癌症作为疾病皇冠上最璀璨的明珠，以其不可治愈和高死亡率的特性让人们往往谈之色变。随着近年患癌症人数的持续走高，几乎每个人都能听到身边的某某某得癌症了，尤其最近引发热议的“魏则西事件”也让大家越发关注。突然发觉，我作为一名在高中大学系统学习过生物课程的90后大学生，尚且对癌症这件事懵懵懂懂，那些癌症真正高发的高龄群体，那些叔叔阿姨爷爷奶奶怎们能保证自己不呢？这真是一件让人恐慌的事情。直到我看了一本医学科普书《癌症真相·医生也在看》，才第一次对癌症有了一个系统准确的了解。此书作者是清华大学生物系本科、美国杜克大学癌症生物学博士、跨国顶尖制药公司癌症新药开发部资深研究员。 这篇其实算是我的读书笔记，共计5000字，内容全部来源于对这本科普书的总结整理，最主要的目的是强烈建议每一个家庭都能买一本《癌症真相》仔细阅读！！！只有学习才能了解，了解才能避免因为恐慌而造成的愚蠢。 1、关于“大螃蟹病”——癌症的一些小知识。 2、癌症的治疗手段——“化疗”、“放疗”是什么？ 3、抗癌药物的三次革命（介绍魏则西如何无效治疗）。 4、抗癌技术前沿进展与科学家精神。 5、癌症疫苗与癌症的检查检验。 6、癌症第一杀手——肺癌的全面介绍。 7、乳腺癌与女明星。 8、书籍作者和他的公众号。 导致癌症最重要的因素不是基因、污染、饮食，而是年龄！癌症发病率从40岁开始就是指数增长。因此，随着人类平均寿命的增加，得癌的几率越来越高是必然的，无论如何控制环境污染、食品安全都无法逆转。 癌症致死有时候并不是某一个器官衰竭造成的，而是由于系统性衰竭。有很多癌症，由于目前还不清楚的原因，会导致患者体重迅速下降，肌肉和脂肪都迅速丢失，这个现象叫做“恶病质”，出现“恶病质”的患者很快会出现系统性衰竭而死亡。 一、癌症是“内源性疾病”。癌细胞来源于患者本身，是患者身体的一部分，想要消灭它们注定“杀敌一千自损几百”。 二、癌症不是单一疾病。世界上没有两个完全相同的癌症，以肺癌举例，肺癌患者平均突变数接近5000个，这意味着每个人的突变组合都不同。 三、癌症可以很快产生抗药性。生物进化是一把双刃剑，临床实验中发现，很多癌细胞在治疗几个月之后就产生了新的突变来帮助癌症生长。 儿童得癌症主要有两种原因：一、父母的卵子和精子有基因突变；二、母亲怀孕过程中出现了基因突变。 除去本身的遗传因素，卵子中出现新基因突变的概率在35-40岁以后会指数级提高，多一岁就多一倍风险，所以建议大家尽量在35岁以前生宝宝。 脐带血和骨髓一样含有大量造血干细胞，但是除非家里已有患者，否则建议大家把脐带血捐给公共脐带血库，而不要花大价钱寄存在私人脐带血库。一是由于脐带血保存这个生意几乎暴利到空手套白狼的程度，公司是否真的为你保存难以判断；二是由于“移植物抗肿瘤效应”，使用自身脐带血治愈白血病成功率极低。 所以请新生儿父母把宝宝的脐带血捐献给公共血库，公共血库血资源的丰富造福的是社会中的每一个人。 工具：化学药物 作用：杀死快速生长的细胞 原理：众所周知癌症细胞都生长的非常快，传统化疗药物能够杀死快速生长的细胞，对癌症细胞当然很有用，但是很可以，我们身体中有很多正常细胞也是在快速生长的。 例如头皮下的毛囊细胞，所以化疗患者头发会掉光；例如造血干细胞，所以化疗患者的免疫系统会非常弱，极容易感染；例如消化道上皮细胞，所以化疗患者会严重拉肚子、没有食欲。 工具：高能量射线（辐射、高能量粒子） 作用：直接打击杀死癌症细胞 原理：放疗的本质是一团高能粒子直接轰击肿瘤细胞，直接破坏细胞的DNA，或者通过电击产生自由基，从而造成肿瘤细胞的死亡，但是这样的攻击对癌症细胞和正常细胞是无差别的。幸运的是，肿瘤细胞对DNA破坏通常更加敏感，一方面细胞生长越快对DNA破坏就越敏感，另一方面肿瘤细胞由于DNA突变，DNA修复能力通常没有正常细胞强。 分类：放疗有两种，常用的X线和伽马射线，以及质子和重离子。相比较没有质量的X线和伽马射线而言，质子和重离子要重很多，在照射到人体上时，沿途只释放很少的能量，只有在最后到达肿瘤时才把能量一下子释放出来，这在物理上叫做“布拉格峰”，对人体正常细胞的损害小了很多。 虽然质子（或重离子）更准、更快、更健康，但是也更贵！非常贵！因为粒子的重量更大，把它加速到能打击肿瘤细胞的速度的加速器以及各种设施要贵上几个数量级。 第一次是1940年后开始出现的细胞毒性化疗药物，现在绝大多数临床使用的化疗药物都属于这一类。它们的统一作用都是杀死快速分裂的细胞，这类化疗药物的死穴在于它们无法区分癌症细胞和正常细胞，容易产生严重的副作用，因此必须严格控制剂量。 举个例子，砒霜，这个著名的古代毒药现在有了个洋名字：Trisenox，变成了治疗白血病的临床药。 抗癌药物的第二次革命是从20世纪90年代开始研究，2000年后开始使用的“靶向治疗”。因为研究发现很多致癌基因在正常细胞里根本不存在，所以这使特异性杀死癌症细胞而不伤害正常细胞成为了可能。 2001年上市的用于治疗某种突变慢性白血病的格列维克使得该病患者5年存活率从30%上升到了89%！目前药厂研发的多数新药都是靶向治疗药物。 这两年抗癌研究中最令人振奋的消息是“癌症免疫疗法”在临床上的成功，“免疫疗法”被各大顶级学术杂志评为2013年最佳科学突破！因为人们长期以来尝试激活患者自身免疫系统来治疗癌症的努力终于取得了成功！免疫疗法的靶点是正常免疫细胞，目标是激活人类自身的免疫系统来治疗癌症。 2013年施贵宝的Opdivo和默沙东的Keytruda横空出世，对于癌症已经转移且所有已有治疗方案都失效的黑色素癌晚期患者，两个药物让60%以上的患者肿瘤减少乃至消失了超过两年！要知道这些患者平时的生存时间只能以周计算。 魏则西身患滑膜肉瘤，魏则西在百度搜索疾病信息，第一条结果是某武警医院(武警北京总队第二医院)的所谓「生物免疫疗法」，看着魏则西的各种报告单，该院李主任对魏则西父母说：保二十年没问题。该医院采取的即是“CIK-DC细胞疗法”。 1、国内目前广泛使用的“免疫疗法”（主要是CIK-DC细胞疗法）和最近临床上证明有效的“免疫疗法”不是一种东西； 2、“CIK-DC免疫疗法”是在炒欧美十多年前的冷饭，这种疗法在欧美临床实验失败，已经被淘汰了。 3、国内名目繁多的“免疫疗法”没有任何一种经过严格的临床测试，目前登记在案的然在进行CIK相关的临床实验只有35个，几乎全部在中国！ 两个原因：一是靶向性不明；二是癌症的免疫机制。CIK疗法的本质都是向患者体内输入大量免疫细胞，“靶向性不明”就像是我们装修房子，请来100个工人99个都是专业技校毕业开挖掘机的，水平高，但是没用！“免疫抑制”是指突然一个进化成癌细胞的细胞，它能很好的伪装自己，告诉免疫系统：“别开枪！自己人！”这样的癌细胞逃脱了免疫监控，才能形成癌症。 CAR-T即嵌合抗原受体T细胞免疫疗法，和其他免疫疗法类似，基本原理也是利用患者自身的免疫细胞来清除癌细胞，但是不同的是这是一种疗法而不是一种药。 CAR-T治疗简单分为五步： 1、从癌患者自己身上分离免疫T细胞； 2、利用基因工程技术给T细胞加入一个能识别肿瘤细胞并且同时激活T细胞杀死肿瘤细胞的嵌合抗体； 3、体外培养大量扩增CAR-T细胞，一般一个患者需要几十上百亿个CAR-T细胞； 4、把扩增好的CAR-T细胞输回患者体内； 5、严密监护患者，尤其是控制前几天身体的剧烈反应——“细胞因子风暴”。CAR-T杀死癌细胞实在是太快太有效了，会瞬间在局部产生释放超大量的细胞因子，引起惊人的免疫反应，临床反应为高烧不退，控制不好可能会有生命危险。 最早接受CAR-T治疗的是30位白血病患者，他们已经尝试了各种可能的治疗办法，其中15位甚至都进行了骨髓移植，但是不幸都失败了，通常他们的生存时间不会超过半年。接受治疗后有27名患者的癌细胞完全消失！20位患者在半年后复查，体内依然没有发现任何癌细胞！ 抗癌药物对脑瘤效果普遍不好，是因为绝大所数药物通过不了“血脑屏障”。这个病毒疗法是真正意义上大“脑洞大开”，简单说就是给患者手术往肿瘤里插一根空心管子，然后把特制的病毒通过管子慢慢滴进去。 Gromeier教授选择了经过特制的骨髓灰质炎病毒，特制后的病毒只攻击癌症细胞而不会伤害正常细胞。 