参考文献标红应该是参考文献格式不正确，系统没有识别出是参考文献，注意以下几点：1、参考文献这四个字设置为标题格式2、全选，数字和字母采用罗马体，标点符号修改为半角格式3、格式必须国标（格式百度上有）
pdf格式论文检测脚注被标红的一般原因都是因为论文查重。
一、为什么论文查重时脚注都标红？
一般来说，系统可以识别脚注，将其视为引用，不参与查重，不做红色标记。但如果查重时提交的是PDF版本。因PDF无法识别脚注格式，会被当作正文查重。pdf格式解析中的错误会导致检测结果不准确。此外，系统无法识别wps制作的文档。
二、脚注查重被标红应该怎么办？
如果只是因为上传版本问题的话，那么上传时最好可以先将pdf格式的文档转换成word，然后上传进行查重。但如果一定有要求必须提交PDF版本的话怎么办呢？有修改空间的正常改。没有修改空间的部分删除、部分保留、部分挪到文末的参考文献。
三、脚注标红能如何修改？
如果学校要求查重率20%以内，又要求使用PDF测论文，而你论文的脚注已经占全文的重复率的10%以上，那删除部分脚注是必要的。但不能全删，全删你的导师、答辩组和盲审团都不会同意。所以要适当的保留或者挪到文末参考文献中。注：在删除脚注后，原文中的内容需要将直接引用改为间接引用。
参考文献部分为什么在论文查重报告中标红？正常来说引用和参考文献部分在论文查重系统中是不会被标红的，但前提是参考文献的格式是正确的，这样才不会被参与到正文的查重检测中，这样的话也就不会被标红了。数据库正常是会把参考文献收录到里面的，所以无论是论文的题目还是内容都是会重复的，参考文献这部分是比较特殊的内容，查重系统正常是会除去论文末尾参考文献部分然后进行查重检测的，然后用灰色的字体表示没有检测。那导致论文查重报告中的参考文献部分标红的原因是什么呢？
原因一：也许是因为论文格式不正确的问题。参考文献这几个字是需要单独占一行的，而且只能显示参考文献的是不可以和其他内容混一起加进来的，然后要按照学校要求格式标准弄好，不然的话知网查重系统是无法识别出参考文献的。
原因二：论文查重系统是只有知网查重系统可以比较好的识别出参考文献部分的，其他的论文查重系统的识别度是没有知网高的，因此是无法除去参考文献的查重检测的，所以同学们不要奇怪为什么知网查重系统没有标红的部分在其他的论文查重系统就标红了。
所以导致论文查重报告中的参考文献部分标红的原因就是这两点，不过第一点是重要的，所以大家一定要按照论文的格式要求来进行论文的撰写，这样的话就可以避免论文中参考文献部分被标红了。
脚注被标红一般都是插入格式不对。论文上传的是PDF格式还是Word格式可能会对结果产生影响，因为当上传PDF检测时，PDF会比Word多一个文本转换过程。这个过程很可能会破坏你原来正确的目录和参考格式，目录和参考格式会被混淆，导师系统会被错误地识别并标记为红色。
以知网为例，在格式正确的情况下，使用word版本长传文件，一般不会被标红，但是很多同学直接上传PDF版本，这样就可能被标红。
因为PDF在系统中进行文字转化的时候可能会出现识别不准确的情况，也无法识别这个部分是你的参考文献，当然就会被标红啦。
所以在学校没有明确规定必须以PDF版本上传时，一定选择Word版本上传。
如果不是常见的主流检测系统，数据库可能会比较杂乱，检测算法也不够正规，所以参考文献被标红的情况也会存在。
所以建议大家为了获得更准确的检测报告，并且更高效地查重降重，尽量使用学校指定地检测系统，比如知网、维普、万方等这些比较常见的主流查重系统。
