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宝宝晨123

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在专门探讨个人和社会身份在同行评审中的作用的一周里,我们将深入探讨同行评审中的开放身份这一长期问题。开放同行评审一直在稳步增长,但其实施有许多不同的形式(事实上,Ross-Hellauer已经编列了122种定义)。在过去几年里,随着资助者兴趣的增加,提高评审透明度的呼声也在不断提高,人们越来越支持发布评论,并希望出版商能够提供DOI从而能够更加容易地引用它们。例如,PLOS ONE在2017年的一项调查发现,大多数受访者从多方面都对公开评审给予了高度支持。 然而,在审稿人是否应该公开他们的身份这个问题上则存在着更大的分歧。在这篇文章里,我们首先简要地回顾了开放身份的利与弊,然后再深入探讨已经实施开放审稿人身份的出版商的经验给予了我们哪些启示。 开放身份的益处 开放身份(即签名)同行评审的支持者认为这种形式的透明度是开放评审的一个重要组成部分。 l  责任 。当所有参与者的身份都公开透明时,任何潜在的利益冲突都会更加明显,每个人都要公开地对自己的行为负责。 l  声誉 。同行评审具有挑战性、耗费时间,而且常常未受赏识。署名和公开发表的同行评审为审稿人提供了一个使其工作被认可的机会,这使得同行评审朝着值得认可和赞誉的真正的学术活动又迈进了一步。 l  质量 。开放身份可以通过鼓励审稿人更彻底地评估来提高评审的质量。研究表明,署名且公开发表的同行评审至少与盲审模式一样好,还有一些研究发现在某些方面公开评审比盲审更好,比如建设性反馈、对方法的评论、评审的长度和支持评论的证据。 更加谨慎的理由 当前,可能有更多的人认为开放身份的风险会超过其益处。关键问题可以归纳如下: l  偏见 。许多形式的偏见是同行评审过程中所固有的(例如,在选择审稿人及其评审结果方面的性别偏见),这个问题由于我们的审稿人范围过于狭窄而变得更加严重,这导致无法确保研究得到公正的评估并充分考虑到不同观点。在双向匿名系统中对双方的身份进行保密,而不是透露审稿人的身份,已经被视作一种解决方案——尽管双向匿名做法的有效性受到了质疑。在某些领域进行双向匿名的同行评审则更加复杂,因为它与那些被偏好的行为和政策相冲突,比如发布预印本、在文章提交前共享数据和对竞争性利益的审查。 l  对弱势群体的影响 。开放身份对那些易受攻击、权力更小的人有着实在的影响,因为可能导致他们在论文或研究资助的同行评审中遭到全面报复,甚至造成更微妙的后果,比如不受论坛和奖项的青睐。 l  严谨度和坦诚性 。与此相关的另一个担忧是,审稿人可能不太愿意给出批评性的反馈意见——或者那些本来会这么做的人拒绝参与评审,一些医学期刊(比如《英国医学杂志》[ The British Medical Journal , The BMJ ])已经证实了这一担忧。此外,编辑和作者都对利益交换链的问题表示担忧,即给予积极评论,从而希望将来也能得到积极的反馈。 对读者的影响 虽然大多数研究都集中在开放身份对同行评审结果的影响上,但开放身份对已发表作品的读者意味着什么也很重要。当谈到评估已发表的研究时,有大量数据表明,同行评审是信赖和可信度的决定因素。但也有数据表明,人们根据作品的外在特征(对作者、实验室和机构声誉的看法)来判断研究成果的质量。我们的研究还表明,至少在某些情况下,研究人员在自己的研究过程中遇到新的出版物时,会分析同行评审报告以评估结果的可信度。这对开放身份来说是一把双刃剑。