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生物:从海鞘到我们之路--比较基因组学之研究 编辑 Gene 报导 脊椎动物的无脊椎近亲海鞘的基因组被定了序,让科学家有机会利用比较基因组学的方法,来研究脊椎动物的起源与演化。发表在Science的海鞘Ciona intestinalis基因组研究结果是由国际团队所完成的,它是第七个基因组被定序的动物,主要由美国能源部附属基因组研究所、加州大学柏克莱分校分子及细胞生物学系、京都大学动物系和日本的国家遗传学研究所所领导,并且有别外二十几家研究单位合作进行,参与者有87人,分布在五个国家。有了海鞘的基因组,透过和人类或其他动物的比较,科学家能够进一步了解人类大脑、心脏和神经及免疫系统等的起源和演化,并且更了解脊索动物和脊椎动物的一般发育。柏克莱加大的遗传学和发育学教授Mike Levine说道,海鞘在生物学家心中享有特别的地位,因为它提供了无脊椎动物和脊椎动物的演化联系。当你看到其成体时,会以为那是简单的动物,亚里斯多德就以为它是软体动物,但当你看到其胚胎发育,它显然是复杂的高等动物,俄国生物学家Alexander Kowalevsky就认出了其幼虫尾的脊索。它们是我们很古老的表亲。五亿多年前,动物开始快速演化,成为三、四十个体制相异的门类,至今现生的动物界可以划分为35个门。其中不具有脊椎(或脊索)的34个门统称为无脊椎动物,而剩下的就是脊索动物门了。脊索动物有四个主要共同特徵:脊索(notochord)、背部中空的神经索(dorsal, hollow nerve cord)、咽裂(pharyngeal slit)和肛门后肌肉质的尾部(muscular postanal tail)。脊索动物又分为三个亚门:一是头索动物亚门(Cephalochordata),又称无头类(Acrania),以文昌鱼为代表;二是尾索动物亚门(Urochordata),又称被囊类(Tunicata),例如海鞘,这两类都是原始的脊索动物,不具有脊椎;第三个就是我们最熟悉的有头类(Craniata)之一的脊椎动物亚门(Vertebrate),包括鱼类、两生类、爬虫类、鸟类和哺乳类。但脊椎动物却走上了另一条不同的路子,与头索动物及尾索动物相较,脊椎动物的神经系统前端特化成复杂的脑,以及与脑相关联的感觉器官,如眼、耳、鼻等,对环境有更灵敏的反应能力;运动器官也更精巧,以配合感觉器官的改变;大脑外有颅骨保护、脊索演变为分节的脊椎、内骨骼保护著体内器官,这些特徵都使得脊椎动物比其它脊索动物更具环境适应力,使得脊椎动成为脊索动物这一门中,种类和数量最发达的一支。化石记录显示,公认最早出现的脊椎动物是4.75亿年前的奥陶纪的介皮类(Ostracoderms),它们在海洋中行底栖生活,身披厚重的外骨骼,没有上下颔,也没有胸鳍、腹鳍等可活动的偶鳍。与介皮类亲缘关系最接近的脊椎动物是无颌纲(Agnatha)的盲鳗(Hag fishes)及八目鳗(lampreys),它们的脊椎还是软骨质,是相当原始的脊椎动物。到了3.95亿年前的志留纪(Silurian)末期,地球上出现了一群具有上下颔的鱼类,这是一项极重大的变革,使原本行过滤生活的脊椎动物成了活泼的猎食者,同时也演化出了可活动的偶鳍,使得活动更灵活。这些鱼类包括已灭绝的盾皮类(Placodermi)、部份现生的软骨鱼类(Chondrichthyes),如鲨鱼、魟等,以及在现代海洋及淡水中称霸的硬骨鱼类(Osteichthyes)。硬骨鱼类的其中一支又慢慢往陆地发展,演化成了今天陆地上的各种脊椎动物。过去许多动物学家认为脊椎动物的祖先很有可能是演化自尾索动物。海鞘的成体虽然没有明显的脊索,但是其幼虫的尾部却明显地带著一根脊索。有人认为在寒武纪早期,尾索动物的幼虫发生了幼体生殖(paedogenesis)的现象,其生殖器官在变态之前就成熟了。经过了天择,尾索动物的幼虫发展出了分节的肌肉和强壮的骨骼来支撑身子,并且因为头的形成对适应环境有相当的优越性,就演化出了带头和内骨骼的脊椎动物。美国能源部附属基因组研究所所长Eddy Rubin认为虽然它们和我们外观大不像,但是还是有许多特徵同脊椎动物是相同的。透过基因组的比较,我们可以在分子的层次上了解与对方的关系,并且研究这些相似的系统和基因是如何从五亿多年前的共同祖先演化而来的。