写论文的时候需要参考资料，其实引用一些句子很正常。但有时被引用部分很难通过论文查重。论文查重的主要目的是防止学生在网上直接抄袭论文。那为什么查重时论文引用被标红？一、论文引用为什么被标红？1、在撰写论文的过程中，引用了很多别人的论文。写论文引用别人的句子是很常见的，但是不能引用太多。而且应该在引用后添加注释，这样论文查重系统执行重复检查时就会知道引用部分。2、如果自己写的论文和发表的论文在版面、内容、结构上有60%的相似度，就叫抄袭。如果和发表的论文在内容上有70%的相似度，也会被称为抄袭。3、有时，学生在引用文献时知道要注释，但格式增加了错误或书面参考文献有错误。被查重检测系统检查时，也会标红。4、有些文献观点可以引用，只要加注释就可以。二、引用怎么处理？如果论文引用过多，往往会在论文查重中被检测为抄袭，这样论文的重复率会变高。事实上，只有论文引用的部分是合理的，基本上不会被查抄袭，所以正确的格式和标注才是避免被标红的方法。其次，注意合理引用，不要用无关的引用来凑字数。总之，在毕业论文的引用部分，做好标注并注意，合理引用就不会有问题了。
如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。
首先，引用算不算抄袭，与标注出处没有任何关系，引用能不能检测出来，与系统准不准确也没有关系。所有这些都靠系统的阀值来决定。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为3%，以段落（或章节）的字数来计算，单篇文献低于3%的抄袭或引用是检测不出来的，这种情况常见于大段文字中的小句或者小概念。举个例子：假如检测段落1（第一章）有10000字，那么引用A文献300字（10000乘以3%=300）以内，是不会被检测出来的。若引用B文献超过300字，那么B文献分布于第一章中的抄袭都会被红字标注，不管位于第一章何处，即使打断成句子，只要超过20字就会被标注。[1]实际上这里也告诉同学们一个修改的方法，就是对段落抄袭千万不要选一篇文章来引用，尽可能多的选择多篇文献，一篇截取几句，这样是不会被检测出来的。[2]关于一些同学问引用的为什么也算抄袭，这里主要是因为知网的阀值问题，高于3%的统一算抄袭，也就是说引用于抄袭的临界就在3%之间。一旦你超标，即使你标注了引用也无济于事。[1] 这里所指的300字是一个大概值，并非临界值。引用的数量越低，就越不容易被检测出来。[2] 更新以后的CNKI学术不端检测系统将这一阀值调整到了3%，以前是5%，意味着检测系统对引用的要求更加严格，但运用我们后面提到的方法也不是很难。
论文引用了还被标红的原因需要排查如下问题：
1. 有明显的“参考文献”标记，参考文献4个字独占一行，下面 是各个参考文献条目；
2. 每个参考文献有明显的标号，标号可以是以下任意一种：【Num】、[Num] 、(Num)；
3. 标号可以是Word自动生成也可以手工书写；标号内不要添加标点符号，例如：不要[Num.]或(Num、)等；
4. 每个参考文献中最好有时间信息或者URL或《》书目信息；
5. 一条参考文献内及在此条参考文献没有结束时不要有手动换行或者回车符 （即顺其自然，满行后会自动换行，请勿人为！）
在写论文过程中引证文献是在正常不过的事情了，在写作之前要阅览很多的 文献，了解行业界学科发展的状况，这本身也是常识积累和学习的一个过程，因此，只要作者在写论文 的时候，用正确的引用格式，且引用的部分不是很大就不会有影响。
知网论文查重会自动识别为引用部 分，以绿色字体标注。但是一定要注意的是，引用过程中绝对不能大片的引用，因为也会被检测为抄袭 。用户进入中国知网后，在首页的检索栏中输入想要引用的参考文献，之后点 击操作下方的引用按钮，即可直接引用对应参考文献的格式，也可以点击下载导出至用户电脑中。