第一位接受这个治疗的女孩已经活了超过三年，而且身体里的癌细胞已经完全消失。 Gromeier教授研究不伤害正常细胞的特制病毒花了一些时间，这个时间是多久呢？十五年！从他开始做这个病毒，到我们现在看到结果，他一共花了25年！期间由于安全问题，被迫做了长达7年的动物安全试验。在这些年中，他申请不到太多经费，发不了太惊人的文章，在杜克大学也只是带着很小的团队在很小的实验室里面慢慢的做。 这里必须要给他点赞：科学家精神，耐得住寂寞，厚积薄发！ 疫苗之所以有效，是因为它利用的是人体免疫细胞的记忆功能，人通常情况下不会被同一种病毒或者细菌击倒两次。 由于每个癌症都不一样，所以可以肯定地说不会有“广谱癌症疫苗”，也就是说不会有一种疫苗能预防所有癌症。现在美国有三种上市的癌症疫苗，分为“预防性疫苗”和“治疗性疫苗”两种。2个“预防性疫苗”分别是预防肝癌的乙肝病毒疫苗（80%的原发性肝癌由乙肝病毒导致）和预防宫颈癌的人乳头瘤病毒疫苗（几乎100%的宫颈癌都是由人乳头瘤病毒导致的）。这两个疫苗很有效，但是严格来说都应该算是病毒疫苗。第3个疫苗是针对前列腺癌的“治疗性疫苗”，但是效果实在有限，生产它的公司最近刚宣布破产。 有效的防癌体检目前分为两大类，有些针对大众，而更多只针对“高危人群”。目前主要推荐的检查项目： 乳腺癌：女性，40岁开始，每年乳房X线筛查。 宫颈癌：女性，20岁以后开始，3-5年一次宫颈刮片或HPV筛查。 结/直肠癌：男性和女性，50岁开始，每年一次粪潜血检查，每十年做一次结肠镜检查。 肝癌：有酗酒史、乙肝或丙肝病毒携带者，应该每半年进行一次甲胎蛋白（AFP）和腹部超声波检查； 胃癌：有胃溃疡、幽门螺杆菌感染或家族胃癌史的，应该在40岁以后进行定期胃镜或其他检查； 肺癌：吸烟者或者戒烟不超过15年者，应该在55岁以后每年进行低剂量螺旋CT扫描。 90%的肺癌患者都与吸烟有关，男性吸烟患肺癌的几率是不吸烟者的23倍，女性是13倍。 第一，吸烟者的肺癌基因紊乱程度远远超过不吸烟者。最近的一篇研究论文第一次系统的对比了吸烟和不吸烟肺癌的DNA，发现了令人震惊的结论：虽然癌症表面看起来相似，但吸烟者肺癌中基因突变的数目是不吸烟者的10倍还多！ 第二，吸烟和不吸烟者肺癌的基因突变种类不同。每个癌症都有几十到几千个突变，但通常都有一个主要突变对癌症的生长起到至关重要的作用，我们称之为“驱动突变”或“司机突变”。 肺癌中最常见的“驱动突变”有三个：KRAS、EGFR和ALK，吸烟者肺癌中主要是KRAS突变，而不吸烟者肺癌则主要是EGFR和ALK突变。 针对不吸烟肺癌EGFR和ALK突变的靶向药上图已经说明了，但是并没有针对KRAS突变的特效药。因此使用EGFR和ALK突变靶向药的肺癌患者生活质量和存活率都远超KRAS突变的肺癌患者。 给吸烟肺癌患者的礼物 2015年施贵宝推出了针对鳞状肺癌的免疫疗法药物，目前证明有效的新型癌症免疫疗法有两大类： 药物疗法， 主要是“免疫检验点抑制剂”，比如现在如日中天的Opdivo和Keytruda； 细胞和基因疗法， 比如CAR-T。 Opdivo这个成功的临床实验不是针对所有肺癌，而是一种特定的亚型，晚期鳞状非小细胞肺癌，而这种亚型最大的特点就是和吸烟密切相关。对于免疫疗法来说，对吸烟患者的效果并不比不吸烟的差，甚至更好。 最近两位女明星和乳腺癌的新闻造成了很大的舆论影响。一位是由于乳腺癌转移去世的著名歌手姚贝娜，另一位是在38岁事业顶峰时主动切除了双乳和卵巢的著名影星安吉丽娜·朱莉。 ER/PR基数受体阳性乳腺癌 ， 在乳腺癌中占60%-70%是最常见的一类，而且也是发展最缓慢的一种亚型。最常用的药物是抗雌激素（他莫昔芬）或芳香化酶抑制剂，内分泌治疗一般需要持续5-10年，这类患者的治愈率很高，而且是乳腺癌中的大多数。 HER2阳性乳腺癌 ， 这类大概占20%，比上一种生长更快也更容易转移。过去10年有好几个新型靶向药专门用于治疗此类癌症，其中包括大名鼎鼎的第一代HER2靶向药曲妥珠单抗（赫赛汀）和第二代HER2靶向药帕妥珠单抗等，效果都很好。 三阴性乳腺癌 ， 这一类乳腺癌最少见大概只占10%，但这是最让人头痛的一类。一方面它激素受体或HER2都是阴性，所以内分泌治疗和新的HER2靶向药对它几乎无效，目前只能用普通的化疗药物；另一方面它又是乳腺癌中最恶性的一种，发展迅速容易转移和复发。姚贝娜有很大可能就是患了这一类乳腺癌。 对于三阴性乳腺癌近年来总算有了一些进展，研究者发现年轻三阴乳腺癌患者很多都有BRCA1或者BRCA2基因突变。BRCA1突变可以遗传，因此如果家族中有多位女性年轻时（小于45岁）就得了乳腺癌和卵巢癌，那就要引起注意。安吉丽娜·朱莉就是通过基因检测确定遗传了家族中BRCA1突变基因，统计数据预测朱莉70岁之前患乳腺癌和卵巢癌的几率超过50%，所以才决定通过决定手术防癌。 八、关于书籍作者 一直很想吐槽书名看起来俗得很，但是真的是一本100+666分的科普书！！！作者语言精炼幽默，对癌症整个相关系统知识有着非常完整且易懂的讲解，全书有80处专业文献引用。 更多更详细的内容请去读这本书吧！！！还有关于坊间传言的辟谣、新闻里癌症故事的解读、如何去美国看病的相关内容。 几位清华毕业生还发起了一个医疗健康信息平台。团结顶尖名校毕业的生物医学博士们，明明白白地把健康和疾病讲给您听。欢迎大家搜索并关注。
基因检测 ，是近几年在癌症治疗领域比较火热的关键词； 乳腺癌 ，则是这些年始终霸占女性肿瘤发病率首位的噩梦。 鉴于乳腺癌相关基因的研究相比其它癌症更为丰富透彻，市场上涌现出越来越多的乳腺癌基因检测产品，而这些产品的定位几乎清一色都是 评估健康人群未来罹患乳腺癌的风险有多高 。 不少对乳腺癌心怀担忧的女性似乎看到了曙光，但随即又陷入疑惑：这种风险评估有什么价值什么用不？可以作为乳腺癌筛查或者诊断的依据么？ 这也正是本文想要讨论的： 对多数健康女性而言，乳腺癌基因检测的意义到底有多大？ 先来看些 保守 官方的数据（当然你也可以不看，知道情况很严峻就行啦）。 我国肿瘤登记年报显示：2010年，在中国女性人群中，乳腺癌发病率位居首位，每年新发病例约21万；死亡率位居第四，每年死亡人数约5万。这么 笼统 巨大的数肯定没啥实在感受，我大概除了下，换算成每天的话： 平均每天约有600名女性被确诊为乳腺癌，150名女性死于乳腺癌 。 而在年龄因素上，中国女性诊断为乳腺癌的平均年龄为 45-55 岁（比西方女性更年轻！）。来自上海和北京的数据显示 乳腺癌有两个发病高峰 ：第一个出现在 45-55 岁 ，另一个出现在 70-74 岁，并且诊断为乳腺癌的中位年龄有逐渐增大的趋势（就是经常听到的“ 疾病年轻化 ”的意思）。 以上提到的这些数据确实足够令人担心了，然而和大多数疾病一样，乳腺癌的确切病因至今尚无定论。其发病涉及到多种可能而复杂的因素， 遗传因素 正是其中之一，这也就是基因检测产品的立足点所在。 说到遗传因素，相信很多小伙伴的理解就是“哎呀，这个我知道，我妈是双眼皮，我也是！”，广义来说是没有错的：父母各自将一半的DNA传给子女，子女得到DNA以及这些DNA表达后带来的各种……情况。嗯，请允许我使用这个通俗的词语。而疾病，自然也属于这些情况之一。 但是，父母将不正常的DNA传递至子女，也并不完全意味着疾病的直接传递，因为DNA与疾病之间还有十分复杂的对应关系。大致来说，分为以下三种情况： （1） 确定无疑型 ：只要get了这个不正常的DNA，一定得病，而且50%的可能会将这个不正常的DNA继续传给下一代（因为只传给下一代一半的染色体呀）； （2） 举棋不定型 ：get了这个不正常的DNA，虽然不一定得病，但得病概率比平常人高出很多，而且还是会以50%的可能将这个不正常的DNA继续传给下一代（原因同情况1）； （3） 不明所以型 ：get的DNA是正常的，但后来因为自己瞎作等等莫名其妙的原因，把这个DNA搞得突变不正常了，此时大部分情况是回到情况2：虽然这个DNA不正常了，但不一定得病，只是得病概率比平常人高。但与情况2不同的是：这种情况下得病概率升高的程度相对小一些，而且一般不会遗传给后代。 