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组学投稿期刊

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组学投稿期刊

据我所知这个杂志是北大核心期刊,审稿时间一般为一两个月,该杂志接受邮箱投稿,如果没录用会邮件通知的。附图为这个杂志知网版权页照片,有投稿邮箱和联系方式。

5分以上的杂志:

control release、Adv Drug Deliv Rev 、Annu Rev Pharmacol Toxicol   、Nature Communications

Elife——国人文章作者一般为国内科研大牛或科研团队,国人发文占比约6%

Elife是一本起点很高的综合期刊,旨在向读者提供最前沿的生命科学和生物科技研究。从该期刊最新文章进行分析来看,其收录范围非常广,有关生命科学和生物医学的论著和综述均可投稿。但注意这本期刊严谨而又大胆创新的编辑共同审稿模式,不仅缩短了审稿周期,也对稿件质量把控得更加严格。据说投稿到该期刊超过2/3的文章都会在外审前被编辑退稿。

《基因组学与应用生物学》中国科技核心期刊、中国科学引文数据库来源期刊、《中文核心期刊要目总览》核心期刊及中国期刊方阵“双效”期刊、广西高校优秀学报。广西大学主管、主办。聘请李宁院士为主编;罗达博士、研究员为副主编;方宣钧、朱玉贤博士为执行主编以及 26名国内知名专家教授组成的编委会。实现优质管理,严把政治和学术质量关。《广西农业生物科学》由广西大学主管和主办, 是原广西农业大学主办的 《广西农业大学学报》变更而来, 创刊于 1982 年, 季刊, 国内外公开发行。二十一世纪, 基因组学已成为生物科学领域中的理论与技术的核心平台, 为了适应基于基因组时代的现代生物科学的发展, 经国家新闻出版总署批准, 从 2009 年开始, 《广西农业生物科学》更名为《基因组学与应用生物学》(《Genomics and Applied Biology》) 。更名后的期刊仍由广西大学主管和主办, 公开发行, 双月刊, 双月 28 日出版。由中国科学院院士及美国国家科学院外籍院士张启发博士任主编, 北京大学教授朱玉贤博士和海南省热带农业资源研究所所长方宣钧博士任执行主编。《基因组学与应用生物学》将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学、生物信息学等基础学科领域, 着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境与生态科学以及生物学实验技术与方法等应用生物学领域的最新研究进展和成果。将开设综述与专论、研究论文、新技术新基因新种质等栏目。《基因组学与应用生物学》承载着《广西农业生物科学》的悠久历史与荣誉, 进一步开拓奋进,为现代生命科学和应用生物学的研究与发展提供学术交流的平台, 使之成为中国科学家走向世界的桥梁。《广西农业生物科学》自创刊以来, 得到各级领导、国内外学术单位以及广大科研人员的支持和厚爱,受到来自全国30多个省、市、自治区及国外的科研院所、大专院校的两千多名作者的支持与厚爱,刊发了研究论文、研究报告、评述与展望等类型的科研论文共400余篇,内容涵盖基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学、生物信息学以及应用生物学等基础学科与应用学科。 值此更名之际, 我们向支持和厚爱本刊的科研院所、大专院校及广大科技工作者表示衷心的感谢! 更名后, 我们将不辜负大家的信任和期望, 以十分鲜明的特色, 为广大的科学家服务。

影像组学投稿期刊

医学影像学比较权威的期刊,按照影响因子来衡量的话,最高的是下面这六个:1、中华放射学杂志复合影响因子:1.459综合影响因子:1.3442、介入放射学杂志复合影响因子:1.242综合影响因子:1.0723、中国CT和MRI杂志复合影响因子:1.074综合影响因子:0.9934、国际医学放射学杂志复合影响因子:0.905综合影响因子:0.7625、实用放射学杂志复合影响因子:0.818综合影响因子:0.7506、中华核医学与分子影像杂志复合影响因子:0.811综合影响因子:0.725其他的影响因子比较高的:放射学实践复合影响因子:0.809综合影响因子:0.726临床放射学杂志复合影响因子:0.663综合影响因子:0.587CT理论与应用研究复合影响因子:0.660综合影响因子:0.474中华放射医学与防护杂志复合影响因子:0.643综合影响因子:0.554

