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南京大学建立了中国最早的现代科学研究实验室。截至2010年5月，南京大学共取得国家自然科学奖一等奖1项，二等奖12项，名列大陆高校第一。在最能反映基础研究水平的SCI论文榜上，发表论文数连续7年第一，被引用次数连续8年第一；在国际顶尖杂志《Science》和《Nature》发表的论文数全国第一。截止2014年10月，南京大学进入ESI排名前1%的学科为13个，分别是：化学、物理学、材料科学、地球科学、生物学与生物化学、临床医学、工程科学、环境科学与生态学、药理学与毒理学、数学、动植物学、计算机科学和农业科学。不仅学科数量迅速增长，而且各学科的排位也得到大幅提升，其中化学学科发表论文总数和被引总次数在全球科研机构中的排名分别为17名和32名。其最活跃的几个学科为：应用物理、凝聚态物理学、多学科材料学、多学科化学，以及无机化学和原子化学。按论文总数排名计算，南京大学化学排名最高，名列全球第20位；按总被引次数排名计算，同样是化学排名最高，在全球范围内排在第79位。南京大学在全球前1%研究机构中，论文总数排名184位，总被引次数排名429。截至2015年3月，南京大学2015自然指数在亚太地区（Asia-Pacific）各大科研机构与高校中排名第7位，在全国高校中排名保持第3位，紧随北京大学、清华大学。至此，南京大学的自然指数已经连续两年位居全国高校第三。截至2013年7月，南京大学有37位博士的学位论文入选“ 全国优秀博士学位论文”、44位博士的学位论文入选“全国优秀博士学位论文提名论文”；南京大学有25部教材由教育部及国务院学位委员会办公室推荐为“全国研究生教学用书”。 2010-2014年，南京大学文科教师共承担国家社科基金项目260项，获国家自然科学基金项目153项，获教育部人文社会科学项目276项，其中，2013年度42项课题获批国家社科基金面上项目，立项总数位居全国高校第一。2014年度第一批国家社科基金重大项目中，获5项重大项目立项资助，位居全国第一。 2014年9月9日，南京大学获第七届高等教育国家级教学成果奖特等奖1项、一等奖1项和二等奖5项。其中，中科院院士、南京大学校长陈骏等完成的《以学生发展为中心的“三三制”本科人才培养体系构建与实施》获第七届高等教育国家级教学成果特等奖，这是自1994年高等教育教学成果奖励制度改革后、20年来江苏高校首次摘得国家级教学成果特等奖。馆藏资源南京大学有鼓楼、仙林两座图书馆大楼以及各院系专业图书室和各种电子数码信息资源。其中，南京大学仙林校区杜厦图书馆藏书500万册。南京大学图书馆馆藏古籍线装书30多万册，其中列入全国善本书目的有500多种，1万余册；地方志共藏4000余种，约4万册；收藏了许多珍贵的古代目录学文献以及丛书。学术期刊2000年，南京大学成立了中国社会科学研究评价中心。依托南京大学情报学、图书馆学2个博士点的优势，中心研制开发了CSSCI数据库。《南京大学学报》《南京大学学报》创刊于1955年，分南京大学学报（哲学·人文科学·社会科学）和南京大学学报（自然科学）。《npj Quantum Materials》，“自然合作期刊”（Nature Partner Journal, NPJ）2016年3月1日，施普林格·自然（Springer Nature）旗下的自然出版集团与南京大学正式签约，合作出版开放获取期刊npj Quantum Materials （《npj-量子材料》）。《智库理论与实践》（与中国科学院文献情报中心合办）《物理学进展》（Progress in Physics）《无机化学学报》（Chinese Journal of Inorganic Chemistry）《高校地质学报》（Geological Journal of China Universities）《高等学校计算数学学报》（Numerical Mathematics：A Journal of Chinese）《数值数学:中国的杂志》（Numerical Mathematics：A Journal of Chinese) 《当代外国文学》（Contemporary Foreign Literature）《分析在理论和应用》（Analysis in Theory and Applications）《肠外与肠内营养》（Parenteral & Enteral Nutrition）《肾脏病透析与肾移植杂志》（Chinese Journal of Nephrology, Dialysis & Transplantation）《中华肾脏病杂志》（Chinese Journal of Nephrology）南京大学拥有丰富的教学和科研设施、设备，例如，南京大学植物标本室、国家遗传工程小鼠资源库、南京大学天文台、南京大学太阳塔、南京大学气象台等。自然科学南京大学国家级、部级科研机构一览国家实验室南京微结构国家实验室（筹）国家重点实验室固体微结构物理国家重点实验室计算机软件新技术国家重点实验室现代配位化学国家重点实验室医药生物技术国家重点实验室内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室生命分析化学国家重点实验室污染控制与资源化研究国家重点实验室（与同济大学合建）注：计算机软件新技术国家重点实验室是全国计算机类唯一优秀国家重点实验室。国家2011计划协同创新中心（理工农医科类）人工微结构科学与技术协同创新中心教育部重点实验室海岸与海岛开发教育部重点实验室中尺度灾害性天气教育部重点实验室介观化学教育部重点实验室近代声学教育部重点实验室现代天文与天体物理教育部重点实验室模式动物与疾病研究教育部重点实验室表生地球化学教育部重点实验室　高性能高分子材料与技术教育部重点实验室（B类）　国土资源部重点实验室国土资源部海岸带开发与保护重点实验室（与江苏省土地勘测规划院合建）国家工程技术研究中心国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心国家发展改革委国家地方联合工程研究中心半导体节能器件及材料国家地方联合工程研究中心教育部工程中心蛋白质与多肽新药工程中心水处理与水环境修复教育部工程研究中心　　环境保护部工程技术研究中心国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术研究中心其他主要科研机构，如江苏省重点实验室、省级工程中心等详见南大官网。人文社科南京大学国家级人文社会科研机构国家2011计划协同创新中心（文科类）中国南海研究协同创新中心 “985工程”哲学社会科学创新基地南京大学汉语言文学与民族认同研究中心南京大学经济转型和发展研究中心当代资本主义研究中心南京大学宗教与文化研究中心南京大学经济全球化与国际关系研究中心中国社会科学研究评价中心文科全国性学术社团中国太平天国史研究会中国元史研究会全国美国文学研究会中国非洲问题研究会中国新四军和华中抗日根据地研究会　教育部人文社会科学重点研究基地南京大学中华民国史研究中心南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心南京大学马克思主义社会理论研究中心南京大学中国新文学研究中心　　社会科学实验室南京大学社会语言学实验室南京大学社会科学计算实验中心　省部共建基地南京大学国家信息资源管理南京研究基地南京大学国家文化产业研究中心南京大学中国语言战略研究中心江苏社会风险与管理研究中心江苏省城市现代化研究中心南京大学当代外国文学与文化研究中心公共事务与地方治理研究中心南京大学儒佛道与中国传统文化研究中心南京大学政府新闻学研究所南京大屠杀史研究所　　戏剧影视研究所、拉贝国际和平与冲突化解研究交流中心、中德法学研究所等其他机构介参见南大官网。

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