具体原因就比较复杂了，解释起来估计就要偏题了，您还是先记着结论，我做个标记，之后有篇幅我再给说道说道。 乳腺癌相关基因呢，在遗传层面 属于“举棋不定型”和“不明所以型” （此处应庆幸还好不是“确定无疑型”，不然更恐怖！），这两种遗传方式的官方学名叫做“ 多基因肿瘤遗传易感 ”和“ 局部肿瘤细胞基因改变（后天获得性 ）”，也正是这两种遗传方式，将乳腺癌划分为了传说中傻傻分不清楚的“ 遗传性乳腺癌 ”和“ 散发性乳腺癌 ”。 遗传性乳腺癌 ，是指 明确知晓非正常基因 的乳腺癌，其中最鼎鼎大名的就是 BRCA1和BRCA2基因 了（安吉丽娜·朱莉你肯定知道）。在普通人群中，女性一生中大约有 12% 的几率会罹患乳腺癌，但如果携带BRCA1或BRCA2基因的有害突变，累计至80岁，患乳腺癌的风险将上升至 40-60% ！除了乳腺癌，BRCA1和BRCA2基因也与 卵巢癌 等多种癌症息息相关。这个不是今天的主题，我们以后再说。 这里要解释一个不少人都误解或者是都不解的事情： 就拿乳腺癌的BRCA1和BRCA2基因来说： 其一，是因为不知道BRCA1或BRCA2基因到底是怎么引起乳腺癌的，只是严谨的科学研究发现遗传性乳腺癌患者中多数都发生了这两种基因的突变； 其二，则是乳腺癌的发生可能不止需要满足BRCA1或BRCA2基因突变，还需要其它某一个或几个重要基因也同时发生突变（只是目前可能还未发现），这是一个多基因的复杂过程。 总的来说， 癌症和基因突变具有非常非常复杂的相关性 ，它们的关系没有大家想的那么单纯，多数情况下都不是一一对应的（为什么总觉得这句话别有他意呢……）。 那 散发性乳腺癌 又是什么情况呢？这个我们下节课再说，好奇的同学可以提前预习下。 好，下课。
法律分析：1、单癌种小panel检测：比如，对于肺癌患者，已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET，那么只检测这些常见突变的基因就可以了。此次医保报销的检测应属此类。
优势：价格便宜。拿肺癌举例，由于中国肺腺癌中超过一半的患者是携带EGFR和ALK两个突变之一，这种方案性价比较高。所以，如果患者属于肺腺癌，而且经济条件一般，把有限的钱用在刀刃上才是更合理的。
2、全基因检测：同时检测几十个甚至上百个癌症相关基因，比如，FDA批准的首款获得突破性认定的癌症NGS体外诊断检测产品--FoundationOne CDx (F1CDx)可检测324个基因的突变，还可以检测TMB和MSI两个基因组特征。
法律依据：《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则（2018年版）》为规范新型抗肿瘤药物临床应用，我委组织原国家卫生计生委合理用药专家委员会牵头制定了《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则（2018年版）》（可在我委官方网站“医政医管”栏目下载）。现印发你们，请认真组织学习，贯彻执行。
该指导原则将定期修订更新，指导临床合理应用抗肿瘤药物。
在第一篇标题为Charting a Course to a Cure”的论文中，Cell期刊副主编Robert Kruger指出Cell期刊、Cell Reports期刊、Cancer Cell期刊、Cell Systems期刊和Immunity期刊近期发表了一系列关于泛癌图谱的论文，泛癌图谱是TCGA联盟十多年研究工作的结晶，通过分析来自33种最常见癌症形式的11000多种肿瘤样品，它对肿瘤在人体中如何、何处和为何产生提供极为全面而又深入的理解。
发表期刊：Nature 发表日期： 影响因子： 癌症是全球第二大常见死因，每年超过800万人因癌症丧命。预计在未来十年，癌症发生率将增加50%以上。癌症是体细胞亚克隆自主发展和扩散类疾病的总称。癌症克隆控制多个细胞通路，打破正常细胞的生长和调控等限制，获取自主发展和扩散的特征。单个细胞通路改变不足以引发癌症。每个癌症由潜在的致病异常“池”中的多个异常通路组合而引发。 肿瘤异质性来自于达尔文进化的随机性。达尔文进化的三个先决条件：（1）群体中的特征是变化的；（2）变异从亲本遗传到子代；（3）群体为了生存进行竞争。一部分突变改变细胞表型，一部分突变使克隆获取逃逸正常生理控制的优势。提供选择优势的突变称为驱动突变，反之称为乘客突变。 选用2834个患者人全基因组测序数据（WGS），去除176个患者低质量数据，共计2658个患者的WGS数据，其中有2583个患者高质量数据。2658个患者共取2605个原发肿瘤和173个转移或复发肿瘤，正常样本平均测序深度为39×，肿瘤测序深度分别为38×和60×。研究群体包括1469男性（55%）和1189女性（45%），平均年龄56岁，覆盖38种肿瘤类型。其中，1222个患者具有RNA-seq数据。 利用以上数据分析somatic SNVs, somatic Indels, somatic CNVs, somatic SVs,体细胞逆转录事件，线粒体DNA突变、端粒长度以及germline SNV, Indel, SVs等事件。 利用3个核心变异检测流程和额外10个变异检测流程，对63对tumor-normal变异检测，估测3个核心流程的敏感度和精确度。并对其中50对进行高深度靶向测序验证。3个核心流程检测到真实变异的敏感度为80~90%，每个流程检测的95%以上变异是真实的somatic mutations。针对Indel检测，3个核心流程的敏感度是40~50%，精确度是70~95%。SV检测算法的精确度在80~95%。 对3个核心流程的变异结果合并，评估合并集合中突变的属性：Somatic SNVs敏感度为95%（90%置信区间，88~98%），精确度为95%（90%置信区间，71~99%）。Somatic Indels 检测敏感度为60%（34~72%）和精确度91%（73~96%）。合并的Somatic SVs 敏感度为90%，精确度为。多种方法检测变异提高了低频突变检出的准确性。 分析2583个患者数据，共检测到43,778,859个somatic SNVs，410,123个somatic 多核酸突变，2,418,247个somatic Indels，288,416个somatic SVs，19,166 体细胞逆转录事件，8,185个新线粒体突变。通过相关性分析，发现诊断年龄和体细胞突变数量相关：年龄每增长一年，增加约190个SNVs，约22个Indels。 癌症驱动突变全景图 根据突变的性质和已知癌症相关基因，预测肿瘤的驱动基因；利用已知的启动子和增强子分析非编码驱动突变。结果发现，91%的肿瘤至少有1个驱动突变，每个肿瘤平均有个驱动突变（癌种之间变化较大）。对于编码区点突变，每个肿瘤平均有个驱动突变。除此之外， 13%（785/5913）的驱动点突变是非编码突变，而且1/3（237/785）突变发生在 TERT 启动子上；25%肿瘤具有非编码驱动突变。说明：非编码区驱动点突变频率较编码区低；与 TERT 启动子相比，其他启动子和增强子并不常发生驱动突变。 根据肿瘤类型，SVs和点突变致力于不同的癌症发生机制。驱动SVs常发生在乳腺癌和卵巢腺癌；驱动点突变常出现在在结肠腺癌和成熟B细胞淋巴瘤。 文章发现抑癌基因的驱动突变多为二次打击事件。例如，954个肿瘤具有 TP53 突变，736（77%）个肿瘤样本的两个等位基因均发生突变，其中96%（707/736）是等位基因突变和等位基因缺失同时发生。17%的病人在癌症相关基因上具有稀少的胚系蛋白截断体突变，病人由于somatic mutations导致以上基因次等位基因失活。 没有驱动突变的PCAWG肿瘤数据分析 90%以上的PCAWG样本鉴定到驱动突变，仍有181个样本未检测到驱动突变。分析肿瘤样本未找到驱动突变的原因，有以下几点：（1）样本质量低：4/181个样本的正常对照被肿瘤DNA污染，每个对照含有超过5%的肿瘤DNA；同理，肿瘤样本中肿瘤细胞含量较低也会影响突变检出；（2）驱动突变位点覆盖度较低无法满足突变检出：6个肝细胞癌和2个胆管癌在高深度靶向测序后检测到 TERT 突变；（3）生信分析方法：35个骨髓增生性肿瘤未检测到 JAK2 V617F 突变，由于利用Panels of normals作为对照去除测序影响导致。