在个人层面上,这有助于评估我们专业领域之外的论文,如果我们信任的一位专家对一篇论文作出了积极的评审。但在系统层面上,延续这些启发式方法并将其扩展到同行评审报告中,可能会使偏见持续存在,而且并不会使我们更接近于完全根据研究自身的价值来评估——以及同行评审——一项研究。 从出版商的开放评审经验中得到的启示 少数出版商实行某种形式的开放评审已经有15到20年了,包括《英国医学杂志》、《欧洲分子生物学学会杂志》( European Molecular Biology Organization Journal , EMBO Journal )和欧洲地球科学联合会(European Geosciences Union,EGU)。《英国医学杂志》在随机试验中研究了这种形式的透明度的效果后,率先披露了审稿人身份并公开了同行审稿报告。他们的研究早在二十年前就开始了,发现开放身份对评审的技术质量基本上没有影响,对推荐接受的概率没有明显影响,但导致了评审的意愿有所下降,对评审的基调和建设性有些许积极影响。《英国医学杂志》相信全面的透明度对其风纪的好处,多年来成功地运行了一个开放审稿人身份的透明程序。 《自然》( Nature )杂志采取了一种非常不同的方法,它进行了一项试验,然后将其作为常规做法,即在发表时可以选择披露审稿人身份,但不公开报告,同时需要作者和审稿人都同意才能透露审稿人的名字。总的来说,80%在《自然》杂志上发表的论文中,至少有一位审稿人署名。由于这一选择是在发表时做出的,而且名字与具体的报告没有关联,结果几乎没有告诉我们对质量或责任的影响,但它们表明了人们对声誉的渴望。在试验中,55%的审稿人选择了署名,且这种选择没有在性别或职业阶段上的明显区别。有趣的是,四分之一的作者拒绝查看审稿人身份,这可能与对交换利益的担忧有关。 最近在 PeerJ (一本开放获取期刊)上发表的一篇基于 PeerJ 数据的论文研究了同行评审过程对稿件的影响,这个分析中的一个有趣发现是,选择为他们的评论署名的审稿人写的评论更加主观和积极。虽然这是一个有限的数据集,但它提供了一些证据,说明社会压力会影响公开身份的审稿人在开放评审中的坦率程度。这与《英国医学杂志》的数据形成反差,但很有可能是不同学科之间的文化差异在这些个体行为的微妙影响中发挥了重要作用。 PLOS(the Public Library of Science,美国科学公共图书馆)的经验 当PLOS于2019年在其所有期刊中引入公开的同行评审政策时,我们思考了支持和反对披露身份的论点,并研究了那些已经实施透明评审形式的期刊。像 EMBO Journal (在生命科学领域开创了这种模式)和 PeerJ 一样,我们认为公布评审内容是最重要的。我们的同行评审透明模式有重要的共同点:所有审稿人都同意公开他们的报告,但他们可以选择透露自己的身份或保持匿名。是否公布整个同行评审过程,包括同行评审报告,以及作者的回应和编辑的决定,都取决于作者——尽管在实施方面略有差异。 尽管模式相似,但不同学科和期刊对开放审稿人身份的态度却大不相同。 EMBO Journal 虽然鼓励审稿人公开身份,但几乎没有审稿人这样做。对于 PeerJ ,从过去6个月里其主要(生物学)期刊的所有评审情况来看,28%的审稿人选择公开自己的名字。 在PLOS,旗下的7种期刊(不包括5种新期刊,因为我们还没有足够的数据)自2020年1月以来的21个月的数据展现了一种有趣的模式。署名评审最多的是医学领域, PLOS Medicine 为24%,其次 PLOS Neglected Tropical Diseases 为17%。