通讯作者能中国稻米杂志

在国内外期刊发表论文90多篇,2000年后发表论文70多篇：其中Sci论文4篇、核心期刊47篇、第一作者42篇、通讯作者10篇。主编（译）专著5部；参与编写、翻译出版专著8部。完成农业部“水稻病虫害网络专家诊断系统”病害部分内容。 1. 南方优质稻米生产技术：中鉴100和中香1号生产技术 黄发松主编、参编 中国农业出版社ISBN7 -80119-433-O/S.232 2002-062. 浙江效益农业百科全书：优质稻 参编 中国农业出版社ISBN7 -80119-433-O/S.232 2002-063. 水稻杂草防除—全球综合状况（原著：联合国粮农组织之粮农组织植物生产与保护论文集139） 参译（第11章） 中国农业科学技术出版社 2002-104. 优势农产品生产技术规范 (水稻病虫害综合防治技术) 参编 中国农业出版社 2004-025. 水稻病虫害诊断与防治原色图谱 傅强、黄世文主编 金盾出版社 2005-036. 农民增收百项关键技术丛书：优质水稻品种及栽培关键技术 参编 中国三峡出版社农业科教出版中心 2006-017. 超级稻栽培技术 黄世文副主编 金盾出版社 2006-128. 中国现代水稻 参编第13章4万字 金盾出版社 2007-019. 2009年中国水稻产业发展报告 参编 中国农业出版社 2009-0810. 水稻生产100问：水稻技术100问/现代农业产业技术一万个为什么 参编 中国农业出版社 2009-0311. 水稻病虫害及防治原色图册 傅强、黄世文、谢茂成主编 金盾出版社 2009-1112.水稻主要病虫害防控关键技术解析 黄世文、王玲、刘连盟主编 金盾出版社 2010-0413. 稻田浮萍：农业综合体系中多功能小型水生植物,原著：Ronald A. Leng 黄世文、王玲、刘连盟主编译 中国农业科学技术出版 2010-06 201173.对中国南方部分籼型杂交水稻纹枯病抗性的评价 王玲, 黄雯雯, 刘连盟, 傅强, 黄世文* 作物学报, 2011, 37(2): 263-270201072. 5个水稻品种对水稻纹枯病菌鉴别能力的比较 王玲，黄雯雯，刘连盟，刘恩勇，范锃岚， 黄世文* 中国稻米，16(2): 36-3871. 水稻纹枯病立枯丝核菌的分类及遗传多样性研究进展 黄雯雯，王玲，刘连盟，刘恩勇，黄世文* 中国稻米，16(3): 34-3870. 水稻稻曲病G蛋白β亚基基因的克隆、表达与序列分析 刘连盟，王玲，黄雯雯，刘恩勇，黄世文* 中国水稻科学，2010，24(4): 353-35969. 浙皖鄂地区水稻纹枯病菌5个种群的遗传结构分析 王玲, 黄雯雯, 黄世文*, 刘连盟, 刘恩勇. 生态学报，201030(20): 5439-544768. Rice spikelet rot disease in China–1. Characterization of fungi associated with the disease Shi-wen Huang, Ling Wang, Lian-meng Liu, Shao-qing Tang, De-feng Zhu, Serge Savary*(Sci) Crop Protection, 2011, 30(1): 1-967. Rice spikelet rot disease in China–2. Pathogenicity tests, assessment of the importance of the disease, and preliminary evaluation of control options Shi-wen Huang, Ling Wang, Lian-meng Liu, Shao-qing Tang, De-feng Zhu, Serge Savary*(Sci) Crop Protection, 2011, 30(1): 10-1766. 皖鄂地区水稻纹枯病菌致病力分化研究 王玲, 黄雯雯, 黄世文*, 刘连盟, 刘恩勇 中国水稻科学, 2010, 24(6): 623- 629200965. 水稻后期穗部病害---穗腐病研究 黄世文, 王玲, 刘连盟, 黄雯雯, 朱德峰 中国植物病理学会2009年学术年会论文集，p206. 彭友良，朱有勇主编，2009,7月，中国农业科学技术出版社64. 水稻纹枯病抗性研究进展（综述） 鄂志国，张丽靖，黄世文，王磊 核农学报, 2009, 23 (6): 997-100063. 