2~5%的健康人群具有造血克隆，可能涵盖了驱动突变；（4）驱动基因检测力不足，说明某些肿瘤中存在未被发现的基因富集；（5）染色体变异：19/43肾细胞癌和18/81前列腺癌缺少驱动突变，但发生染色体异常，有可能单凭染色体扩增或缺失足以引发癌症。 成簇突变和SVs模式 癌症中，单个灾难性事件可产生多个聚集性突变，导致基因组大量重组。主要包含：（1）染色体重排：不同染色体的DNA双链断裂修复导致重排发生；（2）Kataegis（雷雨）：单链DNA局部超突变，导致聚集性核苷酸替换；（3）染色体碎裂：数十数百个DNA断裂同时发生在一个或者几个染色体，产生的碎片随机组合在一起。 467个样本（）发生染色体重排和平衡易位，主要发生在前列腺癌、淋巴系统恶性肿瘤和甲状腺癌。重排事件导致甲状腺癌的部分融合基因的产生，例如 RET 、 NTRK3 和 IGF2BP3 等等。 癌症中发生Kataegis事件，例如肺鳞癌、膀胱癌、肢端黑色素瘤和肉瘤等。Kataegis主要包含（1）由APOBEC活性导致TpC的C>N 突变；（2）聚合酶导致 T pT或Cp T 的T > N突变。的Kataegis事件与 APOBEC3B 表达水平相关，与易错聚合酶相关，以及事件是GpC 或 CpC的胞嘧啶脱氨导致的。Kataegis事件与SV断点相关，尤其是缺失和复杂重排事件，包括在缺失附近10-25kb内Cp T pT的T>N 突变。 Kataegis事件包含4种局部超突变类型：（1）脱靶体细胞超突变和局部Cp T pT的T>N 突变；（2）与复杂重排相关的APOBEC；（3）后随链和早期复制区域的APOBEC；（4）后两种类型混合。 587（）个染色体碎裂样本，主要为肉瘤、脑胶质瘤、肺鳞癌、黑色素瘤和乳腺癌样本。染色体碎裂伴随全基因组重复，相关的驱动基因为 TP53 。肉瘤和B细胞淋巴瘤患者中，女性发生染色体碎裂的频率高于男性；前列腺患者中，晚期患者具有更高频率的染色体碎裂。染色体碎裂区域包含驱动基因和7%拷贝数驱动。 进化中时间聚集性突变 根据分子时钟分析每个肿瘤的进化史：主克隆发生在早期，亚克隆突变发生在后期；拷贝数扩增区域，分子时间根据突变发生在拷贝之前或者之后进行划分。染色体碎裂通常发生在主克隆，特别是在脂肪肉瘤、前列腺癌和肺鳞癌说明是癌症进化早期事件。在黑色素瘤中，染色体碎裂扩增涉及到较多的癌症相关基因，例如 CCND1 , TERT , CDKN2A , TP53 和 MYC 。 在扩增的染色体碎裂事件中，利用SNV的拷贝数目计算扩增发生的时间，SNV发生在扩增之前，将会有很高比例的reads携带SNVs。相反，SNV发生在拷贝数变异之后，将只有一条染色体携带SNV，具有较低的变异频率。肢端黑色素瘤的 CCND1 扩增区域具有较少的高频突变，而皮肤黑色素瘤更多突变发生在扩增之前。 胚系突变对somatic mutations的影响 根据检测到的胚系突变分析胚系突变对体细胞突变率和模式的影响作用。利用欧洲群体中MAF>5%的胚系突变位点进行GWAS分析，发现 APOBEC3B 突变机制可以利用预测，信号最强位点是rs12628403。该位点标记了常见的30kb胚系 APOBE3B 编码序列缺失和 APOBEC3B 的3’非翻译区域 APOBE3A 编码序列融合。除此，文章在位置发现一个新的突变位点rs2142833，并验证其与 APOBEC3B 突变相关性。rs12628403和 rs2142833在欧洲群体中是独立遗传的，rs2142833是 APOBEC3B 的eQTL。 利用稀有突变（MAF<）分析欧洲群体中胚系蛋白截短体（PTVs）和体细胞DNA重排相关性。胚系BRCA2和BRCA1蛋白截短体和小于10kb的体细胞缺失和串联重复负荷相关。BRCA1蛋白截短体和模板插入具有显著相关。20/21个BRCA1相关肿瘤出现模板插入表型，且胚系突变和体细胞突变均发生在该基因上。说明 BRCA1 基因的次等位基因失活驱动模板插入SV表型。 稀有突变关联分析发现胚系MBD4蛋白截短体突变增加CpG位置的体细胞C>T突变。 MBD4 编码DNA修复基因，移除甲基化CpG上的T:G错配的胸腺嘧啶。 评估LINE调控体细胞反转座子事件，验证114个胚系LINE对体细胞反转座激活能力，包含70个人类基因组相关插入和53个连锁不平衡SNP。16个L1元件介导67%（2440/3669）的转座事件，以两种形式进行体细胞激活，称为Strombolian和Plinian；Strombolian在人群中分布频率较高，引发中小规模的体细胞L1激活；Plinian在群体中频率很低，引发严重的体细胞L1激活。 复制的永生 癌症特征之一是逃避细胞衰老，保持端粒长度是癌症永久复制的因素之一。16%的肿瘤在 ATRX , DAXX 和 TERT 基因上发生突变。聚类端粒序列的12个特征得到4个肿瘤亚型，说明 ALT 和 TERT 介导的端粒变异的不同。 体细胞驱动突变在四个亚型中分布不同。C1主要富集 RB1 突变和影响 ATRX 的SV，C2主要富集 ATRX 和 DAXX 的体细胞点突变，C3样本主要发生 TERT 启动子突变。 RB 基因缺失与端粒延长相关。高频发生端粒异常机制的肿瘤主要由于组织中低复制活性。 总结 利用泛癌全基因组测序数据对驱动突变、结构变异、克隆进化以及转座子事件和端粒模式进行详细分析，绘制泛癌基因组特征和阐明引发癌症的多样性因素。 参考文献 ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature. 2020, 578(7793): 82-93. 原文链接：
癌症作为疾病皇冠上最璀璨的明珠，以其不可治愈和高死亡率的特性让人们往往谈之色变。随着近年患癌症人数的持续走高，几乎每个人都能听到身边的某某某得癌症了，尤其最近引发热议的“魏则西事件”也让大家越发关注。突然发觉，我作为一名在高中大学系统学习过生物课程的90后大学生，尚且对癌症这件事懵懵懂懂，那些癌症真正高发的高龄群体，那些叔叔阿姨爷爷奶奶怎们能保证自己不呢？这真是一件让人恐慌的事情。直到我看了一本医学科普书《癌症真相·医生也在看》，才第一次对癌症有了一个系统准确的了解。此书作者是清华大学生物系本科、美国杜克大学癌症生物学博士、跨国顶尖制药公司癌症新药开发部资深研究员。 这篇其实算是我的读书笔记，共计5000字，内容全部来源于对这本科普书的总结整理，最主要的目的是强烈建议每一个家庭都能买一本《癌症真相》仔细阅读！！！只有学习才能了解，了解才能避免因为恐慌而造成的愚蠢。 1、关于“大螃蟹病”——癌症的一些小知识。 2、癌症的治疗手段——“化疗”、“放疗”是什么？ 3、抗癌药物的三次革命（介绍魏则西如何无效治疗）。 4、抗癌技术前沿进展与科学家精神。 5、癌症疫苗与癌症的检查检验。 6、癌症第一杀手——肺癌的全面介绍。 7、乳腺癌与女明星。 8、书籍作者和他的公众号。 导致癌症最重要的因素不是基因、污染、饮食，而是年龄！癌症发病率从40岁开始就是指数增长。因此，随着人类平均寿命的增加，得癌的几率越来越高是必然的，无论如何控制环境污染、食品安全都无法逆转。 癌症致死有时候并不是某一个器官衰竭造成的，而是由于系统性衰竭。有很多癌症，由于目前还不清楚的原因，会导致患者体重迅速下降，肌肉和脂肪都迅速丢失，这个现象叫做“恶病质”，出现“恶病质”的患者很快会出现系统性衰竭而死亡。 一、癌症是“内源性疾病”。癌细胞来源于患者本身，是患者身体的一部分，想要消灭它们注定“杀敌一千自损几百”。 二、癌症不是单一疾病。世界上没有两个完全相同的癌症，以肺癌举例，肺癌患者平均突变数接近5000个，这意味着每个人的突变组合都不同。 三、癌症可以很快产生抗药性。生物进化是一把双刃剑，临床实验中发现，很多癌细胞在治疗几个月之后就产生了新的突变来帮助癌症生长。 儿童得癌症主要有两种原因：一、父母的卵子和精子有基因突变；二、母亲怀孕过程中出现了基因突变。 