我们的核心生物科学期刊从 PLOS Biology 和 PLOS Computational Biology 的14%到 PLOS Pathogens 的8%和 PLOS Genetics 的10%不等。而 PLOS ONE ,因其广泛的学科组合,达到了16%。在这7种期刊中,22%的被审稿件至少有一篇署名评审。 我们还观察到了对同行评审贡献归属的声明的强烈需求。由于我们引入了一种简化的方式,无论审稿人是否选择透露他们的身份,他们都可以获得审稿贡献归属的证明。通过与ORCID(Open Researcher and Contributor ID,开放研究者与贡献者身份识别码)的整合,审稿人可以选择用PLOS期刊认证的审稿证明自动更新其ORCID记录。在2020—2021年的所有PLOS期刊中,46%符合条件的审稿人选择了ORCID评审存储,约有44390个评审的贡献归属被存储在了ORCID。 独立于期刊的同行评审 最近,我们也看到了在典型的期刊同行评审框架之外进行评审的吸引力,尤其是预印本服务器,它为学者提供了在论文在期刊上发表前对其进行评论的选择。虽然绝大多数评论是私密的,通常是通过电子邮件直接发送给作者(如bioRxiv的调查所示),但也有越来越多在其他公共论坛上对预印本进行热烈讨论的例子,在这些论坛中评论者的身份是已知的(例如在Twitter上)。像PREreview(一个预印本评论社区)这样的组织还为职业生涯刚起步的研究者群体创造了提供一致意见的方法——通过这种机制,这些特别易受影响的研究人员可能会因人数上的优势从而降低风险。据我们所知,这些论坛对同行评审结果的影响还没有被研究,但有趣的是,在期刊出版决策之外,我们看到了自发的同行评审运动,其中很多情况都涉及到了开放身份。 下一步怎么做? 我们相信,打开同行评审的“黑箱”对所有利益相关者都有好处。例如, EMBO Journal 和《英国医学杂志》开创的获取审稿人报告、作者回复和编辑决定的透明路径,在我们看来展现了开放如何为作者和读者提供更好的服务。它还使得具有不同视角的学者能够对同行评审过程本身进行研究,我们必须继续通过对这些研究进行学习来改进开放评审的流程。 但是,披露审稿人身份的价值就比较模糊了。现有实践的数据表明,不同的研究群体在不同程度上都存在犹豫不决的情况。但同样重要的是,我们对公开审稿人身份的影响和潜在的意外后果的理解是有限的,譬如有较高声望的研究人员是否会得到更多的正面评论?是否存在明显的国家、性别和主题偏见? 最重要的是,建立对同行评审活动的认可,将其视为一项真正的学术成果,并为这一项对科学界的服务的质量给予相应的声誉,这兼具重要性与挑战性。这将要求那些给予认可和贡献归属的人考虑与披露身份有关的敏感性。 虽然很明显,开放身份有一定的风险,需要更多的研究来了解其全部影响,但只关注这些很容易忽视现有体系使那些有地位和特权的人受益的方式。仅仅通过披露或隐瞒审稿人的身份并不能解决同行评审中固有的(有意识或无意识的)偏见问题。也许最紧迫和重要的是提升审稿人和编辑的多样性。长期以来,大多数编辑都努力在同行评审中纳入各种科学专家意见。但是,从现已向研究开放同行评审程序的期刊所提供的数据来看,在提高性别、地理和社群代表性方面,我们显然还有很多工作要做。 最后,我们将回到今年同行评审周的主题——我们主要关注的是个人身份。但我们也注意到,我们这些从事同行评审的人很少花时间去思考对社会和社群的影响。我们自己的社会身份和分类对我们如何看待和理解我们周围的人,进而对我们所追求和评审的研究和学术产生了重大影响。如果我们的目标真的是要根除偏见,增加信任和透明度,我们也可以开始探索同行评审中这些社会层面上的问题。 本文来自数字科学交流科学网博客