身为尾索动物的海鞘分布在世界上各浅海中。桶状的海鞘附著在岩石、防波堤、般舶和海底,并利用篮状滤食器滤食浮游生物。海鞘卵受精一天后就发育成只有二千五百个细胞的小幼虫,不久后就找个地方定居下来变态成为成体。海鞘的基因组由一百六十万个碱基组成,大约只有人类的廿分之一,只有最小基因组脊椎动物河豚的一半。其中一百一十七万个碱基组成约有一万六千个基因,有八成在人类和其他脊椎动物中也可找到。不过其基因数只有人类的一半。美国能源部附属基因组研究所的计算基因组学主任Daniel Rokhsar说道,海鞘基因组会如此苗条的原因是,它大部分在脊椎动物中有好几个贝份的基因,在海鞘中,只有一份。而多出来的贝份,可能会突变掉或消失,或者演化成负责其他功能。从海鞘基因组中,我们可以看出人类这系谱中的新进展,例如有些特定的免疫系统和神统系统基因在海鞘就找不到,这显然是脊椎动物的新设备。脊椎动物的复杂性也可能是从大量的基因复制而产生的。海鞘没有许多决定脊椎动物身体结构的重要Hox基因。有一些Hox基因单独存在,另一些却消失了。然而海鞘也有类似於脊椎动物的感光基因,和其他形成心脏和甲状腺的基因。但是海鞘利用血蓝蛋白,而非红血球来运送氧气,并且缺少制造胆固醇和组织胺的基因。在某些方面,海鞘和细菌、真菌和植物的相似度比和脊椎动物还来得高:制造纤维膜以支持进食吸管的基因,就和制造纤维素的基因很类似,这样的基因在其他动物是找不到,有可能是从植物等水平基因转移来的。Levine就认为海鞘基因组的分析结果和1871年达尔文在The Descent of Man一书中的主张完全吻合,达尔文主张脊椎动物和海鞘有共同祖先,而一支演化成海鞘,另一支在脊椎动物纲开花结果。
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遗传改造技术医药学论文
论文常用来指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章,下面是我整理的遗传改造技术医药学论文,欢迎来参考!
1遗传改造技术和遗传改造疾病动物模型在医药学研究上的应用特点和前景
1.1主要的遗传改造技术应用于制作动物模型上的优缺点
1.1.1转基因技术该技术将体外构建的包含基因表达框的DNA通过直接注射到受精卵雄原核中,使其在基因组DNA扩增的过程中随机插入到基因组中而构建,其中BAC转基因由于具有能完整地保留基因表达的调控元件、基因上下游序列较长大大降低了插入位点周围序列的影响、插入基因组中的拷贝数较低且传代较稳定等传统转基因所不具有的优点,而越来越受到学者们的重视。该技术可以利用强驱动子使基因过表达,用于模拟和再现基因扩增引起的一些疾病,如许多肿瘤的发生是由于癌基因的扩增而造成的。利用转基因技术也可以在体表达针对某个或某些mRNA的micoRNA而关闭或敲弱这些基因的表达,以再现由于缺乏这些基因表达而造成的疾病。该技术的主要缺点是:一是插入的随机性可能造成外源性转基因的表达不能完全遵循原有内源性基因表达的模式,对内源性基因的表达还可能造成干扰;二是效率低。
1.1.2以同源重组为基础的遗传改造技术该技术将经改造后的序列通过同源重组替换原有的序列,从而达到改造基因的目的。该技术需经历ES细胞培养、ES细胞内重组和筛选、囊胚注射和子宫移植等阶段而获得嵌合鼠,再从嵌合鼠的后代中获得能稳定遗传改造过的基因的首建鼠。该技术可以用于对基因进行定点突变、整个或部分序列替换造成该基因功能的缺失,可实现传统敲除(conventionalknockout)、结合Cre-loxp、Flp-Frt系统可实现对特定基因的条件性敲除(conditionalknockout,包括组织特性和发育阶段特异性敲除)。该技术可以模拟和再现人或动物由基因点突变而造成的疾病,可以实现在特定的组织细胞、特定的发育阶段关闭某个或某些基因的表达,以模拟和再现这些组织细胞或发育阶段相关的特定疾病的发生、发展过程等。该技术的主要缺点是:受限于ES细胞的培养技术(目前仅有小鼠、大鼠的数个ES细胞系可用)、首建鼠获得率低、周期长等。