1、毕业论文查重是为了更好的约束自己的行为，避免不良学术风气的出现，促进自己独立写毕业论文的能力，而不是抄袭来敷衍了事。
2、论文查重的出现进一步推动中国学术的发展。论文查重可以判断你的论文能否成为合格的毕业论文，优秀毕业论文是在合格论文中进行评选的。优秀的毕业论文不仅可以成为别人的模板，也能成为中国学术上的模板。
3、论文查重是检测毕业论文的标准。毕业论文是需要查找大量的文献资料。文献资料的积累是知识的储备。有了这些文件和资料，就能写出一篇好论文。资料是自己实践找来的，而不是直接在网上复制粘贴。
4、论文查重也是你的毕业考核要求。如果没有通过论文查重，将无法正常毕业并获得学位证书。
论文查重的目的如下：
1、考察研究水平
进行论文抄袭率检测，针对性的考察撰写者的专业水平，尤其是对专业成果的合理考察，可以考量撰写者的学习研究能力，在一定程度上也能够激励撰写者深入地进行学术研究，对提升研究水平具有重要的意义。
2、促进学术发展
不管是学位论文还是学术论文，对论文进行抄袭率检测，可以避免论文重复率超标，有效提高论文的质量，从而能够促进学术思想的发展。撰写者即使不是为了论文的学术严谨性，也会为了让论文的抄袭率查重检测过关而深入研究思考，自然会针对论文的主题进行深入的探索，找寻相关的文献资料，形成自己全新的论文，这也是能够推进学术领域的发展进步的。
3、规范学术风气
对论文抄袭率的检测，直接目的就是为了防止学术不端行为，制止撰写者抄袭剽窃伪造等不恰当的写作方式。论文通过抄袭率检测之后才算合格过关，才能进行下一步的操作，任何学术不端行为在检测系统面前都可以有效地查出来，这在一定程度上能够有效规范学术风气，净化学术环境。
参考资料：《为什么要对论文的抄袭率进行检测》
论文查重的原理如下：
论文查重原理是很容易理解的，因为现在的科技显得非常的发达，在数据库里面会收集各种不同类型的论文，一旦被发表之后数据库就会自动的去收集论文，把学生写的论文与数据库的论文去进行对比，当然系统内部也要去设置参数，如果重复或者是相似的内容比率太高，这有可能就会存在着非常严重的抄袭行为，这在一定程度上是能够去促进人们用原创的方式写论文，不要想着投机取巧的方式抄袭论文。
论文查重的内容：
论文查重是检测文字的内容，其中会包括有摘要，正文，还有结尾等各个部分，现在很多高校会认可权威的查重软件的报告，因为有的软件会先检测目录，然后根据系统的目录去分章节的分别进行检测，监测摘要以及论文的重复的情况，当然这需要按照当前的论文查重的规则，尤其是论文中的图片或者是公式，基本上是没有办法通过系统去识别检测，因为机器根本就不具备有对图片对比的能力。论文查重是针对文字内容去进行检测图片以及公式等内容，基本上不在查重的范围之内。
论文查重率高这种情况是比较常见的，大家不用太担心，我们在写论文的时候，文章中会有很多专业名词是不能随意替换的，那么造成引起论文重复率过高的因素有哪些？
1、引用内容过多
学校在进行论文查重时，会有专门的检测系统，一般检测引用的阈值控制在5％以内，如果我们的论文参考超过了这个阈值，那么检测后重复率就会比较高。
2、论文格式不符合要求
有可能是引用了某些内容后，未加引用符号，或引用未结束时使用了句号，这将导致句号后的内容被系统认为是抄袭，因此重复率将非常高。
3、客观性抄袭
论文发现了相似度，但这种相似度并不能表明论文内容是抄袭的。目前，各学科之间的专业和题目的相似性很大，可以说是主动地去抄袭，但大多数内容在进行查重时也会有很高的重复率。由于专业之间的专业名词、专业公式等某些内容不可替代，必然会出现重复现象。
