX)格式在刊名后加ISSN号例如[1] KANAMORI H. Shaking without Quaking [J]. Science (S0036-8075), 1998, 279: 2063.
附： 参考文献类型及标识代码文献类型 标识代码 文献类型 标识代码 文献载体类型 标识代码普通图书 M 报告 R 磁带 MT会议录 C 标准 S 磁盘 DK汇编(论文集) G 专利 P 光盘 CD报纸 N 数据库 DB 联机网络 OL期刊 J 计算机程序 CP学位论文 D 电子公告 EB
(以上单独成页)
附录
附录1：
附录2：
附录3：
(以上单独成页)
致谢
感谢院系领导
感谢指导老师
WOSCI沃斯编辑：审稿人在SCI投稿发表中占据了重要的地位，当审稿人收到杂志社送来的稿件时，首先看到的是稿件的打字和排版。这就相当于你去面试时，人家先注意你的容貌和着装。 那么，从审稿人的角度出发，思考审稿人主要看中文章的哪些问题呢? 1.稿件的内容是否新颖、重要 对稿件所涉及内容创新性和重要性的评价包括选题目是否新颖、结果是否有新意、数据是否真实、结论是否明确等。 在评价稿件重要性的同时，许多期刊还明确要求审稿人评判稿件能否引起同行的广泛关注。综合性期刊均将稿件是否具有有突出的重要性和广泛的兴趣性作为稿件送同行评议的基本前提;专业性期刊，也在审稿单中明确要求审稿人判断稿件是否具有广泛的兴趣性和普遍的重要性。 涵盖学科领域较多的期刊，作者在投稿信中最好简要地说明稿件的学术重要性和广泛兴趣性，以便当审稿人在重要性和兴趣性方面与作者缺乏共鸣时，编辑可综合作者与审稿人的观点做出判断。 2.实验描述是否清楚完整，是否真实可靠 实验应提供足够的细节以便他人重复，或允许有经验的审稿人根据实验描述来判断数据的质量。 如果作者所采用的实验技术或流程已经发表过，应避免重复细节描述，但应给出必要的实验条件或参数和相应的参考文献，并要指出所使用的具体技术;如果作者对以前发表过技术或实验流程做出改进，需要明确、具体地指出;实验材料应以化学名表示;作者还应给出不确定性的定量估计，或者由于潜在的 误差所导致总体结果的不确定性。 3.讨论和结论是否合理 审稿人十分关注实验数据是否真实、可靠，讨论是否对实验结果进行了全面、深入的分析。对作者外推的数据不足以支持的结论，审稿人应提出适当的建议，包括是否需要获得更多的证据或数据，或删除论据不足部分，甚至建议对数据或结果的其他可能性解释。 4.参考文献的引用是否妥当 统计表明，75%的审稿人十分关注作者对参考文献的引用，有的审稿人甚至首先浏览参考文献，以核查作者是否足够了解和尊重前人的相关工作。 参考文献的评审主要有： (1)参考文献的著录项是否准确，并要和论文中的引用保持内部的一致性; (2)所引用的参考文献应确有必要; (3)核对参考文献的引用是否准确，审稿人常常发现作者所引用的文献和稿件主题的关系并不明显，其原因可能作者并不了解这些文献，甚至根本没有阅读过这些文章(转引他人论文中的参考文献); (4)作者如果在稿件中声称自己的工作取得突破或很大进步，审稿人会检查作者是否合适地引用了论证的文献，尤其是他人的关键工作。 作为审稿者，首先看你是否熟悉文献(前人做过的工作)，其次看你是怎样从已有的工作中发现你的研究问题(research question)。通常的情况是，你发现以前的文献中有相互矛盾的地方、以前的工作中有遗漏的因素、过去研究方法上的缺陷、或现在研究手段的改进和提升等等，这些都会是合乎逻辑的说法 WOSCI(沃斯)由耶鲁大学博士团队匠心打造的科研学术分享服务平台，提供期刊解析/SCI论文写作技巧/学术讲座/学习技巧/SCI论文润色/SCI润色编辑/SCI论文翻译/SCI论文查重/SCI论文去重降重等服务。
如果查重的话会查论文中哪些是引用的，在哪篇文章中出现过。但是具体不会查标注的参考文献是否正确，是不是出自哪篇参考文献。毕竟最后提交的也是纸质版的，没人会查参考文献
一般是不需要的，需要注意的是在用查重系统时，你可以用万方查重啊，他们家拥有海量的数据进行科学对比，感觉还是很好的。
论文查重理论是不查参考文献的，前提是格式排版规范。论文查重有的内容不查，有的内容查重，具体详情介绍如下：不查的内容包括：封面，授权声明，原创声明，目录，脚注，尾注，参考文献。查重的内容包括：中英文摘要，绪论，引言，综述，正文，致谢，附录。不查不代表不会查重，如果排版格式不规范，导致系统不能识别查重内容，不该查重的会被查重，这样查重结果就不准了。注意排版格式要规范正确。