水稻纹枯病寄主－病原物互作鉴别品种与菌株的筛选 陈夕军, 王玲, 左示敏, 王子斌, 陈宗祥, 张亚芳, 鲁国东, 郭泽建*, 黄世文*, 潘学彪* 植物病理学报, 2009, 39(5):514-52062. 植物抗病促生蛋白对粳稻生理生态特性的影响 黄世文，王全永，王玲，黎起秦 中国稻米,2009,16(6): 27-3261. 三种研究农田土壤微生物多样性方法的比较 王玲，黄世文*，黄雯雯，刘连盟 科技通报2009, 25(5): 588-59260. 水稻主要病虫害“傻瓜”式防控技术理论与实践（2） 黄世文，黄雯雯，王玲，刘连盟 中国稻米, 2009, 16(5): 48-5159. 水稻主要病虫害“傻瓜”式防控技术理论与实践（1） 黄世文，黄雯雯，王玲，刘连盟 中国稻米, 2009, 16(4): 13-1658. 氮肥施用量和施用方法对超级杂交稻纹枯病发生的影响 黄世文, 王玲, 陈惠哲, 王全永, 朱德峰 植物病理学报, 2009, 39 (1): 104-10957. 水稻重要病虫草害综合防治核心技术 黄世文, 王玲, 黄雯雯, 刘连盟 中国稻米, 2009, 16（2）: 55-56200856. 转真菌蛋白基因水稻生物学性状观察及抗病性鉴定 黄世文, 王玲, 王全永，毛建军, 邱德文 浙江农业科学, 2008, 1:85-8755. 土壤中有益放线菌的高效分离、筛选和生物测定技术 黄世文, 高成伟, 王玲, 王全永 植物保护, 2008, 34(1):138-14154. 纹枯病菌对不同水稻品种叶片中抗病性相关酶活性的影响 黄世文, 王玲, 王全永, 唐绍清, 陈惠哲, 鄂志国，王磊, 朱德峰 中国水稻科学, 2008, 22 (2)：219-22253. 水稻品种ZH5及其杂交后代纹枯病抗性和农艺性状研究 黄世文, 王玲, 王全永, 唐绍清 杂交水稻, 2008, 23(4):7-1152. 新月弯孢菌CLE菌株胞外蛋白对水稻纹枯病的诱导抗性及其菌种鉴定 王玲, 黄世文*, 唐绍清, 朱德峰, 王 磊. 中国生物防治, 2008, 24 (3): 257-26151. 稗草病原真菌AAE的分子鉴定及其粗蛋白诱导水稻的稻瘟病抗性 王玲, 黄世文*, 王全永, 鄂志国, 王磊, 张建萍, 朱德峰, 傅强 中国水稻科学, 2008, 22 (3): 327-33050. 植物生长素对水稻叶片衰老及抗氧化酶活性的影响 王玲、黄世文*、王全永、朱德峰 浙江农业科学, 2008, 3, 310-31349. 新奇生物制剂对籼稻功能的影响 王全永 黄世文* 王玲 黎起秦 浙江农业科学, 2008, 6: 707-71248. 水稻干尖线虫病在籼粳杂交晚稻上危害及防治 王 玲, 黄世文*, 禹盛苗, 许德海 中国稻米, 2008, 15(5): 65-6647. 抗褐飞虱和抗除草剂转基因粳稻新品系的选育及其中间试验 王玲, 于恒秀, 黄世文, 赵志鹏, 龚志云, 汤述翥, 顾铭洪, 刘巧泉 扬州大学学报(农业与生命科学版), 2008, 29 (3): 23-27200746. 一份抗纹枯病优质水稻品种ZH5的抗病虫特性和生物学性状 黄世文, 王 玲, 王全永, 唐绍清等 中国水稻科学, 2007, 21(6): 657-66345. 两种氮肥用量对超级稻产量性状和病虫害发生的影响 王 玲, 黄世文*, 林贤青等 植物保护, 2007, 33 (3): 76-7944. 利用啤酒和味精废水开发微生物发酵培养基及其应用研究 黄世文, 王 玲, 王全永 上海环境科学, 2007, 26 (4):180-18443. 植物激活蛋白诱导的生物化学活性及其应用 王全永, 黄世文*, 王 玲, 黎起秦 植物保护, 2007, 33 (4): 20-2342. 利用工农业废水开发微生物发酵培养基及其应用研究 黄世文, 王 玲, 王全永 浙江农业科学2007, 4: 476-48041. 工农业发酵废水生物处理及应用研究进展 黄世文, 王 玲, 王全永 中国生物防治, 2007, 23 (增刊):70-75200640. 沼肥在水稻上的应用效果分析 王 玲, 黄世文*, 刘经荣, 袁翠枝 江西农业学报, 2006, 18(5): 42-45200539. 