1、当代电影: 《当代电影》杂志是电影艺术专业刊物。注重电影理论的研究和探索,尤其是对中国电影精品和国外电影经典作品的分析,并注重对当代电影作品的研究。 当代电影杂志栏目设置: 本刊主要栏目:90年代世界电影、影片个案分析、电视研究。 2、电影艺术: 《电影艺术》杂志绐终走在中国电影艺术发展的最前沿,内容涉及影视编导、文学、摄影、美术、表演以及纪录片、动画片、国内外电影美学、文化研究等领域,是进入影视界必读的专业杂志。曾用刊名:中国电影。 电影艺术杂志栏目设置: 本刊主要栏目:电影批评、学术争鸣、史典探问、电影人物、电影语录、长短集、视与听、纪录影像。 3、世界电影: 《世界电影》遵循“洋为中用”的方针,向广大读者翻译介绍外国电影理论,提供国外电影创作的成功经验,为我国电影工作者提供借鉴。曾用刊名:电影艺术译丛。 世界电影杂志栏目设置: 本刊主要版块栏目:专题文论、电影剧本、创作问题讨论、经验谈、各国电影概况、新片介绍。 4、北京电影学院学报: 《北京电影学院学报》为我国唯一的电影专业高等学院的学报,也是唯一的集电影高等教育与电影理论研究为一体的电影专业理论刊物,其办刊宗旨,注意反映学院教师的教学及学术研究成果,注意追踪反映国内外影视最新创作动态及研究动态,把学报办成国内在知名度和学术水准方面最有影响、对业内人士最具参考价值的电影创作研究与理论刊物之一。力争产生重要的国际影响,始终保持浓厚的时代气息。 北京电影学院学报期刊荣誉: 《北京电影学院学报》获奖情况:2002-2003年度北京高校社科学报优秀栏目奖、2003-2004年度北京高校人文社科学报优秀学报。 5、电影文学 6、电影新作 7、中国电影市场

最权威的期刊(中文核心+cscd核心+科技核心),是3核心期刊:中国介入影像与治疗学;中国医学影像技术、中国医学影像学杂志、中华超声影像学杂志============次权威的期刊(中文核心+科技核心),是双核心期刊:中国临床医学影像杂志、中华核医学与分子影像杂志(原中华核医学杂志)