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上海花满屋

目前全球有1亿3千多万人感染C型肝炎,尚无预防疫苗,唯一用药对有些病毒株的治愈率又不及一半,中央研究院日前证实,宿主细胞的「核糖体40S次单元粒子」对C肝病毒复制的RNA转译过程,扮演了关键角色,将此宿主细胞的量降至一半,C肝病毒的复制量即可压低到10%以下,对预防与治疗C肝提供一个创新思考的途径,这篇论文也获刊在国际期刊「公共科学图书馆-病原体」( PLoS PATHOGENS)。

这项成果由中研院分子生物研究所特聘研究员赖明诏院士、基因体研究中心副研究员张典显领导的研究团队发表,张典显博士指出,C肝病毒RNA复制过程,依赖宿主细胞甚深,于是利用RNAi的技术,逐一系统性筛选出C肝病毒所需要的宿主细胞成份,终于检视出「核糖体40S次单元粒子」扮演着极为关键的角色,同时提供宿主细胞与C型肝炎病毒细胞养分。

因此,张典显博士先假说调控「核糖体40S次单元粒子」,会降低C肝病毒的复制量,经过研究证实,当「核糖体40S次单元粒子」调降一半时,宿主细胞大体仍然健康,而C肝病毒的复制量已经被压低到10%以下。

张典显博士以山寨手机来作比喻:原厂的手机与山寨版的手机,在一般状况下运作,无法分辨真伪;然而,山寨手机的罩门在于收讯号能力不如原厂,因此若把收手机的讯号稍稍减低,原厂手机不会受影响,但是山寨版的手机就宣告无用。

此外,由于病毒复制过程中,少数病毒突变种能够逃过药物的压制,就会成为下一波主流抗药性病毒种,若仅针对病毒的蛋白体研发药物,病毒的抗药性终将不断发生。

相较之下,细胞的核糖体在生命演化史存在已久,产生变异的机会小,若以细胞核糖体为研究重点,预期有更稳定与长效的优点。赖明诏院士表示,藉著微调宿主细胞核糖体元素来对抗C肝病毒的复制,将是研发治疗药物的可行思考方向。

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荷叶圆圆1980

由于人们长期不正确使用和滥用抗生素,使得抗生素道高一尺,而超级细菌却魔高一丈,已经对抗生物产生了耐药性,使得世界卫生组织(WHO)将抗生素耐药性危机称为「当今全球健康将面临的最大威胁之一」,而今解决抗生素耐药性的新希望,就埋藏在爱尔兰的土壤中。

什么是世界卫生组织(WHO)定义的超级细菌?

世界卫生组织(WHO)在2017年的2月27日,公布了抗药细菌名单,并指出「医疗体系已经将近用尽治疗选择,国家若不介入,单是制药工业之力,来不及研发新的抗生素。」是对于多种抗生素具抗药性、令住院病人高度致死率的超级细菌首次发出公开警讯,但国际上目前并无「抗药性」的疾病分类代码,所以粗估每年抗药性导致不治的病例为70万例左右。

民俗疗法开启爱尔兰土壤中的秘密

英国的斯旺西大学医学院(Swansea University Medical School )的研究团队,积极寻找解决抗生素耐药性的方法。而研究团队中的Gerry Quinn博士是北爱尔兰的弗马纳(Fermanagh)的移民,对于弗马纳(Fermanagh)的波西米亚高地(Boho Highlands)的民俗疗法颇有研究。据说,有一种民俗疗法是用棉布将少量的波西米亚高地的碱性土壤包裹起来,用来治疗牙痛或咽喉、颈部等感染。

Gerry Quinn博士率领研究团队,探索爱尔兰土壤中是否拥有对抗超级细菌的物质,发现了一种称为Streptomyces sp. myrophorea的古老细菌,它属于链霉菌属,是一种从未被科学界发现的全新菌株,可以抑制难消灭的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌,并且可以杀死4种被世界卫生组织所定义的超级细菌,包括抗万古霉素肠球菌(vanycin-resistant Enterocous,VRE)、克雷伯氏肺炎菌(Klebsiella pneumoniae)、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylocous aureus,MRSA)、鲍氏不动杆菌(Aciobacter baumannii)。

解决抗生素耐药性?

Gerry Quinn博士表示,属于链霉菌的Streptomyces 可以帮助开发具抗生素耐药性的新药物,解决致命感染的原头。而三军总医院临床药学部药师王婷莹药师表示,这个发现或许在未来会成为解决抗生素耐药性的新方法,但在现阶段还是要以正确使用抗生素为主,并提醒患者在服用抗生素时要吃完整个疗程,千万不可自行停药,而且在症状解除后,仍需回诊请医师评估是否继续治疗,把握「用好用满」的原则,避免抗生素产生抗药性。

论文小档案: 《先驱微生物学》(Frontiers in Microbiology)是该领域的领先期刊,在整个微生物学领域发表严格的同行评审研究。

参考文章: A Novel Alkaliphilic Streptomyces Inhibits ESKAPE Pathogens

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