两株放线菌对多种病原真菌抑菌效果及发酵培养基筛选 黄世文、卢继英、王玲、黎起秦 农业生物灾害预防与控制研究, 中国农业出版社, p: 664-67038. Macro-lesions on Rice Near-isogenic Lines of Morphological Markers Enhanced Rice Resistance to Blast (Magnaporthe grisea) Huang Shi-wen, Lu Ji-ying, Luo Kun et al Rice Science, 2005, 12 (2):148-15037. HAS-1对多种病原真菌的拮抗研究 黄世文, 卢继英, 罗 坤等 第四届全国生物防治学术研讨会论文集, 2005, 4月, 上海36. Preliminary Evaluation of Actinomyces TAS-1 as Potential Bio-control Agent for Disease HUANG Shiwen, LU Jiying, LUO Kun, et al Proceedings of The 3rd International Symposium on Bio-control and Bio-technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China, May 10-13, 200535. 稗草病原菌防御性接种防治稻瘟病研究初报 黄世文, 卢继英, 赵 航等 中国水稻科学, 2005, 19 (4): 384-38634. 沼气生产及沼肥用于水稻的现状及展望 黄世文, 廖西元 中国沼气,2005, 23 (2): 23-2633. 转基因水稻抗病性研究进展及环境安全性评价 黄世文 植物保护2005, 31 (4): 5-932. 病原菌毒素与孢子协同作用防治稗草研究 黄世文, 余柳青, 段桂芳等 植物病理学报, 2005, 35(1): 66-72200431. NTG诱导及核辐射改良稗草生防潜力菌研究 黄世文, 余柳青, 段桂芳等 核农学报, 2004,18 (6): 423-42730. 大田杂草生物防治研究现状、问题及展望 黄世文, 余柳青, 罗宽 植物保护, 2004, 30 (5): 5-1129. 一种筛选稗草生防潜力菌的简易生测方法 黄世文, 余柳青, 段桂芳等(省优秀论文三等奖) 中国生物防治, 2004, 20 (1): 53-5628. Comparison study on potential biological control fungi of barnyardgrass (Echinochloa spp). Huang Shi-wen,Yu Liu-qing, Duan Gui-fang, Li Di, Luo Kuan Plant protection towards the 21st century proccedings of the 15th international plant protection congress, Beijing, China, May 11-16, 2004. Foreign language press,p:604200327. 应用均匀设计法筛选稗草病原菌产孢最佳配方培养基 黄世文, 余柳青 植物病理学报, 2003, 33 (6): 493-49726. 稻糠与浮萍控制稻田有害生物初步研究 黄世文, 余柳青,段桂芳等 植物保护, 2003, 29 (6): 22-2625. 水稻品种（组合）与稻曲病的发生及防治 黄世文, 余柳青 中国稻米, 2003, 10(4): 32-3324. 稗内脐蠕孢菌(Drechslera monoceras) 原生质体制备 段桂芳, 黄世文, 颜秋生等 农业生物技术学报, 2003, 11 (2): 245 -248200223. 稻田杂草生物防治研究现状、问题及建议（武汉会议） 黄世文, 余柳青, 罗宽 喻子牛、陈守文主编：《农业微生物研究及产业化进展》, 中国农业出版社, 北京, 200422. 生物有机肥“肥士特”对作物产量和抗病性试验 黄世文，余柳青，等 2002年生物农药技术研讨会及产品展示会，苏州，2002, 09-25-2821. 稻曲病研究进展 黄世文，余柳青 江西农业学报, 2002, 14(2): 45-5120. 稗弯孢菌（Curvularia lunata）原生质体的制备 黄世文，段桂芳、颜秋生等 科学技术与工程, 2002, 2(4):33-3619. 