代谢组学投稿期刊

又到了高校硕博生撸起袖子加油发论文的季节,生信类文章作为一种短平快的手段受到广大科研者的喜爱。我在pubmed中简单用“TCGA”关键词统计了近十年的SCI发表情况,发现从2010年开始生信SCI成指数性增长由年15篇增加到2700多。令人惊叹,2020年截止当前已经发表1212篇。管中窥豹,如此海量的生信文章,如何异军突起荣获审稿人青睐?近来有不少人抱怨,纯生信投稿杂志越来越少,投稿杂志风向变动太快,审稿人反馈要功能验证,要求补试验。如此看来,给生信文章加点实验料是生信类SCI大势所趋。那么各组学筛选的标记物实验验证的方法有哪些?我本期将给大家奉上多种组学的标记物实验验证方法,供大家参考。 Suorce: Pubmed 为了方便大家快速理解,我查阅大量资料以文字加图片的形式板块化呈现常见的各组学方案及简明实验步骤,本期分享基因组学、蛋白组学、代谢组学以及转录组学4个组学的标记物检测方法,废话少说,直接上干货。 一、基因组学marker验证实验 1. 基因表达 逆转录定量PCR(qRT-PCR)是在样品量少或者非常珍贵的情况研究基因表达的模式。这种方法主要的优点是范围宽、敏感性高、精确度高,无PCR后处理步骤,避免了交叉污染,且产出率高,可以进行多重检测等。具体是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。在实时荧光定量PCR反应中,引入一个荧光化学物质,随着PCR反应的进行,PCR反应产物不断累计,荧光信号强度也等比增强。每经过一个循环,收集一个荧光强度信号,通过荧光强度变化检测产物量变化,最终得到一条荧光扩增曲线。实验思路见参考文献[1]。 实验材料 新鲜、冰冻的组织、细胞,新鲜、冷冻的血液或血浆等  基因表达量的检测方法还包括:PCR[2]、RT-PCR[3]。 2.  甲基化 检测 甲基化特异性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)是一种灵敏度高,且不受限制酶限制的DNA甲基化检测技术。通常是设计两对引物,一对MSP引物扩增经亚硫酸氢盐处理后的DNA模板,另一对扩增未甲基化片段。若第一对引物能扩增出片段,则说明该检测位点存在甲基化,若第二对引物能扩增出片段,则说明该检测位点不存在甲基化。实验思路见参考文献[4]。 实验材料 新鲜、冷冻、石蜡包埋细胞或组织等       甲基化检测的其他技术还包括:亚硫酸氢盐处理+测序[5]、联合硫酸氢钠的限制性内切酶分析法(COBRA)[6]等。二、蛋白组学marker验证实验 蛋白质印迹法(免疫印迹试验,Western blot)是将电泳分离后的细胞或组织总蛋白质从凝胶转移到固相支持物NC膜或PVDF膜上,然后用特异性抗体检测某特定抗原的一种蛋白质检测技术,其基本原理是通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织样品进行着色。实验方法应用广泛,是常见的蛋白定性及定量检测方法。实验思路见参考文献[7]。 实验材料 新鲜、冷冻的细胞或者组织 酶联免疫吸附测定(Enzyme Linked Immunosorbent Assay,ELISA)是利用抗原抗体特异性结合进行免疫反应的定性和定量检测方法。基本原理:使抗原或抗体结合到固相载体表面,并保持其免疫活性。使抗原或抗体与某种酶连接成酶标抗原或抗体,这种酶标抗原或抗体既保留其免疫活性,又保留酶的活性。在测定时,把受检标本和酶标抗原或抗体按不同的步骤与固相载体表面的抗原或抗体起反应。用洗涤的方法使固相载体上形成的抗原抗体复合物与其他物质分开,最后结合在固相载体上的酶量与标本中受检物质的量成一定的比例。加入酶反应的底物后,底物被酶催化变为有色产物,产物的量与标本中受检物质的量直接相关,故可根据颜色反应的深浅有无定性或定量分析。实验思路见参考文献[8]。 实验材料 新鲜、冷冻的细胞或者组织 免疫组织化学(IHC)又称免疫细胞化学。是应用免疫学及组织化学原理,对组织切片中的蛋白水平检测。其是采用标记的特异性抗体(或抗原)对组织内抗原(或抗体)的分布进行组织和细胞原位检测,检测相应的目的抗原(或抗体),并进行定位、定性和定量分析。根据标记物的性质检测技术分为:免疫荧光技术、免疫酶技术、免疫金属技术和放射免疫自影法。实验中应用较多的为免疫荧光技术和免疫酶技术。实验思路见参考文献[9]。 实验材料 石蜡包埋的组织、细胞标本以及冰冻组织切片 三、代谢组学marker验证实验  气相色谱质谱联用(GC-MS):气相色谱法是利用不同物质在固定相和流动相中的分配系数不同,使不同化合物从色谱柱流出的时间不同,达到分离化合物的目的。质谱法是利用带电粒子在磁场或电场中的运动规律,按其质荷比(m/z)实现分离分析,测定离子质量及强度分布,可以给出化合物的分子量、元素组成、分子式和分子结构信息,具有定性专属性、灵敏性高级检测快速等特点。实验思路见参考文献[10]。 实验材料 小分子、易挥发、热稳定、能气化的化合物  液相色谱质谱联用(LC-MS):具有分析范围广、分离能力强、定性分析结果可靠、检测限低、分析时间快、自动化程度高。