除去本身的遗传因素，卵子中出现新基因突变的概率在35-40岁以后会指数级提高，多一岁就多一倍风险，所以建议大家尽量在35岁以前生宝宝。 脐带血和骨髓一样含有大量造血干细胞，但是除非家里已有患者，否则建议大家把脐带血捐给公共脐带血库，而不要花大价钱寄存在私人脐带血库。一是由于脐带血保存这个生意几乎暴利到空手套白狼的程度，公司是否真的为你保存难以判断；二是由于“移植物抗肿瘤效应”，使用自身脐带血治愈白血病成功率极低。 所以请新生儿父母把宝宝的脐带血捐献给公共血库，公共血库血资源的丰富造福的是社会中的每一个人。 工具：化学药物 作用：杀死快速生长的细胞 原理：众所周知癌症细胞都生长的非常快，传统化疗药物能够杀死快速生长的细胞，对癌症细胞当然很有用，但是很可以，我们身体中有很多正常细胞也是在快速生长的。 例如头皮下的毛囊细胞，所以化疗患者头发会掉光；例如造血干细胞，所以化疗患者的免疫系统会非常弱，极容易感染；例如消化道上皮细胞，所以化疗患者会严重拉肚子、没有食欲。 工具：高能量射线（辐射、高能量粒子） 作用：直接打击杀死癌症细胞 原理：放疗的本质是一团高能粒子直接轰击肿瘤细胞，直接破坏细胞的DNA，或者通过电击产生自由基，从而造成肿瘤细胞的死亡，但是这样的攻击对癌症细胞和正常细胞是无差别的。幸运的是，肿瘤细胞对DNA破坏通常更加敏感，一方面细胞生长越快对DNA破坏就越敏感，另一方面肿瘤细胞由于DNA突变，DNA修复能力通常没有正常细胞强。 分类：放疗有两种，常用的X线和伽马射线，以及质子和重离子。相比较没有质量的X线和伽马射线而言，质子和重离子要重很多，在照射到人体上时，沿途只释放很少的能量，只有在最后到达肿瘤时才把能量一下子释放出来，这在物理上叫做“布拉格峰”，对人体正常细胞的损害小了很多。 虽然质子（或重离子）更准、更快、更健康，但是也更贵！非常贵！因为粒子的重量更大，把它加速到能打击肿瘤细胞的速度的加速器以及各种设施要贵上几个数量级。 第一次是1940年后开始出现的细胞毒性化疗药物，现在绝大多数临床使用的化疗药物都属于这一类。它们的统一作用都是杀死快速分裂的细胞，这类化疗药物的死穴在于它们无法区分癌症细胞和正常细胞，容易产生严重的副作用，因此必须严格控制剂量。 举个例子，砒霜，这个著名的古代毒药现在有了个洋名字：Trisenox，变成了治疗白血病的临床药。 抗癌药物的第二次革命是从20世纪90年代开始研究，2000年后开始使用的“靶向治疗”。因为研究发现很多致癌基因在正常细胞里根本不存在，所以这使特异性杀死癌症细胞而不伤害正常细胞成为了可能。 2001年上市的用于治疗某种突变慢性白血病的格列维克使得该病患者5年存活率从30%上升到了89%！目前药厂研发的多数新药都是靶向治疗药物。 这两年抗癌研究中最令人振奋的消息是“癌症免疫疗法”在临床上的成功，“免疫疗法”被各大顶级学术杂志评为2013年最佳科学突破！因为人们长期以来尝试激活患者自身免疫系统来治疗癌症的努力终于取得了成功！免疫疗法的靶点是正常免疫细胞，目标是激活人类自身的免疫系统来治疗癌症。 2013年施贵宝的Opdivo和默沙东的Keytruda横空出世，对于癌症已经转移且所有已有治疗方案都失效的黑色素癌晚期患者，两个药物让60%以上的患者肿瘤减少乃至消失了超过两年！要知道这些患者平时的生存时间只能以周计算。 魏则西身患滑膜肉瘤，魏则西在百度搜索疾病信息，第一条结果是某武警医院(武警北京总队第二医院)的所谓「生物免疫疗法」，看着魏则西的各种报告单，该院李主任对魏则西父母说：保二十年没问题。该医院采取的即是“CIK-DC细胞疗法”。 1、国内目前广泛使用的“免疫疗法”（主要是CIK-DC细胞疗法）和最近临床上证明有效的“免疫疗法”不是一种东西； 2、“CIK-DC免疫疗法”是在炒欧美十多年前的冷饭，这种疗法在欧美临床实验失败，已经被淘汰了。 3、国内名目繁多的“免疫疗法”没有任何一种经过严格的临床测试，目前登记在案的然在进行CIK相关的临床实验只有35个，几乎全部在中国！ 两个原因：一是靶向性不明；二是癌症的免疫机制。CIK疗法的本质都是向患者体内输入大量免疫细胞，“靶向性不明”就像是我们装修房子，请来100个工人99个都是专业技校毕业开挖掘机的，水平高，但是没用！“免疫抑制”是指突然一个进化成癌细胞的细胞，它能很好的伪装自己，告诉免疫系统：“别开枪！自己人！”这样的癌细胞逃脱了免疫监控，才能形成癌症。 CAR-T即嵌合抗原受体T细胞免疫疗法，和其他免疫疗法类似，基本原理也是利用患者自身的免疫细胞来清除癌细胞，但是不同的是这是一种疗法而不是一种药。 CAR-T治疗简单分为五步： 1、从癌患者自己身上分离免疫T细胞； 2、利用基因工程技术给T细胞加入一个能识别肿瘤细胞并且同时激活T细胞杀死肿瘤细胞的嵌合抗体； 3、体外培养大量扩增CAR-T细胞，一般一个患者需要几十上百亿个CAR-T细胞； 4、把扩增好的CAR-T细胞输回患者体内； 5、严密监护患者，尤其是控制前几天身体的剧烈反应——“细胞因子风暴”。CAR-T杀死癌细胞实在是太快太有效了，会瞬间在局部产生释放超大量的细胞因子，引起惊人的免疫反应，临床反应为高烧不退，控制不好可能会有生命危险。 最早接受CAR-T治疗的是30位白血病患者，他们已经尝试了各种可能的治疗办法，其中15位甚至都进行了骨髓移植，但是不幸都失败了，通常他们的生存时间不会超过半年。接受治疗后有27名患者的癌细胞完全消失！20位患者在半年后复查，体内依然没有发现任何癌细胞！ 抗癌药物对脑瘤效果普遍不好，是因为绝大所数药物通过不了“血脑屏障”。这个病毒疗法是真正意义上大“脑洞大开”，简单说就是给患者手术往肿瘤里插一根空心管子，然后把特制的病毒通过管子慢慢滴进去。 Gromeier教授选择了经过特制的骨髓灰质炎病毒，特制后的病毒只攻击癌症细胞而不会伤害正常细胞。 第一位接受这个治疗的女孩已经活了超过三年，而且身体里的癌细胞已经完全消失。 Gromeier教授研究不伤害正常细胞的特制病毒花了一些时间，这个时间是多久呢？十五年！从他开始做这个病毒，到我们现在看到结果，他一共花了25年！期间由于安全问题，被迫做了长达7年的动物安全试验。在这些年中，他申请不到太多经费，发不了太惊人的文章，在杜克大学也只是带着很小的团队在很小的实验室里面慢慢的做。 这里必须要给他点赞：科学家精神，耐得住寂寞，厚积薄发！ 疫苗之所以有效，是因为它利用的是人体免疫细胞的记忆功能，人通常情况下不会被同一种病毒或者细菌击倒两次。 由于每个癌症都不一样，所以可以肯定地说不会有“广谱癌症疫苗”，也就是说不会有一种疫苗能预防所有癌症。现在美国有三种上市的癌症疫苗，分为“预防性疫苗”和“治疗性疫苗”两种。2个“预防性疫苗”分别是预防肝癌的乙肝病毒疫苗（80%的原发性肝癌由乙肝病毒导致）和预防宫颈癌的人乳头瘤病毒疫苗（几乎100%的宫颈癌都是由人乳头瘤病毒导致的）。这两个疫苗很有效，但是严格来说都应该算是病毒疫苗。第3个疫苗是针对前列腺癌的“治疗性疫苗”，但是效果实在有限，生产它的公司最近刚宣布破产。 有效的防癌体检目前分为两大类，有些针对大众，而更多只针对“高危人群”。目前主要推荐的检查项目： 乳腺癌：女性，40岁开始，每年乳房X线筛查。 宫颈癌：女性，20岁以后开始，3-5年一次宫颈刮片或HPV筛查。 结/直肠癌：男性和女性，50岁开始，每年一次粪潜血检查，每十年做一次结肠镜检查。 肝癌：有酗酒史、乙肝或丙肝病毒携带者，应该每半年进行一次甲胎蛋白（AFP）和腹部超声波检查； 胃癌：有胃溃疡、幽门螺杆菌感染或家族胃癌史的，应该在40岁以后进行定期胃镜或其他检查； 肺癌：吸烟者或者戒烟不超过15年者，应该在55岁以后每年进行低剂量螺旋CT扫描。 90%的肺癌患者都与吸烟有关，男性吸烟患肺癌的几率是不吸烟者的23倍，女性是13倍。 第一，吸烟者的肺癌基因紊乱程度远远超过不吸烟者。最近的一篇研究论文第一次系统的对比了吸烟和不吸烟肺癌的DNA，发现了令人震惊的结论：虽然癌症表面看起来相似，但吸烟者肺癌中基因突变的数目是不吸烟者的10倍还多！ 第二，吸烟和不吸烟者肺癌的基因突变种类不同。