几种病原真菌对稗草的致病性及化学除草剂对病原菌的增效作用 黄世文，余柳青，段桂芳等 中国生物防治, 2002,18 (增刊): 41 -45 18. Structure and validation of RICEPEST, a production situation-driven, crop growth model simulating rice yield response to multiple pest injuries for tropical Asia 黄世文排名第8位, (Sci) Ecological Modelling, 2002, 153: 247 -268200117. 影响链格孢菌生长及产孢的因子 黄世文，余柳青等 中国生物防治, 2001, 17(1):16-1916. 国际水稻所的微生物除草剂研究进展 段桂芳、余柳青、黄世文 世界农业, 2001, 1:37-3915. Efficacy of pathogenic fungi and combination use with the herbicide to control Echinochloa crus-galli in rice field S. W. Huang, L. Q. Yu et al Proceedings of the 18th Asian-Pacific weed science society conference, Beijing, P. R. China, May 28-June 2, 2001. Standards Press of China, P: 399-40514. Studies on Allelopathy of Rice (Oryza Stativa) for Barnyardgrass Control 余柳青、徐正浩、黄世文 同上, 2001, P: 198-20213. 三株病原真菌对稗草生防潜力的研究 黄世文，段、余等 植物保护学报, 2001, 28(4): 313-31712. 影响稗草病原菌内脐孢（Drechslera monoceras）生长及产孢的因子 段桂芳、黄世文、余柳青 《面向21世纪的植物保护发展战略》,2001, 8, 中国科学技术出版社， 950-95211. Preliminary evaluation of potential pathogenic fungi as bioherbicides of barnyardgrass (Echinochloa cruss-galli) in China S. W. Huang, A. K. Watson, G. F. Duan et al International Rice Research Notes, 2001, 26 (2): 35-3610. Testing a yield loss simulation model for rice in Chinese rice-wheat system production environments 黄世文排名第4 International Rice Research Notes,2001, 26 (1): 28-299. 拜田净和磺酰脲类除草剂混用的互作类型研究 黄世文排名第3 《面向21世纪的植物保护发展战略》,2001,8, 中国科学技术出版社, 1020~1025 8. 好安威干拌种剂防治晚稻秧苗害虫 黄世文排名第6 植物保护, 2001，27(1): 40-4120007. 利用稗草病原菌开发微生物除草剂的研究 黄世文，A. K. Watson等 《微生物农药及其产业化》,主编: 俞子牛（科学出版社）2000,P:260~2666. 微生物除草剂的研究和开发进展 余柳青、黄世文、徐正浩 《微生物农药及其产业化》, 主编: 俞子牛（科学出版社）2000,P: 255-2595. 淡紫灰吸水链霉菌及其紫外诱变菌株用于害物生防研究 黄世文，余柳青 农业生物技术学报, 2000,8(1): 79-844. Preliminary study on three pathogens with potential biological control in Barnyard grass (Echinochloa crus-galli) Huang shiwen，A .K. Watson et al Chinese Rice Research Newsletter (CRRN), 2000, 8 (1): 8-93. Inhibiting efficacy of metabolites of Streptomyces lavendulohygtroscopicus and its ultraviolet induced