其是以液相色谱作为分离系统,质谱为检测系统。样品在质谱部分和流动相分离,被离子化后,经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开,经检测器得到质谱图。实验思路见参考文献[11]。 实验材料 不挥发、极性化、热不稳定及大分子(蛋白、多肽、多聚物等)四、转录组学marker验证实验 1. 表达量验证 qRT-PCR(见基因组学)和Northern blot。 Northern印迹杂交(Northern blot)是用于检测样品中是否含有基因的转录产物(mRNA)及对其进行定量。原理是在变性条件下将待检的RNA样品进行琼脂糖凝胶电泳,继而将在凝胶中的位置转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上,固定后再与同位素或其他标志物标记的RNA探针进行反应。应用的文献较少,实验思路见参考文献[12]。 实验 材料 总RNA样品或mRNA样本(RNA容易降解,需要注意保存方法及周期) 灵敏度:qRT-PCR>Northern blot,特异性:Nortern blot>qRT-PCR(上述已说明实验方案)。 2. RNA和蛋白质相互作用 RNA免疫沉淀(RIP):是将所关注的RNA结合蛋白(RBP)与其结合的RNA一起进行免疫沉淀,鉴定结合转录RNA。可以通过RT-PCR、微阵列或测序检测,是一种基于抗体,用于定位体内的RNA-蛋白质相互作用的技术。实验思路见参考文献[13]。 实验材料 细胞 RNA-pull down:是将RNA进行标记(如生物探针标记)再与胞浆蛋白提取液共同孵育,从而形成RNA-蛋白质复合物,通过SDS-PAGE分离蛋白质,最后通过Western blot或质谱检测蛋白质。用于寻找与目的RNA结合的蛋白。实验思路见参考文献[14]。 实验材料 细胞胞浆蛋白  此外还包括:甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)[13]。 今天的分享就到这里,由于各组学marker验证的方法繁多,本期主要分享常见的方案,期望大家对各组学marker的实验方法有一个简单的认识,基于各组学的后续机制相关探究,还需要加入如细胞功能学实验的细胞增殖、细胞迁移、侵袭、细胞凋亡实验以及动物模型等,这些机制探究的方法大多大同小异,相信大家在阅读相关的文献后很快会发现个中规律~ 最后祝大家SCI逢稿必中! 参考文献 1. Liu X, Wang J, Chen M, Liu S, Yu X, Wen F. Combining data from TCGA and GEO databases and reverse transcription quantitative PCR validation to identify gene prognostic markers in lung cancer. Onco Targets Ther. 2019;12:709‐720. Published 2019 Jan 21. doi:10.2147/OTT.S183944 2. Rodriguez, Rebecca M et al. “The landscape of bacterial presence in tumor and adjacent normal tissue across 9 major cancer types using TCGA exome sequencing.” Computational and structural biotechnology journal vol. 18 631-641. 13 Mar. 2020, doi:10.1016/j.csbj.2020.03.003 3. Zhou F, Liu X, Zuo D, et al. HIV-1 Nef-induced lncRNA AK006025 regulates CXCL9/10/11 cluster gene expression in astrocytes through interaction with CBP/P300. J Neuroinflammation. 2018;15(1):303. Published 2018 Oct 31. doi:10.1186/s12974-018-1343-x 4. Xie K, Zhang K, Kong J, et al. Cancer-testis gene PIWIL1 promotes cell proliferation, migration, and invasion in lung adenocarcinoma. Cancer Med. 2018;7(1):157‐166. doi:10.1002/cam4.1248 5. Hu H, Chen X, Zhou C, et al. Aberrant methylation of mutL homolog 1 is associated with increased risk of non-small cell lung cancer. J Clin Lab Anal. 2018;32(5):e22370. doi:10.1002/jcla.22370  6. Pangeni, Rajendra P et al. “The GALNT9, BNC1 and CCDC8 genes are frequently epigenetically dysregulated in breast tumours that metastasise to the brain.” Clinical epigenetics vol. 7,1 57. 