每个癌症都有几十到几千个突变，但通常都有一个主要突变对癌症的生长起到至关重要的作用，我们称之为“驱动突变”或“司机突变”。 肺癌中最常见的“驱动突变”有三个：KRAS、EGFR和ALK，吸烟者肺癌中主要是KRAS突变，而不吸烟者肺癌则主要是EGFR和ALK突变。 针对不吸烟肺癌EGFR和ALK突变的靶向药上图已经说明了，但是并没有针对KRAS突变的特效药。因此使用EGFR和ALK突变靶向药的肺癌患者生活质量和存活率都远超KRAS突变的肺癌患者。 给吸烟肺癌患者的礼物 2015年施贵宝推出了针对鳞状肺癌的免疫疗法药物，目前证明有效的新型癌症免疫疗法有两大类： 药物疗法， 主要是“免疫检验点抑制剂”，比如现在如日中天的Opdivo和Keytruda； 细胞和基因疗法， 比如CAR-T。 Opdivo这个成功的临床实验不是针对所有肺癌，而是一种特定的亚型，晚期鳞状非小细胞肺癌，而这种亚型最大的特点就是和吸烟密切相关。对于免疫疗法来说，对吸烟患者的效果并不比不吸烟的差，甚至更好。 最近两位女明星和乳腺癌的新闻造成了很大的舆论影响。一位是由于乳腺癌转移去世的著名歌手姚贝娜，另一位是在38岁事业顶峰时主动切除了双乳和卵巢的著名影星安吉丽娜·朱莉。 ER/PR基数受体阳性乳腺癌 ， 在乳腺癌中占60%-70%是最常见的一类，而且也是发展最缓慢的一种亚型。最常用的药物是抗雌激素（他莫昔芬）或芳香化酶抑制剂，内分泌治疗一般需要持续5-10年，这类患者的治愈率很高，而且是乳腺癌中的大多数。 HER2阳性乳腺癌 ， 这类大概占20%，比上一种生长更快也更容易转移。过去10年有好几个新型靶向药专门用于治疗此类癌症，其中包括大名鼎鼎的第一代HER2靶向药曲妥珠单抗（赫赛汀）和第二代HER2靶向药帕妥珠单抗等，效果都很好。 三阴性乳腺癌 ， 这一类乳腺癌最少见大概只占10%，但这是最让人头痛的一类。一方面它激素受体或HER2都是阴性，所以内分泌治疗和新的HER2靶向药对它几乎无效，目前只能用普通的化疗药物；另一方面它又是乳腺癌中最恶性的一种，发展迅速容易转移和复发。姚贝娜有很大可能就是患了这一类乳腺癌。 对于三阴性乳腺癌近年来总算有了一些进展，研究者发现年轻三阴乳腺癌患者很多都有BRCA1或者BRCA2基因突变。BRCA1突变可以遗传，因此如果家族中有多位女性年轻时（小于45岁）就得了乳腺癌和卵巢癌，那就要引起注意。安吉丽娜·朱莉就是通过基因检测确定遗传了家族中BRCA1突变基因，统计数据预测朱莉70岁之前患乳腺癌和卵巢癌的几率超过50%，所以才决定通过决定手术防癌。 八、关于书籍作者 一直很想吐槽书名看起来俗得很，但是真的是一本100+666分的科普书！！！作者语言精炼幽默，对癌症整个相关系统知识有着非常完整且易懂的讲解，全书有80处专业文献引用。 更多更详细的内容请去读这本书吧！！！还有关于坊间传言的辟谣、新闻里癌症故事的解读、如何去美国看病的相关内容。 几位清华毕业生还发起了一个医疗健康信息平台。团结顶尖名校毕业的生物医学博士们，明明白白地把健康和疾病讲给您听。欢迎大家搜索并关注。
基因检测 ，是近几年在癌症治疗领域比较火热的关键词； 乳腺癌 ，则是这些年始终霸占女性肿瘤发病率首位的噩梦。 鉴于乳腺癌相关基因的研究相比其它癌症更为丰富透彻，市场上涌现出越来越多的乳腺癌基因检测产品，而这些产品的定位几乎清一色都是 评估健康人群未来罹患乳腺癌的风险有多高 。 不少对乳腺癌心怀担忧的女性似乎看到了曙光，但随即又陷入疑惑：这种风险评估有什么价值什么用不？可以作为乳腺癌筛查或者诊断的依据么？ 这也正是本文想要讨论的： 对多数健康女性而言，乳腺癌基因检测的意义到底有多大？ 先来看些 保守 官方的数据（当然你也可以不看，知道情况很严峻就行啦）。 我国肿瘤登记年报显示：2010年，在中国女性人群中，乳腺癌发病率位居首位，每年新发病例约21万；死亡率位居第四，每年死亡人数约5万。这么 笼统 巨大的数肯定没啥实在感受，我大概除了下，换算成每天的话： 平均每天约有600名女性被确诊为乳腺癌，150名女性死于乳腺癌 。 而在年龄因素上，中国女性诊断为乳腺癌的平均年龄为 45-55 岁（比西方女性更年轻！）。来自上海和北京的数据显示 乳腺癌有两个发病高峰 ：第一个出现在 45-55 岁 ，另一个出现在 70-74 岁，并且诊断为乳腺癌的中位年龄有逐渐增大的趋势（就是经常听到的“ 疾病年轻化 ”的意思）。 以上提到的这些数据确实足够令人担心了，然而和大多数疾病一样，乳腺癌的确切病因至今尚无定论。其发病涉及到多种可能而复杂的因素， 遗传因素 正是其中之一，这也就是基因检测产品的立足点所在。 说到遗传因素，相信很多小伙伴的理解就是“哎呀，这个我知道，我妈是双眼皮，我也是！”，广义来说是没有错的：父母各自将一半的DNA传给子女，子女得到DNA以及这些DNA表达后带来的各种……情况。嗯，请允许我使用这个通俗的词语。而疾病，自然也属于这些情况之一。 但是，父母将不正常的DNA传递至子女，也并不完全意味着疾病的直接传递，因为DNA与疾病之间还有十分复杂的对应关系。大致来说，分为以下三种情况： （1） 确定无疑型 ：只要get了这个不正常的DNA，一定得病，而且50%的可能会将这个不正常的DNA继续传给下一代（因为只传给下一代一半的染色体呀）； （2） 举棋不定型 ：get了这个不正常的DNA，虽然不一定得病，但得病概率比平常人高出很多，而且还是会以50%的可能将这个不正常的DNA继续传给下一代（原因同情况1）； （3） 不明所以型 ：get的DNA是正常的，但后来因为自己瞎作等等莫名其妙的原因，把这个DNA搞得突变不正常了，此时大部分情况是回到情况2：虽然这个DNA不正常了，但不一定得病，只是得病概率比平常人高。但与情况2不同的是：这种情况下得病概率升高的程度相对小一些，而且一般不会遗传给后代。 具体原因就比较复杂了，解释起来估计就要偏题了，您还是先记着结论，我做个标记，之后有篇幅我再给说道说道。 乳腺癌相关基因呢，在遗传层面 属于“举棋不定型”和“不明所以型” （此处应庆幸还好不是“确定无疑型”，不然更恐怖！），这两种遗传方式的官方学名叫做“ 多基因肿瘤遗传易感 ”和“ 局部肿瘤细胞基因改变（后天获得性 ）”，也正是这两种遗传方式，将乳腺癌划分为了传说中傻傻分不清楚的“ 遗传性乳腺癌 ”和“ 散发性乳腺癌 ”。 遗传性乳腺癌 ，是指 明确知晓非正常基因 的乳腺癌，其中最鼎鼎大名的就是 BRCA1和BRCA2基因 了（安吉丽娜·朱莉你肯定知道）。在普通人群中，女性一生中大约有 12% 的几率会罹患乳腺癌，但如果携带BRCA1或BRCA2基因的有害突变，累计至80岁，患乳腺癌的风险将上升至 40-60% ！除了乳腺癌，BRCA1和BRCA2基因也与 卵巢癌 等多种癌症息息相关。这个不是今天的主题，我们以后再说。 这里要解释一个不少人都误解或者是都不解的事情： 就拿乳腺癌的BRCA1和BRCA2基因来说： 其一，是因为不知道BRCA1或BRCA2基因到底是怎么引起乳腺癌的，只是严谨的科学研究发现遗传性乳腺癌患者中多数都发生了这两种基因的突变； 其二，则是乳腺癌的发生可能不止需要满足BRCA1或BRCA2基因突变，还需要其它某一个或几个重要基因也同时发生突变（只是目前可能还未发现），这是一个多基因的复杂过程。 总的来说， 癌症和基因突变具有非常非常复杂的相关性 ，它们的关系没有大家想的那么单纯，多数情况下都不是一一对应的（为什么总觉得这句话别有他意呢……）。 那 散发性乳腺癌 又是什么情况呢？这个我们下节课再说，好奇的同学可以提前预习下。 好，下课。
确诊为乳腺癌，您是否正在犹豫该选择哪种治疗方式？乳腺癌21基因检测通过分析乳腺癌患者肿瘤组织中21个基因的表达水平，可量化评估复发风险和化疗获益，从而避免过度治疗，有效干预、全程管理疾病进程，提高生存获益。