strain on two rice diseasesHuang shiwen, Yu liuqing Chinese Rice Research Newsletter (CRRN), 2000, 8 (2): 5-62. Study on the biological control of barnyard grass (Echinochloa spp.) with fungi pathogens Huang S., Watson AK et al Abstracts of International Rice Research Conference: 31 March-3 April, Published by IRRI, 2000. P: 2001. Rice Pest Constrainst in Tropicl Asia: Characterization of Injury Profiles in Relation to Production Situations Serge Savary, Laetitia Willocquet, Francisco A. Elazegui, Paul S. Teng, Pham Van Du, Defeng Zhu, Qiyi Tang, Shiwen Huang, Xianquing Lin, H. M. Singh, and R. K. Srivastava (Sci) Plant Disease, 2000, 84 (3): 341-356

1968年3月11日出生于湖南省华容县。1990年7月湖南农业大学农学专业毕业，获农学学士学位。1993年7月本校作物遗传育种专业硕士毕业，获农学硕士学位。 1993年7月硕士研究生毕业后留校工作。1999年7 月本校作物栽培学与耕作学专业博士毕业，获博士学位。2004年4月在该校作物学博士后流动站（湖南金健米业股份有限公司博士后工作站）完成博士后科研工作，获博士后证书。 自1993年7月始一直在学校从事教学、科研和管理方面工作。在农学系作物遗传教研室从事教学、科研工作，先后担任过教研室秘书、副主任、水稻科学研究所副所长、所长、农学院工会主席、农学院副院长、院长、湖南农业大学科技处处长和2011协同创新管理办公室主任等职务，是中国遗传学会、中国农学会、湖南省作物学会常务理事，湖南省稻米协会副会长，湖南省标准化服务委员会委员，《中国稻米》和《湖南农业科学》等杂志编委，新疆农业大学特聘教授，湖南省农作物品种审定委员会委员。 1996年7月获得中级专业技术职务任职资格， 2001年7月获得副教授专业技术职务任职资格，2007年10月获得正教授专业技术职务任职资格，2002年4月被遴选为作物遗传育种专业硕士导师，2003年5月被聘为湖南农业大学种子科学与工程专业硕士点领衔人，2013年被聘为湖南农业大学作物学一级学位点博士生导师，2006年被确认为湖南省青年骨干教师，先后获得过湖南农业大学优秀班主任、优秀教师、优秀党员、拆迁宣教先进个人和基础研究管理先进个人、全国粮食生产有突出贡献的农业科技人员等荣誉称号。

水稻微生物组动态变化揭示核心垂直传播的种子内生微生物期刊：MicrobiomeIF：16.837发表时间：2022.12.9第一作者：张晓霞，马毅楠通讯作者：魏海雷通讯作者单位：中国农科院农业资源与农业区划研究所DOI号：10.1186/s40168-022-01422-9实验设计实验设计图：本研究基于两代水稻、6个品种(RBQ、L31、M63、P64、Dular和Kasalath)、4个种植区(三亚、廊坊、南昌和西双版纳)、5个取样部位(散土、根际土、根内、茎内、种子内)的481份样品进行了高通量微生物组深度解析。 结果1.水稻微生物群落多样性及其驱动因素 作者利用Chao1和Shannon指数描述样品的α-多样性后发现，同一水稻品种的根际、根、茎和种子内生微生物在不同地区的α-多样性没有显著差异。此外，6个水稻品种的根际、根内、茎内和种子内样品的α-多样性指数在4个种植地点没有显著差异，说明水稻基因型对微生物多样性没有影响。此外，根际和散土微生物群落的α-多样性在4个种植地点具有明显的差异，然而，内生微生物(茎、根和种子)多样性在4个地点具有不同的分布，表明外界环境对水稻内部的微生物多样性影响不大。重要的是，作者还发现水稻微生物的α-多样性不受品种和种植地区的影响，始终呈现从根际、根、茎到种子内降低的规律。 图1 水稻相关微生物群落的α-多样性。