论文重复率高的时候，怎样去降低重复率修改？
1、在一篇文章中引用了什么，记得注明出处。无论引用哪种文献资料，书本上或网上的，都必须注明引用地点，否则会被认为是抄袭，在写作过程中，我们需要特别注意的是，自己的论据必须要有自己的见解，并且要用自己的语言来描述。
2、在论文格式上如果不知道要怎么调格式，就按照指导老师的要求去进行操作，尤其是在批注及参考文献方面，无论是直接引用还是间接引用，都要标明来源。
3、参考文献最好是领悟资料的含义，并可在撰写论文时直接用自己的语言进行组织。
4、插入一份文档，标明你所引用的文件格式，并插入论文中。
5、尽量不要直接引用，在引用时尽可能将被引用的内容转换成自己的内容，并用自己的语言进行表达。
如果以上这些都能够避免，那我们原创重复率过高的情况会减少很多的。我们在写论文时，只要有去认真、用心对待，那么我们就不需要太过担心论文查重问题。
论文查重，是查全文的，不是只查正文。论文审核不通过的原因很多，查重只是最基本的。比如你的文章内容可能与刊物不符合，或者是文章质量达不到刊物要求。还有可能是文章内容不适合发表等。
首先，这篇文章没有包含在查重的数据库中，也可能是查重时论文格式设置错误，导致 论文检测系统。无法检测。另一个是查重时论文题目和作者信息输入错误。
是你文档格式问题，你重复新复制文章到新word或复制到txt上重新传就行了，
1、检测算法不一致。除了一些数据库，检测算法也是直接影响检测结果的一个至关重要的原因。而有些论文查重系统，只要检测到一些词是重复的，就会被认为是抄袭，而不管检测到的论文和来自相似来源的文章之间的联系，不管它们是否在同一个句子里。2、检测范围不一致。大多数检测系统都是全文检测。其中包含的文章标题、摘要、正文，你要知道不同的投稿检测方式会无形中增加你论文的重复率。每个检测系统的检测能力水平会略有不同，导致检测结果不一致。必须进一步了解检测结果的准确性。比如同一篇论文在不同论文的查重软件中检测，检测出的结果基本不一致。其中，部分检测软件会有误报，属于一种误判，基本可以忽略。3、论文查重系统有一定的检测阈值。很多同学可能不知道门槛的意义。比如一篇论文的查重系统设置在1000字以内，如果在100字以内和别人相似就不会被判定为抄袭。其实这个门槛定在10%。如果110个字相似，就判定为重复，每个系统的阈值设置都不一样。因此，你必须根据报告对它们进行修改，并再次检查副本。如果出现新的重复，那么这就不难理解了。4、查重系统的数据库发生更新。每天都有大量的内容发布在网络上，每天都有大量的学术文献发表。论文查重系统是不断更新资源的，所以当你做第二次查重的时候，之前没有检测到的内容可能会在第二次出现重复，也会导致重复率结果不同。
一、规范学术不端行为
论文查重就是检查论文中有哪些内容与他人文献有重复，与系统中的数据库进行比对，计算出论文的整体复制比，而每个高校杂志社对于论文查重都有一个重复率标准，规定必须在多少范围之内才算合格，在一定程度上是能够有效的规范学术不端行为的，这也是论文查重最直接的目的。
二、保护他人知识产权
学术文献资料是原作者知识和智慧的结晶，是原作者的劳动成果，有部分人没有投入很多时间精力研究资料撰写论文，就会大量抄袭、剽窃、捏造、篡改和伪造他人文献资料等，这就是侵犯了他人的知识产权。而进行论文查重查重的话，在一定程度上也是能够保护他人的知识产权，有效保护知识产品创作者的正当权益。
三、促进学术健康发展