乳腺癌基因检测通过血液检查来确定乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2是否突变（并非检查当前是否患有癌症），从而预测患乳腺癌和卵巢癌的几率，以便提前预防和有针对性的体检。无论男性还是女性，携带这两个基因变异都意味着患癌几率比普通人高。基因变异可能遗传自父亲，也可能遗传自母亲。什么情况下需要做乳腺癌基因检测？家族中有（尤其多人有）乳腺癌或卵巢癌史、有男性亲属患过乳腺癌、家庭成员携带BRCA基因突变、自己患过乳腺癌或是卵巢癌、过去双侧乳房都得过癌症的情况下，强烈推荐进行乳腺癌基因检测。基因检测前后，有必要进行一次详细的遗传咨询，这有助于你了解检测的获益、局限和检查可能出现的结果等。
一般医疗检测手段是要看你身体是否已经有癌细胞存在，而对于没有产生癌变的细胞但已经具有的风险却无从得知。基因检测则不然，通过基因检测完全可以准确地告诉你，未来某个生命时段是否存在发生某种疾病的可能性或机率，给你一个预警通知，以便及早采取有效的防病措施。中源协和基因检测建议您：利用基因检测技术在疾病发生前就发现疾病发生的风险，提早预防、或采取有效的干预措施。
要看突变的具体位置才能判断是否有害，TP53是在各种癌症中突变检出率较高的基因，一般认为与多种肿瘤的发生发展相关，你这里只说是在第5号外显子上，但是具体突变信息没有说明，所以无法判断。因为肿瘤存在异质性，丰度32%可以理解为体内的肿瘤细胞有32%发生了该突变。SMAD4同样只说了发生在10号外显子，没有说明具体突变信息，也无法判断。关于错义突变，是说突变引起了基因所编码的氨基酸序列的改变，一般认为造成蛋白质功能改变的可能较大，但也要具体看突变发生位置是否位于蛋白质的功能区或是否有相关研究报道。如果做的是正规的检测，可以参考检测结果说明，具体还需要咨询专业的临床大夫。
结直肠癌得癌症的情况经常表现出明显的家族聚集性，一般患者的家属有这种病的风险也很高，但是也有基因突变的可能性，有大肠癌的患者都应该询问家族史，做相应的遗传学检测，早发现早预防早诊断早治疗，以免耽误最佳治疗时机而加重病情。
大肠癌患者有必要做基因检测。推荐比较专业的检测公司海普洛斯。该机构非常专业，口碑非常好，值得推荐。肠癌一般有较高的遗传风险，如果基因检测结果提示有遗传易感基因突变，说明家族内有较高的遗传风险，亲属也需要做下基因检测明确是否同样的基因突变。通过基因检测可以指导选择哪种药物进行治疗。海普洛斯的生物信息分析团队由20余名具有多年生物信息经验的成员组成，他们之前是自于华大基因，NVIDIA等国内外大型企业的高级工程师，具有生物，数学，计算机，统计等不同的专业背景，经过技术融合，共同为建立中国癌症基因组大数据进行服务。海普洛斯的生物信息团队开发了处理基因测序数据分析流程管理，基因融合检测，全自动化基因测序数据预处理，测序仪数据技控，变异信息统计检验，测序错误估计和去除，测序仪气泡效应分析和去除，单分子编码测序分析等等一系列的软件和算法。想要了解更多有关基因检测的相关信息，推荐咨询海普洛斯。旗下医学检验实验室具有国际顶尖基因测序平台以及完善的国际标准质量体系，通过CAP(美国病理学家协会)/EMQN(欧洲分子基因诊断质量联盟)/中国卫生部临检中心等权威认证，业务覆盖肿瘤全病程管理、遗传性疾病筛查、重大感染性疾病（含新冠核酸）等领域，已为全国500多家三甲医院、数百家科研院所、体检机构、保险公司、互联网平台以及各地政府提供基因检测技术服务和整体解决方案。【● 没病有必要做基因检测吗？过来人有话说......】
兄弟，那癌症原因很多，您指什么啊？
论文不会写，提供点资料吧1 癌症与饮食有关肝癌 在我国沿海地区尤其在长江三角洲及珠江三角洲等地发病率最高。肝癌的发生与饮食的关系如下： ①食物的黄曲霉菌污染：我国肝癌的地域分布与黄曲霉菌污染分布基本相一致，粮、油、食品受黄曲霉毒素污染严重的地区，肝癌的发病与死亡率也高。 ②乙型肝炎病毒的传染：我国人群中，约有10%的人曾有乙型肝炎病毒感染，由于饮食习惯和饮食卫生不好，肝炎病毒主要是通过饮食和未消毒的餐具传染给健康人的。-部分慢性肝炎病人会发生肝癌。 ③水源的污染：饮水污染的程度与肝癌发病呈正相关，提示污染的水中含有致癌促癌物质，例如蓝绿藻毒素、腐植酸等。 ④酗酒：酗酒明显损伤肝脏，可导致营养不良、肝硬变，在这基础上可发展成肝癌。食管癌 经调查研究，已发现以下几个要点： ①缺少维生素A、维生素C和维生素E。 ②缺少某些微量元素，如钼、锌、镁、硒等。 ③进食腌制和霉变食物。致癌物质亚硝胺可引发多种癌症，其中，二甲基亚硝胺、二乙基亚硝胺以及甲基苄基亚硝胺都能在腌制的肉类与鱼类、粗制的鱼露中发现。此外，在陈萝卜干、陈玉米面、酸菜及某些霉变食品中，甚至香肠、啤酒中也都或多或少地存在。发霉食品中除亚硝胺外还有霉菌毒素，这些毒素本身可以引起癌症，还与亚硝胺有协同致癌作用。 ④喝酒加吸烟则食管癌的发生率会显著上升。胃癌 据国内外流行病学研究，胃癌的发生可能与下列因素有关 [美食中国] ①好吃熏烤食品：食品在熏烤过程中会产生大量的多环芳烃化合物，其中含有苯并芘等强致癌物质，它可渗透至整个食品。熏烤过程中，蛋白质在高温下，尤其在烤焦时会分解产生致癌的成分。 ②饮水及粮食中硝酸盐、亚硝酸盐含量偏高。而硝酸盐、亚硝酸盐在人体胃中可能与胺类结合，形成亚硝胺，这是很强的致癌物质。 ③喜吃腌制食品。 ④吃霉变食物，发现胃癌高发区的粮食与食品受霉菌污染严重，甚至在胃癌患者的胃液中，也检出霉菌及其毒素。 ⑤饮酒：酗酒可损伤胃粘膜，引起慢性胃炎。酒精可促进致癌物质的吸收，损害和减弱肝的解毒功能。结肠、直肠癌 ①高脂肪膳食：吃高脂肪膳食的人群，其结肠、直肠癌的发生率比吃低脂肪膳食的人群高，这在动物实验中已得到证实。 ②膳食纤维不足：饮食中植物纤维素多的国家如非洲、芬兰、日本、我国，结肠、直肠癌的发病率明显低于欧、美国家。 ③其他因素：多吃含丰富维生素A的食物，可降低大肠癌的发生，多喝啤酒或既喝啤酒又喝其他酒的人群，其大肠癌发病率较高。其他癌 很多资料证明，高脂肪与高热最的饮食与乳腺癌发生呈正相关，肺癌病人常缺维生素A和硒。有报告认为高脂肪饮食可能与子宫内膜癌、卵巢癌、前列腺癌和胆囊癌的发生有关。喉癌、口腔癌与吸烟、酗酒有关，甲状腺癌与饮食中缺碘有关，鼻咽癌与饮食中亚硝基化含物（如亚硝胺）污染有关。2 九类食品对抗癌症这九大类食物是由国防医学院生理学科副教授金忠孝所提供，分别是：一、鱼：因鱼类含有ω３脂肪酸，可降低胆固醇，降低血管内的血小板凝集，减少冠状动脉阻塞及心肌梗塞机率，动物实验发现可抑大肠癌。二、十字花科蔬菜：花椰菜、芥菜、高丽菜、白菜、绿花椰菜等，含有丰富的抗氧化维生素Ｃ及胡萝卜素，能对抗自由基对细胞的伤害。此外，这些蔬菜还含有「引朵类」及「含硫有机化合物」，前者有预防乳癌的功能，后者能在体内产生许多酵素，解除致癌毒素危害。三、黄豆：黄豆中含「异黄酮类物质」，对预防部份癌症的发生有帮助。而医学研究证实，每天吃进60公克的黄豆，血中抗癌有效浓度足以抑制一半的乳癌、子宫内膜癌、卵巢癌及前列腺癌的生长。四、五谷杂粮：五谷杂粮含丰富「皂角」，能解除肠道中致癌物质的活性，丰富的纤维质已确定有防止肠癌发生的功效。五、含硒、硫等有机化合物的蔬菜：葱、蒜含丰富的硫、硒及「磺烯丙基半胱氨酸」，能帮助肝脏解毒及防止肝癌发生。根据美国大规模研究显示，大蒜除能预防心脏病外，也能降低大肠癌的发生；每周吃3瓣蒜头的人，罹患大肠癌的机率比不吃的人少三分之一。六、含维生素Ｃ的食物：维生素Ｃ可减少体内自由基对细胞基因的伤害，避免细胞癌化，而富含维生素Ｃ的食物包括葡萄柚、柑橘、柠檬、文旦等。七、红色蔬果：西红柿、木瓜、洋香瓜、番薯等都富含胡萝卜素，摄食后能在体内转化成维生素Ａ，达到保护眼睛及抗细胞氧化压力的目的。研究还发现，多摄取胡萝卜素能抑制摄护腺癌发生。八、茶和红酒：红酒是连葡萄皮一起发酵，可保存葡萄皮中珍贵的抗氧化剂，防止自由基对人体的侵害。目前已知人体细胞氧化产生的自由基会引起高血压、糖尿 病、心肌梗塞、脑中风及癌症。研究显示，每日喝一小杯红酒可减少这些疾病的发生率，但过量反会增加酒精性肝炎及肝硬化死亡率。此外，茶和红酒都含有黄酮类 物质，对部份癌症具有预防效果。九、菜叶：绿花菜、花椰菜、甘蓝菜和菠菜含丰富叶酸，能提高血中甲硫胺酸的量，具有防癌作用。
