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小弟想做一个跨膜蛋白的分子动力学，具体问题是：无法建出一个合适厚度的双分子层，满足蛋白的跨膜要求。另外，用VMD将蛋白与膜放在一块后，不知道应保存为哪种类型的文件。后期的MD也不会:cry:。初学乍练，完全没方向。想找一个高手请教，愿散尽家财！
几类重要蛋白质的分子动力学模拟研究,同源模建,抑制剂,分子动力学模拟,对接模式。酶是大分子蛋白的一种,它是由活细胞产生并具有催化功能的蛋白质。由于计算机技术的日益发展,计算机模拟方法被广泛应用于 …
蛋白质分子动力学模拟. rogerzhanglijie 2012-10-18 09:58:59 7505 收藏 8. 分类专栏： 分子动力学 文章标签： diagnostics reference file velocity input crash. 分子动力学 专栏收录该内容. 47 篇文章 7 订阅. 订阅专栏. 1.系统的准备：. 假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链 ...
自己做了一个膜蛋白的同源模建（同源性不算很高），又做了动力学模拟，蛋白的体系还是比较大的，加起来能有1000多个氨基酸。请问这样的文章能投个什么杂志？影响因子2-3之间。最好能给几个例子，求高手给个方向，谢谢！
蛋白质体系分子动力学模拟的前沿进展——从介科学角度重新审视. 任瑛 徐骥. 【摘要】： 蛋白质是生命的物质基础,是生命活动的主要承担者,对蛋白质时空多尺度结构及其控制机制的深入理解是探索生命起源、病理认知及新药开发的基础.受实验表征手段及时空 ...
基于分子动力学模拟的胶原分子力学特性研究[J].医疗卫生装备,2018,39(3):1-5. 6 刘雨.TET蛋白家族在人类肿瘤疾病中的作用[J].临床医药文献杂志（电子版）,2018,5(30):192 7 张驰,刘丹丹,刘建中.
Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。在开始之前，先简单了解一下预平衡： 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有一个蛋白质，我们想将它放入一种溶液中（可能是水，也 ...
分子动力学模拟研究蛋白质序列—功能关系. 【摘要】： 蛋白质是生物体内主要的功能执行者,几乎参与所有的生命活动。. 虽然DNA-mRNA-蛋白质的信息传递方向早已为大家所知,但是还有很多细节都不清楚。. 尤其是少数残基的差异对蛋白质在溶液中稳定性的影响,对 ...
蛋白质分子动力学模拟1.系统的准备:假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件:除去remarks,connectivitydata和HETATMlines的...
飞速发展所带动的分子动力学模拟软件的变革,拓展了蛋白质模拟的时空尺度,重点阐述了大规模高性能分子动力学模拟在蛋白质研究中的应用;最后,基于介科学理论的飞速发展及其在多...
利用分子动力学能模拟分子系统与时间相关演化轨迹,研究分子系统的热力学与动力学性质。随着计算机技术的高速发展,分子动力学模拟被广泛的应用于生物分子与纳米材料研究。本文...
想麻烦问一下大家怎么用Gromacs做分子动力学模拟呢？我之前尝试用autodock先把小分子和蛋白质对接后在跑...
在本教程中,我们要考察这一两难问题–诱导匹配和/或构象选择,方法是使用不同初始构象的分子动力学模拟对多肽的构象空间进行采样.我们将不同的轨迹与实验确定的多肽在与其蛋白受...
蛋白质是生命的物质基础,是生命活动的主要承担者,对蛋白质时空多尺度结构及其控制机制的深入理解是探索生命起源、病理认知及新药开发的基础.受实验表征手段及时空分辨率的限...
然而目前为止，BAX蛋白的激活机制尚不清楚，它与激活剂的结合模式也只能通过简单的分子对接工作来进行探究，因此目前缺乏对BAX蛋白激活机制的深入了解，这大大阻碍了更有效的BAX激活...
蛋白质间分子动力学模拟及数据分析,蛋白质的结构和对接,在进行模拟之前,我们首先要获得的是蛋白的结合配体后的复合物结构,蛋白和配体复合物如果已经被测出来那是最好不过的了,但是如...
蛋白质分子动力学模拟来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/drbwbTbpjgE8Y4dCmM5Eig1.系统的准备:假设有一个PDB文件含有500多个残基并...
首页会员发现等你来答登录如何用分子动力学模拟计算蛋白质分子的自由能?关注问题写回答分子动力学模拟如何用分子动力学模拟计算蛋白质分子的自由...