27 May. 2015, doi:10.1186/s13148-015-0089-x 7. Han D, Yu T, Dong N, Wang B, Sun F, Jiang D. Napabucasin, a novel STAT3 inhibitor suppresses proliferation, invasion and stemness of glioblastoma cells. J Exp Clin Cancer Res. 2019;38(1):289. Published 2019 Jul 5. doi:10.1186/s13046-019-1289-6 8. Wang D, Yuan W, Wang Y, et al. Serum CCL20 combined with IL-17A as early diagnostic and prognostic biomarkers for human colorectal cancer. J Transl Med. 2019;17(1):253. Published 2019 Aug 6. doi:10.1186/s12967-019-2008-y 9. Liu L, Liu X, Dong Z, et al. N6-methyladenosine-related Genomic Targets are Altered in Breast Cancer Tissue and Associated with Poor Survival. J Cancer. 2019;10(22):5447‐5459. Published 2019 Aug 29. doi:10.7150/jca.35053 10. Chen H, Pan D, Yang Z, Li L. Integrated analysis and knockdown of RAB23 indicate the role of RAB23 in gastric adenocarcinoma. Ann Transl Med. 2019;7(23):745. doi:10.21037/atm.2019.11.130 11. Apaya MK, Shiau JY, Liao GS, et al. Integrated omics-based pathway analyses uncover CYP epoxygenase-associated networks as theranostic targets for metastatic triple negative breast cancer. J Exp Clin Cancer Res. 2019;38(1):187. Published 2019 May 9. doi:10.1186/s13046-019-1187-y 12. Wang XL, Shi WP, Shi HC, et al. Knockdown of TRIM65 inhibits lung cancer cell proliferation, migration and invasion: A therapeutic target in human lung cancer. Oncotarget. 2016;7(49):81527‐81540. doi:10.18632/oncotarget.13131 13. Chen Y, Peng C, Chen J, et al. WTAP facilitates progression of hepatocellular carcinoma via m6A-HuR-dependent epigenetic silencing of ETS1. Mol Cancer. 2019;18(1):127. Published 2019 Aug 22. doi:10.1186/s12943-019-1053-8 14. Liao M, Liao W, Xu N, et al. LncRNA EPB41L4A-AS1 regulates glycolysis and glutaminolysis by mediating nucleolar translocation of HDAC2. EBioMedicine. 2019;41:200‐213. doi:10.1016/j.ebiom.2019.01.035 15. 高通量测序后的实验验证手段——转录组篇(上)