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期刊：Cell；影响因子： 发表单位：休斯敦贝勒医学院 肿瘤与正常组织之间的蛋白质组差异对于癌症生物标志物的发现至关重要，但尚未在大型结肠癌肿瘤队列中进行系统表征。在这篇《Cell》文章中，报道了110例结肠癌患者的遗传、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学的综合信息。通过比较分析和多组学数据的整合，发现了许多新的生物标志物和药物靶标，以推进精确治疗。 这篇文章为我们展现了多维组学服务于临床治疗的巨大潜力，并强调系统整合多组学分析能够揭示仅通过基因组评估无法获得的潜在临床价值。特别是，蛋白质组学能够发现基因组学不能发现的治疗靶点和致病机制，是需要临床疾病研究重要的前进方向。 对前瞻性收集的结肠癌队列进行了首次蛋白质组学研究。对配对的肿瘤和正常相邻组织进行的蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析比较，得出了与结肠癌相关的蛋白质和磷酸位点，包括已知和推定的新生物标记、药物靶标以及癌症/睾丸抗原。蛋白质组整合不仅将基因组推断的靶标（例如拷贝数驱动器和突变衍生的新抗原）确定为优先事项，而且还产生了新发现。磷酸蛋白质组学数据将Rb磷酸化与结肠癌的增殖增加和凋亡减少相关联，这解释了为什么这种经典的抑癌基因在结肠肿瘤中被扩增，并为在结肠癌中靶向Rb磷酸化提供了理论依据。蛋白质组学确定了在高度微卫星不稳定性（MSI-H）肿瘤中CD8 T细胞浸润减少和糖酵解增加之间的关联，这表明糖酵解是克服MSI-H肿瘤对免疫检查点封锁抵抗的潜在目标。蛋白质组学为生物学发现和治疗发展提供了新途径。 结肠癌相关蛋白和磷酸化位点的系统鉴定； 蛋白质组学支持的新抗原和78％的肿瘤中的癌症/睾丸抗原； Rb磷酸化是结肠癌的致癌驱动力和可能的靶标； 糖酵解抑制可能使MSI肿瘤对检查点封锁更敏感。 第一部分是样本整体概述。收集了110例结肠癌患者的肿瘤标本、配对的正常相邻组织（NAT）和血液样本，进行了全外显子测序、拷贝数阵列、RNA-Seq、miRNA-Seq、蛋白质组学和磷酸蛋白组学分析。与TCGA队列结肠肿瘤相比，mRNA表达谱高度相关，蛋白组的主成分分析显示肿瘤和NAT的有效区分。证实蛋白质组学在评估基因功能方面的附加价值。 首先描述了样本的体细胞突变特征和微卫星不稳定性，并根据突变频谱区分患者亚群以及鉴定显著突变基因。随后对基因突变与蛋白组的关联进行了分析，揭示一些高协同的基因。APC中的终止和移码突变导致无义的mRNA衰变或蛋白被截断，TGFBR2中移码突变导致磷酸位点TGFBR2-S553的丰度降低了。高迁移率组（HMG）转录因子SOX9蛋白水平明显过表达，大多数截短突变都发生在HMG-box域的下游和进化保守的泛素靶位点K398的上游，通过截短的突变去除K398泛素化位点可以稳定SOX9蛋白并增加蛋白丰度，支持SOX9在原代CRC细胞中的致癌作用而非肿瘤抑制作用。 该部分主要通过体细胞突变分析寻找并描述结肠癌中显著突变基因的特征，以及联系突变位点和蛋白表达和磷酸化水平的变化提示仅凭突变无法预测蛋白功能复杂性。 进行体细胞拷贝数改变（SCNA）分析，确定了与TCGA队列非常相似的臂级SCNA，包括1q、7p/q、8p/q、13q和20p/q的扩增，以及1p、14q、15q、17p/q、18p/q和22q的缺失。队列中发现了先前大量报道的SCNA，第20号染色体（、、）和第18号染色体（）中分别包含最频繁扩增和缺失的焦点区域，还确定了18q局灶性缺失区域中的著名肿瘤抑制物SMAD4。SCNA与mRNA和蛋白质丰度的相关性比蛋白质丰度更强。SCNA基因和显著突变基因显著富集的术语包括细胞增殖、细胞死亡、Hippo信号通路。位于整个基因组不同局灶性缺失区域的六个基因富集了内吞作用，表明多个缺失事件会收敛以抑制内吞途径，这可能使肿瘤获得生长信号的自给自足。 继续描述基因组全局的拷贝数变异特征，并讨论了拷贝数变异区域中的一些重要基因，及对拷贝数扩增和或缺失水平、mRNA和蛋白丰度作了关联。结合富集分析阐述突变基因或扩增/缺失基因参与的通路激活或抑制是否与肿瘤信号有关。 成视网膜细胞瘤（RB1）基因的蛋白（Rb）是一种肿瘤抑制因子，Rb的丢失会通过消除细胞增殖的阻碍而促进细胞不良行为并促进癌变。然而在结肠癌中，发现Rb的扩增和过度表达与其在其它癌症中的频繁突变和缺失相矛盾，值得深思。通过观察Rb的磷酸化，发现即使细胞中有更多的RB1拷贝或表达水平，但Rb蛋白由于被高度磷酸化而失活，这种构型使其不像肿瘤抑制因子一样起作用。 抑癌基因RB1由于同时的高度磷酸化而失活，因此高拷贝或高丰度并未表现出抑癌功能，蛋白组和磷酸化联合分析颠覆了单一基因组或蛋白组学的一般推论，这是多组学分析优势所在。 作者分析了肿瘤和正常组织之间的差异蛋白，并将分析的重点放在肿瘤中升高了2倍以上的31种蛋白上，这些蛋白被定义为结肠癌相关蛋白。这31种蛋白质与人类分泌蛋白、膜蛋白质组和酶相关联，发现这些蛋白质中有15种具有临床实用性，可作为诊断标志物、结果标志物或治疗靶标，包括临床实践中使用最广泛的CRC标志物CEACAM5。还根据磷酸化位点丰度的差异，定位了与癌症相关的50种蛋白质的63个磷酸位点，其中4种符合与癌症相关的蛋白质的标准。蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据的互补提示可寻找基因组研究中遗漏的结肠癌基因。激酶底物富集分析鉴定了4种激酶，除了已知的药物靶向激酶CDK、MELK和PFKFB3外，激酶PI4KB作为新的候选治疗靶点可能值得进一步研究。 该部分集中在蛋白组，通过传统的差异分析、功能富集等比较并鉴定了结肠癌肿瘤中的标志物蛋白和磷酸位点。通过进一步联系已知的药物研究，提供了潜在的治疗靶点。 综合考虑转录组、蛋白质组以及MSI分型各因素占比，总结得三个新的结肠癌分子亚型特征，并根据其将结肠癌病人分为四个亚型，且对每个亚型的特征展开研究。其中CIN亚型的肿瘤显示出更高的染色体不稳定性。许多miRNA和磷酸位标记与亚型特异性特征具有已知关系，包括在MSI亚型中miR-552、miR-592和miR-181d的表达降低，在间充质亚型中miR-200家族的表达降低， MSI和间充质亚型中STAT1和STAT3的磷酸化水平分别升高。CIN亚型中RB1的拷贝数更高，且Rb-S811和S807显著增加，并进一步表明CDK2抑制在CIN亚型中可能是最有效的。管MSI和间充质亚型均比CIN亚型具有更高的免疫浸润性，但MSI亚型特别富含细胞毒性免疫细胞。MSI亚型中的糖酵解酶广泛增加，揭示了蛋白质水平的适应性在MSI亚型中产生了强烈的Warburg效应，并建议将检查点和糖酵解抑制相结合的治疗可能为治疗对检查点封锁有抵抗力的MSI肿瘤提供有效的策略。 最后是肿瘤分子亚型及其特征分析，这在大规模肿瘤组学研究中是必不可少的，以试图为不同亚型的患者制定更合适的靶向治疗方案提供线索。 本篇研究对人类结肠癌进行了前所未有的分子表征，证实了蛋白质组学整合在揭示新型癌症生物学中的价值，并进一步证明了蛋白质组学在治疗假说产生中的实用性。 除了加强或补充基因组数据外，蛋白质组学整合还可纠正基于基因组数据的不准确推论，并带来意想不到的发现和治疗机会。一个例子是蛋白质组学将SOX9鉴定为致癌基因，而根据体细胞突变数据预测它是一种肿瘤抑制因子。另一个例子是磷酸蛋白质组学数据使Rb磷酸化成为结肠癌的致癌驱动因素，这表明通过CDK2抑制靶向结肠癌中Rb磷酸化的独特机会。 基于多组学的亚型分析提供了基于三种UMS亚型（即MSI、CIN和间充质）的结肠癌分子异质性的统一视图。蛋白质组学数据将MSI肿瘤中CD8浸润减少与糖酵解增加相关联，这支持了新出现的观点，即肿瘤糖酵解增加会损害T细胞功能并增加肿瘤微环境来抑制抗肿瘤免疫力，因此可以考虑通过糖酵解抑制来克服MSI肿瘤对免疫检查点封锁的抵抗力。 综合蛋白质组学表征揭示了靶向结肠癌治疗中信号蛋白、代谢酶和肿瘤抗原的新治疗机会。尽管这些治疗假说的验证不在当前研究的范围之内，但这些新假说最终可能使结肠癌的分子指导精确治疗取得实质性进展。