d和g, 6个水稻品种不同取样部位的4个种植地区合集的Chao1和Shannon指数。e和h, 4个种植地区6个水稻品种不同微生境微生物区系的Chao1和Shannon指数。f和I, 不同取样部位的所有水稻品种和种植地区合集的Chao1和Shannon指数。通过基于Bray-Curtis相异性的PCoA分析，结果显示取样部位是微生物组变异的最主要影响因素(R2 = 0.314, p < 0.001)，而受种植地区(R2= 0.0967, p < 0.001)和水稻品种(R2 = 0.0106, p = 0.478)的影响较小。可见，取样部位是水稻微生物组组成的主要驱动力。这些数据表明，水稻微生物群落的多样性从根部远处到近处、从外部到内部、从地下到地上呈稳步下降趋势。图2 基于Bray-Curtis相异性的水稻取样部位、种植地区和品种的PCoA分析。 2.水稻微生物的群落组成及动态变化 为了调查水稻微生物的群落组成及动态变化，作者分析了在不同条件下的水稻微生物群落富集和组成情况。对于散土样品，三亚种植区的β-变形菌纲(Betaproteobacteria)的占比最高(57.9%)，而其他细菌菌纲占比均小于10%。相比之下，放线菌纲(Actinobacteria)广泛分布在廊坊和西双版纳种植区，而疣微菌门(Verrucomicrobia subdivision 3)在南昌种植区显著富集。根际土样品细菌群落组成与散土样品十分相似，但少数类群在这两种取样部位间变化明显，例如β-变形菌纲(Betaproteobacteria)。γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)是唯一一个在散土、根际、根、茎和种子中逐渐富集的菌纲，而放线菌纲、α-变形菌纲和β-变形菌纲逐渐减少，说明水稻内部生态位更加有利于γ-变形菌纲的生存。因此，来自于γ-变形菌纲的泛菌属(Pantoea)和黄单胞菌属(Xanthomonas)比来自α-变形菌纲的鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和β-变形菌纲的食酸菌属(Acidovorax)在研究水稻内生方面更加具有优势。此外，在不同取样部位中丰度最高的前五个菌纲和菌属呈现动态变化，在子代种子样品中，γ-变形菌纲和泛菌属最为优势。图3 水稻取样部位微生物群落组成。a,纲水平散土、根际土、根内、茎内、子代种子和亲代种子内生微生物组成柱状图。b, 纲水平各取样部位前五汇总图。c, 属水平散土、根际土、根内、茎内、子代种子和亲代种子内生微生物组成柱状图。d, 属水平各取样部位前五汇总图。3.细菌共现性网络和关键类群 通过构建不同取样部位的细菌共现性网络，作者进一步解析了细菌类群和取样部位间复杂相互作用对水稻微生物群落组成的影响。总体而言，网络的复杂性从根际、根内、茎内到种子内逐步降低。根据模块化指数可以观察到地下部分(散土、根际土和根内)比地上部分(茎内和种子内)具有更明显的模块化趋势。子代种子内样品的网络节点数、边数和平均聚类系数均为最低，网络组成最为简单。由此可见，取样部位对微生物网络的构建具有显著影响。作者根据网络节点解析微生物群落中的关键微生物。网络节点中变形菌门数量最多，且在茎内和种子内生样品中所有的节点微生物都来自变形菌门，说明该菌门在水稻内生微生物组中的重要地位。图4 基于SparCC构建的微生物网络及网络参数。a, 水稻微生物组不同取样部位间的共现性网络。每个节点代表一个细菌ASV，青色标记代表网络节点，边的颜色代表作用类型，红色代表正相关，蓝色代表负相关。b, 各取样部位间微生物网络的主要拓扑结构特征。4.水稻核心内生菌群 为了挖掘能够在水稻中垂直传播的核心内生微生物类群，作者首先以大于70%的阈值在不同地点、水稻品种和微生境中提取核心ASV，最终在根、茎和子代种子内生样品中分别发现了438个、94个和27个ASV，其中三者共有的ASV为14个，分布在两个菌门，6个菌目。因此，作者推测水稻核心内生菌群的组成并不完全随机，而是受到了细菌特征、宿主环境和代谢特点的影响。图5 水稻核心内生微生物和垂直传播类群。a, 韦恩图显示高频率出现在水稻内生取样部位(根内、茎内和种子内)的ASV。b, 韦恩图展示10个潜在的从亲本种子垂直传播到子代种子的ASV。c, 在不同取样部位的潜在垂直传播ASV的绝对丰度。5.种子内生菌垂直传播的证据 为了鉴定潜在的垂直传播细菌类群，作者分析了核心内生菌和亲代种子内生样品之间的重叠ASV，发现在14个共有内生ASV中，10个均来自亲代种子内生样品。