细胞生物学Q1区。期刊接收的Original Article、Protocol和Review领域包括:细胞生物学、转录基因组学、蛋白质和代谢组学、信号转导、生物组学、干细胞等几乎所有与细胞相关的研究领域。

基因组学投稿期刊

《基因组学与应用生物学》中国科技核心期刊、中国科学引文数据库来源期刊、《中文核心期刊要目总览》核心期刊及中国期刊方阵“双效”期刊、广西高校优秀学报。广西大学主管、主办。聘请李宁院士为主编;罗达博士、研究员为副主编;方宣钧、朱玉贤博士为执行主编以及 26名国内知名专家教授组成的编委会。实现优质管理,严把政治和学术质量关。《广西农业生物科学》由广西大学主管和主办, 是原广西农业大学主办的 《广西农业大学学报》变更而来, 创刊于 1982 年, 季刊, 国内外公开发行。二十一世纪, 基因组学已成为生物科学领域中的理论与技术的核心平台, 为了适应基于基因组时代的现代生物科学的发展, 经国家新闻出版总署批准, 从 2009 年开始, 《广西农业生物科学》更名为《基因组学与应用生物学》(《Genomics and Applied Biology》) 。更名后的期刊仍由广西大学主管和主办, 公开发行, 双月刊, 双月 28 日出版。由中国科学院院士及美国国家科学院外籍院士张启发博士任主编, 北京大学教授朱玉贤博士和海南省热带农业资源研究所所长方宣钧博士任执行主编。《基因组学与应用生物学》将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学、生物信息学等基础学科领域, 着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境与生态科学以及生物学实验技术与方法等应用生物学领域的最新研究进展和成果。将开设综述与专论、研究论文、新技术新基因新种质等栏目。《基因组学与应用生物学》承载着《广西农业生物科学》的悠久历史与荣誉, 进一步开拓奋进,为现代生命科学和应用生物学的研究与发展提供学术交流的平台, 使之成为中国科学家走向世界的桥梁。《广西农业生物科学》自创刊以来, 得到各级领导、国内外学术单位以及广大科研人员的支持和厚爱,受到来自全国30多个省、市、自治区及国外的科研院所、大专院校的两千多名作者的支持与厚爱,刊发了研究论文、研究报告、评述与展望等类型的科研论文共400余篇,内容涵盖基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学、生物信息学以及应用生物学等基础学科与应用学科。 值此更名之际, 我们向支持和厚爱本刊的科研院所、大专院校及广大科技工作者表示衷心的感谢! 更名后, 我们将不辜负大家的信任和期望, 以十分鲜明的特色, 为广大的科学家服务。

据我所知这个杂志是北大核心期刊,审稿时间一般为一两个月,该杂志接受邮箱投稿,如果没录用会邮件通知的。附图为这个杂志知网版权页照片,有投稿邮箱和联系方式。

转录组学sci期刊投稿

这种情况我遇到过,那位编辑是个大好人。当时也显示review了,不过应该是内审,一周后拒稿的。拒稿信里说明了他们期刊不收录我这个方向的文章,但是他觉得sci论文本身挺好的就是存在一些语法上的瑕疵,于是帮我从编辑的角度手工润色了一遍附在拒稿信里,建议我去投另外一个期刊

SCI投稿流程大致分为6步,选题、写作、选定期刊、投稿、文章审核、论文接收。1.课题选定课题的选择是很难的一件事,需要考虑的因素很多,但万事总是开头难。确定了所研究的课题,那么接下来的实验、文献的参考、论文写作、投稿起码就有了方向。不过切记,选题前多查看文献、避免重复、避免不够创新,是否具有可行性等问题都要着重考虑。2.论文写作论文的写作可放在实验前面也可放在后面,有的人就会先做完实验,然后把实验结果放在论文前面,再把方法、解决方案、可行性问题等论述逐一套进去;又或者你可以选择先写好整篇论文,框架出来了,再把实验结果等套进去,再进行结果讨论。论文写作时一定要集中时间写,在写作时不一定非要从Abstract写到Acknowledgement;你可以最后写方法与致谢,但是摘要一定字斟句酌,摘要是一篇文章的高度概括。大家在搜集信息时一般看看文章的摘要就知道这篇文章是否适合自己去阅读,文章的摘要需全面体现开展该项研究的意义的深度概括。值得一提的就是审稿员就算再没时间去仔细看你整篇论文,都会用心去看你的摘要,所以摘要的重要性你懂得了!3.选定期刊要定位好你的论文所研究的范围是在哪个领域,稿件定位后,就开始选择期刊了。推荐大家每人拥有近3-5年的影响因子表格。一般期刊的影响因子的变动不大,在Excel表格内将采用IF升序或降序的方法排列。还可以看看你所参考过的文献都是发表在哪些期刊,那也是可以考虑的。4.在线投稿现在Elsevier、Springer、Wiley这些数据库等均采用在线投稿的模式,所以投稿者需对投稿系统有所了解。一般在投稿时会需要写作Cover Letter,这个需要事先写好,到时候复制、粘贴就可以了。5.文章审理一般情况下,投稿一周内会收到期刊编辑的邮件,会告知你的稿件已经给了审稿人。文章审理工作就此开始了。审稿人对你的论文进行评述,然后将意见反馈给期刊编辑,后者将意见反馈给你。稿件派给审稿人到审稿人给出回复时间(也就是编辑给你回复的时间)差不多在25天左右。大修与小修给的时间分别不同,大修的时间有时候跟稿件派给审稿人到审稿人给出回复时间相同,小修时间会短一些。6.论文接收接下来就是论文接收后的工作了,那就是移交版权(你将出版权出让给期刊)。这时候官方的互动就不是你的事儿了,导师会跟那边交流。需要你的他自然会去找你。版权出让,拿到接收函后过一阵子期刊排版,会给你一份稿件让你校对,看是否有错误;没错误那里就准备发表了,之后你就等着期刊在线刊登吧。