1.1.3以人工核酸内切酶为基础的遗传改造技术近年来,许多学者从微生物中发现了几种能特异性识别某些碱基序列的内切酶并加以改进,发展成为人工核酸内切酶,应用该技术可以精确地对某些特异DNA序列进行识别、结合和特异性切除,以促进外源DNA序列在缺口处的插入,从而达到切除或者替换原有序列的目的,实现基因改造。近几年,迅速发展起来的人工内切酶技术,包括ZFN、TALEN、CRISPR/Cas9技术,具有操作简单、修改精确度高、效率高、周期短、不受ES细胞的局限、可对多种细胞内的基因进行改造等优点。其中CRISPR/Cas9技术在南京大学模式动物研究所得到了很好的开发和应用,黄行许等人利用该技术已经成功实现对包括人ES细胞在内的多种种属和种系细胞株内的基因改造,成功地实现了对小鼠、大鼠、猴的基因改造,其中包括条件性敲除改造等。CRISPR/Cas9等新技术的开发和利用提高了遗传改造的成功率,使多种属、种系的遗传改造疾病动物模型的构建成为可能。
1.2遗传改造疾病动物模型在医药学研究上的应用及其特点
1.2.1在西医药研究上的应用特点及其前景基于对小鼠遗传信息的深入研究,对人、小鼠疾病的遗传学研究成果,目前已通过遗传改造技术构建出多种能再现人、小鼠疾病的小鼠模型,并被广泛应用于研究和揭示疾病发生和发展分别所涉及的信号通路、基因及其调控等。由于肿瘤的发生和发展过程实质上是体细胞或生殖细胞基因突变及其积累的过程,因此遗传改造技术构建的肿瘤疾病模型能再现许多肿瘤的发生和发展过程,因此在肿瘤医学研究和抗肿瘤药物开发上具有巨大的应用价值,并已取得了不小的成果。目前,已获知肿瘤发生和发展的过程是Ras通路、WNT通路或PI3K/AKT通路等促进细胞增殖的信号通路被激活,而p53通路或Rb通路等抑制细胞增殖的信号通路被破坏的过程。在对这些分子机制较为深刻和充分的认识基础上,已开发出多种抗肿瘤药物。例如对靶向EGFR的药物已被应用于临床上抗肿瘤治疗,对p53通路的调节模式的认识及对有关分子结构的了解,促成了MDM2抑制药物RG7112等的产生,这些药物均在一定程度上对一些肿瘤有较好的疗效。近年来,基于对小鼠转移性肿瘤模型中获得的有关肿瘤转移过程所涉及的分子机理的深刻认识,为开发出能广泛抑制肿瘤转移药物提供了理论依据。由于受到ES细胞培养难等技术限制,目前遗传改造疾病动物模型绝大多数来自于小鼠,CRISPR/Cas9技术在多种模式动物中的成功应用,使得更广泛的动物遗传改造成为可能,从而为构建除小鼠以外的遗传改造疾病动物模型清除了技术障碍。
1.2.2在中医药学研究上的应用特点及其前景由于中医症候的标准化、量化从理论上和方法上的未统一、未确定,导致中医症候本身的描述和表征上存在争议性,使得依据中医药理论所构建的疾病动物模型能被业者认可的极为有限。尽快制订统一的中医症候确诊标准,探索符合中医药理论的.量化方法,探讨和揭示中医症候与基因的表达调控及其功能的关系,有助于中医药实践和理论的深入发展。中医理论的整体观和辨证观强调了机体的整体性、个体的特异性和致病的辩证性在疾病诊断、病因、病机探索和疾病治疗上的关键作用,提示需要以组学如功能基因组学、转录物组学、蛋白质组学和代谢组学等的理念和方法,洞察中医症候的病因和病机。因此,从遗传学角度来解读中医症候,更多体现在以某个基因为主的多基因间相互关联和作用(整体性和辩证性),更多表现为表观遗传学上的改变(个体性)所造成的症候的发生和发展。现代遗传改造技术的长足进步和CRISPR/Cas9等新技术的产生,使得经济、快捷地在1个个体中对多个基因进行改造和进行人为模拟自然调控成为可能。随着中医症候的标准化和量化从理论上得到统一和确定,方法上得到改进和广泛的认同,相信遗传改造技术所构建的中医症候动物模型在不久的将来必将面世,这将为中医药学的研究提供新的平台,有望促进中医药学的实践和理论发展达到新的高度。
2小结
包括疾病表型在内的任何表型均可以追溯到相关基因的功能及其调控和变化,从这个角度来看,遗传改造所构建的疾病动物模型正是抓住了疾病发生和发展问题的根本,有助于学者从根本上洞察疾病发生和发展的规律,也为新的、安全有效的药物开发提供优良的试验平台。随着对医药学、遗传学本质的深入认识,以CRISPR/Cas9技术为代表的现代遗传改造技术有望更广泛地应用于疾病动物模型的构建,将强劲地推动现代医药学的发展。
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1、通过遗传学研究人类起源2、在遗传学的指导下通过生物工程开发转基因作物3、基因治疗