论文查重的直接目的是规范学术不端行为，其最终的意义就是促进学术研究的健康发展。通过论文查重查重对学术不端行为的规范，可以推动良好的学术风气，对论文撰写者形成一定的约束，督促激励着大家进行深入的学术研究，能够促进学术领域的进步;同时，论文查重机制能够保护知识产权，整个社会将有更大的激励氛围来创造知识，学术领域能够不断健康进步发展。
伴随着信息技术的进步和普及，大家获取信息也变得简单起来，只需一台联网的设备，就可以获取海量信息，在提供方便的同时，也产生了一些负面效应。由于因特网信息量巨大，信息传播速度极快，因此容易产生谣言等一些假消息。对学生来说，网络是一个很好的信息平台，里面有大量的知识和一些其他的内容，查阅资料等都很方便，所以很容易出现抄袭的情况，因此，对于一些重要的论文，是需要进行重复检测的。那么，我们的毕业论文也要查重吗？过去，由于互联网等科技不够发达，计算机、网络的普及率不高，大家写论文主要是参考书上的一些内容，虽然也会有重复率，但没有论文的查重系统能检测出来，所以检测论文的内容质量，重复性基本上靠导师的经验。如今网络基本上已经普及，特别是对于大学生来说，上网并不难，所以论文抄袭现象也更加普遍，因此，很有必要对大家的论文进行查重。所以，是不是所有的毕业论文都要查重？从理论上说，是的。如果是正规的大学，毕业论文都是要查重的，这里主要是讲本科论文，大专论文也有一些学校是不需要论文查重的，因为有些是以产品设计或者做些真实的事件作为考核标准，不太好查重。一些同学也许在想，学校会不会采取抽查的形式去查重论文，确实有抽查这种形式，不过在抽查前，学校已经全部查重过，所以不要把这次检测当成是一次检测，而是一次抽查。知网几乎成了大学专用的论文查重系统，你们学校很可能就是使用的知网查重系统，但知网不对个人用户开放，想要去知网上查重论文，就得找学校，或者找个其他的知网查重系统。在此要注意的是，知网支持验证查重报告的真伪，所以如果使用的是其他网站的知网查重入口，一定要验证论文查重报告。
论文查重的目的主要是防止学生出现抄袭等不端学术行为，从而提高学生论文水平，避免因抄袭给学校的声誉造成影响。那么为什么过去论文不查重，而现在毕业的大学生论文需要查重呢？那是因为，在过去，互联网没有这么发达，毕业学生的论文都是到图书馆查阅资料，一字一字写出来的，不太可能出现抄袭，即使出现抄袭，由于没有建立数据库，问不太容易被发现，当时的技术条件不方便查重。而现在随着互联网个大数据的普及，学生写论文太依赖于网络，毕业论文抄袭成风，频频由于论文抄袭事件给学校摸黑，学校不得不采取查重的方式来提高论文质量，也是学校保护自己名誉的一种手段，尤其是名校。数据库的建立让论文查重在技术方面得以实现，现在论文查重很方便，把你的论文输入到软件中，就可以完成论文的查重。
论文查重的目的如下：
1、考察研究水平
进行论文抄袭率检测，针对性的考察撰写者的专业水平，尤其是对专业成果的合理考察，可以考量撰写者的学习研究能力，在一定程度上也能够激励撰写者深入地进行学术研究，对提升研究水平具有重要的意义。
2、促进学术发展
不管是学位论文还是学术论文，对论文进行抄袭率检测，可以避免论文重复率超标，有效提高论文的质量，从而能够促进学术思想的发展。撰写者即使不是为了论文的学术严谨性，也会为了让论文的抄袭率查重检测过关而深入研究思考，自然会针对论文的主题进行深入的探索，找寻相关的文献资料，形成自己全新的论文，这也是能够推进学术领域的发展进步的。
3、规范学术风气
对论文抄袭率的检测，直接目的就是为了防止学术不端行为，制止撰写者抄袭剽窃伪造等不恰当的写作方式。论文通过抄袭率检测之后才算合格过关，才能进行下一步的操作，任何学术不端行为在检测系统面前都可以有效地查出来，这在一定程度上能够有效规范学术风气，净化学术环境。
参考资料：《为什么要对论文的抄袭率进行检测》