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2000年：1. 何光华、裴炎、杨光伟、谢戎．2000．我国中籼杂交稻亲本的DNA变异性研究．作物学报，26（4）：449-4542. 何光华、裴炎、杨光伟、唐梅、谢戎、侯磊、杨正林、李永洪．2000．野败型杂交稻恢复基因的AFLP标记研究．遗传学报，27（4）：304-3103. 何光华、唐梅、裴炎、杨光伟、郑家奎、候磊．2000．汕优63杂合性的RAPD和AFLP分析．中国水稻科学，14（3）：177-1784. 何光华、朱发云、裴炎、杨光伟、谢戎、杨正林、李永洪．2000．利用极大似然法分析恢复基因的遗传．西南农业学报，13（2）：14-185. 唐梅、裴炎、何光华．2000．四川省主要保持系的随机扩增多态性研究．西南农业学报，13（1）：12-166. 侯磊、杨光伟、何光华、唐彬、肖月华、裴炎．2000．水稻雄性不育系珍汕97A及其保持系叶绿体的AFLP分析．植物学报，42(6)：591-5947. 谢戎、余金洪、何光华、杨正林、骆强．2000．籼型光敏不育系1103S的春繁技术研究．湖北农学院学报，20（2）：100-1038. 谢戎、余金洪、何光华、吴丽君．2000．旱育秧在光温敏不育系1103S就地春繁中的应用效果．杂交水稻，15（4）：10-119. 谢戎、何光华、杨正林、王贵雄、金良．2000．INGER观察圃稻种资源在泸州的观察与利用．绵阳经济技术高等专科学校学报，17（1）：6-810. 唐梅、周仕春、何光华、裴炎．2000．水稻杂种优势利用的现状、问题与对策．乐山师范学院学报，（3）：51-532001年：1. 李永洪、何光华、谢戎、杨正林、王洪明．2001．水稻早恢402体细胞培养初步研究．西南农业大学学报，23（2）：134-1352. 唐梅、何光华、裴炎、杨光伟．2001．DNA分子标记在作物杂种优势研究中的应用．杂交水稻，16（6）：1-53. 谢戎、邵继荣、孙敬三、何光华、弓加文．2001．水稻温敏叶片间断失绿过程中的氨基酸组分变化．乐山师范学院学报，(4) ：28-304. 李永洪、李天炬、谢戎、何光华、杨正林．2001．两系杂交稻泸光2S/130的干物质生产特性研究．绵阳经济技术高等专科学校学报，18（1）：1-35. 谢戎、金良、李永洪、何光华、杨正林．2001．黑紫稻资源农艺性状的因子分析．绵阳经济技术高等专科学校学报，（4）2002年：1. 何光华、侯磊，李德谋，罗小英，牛国清，唐梅，裴炎．2002．利用分子标记预测杂交水稻产量及其构成因素．遗传学报，29（5）：438-4442. 何光华，王文明，刘国庆，侯 磊，肖月华，唐 梅，杨正林，裴 炎．2002．利用SSR标记定位明恢63的2对恢复基因．遗传学报，29（9）：798~8023. 唐梅、何光华、裴炎．2002．中籼杂交水稻亲本多态性的AFLP分析．遗传，24（4）：439-4414. 谢戎、何光华、黄富、李耘、吴丽君、李永红．2002．水稻体细胞无性系粒形指标因子分析．湖北农学院学报，22（6）：481-4855. 唐梅、何光华、裴炎、杨光伟．2002．中籼杂交稻遗传多样性的RAPD分析．西南农业学报，（3）6. 谢戎、李永红、何光华、杨正林．2002．水稻早恢402体培后代及测交F1主要性状的变异分布．广西农业生物科学，21（4）：234-2377. 谢戎、何光华、等．2002．水稻早熟恢复系体细胞无性系测交F1聚类分析．西南农业大学学报，24（5）：393-3952003年：1. Guanghua He、Lei Hou、Yuehua Xiao、Xiaoying Luo、Guoqing Niu、Guangwei Yang、Yan Pei．2003．A Common Sequence Difference between Cytoplasmic Male Sterile Lines And Their Maintainer Lines Existing in Rice (Oryza sativa L) Chloroplast tRNA-Leu Gene Region．Euphytica，131（3）：269-2742. 桑贤春、何光华*、张毅、杨正林、裴炎．2003．水稻PCR扩增模板的快速简易制备．遗传，25（6）：705-7073. 谢戎、何光华、黄富、吴丽君、李永红、金良．2003．水稻早恢402体培株系产量与种子及米质性状的典型相关．西南农业学报，16（3）：18-212004年：1. 谢戎、李耘、何光华*、黄富、杨正林、张毅、吴丽君．2004．杂交水稻干物质累积的基因型差异．西南农业大学学报，26（4）：379-3822. 李耘、谢戎、何光华*、黄富、杨正林、张毅、吴丽君．2004．杂交水稻不同生育期各器官干物质累积的遗传效应．西南农业大学学报，26（5）：538-5423. 张毅、杨光伟*、何光华*、沈福成、张正圣、杨正林．2004．水稻芽鞘紫线抑制与反抑制的遗传分析及反抑制基因的SSR定位．遗传学报，31（8）：830-8354. 张毅、何光华*、杨光伟*、向娟、沈福成、杨正林．2004．水稻长穗颈性状的一种新 的遗传行为的发现与分析．中国水稻科学，18（3）：213-2175. 罗洪发、钟秉强、杨正林、李云锋、何光华*．2004．水稻花粉管通道法导入高粱DNA的分子验证．