在自然界中,植物不断受到不利的非生物环境条件的挑战,例如干旱、高温、寒冷、营养缺乏以及土壤中过量的盐分或有毒金属。这些非生物胁迫限制了全球对耕地的利用,并对作物生产力产生了负面影响。因此,了解植物如何感知胁迫信号并适应不利的环境条件对于全球粮食安全至关重要。

转录组在非生物胁迫研究中运用十分普遍,虽然不同的胁迫机制存在差异,但运用转录组技术进行研究的思路普遍相似, 关键在于探究抗性差异的调控机制 。

文章题目: Transcriptional profiling reveals changes in gene regulation and signaling transduction pathways during temperature stress in wucai (Brassica campestris L.)

发表刊物: BMC Genomics

发表时间: 2021年9月

研究内容: 研究通过设立低温(LT)、高温(HT)和对照组,探究五彩油菜对温度的响应机制。

结果: (1)根据转录组学研究, 与对照组相比,HT和LT中差异表达基因的数量 分别为10702和7267。 (2)为了进一步研究五彩油菜对温度反应的关键基因。对差异基因进行GO和KEGG注释,结果表明 光合作用和光合作用天线蛋白途径在五彩油菜温度响应机制中十分重要 。而且进一步发现, 高温缓解极大地限制了光合作用途径中重要基因的表达,而低温会导致此途径某些关键基因表达上升。 综上,五彩幼苗在低温条件下表现出比高温调节更好的光合性能。

根据上述结果,研究推测在低温胁迫下,植物通过上调光合作用基因的表达从而得到更高的耐冷性。相反高温胁迫则抑制了关键基因的表达,削弱了植物的自我调节能力。

文章题目: Variety-specific transcript accumulation during reproductive stage in drought stressed rice

发表刊物: Physiol Plant

发表时间: 2021年10月

研究内容: 对进行干旱处理的N22(耐旱)和IR64(干旱敏感)植物抽穗阶段组织(叶、花和根)进行转录组测序并比较分析。

结果: (1) 发现N22的差异表达基因数量几乎是IR64的 两倍 。许多差异表达基因与 干旱相关的QTL中定位 。 这些QTL参与谷物的产量与耐旱性,也与耐旱性和关键的干旱相关植物性状有关。 (2) 差异基因的共表达分析 揭示了几个已知参与干旱胁迫的关键基因。 同时发现1366个差异基因在相似的干旱条件下,在两个水稻品种中表现出完全相反的调控模式 。 (3)这些 品种特异性差异基因 与1300多个基因发现相互作用。其中包括32个与其他品种特异性差异基因存在相互作用的基因。这些基因的 启动子区域 在两个水稻品种间也 存在序列差异 。这表明了转录调控差异对于植物发展耐旱性的重要性。 基于序列的变异(启动子)可以部分解释独特的品种特异性转录行为。

文章题目: Transcriptional Changes in the Developing Rice Seeds Under Salt Stress Suggest Targets for Manipulating Seed Quality

发表刊物: Front Plant Sci

发表时间: 2021年12月

研究内容: 文章探究了盐胁迫下水稻种子质量的变化,与普通土地种植相比,在盐富集区域种植的粳稻Samgwang的种子中钠、镁、钾等矿物质积累大大增加,产量降低,抽穗延迟,粒重下降。因此,研究使用RNA-seq技术对 在高盐土地和正常土地生长的发育中的种子进行了转录组分析。