同时ASV_2 (Pantoea)、ASV_26 (Pseudomonas)、ASV_48(Xanthomonas)和ASV_238(o_Enterobacterales)在根内、茎内、亲代种子和子代种子样品中的绝对丰度和出现频率均显著高于散土和根际土样品，表明这4种ASV最有可能是垂直传播的类群。 为进一步获得垂直传播的细菌类群，作者对种子内生细菌进行了高通量地分离、培养、纯化和鉴定，从4个种植地区和2个水稻品种(P64和Dular)的亲子代种子中分离获得了957株细菌。其中泛菌和黄单胞菌是数量最多的两个细菌菌属，分别占分离菌株的39.39%和27.69%。21株泛菌和27株黄单胞菌的部分16S rRNA基因序列分别与ASV_2和ASV_48序列完全相同。其中，9株泛菌和17株黄单胞菌来源于子代种子样品，其余均来自亲代种子样品。作者对这些菌株进行了基因组草图测序并进行了系统发育分析，发现分离获得的泛菌菌株分别属于P. ananatis、P. dispersa和 P. stewartia三个种，黄单胞菌均为X. sacchari种。通过比对亲代和子代的ANI值和核心基因组的相似性，发现来源于子代种子的8株泛菌与来源于亲代种子的9株泛菌具有极高的相似性；来自子代种子样品的4株黄单胞菌与来自亲代的4株菌株黄单胞菌具有极高相似性。以上结果表明种子内生菌在株系水平上存在垂直传播。图6 可培养的垂直传播水稻种子内生菌鉴定。a, 四个水稻种植区、两个水稻品种的亲代种子和子代种子中分离获得的可培养细菌菌株数量。b,圈图展示a中菌株属水平相关关系。c, 亲代种子和子代种子样品中分离的泛菌菌株ANI热图。d, 亲代种子和子代种子样品中分离的泛菌菌株串联核心基因组一致性热图。e, 亲代种子和子代种子样品中分离的黄单胞菌菌株ANI热图。f, 亲代种子和子代种子样品中分离的黄单胞菌菌株串联核心基因组一致性热图。6.可垂直传播的种子内生菌群基因组挖掘和功能特征 为了进一步阐明水稻中可垂直传播类群的潜在功能，作者对所有已测序的内生泛菌和黄单胞菌菌株进行基因组挖掘分析。作者计算了泛菌和黄单胞菌的泛基因和核心基因数量，并利用COG和KEGG数据库对核心基因进行了功能注释。在COG注释中，核心基因组显著富集在E(氨基酸转运和代谢)和G(碳水化合物转运和代谢)两个功能类别中，且KEGG注释中同样存在高度相关的 “碳水化合物代谢”和“氨基酸代谢” 通路。随后，作者重点关注了级代谢产物、蛋白质分泌系统和酶三大功能类别，分析中发现所有泛菌菌株都含有促进植物生长相关的1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)脱氨酶和吲哚乙酰胺水解酶(iaaH)。此外，所有泛菌基因组中都具有编码多种消化酶的基因，如右旋糖酶、β-半乳糖苷酶、果胶酶、纤维素酶和淀粉酶基因。并且均具有T1SS、T5aSS和T6SS，而只有少数菌株具有T2SS、T3SS、T4SS、T5bSS和T5cSS。黄单胞菌基因组中也具有iaaH基因和丰富的消化酶编码基因如β-半乳糖苷酶、淀粉酶和果胶酶基因。然而，分离出的黄单胞菌菌株基因组中仅含有T1SS、T4SS和T5SS，而不含致病性T3SS和T6SS。随后作者对部分泛菌和黄单胞菌进行了一些促生功能特征的检测并发现所有菌株都具有纤维素酶活性，并能够产生吲哚-3-乙酸(IAA)，这与基因组挖掘的结果相对应。图7 水稻种子垂直传播内生菌的系统发育分析。a, 基于1258个单拷贝同源基因的串联多序列比对建立的21株泛菌菌株与20株模式菌株的最大似然发系统发育关系。b, 基于892个单拷贝同源基因的串联多序列比对建立的27株泛菌菌株与22株模式菌株的最大似然发系统发育关系。SM，次生代谢产物；PSS，蛋白质分泌系统；ENZ，消化酶。总结本研究建立了水稻内生微生物资源库，并通过多尺度微生物组学分析，阐明了种子内生微生物组中核心类群的垂直传播与功能特征，对未来开发种子内生菌并提高植物适应性奠定了理论基础。对进一步理解微生物-植物共进化理论提供了新的证据。水稻内生微生物资源在营养转化与吸收、抗病抗逆、耐胁迫等方面表现出的巨大潜力，也为微生物肥料、微生物农药、微生物种衣剂、微生物防腐剂的研发开辟了新的思路。中国农科院农业资源与农业区划研究所张晓霞研究员和马毅楠博士后为该论文的共同第一作者，魏海雷研究员为通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、中国农业科学院科技创新工程等项目资助。