分子植物育种，2（4）：501-5056. 李云峰、罗洪发、杨正林、钟秉强、何光华*．2004．水稻雄蕊雌蕊化突变体的遗传分析．中国水稻科学，18（6）：499-5027. 钟秉强、杨正林、何光华*．2004．33份美国稻品种的恢复和保持能力分析．西南农业大学学报，26（5）：554-5558. 李云峰、钟秉强、杨正林、何光华*．2004．中国稻与美国稻的SSR标记多态性分析．分子植物育种，2（6）：801-8069. 陶澜、程艳军、谢戎、何光华、杨正林、张毅．2004．水稻穗颈维管束及其相关性状的遗传效应分析．中国农业科学，37（12）：1932-19372005年：1. 钟秉强、杨正林、冉启亮、何光华*．2005．美国水稻品种农艺性状和品质性状的温度钝感特性研究．中国农学通报，21（2）：118-1212. 罗洪发、杨正林、钟秉强、李云锋、何光华*．2005．外源DNA导入水稻稳定后代SSR分子水平上的分类．中国农学通报，21（7）：28-303. 张毅、沈福成、杨正林、谢戎、钟秉强、谭自俊，何光华*．2005．水稻籽粒簇生材料Z1820簇生性的遗传分析．中国农学通报，21（7）：64-654. 肖向文、李平、杨正林、钟秉强、侯磊、李德谋，何光华*．2005．5个骨干籼型恢复系再生能力的比较研究．西南农业大学学报，27（3）：378-3812006年：1. Luo Hongfa，Li Yunfeng，Yang Zhenglin，Zhong Bingqiang，Xie Rong，Ren Maozhi，Luo Da，He Guanghua*．2006．Mapping of a pistilloid-stamen (PS) gene on the short arm of chromosome 1 in rice．Genome，49（8）：1016-10222. Sang Xianchun，Yang Zhenglin，Zhong Bingqiang，Li Yunfeng，Hou Lei，Pei Yan，Li Guanrong & He Guanghua* ．2006．Assessment of Purity of Rice CMS Lines Using cpDNA Marker．Euphytica，152(2):177-1833. Feng Li，Ren Maozhi*，Luo Da，Luo Hongfa，He Guanghua* ．2006．Isolation of full-length cDNA and promoter of target gene from plant by rapid identification of transcriptional initiation site (RITIS)．Molecular Plant Breeding ，4（1）：23-284. 张毅，李云峰，谢戎，杨正林，钟秉强，沈福成，谭自俊，何光华*．2006．水稻小穗簇生性近等基因系的构建及其近等性评价．作物学报，32（3）：397-4012007年：1. Xianchun Sang, Zhenglin Yang, Bingqiang Zhong, Lei Hou, Demou Li, Yan Pei, Guanghua He *．2007．Using cpDNA and SSR combinations to identify seed purity of rice sporophytic cytoplasmic male sterile lines．Rice Genetics Newsletter，23:29-322. 查仁明，杨正林，赵芳明，钟秉强，彭涛，谢戎，何光华*．2007．不同时期水稻主要恢复系、不育系的遗传差异变化研究．作物学报，33(4):573-5783. 王秋实，何光华*．2007．水稻抗稻瘟病遗传资源与野败型骨干恢复系间的遗传差异研究．分子植物育种，5(1):74-784. 王楠，赵芳明，凌英华，钟秉强，杨正林，李云峰，杨国华，何光华*．2007．一个水稻披叶突变体的遗传分析和基因定位．分子植物育种，5(1):54-582012年：桑贤春副教授和李云峰副教授的“一个禾本科特异的MADS-box基因CFO1调控水稻花器官特征，CHIMERIC FLORAL ORGANS 1, Encoding a Monocot-specific MADS-box Protein, Regulates Floral Organ Identity in Rice”论文发表在《Plant physiology》（if=6.5，2011）（2012，160（2）：788-807），论文的通讯作者为何光华教授。博士生方立魁和赵芳明副教授的“一个2OG-Fe (II) 加氧酶基因RL14，通过影响次生壁的合成调控水稻叶片的卷曲，Rolling-leaf14 is a 2OG-Fe (II) oxygenase family protein that modulates rice leaf rolling by affecting secondary cell wall formation in leaves” 论文发表在《Plant Biotechnology Journal》（if=5.4，2011）（2012，10：524-532），论文的通讯作者为何光华教授。