结果: (1) GO富集分析 表明,上调基因与氨基酸、木质素、多糖和几丁质等生物分子的代谢以及应激反应密切相关。 (2)通过对 代谢通路分析 ,上调基因参与脱落酸和褪黑激素的生物合成途径以及海藻糖、棉子糖和麦芽糖与生态胁迫的关系。 (3)在盐胁迫下发育中的种子上调的 转录因子 包括bHLH、MYB和热休克蛋白等

这些可以做为盐胁迫下种子质量调控的潜在目标。研究目的在为阐明盐胁迫下种子响应机制与种子质量下降之间的关系提供有用的参考,为盐胁迫下种子质量的改善提供潜在策略。

文章题目: Physiological and transcriptomic analyses reveal novel insights into the cultivar-specic response to alkaline stress in alfalfa (MedicagosativaL.)

发表刊物: Ecotox Environ Safe

发表时间: 2021年11月

研究内容: 研究使用了 对碱性条件具有不同敏感性的两种紫花苜蓿品种 进行了生理和转录组学分析。碱敏品种Algonquin(AG)经碱处理后叶绿素含量和地上部鲜重急剧下降,而耐碱品种Gongnong No.1(GN)保持相对稳定的生长和叶绿素内容。

结果: (1) 生理分析 表明,与AG相比,GN的Ca/Mg离子含量较高;碱性条件下ca/Mg/Na离子、脯氨酸和可溶性糖的比值以及过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)的活性降低。 (2) 转录组学分析确定两个品种之间的三类碱反应差异表达基因 ;48个基因在两个品种(CAR)中 普遍诱导 ,574个基因 来自耐受品种(TAR) ,493个基因 来自敏感品种(SAR) 。 (3) GO和KEGG分析表明 ,CAR基因主要参与苯丙烷类生物合成、脂质代谢以及DNA复制和修复;TAR基因在代谢途径、次生代谢物的合成、MAPK信号通路、黄酮类和氨基酸的生物合成富集;SAR基因特别富含维生素B6代谢。

本研究为苜蓿耐碱机制研究提供了新见解。

为了承受环境胁迫,植物进化出相互关联的调节途径,使它们能够及时响应和适应环境。非生物胁迫条件影响植物生理学的许多方面并引起细胞过程的广泛变化。而对非生物胁迫后植物抗性机制的的研究则对后续育种等具有巨大意义。对于胁迫研究往往以构建“逆境”环境,寻找“差异性状”,探究“差异变化”的形式进行,通常结合生理试验,以生理指标差异为源头进行植物抗逆研究,再运用转录组技术,在转录调控层面寻找抗逆的关键节点或基因再进行后续研究。

参考文献:

1.Yuan, Lingyun et al. “Transcriptional profiling reveals changes in gene regulation and signaling transduction pathways during temperature stress in wucai (Brassica campestris L.).” *BMC genomics *vol. 22,1 687. 22 Sep. 2021, doi:10.1186/s12864-021-07981-9

2.Gour, Pratibha et al. “Variety-specific transcript accumulation during reproductive stage in drought-stressed rice.” Physiologia plantarum , 10.1111/ppl.13585. 15 Oct. 2021, doi:10.1111/ppl.13585

3.Lee, Choonseok et al. “Transcriptional Changes in the Developing Rice Seeds Under Salt Stress Suggest Targets for Manipulating Seed Quality.” Frontiers in plant science vol. 12 748273. 8 Nov. 2021, doi:10.3389/fpls.2021.748273

4.Wei, Tian-Jiao et al. “Physiological and transcriptomic analyses reveal novel insights into the cultivar-specific response to alkaline stress in alfalfa (Medicago sativa L.).” Ecotoxicology and environmental safety , vol. 228 113017. 22 Nov. 2021, doi:10.1016/j.ecoenv.2021.113017

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